NA ----> NA
Intron 1 GTAATTTCAT ... TGGCCGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75 | 39.5 | 120 | 117 |
| A2 | 75.24 | 26 | 76 | 82 |
| A3 | 67.48 | 40 | 106 | 60 |
| A4 | 73.8 | 32.5 | 101 | 82 |
| A5 | 75 | 18.5 | 56 | 55 |
| A6 | 60 | 75 | 134 | 91 |
| A7 | 76.75 | 58 | 222 | 161 |
| A8 | 71.07 | 77.5 | 198 | 182 |
| A9 | 67.52 | 70.5 | 150 | 143 |
| A10 | 66.25 | 66.5 | 152 | 109 |
>TRINITY_DN120453_c2_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoformCTTGAGGATCAGTTGTATTTCAAATCCTGAGGATCAGTTGTATGAAACGGCATTTTTTATCAAAACGCAAATCCTGAGGTTACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACCTGATACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACGGGAGTAGCCGTTGTACGATAACGTCCAGCGTGGTTGAGGTTACTTGGAAAGTCTTGTTA
TTGGCTTTCAGAACTGCTTGGAAACCGCTGTTATTGTTGTTGGGTTTAAGATCTTTGATTAATCAATATCCGTCAATTGATTCAAGTCACTGCTCTCGATTCGGCAGCTTCTTCATGATGGACGGCAGATGAAAATTATAACTACTAGGCAAGCCAATCATCGCTGGCTTCCCTTCCTTGGCTATGATGGGACAGAAGAG
GAGCTTCATGTAAATTACATCCTAAATTGCTGCATAACTTGCTTTCATGTTGGATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAAT
TTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGCCAGGATGACTTGAC
>TRINITY_DN120453_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTGAGGATCAGTTGTATTTCAAATCCTGAGGATCAGTTGTATGAAACGGCATTTTTTATCAAAACGCAAATCCTGAGGTTACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACCTGATACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACGGGAGTAGCCGTTGTACGATAACGTCCAGCGTGGTTGAGGTTACTTGGAAAGTCTTGTTA
TTGGCTTTCAGAACTGCTTGGAAACCGCTGTTATTGTTGTTGGGTTTAAGATCTTTGATTAATCAATATCCGTCAATTGATTCAAGTCACTGCTCTCGATTCGGCAGCTTCTTCATGATGGACGGCAGATGAAAATTATAACTACTAGGCAAGCCAATCATCGCTGGCTTCCCTTCCTTGGCTATGATGGGACAGAAGAG
GAGCTTCATGTAAATTACATCCTAAATTGCTGCATAACTTGCTTTCATGGTGAGAGACGAAAAGATTTCATAAATTGCTTCATAACCGAATTCATGGTTATCTTACCATGAATCGACTTTTTTCATATAATTGCGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGACGTTAATGATTTCGGCTCTAATTAATTTTGTGTTACAGTTGG
ATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGAGgtaatttcatttcattgggttttaagcaaaaccatttatctgtcagcaaaagcctcaattagtgccagataaatag
cgcctaaagttaattcataatgattccaacttcttgtcttcagtttatgtgttgattgctgtgaatttgatataaagctttttaatgtgaaaatatttgtttggtgtttatggccgaaagGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCA
Intron 2 GTAATTTCAT ... ATGGCGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.93 | 77 | 115 | 158 |
| A2 | 64.51 | 52 | 75 | 114 |
| A3 | 57.8 | 69 | 98 | 91 |
| A4 | 64.15 | 57 | 98 | 106 |
| A5 | 60 | 42 | 56 | 70 |
| A6 | 49.53 | 135 | 135 | 130 |
| A7 | 58.84 | 170 | 211 | 275 |
| A8 | 58.16 | 173 | 221 | 260 |
| A9 | 55.52 | 143 | 158 | 199 |
| A10 | 55.89 | 131 | 155 | 177 |
>TRINITY_DN46529_c2_g1_i13 from sample A8 / Example spliced isoformGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGTTGGATGGCGCTATAATTTACTGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTATTGATGGTGGATTTTGGTTCATATAGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATGGCGGAGTT
AAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATTTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTTCCGTTATTGTTATTCTTTTCTGATTATTGGAACCTGTTATTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAAACCTCAGGAATCAACT
AAGGATTATTCATTTCCAACACTGTTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCCCCAGTCCCCGTATTTGACTTATAATGATTTCCCAGGTAACTTTTCGTTTCTGACCTTGAAATCTTTCCATATCCTCTTGAGCTAAGATGTCTTGAAACTCCAAAAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGAACATGT
AGTGAAAAATAAACAATGCTAGAGTAAGTCTTATGATCATTTAAAAAAAAGCATAAATTCATTGATTGGGTACTGATTTTCTGTTATTTGCCAACGATTCTTGTGCTTTATAATTTCTCCTTTTCCAACTAAATTTTCAGTTACAATCAATGTTTTTCATCAAAGTGTAACTCAAATATATTGCTGGTTCACGATATCCA
TGTCGCTCATGAAATCCACATTTTTGGCATTAGCATTTAGATATTCGTTTTATTTTAATAAAATTAGCTATTCTCCTGTCTCATTTAATTGTTTATATCCTTTGCCATCCGGACGTTGTGGTTTTCGATTCCTTTCTAATGTCATTTCTGCCCTAAGTCACTTAAAGAGTGTTTCAATTCCAGTTATAATGGTTTCCTCT
TCAGTTCCACTTATATGTTTTCCTGTACAAATGGCAATCAAATAAAAAATTGAGGGAGCTTTATTATTTAAGACTACCATAACTTTTTTCTTATTAAAATAAATATTTTGACAGATAATCACGTGAATAGGATGAAGTTGTTGGTTAATGAGTATAGATTTATTTAAATTAAAATTTATTAAATATTTAGAGGGACAAAA
ATTTAAGTATATTTTTTAATTTATTTTAATTAATTAGATATTAAAATTTTTATGGTGATTTATTTATTTCTTTTATATAAATTTATTCCAAATATTTTGTGATTGTGAATTGTTTTAGTAATTTAATTTTAATGTTTAGATTTTGATTTTGGAAAAAAGTAGGAAACAATTTTTGAGTACCAAGATTTTTAAAATGTGCC
ACGGGGAGATTAGTTGTATTGTGGTTTTGAAAAGTTTCAACATTTTTAATAAACACTACAATCATCTTACAATATTTTTTTTAATTTCTTATTGGTTGATGGAC
>TRINITY_DN46529_c2_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATTGTATGAGTTGAATCGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGTAAGAGATCTATTTCCTCATTTTCTTTGTTTTCAAACCCGGTAATTAATAAATTGGCTAGATGCTTTGTTACATATCTTTCCATCTGTGAGTTATTGGTTACAATTTCAATCCATTGAGATTTAGGATTTGTGGTTT
CTTTGTTATTTGTAGTTTCTTTGTTATTTGTAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAGGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCTTTTTTTAACAGCTTGTCTCTGTTTTTCTCCTGTAATTTCTTTTTTTTTTACCTAAAGTATATGGAATTTACATTGAGTTTGTATGTTTGATTCCTATGT
GTTTTTTTCAAAGTCTCCTTTCTTTTTCCTCTTAATTTTGTGTTACAACCACTGCTTTTTCCCTCTAATTGTGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTAATGATTTCGGCTCTAATTGATTTTGTGTTACAGTTGGATGGCGCTATAATTTACTGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTAT
CATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTATTGATGGTGGATTTTGGTTCATATAGAGgtaatttcatttcattgggttttcagcaaaaccatttatctgtcaacaaaagcctcaattagtgccattcttacgataaatagcgcctaaagttaattcataatgattccaacttcttggtttccgtttatctgttga
tttctgtgaatttggtataaagctttttaatgtgaaaatttttgtttggtgtttatggcgaaagGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATGGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATTTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTTCCGTTATTGTTATTCTTTTCTGATTA
TTGGAACCTGTTATTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAAACCTCAGGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCCAACACTGTTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCCCCAGTCCCCGTATTTGACTTATAATGAT
TTCCCAGGTAACTTTTCGTTTCTGACCTTGAAATCTTTCCATATCCTCTTGAGCTAAGATGTCTTGAAACTCCAAAAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGAACATGTAGTGAAAAATAAACAATGCTAGAGTAAGTCTTATGATCATTTAAAAAAAAGCATAAATTCATTGATTGGGTACTGATTTTCTGTTAT
TTGCCAACGATTCTTGTGCTTTATAATTTCTCCTTTTCCAACTAAATTTTCAGTTACAATCAATGTTTTTCATCAAAGTGTAACTCAAATATATTGCTGGTTCACGATATCCATGTCGCTCATGAAATCCACATTTTTGGCATTAGCATTTAGATATTCGTTTTATTTTAATAAAATTAGCTATTCTCCTGTCTCATTTA
ATTGTTTATATCCTTTGCCATCCGGACGTTGTGGTTTTCGATTCCTTTCTAATGTCATTTCTGCCCTAAGTCACTTAAAGAGTGTTTCAATTCCAGTTATAATGGTTTCCTCTTCAGTTCCACTTATATGTTTTCCTGTACAAATGGCAATCAAATAAAAAATTGAGGGAGCTTTATTATTTAAGACTACCATAACTTTT
TTCTTATTAAAATAAATATTTTGACAGATAATCACGTGAATAGGATGAAGTTGTTGGTTAATGAGTATAGATTTATTTAAATTAAAATTTATTAAATATTTAGAGGGACAAAAATTTAAGTATATTTTTTAATTTATTTTAATTAATTAGATATTAAAATTTTTATGGTGATTTATTTATTTCTTTTATATAAATTTATT
