sp|D8WUA4|SECA2_ARATH ----> Protein translocase subunit SECA2, chloroplastic

Intron 1 GTATGACTTG ... AATTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.75	57.5	14.8	25
A2	29.26	46.6	15.5	23
A3	31.68	28.8	11.7	15
A4	19.3	30.6	5.6	9
A5	25	18	4	8
A6	18.38	16.7	0.5	7
A7	14.42	22.6	1.4	6
A8	12.24	17.4	0.8	4
A9	13.03	27.1	1.1	7
A10	19.68	15.5	0.5	7

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGC
AGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTA
AATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGG
GCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAACTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTGAAGGGTTCAAAGAAGTAATATCTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCA
TTCTGTTCAGTTACGGGATCATTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCTTATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATA
AGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTAACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAAC
GGGATAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACTACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCTCCTTCCCACTTTGTTTTGCACATGTTCATTCCAAGTTACAAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGATGGAAGCTTTTCAGT
AGCCTATGGCTGCTGATTTCTCTATGTGCACAAGTGATCAAGTTATGGAATGCATTTTTTTGTCTTATATTTATCCCTGCTTCTATGTGGTGAGGCACTCTCACCTTACGGACCTGTCTTCTCCTAGACACCTTGCAGTAGATCATCTAATAAAGGGAGTGTACTTTACTCCTCTCCCTACTCTTGGTTAAATAGTCATA
TGATATTTAGTTACTAATACCTCTTTGTCTGATATCCATCAAATTGTTATGGCAAGGGGAATGATAATCTGTTAAATGCAAATACATGCAGATATAGTTATAATATGCATATAGGGTTTTATAAGGTGGAGGTGGATGGTTTTCAGCTTGTATTTTTATAATCACATTATGCACTTGATGTGAAACAAATAAAAATAGAA
GTATCTCTATAGATTGCTTTTGCAAAATATCTTTGTTAGTGGCCTGACGACTGTAGTCATGATATACAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATT
AGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATC
TTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATA

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTTGGTAAGCATGTTCTAACTGGAGATTTTGGATTTGTTATCATTTTGTATAAAAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTgtatgacttgtctacaattagtgctttgatttctactggttaggaagtagtaatgagtta
tggttaataggtaacttgcttttctatgcttcaaatttaccagGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATA
TTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTGTGTGTATTTTAGAGAGCTTTGCTTTGTATAATAATATTCCAATTCCAGCATTCAGTATTTTCAGCCTATATTTTGTTGTTTATGTTGCATTCTCAATGGTATTTATCATTTGATGGTCGATTTTTCTCAGACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAG
TAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAG

Intron 2 GTCTGGAAAG ... AGAAGTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.25	6	22	30
A2	69.7	5	12	11
A3	90.91	1	9	11
A4	73.91	3	11	6
A5	80	1	3	5
A6	76.12	8	24	27
A7	69.41	13	19	40
A8	64.24	27	37	60
A9	62.83	21	27	44
A10	73.33	8	20	24

>TRINITY_DN44197_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

CTACTCTTGGTTAAATAGTCATATGATATTTAGTTACTAATACCTCTTTGTCTGATATCCATCAAATTGTTATGGCAAGGGGAATGATAATCTGTTAAATGCAAATACACGCAGATATAGTTATAATATGCATATAGGGTTTTATAAGGTGGAGGTGGATGGTTTTCAGCTTGTATTTTTATAATCACATTATGCACTTG
ATGTGAAACAAATAAAAATAGAAGTATCTCTATAGATTGCTTTTGCAAAATATCTTTGTTAGTGGCCTGACGACTGTAGTCATGATATACAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAG
ATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGG
TCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTT
TACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCAAAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTT
CAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGTCATCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACAAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCAT
CGATAAATTTGCCAGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAATGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAGGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCGGATGGATCAGTGATAGAGCCAT
TGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTATTACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCAC
CTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTATTGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTA
TATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGGGTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGT
CCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTGATTTTACGTGATAAAAGTCAC

>TRINITY_DN44197_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGAAATGG
CAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACT
ATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAG
ATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGT
AGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATG
AAGGCAGGAATCCATTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATGTAGGTGCCAATTAAAACTTGTATTGCCAAATTTCTGAAGGGATGGATGTTCACATGGTTCTTGTTGTTTGATAAGACAATGAAGATCATTTTAGCTGCTAT
TTTATTTCACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAG
TGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAA
GAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTACCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATC
TGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTT
TGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCT
TTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATC
CAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCAAAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGG
CTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGTCATCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGAT
TCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACAAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATCGATAAATTTGCCAGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAATGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATT
GAAGGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCGGATGGATCAGTGATgtctggaaagtaccaagatgatgccaatcttcttcgtaaatacttgggagactttttgatcgcttcttacatacaagtggtcagagactcttgctatgattacacttatattcaagaagtagagAGAGCCA
TTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTATTACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCA
CCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTATTGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATT
ATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGGGTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCG
TCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTGATTTTACGTGATAAAAGTCAC

Intron 3 GTAGGTGCCA ... TTTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.56	44	7	8
A2	23.77	30	10.7	8
A3	16.5	35	6.9	7
A4	17.39	19	3	5
A5	16.6	24	6.6	3
A6	14.08	10	1	2.3
A7	21.09	35	11.7	7
A8	23.08	15	6	3
A9	15.79	24	4	5
A10	24.32	14	3	6

