sp|Q93X17|SNAK2_SOLTU ----> Snakin-2

Intron 1 GTGTGTGGCA ... GTTTGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.26	26.5	13	45
A2	49.21	16	8	23
A3	57.52	12	15.5	17
A4	64.44	16	8	50
A5	36.99	11.5	6	7.5
A6	30.3	23	13	7
A7	29.76	42.5	26	10
A8	24.75	38	18	7
A9	21.8	26	9	5.5
A10	23.21	43	21	5

>TRINITY_DN44059_c1_g1_i12 from sample A6 / Example spliced isoform

CGCGTAGGAATAGCGGCAGCAATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAACCTCAGGTGGTATTCCCCCAGCCGCTCCCAAGCACATCT
CGCCGAGTACTCCTCCTCCCAAAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTGCTGCGCGCAGCACAATGTGGAAACACTAGTATCTATAGGAGAAGAAGAGTTGCCG
AGTATGGAAACATTGGTATCTTAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGTGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGTTGCTTAATGTCGGTGCTTAGCTTCAGGTATTCGAAATACACCCGTAAT
CTTATGTGGTTGCTTAATGTCAGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGCTTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCTTGCCTAGCTTGGACACCTGGCACTTAGACTAGCGCTTGCGGTTGGTTCTCAACATGG
GTGCTCATGGTTGGAGCTTGGCATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGGAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGGTATGGCTCGTTAGCACAAACCATGTTTCCCGTTTTTTGAAGGAGGGTTGCCTAGTATGGAAACATGATATCCCGGATGGAAACATGCACAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGG
CCTCAGTGTGTGGGCTCTCTCTTCAATCTGGGTATTTGGGATCGTCGAGTTGGTATAAGGTGCCAGCTTAAGGTTTTCTACAGCAGATTAGGGAAGGAACCGACCTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGTTCCTTCACTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGAAGATTGCAAGGCAACATGTGGAGGA
AGATGCAAAGCAACATCTCTGCATGACAAATGTTTAAGAGCTTGTGATACATGCTGTGCCAAATGCAACTATGTTCCTCCTGGTACATCTGGAAACAAAAACCTTTGCCCCTGCTATGCCAACATGAAAACACATGGCAACAAACTCAAGTGAGAC

>TRINITY_DN44059_c1_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTCACAACTTTGGCAATGGGAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGGTATGGCTCGTTAGCACAAACCATGTTTCCCGTTTTTTGAAGGAGGGTTGCCTAGTATGGAAACATGATATCCCGGATGGAAACATGCACAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGCCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTCTTCAATCT
Ggtgtgtggcatttggcttgatgtaagtgttcagttagggtttcaaatataatttatgtttgtatttaattcagagtgttggccatcgagtataggctcgtgatgcgtatgtatcaatttaggctcatttgtgagattggcttgagacttgcacatttaacttggtgtatggtggtttgttaacataatgatggatctgg
tgcaagttaggtcatagttaattgttgctttattgcttatgttgttgttatttgtacctaatattactcgtttgtaaagGGTATTTGGGATCGTCGAGTTGGTATAAGGTGCTAGGTTAAGGTTTTCTACAGCAGATTAGGGAAGGAACCGACCTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGTTCCTTCACTCAAATT
TCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGAAGATTGCAAGGCAACATGTGGAGGAAGATGCAAAGCAACATCTCTGCATGACAAATGTTTAAGAGCTTGTGATACATGCTGTGCCAAATGCAACTATGTTCCTCCTGGTACATCTGGAAACAAAAACCTTTGCCCCTGCTATGCCAACATGAAAACACATGGCAACAAACTCAAGT
GAGAC

Intron 2 GTAAGTGTTC ... GTTTGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.03	21.1	7	44.4
A2	42.63	20.6	8	22.6
A3	51.39	14.6	14	16.5
A4	64.42	15.6	7	49.5
A5	37.49	10.4	5	7.3
A6	25.77	16.5	5	6.5
A7	29.28	29.3	15	9.3
A8	23.96	39.1	18	6.6
A9	21.5	25.5	9	5
A10	17.82	43.3	14.3	4.5