CCAAATATTTTGTGATTGTGAATTGTTTTAGTAATTTAATTTTAATGTTTAGATTTTGATTTTGGAAAAAAGTAGGAAACAATTTTTGAGTACCAAGATTTTTAAAATGTGCCACGGGGAGATTAGTTGTATTGTGGTTTTGAAAAGTTTCAACATTTTTAATAAACACTACAATCATCTTACAATATTTTTTTTAATTT
CTTATTGGTTGATGGAC
Intron 3 GTGAGTTTCT ... TTATTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.89 | 280 | 84 | 38 |
| A2 | 17.44 | 303 | 72 | 56 |
| A3 | 15.76 | 318 | 70 | 49 |
| A4 | 12.25 | 308 | 58 | 28 |
| A5 | 14.43 | 175 | 34 | 25 |
| A6 | 1.19 | 2459 | 42 | 17 |
| A7 | 1.62 | 2970 | 69 | 29 |
| A8 | 0.99 | 2807 | 38 | 18 |
| A9 | 1.19 | 2653 | 43 | 21 |
| A10 | 1.5 | 2996 | 63 | 28 |
>TRINITY_DN109487_c1_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformTGTGAGTCTGTGCTGTATGTTATATTATGTCTATGCTGTATGTTATGTTCATTGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTAATGTATTCTTACCTTCGATATTTCGGCATGGCATATCGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAGGGGAATTGAGCGGTC
TTTGCACAGATAAGCATTTTCGTGCCATTCATACGATCAACAAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTT
GGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAAAATCTGTCAAAAGAGTCAGTAACTTTGGAACCTGATATTAGCATCAATGGACATTTCTTAGTGTTGATCATTCATTTCAACACTATTTTTTGGCCTCTCAACGTCGCGGGTTCAATTTCGCCAGTGCTCCGATTTGACTT
ATAAAATTTCCCATGAAATTCCAATAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGGACATGCAGTGAAAAGAAATTATGCCTAGAGTAAGTCTTATGATAATTTAAATAAAGCATAAATTCTTGAAAGTCTTATGATAATTTAAATAAAGCATAAATTCTTGATAGGTACCGACTTTCCGTTTTTTTATTGCTCTCGATT
TGATATGAATATTGTAATGGCTTGTAATCCCGGGTTAGATTCATGTAGAATGGAGTCGCTGGATAAATCTTGAAAGAGTTATAATCTTTGCAGCCTCAACTCCGGTTCGACTCCTGTGCTTTACCTTTATTTTTCTGATGTCGTTCATCAAAGTGTCACTCATATGTTGCCCATGTCCATGATGAAACCCCACATTCTTT
CCATTGCCTTTGTTGTTGTTCTCGATCATGACCATTTCTTATATGAAAGTTAAGATTTCTATATTAGTTTTAGACATTTAGCATTTATACATTTGTTTTATTTTATCTTACTTTTGGACATTACATTGAAACTTCGGGTTGAATTTCAGTCCAGAATGACTACGACTT
>TRINITY_DN109487_c1_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTCATTGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTAATGTATTCTTACCTTCGATATTTCGGCATGGCATATATTGTATGAGTTGAATCGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGgtgagtttctttgttatttgtagGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGG
GAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTC
Intron 4 GTTAAACCCT ... TGTTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.05 | 28 | 114 | 74 |
| A2 | 90 | 8 | 91 | 53 |
| A3 | 71.03 | 31 | 88 | 64 |
| A4 | 81.61 | 16 | 76 | 66 |
| A5 | 86.52 | 6 | 55 | 22 |
| A6 | 79.52 | 34 | 155 | 109 |
| A7 | 85.57 | 42 | 311 | 187 |
| A8 | 88.36 | 33 | 273 | 228 |
| A9 | 90.67 | 21 | 238 | 170 |
| A10 | 91.3 | 16 | 201 | 135 |
>TRINITY_DN43659_c2_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTCTGGTGTTGATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGACCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATT
CAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTT
>TRINITY_DN43659_c2_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTTTTTAATGTGAAAATATTTGTCTGGTGTTGATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAgttaaaccctaattcttcttgcgaccatttatgttttaaatctgtcaaaagagtggttaactttccattattgttgttcttttctgattattggaacctgttattagcatt
aatggccctttctttaatattatccgtcctgaaatcctgtgggttcaactacgttataacatcgtcgttgataaaaacctcaagaatcaactaaggattattcatttccaacactgttttttagCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCCCCAGTCCCCGTATTTGACTTATAATGATTTCCCAGGTAACTTTTCGTTT
CTGACCTTGAAATCTTTCCATATCCTCTTGAGCTAAGGTGTCTTGAAACTCCAAAAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGAACATGTGAAAAATAAACAATGTTCGTGGGAGTTCGGTTCCCTTATGGTTCTGTCGTGTTTATTAAATCACATCCAGCTAGCTGTTTGTTGCTCTCGATTTGATATGGATCTTAT