>TRINITY_DN47957_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTCAAACGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGGTGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCG
GCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGC
AGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCA
TTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTA
CTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGA
GATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCATTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACT
GAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTC
AGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGC
CCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCA
AAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCC
TCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAG
GTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCT
GGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCAAAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGT
GGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGCCATCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACGAAAGCTTTTGGATGAGTTTC
ACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATCGATAAATTTGCCAGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAATGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAGGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACA
TCGGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCAATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTACATACAAGTGGTCAGAGACTCTTGCTATGATTACACTTATATTCAAGAAGTAGAGAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAG
TCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTATTACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTA
TGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTATTGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAAT
TTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGGGTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGTCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTG
ATTTTACGTGATAAAAGTCACTACATAATTTGGTTAGCAA

>TRINITY_DN47957_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTCAAACGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGGTGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCG
GCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGC
AGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCA
TTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTA
CTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGA
GATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCATTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATgtaggtgccaattaaaacttgtattgccaaatttctgaaggg
atggatgttcacatggttcttatggatgttcacatggttcttattgtttgataagacaatgaagatcattttagctgctattttatttcagCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTT
GGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGT

Intron 4 GTAGGTTTTG ... GTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.38	41	0	1
A2	0	27	0	0
A3	17.14	29	0	6
A4	4.55	21	1	1
A5	0	16	0	0
A6	0	11	0	0
A7	0	29	0	0
A8	0	11	0	0
A9	0	18	0	0
A10	0	20	0	0

>TRINITY_DN121953_c1_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTGAAGGGCTGCATCGAGAGGCAGGTTTCAGCTCCTACGAGACTGGCCATTAATGCCTTGACCTGATAGTCTCCCAAATAGACTTAGTGACACTTCTCGCCAAGGGTGTCCCTATCGCTCTCTCCTTTTCGACTTTTCCCTTATTTCAAACGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGG
TGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGA
AATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACG
GGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATG
TCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATT
TCTGTAGGCCTTATCCAGAGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAAT
AGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATG
AAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGAT
ACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTACCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATG
GCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGGTTTGATCAACATCCCAAGTGCATTTTATAAGTAGAGAAGGTTCATGATTTG
CTTAGCTGTTTGAGTTATGCAAATTACAAATTTAAAAAACTAAGTTTAATTGATGTATGTGGAGTTTCATGTTTACAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAA
CTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTAAAGGGTTCAAAGAAGTAATATTTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCATTCTGTTCAGTTACGGGATCGTTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCT
TATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATAAGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTA
ACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAACGGGATAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACT
ACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCGCCTTCCCATTTTGTTTTGAACATGTTCATTCCAAGTTACGAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGA

>TRINITY_DN121953_c1_g1_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATCACATATTCAAACAACTCAgtaggttttgtatttcttttgttgctatcttctaattagattctggtttgcttcagtttagctctgtgccattctcaatggttgcctgatttacctgctgttatgctcaagttataaaaaaaattaccatgttgctgcagGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGA
AAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGTAAAACTTATGGTGGTTTGTGTTCTCAGTACATTGCTGGAGTGTTTCTGGACTGCTTAATGACTGTTTGATACACTTGAATCAGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAA
GCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATGTAGGTGCCAATTAAAACTTGTATTGCCAAATTTCTGAAGGGATGGAT

Intron 5 GCATGTAACT ... TGATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.23	45	19	20
A2	38.95	29	15	22
A3	39.53	26	21	13
A4	30.91	19	9	8
A5	56.25	7	9	9
A6	23.81	16	6	4
A7	16.67	40	7	9
A8	23.4	18	5	6
A9	28.16	37	13	16
A10	22.5	31	9	9

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCC
CGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTG
GCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAAT
GCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATC
ATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGT
ACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGG
ACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTT
TTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATG
AAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCA
AAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGCCA
TCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACAAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATTGATAAATTTGCCGGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAA
TGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAAGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCAGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCAATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTAC
ATACAAGTGGTCAGAGACTCTTGCTATGATTACACTTATATTCAAGAAGTAGAGAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTAT
TACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTAT
TGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGG
GTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGTCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTGATTTTACGTGATAAAAG

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGC
AGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTACCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTA
AATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGG
GCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGgcatgtaactagatatcattttggcgatgaatgttcttgctctattttgttcagttgtgggattattgaggatttaaaaagttgaagggttcaaagaagtaatatctcacctgaagatgaatgttcttgcacca
ttctgttcagttacgggatcattgggaaattggataattaaaggattcaaagaagtaatatttcccctgaaccttatctttgtgtgaactttgtatatggcatagatttcaatttttcaatgaaggcaaaagacaagaagaatttatgataggttcatgatatagtttagagtcaatgttgtaatccaacaaaaacaata
agaatgcctacttatttgatgtatttttactactgatacagttaactctgggctaactggaaactaagcctctaacacaggttaagtctcgaatatgtagataattgattgcccattccaacactagggatgaatagctgtgaattgccaagtggccgtcctgacataaaagttgtttttacttctgcatatgaagaaac
gggataacatggatatatatagcatgttaattgggctccacacataagtggacaacaagcacttactacatgctcttgggacctgcaaactcctgcctgctacaggatcgccttcccattttgttttgaacatgttcattccaagttacgagaatgatcttggagctgtcagactggatggaagcttttcagtagcctat
ggctgctgatttctctatgtgcacaagtgatcaagttatggaatgcatttttttgtcttatatttatccctgcttctatgtggtgaggcactctcaccttacggacctgtcttctcctagacaccttgcagtagatcatctaataaagggagtgtactttactcctctccctactcttggttaaatagtcatatgatatt
tagttactaatacctctttgtctgatatccatcaaattgttatggcaaggggaatgataatctgttaaatgcaaatacatgcagatatagttataatatgcatatagggttttataaggtggaggtggatggttttcagcttgtatttttataatcacattatgcacttgatgtgaaacaaataaaaatagaagtatctc
tatagattgcttttgcaaaatatctttgttagtggcctgacgactgtagtcatgatatacagATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAG
CTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGT
GTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATA

Intron 6 GTAAAACTTA ... CTTGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.53	52	1	16
A2	9.52	19	0	2
A3	23.73	45	5	14
A4	20	20	0	5
A5	20	20	0	5
A6	21.43	11	0	3
A7	11.43	31	1	4
A8	0	11	0	0
A9	16.67	15	0	3
A10	29.41	12	0	5

>TRINITY_DN121953_c1_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTGAAGGGCTGCATCGAGAGGCAGGTTTCAGCTCCTACGAGACTGGCCATTAATGCCTTGACCTGATAGTCTCCCAAATAGACTTAGTGACACTTCTCGCCAAGGGTGTCCCTATCGCTCTCTCCTTTTCGACTTTTCCCTTATTTCAAACGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGG
TGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGA
AATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACG
GGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATG
TCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATT
TCTGTAGGCCTTATCCAGAGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAAT
AGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATG
AAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGAT
ACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTACCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATG
GCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGGTTTGATCAACATCCCAAGTGCATTTTATAAGTAGAGAAGGTTCATGATTTG
CTTAGCTGTTTGAGTTATGCAAATTACAAATTTAAAAAACTAAGTTTAATTGATGTATGTGGAGTTTCATGTTTACAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAA
CTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTAAAGGGTTCAAAGAAGTAATATTTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCATTCTGTTCAGTTACGGGATCGTTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCT
TATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATAAGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTA
ACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAACGGGATAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACT
ACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCGCCTTCCCATTTTGTTTTGAACATGTTCATTCCAAGTTACGAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGA

>TRINITY_DN121953_c1_g1_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATCACATATTCAAACAACTCAGTAGGTTTTGTATTTCTTTTGTTGCTATCTTCTAATTAGATTCTGGTTTGCTTCAGTTTAGCTCTGTGCCATTCTCAATGGTTGCCTGATTTACCTGCTGTTATGCTCAAGTTATAAAAAAAATTACCATGTTGCTGCAGGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGA
AAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGgtaaaacttatggtggtttgtgttctcagtacattgctggagtgtttctggactgcttaatgactgtttgatacacttgaatcagGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAA
GCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATGTAGGTGCCAATTAAAACTTGTATTGCCAAATTTCTGAAGGGATGGAT

Intron 7 GCATGTAACT ... TGATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.23	45	19	20
A2	38.95	29	15	22
A3	39.53	26	21	13
A4	30.91	19	9	8
A5	56.25	7	9	9
A6	23.81	16	6	4
A7	16.67	40	7	9
A8	23.4	18	5	6
A9	28.16	37	13	16
A10	22.5	31	9	9

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCC
CGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTG
GCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAAT
GCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATC
ATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGT
ACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGG
ACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTT
TTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATG
AAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCA
AAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGCCA
TCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACAAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATTGATAAATTTGCCGGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAA
TGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAAGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCAGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCAATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTAC
ATACAAGTGGTCAGAGACTCTTGCTATGATTACACTTATATTCAAGAAGTAGAGAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTAT
TACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTAT
TGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGG
GTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGTCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTGATTTTACGTGATAAAAG

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGC
AGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTA
AATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGG
GCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGgcatgtaactagatatcattttggcgatgaatgttcttgctctattttgttcagttgtgggattattgaggatttaaaaagttgaagggttcaaagaagtaatatctcacctgaagatgaatgttcttgcacca
ttctgttcagttacgggatcattgggaaattggataattaaaggattcaaagaagtaatatttcccctgaaccttatctttgtgtgaactttgtatatggcatagatttcaatttttcaatgaaggcaaaagacaagaagaatttatgataggttcatgatatagtttagagtcaatgttgtaatccaacaaaaacaata
agaatgcctacttatttgatgtatttttactactgatacagttaactctgggctaactggaaactaagcctctaacacaggttaagtctcgaatatgtagataattgattgcccattccaacactagggatgaatagctgtgaattgccaagtggccgtcctgacataaaagttgtttttacttctgcatatgaagaaac
gggataacatggatatatatagctgctagcatgttaattgggctccacacataagtggacaacaagcacttactacatgctcttgggacctgcaaactcctgcctgctacaggatctccttcccactttgttttgcacatgttcattccaagttacaagaatgatcttggagctgtcagactggatggaagcttttcagt
agcctatggctgctgatttctctatgtgcacaagtgatcaagttatggaatgcatttttttgtcttatatttatccctgcttctatgtggtgaggcactctcaccttacggacctgtcttctcctagacaccttgcagtagatcatctaataaagggagtgtactttactcctctccctactcttggttaaatagtcata
tgatatttagttactaatacctctttgtctgatatccatcaaattgttatggcaaggggaatgataatctgttaaatgcaaatacatgcagatatagttataatatgcatatagggttttataaggtggaggtggatggttttcagcttgtatttttataatcacattatgcacttgatgtgaaacaaataaaaatagaa
gtatctctatagattgcttttgcaaaatatctttgttagtggcctgacgactgtagtcatgatatacagATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATT
AGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATC
TTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATA

Intron 8 GTTTGATCAA ... ATGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.07	32.5	16	22.6
A2	32.32	23.2	10.5	11.3
A3	27.55	40.2	13.5	15.3
A4	26.18	27.2	6	9.7
A5	30	7	3.5	3
A6	0	11	2	0
A7	4.06	30	5.5	1.3
A8	11.16	13	2	1.6
A9	4.88	37	11.5	1.9
A10	9.51	35	6.5	3.9

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGC
AGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTA
AATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGG
GCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAACTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTGAAGGGTTCAAAGAAGTAATATCTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCA
TTCTGTTCAGTTACGGGATCATTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCTTATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATA
AGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTAACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAAC
GGGATAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACTACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCTCCTTCCCACTTTGTTTTGCACATGTTCATTCCAAGTTACAAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGATGGAAGCTTTTCAGT
AGCCTATGGCTGCTGATTTCTCTATGTGCACAAGTGATCAAGTTATGGAATGCATTTTTTTGTCTTATATTTATCCCTGCTTCTATGTGGTGAGGCACTCTCACCTTACGGACCTGTCTTCTCCTAGACACCTTGCAGTAGATCATCTAATAAAGGGAGTGTACTTTACTCCTCTCCCTACTCTTGGTTAAATAGTCATA
TGATATTTAGTTACTAATACCTCTTTGTCTGATATCCATCAAATTGTTATGGCAAGGGGAATGATAATCTGTTAAATGCAAATACATGCAGATATAGTTATAATATGCATATAGGGTTTTATAAGGTGGAGGTGGATGGTTTTCAGCTTGTATTTTTATAATCACATTATGCACTTGATGTGAAACAAATAAAAATAGAA
GTATCTCTATAGATTGCTTTTGCAAAATATCTTTGTTAGTGGCCTGACGACTGTAGTCATGATATACAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATT
AGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATC
TTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATA

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TGTTTTTTGATTATATGCCATTTTAAATGGATAAATTCCTATCAATGTATTGTTACTATTCAACATATTTGTCTTATGTTTTATGATTGGATGCAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGgtttgatcaacatcccaagtgcatt
ttataagtagagaaggttcatgatttgcttagctgtttgagttatgcaaattacaaatttaaaaaactaagtttaattgatgtatgtggagtttcatgtttacagTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAAT
CCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAACTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTGAAGGGTTCAAAGAAGTAATATCTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCATTCTGTTCAGTTACGGGATCATTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATT
CAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCTTATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATAAGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACT
CTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTAACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAACGGGATAACATGGATATATATAGC

Intron 9 GTTTGTTGAA ... TGTGAGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.2	38.2	0	15
A2	18.52	22	0	5
A3	16.67	25	0	5
A4	18.52	22	0	5
A5	40.74	16	2	11
A6	11.11	8	0	1
A7	31.82	15	0	7
A8	0	3	0	0
A9	22.73	17	0	5
A10	29.41	12	0	5

>TRINITY_DN108174_c9_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

TTCAAACGGAAGTAAAAACGAAAATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGGTGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGC
AAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAG
TATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATT
TGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACT
TGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGA
TGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGA
AGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAG
ATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCC
AATATTCGCAAGGATTTACCTCTGCAAGCTTTTGCTGTGTGTATTTTAGAGAGCTTTGCTTTGTATAATAATATTCCAATTCCAGCATTCAGTATTTTCAGCCTATATTTTGTTGTTTATGTTGCATTCTCAATGGTATTTATCATTTGATGGTCGATTTTTCTCAGACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAG
GAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAA
TATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTC
TTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAG
CATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGC
AGTGAACTTAATATCAAAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATA
ATGCTGACTCTATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACGAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATCGATAAATTTGCCAGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAA
TGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAGGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCAGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCAATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTAC
ATACAAGTGGTCAGAGACTCTTGCTATGATTACACTTATATTCAAGAAGTAGAGAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTAT
TACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCG

>TRINITY_DN108174_c9_g1_i15 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CAGAGACTGACAAACAAACAGgtttgttgaatcatttttcttatgatatgtattgatttaagcagtatcagtttctaatcatagctataacctatcaacaaatattttttccttggttccttaatgggacgctgagtgtttgtttcctgctgtgagacagTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCT
TTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGGTGTTTTAAACATTTCCTCATCTATACAGGGATCATTTTACACATTATGTCACGAC

Intron 10 GTCAGAGACT ... AGAAGTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.29	5	28	30
A2	61.56	6.6	10	11
A3	73.33	4	11	11
A4	64.29	5	12	6
A5	81.82	1	4	5
A6	72.42	11.4	33	27
A7	77.55	11	36	40
A8	71.94	22.4	55	60
A9	66.13	21	38	44
A10	79.31	6	22	24

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGT
ATGACTTGTCTACAATTAGTGCTTTGATTTCTACTGGTTAGGAAGTAGTAATGAGTTATGGTTAATAGGTAACTTGCTTTTCTATGCTTCAAATTTACCAGGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAA
GAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATC
TGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTT
TGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCT
TTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATC
CAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCAAAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGG
CTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGCCATCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGAT
TCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACAAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATTGATAAATTTGCCGGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAATGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATT
GAAAGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCAGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCAATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTACATACAAGTGAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAA
ACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTATTACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCA
CATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTATTGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGT
ACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGGGTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGTCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATT
AAAATTGATTTTACGTGATAAAAG

