NA ----> NA
Intron 1 GTAAGTAAAA ... GGATATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 91.86 | 7 | 72 | 37 |
| A2 | 98.99 | 1 | 97 | 29 |
| A3 | 97.94 | 1.5 | 70 | 31 |
| A4 | 96.88 | 2 | 60 | 27 |
| A5 | 97.92 | 1 | 46 | 13 |
| A6 | 98.64 | 13 | 929 | 241 |
| A7 | 99.1 | 6 | 658 | 178 |
| A8 | 98.62 | 11.5 | 812 | 263 |
| A9 | 99.35 | 5 | 767 | 193 |
| A10 | 99.4 | 3.5 | 576 | 111 |
>TRINITY_DN42083_c1_g1_i13 from sample A9 / Example spliced isoformATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAATGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAAGTTTTAGCAGGTCACCCATTTTATGAAAGAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGATTGCCCCACGCCTCTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTT
GCTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTA
TAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATCCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTTGTCGATTGT
CAAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGCTGTCTACAAGAACGTTGAATTTCCCCAATAATTCGGTTGTCATGATTTGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTT
CAGTTAATCGAAACATCGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCATATTAAATGACGTCCAAAGTATTGAGCTTAGGGTCGCTCCAACTTCCCATTTTAGTTTTGCACAGTTCTTAGCGTGGTTGAGCTTTTCTCTTAACTTGATAATATTTGTGGCGTTTAAATAGTTTCGCTGCTTGAACATG
ATCATTCAAAAACCGTTTGTCCAAACAATAGGCAAAGTCGCGGGTTCCATCCCCATAAAAGGGGAATTCAAGAGTTCCCGTTGTATTCTATGTTAATCAAATAATTTGATTAAGTAGTGCCATGATTTAATTTTAGGATTATCAACAATGAACCATTTGTTTAAGAGGCAGTTTCCTCTGTAGGCTTAGTCAACAAAGAG
GCCGTTTCCACTGGCGGCTTCGTTGTCTGTTGACGGCTTATGAGGAGAGCCGCTCTTCTCACACCTTTTAATAAATATAAAGGATCTCCCTTCGAACTACATCTCACCGACCGACAATCACGATATGAAGCTTTTATCTGTACATGGGGCATGGATATCGGGACTTCAGAATAATACCAGCCTTCACATCATATATTTTA
ATCACAATTATATAATTAATTACAGCGTTACTACTTCGCCACATGGTGGCCGTC
>TRINITY_DN42083_c1_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAATGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGGTCGTGGAGGAATATCTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAAGTTTTAGCAGGTCACCCATTTTATGAAAGAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGATTGCCCCACGCCTCTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTT
GCTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTA
TAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATCCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTTGTCGATTGT
CAAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTgtaagtaaaattgcctttggcctt
gcaattttcttcgtattgactttatgagacttttcttgtctggatgctttaagctcagaaattcattgagatgtttgtttccggttaatggcttgtttttggatatgtagGCTGTCTACAAGAACGTTGAATTTCCCCAATAATTCGGTTGTCATGATTTGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTTCAGTTAATCGAAACA
TCGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCA
Intron 2 GTATTTGCGA ... CATATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.76 | 60.6 | 60 | 21 |
| A2 | 44.94 | 67.4 | 55 | 16 |
| A3 | 43.42 | 75.6 | 58 | 11 |
| A4 | 38.6 | 49.4 | 31 | 5 |
| A5 | 35.38 | 33 | 18 | 4 |
| A6 | 32.44 | 286.8 | 137 | 4 |
| A7 | 35.32 | 235.8 | 128 | 2 |
| A8 | 32.94 | 249.6 | 122 | 5 |
| A9 | 32.39 | 312 | 149 | 3 |
| A10 | 36.14 | 283.4 | 160 | 5 |
>TRINITY_DN117650_c1_g1_i16 from sample A2 / Example spliced isoformCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTATAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGGTTGCGTAATAAATCTTGTTCAGGGAAAAGGC
TACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTCGGTGTACTGCGATCCCTTCCTTCTCATTTCTTCTCTAATTCATTGTGTTTTCTGAATTGGCTTGATGGATTTTCCTTTAGAGTTTCTGGTTTCTGAAGAAGACTTTTATGTTTTAGGTCT
GCACGCAAGGAAATCATGCTATTTTTAGGAAATAAATAATATTGTAAAGAGTATTTTCCGTCTTCCAAATTATTAGTTGTTTTCTTTCAAGAAAGAGTATTTTCCGTCTTCCAAATTATTCGTTCTTTTCTTTCCAGAGTTTAATATGAGCAATTACTTGGATAGTTTATGAACACAAATAATAAATATTATTTTGGAAA
TAAATATTTTAATGTAAAGAGTATTTTCCGTTTTCCAAATTATTCATATTTCCTTTTTTCCAGAGTTTAATATGAGCAA
>TRINITY_DN117650_c1_g1_i26 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAACGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTG
CTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTAT
AGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGgtatttgcgacattttcttttcagaaattttactcagatacacactaaattgcttgcacatacatatgtgtttatatctaggtttttctgagtcactta
gtatttatatatctaggtcttacctacacctataattctagggattttttgcaatctacatatgacagGGTTGCGTAATAAATCTTGTTCAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTCGGTGTACTGCGATCCCTTC
CTTCTCATTTCTTCTCTAATTCATTGTGTTTTCTGAATTGGCTTGATGGATTTTCCTTTAGAGTTTCTGGTTTCTGAAGAAGACTTTTATGTTTTAGGTCTGCACGCAAGGAAATCATGCTATTTTTAGGAAATAAATAATATTGTAAAGAGTATTTTCCGTCTTCCAAATTATTAGTTGTTTTCTTTCAAGAAAGAGTA
TTTTCCGTCTTCCAAATTATTCGTTCTTTTCTTTCCAGAGTTTAATATGAGCAATTACTTGGATAGTTTATGAACACAAATAATAAATATTATTTTGGAAATAAATATTTTAATGTAAAGAGTATTTTCCGTTTTCCAAATTATTCATATTTCCTTTTTTCCAGAGTTTAATATGAGCAA
Intron 3 GTAAGAGGAG ... ATAAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.49 | 10 | 19 | 4 |
| A2 | 59.26 | 11 | 21 | 11 |
| A3 | 48.15 | 14 | 21 | 5 |
| A4 | 57.14 | 12 | 24 | 8 |
| A5 | 57.89 | 8 | 17 | 5 |
| A6 | 46.91 | 43 | 60 | 16 |
| A7 | 56.28 | 47 | 87 | 34 |
| A8 | 66.5 | 33 | 87 | 44 |
| A9 | 48.88 | 80 | 113 | 40 |
| A10 | 50 | 53 | 83 | 23 |
>TRINITY_DN117650_c1_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoformATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAACGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTG
CTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTAT
AGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTTGTCGATTGTC
AAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTTTGCGACACATTGAGCGCGGATTTT
GAACTTGCGAGGTGATTGTTTGGGCTTGGATATTCTACATAGTTCTGATTTTGAACTTGCAAGGTAAGACAATTACTTGTACCACTACAAGGATTTGTCACTATGAATGAAAATGCAAGGAAGCTTTCTCAATTTAGAGCTGCATTAGAGTTGAAAGACATTGTAGGGAGAAGGGGCATGCCGAAGGGGGTTATGAATAT
CGTCCCCTGACAATGCCCCCAAAATGTCGCACTCCAGAGAGTTATTTTCCAAGTACTAGCAAAAATACTCTTTTACAGCCTAATGAACTTCTACATCAAAATATTGAAGATGATCAAGTAGTTATTTTTGATGATATGGATGTAGATAACATTAGTGATACAAATCAGGAAGATGAGATACATAGATTGATCCAAGACAC
ATTTGTTCCAATGGATGAGAAAAACCAGGATGATAGTCATGATGT
>TRINITY_DN117650_c1_g1_i20 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTATTTACATAACTAGTAAAATAATATCTAATAATAATAATAATATTTAAATTTAAGTATTATTATTATTATTCCAATAGATATGATATATTAAGTAATTTTATTCTTCTAGATACAGGTTGTCGATTGTCAAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTA
GAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTTTGCGACACATTGAGCGCGGATTTTGAACTTGCGAGGTGATTGTTTGGGCTTGGATATTCTACATAGTTCTGATTTTGAACTTGCAAGGTAA
GACAATTACTTGTACCACTACAAGGATTTGTCACTATGAATGAAAATGCAAGGAAGCTTTCTCAATTTAGAGCTGCATTAGAGgtaagaggagatggaaaatgttactgtccttgctttgattgcaggggcttgcaaaaaaaaagacttttaataaaaacagTTGAAAGACATTGTAGGGAGAAGGGGCT