AATGGGTTGTAATGCTGCGGTAGATTCATGTAGAATGAAATCGTTGGATAAACTTTTAAAGAGTGTAATTTAATTGATGATAAATGGTGGTTCACGACTTTGCAGCCTCAGCACCTGAGATTCGATTACTTTGCAGCCTCAGCACCTGAGATTCGATTCGCGTGCTTTACATTTTCTCTCTTTCCAACTAAATTTTCAGT
TACAATCAATGTTTTTCATCAAAGTGTAACTCAAATATATTGCTGGTTCACGATATCCATGTCGCTCATGAAATCCACATTTTTGGCATTAGCATTTAGATATTCTTTTTATTATAATAAAATTAGTTATTCTCCCG
Intron 5 GTAAGAGATC ... TTATTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.1 | 80 | 109 | 65 |
| A2 | 38.53 | 71 | 49 | 40 |
| A3 | 29.89 | 61 | 37 | 15 |
| A4 | 43.43 | 56 | 53 | 33 |
| A5 | 45.76 | 32 | 32 | 22 |
| A6 | 43.36 | 32 | 33 | 16 |
| A7 | 46.05 | 58 | 66 | 33 |
| A8 | 46.22 | 32 | 30 | 25 |
| A9 | 43.24 | 42 | 47 | 17 |
| A10 | 50 | 59 | 70 | 48 |
>TRINITY_DN109487_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTCATTGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTAATGTATTCTTACCTTCGATATTTCGGCATGGCATATATTGTATGAGTTGAATCGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGTTTCTTTGTTATTTGTAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGG
GAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTC
>TRINITY_DN109487_c1_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTCATTGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTAATGTATTCTTACCTTCGATATTTCGGCATGGCATATATTGTATGAGTTGAATCGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGgtaagagatccatttgctcctttctctgttacaaatctttccatctgtgag
ttattggttacaatttcaatccattgagatttaggatttgtggtttctttgttatttgtagTTTCTTTGTTATTTGTAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCTTTTTTTAACAGCTTGTCTCTGTTTTTCTCCTGTAATTTCTTTTTTTTTACCTA
AAGTATATGGAATTTACATTGAGTTTGTATGTTTGATTCCTATGTGTTTTTTTCAAAGTCTCCTTTCTTTTTCCTCTTAATTTTGTGTTACAACCACTGCTTTTTCCCTCTAATTGTGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTTTATGATTTCGTCTCTAATTAATTTTTTGTTGCAGTTGGAGGGTTTGCAATGCCT
CCTTATCATCTTTCCTGCTGGAATGCTTGTCCATTAATCATTGATTGTGAATTTTGGTTCATCCAGAGGTAATTTTATTTCATTGGCTTGAATTCGTGAACTCGTTTTTCAACAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAACT
TCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAAAATCTGTCAAAAGAGTCAGTAACTTTGGAACCTGATATTAGCATCAATGGACATTTCTTAGTGTTGATC
ATTCATTTCAACACTATTTTTTGGCCTCTCAACGTCGCGGGTTCAATTTCGCCAGTGCTCCGATTTGACTTATAAAATTTCCCATGAAATTCCAATAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGGACATGCAGTGAAAAGAAATTATGCCTAGAGTAAGTCTTATGATAATTTAAATAAAGCATAAATTCTTGAAAGT
CTTATGATAATTTAAATAAAGCATAAATTCTTGATAGGTACCGACTTTCCGTTTTTTTATTGCTCTCGATTTGATATGAATATTGTAATGGCTTGTAATCCCGGGTTAGATTCATGTAGAATGGAGTCGCTGGATAAATCTTGAAAGAGTTATAATCTTTGCAGCCTCAACTCCGGTTCGACTCCTGTGCTTTACCTTTA
TTTTTCTGATGTCGTTCATCAAAGTGTCACTCATATGTTGCCCATGTCCATGATGAAACCCCACATTCTTTCCATTGCCTTTGTTGTTGTTCTCGATCATGACCATTTCTTATATGAAAGTTAAGATTTCTATATTAGTTTTAGACATTTAGCATTTATACATTTGTTTTATTTTATCTTACTTTTGGACATTACATTGA
AACTTCGGGTTGAATTTCAGTCCAGAATGACTACGACTT
Intron 6 GTGAGAGACG ... TGTGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.22 | 111.7 | 126 | 82 |
| A2 | 44.69 | 86 | 90 | 49 |
| A3 | 42.95 | 89 | 84 | 50 |
| A4 | 43.06 | 121.7 | 109 | 75 |
| A5 | 40.27 | 66 | 48 | 41 |
| A6 | 38.5 | 139 | 93 | 81 |
| A7 | 44.17 | 189 | 157 | 142 |
| A8 | 46.32 | 153 | 123 | 141 |
| A9 | 38.85 | 167.7 | 121 | 92 |
| A10 | 36.7 | 173.3 | 98 | 103 |