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCC
CGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTG
GCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAAT
GCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATC
ATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGT
ACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGG
ACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTT
TTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATG
AAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCAAGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCA
AAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTATGATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGCCA
TCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACAAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATTGATAAATTTGCCGGTGTCACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAA
TGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAAGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCAGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCAATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTAC
ATACAAGTGgtcagagactcttgctatgattacacttatattcaagaagtagagAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATGAATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTAT
TACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATAGCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTAT
TGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGTTGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGG
GTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGTCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTGATTTTACGTGATAAAAG

Intron 11 GTGTGTATTT ... TTTTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.55	34.1	8.5	7.6
A2	14.22	24.6	4.1	1.2
A3	32.78	12.9	6.3	7.9
A4	18.89	17.3	4.2	0.4
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A7	16.3	29.3	6.4	0.2
A8	15	9	1.8	0
A9	10.42	15.7	1.9	0.1
A10	0	18	0	0

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGC
AGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTA
AATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGG
GCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAACTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTGAAGGGTTCAAAGAAGTAATATCTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCA
TTCTGTTCAGTTACGGGATCATTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCTTATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATA
AGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTAACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAAC
GGGATAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACTACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCTCCTTCCCACTTTGTTTTGCACATGTTCATTCCAAGTTACAAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGATGGAAGCTTTTCAGT
AGCCTATGGCTGCTGATTTCTCTATGTGCACAAGTGATCAAGTTATGGAATGCATTTTTTTGTCTTATATTTATCCCTGCTTCTATGTGGTGAGGCACTCTCACCTTACGGACCTGTCTTCTCCTAGACACCTTGCAGTAGATCATCTAATAAAGGGAGTGTACTTTACTCCTCTCCCTACTCTTGGTTAAATAGTCATA
TGATATTTAGTTACTAATACCTCTTTGTCTGATATCCATCAAATTGTTATGGCAAGGGGAATGATAATCTGTTAAATGCAAATACATGCAGATATAGTTATAATATGCATATAGGGTTTTATAAGGTGGAGGTGGATGGTTTTCAGCTTGTATTTTTATAATCACATTATGCACTTGATGTGAAACAAATAAAAATAGAA
GTATCTCTATAGATTGCTTTTGCAAAATATCTTTGTTAGTGGCCTGACGACTGTAGTCATGATATACAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATT
AGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATC
TTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATA

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTTGGTAAGCATGTTCTAACTGGAGATTTTGGATTTGTTATCATTTTGTATAAAAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGTATGACTTGTCTACAATTAGTGCTTTGATTTCTACTGGTTAGGAAGTAGTAATGAGTTA
TGGTTAATAGGTAACTTGCTTTTCTATGCTTCAAATTTACCAGGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATA
TTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTgtgtgtattttagagagctttgctttgtataataatattccaattccagcattcagtattttcagcctatattttgttgtttatgttgcattctcaatggtatttatcatttgatggtcgatttttctcagACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAG
TAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAG

Intron 12 GTAAGCTGAT ... TTTTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.71	29	5	5
A2	23.64	21	4	9
A3	24.59	23	7	8
A4	25.42	22	11	4
A5	24.27	39	5	20
A6	25	6	3	1
A7	6.25	15	0	2
A8	14.29	3	0	1
A9	14.29	21	4	3
A10	20	10	1	4

>TRINITY_DN121953_c1_g1_i21 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTGAAGGGCTGCATCGAGAGGCAGGTTTCAGCTCCTACGAGACTGGCCATTAATGCCTTGACCTGATAGTCTCCCAAATAGACTTAGTGACACTTCTCGCCAAGGGTGTCCCTATCGCTCTCTCCTTTTCGACTTTTCCCTTATTTCAAACGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGG
TGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGA
AATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACG
GGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATG
TCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATT
TCTGTAGGCCTTATCCAGAGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAAT
AGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATG
AAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGAT
ACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATG
GCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTA
TTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAACTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTAAAGGGTTCAAAGAAGTAATATTTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCATTCT
GTTCAGTTACGGGATCGTTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCTTATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATAAGAA
TGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTAACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAACGGGA
TAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACTACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCGCCTTCCCATTTTGTTTTGAACATGTTCATTCCAAGTTACGAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGA

>TRINITY_DN121953_c1_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTTGAAGGGCTGCATCGAGAGGCAGGTTTCAGCTCCTACGAGACTGGCCATTAATGCCTTGACCTGATAGTCTCCCAAATAGACTTAGTGACACTTCTCGCCAAGGGTGTCCCTATCGCTCTCTCCTTTTCGACTTTTCCCTTATTTCAAACGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGG
TGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGA
AATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACG
GGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGgtaagctgatatctaatttatttttggttgcttatggtgtatgctattggattagaatcc
catgttttcagtaagcaactgtctttcctttttgtgaagAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGTCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAAC
TCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGAGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTA
CCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATT
ACCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATT
GTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCT
AAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTACCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTC
TTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGT
TTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTG

Intron 13 GTGTTTTAAA ... GCCATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.05	34.4	11	5
A2	31.42	22.9	16	5
A3	36.55	21.7	17	7.7
A4	42.24	13.7	7	13
A5	12.2	43.4	12	0
A6	15.72	2.8	1	0
A7	14.41	12.2	4	0
A8	0	2.8	0	0
A9	19.59	11.3	5	0
A10	11.7	11.4	3	0

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGG
AATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCT
TAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGG
GATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAAATACGTGC
AGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGCTTGGGGTA
AATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGAGGAAGGGG
GCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGGCATGTAACTAGATATCATTTTGGCGATGAATGTTCTTGCTCTATTTTGTTCAGTTGTGGGATTATTGAGGATTTAAAAAGTTGAAGGGTTCAAAGAAGTAATATCTCACCTGAAGATGAATGTTCTTGCACCA
TTCTGTTCAGTTACGGGATCATTGGGAAATTGGATAATTAAAGGATTCAAAGAAGTAATATTTCCCCTGAACCTTATCTTTGTGTGAACTTTGTATATGGCATAGATTTCAATTTTTCAATGAAGGCAAAAGACAAGAAGAATTTATGATAGGTTCATGATATAGTTTAGAGTCAATGTTGTAATCCAACAAAAACAATA
AGAATGCCTACTTATTTGATGTATTTTTACTACTGATACAGTTAACTCTGGGCTAACTGGAAACTAAGCCTCTAACACAGGTTAAGTCTCGAATATGTAGATAATTGATTGCCCATTCCAACACTAGGGATGAATAGCTGTGAATTGCCAAGTGGCCGTCCTGACATAAAAGTTGTTTTTACTTCTGCATATGAAGAAAC
GGGATAACATGGATATATATAGCTGCTAGCATGTTAATTGGGCTCCACACATAAGTGGACAACAAGCACTTACTACATGCTCTTGGGACCTGCAAACTCCTGCCTGCTACAGGATCTCCTTCCCACTTTGTTTTGCACATGTTCATTCCAAGTTACAAGAATGATCTTGGAGCTGTCAGACTGGATGGAAGCTTTTCAGT
AGCCTATGGCTGCTGATTTCTCTATGTGCACAAGTGATCAAGTTATGGAATGCATTTTTTTGTCTTATATTTATCCCTGCTTCTATGTGGTGAGGCACTCTCACCTTACGGACCTGTCTTCTCCTAGACACCTTGCAGTAGATCATCTAATAAAGGGAGTGTACTTTACTCCTCTCCCTACTCTTGGTTAAATAGTCATA
TGATATTTAGTTACTAATACCTCTTTGTCTGATATCCATCAAATTGTTATGGCAAGGGGAATGATAATCTGTTAAATGCAAATACATGCAGATATAGTTATAATATGCATATAGGGTTTTATAAGGTGGAGGTGGATGGTTTTCAGCTTGTATTTTTATAATCACATTATGCACTTGATGTGAAACAAATAAAAATAGAA
GTATCTCTATAGATTGCTTTTGCAAAATATCTTTGTTAGTGGCCTGACGACTGTAGTCATGATATACAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCATCATT
AGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGCATATC
TTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATA

>TRINITY_DN121809_c7_g2_i17 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGGTGTGCGATAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAGGAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCAC
AAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTC
TACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAACCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTC
GATGTCCAGgtgttttaaacatttcctcatctatacagggatcattttacacattatgtcacgaccaaacacattacatttttattttttcctgctttaaatatctttttattaccagtaaatcttagaaagcaaggccatgtcaaagttgtatacttggtaagtggtatgccattacagATTATTGGTGGGGCAGTACT
TCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAG

Intron 14 GTAGGTGCCA ... TTTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.56	44	7	8
A2	24.05	30	11	8
A3	15.66	35	6	7
A4	17.39	19	3	5
A5	15.79	24	6	3
A6	13.04	10	1	2
A7	21.35	35	12	7
A8	23.08	15	6	3
A9	15.79	24	4	5
A10	24.32	14	3	6

>TRINITY_DN42309_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GCGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGGTGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAG
GAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTT
GAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTG
TTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCACAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCAC
TTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCCCAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGA
TTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATG
ATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTTTGTGATAAATGCTATAAAGGCAAAAGAATTCTACCGTCGAGATGTTCACTACATTGTCAAAGATGGACAAGTGCAAATTGTAAACGAGTTAACTGGCAGAGTTGAAGAGAAAAGGAGGTGGTCAGATGGTATTCATCAGGCTGTAGAGGCCAAAGAAGGAGTACAA
ATACGTGCAGATACATCAATTGTGGCGCAAATAACCTATCAATCATTGTTTAAGCTTTATCCCAAGCTATCTGGAATGACTGGAACTGCTAAAACAGAAGAGAAAGAATTCCTAAAAATGTTTCAGATGCCAGTTGTTGAAGTGCCAACAAACTTGCCCAATATTCGCAAGGATTTTCCTCTGCAAGCTTTTGCTACAGC
TTGGGGTAAATGGCAGAAAGTGACGGAGGAAGTAGAATTTATGTACAGGCAGGGTCGACCTGTTTTGGCTGGAACAACAAGCGTAGAACACGCTGAATATTTATCTGAGCTTCTTACTGAGTGGGACATTCCTCACAATGTTTTGAATGCTAGACCAAAGTATGCAGCTAGGGAGGCTCAAATTGTTGCACAGGCAGGGA
GGAAGGGGGCTATTACCATTGCAACCAATATGGCTGGTAGAGGGACAGACATAATCCTAGGTGGAAATCATGAGATGCTTGCAGAAGATATTATTGAAGACAGTTTGCTCTGTTTCATGACAAGAGAAGCTCCTAATGTTGACACAGATGGTGTGCCTCTGTCACAGATGGGTTTGTCAAAGATAAATCTAATTCCATCA
TCATTAGCAAAGCTGACAAAGGCAGTTCTTACTGTCAAACATTTTTGCCGAAGGGATGGAGTGGAGTGGAATTACCGTGAAGCAAAATCTAATATTTCTGCATCTTTAGAATTGAGCAGAATAAAGGGTACCGATGAGCTTGAAAGACTAGCCAGAGGTAAAGATGGGGTATATGCTCTTGGTCCTGTGATTGCCCTTGC
ATATCTTGCTGTGTTAGGAGACTGCAAGCATCATTGCTACAATGAAGGTTTAGAAGTTAAGAAACTTGGAGGTCTTCATGTCATTGGTACATCCCTGCACGAATCCAGACGAATTGATAACCAGCTTCGTGGAAGAGCAGGGAGACAGGGAGACCCTGGATCTACGAGGTTTATGATAAGTTTACAAGATGACATGTTCA
AGAAATTCAATTTCAATACAGAATGGGCAGTGAACTTAATATCAAAGGTGACTGACAATGAGAATATTCCTCTTGAAGGCGAGACTCTTGTAAAACAGCTTCTGGCTCTACAAAAAAGTGCGGAGCAATATTATTTTGGAATAAGAAAGACTCTTGTGGAATTTGACGAAGTACTCGAGGTTCAGAGGAAACATGTTTAT
GATTTGAGGCAAGCTCTTTTGATGGATAATGCTGACTCTTGCCATCAACGGATATATCAGTATATGCAAGCTGTTGTGGATGAAATTGTCCTCAGGCATGTAGATTCACATAAGGCTCCAAGGTGCTGGAATCTACGAAAGCTTTTGGATGAGTTTCACGAGATTTCAGATAAAGCATTCATCGATAAATTTGCCAGTGT
CACTGAAGAAACACTTGCAGCATCTCTAGAACATCTTCATCAAATGAAAAAGAGGAACCTTGATACTTTTCACCTTCCAGGCCTACCAGTACCTCCAGATGCATTGAAGGGAATACGTGCAAAGGCCTTTTCTTTCAAGCGTTGGCTCATGCTTACATCGGATGGATCAGTGATGTCTGGAAAGTACCAAGATGATGCCA
ATCTTCTTCGTAAATACTTGGGAGACTTTTTGATCGCTTCTTACATACAAGTGGTCAGAGACTCTTGCTATGATTACACTTATATTCAAGAAGTAGAGAGAGCCATTGCTGTGAAAGCCTTGGACAGTTTTTGGAGGGATCATCTAGTAAACATGAGTCGTCTTAGTTCTGCGGTGAATGTACGAAGCTTTGGACACATG
AATCCACTTGAAGAATATAAAATAGATGGTTGTCGGTTCTTTATTACAATGCTTAGTGCTGCTCGCCGCGTTACAGTTGAATCCCTGTTGAGACATTGGTTGTCACCTGTTGACTCGAAAGAATCATTTTTTTTTTAAAGTTTCAAGTCACATTCTATGCTCAGTTTCCATAGATGTCAATGTAATTATATTTATTCATA
GCACGGATTATGGCAGTGTGTGACTTTGGCAAGGAAACTATTATTGTCTCCACCACCTTCCAAGCCTTGTAGTCAAATGGATGTTTTCTTAGGCCTTTGACAATTATATCATTTGTAACTTAGTGTCACCCATCTTTGGACCTAAATTGTACCTAATTTCTATGCCTTTTTGCTTTGTAAATACATTGGTAGCCTTTAGT
TGATTCGAATGTTAATCATATGTACCCCCATATTTGGTGTAGGGGTACTTATTTCTTTTATGCTGGTTTCGAAAGAAGTGTTATTTTAAGGTGTGGCTTTCGTCGTCCTAGTATACATATGCATCCAAGGATGGAGATACTTTGTCAATTAAAATTGATTTTACGTGATAAAAGTCACTACATAATTTGGTTAGCAA

>TRINITY_DN42309_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GCGGAAGTAAAAACGAATATAATACTGAAATAAAAAATCTAATCCTGGTGTGCGAAAGATATTCAAGTGTTAACGAGCATTCCTATACCCGGGATTATTTGAAGGTCTGCACACAGAGGCGGTGAAAGCCTCCGGACCAAAAGATGGCGTTACAGTATGCGTTTCTGCATAGCGGCACCGATTCTATGTCCCGGCAAAAG
GAAAATTCATGCTTCTTTAAGGATATTTTCTTCACTAATTTCACAAGAAATGGCAGCGTACCTGCGTGTAGGCTGAATTTAAAGAGGAGTACGGTGCTGGTTAGAGGAACTGCTCAGCCTTCTATTGCATTAAGAACAGAGACCACGAAACCTTCAAAAATTACTCCGCTGTCTTCTGTTAAGGAAGATTTGCAGTATTT
GAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGATATACAGGCTGAGGCATTTGCTG
TTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGTTGTGACTGTGAATGATTACTTGGCA
CAACGTGATGCTGAGTGGATGGGGCGCATCCATCACTTCCTGGGAATTTCTGTAGGCCTTATCCAGGGTGGCATGAGTCCCGAGGAAAGAAGAGCTAACTATGCATGCGACATCACATATTCAAACAACTCAGAACTTGGGTTTGACTACCTCCGTGACAACCTTTGTGAAAGTAAAGAACAACTTGTTATGAGATGGCC
CAAGCCTTTCAAATTTGCTATTGTGGATGAGGTTGATTCAGTCTTAATAGATGAAGGCAGGAATCCCTTGCTTATAAGTGGCGAAGCCAGTAAAGATGCGGCTCGGTATCCTGTGGCTGCTCAAGTTGCTGAGTTCCTTGTACATGATTATgtaggtgccaattaaaacttgtattgccaaatttctgaagggatggatg
ttcacatggttcttgttgtttgataagacaatgaagatcattttagctgctattttatttcagCATTACACTGTAGAGCTCAAGGACAATACTATAGAGCTCACTGAAGAAGGGGTAGCAGCTGCAGAGTTAGCCCTTGAGACAAATGATTTGTGGGATGAAAAGGATCCTTGGGCAAGGTGTGCTTATAAGTCTTTGTT
CTTTGTTTTTAAAGCTTACATGTATGTATACACACTTGCGTTTGAAAATGTGGATACAAGAGTATGATTTAAATAATTGTAAACTCTTTGAATTCCTGTGATTTATTGTCCTGTCAGCAAGTGAACACCAGTGGAGTAGAACTCTCATTTATCTTTTACAGTAATTACAGAGGCTTTTTGTCATTAACAGTTCTGCCATA
AAATAACCGATATAAGAGTATGCCAAGATATCAACGTGGGAAAGTGTAGAGTGTACACATCTAAATTTGGGCTGACTGATGGAAGGTGGGATCTATACATTTTTCTAGTTACAGAACAAGAAGTCGATGCAGCTGTGGGAGTAGTTTCTTGTGAATTGATAACCAACGTATATTTGGTATTCCAATGGTGTTCACTGTTT
AACCTCCTAGGTTATCAGCTAAATGAATACAATATTCTGGAGTAGTGTTCTTCTTGCTTGGTTTATAGTTCATATCATCTTGTAGTGAAGCTCCTTTTGGATTGGATATTTACTTTATAATACATTCAGTAGGGTTATATTCAGGGGCATTTGGTTGGAAGATGAGTTTAAAACAACCTGTTAGGAAAGGTGTAAAATGT
TGTGTGCCTTTCTCACATCAATCTCTGCTTGCAGTCCGATAAATACAAACATTCTATTTTCA

Intron 15 GTATTGATTG ... TGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.14	35.3	28.1	13.6
A2	23.73	25.2	11.1	4.9
A3	30.72	33.7	14	15.2
A4	52.64	12.8	14.8	13.8
A5	21.35	28.2	6.3	9.2
A6	34.85	1.9	1	1
A7	17.43	20.7	1.4	7.6
A8	21.21	2.7	0	1.9
A9	12.12	15.5	0	5.1
A10	17.69	18.6	1.2	7

>TRINITY_DN131034_c5_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CCGCTGTCTTCTGTTAAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGA
TATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGGTA
TGTTCAGATGTTCTACAGATAAAATCCTTTGATTTTGAAGTTGAATGGTTTCAGTTTCAGTCCTGTTAGAAATCTGTCTCGACTGTCTAGTGAATGTGAAAAAATAAAACAAGGTGTTTCTCCTTTGAAGTTATGATGAAGGAATACTAATCACTGGTTCAGCATTTGAATTATCTGATAGTTGATAAGATAAGATAAGA
TAATTTTATTAATGTCCAACGAATGACCACAAAAGTAGGTCAATGGGACTAAAATGATACAAACAGTATGAATACAA

>TRINITY_DN131034_c5_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCGCTGTCTTCTGTTAAGTATTTGAGGAAAAACTGGAAGAAAATGTGGAGTTTAAATCACTGGATTCTACGGGACTATTATCTCCTTGTAGATGCTGTCAATTCTTTAGAGCCTGATATGCAGAGACTGACAAACAAACAGTTACAAGAAAAAACAAATGAATTTCGTCGCCGACTTAGCTTTGGAGAAACATTGGATGA
TATACAGGCTGAGGCATTTGCTGTTGTTCGTGAAGCTGCAAAGCGGACACTTGGAATGCGCCACTTCGATGTCCAGATTATTGGTGGGGCAGTACTTCATGATGGAGCCATTGCTGAGATGAAGACAGGGGAAGGAAAAACTCTGGTTTCTACATTAGCAGgtattgattgttgaacacattgaagtctttagtaaacta
taagagtatgattgtatattttgttcagtaatgtattactgtgaagagtggattaccattagagttctggctggttgaatatcaaatttgttgtagtatttattagtatagattgcatcttttatgttagtttgccattatataataaagtgaggctgcaaaagattaagagaggcctcggcgaagctattgaagtgtta
tttattttccttgtaatgttcaaggttttgttttggtgttttgcagCTTATCTCAACTCATTAACTGGGAGTGGAGTTCATGGTATGTTCAGATGTTCTACACTAATATTTGATGACAGATAAAATCCTTTGATTTTGAAGTTGAATGGTTTCAGTTTCAGTCCTGTTAGAAATCTGTCTCGACTGTCTAGTGAATGTGA
AAAAATAAAACAAGGTGTTTCTCCTTTGAAGTTATGATGAAGGAATACTAATCACTGGTTCAGCATTTGAATTATCTGATAGTTGATAAGATAAGATAAGATAATTTTATTAATGTCCAACGAATGACCACAAAAGTAGGTCAATGGGACTAAAATGATACAAACAGTATGAATACAA