sp|Q9C5J9|LIIP1_ARATH ----> Small GTPase LIP1
Intron 1 GTATGTATTT ... CTTAATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.56 | 65 | 3.4 | 11.6 |
| A2 | 8.98 | 37 | 4 | 5.1 |
| A3 | 8.01 | 47 | 4.3 | 10.9 |
| A4 | 22.9 | 18 | 5.5 | 3.6 |
| A5 | 0 | 19 | 0 | 4.9 |
| A6 | 6.09 | 201 | 14.6 | 32.5 |
| A7 | 7.56 | 220 | 19.9 | 58.9 |
| A8 | 6.96 | 203 | 16.5 | 56.3 |
| A9 | 6.12 | 227 | 15.4 | 46.3 |
| A10 | 5.44 | 171 | 10.9 | 38 |
>TRINITY_DN113489_c13_g3_i1 from sample A3 / Example spliced isoformGAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAG
CTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGGTAAATTCCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGA
AACCCCTTTCGTTCAATGGCGTTTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGC
TTTGGGAGATCTTATGAAAGGCCATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCA
GGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGA
GAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGGTATTATATTTGTCCATGACCTATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCT
AAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAG
CTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAGCAGTTAACAGGTTTTTTGTTACTTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAG
TACAGATACAACTCACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATA
TGTATTCTTTATCAACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTC
ATGAGCTCTTGTATATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATT
AATTCAATATTGCTCTATTATTTCTTCAAAAC
>TRINITY_DN113489_c13_g3_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAG
CTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGGTAAATTCCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGA
AACCCCTTTCGTTCAATGGCGTTTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGC
TTTGGGAGATCTTATGAAAGGCCATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCA
GGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGA
GAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGCTGTTGTATTTTGAAAATTTGTAAACAGGTATTATATTTGTCCATGACCAATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCA
TGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCTAAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGC
TTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAGTAAGAACTATTTTCTTCTCTAAACTTGAGTTCTATGAGAGCACAAAGTGGTTTTCCTTTTGTCAAGCCCTCTTGGTTGCTTTGGGGATCCTCTTGGTTAGTTACAAAGCTGAATGAATTTTTATTTCTTATTCATTCACAGGCTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAG
CAGTTAACAGGTTTTTTGTTACTgtatgtatttcctatatagtggctaattgttgctgcattaatttaaaccttttattgagttttagagtaccgtggatgtcaatttacatgcatactaatgtcaaattttctttgaaacttaatgtagTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATG
GGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACTCACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAG
TTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATCAACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGAT
TTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTATATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACA
TAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGCTCTATTATTTCTTCAAAAC
Intron 2 GTTTTTTGTT ... CTTAATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.87 | 69 | 0 | 14 |
| A2 | 13.04 | 40 | 1 | 6 |
| A3 | 21.67 | 47 | 2 | 13 |
| A4 | 15.38 | 22 | 6 | 4 |
| A5 | 24 | 19 | 0 | 6 |
| A6 | 15.69 | 215 | 0 | 40 |
| A7 | 23.76 | 231 | 3 | 72 |
| A8 | 24.13 | 217 | 3 | 69 |
| A9 | 19.66 | 233 | 6 | 57 |
| A10 | 20.8 | 179 | 0 | 47 |
>TRINITY_DN113489_c13_g3_i10 from sample A3 / Example spliced isoformGAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAG
CTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGGTAAATTCCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGA
AACCCCTTTCGTTCAATGGCGTTTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGC
TTTGGGAGATCTTATGAAAGGCCATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCA
GGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGA
GAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGGTATTATATTTGTCCATGACCTATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCT
AAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAG
CTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAGCAGTTAACAGTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACT
CACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATC
AACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTA
TATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGC
TCTATTATTTCTTCAAAAC
>TRINITY_DN113489_c13_g3_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAG
CTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGGTAAATTCCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGA
AACCCCTTTCGTTCAATGGCGTTTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGC
TTTGGGAGATCTTATGAAAGGCCATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCA
GGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGA
GAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGGTATTATATTTGTCCATGACCAATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCT
AAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAG
TAAGAACTATTTTCTTCTCTAAACTTGAGTTCTATGAGAGCACAAAGTGGTTTTCCTTTTGTCAAGCCCTCTTGGTTGCTTTGGGGATCCTCTTGGTTAGTTACAAAGCTGAATGAATTTTTATTTCTTATTCATTCACAGGCTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAGCAGTTAACAGgttttttgttactgtatg
tatttcctatatagtggctaattgttgctgcattaatttaaaccttttattgagttttagagtaccgtggatgtcaatttacatgcatactaatgtcaaattttctttgaaacttaatgtagTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTA
TATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACTCACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTC
AGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATCAACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCAT
CTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTATATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGAC
TGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGCTCTATTATTTCTTCAAAAC
Intron 3 GTAAGAACTA ... TCATTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26 | 74 | 26 | 1 |
| A2 | 22.22 | 42 | 12 | 0 |
| A3 | 30.23 | 30 | 13 | 2 |
| A4 | 37.07 | 34.1 | 20.1 | 5 |
| A5 | 38.24 | 21 | 13 | 3 |
| A6 | 20.8 | 179 | 47 | 0 |
| A7 | 19.29 | 192.6 | 46 | 2 |
| A8 | 23.05 | 187 | 56 | 6 |
| A9 | 21.18 | 193.6 | 52 | 2 |
| A10 | 16.01 | 134 | 25.6 | 0 |
>TRINITY_DN113489_c13_g3_i10 from sample A3 / Example spliced isoformGAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAG
CTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGGTAAATTCCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGA
AACCCCTTTCGTTCAATGGCGTTTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGC
TTTGGGAGATCTTATGAAAGGCCATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCA
GGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGA
GAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGGTATTATATTTGTCCATGACCTATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCT
AAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAG
CTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAGCAGTTAACAGTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACT
CACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATC
AACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTA
TATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGC
TCTATTATTTCTTCAAAAC
>TRINITY_DN113489_c13_g3_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGATGTTTTGGGTATATGGTTCAAGTGGAAATTCTCTAGTCTTCATACGAGTTTAATCTGTTCAAGGAGATATGAGTATGATAGTCCTCTGATAGCTTTGTAAGATTGGTCAGGAAAAAAGAATATCTATTTTTAAGTTTTAACAGTGTCCCTCCATTCTACTGGTCTTGTGGACTAGGTTCTTTCACAGACTAGGATTC
TCCATCAAACACATGGGTTTCAAGTATGCTTATTTGTTTTATTATTTTGTAGTTTTTCAGTTTCTAATTCAACTACCTGCATTTTACAACAAAAGGTACAGTTGTGTTGTAACTTGTAACTGTTGACACATGGCACAAGCATGTTTGTATTTGTTACAATCCCCAAGAGGCCCTGCAAGAAAAGAAAAGGTTGATCATTG
TTGCTTACTCCGTAAAGGCTGTCATGCCATGCAAAAATCGTTGAAATATTTAATAAAATAAGATGGCACAACATAAATGTAGAGGGTTTAGGATAGGTCCCAGAGTAAGGAGACAAAGGCTAAAAGGTGCCTTAGCAACAGCTTCTAAATTAAAATGGTCTTTAGTGCAGCAGGTTGAGTCTCTCTTTGGCCTTGAATCT
TGAAAGTTTGGTCTTTAGTGCAGCAGGTTGAGTCTCTCTTTGGCCTTGAATCTTGATTGATAGGTTGCAACTTGCAATGTCCAGATTGATGCAGTATCGTTATTTTTCAGCTAAAATGCCCTTAAATGACCAATTGTGTCAGCCTGTATAGGTCTAGTTGCAGTCTGAACACCTGGTAGGAGTCCAGTTTCCACATGCCA
TCCAACTGTCATAAGACACTTTTACTGTAATTAAAAAGACCTTGAATGTCAGATGGTTTTAGGGTAGACCAAGAATCGTAAAGGAGGCTATATGGTTATTTAAATGCATGTACAATGCAAAGAAGAAAAACAAACTCCTTCAAGACAGTCAGGAAGGTCTACTAAATGATTTATACGGCAGTGACCTCATATAGCAGTGG
GCTGGTCAAGATAGAGAGGATTAGGTGACATGTCAAGTATCATGGAATTTTAATGACCAAAACTCCTTTGGTATTATTAACAGCTATGCTTTTTTAAAGTGGTTAATATGCTTTGTTATTGAATATTATTGCGTCATATACTGTCTTGGAACAATAACAGTCATGAAGGCAGAGTTAGCTTGGATTGAATCAGACCATGT
TGCGATTTTCTGATGTATGTTGTGTGTAATTGTCTGTGAATCTGTATTAGTACTGCTTATTTTGTTTCAGAGTTTATCATTTTTATTCTTTTGTTTTTTCAGCCAGACTGACTCAGGGAAGGCCAGCTGTTGTATTTTGAAAATTTGTAAACAGGTATTATATTTGTCCATGACCAATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAA
CTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCTAAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTC
CTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAgtaagaactattttcttctctaaacttgagttctatgagagcacaaagtggttttccttttgtcaagccctcttggttgctttggggatcctcttggttagttacaaagctgaatgaatttttatttcttattcattcaca
gGCTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAGCAGTTAACAGGTTTTTTGTTACTGTATGTATTTCCTATATAGTGGCTAATTGTTGCTGCATTAATTTAAACCTTTTATTGAGTTTTAGAGTACCGTGGATGTCAATTTACATGCATACTAATGTCAAATTTTCTTTGAAACTTAATGTAGTTGATCAAGAGAAGATAT
TTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACTCACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACA
GCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATCAACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGC
CTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTATATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGG
CTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGCTCTATTATTTCTTCAAAAC
Intron 4 GTGATTAATA ... CCTTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.05 | 136 | 21.2 | 32 |
| A2 | 16.54 | 106 | 23.3 | 21 |
| A3 | 15.88 | 134 | 40.1 | 25.3 |
| A4 | 11.88 | 89 | 15.6 | 12 |
| A5 | 10.53 | 68 | 20.4 | 8 |
| A6 | 11.35 | 250 | 37.1 | 32 |
| A7 | 9.74 | 389 | 56.5 | 42 |
| A8 | 9.24 | 285 | 36 | 29 |
| A9 | 9.04 | 352 | 44.3 | 35 |
| A10 | 13.33 | 377 | 50.8 | 58 |
>TRINITY_DN122899_c6_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAGCTTGTGGATACGAAGCAAGCT
TTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGTGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGGCTTTCCCTTTAGAAATTTCGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCCGATCTGGTAAATTCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGAAACCCCTTTCGTTCAATGGCGT
TTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGCTTTGGGAGATCTTATGAAAGGC
CATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCAGGGATCAAAATGGGCTTTCTCA
ATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGAGAAAAAGAGAGAGATTTTTTTG
TCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGGTATTATATTTGTCCATGACCTATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACTTGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCTAAGCAATATAGCTGGTATTCCA
GTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCTCCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAGCTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGA
CAAGGAAGCAGTTAACAGGTTTTTTGTTACTTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAGACAGAGATCCAATGACGATGATTTGATTCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACTCACTTCCTC
CACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAAATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATCAACCATTCT
TTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAATATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTATATGAACTT
ATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAATGATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGCTATTATTTC
T
>TRINITY_DN122899_c6_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCAAGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAGCTTGTGGATACGAAGCAAGCT
TTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGTGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGGCTTTCCCTTTAGAAATTTCGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCCGATCTGGTAAATTCTTTTGATTTTGTAATTCAAAAACCGTCGAAACCCCTTTCGTTCAATGGCGT
TTTAGAGTACCCATGTCAATCTGTCCTGCTTCTGGGTGCATTCTCTGAGGTTCTGTATCGTATATTGTGGTTATTTGAATGCATCGTGATCTAGGAATGACGTCCTACGACAGTAATCCTGAAATTTAAATCAGATCTGGTGATATAGATAGAGTGCTGAGATGAACGACGAGTTCGCTTTGGGAGATCTTATGAAAGGC