>TRINITY_DN120453_c2_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCTTGAGGATCAGTTGTATTTCAAATCCTGAGGATCAGTTGTATGAAACGGCATTTTTTATCAAAACGCAAATCCTGAGGTTACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACCTGATACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACGGGAGTAGCCGTTGTACGATAACGTCCAGCGTGGTTGAGGTTACTTGGAAAGTCTTGTTA
TTGGCTTTCAGAACTGCTTGGAAACCGCTGTTATTGTTGTTGGGTTTAAGATCTTTGATTAATCAATATCCGTCAATTGATTCAAGTCACTGCTCTCGATTCGGCAGCTTCTTCATGATGGACGGCAGATGAAAATTATAACTACTAGGCAAGCCAATCATCGCTGGCTTCCCTTCCTTGGCTATGATGGGACAGAAGAG
GAGCTTCATGTAAATTACATCCTAAATTGCTGCATAACTTGCTTTCATGTTGGATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCA
ATGGAATGGCATCTCGGACCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTCCTCCGATTTGACTTATAAAGATTTCCCATGTAGGCCAGCAACTTTTCGTCTCTGATCTTGAAATCTTTCCATCTCTGACCATGAATTGCTTCATAACCATCAATTGCTAGAGCTGGTTATCTTTCTCACAGATATAGAACCTTAATATT
TCTGACAGAGGAGAATATGATCAATTAGCAGGTTTGTGTGTTCGTGGTATAACCTCCGCGCCACCGGAGTATACTGGTTATCTTTATCTCCGAAGGTGACATTGCTGTGAGTATACTCGTGTTTTTGTGGGTTGTGTGTATACTTTGTTTTTCTGTGTATATACTCTGTCTTGGTAGGTCTGGTAGATCCGCTCTTTGTT
TGCAGGCCAGGATGACTTGACGATAGTGGAGATGAATCCCTCCTGAGGGATTCACAGGAATCCCTACGGTGAAATG
>TRINITY_DN120453_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTGAGGATCAGTTGTATTTCAAATCCTGAGGATCAGTTGTATGAAACGGCATTTTTTATCAAAACGCAAATCCTGAGGTTACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACCTGATACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACGGGAGTAGCCGTTGTACGATAACGTCCAGCGTGGTTGAGGTTACTTGGAAAGTCTTGTTA
TTGGCTTTCAGAACTGCTTGGAAACCGCTGTTATTGTTGTTGGGTTTAAGATCTTTGATTAATCAATATCCGTCAATTGATTCAAGTCACTGCTCTCGATTCGGCAGCTTCTTCATGATGGACGGCAGATGAAAATTATAACTACTAGGCAAGCCAATCATCGCTGGCTTCCCTTCCTTGGCTATGATGGGACAGAAGAG
GAGCTTCATGTAAATTACATCCTAAATTGCTGCATAACTTGCTTTCATGgtgagagacgaaaagatttcataaattgcttcataaccgaattcatggttatcttaccatgaatcgacttttttcatataattgcgatttaaggatcctctttttctgacgttaatgatttcggctctaattaattttgtgttacagTTGG
ATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGAGGTAATTTCATTTCATTGGGTTTTAAGCAAAACCATTTATCTGTCAGCAAAAGCCTCAATTAGTGCCAGATAAATAG
CGCCTAAAGTTAATTCATAATGATTCCAACTTCTTGTCTTCAGTTTATGTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCA
Intron 7 GTAAGAGATC ... TTATTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.79 | 22 | 47 | 50 |
| A2 | 84.62 | 6 | 26 | 40 |
| A3 | 53.49 | 10 | 7 | 16 |
| A4 | 74.03 | 10 | 23 | 34 |
| A5 | 95.35 | 1 | 18 | 23 |
| A6 | 47.17 | 14 | 8 | 17 |
| A7 | 36.69 | 44 | 19 | 32 |
| A8 | 32.26 | 42 | 14 | 26 |
| A9 | 46.99 | 22 | 15 | 24 |
| A10 | 62.89 | 18 | 18 | 43 |
>TRINITY_DN122972_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCTTTTTTTAACAGCTTGTCTCTGTTTTTCTCCTGTAATTTCTTTTTTTTTTACCTAAAGTATATGGAATTTACATTGAGTTTGTATGTTTGAT
TCCTATGTGTTTTTTTCAAAGTCTCCTTTCTTTTTCCTCTTAATTTTGTGTTACAACCACTGCTTTTTCCCTCTAATTGTGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTTTATGATTTCGTCTCTAATTAATTTTTTGTTGCAGTTGGAGGGTTTGCAATGCCTCCTTATCATCTTTCCTGCTGGAATGCTTGTCCATTAA
TCATTGATTGTGAATTTTGGTTCATCCAGAGGTAATTTTATTTCATTGGCTTGAATTCGTGAACTCGTTTTTCAACAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTT
GATATCAAGCTTTTTGATGTGAAAATATGTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAAAACCCTAATTCTTGTTGCTGCCCTTTATTATGTTTTAAATCTGTCAAAAGAGTCAGTAACTTTCCGTTATTGTTGTTCTTTCCTGATTATTGGAACCTGATATCAG
CATCAATGGCCATTTCTTTAATATTATCCGGCCTGAAATCCCATGGGTTCGTCTCCGATATAACATCGTCGTTGAAAAGACCTCAGGAATCAACTAAGGATCATTCATTTCAACACTATTTTTTGGCCTCTCAATGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTGCTCCGATTTGACTTATAA
>TRINITY_DN122972_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:TGAGAACATTGTTCCAGTTTTGGATTTTTTAAGTGTTTAAACATTTGTAGGAAGGAGCATCATTGATTTTAACATCGTGGATGTTGCTGGAAATAGCTTATATATGAGAACATTGTTCCAGTTTTGGATTTTTTAATCTCCTCCCTGCGATTTCTGCTTCTGCGTCTCCTCTCAGGTGGTGTTTGGTGTGCTTTTTAATG
CTTTGGAGCGCTCATTGTTGTGTGATGTATGTTATGTCTGTGCTGTATGTTATGTTTGCCTGTGTGTTGTGTTGTTTAGTTTCTTTTTTGTTTGTGTATTTGTGAATCAATGTTAATGTATTCTTACCGTGATGTATGTTATGTTTGTCTGTTGTGATAACTGAGAGGAAGGGAGGCAAATTTATATTTGGACATGGCAT
ATATTGTATGATACGAATAGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACTTCTCATATAAGGTGAGgtaagagatccatttgctcctttctctgttacaaatctttccatctgtgagttattggttacaatttcaatccattgagatttaggatttgtggtttctttgttatttgtagtttctttgttatttgtagGCAATG
AAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCTTTTTTTAACAGCTTGTCTCTGTTTTTCTCCTGTAATTTCTTTTTTTTTTACCTAAAGTATATGGAATTTACATTGAGTTTGTATGTTTGATTCCTATGTGTTTTTTTCAAAGTCTCCTTTCTTTTTCCTCTTAATTTT
GTGTTACAACCACTGCTTTTTCCCTCTAATTGTGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTTTATGATTTCGTCTCTAATTAATTTTTTGTTGCAGTTGGAGGGTTTGCAATGCCTCCTTATCATCTTTCCTGCTGGAATGCTTGTCCATTAATCATTGATTGTGAATTTTGGTTCATCCAGAGGTAATTTTATTTCATT
GGCTTGAATTCGTGAACTCGTTTTTCAACAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAAGCTTTTTGATGTGAAAATATGTGTTTGGTGTTTATGGCC
GAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAAAACCCTAATTCTTGTTGCTGCCCTTTATTATGTTTTAAATCTGTCAAAAGAGTCAGTAACTTTCCGTTATTGTTGTTCTTTCCTGATTATTGGAACCTGATATTAGCATCAATGGCCATTTCTTTAATATTATCCGGCCTGAAATCCCATGGG
TTCGTCTCCGATATAACATCGTCGTTGAAAAGACCTCAGGAATCAACTAAGGATCATTCATTTCAACACTATTTTTTGGCCTCTCAATGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTGCTCCGATTTGACTTATAATGATTTCCCATGTAGGCCAGAAACTTTTAGTCTTGAAATCTTTCTATATCTTTTGAGCTAAGATATCATG
AAATTCCAATAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGAACATGTAGTGAAAAGAAATTATGCCTAGAGTAAGTCTTATGATAATTTAAATAAAGCATAAATTCTTGAAAGTCTTATGATAATTTAAATAAAGCATAAATTCTTGATCAGGTACTGACTTTCCGTGTTTTTGTTGCTCTCGATTTGATATGAATATTG
TAATGGCTTGTAATCCCGGGTTAGATTCATGTAGAATGGAGTCGCTGGATAAATCTTGAAAGAGTTATAATCTTTGCAGCCTCAACGCCTCCGGTTCGACTCCTGTGCTTTACCTTTCCTTTTCTGATGTCGTTCATCAAAGTGTGATTAATATTTATATATTTTATGATAAATTTAATATTAATATTTGTCGTAACGGT
TTAAAAATTACCACAAGGATCTAAACAAATCCAAATATAATCCTTAATGGATGTAAAATCTTTATGTACATATGCCGTTTAATTTGCGCGCTATTGAGTTGTTGGCAGCTATAACGCTCAATTCTGATAGGGCTATGTTATTAAAATAAAATCTCAAATTTCAAATGGTAAGCATTAATCCAATGAGACTATCAATCAAT
TTCTTAATTTTTTTAAATTTTTTTTATGTTTTTTAATATATAGAGAGAGAGTAATACTATATTTTTTTATTCAAATAACCCTGTTCTGGATGGCAACGAGTTCGAACCTCAAAGTTTTTAGTGGAAGAGTTCTACTTTCGGATTTTTTAAGTGTTCGTGTTTAAACATTTGTAGGAAGGAGCATCATTGATTTTAACATC
GTGGATGTTGCTGGAAATAGCTTATATATGAGAACATTGTTCCAGTTTTGGTTTATAATGATTTTTCATATAAACCCA
Intron 8 GTATGTTATG ... CATATCGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 76.43 | 68 | 145 | 296 |
| A2 | 81.98 | 59 | 158 | 379 |
| A3 | 79.85 | 69 | 201 | 346 |
| A4 | 71.12 | 94 | 135 | 328 |
| A5 | 76.16 | 49 | 85 | 228 |
| A6 | 74.01 | 703 | 1279 | 2725 |
| A7 | 78.85 | 681 | 1653 | 3424 |
| A8 | 75.51 | 726 | 1418 | 3060 |
| A9 | 71.76 | 840 | 1466 | 2803.5 |
| A10 | 79.02 | 712 | 1896 | 3469 |
>TRINITY_DN122972_c0_g1_i24 from sample A2 / Example spliced isoformAATGACGTATAACCTTCCATCATACAAACTTGATCCATCCAACGGCTATAAAAGAGGATTTTTTTAACCGTTGGGCCATGGCAGCCTGACAATGACGTATAAAATAAAAAAGGAATCCATATTCAAGCATTCTCCTACTTATTCCTTCTTGATTTTTATATCCTTCGTGCGATTTCTGCTTCTGCTTCTCATCTCAGGCG