>TRINITY_DN127801_c1_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAACCTCAGGTGGTATTCCCCCAGCCGCTCCCAAGCACATCTCGCCGAGTACTCCTCCTCCCA
AAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTTCTGCGCGCAGCACAATGTGGAAACACTAGTATCTATAGGAGAAGAAGAGTTGCCGAGTATGGAAACATTGGTATCT
TAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGTGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGTTGCTTAATGTCGGTGCTTAGCTTCAGGTATTCGAAATACACCCGTAATCTTATGTGGTTGCTTAATGTC
AGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGCTTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCTTGCCTAGCTTGGACACCTGGCACTTAGACTAGCGCTTGCGGTTGGTTCTCAACATGGGTGCTCATGGTTGGAGCTTGG
CATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGCAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGGTATGGCTCGTTAGCACAAACCATGTTTCCCGTTTTTTGAAGGAGGGTTGCCTAGTATGGAAACATGATATCCCGGATGGAAACATGCACAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGGCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTC
TTCAATCTGGTGCGTGGCATTTGGCTTGATGGTATTTGGGATCGTCGAGTTGGTATAAGGTGCCAGCTTAAGGTTTTCTACAGCAGATTAGGGAAGGAACCGACCTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGTTCCTTCACTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGAAGGTATGCTCTTTCTGTAAGATTCT
TGATTTAATTGTTTATAAATTTAATAGTTGAAAGCTGGAATTGACGACCTTATCCACAGTGTCTAACCATTCAGTATTTGTTCTATTGTTCAATAACCTTTTGGGTTGAGGAGGTGGAAGGCGACTTGGCCTTCATTGATCATTCCCAATAGCTGTGACATCTGTTGATGGTTCCCAGTAGTTGTGACATATGTTGATGG
GCATCTACTAGACGCATACAGCTAGCCATATTGTGAATAGGATATGAAAACCTTGTTTTGATTGGGTCTTTTACCCTCATGCTCTAGGTCGAGGTCATGAGCACATGGACTGGGCATCTAGATTAGTGCTTTATTATTATTACTATTTTTTGTTTTGTTTTAATAAACATATCCCTTTTCAGAACACATTTGAGCTAGCC
TCTGGATAGGCAAAGTGCTATGTTGAAGATAGAGATATTATATATAAAATATCAACCTCTCGTTGGCGTTGTTGCAAATCATTCTGGATTGCAATAACTCTGACTCTTGTTCTTGTTGTTGGCCAAAGTACAGTATTGCTAGGAAAATGCCGTGTTACTGATATACCTCTGCATGTCCATTCTCTCCTTTGCTTCTTCTT
TTCTTGTGCAGGCCCTGATTGTTGAT