CATTTGGGTTTTAGCTTGAATTTGCATCCTATCCATCTATTTGTAGGGTTTGCATCTGACCGACTTCTGTAACCTCTGCTAAGGGAAGTAAATTTGGCAGAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCAGGGATCAAAATGGGCTTTCTCA
ATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGgtgattaatatgttattaaaattcaagtctattgcggagttgccagcctttaaatgtgattatgttaagg
cattgacatggtgttttttccccttattcagCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGAGAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGGTGAGGAAGAATGTCTCTATTATTTTT
TGGAGATAATGGCTTTCCTTGTGAATGTAACCATCTTGTCAGTCTTTCTCTGGGTTGCTTTAAATCAGAACTGCTTGGAAATATTTCCAAAAGACAGGACTTACTTGCTGTGGTCACTTTTGCTGTATATGTGGTAGGTGTCTAGACTCCACAGTGTTTTGTTAGGATGAATATGGTAATGATGTGTCATATCATTGCAT
GTTTACATTTTTTTTTTGTTGGCAAGTGGTAGTACCCC
Intron 5 GTAAATTCCT ... AATTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.3 | 72 | 89 | 149 |
| A2 | 68.67 | 47 | 91 | 115 |
| A3 | 66.41 | 43 | 49 | 121 |
| A4 | 69.32 | 27 | 31 | 91 |
| A5 | 75.54 | 17 | 34 | 71 |
| A6 | 66.44 | 74 | 84 | 209 |
| A7 | 64.05 | 119 | 95 | 329 |
| A8 | 64.38 | 78 | 65 | 217 |
| A9 | 68.23 | 105 | 127 | 324 |
| A10 | 65.86 | 113 | 99 | 337 |
>TRINITY_DN41811_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoformTAAAAAACAGAATGGTTTCTTGCTAGAGATGAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCA
AGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAGCTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGAGCTTTTC
ATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCAGGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGT
GGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGTTCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGAGAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATG
>TRINITY_DN41811_c0_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:TAAAAAACAGAATGGTTTCTTGCTAGAGATGAAATTTTCCAGTCATGAAATAGCAAAGGCCATATGACCGTAGTAGGCCCACACGGCGGTCACAATTGACACCCTATAATCGTGCAGTGGAACCCACGGATAATGATATAAGGGAGATAAACTATCTGTAATCCTAGACAATTAAACTAACCAAACTGTTGGAGAATGCA
AGGGCATGAGCACAGGAAAACAGACAAAAGCTTGTGGATACGAAGCAAGCTTTCCGCAACAGCCGGCTCGCTTACCTTCTTACATCTTTTCGCTCAATGCCATCAGCCTCGAGCTTCAAGCCGGACAGCCGTGGTCTTTCCCTTTAGAAATTTTGCGTTCCATTTACGCTTTGCAGGATTGAATCAGATCTGgtaaattc
cttttgattttgtaattcaaaaaccgtcgaaacccctttcgttcaatggcgttttagagtacccatgtcaatctgtcctgcttctgggtgcattctctgaggttctgtatcgtatattgtggttatttgaatgcatcgtgatctaggaatgacgtcctacgacagtaatcctgaaatttaaatcagatctggtgatatag
atagagtgctgagatgaacgacgagttcgctttgggagatcttatgaaaggccatttgggttttagcttgaatttgcatcctatccatctatttgtagggtttgcatctgaccgacttctgtaacctctgctaagggaagtaaatttggcagAGCTTTTCATATTTGACGCAATGTTTCGGCGAGACAGAGACAGAGACA
AAGACAGAGATAGAGATCGAGACAGAGTCAGGGATCAAAATGGGCTTTCTCAATGCGGGCAAGTGCGGGTTCTTGTTGTTGGAGATTCAGGTGTGGGTAAATCATCTCTTGTTCATTTCATAGTCAATGGCACATCTGTTTCTCACCTCCAGCAGACGGTGGGATGCACTGTTGGTGTTAAGCACATGACTTGTGGAGGT
TCTAGCAGCTCTTCTACAAGTACTAAAGGAGAAAAAGAGAGAGATTTTTTTGTCGAGTTGTGGGATGTATGTGGACATGAGCGCTACAAAGATTGCCGATCACTGTTTTACTCACAAATTAATGCTGTTGTATTTTGAAAATTTGTAAACAGGTATTATATTTGTCCATGACCTATCTCAGCGGAAAACAAAAACAAACT
TGCAGAAATGGGCTGCAGAAATTGCTACCATGGGAACATTCTCAGCTCCTCTGGGTCTAAGCAATATAGCTGGTATTCCAGTTCCATTCCTTGTTATAGGTAATAAAGCTGATATTGCACCAAAGGATGGCGGGAAAGGCAGCAGCAGCAATCTTGTTGATGCTGCTCGCCAGTGGGTTGAGAAGCAGGGTTTACTTCCT
CCAAGTGAAGAGCTTCCTTTAACTGAAAGCTTCCCAGGGAGTGGAGGTCTTATTGCAGCTGCTAAAGAAGGTCGTTTGGACAAGGAAGCAGTTAACAGGTTTTTTGTTACTTTGATCAAGAGAAGATATTTTCCAGAGGATCTACCAGTGCAGCAGACATGGGCTAGCCCTACTGCCACTACGAAAGTATATCATTCAAG
ACAGAGATCCAATGACGATGATTTGAATCGGAACTATGCAAGTTTGAATGGTGACGAGTACAGATACAACTCACTTCCTCCACTACCAGCACAGCGCACTCTCACCCCACCCCCAACCCCATATCCACAGCAACCTATATCATTATCTGACAATTATTCAGTTCTAAAGTTCACCAGTTCCACTTCTTCAGAAATCACAA
ATGTGAAATCAAAGCGCGCAGACATCACGGTATAAGTCCCTTTTATGATCTTTGAATATGTATTCTTTATCAACCATTCTTTTGTAAGTAGAATTATACCAATGGTTGGAATTCAAGTGACAGAATGGCCTGCATATTGGCGGTTGGTTGATCGTAGAGATTTACTTTTTTACCTATATTACTTTGCATCTTTCCTGGAA
TATTGTATGAAGACATAAGTCTACTAGAGATGAGATTGAATAAGATGACCTTTTATTCATGAGCTCTTGTATATGAACTTATCCTCCAATATCCTTATGGACTGTTGCACATGCTTTCTTGGAGGGAGGCTCCTGTTTTTGGATTGCAAAAGTTGTGCACATAAGAATGCTTGCTCTGTCCATTGTGACTGGCCAGAAAT
GATGAAGCCTGTAACTATCATCTAATGATTCTGATGGCACTGAATCCCTATGAAAATTAATTCAATATTGCTCTATTATTTCTTCAAAACTGTTAATTGTACTGTGTGCAATTTTGATTATGTATTGTTGCATCGTACTAAAGGAAAGTGAAACAAGATAGGTCAGTATTTAGCCCCATGGTGGTGATAAA