GTGTTTGGTGTGCTTTTTAATGCTTTGGAGGGTTCATTGTTGTGCGTGATCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAGGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCGTGCCATTCATACGATCAACAAAAACCCTTTATCTCTCAACA
AAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAAGCTTTTTAATGTGAAAATATGTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAAAAT
CTGTCAAAAGAGTCAGTAACTTTGGAACCTGATATTAGCATCAATGGACATTTCTTAGTGTTGATCATTCATTTCAACACTATTTTTTGGCCTCTCAATGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTGCTCCGATTTGACTTATAAAATTTCCCATGAAATTCCAATAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGGACATGCA
GTGAAAAGAAATTATGCCTAGAGTAAGTCTTATGATAATTTAAATAAATCATAAATTCTTAATCATACTTAACTTTCCCTTCTTTTTCCTTAGAGCCTCTGAAAATCATGGGAATTCGATTCCCTTATAGGTTCTGTCGGGTCAATTAAATCACATCAGGTTGGCTGTTTGATTCTCTGGATTTGATATTAATCTTATAA
TGGCCTGTAATCCCGGGTCAGATTCATGTAGAGCATAAATTCTTGATGTCGCTGGATAAATCTTGAAAGAGTTATAATATTTGCAGCCTCAACGCCTCCGGTTCGACTCCTGTGCTTTACCTTTACCTTTCCTGTTTTTTCAACTTAATTTCTGATGTCTTTCATCAAAGTGTCACTCATATTTTGTTATATGAAAGTTA
AGATTTCTAATCATTTTTAGGCATTTCAATATTAGTTTTATTTTATTTTACTTTTGGACATTACAATGAAAATTCGGGTTGAAATTCAGTTCATAATGATGTGGATTTTTATAAATGTTTTCAATTTGATATTCAATTTGTTTTTATTAAAATTTTAATCTCATATAAA
>TRINITY_DN122972_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTCTCAGGCAGTGTTTGGTGTGCTTTTTAATGCTTTGGAGGGTTCATTGTTGTGCGTGATgtatgttatgtttgtctgtgttgtgagtctgtgctgtatgttctattatgtctatgctgtatgtgatgttcattgttgtgttttgtgagtcaatgttaatgtattcttaccttcgatatttcggcatggcatatcgaagC
TGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAGGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCGTGCCATTCATACGATCAACAAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTC
ATAATGATTCCAACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAAGCTTTTTAATGTGAAAATATGTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAAAATCTGTCAAAAGAGTCAGTAACTTTGGAACCTGATATTAGCATCAATGGACAT
TTCTTAGTGTTGATCATTCATTTCAACACTATTTTTTGGCCTCTCAATGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTGCTCCGATTTGACTTATAAAATTTCCCATGAAATTCCAATAGACATCTACGGAATTAAGCCATGGGATTGGACATGCAGTGAAAAGAAATTATGCCTAGAGTAAGTCTTATGATAATTTAAATAAATCA
TAAATTCTTAATCATACTTAACTTTCCCTTCTTTTTCCTTAGAGCCTCTGAAAATCATGGGAATTCGATTCCCTTATAGGTTCTGTCGGGTCAATTAAATCACATCAGGTTGGCTGTTTGATTCTCTGGATTTGATATTAATCTTATAATGGCCTGTAATCCCGGGTCAGATTCATGTAGAGCATAAATTCTTGATGTCG
CTGGATAAATCTTGAAAGAGTTATAATATTTGCAGCCTCAACGCCTCCGGTTCGACTCCTGTGCTTTACCTTTACCTTTCCTGTTTTTTCAACTTAATTTCTGATGTCTTTCATCAAAGTGTCACTCATATTTTGTTATATGAAAGTTAAGATTTCTAATCATTTTTAGGCATTTCAATATTAGTTTTATTTTATTTTAC
TTTTGGACATTACAATGAAAATTCGGGTTGAAATTCAGTTCATAATGATGTGGATTTTTATAAATGTTTTCAATTTGATATTCAATTTGTTTTTATTAAAATTTTAATCTCATATAAAATCCTTAATGGATGTGAAAGAAACCTCGAAATAGTATATGCCGTTCAATTTGTAAACTTAAGGAACAAACCCAAAAAATAAT
TCTTAATGGATTTAAAGTTTTTATGTATATCAAATATACAGTTCAATTCCGAGAGGGCTACGTTGTTAAATAAAATCTCTAAGGAACAAACCCAAAAATAATTCTTAATGGAAGTAAAATCTTTATGTATATAAAATATTATACCGTTCAATTCCGAGAGGGGCTACATTGTTAAATAAAATCTCAAATTTCAAGTGGTA
AGCATTAAGCCAACGAGACTGTCATTCAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTTCATTTAATTTTATATATATATATATATATATTTTT
Intron 9 GTAATTTCAT ... GAAAGGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75.64 | 38 | 120 | 116 |
| A2 | 75.24 | 26 | 76 | 82 |
| A3 | 67.35 | 40 | 106 | 59 |
| A4 | 75.53 | 29 | 101 | 78 |
| A5 | 71.24 | 22 | 56 | 53 |
| A6 | 58.81 | 76 | 134 | 83 |
| A7 | 75.1 | 62 | 222 | 152 |
| A8 | 71.48 | 73 | 198 | 168 |
| A9 | 66.9 | 70 | 150 | 133 |
| A10 | 69.07 | 58 | 152 | 107 |
