sp|Q9M1S3|ARP1_ARATH ----> Probable RNA-binding protein ARP1
Intron 1 GTGGGTTGAT ... AGTATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.4 | 17 | 5 | 4.7 |
| A2 | 4.76 | 6 | 1.3 | 0.3 |
| A3 | 8.57 | 26 | 4 | 3 |
| A4 | 14.44 | 11 | 1.3 | 2 |
| A5 | 26.67 | 3 | 0.7 | 1.3 |
| A6 | 10.07 | 41 | 3.7 | 5.3 |
| A7 | 14.69 | 33 | 1.3 | 6.7 |
| A8 | 7.92 | 51 | 4 | 4.7 |
| A9 | 8.89 | 33 | 2.3 | 4 |
| A10 | 14.46 | 39 | 4.7 | 7.3 |
>TRINITY_DN35328_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformGGGCGACTGATTATAATGCGGGTTCGATGGAGTGACCACCTCAAAGATTGCGTGTGCCCAGAATTTAAGCGAGATTGCATGAATCCATAGTGGGTTTTGGGTTTTACTCGCCGGATTTCGATCGTTTGCAGGAGAGAAGCAATGGAATGGAATCGGTTTGCATCAGGAATATGACGAGATCACACAATTCTCAGGGAATT
GGATTTGGATTTCTGAGGAGGACATCAATCAAAAGCAAAAATGATGAATCTGATATGACTTGGATGGTTAAAACAAGGGTTGAAGAAGAGGAATTAGATGATATGTTACTGCTGTTATGAATAATAAAAAACAGTGTTTGGTAGGCCTTCAACAGTATCAATAAGTTTTTGATATATCTGTATATGCGTGTATATATAAA
AGCATACTGGCCCGTTGGAGCTAGAATTAGGGCCCACTAGGGGATTGCTGCTGCTGCTGTTGGCTCTGCTTCTCCTCGGGTACCTTAATTGTAATAGTATTGGCATGAACAGCAACTCCGTTGTTGGTGTTATGGTTTTCCGTTATATCCCTTAAAGATTCTCAAGAGCTGTTGTGCTTCTACTTTTTCTTCTTCTCTAT
GGTCAGCTTTTGCACAGCATGTCAGATTGTGGTTCCCAGCAACTGCACAGGTATGTGATTATTTTCTCTGTAGTTTGTCATAGATATTGTAATGGGTATTGCCAGAGCGGGCAGTAGGAGTACCCTTCAAAAATGATGCGGCGGTCGTTGCTATGGAATGATCAGAGTATTACATGATGGGGAGGATTGGTTCTGTATTG
TTTTCTGATTTCAGGAGTTTGTGGGTCCATCGCTGCAGAGGAAAACAGATCGTTTAGCATAGTGGGTTCGTATTTTTTGGAGGAAAGGACTTTTGGGTGCCAGGGATTTTGAGAGAAAGACTGCTTTGGCTTTGTTGTTTCATTCGGTTTTGGCAGAGCAGGGGCTCGGCTGATTGATTTCTGCCAAATATATTGGTGGG
TTCATTGGTTTCTGGCTGGGATATTGGTGGGTTCCTGAGTTATTGAGGGATTTGATACTTGTTGTCACTGGATCTGTTGTCTTTGTAATTGCAAGGCATAATGGCTTATCAGGCCGTACAGGGAATAGGGTCTAGGTCAGTTTCGGTTACAGGTTCACAGTTTGGGGACACCACTCATACCAAAATATTTGTTGGAGGTT
TGGCTTGGGAGACCCAGAGTGACACCATGCGCAGGTACTTTGAGCAGTTTGGTGAGATTTTGGAGGCTGTGGTGATCACTGACAAGAACACAGGGCGCTCCAAAGGCTACGGATTTGTAAGTAGTCGGCTTTCCCTTATACCCTTTTCCTTCTCTTTCTATGTTTTTCATTTGGGGGTTGATTTCTGAGTAGTAAGTCAT
TCCATTTACTTCTTTGTAGATTCCCAATTTATGTTTGCCTGGTTGTCTGCTTAAATGGTATCTTATTTCTGCAGTGTGTATTGTTTCCTTATCTCGTTTAGAAAAATATTATACTTTGGTTTCTTTCAATGGCCACCAAAACTGCCTCTTTCAATAGCCCATTTAACTATCTGATGTTTTTTCTTGGCATGTGGGGTATG
TTGAGGGATTAGGTGACATTCCGTGATCCCGACGCTGCAAGGAGAGCATGTGCAGACCAAAGTCCTATCATAGATGGTAGGCGAGCCAACTGCAACTTGGCTTCACTTGGTCGGCCTCGCCCCTCCCCACCTTATGGGCGCATGCGCCCAGGAAGCCCCTATCTGGGAGCTCCTCAAGGTGGGCAGACTTATGTTGGAAG
CCCAACTTATCACCAATCTGTACCATTTCCCTATCAACAAAGTTTTGCATATCCTCCATATGGATATGCAACATTTGCATCAGAGTATACTTATCCACAGAATATTTACGGTCCATATCTAGGGGCACAGTATCCTCAGATATATGGGTCGGCCAGGACAATTAGTCCAGTATATCCTTATGCACACTTTGGCCAACATC
TCCAGACTGGACCTGGCTATCCTGCTCTGCAAGGTTATGGAGTTGCAGCACCTCACCTTGTGCAGTTTGCTTCACCAGGAGCTAGTACTATCAACCCTATTTCGCAACCATATGGAGCAGCCCTGCCGGCAGTTCAGGGACCATTCCCATCGGCAGTACTTTCACCTGTTCCAGCACATCAACCCTTCATAATTCCTCCG
CAATCCCAGCAACAGTTCACACAAGGTGGCAGTGCATCAGACCAACCATCAGGTTGAGGACCATCTGTACAAGGAACACCTCTACATTGTCAGGTATTCTCTAGGGCACGGCAAGACTAAGAGCAGCAGTACTGCTACCTGAGTGGCAGACTTCAAATCTTGGCTTGTATGTTTCTGTTTGTCATTCTAGAGGTCATGGA
CAGATGCCCACAGTTGCTTCTGAAGTGCACAGCCTCGGTCAAGTTTGTTCGTTCTGGACATTCAAGAAACTAAAAACAGGACCCTCTCTCACTCTGGCCCTGGGAAAGCTGTGTTTGTGTATGTGCCCCTTATTCATGTTGGGATTTAGGAGGAAGTGTTAACAGTCTAGAATGATTCAAGGGTTTCAGTGATAGCAATC
TAATGTTCAAGTTCTGGTCAGTTTTGGCAAGGTAGATCTTAAAGTGGGCAGTCTTTTATGGGAGAAAAACAAGTATAGAAAACTAAAATACAACTAGCAGCCTAAAGTTAGTACAGTTTGTGAATGCATATCTAAATTTAGATTCATTCTTTCATTCCTAGAACTAAATTATCTGTACAGAGTTAATGTTAATGATATAA
TCACTTTGTTCGGTATCATATGAAAACTTACTCATGGAGTTTCTCCTATTTTGAATTCTCAATTAAAAAACTTTGACAATATATCATATTGTTATGGAGCACTGGGAGTTTGGTTTCATATTGAACATTATATTTGAATGGATCATGGTGTTGAAGCTTTCTTAAAGAGAACGGTTTTAAAGTATATTTTGTCAAATGGG
GAAACGGGGAGGAACTAACCTTAGGAAAGGTGTTCAAAGTCTGTATCCTGCACTTTGGAATGGATATTCTATCTAAGATTTTCATTAGGAGTTTGCTACAGTATATGCTGAAACTCTACAGCAAACTTTATTTGTTCTTAAAAATTCAGCATGCAACCAGGTTAGGAAAATGTTAAGAGTTCTGTTTAGTGTTGACAACG
TCACAGTTGATCCGTCGCTACTATGAATATGATATCAGCTACGACTCATTCTTGCTTTGCTTACTATTATTAACAATATGTTCCAAATATTAATTAATTACCTGATTTCCAGA
>TRINITY_DN35328_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGTTTTGCATATCCTCCATATGGgtgggttgatattctttttcacactcttgctccctgatttttgttttgttgaagtaaggatgatgtgaaaatctcttacaatttacttcaacatggtttgagtatgacagATATGCAACATTTGCATCAGAGTATACTTATCCACAGGTGCACACTTCCATTCCTGTAAAAGCTTTC
TTTTTCAGACACAAGTTGGAGTTTTGAACTTGAATAGCTAATGGCTGTAAATGTTTCTCTTGTTTGCATGCTTATTGACCTTCTATCTTTTGTTTTCTGATGAATGTTCCTTTCATGTGGACATTGCAGAATATTTACGGTCCATATCTAGGGGCACAGTATCCTCAGATATATGGGTCGGCCAGGACAATTAGTCCAGT
ATATCCTTATGCACACTTTGGCCAACATCTCCAGACTGGACCTGGCTATCCTGCTCTGCAAGGTTATGGAGTTGCAGCACCTCACCTTGTGCAGTTTGCTTCACCAGGAGCTAGTACTATCAACCCTATTTCGCAACCATATGGAGCAGCCCTGCCGGCAGTTCAGGGACCATTCCCATCGGCAGTACTTTCACCTGTTC
CAGCACATCAACCCTTCATAATTCCTCCGCAATCCCAGCAACAGTTCACACAAGGTGGCAGTGCATCAGACCAACCATCAGGTTGAGGACCATCTGTACAAGGAACACCTCTACATTGTCAGGTATTCTCTAGGGCACGGCAAGACTAAGAGCAGCAGTACTGCTACCTGAGTGGCAGACTTCAAATCTTGGCTTGTATG
TTTCTGTTTGTCATTCTAGAGGTCATGGACAGATGCCCACAGTTGCTTCTGAAGTGCACAGCCTCGGTCAAGTTTGTTCGTTCTGGACATTCAAGAAACTAAAAACAGGACCCTCTCTCACTCTGGCCCTGGGAAAGCTGTGTTTGTGTATGTGCCCCTTATTCATGTTGGGATTTAGGAGGAAGTGTTAACAGTCTAGA
ATGATTCAAGGGTTTCAGTGATAGCAATCTAATGTTCAAGTTCTGGTCAGTTTTGGCAAGGTAGATCTTAAAGTGGGCAGTCTTTTATGGGAGAAAAACAAGTATAGAAAACTAAAATACAACTAGCAGCCTAAAGTTAGTACAGTTTGTGAATGCATATCTAAATTTAGATTCATTCTTTCATTCCTAGAACTAAATTA
TCTGTACAGAGTTAATGTTAATGATATAATCACTTTGTTCGGTATCATATGAAAACTTACTCATGGAGTTTCTCCTATTTTGAATTCTCAATTAAAAAACTTTGACAATATATCATATTGTTATGGAGCACTGGGAGTTTGGTTTCATATTGAACATTATATTTGAATGGATCATGGTGTTGAAGCTTTCTTAAAGAGAA
CGGTTTTAAAGTATATTTTGTCAAATGGGGAAACGGGGAGGAACTAACCTTAGGAAAGGTGTTCAAAGTCTGTATCCTGCACTTTGGAATGGATATTCTATCTAAGATTTTCATTAGGAGTTTGCTACAGTATATGCTGAAACTCTACAGCAAACTTTATTTGTTCTTAAAAATTCAGCATGCAACCAGGTTAGGAAAAT
GTTAAGAGTTCTGTTTAGTGTTGACAACGTCACAGTTGATCCGTCGCTACTATGAATATGATATCAGCTACGACTCATTCTTGCTTTGCTTACTATTATTAACAATATGTTCCAAATATTAATTAATTACCTGATTTCCAGA
Intron 2 GTATGTGATT ... CTGATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.7 | 18 | 25 | 54 |
| A2 | 55.56 | 26 | 30 | 35 |
| A3 | 68.27 | 17.7 | 26 | 50 |
| A4 | 78.95 | 8 | 26 | 34 |
| A5 | 87.5 | 2 | 6 | 22 |
| A6 | 72.15 | 11 | 16 | 41 |
| A7 | 66.67 | 20 | 37 | 43 |
| A8 | 64.64 | 12.3 | 16 | 29 |
| A9 | 74.71 | 10.7 | 19 | 44 |
| A10 | 74.39 | 15.7 | 23 | 68 |
>TRINITY_DN103580_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCAAACGGCAGGCTATGGAAAATGACCCGAGGCCTAAAGTACGAGTATCTTTTCCCCACGAAAGAGATTGAAAATTATCCCCTTTGAAACAGAAGCGTCCGATGACAAGAAGTTGCGAATGTTCATTTTTTTCACCTCCAATGGCGATCCTTTGATTCTTTGTATATATCTAAATGTATATTACATTGGGCTGACGCGACT
GATTATAATGCGGGTTCGATGGAGTGACCACCTCAAAGATTGCGTGTGCCCAGAATTTAAGCGAGATTGCATGAATCCATAGTGGGTTTTGGGTTTTACTCGCCGGATTTCGATCGTTTGCAGGAGAGAAGCAATGGAATGGAATCGGTTTGCATCAGGAATATGACGAGATCACACAATTCTCAGGGAATTGGATTTGG
ATTTCTGAGGAGGACATCAATCAAAAGCAAAAATGATGAATCTGATATGACTTGGATGGTTAAAACAAGGGTTGAAGAAGAGGAATTAGATGATATGTTACTGCTGTTATGAATAATAAAAAACAGTGTTTGGTAGGCCTTCAACAGTATCAATAAGTTTTTGATATATCTGTATATGCGTGTATATATAAAAGCATACT
GGCCCGTTGGAGCTAGAATTAGGGCCCACTAGGGGATTGCTGCTGCTGCTGTTGGCTCTGCTTCTCCTCGGGTACCTTAATTGTAATAGTATTGGCATGAACAGCAACTCCGTTGTTGGTGTTATGGTTTTCCGTTATATCCCTTAAAGATTCTCAAGAGCTGTTGTGCTTCTACTTTTTCTTCTTCTCTATGGTCAGCT
TTTGCACAGCATGTCAGATTGTGGTTCCCAGCAACTGCACAGGAGTTTGTGGGTCCATCGCTGCAGAGGAAAACAGATCGTTTAGCATAGTGGGTTCGTATTTTTTGGAGGAAAGGACTTTTGGGTGCCAGGGATTTTGAGAGAAAGACTGCTTTGGCTTTGTTGTTTCATTCGGTTTTGGCAGAGCAGGGGCTCGGCTG
ATTGATTTCTGCCAAATATATTGGTGGGTTCATTGGTTTCTGGCTGGGATATTGGTGGGTTCCTGAGTTATTGAGGGATTTGATACTTGTTGTCACTGGATCTGTTGTCTTTGTAATTGCAAGGCATAATGGCTTATCAGGCCGTACAGGGAATAGGGTCTAGGTCAGTTTCGGTTACAGGTTCACAGTTTGGGGACACC
ACTCATACCAAAATATTTGTTGGAGGTTTGGCTTGGGAGACCCAGAGTGACACCATGCGCAGGTACTTTGAGCAGTTTGGTGAGATTTTGGAGGCTGTGGTGATCACTGACAAGAACACAGGGCGCTCCAAAGGCTACGGATTTGTAAGTAGTCGGCTTTCCCTTATACCCTTTTCCTTCTCTTTCTATGTTTTTCATTT
GGGGGTTGATTTCTGAGTAGTAAGTCATTCCATTTACTTCTTTGTAGATTCCCAATTTATGTTTGCCTGGTTGTCTGCTTAAATGGTATCTTATTTCTGCAGTGTGTATTGTTTCCTTATCTCGTTTAGAAAAATATTATACTTTGGTTTCTTTCAATGGCCACCAAAACTGCCTCTTTCAATAGCCCATTTAACTATCT
GATGTTTTTTCTTGGCATGTGGGGTATGTTGAGGGATTAGGTGACATTCCGTGATCCCGACGCTGCAAGGAGAGCATGTGCAGACCAAAGTCCTATCATAGATGGTAGGCGAGCCAACTGCAACTTGGCTTCACTTGGTCGGCCTCGCCCCTCCCCACCTTATGGGCGCATGCGCCCAGGAAGCCCCTATCTGGGAGCTC
CTCAAGGTGGGCAGACTTATGTTGGAAGCCCAACTTATCACCAATCTGTACCATTTCCCTATCAACAAAGTTTTGCATATCCTCCATATGGATATGCAACATTTGCATCAGAGTATACTTATCCACAGAATATTTACGGTCCATATCTAGGGGCACAGTATCCTCAGATATATGGGTCGGCCAGGACAATTAGTCCAGTA
TATCCTTATGCACACTTTGGCCAACATCTCCAGACTGGACCTGGCTATCCTGCTCTGCAAGGTTATGGAGTTGCAGCACCTCACCTTGTGCAGTTTGCTTCACCAGGAGCTAGTACTATCAACCCTATTTCGCAACCATATGGAGCAGCCCTGCCGGCAGTTCAGGGACCATTCCCATCGGCAGTACTTTCACCTGTTCC
AGCACATCAACCCTTCATAATTCCTCCGCAATCCCAGCAACAGTTCACACAAGGTGGCAGTGCATCAGACCAACCATCAGGTTGAGGACCATCTGTACAAGGAACACCTCTACATTGTCAGGTATTCTCTAGGGCACGGCAAGACTAAGAGCAGCAGTACTGCTACCTGAGTGGCAGACTTCAAATCTTGGCTTGTATGT
TTCTGTTTGTCATTCTAGAGGTCATGGACAGATGCCCACAGTTGCTTCTGAAGTGCACAGCCTCGGTCAAGTTTGTTCGTTCTGGACATTCAAGAAACTAAAAACAGGACCCTCTCTCACTCTGGCCCTGGGAAAGCTGTGTTTGTGTATGTGCCCCTTATTCATGTTGGGATTTAGGAGGAAGTGTTAACAGTCTAGAA
TGATTCAAGGGTTTCAGTGATAGCAATCTAATGTTCAAGTTCTGGTCAGTTTTGGCAAGGTAGATCTTAAAGTGGGCAGTCTTTTATGGGAGAAAAACAAGTATAGAAAACTAAAATACAACTAGCAGCCTAAAGTTAGTACAGTTTGTGAATGCATATCTAAATTTAGATTCATTCTTTCATTCCTAGAACTAAATTAT
CTGTACAGAGTTAATGTTAATGATATAATCACTTTGTTCGGTATCATATGAAAACTTACTCATGGAGTTTCTCCTATTTTGAATTCTCA
>TRINITY_DN103580_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAAACGGCAGGCTATGGAAAATGACCCGAGGCCTAAAGTACGAGTATCTTTTCCCCACGAAAGAGATTGAAAATTATCCCCTTTGAAACAGAAGCGTCCGATGACAAGAAGTTGCGAATGTTCATTTTTTTCACCTCCAATGGCGATCCTTTGATTCTTTGTATATATCTAAATGTATATTACATTGGGCTGACGCGACT
GATTATAATGCGGGTTCGATGGAGTGACCACCTCAAAGATTGCGTGTGCCCAGAATTTAAGCGAGATTGCATGAATCCATAGTGGGTTTTGGGTTTTACTCGCCGGATTTCGATCGTTTGCAGGAGAGAAGCAATGGAATGGAATCGGTTTGCATCAGGAATATGACGAGATCACACAATTCTCAGGGAATTGGATTTGG
ATTTCTGAGGAGGACATCAATCAAAAGCAAAAATGATGAATCTGATATGACTTGGATGGTTAAAACAAGGGTTGAAGAAGAGGAATTAGATGATATGTTACTGCTGTTATGAATAATAAAAAACAGTGTTTGGTAGGCCTTCAACAGTATCAATAAGTTTTTGATATATCTGTATATGCGTGTATATATAAAAGCATACT
GGCCCGTTGGAGCTAGAATTAGGGCCCACTAGGGGATTGCTGCTGCTGCTGTTGGCTCTGCTTCTCCTCGGGTACCTTAATTGTAATAGTATTGGCATGAACAGCAACTCCGTTGTTGGTGTTATGGTTTTCCGTTATATCCCTTAAAGATTCTCAAGAGCTGTTGTGCTTCTACTTTTTCTTCTTCTCTATGGTCAGCT
TTTGCACAGCATGTCAGATTGTGGTTCCCAGCAACTGCACAGgtatgtgattattttctctgtagtttgtcatagatattgtaatgggtattgccagagcgggcagtaggagtacccttcaaaaatgatgcggcggtcgttgctatggaatgatcagagtattacatgatggggaggattggttctgtattgttttctga
tttcagGAGTTTGTGGGTCCATCGCTGCAGAGGAAAACAGATCGTTTAGCATAGTGGGTTCGTATTTTTTGGAGGAAAGGACTTTTGGGTGCCAGGGATTTTGAGAGAAAGACTGCTTTGGCTTTGTTGTTTCATTCGGTTTTGGCAGAGCAGGGGCTCGGCTGATTGATTTCTGCCAAATATATTGGTGGGTTCATTGG
TTTCTGGCTGGGATATTGGTGGGTTCCTGAGTTATTGAGGGATTTGATACTTGTTGTCACTGGATCTGTTGTCTTTGTAATTGCAAGGCATAATGGCTTATCAGGCCGTACAGGGAATAGGGTCTAGGTCAGTTTCGGTTACAGGTTCACAGTTTGGGGACACCACTCATACCAAAATATTTGTTGGAGGTTTGGCTTGG
GAGACCCAGAGTGACACCATGCGCAGGTACTTTGAGCAGTTTGGTGAGATTTTGGAGGCTGTGGTGATCACTGACAAGAACACAGGGCGCTCCAAAGGCTACGGATTTGTAAGTAGTCGGCTTTCCCTTATACCCTTTTCCTTCTCTTTCTATGTTTTTCATTTGGGGGTTGATTTCTGAGTAGTAAGTCATTCCATTTA
CTTCTTTGTAGATTCCCAATTTATGTTTGCCTGGTTGTCTGCTTAAATGGTATCTTATTTCTGCAGTGTGTATTGTTTCCTTATCTCGTTTAGAAAAATATTATACTTTGGTTTCTTTCAATGGCCACCAAAACTGCCTCTTTCAATAGCCCATTTAACTATCTGATGTTTTTTCTTGGCATGTGGGGTATGTTGAGGGA
TTAGGTGACATTCCGTGATCCCGACGCTGCAAGGAGAGCATGTGCAGACCAAAGTCCTATCATAGATGGTAGGCGAGCCAACTGCAACTTGGCTTCACTTGGTCGGCCTCGCCCCTCCCCACCTTATGGTAGATAACTGGTTTGCCCTATTGCTTTTTTCATTGGATTTAACACTTATGGTAGATTGCCTATGTTACTCT
ATTTTGATGGCAT
Intron 3 GTGCACACTT ... GACATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.46 | 9.7 | 2 | 5 |
| A2 | 33.05 | 8.3 | 0 | 4 |
| A3 | 34.72 | 19 | 0 | 10 |
| A4 | 26.89 | 11.2 | 1 | 4 |
| A5 | 81.48 | 1.7 | 2 | 7 |
| A6 | 12.7 | 28.7 | 1 | 4 |
| A7 | 10.35 | 27.5 | 0 | 3 |
| A8 | 13.4 | 38.7 | 2 | 5 |
| A9 | 18.06 | 28 | 0 | 6 |
| A10 | 16.91 | 24.8 | 3 | 5 |
>TRINITY_DN35328_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformGGGCGACTGATTATAATGCGGGTTCGATGGAGTGACCACCTCAAAGATTGCGTGTGCCCAGAATTTAAGCGAGATTGCATGAATCCATAGTGGGTTTTGGGTTTTACTCGCCGGATTTCGATCGTTTGCAGGAGAGAAGCAATGGAATGGAATCGGTTTGCATCAGGAATATGACGAGATCACACAATTCTCAGGGAATT
GGATTTGGATTTCTGAGGAGGACATCAATCAAAAGCAAAAATGATGAATCTGATATGACTTGGATGGTTAAAACAAGGGTTGAAGAAGAGGAATTAGATGATATGTTACTGCTGTTATGAATAATAAAAAACAGTGTTTGGTAGGCCTTCAACAGTATCAATAAGTTTTTGATATATCTGTATATGCGTGTATATATAAA
AGCATACTGGCCCGTTGGAGCTAGAATTAGGGCCCACTAGGGGATTGCTGCTGCTGCTGTTGGCTCTGCTTCTCCTCGGGTACCTTAATTGTAATAGTATTGGCATGAACAGCAACTCCGTTGTTGGTGTTATGGTTTTCCGTTATATCCCTTAAAGATTCTCAAGAGCTGTTGTGCTTCTACTTTTTCTTCTTCTCTAT
GGTCAGCTTTTGCACAGCATGTCAGATTGTGGTTCCCAGCAACTGCACAGGTATGTGATTATTTTCTCTGTAGTTTGTCATAGATATTGTAATGGGTATTGCCAGAGCGGGCAGTAGGAGTACCCTTCAAAAATGATGCGGCGGTCGTTGCTATGGAATGATCAGAGTATTACATGATGGGGAGGATTGGTTCTGTATTG
TTTTCTGATTTCAGGAGTTTGTGGGTCCATCGCTGCAGAGGAAAACAGATCGTTTAGCATAGTGGGTTCGTATTTTTTGGAGGAAAGGACTTTTGGGTGCCAGGGATTTTGAGAGAAAGACTGCTTTGGCTTTGTTGTTTCATTCGGTTTTGGCAGAGCAGGGGCTCGGCTGATTGATTTCTGCCAAATATATTGGTGGG
TTCATTGGTTTCTGGCTGGGATATTGGTGGGTTCCTGAGTTATTGAGGGATTTGATACTTGTTGTCACTGGATCTGTTGTCTTTGTAATTGCAAGGCATAATGGCTTATCAGGCCGTACAGGGAATAGGGTCTAGGTCAGTTTCGGTTACAGGTTCACAGTTTGGGGACACCACTCATACCAAAATATTTGTTGGAGGTT
TGGCTTGGGAGACCCAGAGTGACACCATGCGCAGGTACTTTGAGCAGTTTGGTGAGATTTTGGAGGCTGTGGTGATCACTGACAAGAACACAGGGCGCTCCAAAGGCTACGGATTTGTAAGTAGTCGGCTTTCCCTTATACCCTTTTCCTTCTCTTTCTATGTTTTTCATTTGGGGGTTGATTTCTGAGTAGTAAGTCAT
TCCATTTACTTCTTTGTAGATTCCCAATTTATGTTTGCCTGGTTGTCTGCTTAAATGGTATCTTATTTCTGCAGTGTGTATTGTTTCCTTATCTCGTTTAGAAAAATATTATACTTTGGTTTCTTTCAATGGCCACCAAAACTGCCTCTTTCAATAGCCCATTTAACTATCTGATGTTTTTTCTTGGCATGTGGGGTATG