Intron 4 GTCGGTGTAC ... CTAGATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.79 | 41 | 29 | 20 |
| A2 | 24.14 | 44 | 33 | 14 |
| A3 | 31.25 | 22 | 17 | 10 |
| A4 | 25.76 | 49 | 27 | 17 |
| A5 | 24.53 | 40 | 15 | 13 |
| A6 | 22.8 | 391 | 10 | 115.5 |
| A7 | 20.55 | 342 | 16 | 88.5 |
| A8 | 23.94 | 324 | 10 | 102 |
| A9 | 24.33 | 367 | 13 | 118 |
| A10 | 18.43 | 301 | 5 | 68 |
>TRINITY_DN111972_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAACGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTGTGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAG
AGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTGCTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCC
TTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTATAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGG
ATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTTGTCGATTGTCAAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATGGAAG
GGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATGGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTG
>TRINITY_DN111972_c0_g1_i13 from sample A5 / Example unspliced isoform:GTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAACGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTGTGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAG
AGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTGCTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCC
TTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTATAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGG
ATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGTATTTGCGACATTTTCTTTTCAGAAATTTTACTCAGATACACACTAAATTGCTTGCACATACATATGTGTTTATATCTAGGTTTTTCTGAGTCACTTAGTATTTATATATCTAGGTCTTACCTACACCTATAATTCTAGGGATTTTTTGC
AATCTACATATGACAGGGTTGCGTAATAAATCTTGTTCAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGgtcggtgtactgcgatcccttccttctcatttcttctctaattcattgtgttttctgaattggcttgatggatt
ttcctttagagtttctggtttctgaagaagacttttatgttttaggtctgcacgcaaggaaatcatgctatttttaggaaataaataatattgtaaagagtattttccgtcttccaaattattagttgttttctttcaagaaagagtattttccgtcttccaaattattcgttcttttctttccagagtttaatatgagc
aattacttggatagtttatgaacacaaataataaatattattttggaaataaatattttaatgtaaagagtattttccgttttccaaattattcatatttccttttttccagagtttaatatgagcaattgcttggatagtttatttacataactagtaaaataatatctaataataataataatatttaaatttaagta
ttattattattattccaatagatatgatatattaagtaattttattcttctagatacagGTTGTCGATTGTCAAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATGGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTG
CCAAGATGTCAATGGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTAAGTAAAATTGCCTTTGGCCTTGCAATTTTCTTCGTATTGACTTTATGAGACTTTTCTTGTCTGGATGCTTTAAGCTCAGAAATTCATTGAGATGTTTGTTTCCGGTTAATGGCTTGTTTTTGGATATGTAGGCTGTCTACAAGAACGTTG
AATTTCCCCAATAATTCGGTTGTCATGATTTGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTTCAGTTAATCGAAACATCGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCATATTAAATGACGTCCAAAGTATTGAGCTTAGGGTCGCTCCAACTTCCCATTTTAGTTTTGCACAGTTCTTAGCGTGGTTGAGCT
TTTCTCTTAACTTGATAATATTTGTGGCGTTTAAATAGTTTCGCTGCTTGAACATGATCATTCAAAAACCGTTTGTCCAAACAATAGGCAAAGTCGCGGGTTCCATCCCCATAAAAGGGGAATTCAAGAGTTCCCGTTGTATTCTATGTTAATCAAATAATTTGATTAAGTAGTGCCATGATTTAATTTTAGGATTATCA
ACAATGAACCATTTGTTTAAGAGGCAGTTTCCTCTGTAGGCTTAGTCAACAAAGAGGCCGTTTCCACTGGCGGCTTCGTTGTCTGTTGACGGCTTATGAGGAGAGCCGCTCTTCTCACACCTTTTAATAAATATAAAGGATCTCCCTTCGAACTACATCTCACCGACCGACAATCACGATATGAAGCTTTTATCTGTACA
TGGGGCATGGATATCGGGACTTCAGAATAATACCAGCCTTCACATCATATATTTTAATCACAATTATATAATTAATTACAGCGTTACTACTTCGCCACATGGTGGCCGTCGCGCCTACTGTTTGTTTAGTTTTTTTATTATTCTTGATTTCCGATCATAAAATATTTTCCCTGAAGAAGAACAAATGACAGGATCAATGT
TCAGATCAAGCTTACACAGAACTGCATATAATCTTAAAAAGCAGACATTTTTATTAATTTTGTTTAAAGATATTCTCGACTGCAAAAATTTAGAAAGTACGGTTTTTTTTACAGCTTTCTTTTGAAACCCTACCAATTGAAACAGCAAAATCCTTGGCCTTGATTGCAATTTGCATGGTAACAAAGATATTTCACAAGTT
TAAAGGACATATGAAGCTAAAAATCTCATAAAATACATGTGCATCTTCTGTCATATAAACTCATATGAAGAGCTTGATATTATGCACAACTCGGCGGAAAATTGTAAACTCATATAATGGTAAACTAAAGCTTTTGGAGTTATGGATCCCAAGTGGAGAAGAAGCCGTGTAGAGGTCGTATGGGGAGACTTATCCCCGCA
CTCCATGCCAAAAAAAGCCATAATCCAGACCAACTGGAGAACAAGCCATGCAAAGGTCGTTTCAGTTATCTGTTAATGTTGTGCCATAATCCAGACCAACTGGAGAACAAGCCATGCAAAGGTCGTTTCAGTTATCTGTTAATGTTGTGGGAATCAATGACAATTTGCCTTTCCATGATACCAGTTACCATTGCCAATGA
TTTTAATAATAAAAATGATACCAAGTTCTTATTATCAGTAATTTTAATAATAATAAAAATTAAACCCATGAACCATTTTGCTAACTATATGCTCGACAAACTTTGTGCCGGAGAAGCATAGCTTGAATATTTATAAATTTCTAAAGTGGAGGAGTAATGATATGTAACAATGTAAGCCTGTTTAAAGTATGTCTTGAATA
TTTATGAATTTGTAAAGTGGAGGAGTAATGATATGTAACAATCTAAGGCTATTTAAAGTCTGTGTCGAATCTCCAGTTGCTTAATTGAATAATAAAATATTAGAGTAGGTAAAGTCTAAAGGATCATACTTTGTGGACATAAAATATATCTTAAATTGAAAATAGAGAATGTATCAAATATATATTAAACTGAAAAAAGA
GAGTGATGGCTTAATCCAATTAATGCCAGAAAATTTCTAGATGTCACATTTTTATCCATTTTAATAATAAATTTAGTTCAGAATGTTTATCCATTTTAATAATAAATTTAGTTCAGAATGTTTGCTTAAACCTACCATGCTTTCTAAGGCTTTCTAAAGTCACAACTTAATCATTGTAGTAAACAATTGCCTTGACTGGA
ATACTTCAATTTTTATGTCATTTTTTTATGAATATATTACTGCATTTAGGTGCAATATTGAGCTTAGTAGCCAATCAAATTAATTTGTATTGGATTTTCCCTATGTTAAGGTTATGTTGTTACAGCATTTAGGAATGCAATATTGAGTTGAGTAATTAATAAGATTAATTTGTTTTATGTTATTACAGCATTTAGAAATG
TAATATTGA
Intron 5 GTATTTGCGA ... TCTTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.54 | 61.2 | 60 | 28 |
| A2 | 42.7 | 73.8 | 55 | 23 |
| A3 | 42.75 | 77.7 | 58 | 12 |
| A4 | 33.7 | 61 | 31 | 8 |
| A5 | 27.56 | 47.5 | 18 | 9 |
| A6 | 26.35 | 384.1 | 137 | 9 |
| A7 | 29.52 | 306.5 | 128 | 8 |
| A8 | 29.01 | 299.3 | 122 | 6 |
| A9 | 28.62 | 372.5 | 149 | 4 |
| A10 | 32.05 | 340.2 | 160 | 5 |
>TRINITY_DN117650_c1_g1_i18 from sample A2 / Example spliced isoformATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAACGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTG
CTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTAT
AGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTTGTCGATTGTC
AAGGATTGTGGAGCTAAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTAAGTAAAATTGCCTTTGGCCTTG
CAATTTTCTTCGTATTGACTTTATGAGACTTTTCTTGTCTGGATGCTTTAAGCTCAGAAATTCATTGAGATGTTTGTTTCCGGTTAATGGCTTGTTTTTGGATATGTAGGCTGTCTACAAGAACGTTGAATTTCCCCAATAATTCGGTTGTCATGATTTGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTTCAGTTAATCGAAACAT
CGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCATATTAAATGACGTCCAAAGTATTGAGCTTAGGGTCGCTCCAACTTCCCATTTTAGTTTTGCACAGTTCTTAGCGTGGTTGAGCTTTTCTCTTAACTTGATAATATTTGTGGCGTTTAAATAGTTTCGCTGCTTGAACATGATCATTCAAAAACCGT
TTGTCCAAACAATAGGCAAAGTCGCGGGTTCCATCCCCATAAAAGGGGAATTCAAGAGTTCCCGTTGTATTCTATGTTAATCAAATAATTTGATTAAGTAGTGCCATGATTTAATTTTAGGATTATCAACAATGAACCATTTGTTTAAGAGGCAGTTTCCTCTGTAGGCTTAGTCAACAAAGAGGCCGTTTCCACTGGCG
GCTTCGTTGTCTGTTGACGGCTTATGAGGAGAGCCGCTCTTCTCACACCTTTTAATAAATATAAAGGATCTCCCTTCGAACTACATCTCACCGACCGACAATCACGATATGAAGCTTTTATCTGTACATGGGGCATGGATATCGGGACTTCAGAATAATACCAGCCTTCACATCATATATTTTAATCACAATTATATAAT
TAATTACAGCGTTACTACTTCGCCACATGGTGGCCGTCGCGCCTACTGTTTGTTTAGTTTTTTTATTATTCTTGATTTCCGATCATAAAATATTTTCCCTGAAGAAGAACAAATGACAGGATCAATGTTCAGATCAAGCTTACACAGAACTGCATATAATCTTAAAAAGCAGACATTTTTATTAATTTTGTTTAAAGATA
TTCTCGACTGCAAAAATTTAGAAAGTACGGTTTTTTTACAGCTTTCTTTTGAAACCCTACCAATTGAAACAGCAAAATCCTTGGCCTTGATTGCAATTTGCATGGTAACAAAGATATTTCACAAGTTTAAAGGACATATGAAGCTAAAAATCTCATAAAATACATGTGCATCTTCTGTCATATAAACTCATATGAAGAGC
TTGATATTATGCACAACTCGGCGGAAAATTGTAAACTCATATAATGGTAAACTAAAGCTTTTGGAGTTATGGATCCCAAGTGGAGAAGAAGCCGTGTAGAGGTCGTATGGGGAGACTTATCCCCGCACTCCATGCCAAAAAAAGCCATAATCCAGACCAACTGGAGAACAAGCCATGCAAAGGTCGTTTCAGTTATCTGT
TAATGTTGTGCCATAATCCAGACCAACTGGAGAACAAGCCATGCAAAGGTCGTTTCAGTTATCTGTTAATGTTGTG
>TRINITY_DN117650_c1_g1_i26 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAACGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTG
CTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTAT
AGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGgtatttgcgacattttcttttcagaaattttactcagatacacactaaattgcttgcacatacatatgtgtttatatctaggtttttctgagtcactta
gtatttatatatctaggtcttacctacacctataattctagggattttttgcaatctacatatgacagggttgcgtaataaatcttgttcagGGAAAAGGCTACTTTACTCTTTCAGTTGAAGGATTCTCCATTTCCTCAAGTCGGTCCGTTTAATGTCCTTTGATGTGTAATGTTTGGTCGGTGTACTGCGATCCCTTC
CTTCTCATTTCTTCTCTAATTCATTGTGTTTTCTGAATTGGCTTGATGGATTTTCCTTTAGAGTTTCTGGTTTCTGAAGAAGACTTTTATGTTTTAGGTCTGCACGCAAGGAAATCATGCTATTTTTAGGAAATAAATAATATTGTAAAGAGTATTTTCCGTCTTCCAAATTATTAGTTGTTTTCTTTCAAGAAAGAGTA
TTTTCCGTCTTCCAAATTATTCGTTCTTTTCTTTCCAGAGTTTAATATGAGCAATTACTTGGATAGTTTATGAACACAAATAATAAATATTATTTTGGAAATAAATATTTTAATGTAAAGAGTATTTTCCGTTTTCCAAATTATTCATATTTCCTTTTTTCCAGAGTTTAATATGAGCAA
Intron 6 GTATTTGCGA ... CTAGATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.08 | 19 | 60 | 29 |
| A2 | 66.36 | 18 | 55 | 16 |
| A3 | 66.67 | 18 | 58 | 14 |
| A4 | 46.09 | 31 | 31 | 22 |
| A5 | 51.72 | 14 | 18 | 12 |
| A6 | 32.27 | 254 | 137 | 105 |
| A7 | 33.65 | 209 | 128 | 84 |
| A8 | 36.14 | 220 | 122 | 127 |
| A9 | 30.38 | 291 | 149 | 105 |
| A10 | 40.45 | 173 | 160 | 75 |
>TRINITY_DN111297_c0_g1_i13 from sample A4 / Example spliced isoformCAGAGCTTGCTGTTTTATTAATGCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTTACGGCCTTTTTACAGGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATGGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGT
TGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGAAATAAAATTTCCTTTGGCCTTGCAATTTTCGTCGACTTTATGAGGCTTTTCTTGTCTGGATGATTTAAGCTCAGAAATTCATTGATTAGATGTTTGTTTCCGGTTCATGTTTTGCTTTTGGACATGTAGGCTGTCTACAAGAACATTAA
ATTTCTCCAAGAATTCGGTTGTCACGATTTATGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTCCGGTTAATCGAAACATCGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCATATTAAATGACGTCCAAAGTATTGAGCTTAGGGTCGCTCCAACTTCCCATTTTAGTTTTGCACAGTTCTTAGCGTGGTTGAGC
TTTTCTCTTAACTTGATAATATTTGTGGCGTTTAAATAGTTTCGCTGCTTGAACATGATCATTCAAAAACCGTTTGTCCAAACAATAGGCAAAGTCGCGGGTTCCATCCCCATAAAAGGGGAATTCAAGAGTTCCCGTTGTATTCTATGTTAATCAAATAATTTGATTAAGTAGTGCCATGATTTAATTTTAGGATTATC
AACAATGAACCATTTGTTTAAGAGGCAGTTTCCTCTGTAGGCTTAGTCAACAAAGAGGCCGTTTCCACTGGCGGCTTCGTTGTCTGTTGACGGCTTATGAGGAGAGCCGCTCTTCTCACACCTTTTAATAAATATAAAGGATCTCCCTTCGAACTACATCTCACCGACCGACAATCACGATATGAAGCTTTTATCTGTAC
ATGGGGCATGGATATCGGGACTTCAGAATAATACCAGCCTTCACATCATATATTTTAATCACAATTATATAATTAATTACAGCGTTACTACTTCGCCACATGGTGGCCGTCGCGCCTACTGTTTGTTTAGTTTTTTTATTATTCTTGATTTCCGATCATAAAATATTTTCCCTGAAGAAGAACAAATGACAGGATCAATG
TTCAGATCAAGCTTACACAGAACTGCATATAATCTTAAAAAGCAGACATTTTTATTAATTTTGTTTAAAGATATTCTCGACTGCAAAAATTTAGAAAGTACGGTTTTTTTACAGCTTTCTTTTGAAACCCTACCAATTGAAACAGCAAAATCCTTGGCCTTGATTGCAATTTGCATGGTAACAAAGATATTTCACAAGTT
TAAAGGACATATGAAGCTAAAAATCTCATAAAATACATGTGCATCTTCTGTCATATAAACTCATATGAAGAGCTTGATATTATGCACAACTCGG
>TRINITY_DN111297_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:TGGCGTTGTCGGTGGGTGGCGGTTGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAAGTTTTAGCAGGTCACCCATTTTATGAAAGAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGC
TTTGCTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAG
CTATAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATTCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGgtatttgcgacattttcttttcagaaattttactcagatacacactaaattgcttgcacatacatatgtgtttatatctaggtttttctgagtca
cttagtatttatatatctaggtcttacctacacctataattctagggattttttgcaatctacatatgacagggttgcgtaataaatcttgttcagggaaaaggctactttactctttcagttgaaggattctccatttcctcaagtcggtccgtttaatgtcctttgatgtgtaatgtttggtcggtgtactgcgatcc
cttccttctcatttcttctctaattcattgtgttttctgaattggcttgatggattttcctttagagtttctggtttctgaagaagacttttatgttttaggtctgcacgcaaggaaatcatgctatttttaggaaataaataatattgtaaagagtattttccgtcttccaaattattagttgttttctttcaagaaag
agtattttccgtcttccaaattattcgtttttccagagtttaaaatgagcatttggttggatagtatatttacataacttataaataatatttaataataagtaataatagatatgatatattaagtattttatccttctagatacagGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAG
ATGTCAATGGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGAAATAAAATTTCCTTTGGCCTTGCAATTTTCGTCGACTTTATGAGGCTTTTCTTGTCTGGATGATTTAAGCTCAGAAATTCATTGATTAGATGTTTGTTTCCGGTT
CATGTTTTGCTTTTGGACATGTAGGCTGTCTACAAGAACATTAAATTTCTCCAAGAATTCGGTTGTCACGATTTATGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTCCGGTTAATCGAAACATCGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCATATTAAATGACGTCCAAAGTATTGAGCTTAGGGTCGCTC
CAACTTCCCATTTTAGTTTTGCACAGTTCTTAGCGTGGTTGAGCTTTTCTCTTAACTTGATAATATTTGTGGCGTTTAAATAGTTTCGCTGCTTGAACATGATCATTCAAAAACCGTTTGTCCAAACAATAGGCAAAGTCGCGGGTTCCATCCCCATAAAAGGGGAATTCAAGAGTTCCCGTTGTATTCTATGTTAATCA
AATAATTTGATTAAGTAGTGCCATGATTTAATTTTAGGATTATCAACAATGAACCATTTGTTTAAGAGGCAGTTTCCTCTGTAGGCTTAGTCAACAAAGAGGCCGTTTCCACTGGCGGCTTCGTTGTCTGTTGACGGCTTATGAGGAGAGCCGCTCTTCTCACACCTTTTAATAAATATAAAGGATCTCCCTTCGAACTA
CATCTCACCGACCGACAATCACGATATGAAGCTTTTATCTGTACATGGGGCATGGATATCGGGACTTCAGAATAATACCAGCCTTCACATCATATATTTTAATCACAATTATATAATTAATTACAGCGTTACTACTTCGCCACATGGTGGCCGTCGCGCCTACTGTTTGTTTAGTTTTTTTATTATTCTTGATTTCCGAT
CATAAAATATTTTCCCTGAAGAAGAACAAATGACAGGATCAATGTTCAGATCAAGCTTACACAGAACTGCATATAATCTTAAAAAGCAGACATTTTTATTAATTTTGTTTAAAGATATTCTCGACTGCAAAAATTTAGAAAGTACGGTTTTTTTACAGCTTTCTTTTGAAACCCTACCAATTGAAACAGCAAAATCCTTG
GCCTTGATTGCAATTTGCATGGTAACAAAGATATTTCACAAGTTTAAAGGACATATGAAGCTAAAAATCTCATAAAATACATGTGCATCTTCTGTCATATAAACTCATATGAAGAGCTTGATATTATGCACAACTCGG
Intron 7 GTTGTCGATT ... TGCTGCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.06 | 23 | 29 | 19 |
| A2 | 56.1 | 18 | 28 | 18 |
| A3 | 45.45 | 33 | 36 | 19 |
| A4 | 65.66 | 17 | 37 | 28 |
| A5 | 39.39 | 10 | 8 | 5 |
| A6 | 71.17 | 95 | 275 | 194 |
| A7 | 75.25 | 75 | 267 | 189 |
| A8 | 77.32 | 66 | 271 | 179 |
| A9 | 74.44 | 108 | 374 | 255 |
| A10 | 67.19 | 83 | 206 | 134 |
>TRINITY_DN42083_c1_g1_i14 from sample A9 / Example spliced isoformATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAATGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAATTTTTAGCCGGTCACCCATTTTATGAACAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGAGTGGCCCACGCCTTTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTTG
CTTTGCCTCGAGATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTTTGTTCTGTTAGTATTTGGTCATTTACCACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTACAGAGCTTG
CTGTTTTATTAATGCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATCCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTACAGAGCTTGCTGTTTTATTAATGCAGCTTATTT
CATATCATGGATGCACAGTGGGATCCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTTACGGCCTTTTTACAGGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGGAGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTAAATAAAATTTCCTTTGGCCTTGCAATTTTCGT
CGACTTTATGAGGCTTTTCTTGTCTGGATGATTTAAGCTCAGAAATTCATTGATTAGATGTTTGTTTCCGGTTCATGTTTTGCTTTTGGACATGTAGGCTGTCTACAAGAACATTAAATTTCTCCAAGAATTCGGTTGTCACGATTTATGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTCCGGTTAATCGAAACATCGTTTAATTT
GATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCACATTAAATGACGTCCAAAGTATTCAGCTTAGGGTCGCTCCAACTTCCTATTTTAGTTTTGCGCAGTTCTTAGCGTGGTTGATCCTTTCTCTTAACTTAATAATGTTTGTGGCGTTTATATAGTTTCGCATAAAAGGGGAGTTCACGAGTAAAACCCTACATTTTTG
TGGTTCCCATTATATTCTTTGTTAATTTGATTAAGCAGTGCCATGATTTAATTTTAGATTTATCAACAATGAACCATTATTTCTACTAGTGCCGTGCCATGACTTGAGTTTAGCATTGCATTATCGACCACCCTCCCTCTTTATACATATAGATAAAGCTCGGGTACATTTAACGTTGTTTGGCATCCAAGCATTATTAA
TTAGAGCAAGCAGTGTCATGATTTAATTGTACAACTTATATAGTGAAGAGGATTTAATAAAACCATGACCGAATCCATAGGTGACGGCATGGTCGGGAAAAATCCCTGCATGGTTCTCCGGGGAAAAGAGGATTGTTGGCATCCAAGCATTATTAATTAGAGCAAGCAATGTCATGATTTAATTGTACCATTATTGGCTG
CCCTCTTCTTGACCGAATCCATAGCTGAGGCATGGTCGGGGAAAAGGTCTAAATGATTTCCATCTGCCAAATTATGAGCGAAGGTAAGGTCACACAGATCTTTTACACACTTTCACATGACTTTGAATAACTATAAAAAAACAAACTCAGATATTTCAATAATTTGACTAAATTGATCGACAAATCTAGTCCCATGCCCA
GCCTAAATAACTATATATATTATACCATGATAAAAAAAAACTTTCTTTCCATCACGATCCAATAAGCCACTGCACAATCTTATGTTTAATAACCAATTATATGTACGATGCTGGAGCGTCCACACTTTCCATCACGATCCAATAAGCCGCTGCACAATCTTATGTTTGATAACCAATTATATGTACGATGCTGGAGCGTC
CACACTCGGTTAATCGTAGCAGCGAGTAAGATTGCTCCTCGCCTTACTCCTACGCTCTCATTCCCGAAGGTCGATATGAATGGGAGTTTGCTTTCGGAACAACTCCTTGTGATCCATAATGATTCCTCCCCACGCTCTCATTCGCGAAGGTCGATATGAATGGGAGTTTGCTTTCGGAACAACTCGTCGTGCTCCATAAT
GATTCCTCCCCACGCTTTTGGAACTTTTGGAATGATCCCTGTTGCTACTAGACTCCTAGTAAAATAAAGTCGAAATTGCTTTTGGCCAGAAGCTTAAGAAAACTTAGTAGATAGTATAATTATTTGTGTAGATTCCAGAACTTACAATTATTTGTATTATGGCTTATTTTCTAAAATATTATATGGCAATTGAAGTTTGA
ACTGTTTCATATTACATCTCTTTGTTCATGATGCCCTTTTTTATTTCATGGTTAACGTTATCTCTCATAATTTGAGAATGTAAAGTTTGTTGAAACTTGGATAATTTGATAACAATGCTACAAGTTCAAGTTCTCGTGCTAGATCTTTAATGTTATTTGTGTACTAAATGGTACTTGATTATCTAATAATTATCATTAAT
CTATTACATAGATCCATGTTTTCCTATTTCTACAACTATTCACCATTATGCATGTTTTTTTTAGTATATATGCATCATAATATATACAAATATAAATATATATGAGTCATTTGGAAATTAATGCTTCATGCTCTCACTTTTCTCTCCCACATTGTTCTCATCAATGTTATTAGAACTAAACTTTTGATCGAATCGGCAGA
GCCCAAAATCTGAACTAGACCAAAAACCAGAGTGGAACCGGGAAAAAAACGGCAGAC