>TRINITY_DN120453_c2_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCTTGAGGATCAGTTGTATTTCAAATCCTGAGGATCAGTTGTATGAAACGGCATTTTTTATCAAAACGCAAATCCTGAGGTTACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACCTGATACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACGGGAGTAGCCGTTGTACGATAACGTCCAGCGTGGTTGAGGTTACTTGGAAAGTCTTGTTA
TTGGCTTTCAGAACTGCTTGGAAACCGCTGTTATTGTTGTTGGGTTTAAGATCTTTGATTAATCAATATCCGTCAATTGATTCAAGTCACTGCTCTCGATTCGGCAGCTTCTTCATGATGGACGGCAGATGAAAATTATAACTACTAGGCAAGCCAATCATCGCTGGCTTCCCTTCCTTGGCTATGATGGGACAGAAGAG
GAGCTTCATGTAAATTACATCCTAAATTGCTGCATAACTTGCTTTCATGTTGGATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCA
ATGGAATGGCATCTCGGACCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTCCTCCGATTTGACTTATAAAGATTTCCCATGTAGGCCAGCAACTTTTCGTCTCTGATCTTGAAATCTTTCCATCTCTGACCATGAATTGCTTCATAACCATCAATTGCTAGAGCTGGTTATCTTTCTCACAGATATAGAACCTTAATATT
TCTGACAGAGGAGAATATGATCAATTAGCAGGTTTGTGTGTTCGTGGTATAACCTCCGCGCCACCGGAGTATACTGGTTATCTTTATCTCCGAAGGTGACATTGCTGTGAGTATACTCGTGTTTTTGTGGGTTGTGTGTATACTTTGTTTTTCTGTGTATATACTCTGTCTTGGTAGGTCTGGTAGATCCGCTCTTTGTT
TGCAGGCCAGGATGACTTGACGATAGTGGAGATGAATCCCTCCTGAGGGATTCACAGGAATCCCTACGGTGAAATG
>TRINITY_DN120453_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTGAGGATCAGTTGTATTTCAAATCCTGAGGATCAGTTGTATGAAACGGCATTTTTTATCAAAACGCAAATCCTGAGGTTACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACCTGATACTTTATATTTTTTGAAAAAGCAAAACGGGAGTAGCCGTTGTACGATAACGTCCAGCGTGGTTGAGGTTACTTGGAAAGTCTTGTTA
TTGGCTTTCAGAACTGCTTGGAAACCGCTGTTATTGTTGTTGGGTTTAAGATCTTTGATTAATCAATATCCGTCAATTGATTCAAGTCACTGCTCTCGATTCGGCAGCTTCTTCATGATGGACGGCAGATGAAAATTATAACTACTAGGCAAGCCAATCATCGCTGGCTTCCCTTCCTTGGCTATGATGGGACAGAAGAG
GAGCTTCATGTAAATTACATCCTAAATTGCTGCATAACTTGCTTTCATGGTGAGAGACGAAAAGATTTCATAAATTGCTTCATAACCGAATTCATGGTTATCTTACCATGAATCGACTTTTTTCATATAATTGCGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGACGTTAATGATTTCGGCTCTAATTAATTTTGTGTTACAGTTGG
ATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGAGgtaatttcatttcattgggttttaagcaaaaccatttatctgtcagcaaaagcctcaattagtgccagataaatag
cgcctaaagttaattcataatgattccaacttcttgtcttcagtttatgtgttgattgctgtgaatttgatataaagctttttaatgtgaaaatatttgtttggtgtttatggccgaaagggtagCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCA
Intron 10 GTTAAACCCT ... TATTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.35 | 28 | 114 | 115 |
| A2 | 90.86 | 8 | 91 | 68 |
| A3 | 75.69 | 31 | 89 | 104 |
| A4 | 84 | 16 | 77 | 91 |
| A5 | 88 | 6 | 56 | 32 |
| A6 | 80.52 | 34 | 155 | 126 |
| A7 | 85.54 | 42 | 310 | 187 |
| A8 | 88 | 33 | 273 | 211 |
| A9 | 90.39 | 21 | 240 | 155 |
| A10 | 91.35 | 16 | 201 | 137 |
>TRINITY_DN43659_c2_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTCTGGTGTTGATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGACCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATT
CAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTT
>TRINITY_DN43659_c2_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTTTTTAATGTGAAAATATTTGTCTGGTGTTGATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAgttaaaccctaattcttcttgcgaccatttatgttttaaatctgtcaaaagagtggttaactttccattattgttgttcttttctgattattggaacctgttattagcatt
aatggccgtttctttaatattatccgaccagaaatcctatgggttcgactacgttataacatcgtcgttgataaaacctcaagaatcaactaaggattattcatttctaacactattttttagCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGAT
AGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTT