NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCAATT ... TGTTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.05	323	23.7	76
A2	18.29	344	19.7	77
A3	16.51	435	37.3	86
A4	22.5	248	11.8	72
A5	16.59	191	10.9	38
A6	15.35	535	32.7	97
A7	14.84	1326	87.1	231
A8	20.55	611	42.8	158
A9	15.04	1220	99	216
A10	14.71	1241	71.6	214

>TRINITY_DN114039_c2_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

TAATCATTCCCACCTATTTTCAGGGGAAGTGGAGAGCGTGGCAATGGGTAAAAAATCTGCAGAGGATCAGTTCCACCGAACTTTGATGAGATTCAGTGAAACTCTCAATGAAACCCTCACGCTCCTAAATGAGCCGGCCCCGACATTGGAGAAAATACCATGGACTGACGTGAGGAATTCGGGAGAGCAAATAGCAAAGC
ACGCCACTACAGCTGGCACATTATGGAGTGGGCAAAAATTAACAGTGGCAGCTGGGATGGAGAATATTAAAGCTTTTTGTGATTCACTGCAAGGGTTCCTTTTGCTTTGTCATGGGAGTACTGTAGGTGCAGGACCTACTCTTCTTAATGCTATACATTTCTCTGCGAAGCAAGTTGTAGATTCAAGTCTCCAATTACTA
AGCAAGGCCATCTCTTTATGCGACGCATCTGATACTGAACAGAAAACAATCATACCACAGCTTGCTGGATGTGTCTGGGAAGCATGCAATGCTCTTAAAAAGACACCAACGACCAATTCGACAGCTATTGGAAGGAACTTGACACAGGTTGCAGCATCAGTAAAAGATGTTATCCGAGAAATGCAAGAGCTTAAGGAAGC
AGAGGTGCCTGTTGGGAATGGTGGAGCAAGTAGCATGCCAGAAAATAGAGTGGAAGGTGATGCTGGAGATAGATCAGATGCAGAGTCATCTTGCAGCCTTGAGATTGATGACAAACTGTCACCAGAAGAGATGGAAATTGCAAAATCAATTAAGGGCTTAATTTGTTCCATTCTTAAAGTTTTGAAGGAGCTTCTATATG
TTATTACTAACATATCAAGGCGTTTGAAGGATAATGATACTATATATCTGTACCCTCTTGAAAGAATATCAGAGCTTTGCCAAGAAATGAGTGTTCAAGTGGATGAGCTTGGAGCTTGTTGCTATCCTCCCCAGGAAGTTGAACAAATGAAGGTGTCTACTCAAAAAATCCGTGGCTACATTGATGGCCTTCAGTGTGAG
CTTCAAAAAATTGAGGGTTGTTCGTTAGAAGGTTTTAAGTTGGCTACTGAAGAACTAGAAAAATGTTCAGTTACTCTTAAAAATATTCTGGATTCTTCAAATTTGGGAACAGCGGAGGGAGATTGCTGACTACATGACCAAGTTTTTAGAATTTTAACATACCTTCTATACCTTTCTACATATAGTGATTATGTTCAAAC
TGAAGGTGTCTATTTGAGTATTGAGGTGTTTTCGCAGTCCAACATATGCAATATAATTTTTGGGATTATCTGCGTAGTGTAATTCATTAATATATGACCCATATAATCATATTCTATTAGTATAGTCGCAACTGACCAATTTCTCATGGTTTTTGAATAGTCCACTCAGCACTCATTGCATCAGGTGATGCTCACAGGCA
TGAAGAAGTGAAATTGATACTAGCGAAATGAATCGCACAGCATCAATCATCACTCCCAGGGCTTGCACTTGGTAACCAGGACTTCCTGGTAAGGTGTCTATTGTTAGTTTTAACTTTTGATTATCAATGCCAGCAATTTACAAAAAGATGGTCCACTCTGGTGTGATCACCTGTATTATGATTTCATTTGTATTGTTAGA
TACATCTTTGAATCTCAGCCAAATGGCCGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGTCATTCCTCGCTTTATGTGACCGGCAAACAACATTTATTATCCTAGATTGTTGAATCTTTTGAGCCTTTTCACATTGCCTATTGTTAGTTTTGGTTATCAATGTGAGCATTTTATCAAAAGATGGTCCGCTTTGGTTTGATCACCTGTAT
TATGATTTCATTTGTCTTGTCAAATCCATCTTGGAATATCAGCCAAGTGCCTGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGCCATTCCTTGATTTGCATGACCAGCAAAGAACATTCCTTATCCC

>TRINITY_DN114039_c2_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAATCATTCCCACCTATTTTCAGGGGAAGTGGAGAGCGTGGCAATGGGTAAAAAATCTGCAGAGGATCAGTTCCACCGAACTTTGATGAGATTCAGTGAAACTCTCAATGAAACCCTCACGgtaagcaattattactcttaaaccccaatcttactagctgtctaccctcctgtaagtttgtatgaacacaagctgtaga
tttgtgggttgtctcgggagctttcagcacatatgcctcttactcgacgtactgattgtaaaaccaaattagggttttggtgcatggaattagttttatgtaacattgattttatcagtcctagtgctaaaaatcatgattcataaaatgggatgtgttaaatactcccttgcgatttggttttgtggtgcctgtctcgg
aatgcactgctgcctcaccacccccccgcccacttgtggagtttttattggataactcatatttggggttttgaagctttcagaggatcggttcactaactgtgacttgatggaatttgatggaatgtgctcgtgtttaacagCTCCTAAATGAGCCGGCCCCGACATTGGAGAAAATACCATGGACTGACGTGAGGAAT
TCGGGAGAGCAAATAGCAAAGCACGCCACTACAGCTGGCACATTATGGAGTGGGCAAAAATTAACAGTGGCAGCTGGGATGGAGAATATTAAAGCTTTTTGTGATTCACTGCAAGGGTTCCTTTTGCTTTGTCATGGGAGTACTGTAGGTGCAGGACCTACTCTTCTTAATGCTATACATTTCTCTGCGAAGCAAGTTGT
AGATTCAAGTCTCCAATTACTAAGCAAGGCCATCTCTTTATGCGACGCATCTGATACTGAACAGAAAACAATCATACCACAGCTTGCTGGATGTGTCTGGGAAGCATGCAATGCTCTTAAAAAGACACCAACGACCAATTCGACAGCTATTGGAAGGAACTTGACACAGGTTGCAGCATCAGTAAAAGATGTTATCCGAG
AAATGCAAGAGCTTAAGGAAGCAGAGGTGCCTGTTGGGAATGGTGGAGCAAGTAGCATGCCAGAAAATAGAGTGGAAGGTGATGCTGGAGATAGATCAGATGCAGAGTCATCTTGCAGCCTTGAGATTGATGACAAACTGTCACCAGAAGAGATGGAAATTGCAAAATCAATTAAGGGCTTAATTTGTTCCATTCTTAAA
GTTTTGAAGGAGCTTCTATATGTTATTACTAACATATCAAGGCGTTTGAAGGATAATGATACTATATATCTGTACCCTCTTGAAAGAATATCAGAGCTTTGCCAAGAAATGAGTGTTCAAGTGGATGAGCTTGGAGCTTGTTGCTATCCTCCCCAGGAAGTTGAACAAATGAAGGTGTCTACTCAAAAAATCCGTGGCTA
CATTGATGGCCTTCAGTGTGAGCTTCAAAAAATTGAGGGTTGTTCGTTAGAAGGTTTTAAGTTGGCTACTGAAGAACTAGAAAAATGTTCAGTTACTCTTAAAAATATTCTGGATTCTTCAAATTTGGGAACAGCGGAGGGAGATTGCTGACTACATGACCAAGTTTTTAGAATTTTAACATACCTTCTATACCTTTCTA
CATATAGTGATTATGTTCAAACTGAAGGTGTCTATTTGAGTATTGAGGTGTTTTCGCAGTCCAACATATGCAATATAATTTTTGGGATTATCTGCGTAGTGTAATTCATTAATATATGACCCATATAATCATATTCTATTAGTATAGTCGCAACTGACCAATTTCTCATGGTTTTTGAATAGTCCACTCAGCACTCATTG
CATCAGGTGATGCTCACAGGCATGAAGAAGTGAAATTGATACTAGCGAAATGAATCGCACAGCATCAATCATCACTCCCAGGGCTTGCACTTGGTAACCAGGACTTCCTGGTAAGGTGTCTATTGTTAGTTTTAACTTTTGATTATCAATGCCAGCAATTTACAAAAAGATGGTCCACTCTGGTGTGATCACCTGTATTA
TGATTTCATTTGTATTGTTAGATACATCTTTGAATCTCAGCCAAATGGCCGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGTCATTCCTCGCTTTATGTGACCGGCAAACAACATTTATTATCCTAGATTGTTGAATCTTTTGAGCCTTTTCACATTGCCTATTGTTAGTTTTGGTTATCAATGTGAGCATTTTATCAAAAGATGGTCC
