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Intron 1 GTAGGCCACT ... TTTTGAGCAG

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A853.8518219
A943.9231815
A1048.48343214



>TRINITY_DN48449_c0_g1_i15 from sample A10 / Example spliced isoform
GGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCG
AACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTAC
TGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATT
GCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCT
AGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAG
AATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGT
AATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCA
TCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACCCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCA


>TRINITY_DN48449_c0_g1_i27 from sample A10 / Example unspliced isoform:
GGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAgtaggccactttcgatatcaaaccttttttttctttttttttcttt
ttctttttttttctggggtttcataataccagtcataggcttcaactggattgttttgcatcattggagcctctttttgtggagttgacggaacattctggcactgctggcatggagtcgctggaatgtcttcgcccacaatacctgaaatcgcaattcagaacaaatcatgacgaagggtttggatttggaattggaaa
tatgacaaatgtttttttttgttttttaatatgtaccttctttagaattgagacatgaattcgtcaagtagcagcggcaacctgcaaaaccagaaatttctatagcaattgtttgcaaattttctatggaatttaatggatttaaagatggttttgcttaccttcataagtagaggggacatagggactcaaacttgggt
gaacaccattgtttagagctttttacaggaggtgagattattacaacgatagccgcagcaacaactttttattagagaataaaaaacagttccctgccaagcagaaggaactctataaatggattctgcagcattggattaattttgcccattttacaatgaggcatatcggctgcaatttgaaatcaagtagacatctt
tttcactactcttcacgggtaaacatgctcaacaccaagtggcagacatgctcagcatcacttgacggctatgcagcaactctggacatgcaacaacttagaaggcggtggagacttgagcattgacattgaagctcaatatgcaagctcccttgctactacaaatgcacaccctgtgaacacactatcatccttttgtc
atgaggctattgtttattcagtggcggaaaaatttatgatatagaatggaatgccttcttttaagcagtagcctagaaacttcttcatatacaaccgagacatattagcccttgtatacctggttgcagtcgcaaaggtaacaagctctctcaagatgttttgcaagatcattttcgtgcatatgttattggtagccttg
cacaaatcataaaatattttgtatttttgtttatttattttcgtgcatatgttatttgtagccttgcacaaatcataaaatattttgtctttttgtttatttattttgattttgagcag
GTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCT
TGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTC
AATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGT
GCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGA
TCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTA
TTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAA
GCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGGTATGCGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGGTCTTGCACTCTCACTCATATGTTCTGTTATGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGAATAAAACATGCAAAGTGCATAAAGTACGTCAATGTCTATTTTGAATATT
TCTAGATGTATATCAACAATATTCTATGCTGTCATGTCGGTGTTTGTTTTTAATAAGGTCATTCGATTAGGGCTGGTCTTTAAAAATATTTTATTTGCCTTAGATATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTA
CATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGGTGGCTATATTTTTTATGTTCTTCGGCCTTCTACGTTTTTAGGTTAGATAGCTATGATGTCAAACGTTTTATGAGACTTGCAATGAATTACTTGCAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTG
ATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGT
CACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCAC
GATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATACGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACC
TGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAA
CATAAAATTATGATCCACACAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGG
TAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTC
TGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTT
GTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATTTTTCGTATATAGTCTTGATACTTTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATT
CTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGATTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATAAC
AT




Intron 2 GTCAGTCGTC ... TTCATTTCAG

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A935.25392319
A1042.8148.53437



>TRINITY_DN118835_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform
TATTAACATGTCCAACTTCATTTTTTTTTTCACCATATTTATGGGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTG
AGA
CTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCC
CAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACA


>TRINITY_DN118835_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TATTAACATGTCCAACTTCATTTTTTTTTTCACCATATTTATGGGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAgtc
agtcgtcgattgagaatagccgcctctgctattacgctactcgaacttcaatggtatatttctgtatccgaaaattcttgtgatgagggtaccatggttccatgaccgaaataaatagcgcaggcttcccgtgagtttgtggtaggtagtgcaagctctttgaaattgctatgcaagttcgaagctcagtttgggaagaa
tcagtgaaggagctgcagtgttttggatcggtgtcgattgtactggccattggacaagttgtttccaatatgatattcaatgttggccaagggagttgttaaaaaaaattgcaaccctgcaatttatgaagcaattagtgaggcatatgcattttctatcattgaattagtactttctttagtcaatggattgatggcca
agttccaagaagatttttatttggagattctcttgatcacattgcattttctttttacaacctaatgctctaagatgtgcttgtttattctctttgttcacagcttaatgaacctgtgctggtttttttctatattcacagcttaatgctctatattggcataagtttgcagattttcatttcaatttttctcttgttca
ctgtacattttctttctctggttttaaggctctaaattgttctagattttatcttgttcatatctttaaagctctagatcatgctatgtttgtggattttctccagttaggcctggatgtcattatttttgtatcaaataagctgttttttggactgtgtttttgagacgaatgttgtatacatcatctctgatcaaata
atgcctgcacaccttcaagtttggtattagttatccgctgtagaatgattcaggttcctttatgacatttgctctctattcttcttacagaccaatgagatagatattaatgtcaacttttcatttcag
GTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAA
ACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTG
TGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAG
GTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGG




Intron 3 GTATGTCAGC ... ATCCACACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A170.1313.34218
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A1058.72223031



>TRINITY_DN129438_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
CTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTAACAAGCTCTCTCAAGATGTTTTGCAAGATCATTTTCGTGCATATGTTATTGGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTATTTTTGTTTATTTATTTTCGTGCATATGTTATTT
GTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTCTTTTTGTTTATTTATTTTGATTTTGAGCAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAG
TTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAAT
TAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATAT
TCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATC
AAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGA
CTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAG
GGTATGTGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGATCTTCACTCTCACTCATATGTTCTGTTTTGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGTATAAAACATGCAAAATGCATAAAGTACGTCAATGTCTATTTTGAATATTTCTAGATGTATATCAACAATATTTTATGCTGTCATGTCGGTGTTTGTTTTTTATAAGG
TCATTCGATTAGGGCTGGTCTTTAAAAATATTTTATTTGCCTTAGATATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTC
CACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAAT
TCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATT
CAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGG
GGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGT
GGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCC
ATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTG
ATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAA
ATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAAAAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCCGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAG
CCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGCC


>TRINITY_DN129438_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTAACAAGCTCTCTCAAGATGTTTTGCAAGATCATTTTCGTGCATATGTTATTGGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTATTTTTGTTTATTTATTTTCGTGCATATGTTATTT
GTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTCTTTTTGTTTATTTATTTTGATTTTGAGCAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAG
TTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAAT
TAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATAT
TCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATC
AAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGA
CTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAG
GGTATGTGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGATCTTCACTCTCACTCATATGTTCTGTTTTGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGTATAAAACATGCAAAATGCATAAAGTACGTCAATGTCTATTTTGAATATTTCTAGATGTATATCAACAATATTTTATGCTGTCATGTCGGTGTTTGTTTTTTATAAGG
TCATTCGATTAGGGCTGGTCTTTAAAAATATTTTATTTGCCTTAGATATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTC
CACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAAT
TCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATT
CAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGG
GGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTgtatgtcagcctccatactatataactatga
aattccatttttaccacagcttacaaatcatattgtttacataaacataaaattatgatccacacag
ATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACT
TTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAG
GACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTA
CACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATTTTTCGTATATAGTCTTGATACTTTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAAAAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCCGT
TCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGG
CATTTTATGGGGCC




Intron 4 GTATGCTTCG ... TTTGTGCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A151.16211133
A270.2171023
A378.5762222
A475.31102734
A574.194914
A664.295810
A756.1181828
A851.8513721
A960121323
A1047.66281239



>TRINITY_DN44051_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform
ACGAAACCGACAGGAGGCGGCACCGGAAGGCCGAAACTAGCTTAGGTGTCGATATATCAACGGTTGGAATCTTCGAACGAGCACACGGGATATGCCCGTCCTGCAATAATGACAATATCGAGAGGCGAATGAGGCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACG


GTGAGA
CTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCC
CCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTC
CTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCA
TCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCTAATGAAAAGGGAAACATGTTCGATCATGATATGGTGCTTAAAATACTCAGTAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAA


>TRINITY_DN44051_c0_g1_i15 from sample A9 / Example unspliced isoform:
ACGAAACCGACAGGAGGCGGCACCGGAAGGCCGAAACTAGCTTAGGTGTCGATATATCAACGGTTGGAATCTTCGAACGAGCACACGGGATATGCCCGTCCTGCAATAATGACAATATCGAGAGGCGAATGAGGCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACG


gtatgcttcgatcctgtacataccttcaataccctttttcaaaactaaaaacgcgatccagggcagcatgaatatgttttcccagccaaaagcattgcggcggcaattgctatatcttagaaccaactggattttggagatttcatgacagcactttctctattacatattgcctaggcttcaatatcaagctattcggc
aatttcagagcactggcactggggtatcgaatggtcttgcccccaaagctgtccagacaaagcctaagaatcaaggagttgttaagagagtatcatgggctcccgagtacaatttgtgccag
GTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCT
CGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCG
AGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCAT
ATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCTAAT
GAAAAGGGAAACATGTTCGATCATGATATGGTGCTTAAAATACTCAGTAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCATGATGCACCTAACACTCCTTGCAATGTTGGCCACGATCAGAGCCTATTAACTAT
GTCCAGACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTC
CGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACATAAAATTATGATCCACACAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGT
GGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCC
ATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTG
ATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAA
ATATGTTGATAAACATTTTTCGTATATAGTCTTGATACTTTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAG
CCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATAACATGGTTTTACTGGTTATTTAATATTAGTGTTTACCTTGATTGCTA




Intron 5 GTATGTCAGC ... GGAGTTTCAG

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A869.23206426
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>TRINITY_DN47568_c2_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform
TTTCTGATTCAACCACTATGGGTATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGG
GTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGT
CTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGAT


>TRINITY_DN47568_c2_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATT
TTGGAGATTTCATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAA
GATTTTTTACAAGACTTCTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTT
TGTTTGACATCTGGAAGAGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTG
CTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATG
AAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAA
ACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTA
AACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATT
AACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCAT
TGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTgtatgtcagcctccatactatataactatgaaattccatttttaccacagcttacaaatcatattgtttacataaacataaaattatgatccacacaggtaaactagatatccaaatcgttaa
attttcattcgaaaaactaatatataatattgaaaattaaattaattctcaatttttcaattttataactatgtaatctagtcaataattgccagtattgactgatggcagcatgacgcctaaattgtttacttgtggatcgaggcttttgttagtaaagtacatagaggaaggttcctgatctatttccatgcttatta
tttgggagtttcag
ATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATT
TACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTA
TTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGC
AAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATA
TTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATA




Intron 6 GTAAACTAGA ... CTGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A748.78212010
A841.3817121
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A1047.06981



>TRINITY_DN47568_c2_g1_i15 from sample A7 / Example spliced isoform
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATT
TTGGAGATTTCATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAA
GATTTTTTACAAGACTTCTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTT
TGTTTGACATCTGGAAGAGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTG
CTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATG
AAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAA
ACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTA
AACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATT
AACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCAT
TGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACATAAAATTATGATCCACACAGCATGACGCCTAAATTGTTTACTTGT
GGATCGAGGCTTTTGTTAGTAAAGTACATAGAGGAAGGTTCCTGATCTATTTCCATGCTTATTATTTGGGAGTTTCAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGG
TTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCA
CGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTG
GTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAA
TATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTG
CAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATA


>TRINITY_DN47568_c2_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATT
TTGGAGATTTCATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAA
GATTTTTTACAAGACTTCTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTT
TGTTTGACATCTGGAAGAGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTG
CTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATG
AAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAA
ACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTA
AACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATT
AACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCAT
TGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACATAAAATTATGATCCACACAGgtaaactagatatccaaatcgttaa
attttcattcgaaaaactaatatataatattgaaaattaaattaattctcaatttttcaattttataactatgtaatctagtcaataattgccagtattgactgatggcag
CATGACGCCTAAATTGTTTACTTGTGGATCGAGGCTTTTGTTAGTAAAGTACATAGAGGAAGGTTCCTGATCTATTTCCATGCTTATTA
TTTGGGAGTTTCAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATT
TACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTA
TTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGC
AAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATA
TTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATA




Intron 7 GTAGGCCACT ... TTCATTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A160.2407744
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A741.1432634
A840.21292118
A935.24341819
A1046.94393237



>TRINITY_DN48449_c0_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoform
GGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGG
CTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATG


>TRINITY_DN48449_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:
GGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAgtaggccactttcgatatcaaaccttttttttctttttttttcttt
ttctttttttttctggggtttcataataccagtcataggcttcaactggattgttttgcatcattggagcctctttttgtggagttgacggaacattctggcactgctggcatggagtcgctggaatgtcttcgcccacaatacctgaaatcgcaattcagaacaaatcatgacgaagggtttggatttggaattggaaa
tatgacaaatgtttttttttgttttttaatatgtaccttctttagaattgagacatgaattcgtcaagtagcagcggcaacctgcaaaaccagaaatttctatagcaattgtttgcaaattttctatggaatttaatggatttaaagatggttttgcttaccttcataagtagaggggacatagggactcaaacttgggt
gaacaccattgtttagagctttttacaggaggtgagattattacaacgatagccgcagcaacaactttttattagagaataaaaaacagttccctgccaagcagaaggaactctataaatggattctgcagcattggattaattttgcccattttacaatgaggcatatcggctgcaatttgaaatcaagtagacatctt
tttcactactcttcacgggtaaacatgctcaacaccaagtggcagacatgctcagcatcacttgacggctatgcagcaactctggacatgcaacaacttagaaggcggtggagacttgagcattgacattgaagctcaatatgcaagctcccttgctactacaaatgcacaccctgtgaacacactatcatccttttgtc
atgaggctattgtttattcagtggcggaaaaatttatgatatagaatggaatgccttcttttaagcagtagcctagaaacttcttcatatacaaccgagacatattagcccttgtatacctggttgcagtcgcaaaggtaacaagctctctcaagatgttttgcaagatcattttcgtgcatatgttattggtagccttg
cacaaatcataaaatattttgtatttttgtttatttattttcgtgcatatgttatttgtagccttgcacaaatcataaaatattttgtctttttgtttatttattttgattttgagcaggtcagtcgtcgattgagaatagccgcctctgctattacgctactcgaacttcaatggtatatttctgtatccgaaaattct
tgtgatgagggtaccatggttccatgaccgaaataaatagcgcaggcttcccgtgagtttgtggtaggtagtgcaagctctttgaaattgctatgcaagttcgaagctcagtttgggaagaatcagtgaaggagctgcagtgttttggatcggtgtcgattgtactggccattggacaagttgtttccaatatgatattc
aatgttggccaagggagttgttaaaaaaaattgcaaccctgcaatttatgaagcaattagtgaggcatatgcattttctatcattgaattagtactttctttagtcaatggattgatggccaagttccaagaagatttttatttggagattctcttgatcacattgcattttctttttacaacctaatgctctaagatgt
gcttgtttattctctttgttcacagcttaatgaacctgtgctggtttttttctatattcacagcttaatgctctatattggcataagtttgcagattttcatttcaatttttctcttgttcactgtacattttctttctctggttttaaggctctaaattgttctagattttatcttgttcatatctttaaagctctaga
tcatgctatgtttgtggattttctccagttaggcctggatgtcattatttttgtatcaaataagctgttttttggactgtgtttttgagacgaatgttgtatacatcatctctgatcaaataatgcctgcacaccttcaagtttggtattagttatccgctgtagaatgattcaggttcctttatgacatttgctctcta
ttcttcttacagaccaatgagatagatattaatgtcaacttttcatttcag
GTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAA
GCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGGTATGCGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGGTCTTGCACTCTCACTCATATGTTCTGTTATGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGAATAAAACATGCAAAGTGCATAAAGTACGTCAATGTCTATTTTGAATATT
TCTAGATGTATATCAACAATATTCTATGCTGTCATGTCGGTGTTTGTTTTTAATAAGGTCATTCGATTAGGGCTGGTCTTTAAAAATATTTTATTTGCCTTAGATATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGT
ACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGG
GAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATA
GCAAAATCTAATGAAAAGGGAAACATGTTCGATCATGATATGGTGCTTAAAATACTCAGTAATCCACAAATAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCATGATGCACCTAACACTCCTTGCAATGTTGGCCACGATCAGAG
CCTATTAACTATGTCCAGACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATACGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCT
CTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACAGGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGCCTGTGACAGTTTCTGTTTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTTCTATGGGAGTTTCAACAACTGCATCAACAGCCGCCTCAGTGAATCAATCAAGTTTTCCAGATGAACAATACTACAAGAATCTTATCCAAAAACATGGTTTACAA
AATGACAATGATCAGATCAAACATCAACATGGTATTCAGTACTACAGAGACCTTATTCAGCAACATGGTGGGGCAGATAAGTTTGAAGAACAAAAGTGCCAAGGTGGTAATTTTGCTAATAATGAAAGAGCATTTGGAGATCCAAATAGATCCAAATTTCGCAAACCCTGCTTGTACTTTAACACACCAAATGGTTGTCG
TCGTGGAGCTAGCTGTGCTTTTCTGCATGAGGAGTTCGATAGACCAAAATTTGATGTATCTGACTTGAAACTTTCAAAGAGGGCCAAGGCCGAAACTGAAGCTCCTGTAAGAAATTGAATTGACATTTGATTGTCTGGTATAGCTCTTGCATGTGTTTTCCTTTTGCTTTTCATATTCGTACCGCGAGGGATCCCTTTAA
TTGTGACCTCACTACAATCTTGTATAAGCTTACAACTGAGATAATGCAAGTAAATTTTGTATATATCGGAAATCAGCAGACTAGATACTTTGTCTTAGGCTTATGATGTACATGGATTTTGAAGGAGACTGATGATGGGAGTTTTTGAATTGAATTCATGCCTTGGGGGTTTTGTTTTAAGCCAGTAATCTAGCAAGTTT
TCTAGTTGTCCTAGAGCAATTACTTGTAAGGGTTGTTAAAGATTGATAGCAGCAAACATTCTATTGGCCTGGTTGGTTATTTGCTCAGTATAATAGTCACTCAGACCCTGGGTGACTGGACACATTAAAATTAACTGCTCAAAGAAGTAGTTTAAATGTTCGCATGGCAGAAAATTATTGTTTTAATACTCAACTTATGT
GATGCTTATGCTGTGGAAGATATCGGTGGTGTGGTCTAGTGGCCAGAAGTCGAAAAAAACCAAAAAACATTTTTGTTTAAAGCCTTGCAATTTCGCTATGAAGCATACTGAAATAGCTAGTGTTGGTCATGTTGTATATTTGCTAC




Intron 8 GTACGTCAAT ... GTTTGTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1048.9412914



>TRINITY_DN44651_c0_g1_i13 from sample A6 / Example spliced isoform
GAAATCAATGCTTGATCATGTGTGGTATAAAACATGCAAAATGCATAAATTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGG
AGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGG


>TRINITY_DN44651_c0_g1_i14 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGA
CAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGGTATGTGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGATCTTCACTCTCACTCATATGTTCTGTTTTGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGAATAAAACATGCAAAATGCATAAAgtacgtcaatgtcta
ttttgaatatttctagatgtatatcaacaatattttatgctgtcatgtcggtgtttgttttttataaggtcattcgattagggctggtctttacaaatattttctttcccttagagatcttgtcactgagcctttttaagatgtttgtgtag
TTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTA
GAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTT
TGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTT
TTGTTGCAATAGCAAAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAA




Intron 9 GTGGCTATAT ... TTACTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A810.966579
A910.6159311
A1014.556514



>TRINITY_DN118835_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
TATTAACATGTCCAACTTCATTTTTTTTTTCACCATATTTATGGGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTC
AGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAA
TCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCA
AGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCA
CTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATA
ATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAA
ACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTG
TGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAG
GTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGG


>TRINITY_DN118835_c0_g1_i21 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TATTAACATGTCCAACTTCATTTTTTTTTTCACCATATTTATGGGGCTCTTGGTGGGAAAATGGGCAATTTCTATTGAGGAGAGGGAGATTGCGTGGGCATGTCGGGTTCAGTGGCTGGGATTTCTTTAGGCACCGGCGTCGGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGGC
TGCAATTTGAAATCAAGTAGACATCTTTTTCACTACTCTTCACGGGTAAACATGCTCAACACCAAGTGGCAGACATGCTCAGCATCACTTGACGGCTATGCAGCAACTCTGGACATGCAACAACTTAGAAGGCGGTGGAGACTTGAGCATTGACATTGAAGCTCAATATGCAAGCTCCCTTGCTACTACAAATGCACACC
CTGTGAACACACTATCATCCTTTTGTCATGAGGCTATTGTTTATTCAGTGGCGGAAAAATTTATGATATAGAATGGAATGCCTTCTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTAACAAGCTCTCTCAAGATGTTTTGCAAGATCATT
TTCGTGCATATGTTATTGGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTATTTTTGTTTATTTATTTTCGTGCATATGTTATTTGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTCTTTTTGTTTATTTATTTTGATTTTGAGCAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAA
TGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATT
GGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTC
TTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTA
TCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTC
AGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCT
GTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGGTATGTGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGATCTTCACTCTCACTCATATGTTCTGTTTTGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGTATAAAACATGCAAAATGCATAAA
GTACGTCAATGTCTATTTTGAATATTTCTAGATGTATATCAACAATATTTTATGCTGTCATGTCGGTGTTTGTTTTTTATAAGGTCATTCGATTAGGGCTGGTCTTTAAAAATATTTTATTTGCCTTAGATATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTT
GGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGgtggctatattttttatgttcttcggccttctatgtttttaggttagataactatgatgtcaaacgttttatgagacttgcaatgaattacttgcagTCCCATAGAGCC
ACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCC
CAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCTAATGAAAAGGGAAACATGTTCGATCATGATATGGTGCTTAAAATACTCAGTAATCCACAAATAATTGA
AACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCATGATGCACCTAACACTCCTTGCAATGTTGGCCACGATCAGAGCCTATTAACTATGTCCAGACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAATAATTGGAAATAATAGGAGCAGTC
TAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATACGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACAGGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGCCTGTGACAGTTTCTGTTTCAACCACT
ATGGGTGTATGTCAGCCTTCTATGGGAGTTTCAACAACTGCATCAACAGCCGCCTCAGTGAATCAATCAAGTTTTCCAGATGAACAATACTACAAGAATCTTATCCAAAAACATGGTTTACAAAATGACAATGATCAGATCAAACATCAACATGGTATTCAGTACTACAGAGACCTTATTCAGCAACATGGTGGGGCAGA
TAAGTTTGAAGAACAAAAGTGCCAAGGTGGTAATTTTGCTAATAATGAAAGAGCATTTGGAGATCCAAATAGATCCAAATTTCGCAAACCCTGCTTGTACTTTAACACACCAAATGGTTGTCGTCGTGGAGCTAGCTGTGCTTTTCTGCATGAGGAGTTCGATAGACCAAAATTTGATGTATCTGACTTGAAACTTTCAA
AGAGGGCCAAGGCCGAAACTGAAGCTCCTGTAAGAAATTGAATTGACATTTGATTGTCTGGTATAGCTCTTGCATGTGTTTTCCTTTTGCTTTTCATATTCGTACCGCGAGGGATCCCTTTAATTGTGACCTCACTACAATCTTGTATAAGCTTACAACTGAGATAATGCAAGTAAATTTTGTATATATCGGAAATCAGC
AG




Intron 10 GTTTGTAGCA ... TTATTGGAAG

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>TRINITY_DN118835_c0_g1_i15 from sample A3 / Example spliced isoform
TGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATTTTGGAGATTTC
ATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAG
ATGCCCCATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTT
TCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGG
AGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTG
CAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCTAATGAAAAGGGAAACATGTTCGATCATGATATGGTGCTTAAAATACTCAGTAATCCACAAATAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAG
CA


>TRINITY_DN118835_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATTTTGGAGATTTC
ATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGgtttgtagcactatgttgtaatatctttgggttgggattcctctatctatttttgtgttttgttttgtctccaaatgtaacgaggttggggattgttgataagatccactgcccagaagattttttaca
agacttctgttgattgaagcttccaacaaacccaagtcttttttattgggcggtaaatgaaaatactatgtcagagaaacgtcgtgagatgcttttgcattataaattgtgatatcaatgggatataacaggacccattatatgatcaggaagcttaagtagagtaatatcaagggtagtgttagcttttgtttgacatc
tggaagaggcaatctcgtgaggtttgagctctggacctctgatggctgcaattttgttattggaag
GCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCC
CCATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATG
GCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACT
TGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACA
GAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCTAATGAAAAGGGAAACATGTTCGATCATGATATGGTGCTTAAAATACTCAGTAATCCACAAATAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCA




Intron 11 GTATGCTTCG ... TTATTGGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN120903_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
GGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTC
TGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTG
CTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTG
CCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACAT
TACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACA


>TRINITY_DN120903_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGgtatgcttcgatcctgtacataccttcaataccctttttcaaaactaaaaacgcgatccagggcagcatgaatatgttttcccagccaaaagcattgcggcggcaattgctatatcttagaaccaactggattttggagatttca
tgacagcactttctctattacatattgcctaggcttcaatatcaagctattcggcaatttcagagcactggtttgtagcactatgttgtaatatctttgggttgggattcctctatctatttttgtgttttgttttgtctccaaatgtaacgaggttggggattgttgataagatccactgcccagaagattttttacaa
gacttctgttgattgaagcttccaacaaacccaagtcttttttattgggcggtaaatgaaaatactatgtcagagaaacgtcgtgagatgcttttgcattataaattgtgatatcaatgggatataacaggacccattatatgatcaggaagcttaagtagagtaatatcaagggtagtgttagcttttgtttgacatct
ggaagaggcaatctcgtgaggtttgagctctggacctctgatggctgcaattttgttattggaag
GCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCC
CATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATGG
CAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTT
GAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAG
AACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACA




Intron 12 GTAACAAGCT ... TTTTGAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A15012816
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A834.4819119
A956.52101115
A1051.72141614



>TRINITY_DN48449_c0_g1_i18 from sample A10 / Example spliced isoform
GTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAATATTTTTTCTTTAGTGGACTCTCAACTTTACCCAACCTGTACACACTAACCGGGCTGCAATTTGAAATCAAGTAGACATCTTTTTCACTACTCTTCACGGGTAAACATGCTCAACACCAAGTAGCAAACATGCTCAGCATCACTTGACGGCTATGCAGCAACTCTGGACATGCAAC
AACTTAGAAGGCGGTGGAGACTTGAGCATTGACATTGAAGCTCAATATGCAAGCTCCCTTGCTACTACAAATGCACACCCTGTGAACACACTATCATCCTTTTGTCATGAGGCTATTGTTTATTCAGTGGCGGAAAAATTTATGATATAGAATGGAATGCCTTCTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAA
CCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATG


>TRINITY_DN48449_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TGGTGGGAAAATGGGCAATTTCTATTGAGGAGAGGGAGATTGCGTGGGCATGTCGGGTTCAGTGGCTGGGATTTCTTTAGGCACCGGCGTCGGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGGCTGCAATTTGAAATCAAGTAGACATCTTTTTCACTACTCTTCACGGGTAAA
CATGCTCAACACCAAGTGGCAGACATGCTCAGCATCACTTGACGGCTATGCAGCAACTCTGGACATGCAACAACTTAGAAGGCGGTGGAGACTTGAGCATTGACATTGAAGCTCAATATGCAAGCTCCCTTGCTACTACAAATGCACACCCTGTGAACACACTATCATCCTTTTGTCATGAGGCTATTGTTTATTCAGTG
GCGGAAAAATTTATGATATAGAATGGAATGCCTTCTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGgtaacaagctctctcaagatgttttgcaagatcattttcgtgcatatgttattggtagccttgcacaaatcataaaatattttgta
tttttgtttatttattttcgtgcatatgttatttgtagccttgcacaaatcataaaatattttgtctttttgtttatttattttgattttgagcag
GTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCC
ATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTA
AAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCAC
AGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTC
TCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGAT
AGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAA
TTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATT
CTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCAC
TCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGAT
GCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATACGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGT
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AAAATTATGATCCACACAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAG
GTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGT
GTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTC
TCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTT
CAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGATTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATAACAT




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>TRINITY_DN48449_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform
TGGTGGGAAAATGGGCAATTTCTATTGAGGAGAGGGAGATTGCGTGGGCATGTCGGGTTCAGTGGCTGGGATTTCTTTAGGCACCGGCGTCGGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGGCTGCAATTTGAAATCAAGTAGACATCTTTTTCACTACTCTTCACGGGTAAA
CATGCTCAACACCAAGTGGCAGACATGCTCAGCATCACTTGACGGCTATGCAGCAACTCTGGACATGCAACAACTTAGAAGGCGGTGGAGACTTGAGCATTGACATTGAAGCTCAATATGCAAGCTCCCTTGCTACTACAAATGCACACCCTGTGAACACACTATCATCCTTTTGTCATGAGGCTATTGTTTATTCAGTG
GCGGAAAAATTTATGATATAGAATGGAATGCCTTCTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTAACAAGCTCTCTCAAGATGTTTTGCAAGATCATTTTCGTGCATATGTTATTGGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTA
TTTTTGTTTATTTATTTTCGTGCATATGTTATTTGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTCTTTTTGTTTATTTATTTTGATTTTGAGCAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCC
ATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTA
AAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCAC
AGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTC
TCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGAT
AGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAA
TTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATT
CTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCAC
TCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGAT
GCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATACGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGT
AGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACAT
AAAATTATGATCCACACAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAG
GTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGT
GTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTC
TCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTT
CAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGATTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATAACAT


>TRINITY_DN48449_c0_g1_i27 from sample A10 / Example unspliced isoform:
GGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTAGGCCACTTTCGATATCAAACCTTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTT
TTCTTTTTTTTTCTGGGGTTTCATAATACCAGTCATAGGCTTCAACTGGATTGTTTTGCATCATTGGAGCCTCTTTTTGTGGAGTTGACGGAACATTCTGGCACTGCTGGCATGGAGTCGCTGGAATGTCTTCGCCCACAATACCTGAAATCGCAATTCAGAACAAATCATGACGAAGGGTTTGGATTTGGAATTGGAAA
TATGACAAATGTTTTTTTTTGTTTTTTAATATGTACCTTCTTTAGAATTGAGACATGAATTCGTCAAGTAGCAGCGGCAACCTGCAAAACCAGAAATTTCTATAGCAATTGTTTGCAAATTTTCTATGGAATTTAATGGATTTAAAGATGGTTTTGCTTACCTTCATAAGTAGAGGGGACATAGGGACTCAAACTTGGGT
GAACACCATTGTTTAGAGCTTTTTACAGGAGGTGAGATTATTACAACGATAGCCGCAGCAACAACTTTTTATTAGAGAATAAAAAACAGTTCCCTGCCAAGCAGAAGGAACTCTATAAATGGATTCTGCAGCATTGGATTAATTTTGCCCATTTTACAATGAGGCATATCGGCTGCAATTTGAAATCAAGTAGACATCTT
TTTCACTACTCTTCACGGGTAAACATGCTCAACACCAAGTGGCAGACATGCTCAGCATCACTTGACGGCTATGCAGCAACTCTGGACATGCAACAACTTAGAAGGCGGTGGAGACTTGAGCATTGACATTGAAGCTCAATATGCAAGCTCCCTTGCTACTACAAATGCACACCCTGTGAACACACTATCATCCTTTTGTC
ATGAGGCTATTGTTTATTCAGTGGCGGAAAAATTTATGATATAGAATGGAATGCCTTCTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTAACAAGCTCTCTCAAGATGTTTTGCAAGATCATTTTCGTGCATATGTTATTGGTAGCCTTG
CACAAATCATAAAATATTTTGTATTTTTGTTTATTTATTTTCGTGCATATGTTATTTGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTCTTTTTGTTTATTTATTTTGATTTTGAGCAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCT
TGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAGTTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTC
AATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAATTAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGT
GCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATATTCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGA
TCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATCAAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTA
TTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAA
GCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGgtatgcgaacataatttcttgctcttatatggggtcttgcactctcactcatatgttctgttatgcagaaatcaatgcttgatcatgtgtagaataaaacatgcaaagtgcataaagtacgtcaatgtctattttgaatatt
tctagatgtatatcaacaatattctatgctgtcatgtcggtgtttgtttttaataaggtcattcgattagggctggtctttaaaaatattttatttgccttagatatcttgtcactgagcctttttaagatgtttgtgtag
TTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTA
CATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGGTGGCTATATTTTTTATGTTCTTCGGCCTTCTACGTTTTTAGGTTAGATAGCTATGATGTCAAACGTTTTATGAGACTTGCAATGAATTACTTGCAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTG
ATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGT
CACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCAC
GATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATACGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACC
TGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAA
CATAAAATTATGATCCACACAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGG
TAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTC
TGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTT
GTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATTTTTCGTATATAGTCTTGATACTTTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATT
CTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGATTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATAAC
AT




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>TRINITY_DN44051_c0_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoform
TGTAAGTTAATATTTTTCTAAATCGTTCACAATTTTCCAAAACATAACCTTATTAACATGTCCAACTTCATTTTTTTTTTCACCATATTTATGGGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAAT
TTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAG
AATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGGTATGTGAACATAATTTCTTGCTCTTATATGGGATCTTCACTCTCACTCATATGTTCTGTTTTGCAGAAATCAATGCTTGATCATGTGTAGAATAAAACATGCAAAATGCATAAAGTACGTCAATGTCTATTTTGAATATTTCTAG
ATGTATATCAACAATATTTTATGCTGTCATGTCGGTGTTTGTTTTTTATAAGGTCATTCGATTAGGGCTGGTCTTTAAAAATATTTTATTTGCCTTAGATATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTG
TGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAG
GTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAA
ATCCACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAAGAATAATATTCAATTGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGTCAAGTTGCTTCCTCTGGAATAAT


>TRINITY_DN44051_c0_g1_i27 from sample A9 / Example unspliced isoform:
TGTAAGTTAATATTTTTCTAAATCGTTCACAATTTTCCAAAACATAACCTTATTAACATGTCCAACTTCATTTTTTTTTTCACCATATTTATGGGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAAT
TTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAgtaggccactttcgatatcaaaccttttttttctttttttttctttttctttttttttctggggtttcataataccagtcataggcttcaactggattgttttgcatcattggagcctctttttgtggagttgacggaacattctggcactgc
tggcatggagtcgctggaatgtcttagcccacaatacctgaaattgcaattcagaacaaatcatgacgaagggtttggatttggaattggaaatacgacaaag
GTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATG




Intron 15 GTAAACTAGA ... GGAGTTTCAG

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>TRINITY_DN47568_c2_g1_i16 from sample A7 / Example spliced isoform
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TTGGAGATTTCATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAA
GATTTTTTACAAGACTTCTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTT
TGTTTGACATCTGGAAGAGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTG
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ACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTA
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AACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCAT
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CCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACT
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AGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTA
AAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAAT
GAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATA


>TRINITY_DN47568_c2_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATT
TTGGAGATTTCATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAA
GATTTTTTACAAGACTTCTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTT
TGTTTGACATCTGGAAGAGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTG
CTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATG
AAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAA
ACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTA
AACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATT
AACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCAT
TGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACATAAAATTATGATCCACACAGgtaaactagatatccaaatcgttaa
attttcattcgaaaaactaatatataatattgaaaattaaattaattctcaatttttcaattttataactatgtaatctagtcaataattgccagtattgactgatggcagcatgacgcctaaattgtttacttgtggatcgaggcttttgttagtaaagtacatagaggaaggttcctgatctatttccatgcttatta
tttgggagtttcag
ATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATT
TACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTA
TTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGC
AAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATA
TTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATA




Intron 16 GTATGTCAGC ... GGAGTTTCAG

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>TRINITY_DN47568_c2_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform
TTTCTGATTCAACCACTATGGGTATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGG
GTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGT
CTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGAT


>TRINITY_DN47568_c2_g1_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATT
TTGGAGATTTCATGACAGCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAA
GATTTTTTACAAGACTTCTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTT
TGTTTGACATCTGGAAGAGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTG
CTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATG
AAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAA
ACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTA
AACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATT
AACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCAT
TGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTgtatgtcagcctccatactatataactatgaaattccatttttaccacagcttacaaatcatattgtttacataaacataaaattatgatccacacagcatgacgcctaaattgtttacttgt
ggatcgaggcttttgttagtaaagtacatagaggaaggttcctgatctatttccatgcttattatttgggagtttcag
ATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGG
TTGCCTCTACTTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCA
CGTATTTGAAGGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTG
GTTCTATTTTACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAA
TATATTCCGGTTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTG
CAATAAGTAGGCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATA




Intron 17 GTATATTTCT ... TTCATTTCAG

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>TRINITY_DN48449_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoform
TTTGAAATCTATAATGTTAATTTAATTATTTTATTTTATTGTAATTATTTAATAAAATATATTAATACTCGCTCAAGTTTTATTGGATCAAAGTCATTGATTAGATTAATATTATCATTCTCAAGGATTACAAAAATTAGAATTACAACTTACTTTAGCTATACTTTTACATATACAGATATTTTTTCTTTAGTGGACTC
TCAACTTTACCCAACCTGTACACACTAACCGGGCTGCAATTTGAAATCAAGTAGACATCTTTTTCACTACTCTTCACGGGTAAACATGCTCAACACCAAGTAGCAAACATGCTCAGCATCACTTGACGGCTATGCAGCAACTCTGGACATGCAACAACTTAGAAGGCGGTGGAGACTTGAGCATTGACATTGAAGCTCAA
TATGCAAGCTCCCTTGCTACTACAAATGCACACCCTGTGAACACACTATCATCCTTTTGTCATGAGGCTATTGTTTATTCAGTGGCGGAAAAATTTATGATATAGAATGGAATGCCTTCTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGT
CAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATAC
AAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACC
CGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCA


>TRINITY_DN48449_c0_g1_i15 from sample A10 / Example unspliced isoform:
GGGTTCTTGGCGAGAAAATGGGCAATTTCTACTGAGCAGAGGGAGATTGCGTGGGCGTGTCGGGTTCAGTGGCTGGGACTTCTTTAGGCACCGGCGTCTGCATTAATTTGGAGTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCG
AACTTCAATGgtatatttctgtatccgaaaattcttgtgatgagggtaccatggttccatgaccgaaataaatagcgcaggcttcccgtgagtttgtggtaggtagtgcaagctctttgaaattgctatgcaagttcgaagctcagtttgggaagaatcagtgaaggagctgcagtgttttggatcggtgtcgattgtac
tggccattggacaagttgtttccaatatgatattcaatgttggccaagggagttgttaaaaaaaattgcaaccctgcaatttatgaagcaattagtgaggcatatgcattttctatcattgaattagtactttctttagtcaatggattgatggccaagttccaagaagatttttatttggagattctcttgatcacatt
gcattttctttttacaacctaatgctctaagatgtgcttgtttattctctttgttcacagcttaatgaacctgtgctggtttttttctatattcacagcttaatgctctatattggcataagtttgcagattttcatttcaatttttctcttgttcactgtacattttctttctctggttttaaggctctaaattgttct
agattttatcttgttcatatctttaaagctctagatcatgctatgtttgtggattttctccagttaggcctggatgtcattatttttgtatcaaataagctgttttttggactgtgtttttgagacgaatgttgtatacatcatctctgatcaaataatgcctgcacaccttcaagtttggtattagttatccgctgtag
aatgattcaggttcctttatgacatttgctctctattcttcttacagaccaatgagatagatattaatgtcaacttttcatttcag
GTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGT
AATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCA
TCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACCCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCA




Intron 18 GTATGCTTCG ... TTTGTGCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN44651_c0_g1_i11 from sample A6 / Example spliced isoform
GTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTA
TACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCC
ACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCC
CAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAAGAATAATATTCAATTGGACCTGATGCCTA
ATTTGCCGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAATAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAAT
AAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGAC


>TRINITY_DN44651_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGgtatgcttcgatcctgtacataccttcaataccctttttcaaaactaaaaacgcgatccagggcagcatgaatatgtttttccagccaaaagcattgcggcggcaattgctatatcttagaaccaactggattttggagattt
catgacagcactttctctattacatattgcctaggcttcaatatcaagctattcggcaatttcagagcactggtttgtagcactatgttgtaatatctttgggttgggattcctctatctatttttgtgttttgttttgtctccaaatgtaacgaggttggggattgttgataagatccactgcccagaagattttttac
aagacttctgttgattgaagcttccaacaaacccaagtcttttttattgggcggtaaatgaaaatactatgtcagagaaacgtcgtgagatgcttttgcattataaattgtgatatcaatgggatataacaggacccattatatgatcaggaagcttaagtagagtaatatcaagggtagtgttagcttttgtttgacat
ctggaagaggcaatctcgtgaggtttgagctctggacctctgatggctgcaattttgttattggaaggcactggggtatcgaatggtcttgcccccaaagctgtccagacaaagcctaagaatcaaggagttgttaagagagtatcatgggctcccgagtacaatttgtgccag
GTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGC
CCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGTTTGTCATGAAGGATTCAT
GGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACT
TGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAAC
AGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATCCACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCC
ATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAATAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACATGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGAT
GGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACATAAAATTATGATCCACACAGCATGACGCCTAAATTGTTTACTTGTGGATCGAGGC
TTTTGTTAGTAAAGTACATAGAGGAAGGTTCCTGATCTATTTCCATGCTTATTATTTGGGAGTTTCAGATGGACGTCGTACGTTCAAACTCCCCCTCGTGGAAGGAGATGGCAAGGATGCCTCCATCCATGATCAAGGAATTTGAACAGCTTCCATTTGACATATGTTTTGACTGGGTGGGACTGGACGGTTGCCTCTAC
TTTAAAGCCTATGGATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAA
GGACGCTGCTGTGTGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTT
ACACAGGTAATTTTCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGG
TTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTCGAAGCAAATTCTTCAATATTATTTGAAGACCTTGTTATTGATATCAATTCTTACAATGAATAGCCCATTTCTTGTAGATAGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATGAACAGGTTTTCATTTGGTCAACCTCTTACAGAACGGTTGTCATCTGCTTGCAATAAGTAG
GCATTTTATGGGGTTTACAACCATTTTCTTAAACTATTCTAATAACATGGTTCTACTGGTTATTTAATATTAGTGTTTACCTTGACTGCTG




Intron 19 GTATGTGAAC ... GTTTGTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN129438_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
CTTTTAAGCAGTAGCCTAGAAACTTCTTCATATACAACCGAGACATATTAGCCCTTGTATACCTGGTTGCAGTCGCAAAGGTAACAAGCTCTCTCAAGATGTTTTGCAAGATCATTTTCGTGCATATGTTATTGGTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTATTTTTGTTTATTTATTTTCGTGCATATGTTATTT
GTAGCCTTGCACAAATCATAAAATATTTTGTCTTTTTGTTTATTTATTTTGATTTTGAGCAGGTCAGTCGTCGATTGAGAATAGCCGCCTCTGCTATTACGCTACTCGAACTTCAATGGTATATTTCTGTATCCGAAAATTCTTGTGATGAGGGTACCATGGTTCCATGACCGAAATAAATAGCGCAGGCTTCCCGTGAG
TTTGTGGTAGGTAGTGCAAGCTCTTTGAAATTGCTATGCAAGTTCGAAGCTCAGTTTGGGAAGAATCAGTGAAGGAGCTGCAGTGTTTTGGATCGGTGTCGATTGTACTGGCCATTGGACAAGTTGTTTCCAATATGATATTCAATGTTGGCCAAGGGAGTTGTTAAAAAAAATTGCAACCCTGCAATTTATGAAGCAAT
TAGTGAGGCATATGCATTTTCTATCATTGAATTAGTACTTTCTTTAGTCAATGGATTGATGGCCAAGTTCCAAGAAGATTTTTATTTGGAGATTCTCTTGATCACATTGCATTTTCTTTTTACAACCTAATGCTCTAAGATGTGCTTGTTTATTCTCTTTGTTCACAGCTTAATGAACCTGTGCTGGTTTTTTTCTATAT
TCACAGCTTAATGCTCTATATTGGCATAAGTTTGCAGATTTTCATTTCAATTTTTCTCTTGTTCACTGTACATTTTCTTTCTCTGGTTTTAAGGCTCTAAATTGTTCTAGATTTTATCTTGTTCATATCTTTAAAGCTCTAGATCATGCTATGTTTGTGGATTTTCTCCAGTTAGGCCTGGATGTCATTATTTTTGTATC
AAATAAGCTGTTTTTTGGACTGTGTTTTTGAGACGAATGTTGTATACATCATCTCTGATCAAATAATGCCTGCACACCTTCAAGTTTGGTATTAGTTATCCGCTGTAGAATGATTCAGGTTCCTTTATGACATTTGCTCTCTATTCTTCTTACAGACCAATGAGATAGATATTAATGTCAACTTTTCATTTCAGGTGAGA
CTATTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAG
G
TTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGAGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGA
AGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAATATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTA
TCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTGATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATC
AGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCTCTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCC
TCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTTACCACAGCTTACAAATCATATTGTTTACATAAACATAAAATTATGATCCACACAGGTAAACTAGATATCC
AAATCGTTAAATTTTCATTCGAAAAACTAATATATAATATTGAAAATTAAATTAATTCTCAATTTTTCAATTTTATAACTATGTAATCTAGTCAATAATTGCCAGTATTGACTGATGGCAGCATGACGCCTAAATTGTTTACTTGTGGGTCGAGGCTTTTGTTAGTAAAGTACATAGAGGAAGGTTCCTGATCTATTTCC
A


>TRINITY_DN129438_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCGAACCTTTTCATGGGCGTGAATCCAGGAAGCCCAATCCAGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCTTGGCTGACCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGCATATGGTTCTGGATTTGAAGGTAATCATCTGTTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATAT
ACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGTCCCCCCAGGgtatgtgaacataatttcttgctcttatatgggatcttcactctcactcatatgttctgttttgcagaaatcaatgcttgatcatgtgtagtataaaacatgcaaaatgcataaagtacgtcaatgtctattttgaatatttctagatgta
tatcaacaatattttatgctgtcatgtcggtgtttgttttttataaggtcattcgattagggctggtctttaaaaatattttatttgccttagatatcttgtcactgagcctttttaagatgtttgtgtag
TTTGTCATGAAGGATTCATGGCAAGTAGTTGTTGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACATTGTGAGA
GAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTGTATACCCACGCCCATCGTCTATTCCACCAAGGTGGCTATATTTTTTATGTTCTTCGGCCTTCTATGTTTTTAGGTTAGATAGCTATGATGTCAAACGTTTTATGAGAC