>TRINITY_DN42083_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATAATTCTCTTCTCTTCTATTAGTTTTATTCCTGTCGTCTCTGTTATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTGTGCGTGTGGACATTTGTATGTGAGATATGTTGTTTGTTAAATGTCACCATCAATTTCGATACCACGTGGCATTCTATTTGAATCGAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGTGGACCACGTCGTGAAGGTTG
TGTTGTCGGTGGGTGGCGTTCGTGGAGGAATATTTGGGAGGCGAGGTTCGAGAGGAGCGGAAGCGGGCATTCCATATTTTGAACGAAGTGGAAGGTAGCAAGAAGTTTTAGCAGGTCACCCATTTTATGAAAGAGAGAAAATTAGCCGTTGATAAAGATTGCCCCACGCCTCTATTTATAATGTTCGCTTGCTCTGCTTT
GCTTTGCCTGGAGATAATTCTCTTCTCTTCTCGGGTTCTACTAGTTTTATTCCTTTCGTCTCTGTAATTTGTGGTGTGTGGAATGGCTGGCCTATGTATGTGGACATTTGTATAAGTGTATGCGTCTTTGTGTGTCTGTTCTGTTAGTATTTGATCATTTATAACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTA
CAGAGCTTGCTGTTTTATTAATGTAGAGATTGCTGCTTTAATGCCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATCCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTCACGGCCTTTTTACAGgttgtcgattgtcaaggattgtggagctaaagcgtcattttctgctgccaagATGTCAATTGAAGGGATGTAGCA
CAGTAGAAACGCTGTAACTTATTTGGTCATTTACCACGAGAAAGAGAAGAGAAGGATCCAGCTGGTCAGCTACAGAGCTTGCTGTTTTATTAATGCAGCTTATTTCATATCATGGATGCACAGTGGGATCCCTTGCAGAAATTAATGTTTATGCTTCTTTTACGGCCTTTTTACAGGTTGTCGGTTGTCGAGGATTGTGG
AGCTTAAGCGTCATTTTCTGCTGCCAAGATGTCAATTGAAGGGATGTAGCACAGTAGAAACGCTGTAACTGTAAATAAAATTTCCTTTGGCCTTGCAATTTTCGTCGACTTTATGAGGCTTTTCTTGTCTGGATGATTTAAGCTCAGAAATTCATTGATTAGATGTTTGTTTCCGGTTCATGTTTTGCTTTTGGACATGT
AGGCTGTCTACAAGAACATTAAATTTCTCCAAGAATTCGGTTGTCACGATTTATGTCCAGTTTTGTTGATTTTTTGTTCCGGTTAATCGAAACATCGTTTAATTTGATACGATTAAACCCTACTTTACTGTAGTTGTCACATTAAATGACGTCCAAAGTATTCAGCTTAGGGTCGCTCCAACTTCCTATTTTAGTTTTGC
GCAGTTCTTAGCGTGGTTGATCCTTTCTCTTAACTTAATAATGTTTGTGGCGTTTATATAGTTTCGCATAAAAGGGGAGTTCACGAGTAAAACCCTACATTTTTGTGGTTCCCATTATATTCTTTGTTAATTTGATTAAGCAGTGCCATGATTTAATTTTAGATTTATCAACAATGAACCATTATTTCTACTAGTGCCGT
GCCATGACTTGAGTTTAGCATTGCATTATCGACCACCCTCCCTCTTTATACATATAGATAAAGCTCGGGTACATTTAACGTTGTTTGGCATCCAAGCATTATTAATTAGAGCAAGCAGTGTCATGATTTAATTGTACAACTTATATAGTGAAGAGGATTTAATAAAACCATGACCGAATCCATAGGTGACGGCATGGTCG
GGAAAAATCCCTGCATGGTTCTCCGGGGAAAAGAGGATTGTTGGCATCCAAGCATTATTAATTAGAGCAAGCAATGTCATGATTTAATTGTACCATTATTGGCTGCCCTCTTCTTGACCGAATCCATAGCTGAGGCATGGTCGGGGAAAAGGTCTAAATGATTTCCATCTGCCAAATTATGAGCGAAGGTAAGGTCACAC
AGATCTTTTACACACTTTCACATGACTTTGAATAACTATAAAAAAACAAACTCAGATATTTCAATAATTTGACTAAATTGATCGACAAATCTAGTCCCATGCCCAGCCTAAATAACTATATATATTATACCATGATAAAAAAAAACTTTCTTTCCATCACGATCCAATAAGCCACTGCACAATCTTATGTTTAATAACCA
ATTATATGTACGATGCTGGAGCGTCCACACTTTCCATCACGATCCAATAAGCCGCTGCACAATCTTATGTTTGATAACCAATTATATGTACGATGCTGGAGCGTCCACACTCGGTTAATCGTAGCAGCGAGTAAGATTGCTCCTCGCCTTACTCCTACGCTCTCATTCCCGAAGGTCGATATGAATGGGAGTTTGCTTTC
GGAACAACTCCTTGTGATCCATAATGATTCCTCCCCACGCTCTCATTCGCGAAGGTCGATATGAATGGGAGTTTGCTTTCGGAACAACTCGTCGTGCTCCATAATGATTCCTCCCCACGCTTTTGGAACTTTTGGAATGATCCCTGTTGCTACTAGACTCCTAGTAAAATAAAGTCGAAATTGCTTTTGGCCAGAAGCTT
AAGAAAACTTAGTAGATAGTATAATTATTTGTGTAGATTCCAGAACTTACAATTATTTGTATTATGGCTTATTTTCTAAAATATTATATGGCAATTGAAGTTTGAACTGTTTCATATTACATCTCTTTGTTCATGATGCCCTTTTTTATTTCATGGTTAACGTTATCTCTCATAATTTGAGAATGTAAAGTTTGTTGAAA
CTTGGATAATTTGATAACAATGCTACAAGTTCAAGTTCTCGTGCTAGATCTTTAATGTTATTTGTGTACTAAATGGTACTTGATTATCTAATAATTATCATTAATCTATTACATAGATCCATGTTTTCCTATTTCTACAACTATTCACCATTATGCATGTTTTTTTTAGTATATATGCATCATAATATATACAAATATAA
ATATATATGAGTCATTTGGAAATTAATGCTTCATGCTCTCACTTTTCTCTCCCACATTGTTCTCATCAATGTTATTAGAACTAAACTTTTGATCGAATCGGCAGAGCCCAAAATCTGAACTAGACCAAAAACCAGAGTGGAACCGGGAAAAAAACGGCAGAC