GCTTTGGTTTGATCACCTGTATTATGATTTCATTTGTCTTGTCAAATCCATCTTGGAATATCAGCCAAGTGCCTGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGCCATTCCTTGATTTGCATGACCAGCAAAGAACATTCCTTATCCC

Intron 2 GTGTTTTCGC ... TTTTGAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.3	37	126	93
A2	75.15	41	124	80
A3	75	35	105	43
A4	76.92	30	100	69
A5	69.32	27	61	22
A6	73.24	221	605	215
A7	69.66	328	753	209
A8	70.98	433	1059	239
A9	71.52	315	791	257
A10	71.25	209	518	147

>TRINITY_DN119074_c5_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTCAATATACAATATCATTCGGAACAAGCTTTAACAATAAGAAGGAAAATAATCATTCCCACCTATTTTCAGGGGAAGTGGAGAGCGTGGCAATGGGTAAAAAATCTGCAGAGGATCAGTTCCACCGAACTTTGATGAGATTCAGTGAAACTCTCAATGAAACCCTCACGCTCCTAAATGAGCCGGCCCCGACATTGGA
GAAAATACCATGGACTGACGTGAGGAATTCGGGAGAGCAAATAGCAAAGCACGCCACTACAGCTGGCACATTATGGAGTGGGCAAAAATTAACAGTGGCAGCTGGGATGGAGAATATTAAAGCTTTTTGTGATTCACTGCAAGGGTTCCTTTTGCTTTGTCATGGGAGTACTGTAGGTGCAGGACCTACTCTTCTTAATG
CTATACATTTCTCTGCGAAGCAAGTTGTAGATTCAAGTCTCCAATTACTAAGCAAGGCCATCTCTTTATGCGACGCATCTGATACTGAACAGAAAACAATCATACCACAGCTTGCTGGATGTGTCTGGGAAGCATGCAATGCTCTTAAAAAGACACCAACGACCAATTCGACAGCTATTGGAAGGAACTTGACACAGGTT
GCAGCATCAGTAAAAGATGTTATCCGAGAAATGCAAGAGCTTAAGGAAGCAGAGGTGCCTGTTGGGAATGGTGGAGCAAGTAGCATGCCAGAAAATAGAGTGGAAGGTGATGCTGGAGATAGATCAGATGCAGAGTCATCTTGCAGCCTTGAGATTGATGACAAACTGTCACCAGAAGAGATGGAAATTGCAAAATCAAT
TAAGGGCTTAATTTGTTCCATTCTTAAAGTTTTGAAGGAGCTTCTATATGTTATTACTAACATATCAAGGCGTTTGAAGGATAATGATACTATATATCTGTACCCTCTTGAAAGAATATCAGAGCTTTGCCAAGAAATGAGTGTTCAAGTGGATGAGCTTGGAGCTTGTTGCTATCCTCCCCAGGAAGTTGAACAAATGA
AGGTGTCTACTCAAAAAAATCCGTGGCTACATTGATGGCCTTCAGTGTGAGCTTCAAAAAATTGAGGGTTGTTCGTTAGAAGGTTTTAAGTTGGCTACTGAAGAACTAGAAAAATGTTCAGTTACTCTTAAAAATATTCTGGATTCTTCAAATTTGGGAACAGCGGAGGGAGATTGCTGACTACATGACCAAGTTTTTAG
AATTTTAACATACCTTCTATACCTTTCTACATATAGTGATTATGTTCAAACTGAAGGTGTCTATTTGAGTATTGAGTCCACTCAGCACTCATTGCATCAGATGATGCTCACAGGCATGAAGAAGTGAAATTGATACTAGCGAAATGAATCGCACAGCATCAATCATCACTCCCAGGGCTTGCACTTGGTAACCAGGACTT
CCTGGTAAGGTGTCTATTGTTAGTTTTAACTTTTGATTATCAATGCCAGCAATTTACAAAAAGATGGTCCACTCTGGTGTGATCACCTGTATTATGATTTCATTTGTATTGTTAGATACATCTTTGAATCTCAGCCAAATGGCCGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGTCATTCCTCGCTTTATGTGACCGGCAAACAACAT
TTATTATCCTAGATTGTTGAATCTTTTGAGCCTTTTCACATTGCCTATTGTTAGTTTTGGTTATCAATGTGAGCATTTTATCAAAAGATGGTCCGCTTTGGTTTGATCACCTGTATTATGATTTCATTTGTCTTGTCAAATCCATCTTGGAATATCAGCCAAGTGCCTGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGCCATTCCTTG
ATTTGCATGACCAGCAAAGAACATTCCTTATCCCGAATTCTTGAATCTTTCCAGCATTTTCATTATAATTAAAAAACCACTACTGTTCTTAAGATTGTCTTCGTCGATT

>TRINITY_DN119074_c5_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTCAATATACAATATCATTCGGAACAAGCTTTAACAATAAGAAGGAAAATAATCATTCCCACCTATTTTCAGGGGAAGTGGAGAGCGTGGCAATGGGTAAAAAATCTGCAGAGGATCAGTTCCACCGAACTTTGATGAGATTCAGTGAAACTCTCAATGAAACCCTCACGCTCCTAAATGAGCCGGCCCCGACATTGGA
GAAAATACCATGGACTGACGTGAGGAATTCGGGAGAGCAAATAGCAAAGCACGCCACTACAGCTGGCACATTATGGAGTGGGCAAAAATTAACAGTGGCAGCTGGGATGGAGAATATTAAAGCTTTTTGTGATTCACTGCAAGGGTTCCTTTTGCTTTGTCATGGGAGTACTGTAGGTGCAGGACCTACTCTTCTTAATG
CTATACATTTCTCTGCGAAGCAAGTTGTAGATTCAAGTCTCCAATTACTAAGCAAGGCCATCTCTTTATGCGACGCATCTGATACTGAACAGAAAACAATCATACCACAGCTTGCTGGATGTGTCTGGGAAGCATGCAATGCTCTTAAAAAGACACCAACGACCAATTCGACAGCTATTGGAAGGAACTTGACACAGGTT
GCAGCATCAGTAAAAGATGTTATCCGAGAAATGCAAGAGCTTAAGGAAGCAGAGGTGCCTGTTGGGAATGGTGGAGCAAGTAGCATGCCAGAAAATAGAGTGGAAGGTGATGCTGGAGATAGATCAGATGCAGAGTCATCTTGCAGCCTTGAGATTGATGACAAACTGTCACCAGAAGAGATGGAAATTGCAAAATCAAT
TAAGGGCTTAATTTGTTCCATTCTTAAAGTTTTGAAGGAGCTTCTATATGTTATTACTAACATATCAAGGCGTTTGAAGGATAATGATACTATATATCTGTACCCTCTTGAAAGAATATCAGAGCTTTGCCAAGAAATGAGTGTTCAAGTGGATGAGCTTGGAGCTTGTTGCTATCCTCCCCAGGAAGTTGAACAAATGA
AGGTGTCTACTCAAAAAATCCGTGGCTACATTGATGGCCTTCAGTGTGAGCTTCAAAAAATTGAGGGTTGTTCGTTAGAAGGTTTTAAGTTGGCTACTGAAGAACTAGAAAAATGTTCAGTTACTCTTAAAAATATTCTGGATTCTTCAAATTTGGGAACAGCGGAGGGAGATTGCTGACTACATGACCAAGTTTTTAGA
ATTTTAACATACCTTCTATACCTTTCTACATATAGTGATTATGTTCAAACTGAAGGTGTCTATTTGAGTATTGAGgtgttttcgcagtccaacatatgcaatataatttttgggattatctgcgtagtgtaattcattaatatatgacccatataatcatattctattagtatagtcgcaactgaccaatttctcatggt
ttttgaatagTCCACTCAGCACTCATTGCATCAGATGATGCTCACAGGCATGAAGAAGTGAAATTGATACTAGCGAAATGAATCGCACAGCATCAATCATCACTCCCAGGGCTTGCACTTGGTAACCAGGACTTCCTGGTAAGGTGTCTATTGTTAGTTTTAACTTTTGATTATCAATGCCAGCAATTTACAAAAAGATG
GTCCACTCTGGTGTGATCACCTGTATTATGATTTCATTTGTATTGTTAGATACATCTTTGAATCTCAGCCAAATGGCCGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGTCATTCCTCGCTTTATGTGACCGGCAAACAACATTTATTATCCTAGATTGTTGAATCTTTTGAGCCTTTTCACATTGCCTATTGTTAGTTTTGGTTATCA
ATGTGAGCATTTTATCAAAAGATGGTCCGCTTTGGTTTGATCACCTGTATTATGATTTCATTTGTCTTGTCAAATCCATCTTGGAATATCAGCCAAGTGCCTGTGTACTAGAGTGAGCTAAATGCCATTCCTTGATTTGCATGACCAGCAAAGAACATTCCTTATCCCGAATTCTTGAATCTTTCCAGCATTTTCATTAT
AATTAAAAAACCACTACTGTTCTTAAGATTGTCTTCGTCGATT