>TRINITY_DN127801_c1_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAACCTCAGGTGGTATTCCCCCAGCCGCTCCCAAGCACATCTCGCCGAGTACTCCTCCTCCCA
AAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTTCTGCGCGCAGCACAATGTGGAAACACTAGTATCTATAGGAGAAGAAGAGTTGCCGAGTATGGAAACATTGGTATCT
TAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGTGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGTTGCTTAATGTCGGTGCTTAGCTTCAGGTATTCGAAATACACCCGTAATCTTATGTGGTTGCTTAATGTC
AGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGCTTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCTTGCCTAGCTTGGACACCTGGCACTTAGACTAGCGCTTGCGGTTGGTTCTCAACATGGGTGCTCATGGTTGGAGCTTGG
CATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGCAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGGTATGGCTCGTTAGCACAAACCATGTTTCCCGTTTTTTGAAGGAGGGTTGCCTAGTATGGAAACATGATATCCCGGATGGAAACATGCACAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGGCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTC
TTCAATCTGGTGCGTGGCATTTGGCTTGATgtaagtgttcagttagggtttcaaatataatttatgtttgtatttaattcagagtgttggccatcgagtataggctcgtgatgcatatgtatcaatttaggctcatttgtgagattggcttgagacttgcacatttaacttggtgtatggtggtttgttaacataatgat
ggatctggtgcaagttaggtcatagttaattgttgctttattgcttatgttgttgttatttgtacctaatattactcgtttgtaaagGGTATTTGGGATCGTCGAGTTGGTATAAGGTGCCAGCTTAAGGTTTTCTACAGCAGATTAGGGAAGGAACCGACCTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGTTCCTTCA
CTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGAAGGTATGCTCTTTCTGTAAGATTCTTGATTTAATTGTTTATAAATTTAATAGTTGAAAGCTGGAATTGACGACCTTATCCACAGTGTCTAACCATTCAGTATTTGTTCTATTGTTCAATAACCTTTTGGGTTGAGGAGGTGGAAGGCGACTTGGCCTTCATTGATCAT
TCCCAATAGCTGTGACATCTTTTGATGGTTCCCAATAGCTGTGACATATGTTGATGGGCATCTACTAGACGCATACAGCTAGCCATATTGTGAATAGGATATGAAAACCTTGTTTTGATTGGGTCTTTTACCCTCATGCTCTAGGTCGAGGTCATGAGCACATGGACTGGGCATCTAGATTAGTGCTTTATTATTATTAC
TATTTTTTGTTTTGTTTTAATAAACATATCCCTTTTCAGAACACATTTGAGCTAGCCTCTGGATAGGCAAAGTGCTATGTTGAAGATAGAGATATTATATATAAAATATCAACCTCTCGTTGGCGTTGTTGCAAATCATTCTGGATTGCAATAACTCTGACTCTTGTTCTTGTTGTTGGCCAAAGTACAGTATTGCTAGG
AAAATGCTGTGTTACTGATATACCTCTGCATCTCCATTCTCTCCTCTGCCGCTTCTTTTCTTGTGCAGGCCCTCCATTGTTGATAACCTCTGCTTGAATTTTCTAAATCATTTTAAAGTATAAACATTAATAAATTTATTCAAAATTTCATTAGAACACAAAACAAAATCAATCCACTACATGGCCGCCCTTCAGTTCAA
TTTTAAATATTAATTAATCTGGCCAATATTTCATTAAAACAATAAAAAAGGATTTGATTTTACCCTAACATCACAACCACCTTTTGATATCACTTTAGTAGGAGCAACTGATTTAGCTGTTATGTCAGATCGGTGTAATTGTTTGTGTGCCATGGAGGCCCTAACACAAGAATAACAAATTATTAATCAACAATTCGTAG
TTTTATTCTAAATGATTTCAGTTTAATACAAGTCTGACTGATTGTGCCTAGTCCTAGATTGAAGGAGAATTTGGATTGGACTACCATCTACAGGATAGATTGAATAGATGGTTAAATTTTAAGCACTGTACCAGTTGTGACACGGGAGACCACATGAAAAGAAGCATGGCTATCCAACCAGAAATGGCTCCTACGATATC
CAATAACACACTTGGAAGCTGCCCCCAACGTGCCTGTCAAATAAAAAAGAGCAATGTATAAATTAACATTGAAATAACAAAGCAGGAGGGAATTGAGTAATCACCGTGCAGGGAATTAATAATATGGAAGCAATTTGCAATAATCTAAAAATATGGATAACATTGAAATAGCAAAGCAGGAGGGAAATGAGTAATCACCG
TGCAGGGATTTTATAATATGGAATCAATGTGCAAAAATCTAAAAATATGAATATAACAAGTGTTACAACTTAACCCCAAGCACTTTGTACAGAAATTTTATTTCTTATTTTGACCTTTTGTAAGCAGTGATAGAGTGACGCATATCGATATTCGAAGTCTGTTTTCTCTCTAGCAAAGTTTGAGCCAGTTTGTCGAAAGT
GTTTTAGAAAGAAAAAACAATTCACCTAGGTAACCTCCGACTATATGTTGAATATGTGAATTTAATCAACCTACTGATATTTCTACTATTAAGTAGGTGAGAAATAGCAAGGAACGAGAAGTTTGAGAAAACATAAATAAATAAGGGCCGAGTTGGTTCCAAATTCCGTCATTTTCATTAGCAATAGGAAATCAATGAAA
TGGAGAACAAATTGAATCTGCTGTCGAGTACTATTTTGTATATCTGCATATAGGTGAATGCACTCCAACCATCAGATGTGTGTCTTGGTGTTTGTCCTCCAAAACTGAAAGGCCCGGCACTGGAAAATGGATCAGTATCATCAAATGAGGTAAAACCTCTACTGTGCCCAGCATCTTTGAAACTACTTATAGAATAAAAC
CTAGAAAAATTATCATGAGAACCAAATAAGCCACTATCGAAGTGTGAGTTATGGTCACCCATGGACCCTGCATTGGAAAATATACCAGGTGAACCAGTATTGATTAAAGGAGTACTTGGTACTGAGTTATTATCTGAGAATGAAAACAGTGACTTATCTCGTGTCCATAGAGGACCAAAGGTGTCATAATTCCCATTGTT
GCCCTCGTTAGTATCCTGCTACTCCATCGAAGCTTAAGATTCTTAGGGATTTTAACTGGAAAGACTCTACAGAGTCAAACGATTGATTGAACCTTATTCCAGGGTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGATTGCCCATCGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCCGAGATAAT

Intron 3 GTGAGAAGGT ... GATGAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.17	15	9	8
A2	29.82	20	4	13
A3	15.94	29	4	7
A4	28	9	4	3
A5	14.29	9	1	2
A6	3.7	65	2	3
A7	8.91	46	3	6
A8	8.86	36	1	6
A9	5.11	65	3	4
A10	1.15	43	1	0

>TRINITY_DN109712_c4_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

CACTTACTGCGTGCTGAAATTCCTAGAGGTAAACATATCCAGGCAGCTCCCATGGCTTCTTCAAGCAGGTTGTTTGTCTTTTATCTTGTCGTGGTGGTATTTGTTGTTCAGATGTATGTAGAAGCTGCTGAGGTTGGAGCTTCAACAGCAGATGGGCTGCAGAGAAATGTGATGAACAGGAGCCTTCTGCAGAACATAGA
TTGCAAGGCAGCATGTGGAGGAAGATGCAAAGCAGCATCTCTACAAGACCGATGTTTAAGAGCTTGTGGTACATGCTGTGCCAAATGCAACTGTGTTCCTCCTGGTACATATGGAAACAAAAACCTCTGCCCCTGCTATGACAACATGAAAACACATGGCAACAAACTCAAGTGCCCTTGAATCGGATATATGGAGTGTT
ATTATACTTGCTGCACTGCCAAGCTTTGGAACATAGTTATCAGTTATTGATATAGGCATATAAATTGGATGCAGTAGCCAGAGTTGTTAATAAAATGTGTAGTCAATGTGTATTTTCAAATCGAATTAGTGCTTTGTAGTGTTGGAATTATGCCAACGTCGAAAAAAGTAGATAGAAAAGCTTTGGACTGTGATACTTTT
ATTTCGAAAAAAAATGTGTAGAAAGCTTGGACAGTGATGCTTTTCTTTTGTAAATCAGAAAAGAAGCTGTTATCCCTAAAGTTGAACCCTGACTGCTAGGGTCAAGCTTAAGGAAATCTTAACT

>TRINITY_DN109712_c4_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACTTACTGCGTGCTGAAATTCCTAGAGGTAAACATATCCAGGCAGCTCCCATGGCTTCTTCAAGCAGGTTGTTTGTCTTTTATCTTGTCGTGGTGGTATTTGTTGTTCAGgtgagaaggtttcttctgtaactgttgagttactatttaagtttacatgtcaccaataatacttttatgttcatggaatctgcctgata
ttcagagttctgcaattgaatgatgaaacagATGTATGTAGAAGCTGCTGAGGTTGGAGCTTCAACAGCAGATGGGGTGGGTACACAACATTTGTGTGCCAGTATTTAAGTTTAAATTGTTGCATGGGCATAATTCAGTCGTACAAAAATTTATATTCATGAGTAAACTTAGGAGGCCCA

Intron 4 GTAAGTGTTC ... CGATTAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.25	14	7	18
A2	57.14	18	8	24
A3	57.89	8	14	11
A4	60	8	7	12
A5	60	8	5	12
A6	64.77	31	5	57
A7	59.43	43	15	63
A8	66.96	37	18	75
A9	61.48	47	9	75
A10	61.7	36	15	58

>TRINITY_DN47011_c2_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CATCAGTGTCTCCAAGTTTCGCCTCCAAAATACAGTTCACGCGTAGGAATAGCGGCAGCAATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAA
CCTCAGGTGGTATTCCCCCAGCCGCTCCCAAGCACATCTCGCTGAGTACTCCTTCTCCCAAAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTTCTGCGCGCAGCACAAT
GTGGAAACACTGGTATCTATAGGAGAAGAAGAGTTGCCGAGTATGGAAACATTGGTATCTTAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGCGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGCTGCTTAATG
TCGGTGCTTAGCTTCAGGTATTCGAAATACACCCGTAATCTTATGTGGTTGCTTAATGTCAGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGATTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCGTGCCTAGCTTGGACACCT
GGAACTTAGACTAGCGCTTGCGGTTGGTTCTCAACATGGGTGCTCATGGTTGGAGCTTGGCATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGGAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGGTATGGCTCGTTAGCACAAACCATGTTTCCCGTTTTTTGAAGGAGGGTTGCCTAGTATGGAAACATGATATCCCGGATGGAAACATG
CACAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGCCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTCTTCAATCTGGTGTGTGGCATTTGGCTTGATATTGCAAGGCAACATGTGGAGGAAGATGCAAAGCAACATCTCTGCATGACAAATGTTTAAGAGCTTGTGATACATGCTGTGCCAAATGCAACTATGTTCCTCCTGGTACA
TCTGGAAACAAAAACCTTTGCCCCTGCTATGCCAACATGAAAACACATGGCAACAAACTCAAGTGAGACCTTGAATATGATATGAAGTGTTATTATATTGGTTGGGC