Intron 20 GTGGCTATAT ... TTACTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.852417
A222.6232.5712
A322.531513
A421.5740616
A514.291532
A620.4535315
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A813.0263.5910
A913.9961.5911
A1012.2564.5414



>TRINITY_DN108313_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
GTCTTTACAAATATTTTCTTTCCCTTAGAGATCTTGTCACTGAGCCTTTTTAAGATGTTTGTGTAGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGA
GCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGTAGGTGATGCTTATTGTCATCTCCGTTCCACTTTATTATTTGCTCTAGG


>TRINITY_DN108313_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTATGCTTCGATCCTGTACATACCTTCAATACCCTTTTTCAAAACTAAAAACGCGATCCAGGGCAGCATGAATATGTTTTTCCAGCCAAAAGCATTGCGGCGGCAATTGCTATATCTTAGAACCAACTGGATTTTGGAGATTTCATGACA
GCACTTTCTCTATTACATATTGCCTAGGCTTCAATATCAAGCTATTCGGCAATTTCAGAGCACTGGTTTGTAGCACTATGTTGTAATATCTTTGGGTTGGGATTCCTCTATCTATTTTTGTGTTTTGTTTTGTCTCCAAATGTAACGAGGTTGGGGATTGTTGATAAGATCCACTGCCCAGAAGATTTTTTACAAGACTT
CTGTTGATTGAAGCTTCCAACAAACCCAAGTCTTTTTTATTGGGCGGTAAATGAAAATACTATGTCAGAGAAACGTCGTGAGATGCTTTTGCATTATAAATTGTGATATCAATGGGATATAACAGGACCCATTATATGATCAGGAAGCTTAAGTAGAGTAATATCAAGGGTAGTGTTAGCTTTTGTTTGACATCTGGAAG
AGGCAATCTCGTGAGGTTTGAGCTCTGGACCTCTGATGGCTGCAATTTTGTTATTGGAAGGCACTGGGGTATCGAATGGTCTTGCCCCCAAAGCTGTCCAGACAAAGCCTAAGAATCAAGGAGTTGTTAAGAGAGTATCATGGGCTCCCGAGTACAATTTGTGCCAGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTT
CAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGT
AGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGgtggctatattttttatgttcttaggccttctatgtttttaggttagatagctatgatgtcaaacgttttatgagacttgcatgaattacttgcagTCCCA
T
AGAGCCACTCGAGCTGCAGGAGGACTATAGTGATTCTGATACTCCTATGATTCCATTGATTCCCGTGGAAGATGATTAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCATAATATAATAGAAATACAACCAAATTCTACAGGGAAT
ATCATCCCAAGGTGGCAACTCTGTTTCTGTGGTCACTCCTAGTGTTGATCAGCAAAGACAGTCATCTTTATCCATATCTAAACCTGCAACAGAACCTGACATTACTGCAGCTGCTGCTTTTGTTGCAATAGCAAAATACACAAAGAATTGAAACATTGACATCTCAGCTCAAAAGAAATAATAATATTCAAATGGACCTG
ATGCCTAATTTGCAGGCAATTGACAGCAAGCACGATGCACCTAATACTCCTTGCAATGTTGGCCATGATCAGAGCGTATTAACTATGTCCATACTGCAAGGAGCATGCCAAGTTGCTTCCTCTGGAGTAATTGGAAATAATAGGAGCAGTCTAGTTACAAGTGAAATGGCATGTGGCAATTTTCAAGGGGCTTCACATCT
CTGTAATAAGGAAGTGAAAAGCTTTGGTGCACCTGTAGCAGTGGCACAGACTTCTATATCTATGGCTTCCTCCTCTCCATTGCCTCCGATGGCTGGACTTGCAAATTCACATCTTTCGTCAATGACTGCGACAGTTTCTGATTCAACCACTATGGGTGTATGTCAGCCTCCATACTATATAACTATGAAATTCCATTTTT
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GATATTCAACAGCCAATGATACCGTTTTGAGGGTAGGTATTTACAACATCAACGAAAATTCATGGAGTTGGCTTCCCACTTGTTCCATGCCACTAGGGCCTGCTATTCTCGTCTCACGGCTTTCAGGCCCAGGCTTCACAGCTTTCATTGCTCCACAGCTTTCAGGCCCAGGCATCACGTATTTGAAGGACGCTGCTGTG
TGATGGTTTCTACTATAATTCTGTCATTATGTCTGTGTTTATTTTATTGCTCCACGAGAGGGTAACTCTGGCGATCCTAAAGTTTGATCACCATAGCTTTCCTGCAAAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGAATCAATCACTTGTTAGTGGGATGGCTGGATCCTGTTAAGGTCTGGTTCTATTTTACACAGGTAATTT
TCTTTTGGCGTATTAAACTTTCCTGTGTAGGTTGTCTCTGCAAATGCACTATTTTGTGCTAGATTTGTGGGTTTTCATTAAAAAAAATATGTTGATAAACATCTTTCGTGTATAGTCTTGATACTCTATCCTTGATACTCTATCCGGTGAAAATAAAATTGCATATTTTCATTGGAATATATTCCGGT




Intron 21 GCACTGGGGT ... TTTGTGCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A963.64128.521
A1058.2128939



>TRINITY_DN47568_c2_g1_i17 from sample A7 / Example spliced isoform
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGCCCCATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTG
GAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCATGGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGT
CCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGACTTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGG


>TRINITY_DN47568_c2_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GCGGTAGGTAGTGGGCGTGAGGTGCAGCCGGGTATGCCGTCGAGACCATTTCCCTCTCATGATTACGgcactggggtatcgaatggtcttgcccccaaagctgtccagacaaagcctaagaatcaaggagttgttaagagagtatcatgggctcccgagtacaatttgtgccagGTGAGACTGTTTCTTGCTGAAGATGC
CCCATTTCAGTCTGGCCTGGCTGATCAAGACCATCTACAGGCAAAACAGTCTCGGTTGTGGCATGGATATGGTTCTGGATCTGAAGGTAATCAGCTGCTGGGCTTTGGAGACAACTATACAAAGCAGAATATACAGGAAGATTCAATTGTTCCTGAGACCACCTGGTGTTGCCCCCCCAGGTTTGTCATGAATCTTTCAT
GGCAAGTAGTTGCTGGGGATGAAAGTTTAGAAGTTAAAGTACAGTGTGAGCGAGAAGTCCGGAATTTGGAGGCTATATACCCACGCCCATCGTCCATTCCACCAAGTCCCATAGAGCCACTGGAGCTGCAGGAGGACTATTGTGATTCTGATACTCCTATCATTCCATTGATTCCTGTGGAAGATGATGAAACTGGAGAC
TTGAATGAAGTGCCTTCATCGCAAGATTTTGGAGAGTTGGGAATAGGTTCATATGAGCCATTCAGGATTATGCAGAATATGATAGAAATACAACCAAATTCTACAGG