>TRINITY_DN47011_c2_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CATCAGTGTCTCCAAGTTTCGCCTCCAAAATACAGTTCACGCGTAGGAATAGCGGCAGCAATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAA
CCTCAGGTGGTATTCCCCCAGCCGCTCCCAAGCACATCTCGCTGAGTACTCCTTCTCCCAAAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTTCTGCGCGCAGCACAAT
GTGGAAACACTGGTATCTATAGGAGAAGAAGAGTTGCCGAGTATGGAAACATTGGTATCTTAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGCGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGCTGCTTAATG
TCGGTGCTTAGCTTCAGGTATTCGAAATACACCCGTAATCTTATGTGGTTGCTTAATGTCAGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGATTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCGTGCCTAGCTTGGACACCT
GGAACTTAGACTAGCGCTTGCGGTTGGTTCTCAACATGGGTGCTCATGGTTGGAGCTTGGCATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGGAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGGTATGGCTCGTTAGCACAAACCATGTTTCCCGTTTTTTGAAGGAGGGTTGCCTAGTATGGAAACATGATATCCCGGATGGAAACATG
CACAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGCCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTCTTCAATCTGGTGTGTGGCATTTGGCTTGATgtaagtgttcagttagggtttcaaatataatttatgtttgtatttaattcagagtgttggccatcgagtataggctcgtgatgcgtatgtatcaatttaggctcatttgt
gagattggcttgagacttgcacatttaacttggtgtatggtggtttgttaacataatgatggatctggtgcaagttaggtcatagttaattgttgctttattgcttatgttgttgttatttgtacctaatattactcgtttgtaaagggtatttgggatcgtcgagttggtataaggtgctaggttaaggttttctacag
cagattagggaaggaaccgacctcaaatttcaggcgtggaaaactcgattagttccttcactcaaatttcaggcgtggaaaactcgattagaagATTGCAAGGCAACATGTGGAGGAAGATGCAAAGCAACATCTCTGCATGACAAATGTTTAAGAGCTTGTGATACATGCTGTGCCAAATGCAACTATGTTCCTCCTGG
TACATCTGGAAACAAAAACCTTTGCCCCTGCTATGCCAACATGAAAACACATGGCAACAAACTCAAGTGAGACCTTGAATATGATATGAAGTGTTATTATATTGGTTGGGC

Intron 5 GTATGGCTCG ... ACATGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.76	7.3	27.7	21.3
A2	73.41	8.7	25.7	21.3
A3	53.15	24	35	21.3
A4	82.98	4	20.7	17.3
A5	88.24	1.3	9.7	10
A6	77.26	5.3	17	18
A7	84.38	6.7	30	37.3
A8	87.04	5.3	37	29.7
A9	70.23	14.3	38	29.7
A10	65.51	20.3	39.3	35.7

>TRINITY_DN114702_c1_g4_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCCAAAATACAGTTCACGCGTAGGAATAGCGGCAGCAATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAACCTCAGGTGGTATTCCCCCAGC
CGCTCCCAAGCACATCTCGCTGAGTACTCCTTCTCCCAAAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTTCTGCGCGCAGCACAATGTGGAAACACTAGTATCTATAG
GAGAAGAAGAGTTGCCGAGTATGGAAACATTGGTATCTTAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGTGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGTTGCTTAATGTCGGTGCTTAGCTTCAGGTATT
CGAAATACACCCGTAATCTTATGTGGTTGCTTAATGTCAGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGCTTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCGTGCCTAGCTTGGACACCTGGAACTTAGACTAGCGCTTGCG
GTTGGTGCTCAACATGGGTGCTCATGGTTGGAGCTTGGCATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGGAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGAGCACACTCTAGGCCCCAGAATTCTCCCACAGGGCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTCTTCAATCTGGTG

>TRINITY_DN114702_c1_g4_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCCAAAATACAGTTCACGCGTAGGAATAGCGGCAGCAATCAAAAGACGACTACTCGAGCCTCACCAATTTTGCGCGTGTGGAAACCGAGTCTGCCCTGGCATGGAAGAAGGAGGCCAAGGAATACGAGACTGTGTGCTCCAACCGGAATGCGATTGCAGCTGCAACGTCCCCGAAAACCTCAGGTGGTATTCCCCCAGC
CGCTCCCAAGCACATCTCGCTGAGTACTCCTTCTCCCAAAACCCTACATGAAATTTCACCCCCTGCTCCTTAGCTACCCAGCCTCTTCTTTTCCTCACCTGCACCTCTACCCGTGGGTTATGGTCAACCAACGGACTCATTCGAGTGCCGCTCTCCCCTTTTCTGCGCGCAGCACAATGTGGAAACACTAGTATCTATAG
GAGAAGAAGAGTTGCCGAGTATGGAAACATTGGTATCTTAAGGGAGAAGAACATGCACCCATATTCTACTGGCTATAGTGTTGGGTGCTTCGATGCTTGGTGTTGGGCGCTTCGACTTGATGTTTAAGTAACACGTTGTGCGTAACACTCCACTGTGGTCTTATGTGGTTGCTTAATGTCGGTGCTTAGCTTCAGGTATT
CGAAATACACCCGTAATCTTATGTGGTTGCTTAATGTCAGTGCTTAGCTTCAGAGCTTTGAAGCTTAAGCGAATGTTTGCTATCGCAAACTAGGGTATCGATTCTTGCAAATGCACAGCGATGAGCTTGAATGTGGCCCTCTCTCAACAATGGGACTTCGTGCCTAGCTTGGACACCTGGAACTTAGACTAGCGCTTGCG
GTTGGTGCTCAACATGGGTGCTCATGGTTGGAGCTTGGCATGGGCGCTCACAGCTTTCGTAATGGGAGTTTGCCAAGCCTAGCACTTGGAGgtatggctcgttagcacaaaccatgtttcccgttttttgaaggagggttgcctagtatggaaacatgatatcccggatggaaacatgcacagAGCACACTCTAGGCCCC
AGAATTCTCCCACAGGGCCTCAGTGTGTGGGCTCTCTCTTCAATCTGGTGTGTGGCATTTGGCTTGATGTAAGTGTTCAGTTAGGGTTTCAAATATAATTTATGTTTGTATTTAATTCAGAGTGTTGGCCATCGAGTATAGGCTCGTGATGCGTATGTATCAATTTAGGCTCATTTGTGAGATTGGCTTGAGACTTGCAC
ATTTAACTTGGTGTATGGTGGTTTGTTAACATAATGATGGATCTGGTGCAAGTTAGGTCATAGTTAATTGTTGCTTTATTGCTTATGTTGTTGTTATTTGTACCTAATATTACTCGTTTGTAAAGGGTATTTGGGATCGTCGAGTTGGTATAAGGTGCTAGGTTAAGGTTTTCTACAGCAGATTAGGGAAGGAACCGACC
TCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGTTCCTTCACTCAAATTTCAGGCGTGGAAAACTCGATTAGAAGGTATGCTCTTCTGTAAGATTCTTGATTTAATTGTTTATAAATTTAATAGTTGAAAGCTGGAATTGACGACCTTATCCACAGTGTCTAACCATTCAGTATTTGTTCTATTGTTCAATAACCTCTTGGGT
TGAGGAGGTGGAAGGCGACTTGGCCTTCATTGATCATTCCCAATAGCTGTGACATCTGTTGATGGTTCCCAGTAGTTGTGACATATGTTGATGGGCATCTACTAGACGCATACAGCTAGCCATATTGTGAATAGGATATGAAAACCTTGTTTTGATTGGGTCTTTTACCCTCATGCTCTAGGTCGAGGTCATGAGCACAT
GGACTGGGCATCTAGATTAGTGCTTTATTATTATTACTATTTTTTGTTTTGTTTTAATAAACATATCCCTTTTCAGAACACATTTGAGCTAGCCTCTGGATAGGCAAAGTGCTATGTTGAAGATAGAGATATTATATATAAAATATCAACCTCTCGTGGGCGTTGTTGCAAATCATTCTGGATTGCAATAACTCTGACTC
TTGTTCTTGTTGTTGGCCAAAGTACAGTATTGCTAGGAAAATGCTGTGTTACTGATATACCTCTGCATCTCCATTCTCTCCTCTGCCGCTTCTTTTCTTGTGCAGGCCCTCCATTGGTGATAACCTCTGCTTGAATTTTCTAAATCATTTTAAAGTATAAACATTAATAAATTTATTCAAAATTTCATTAGAACACAAAA
CAAAATCAATCCACTGCATGGTCACCC