TTGAGGGATTAGGTGACATTCCGTGATCCCGACGCTGCAAGGAGAGCATGTGCAGACCAAAGTCCTATCATAGATGGTAGGCGAGCCAACTGCAACTTGGCTTCACTTGGTCGGCCTCGCCCCTCCCCACCTTATGGGCGCATGCGCCCAGGAAGCCCCTATCTGGGAGCTCCTCAAGGTGGGCAGACTTATGTTGGAAG
CCCAACTTATCACCAATCTGTACCATTTCCCTATCAACAAAGTTTTGCATATCCTCCATATGGATATGCAACATTTGCATCAGAGTATACTTATCCACAGAATATTTACGGTCCATATCTAGGGGCACAGTATCCTCAGATATATGGGTCGGCCAGGACAATTAGTCCAGTATATCCTTATGCACACTTTGGCCAACATC
TCCAGACTGGACCTGGCTATCCTGCTCTGCAAGGTTATGGAGTTGCAGCACCTCACCTTGTGCAGTTTGCTTCACCAGGAGCTAGTACTATCAACCCTATTTCGCAACCATATGGAGCAGCCCTGCCGGCAGTTCAGGGACCATTCCCATCGGCAGTACTTTCACCTGTTCCAGCACATCAACCCTTCATAATTCCTCCG
CAATCCCAGCAACAGTTCACACAAGGTGGCAGTGCATCAGACCAACCATCAGGTTGAGGACCATCTGTACAAGGAACACCTCTACATTGTCAGGTATTCTCTAGGGCACGGCAAGACTAAGAGCAGCAGTACTGCTACCTGAGTGGCAGACTTCAAATCTTGGCTTGTATGTTTCTGTTTGTCATTCTAGAGGTCATGGA
CAGATGCCCACAGTTGCTTCTGAAGTGCACAGCCTCGGTCAAGTTTGTTCGTTCTGGACATTCAAGAAACTAAAAACAGGACCCTCTCTCACTCTGGCCCTGGGAAAGCTGTGTTTGTGTATGTGCCCCTTATTCATGTTGGGATTTAGGAGGAAGTGTTAACAGTCTAGAATGATTCAAGGGTTTCAGTGATAGCAATC
TAATGTTCAAGTTCTGGTCAGTTTTGGCAAGGTAGATCTTAAAGTGGGCAGTCTTTTATGGGAGAAAAACAAGTATAGAAAACTAAAATACAACTAGCAGCCTAAAGTTAGTACAGTTTGTGAATGCATATCTAAATTTAGATTCATTCTTTCATTCCTAGAACTAAATTATCTGTACAGAGTTAATGTTAATGATATAA
TCACTTTGTTCGGTATCATATGAAAACTTACTCATGGAGTTTCTCCTATTTTGAATTCTCAATTAAAAAACTTTGACAATATATCATATTGTTATGGAGCACTGGGAGTTTGGTTTCATATTGAACATTATATTTGAATGGATCATGGTGTTGAAGCTTTCTTAAAGAGAACGGTTTTAAAGTATATTTTGTCAAATGGG
GAAACGGGGAGGAACTAACCTTAGGAAAGGTGTTCAAAGTCTGTATCCTGCACTTTGGAATGGATATTCTATCTAAGATTTTCATTAGGAGTTTGCTACAGTATATGCTGAAACTCTACAGCAAACTTTATTTGTTCTTAAAAATTCAGCATGCAACCAGGTTAGGAAAATGTTAAGAGTTCTGTTTAGTGTTGACAACG
TCACAGTTGATCCGTCGCTACTATGAATATGATATCAGCTACGACTCATTCTTGCTTTGCTTACTATTATTAACAATATGTTCCAAATATTAATTAATTACCTGATTTCCAGA
>TRINITY_DN35328_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGTTTTGCATATCCTCCATATGGGTGGGTTGATATTCTTTTTCACACTCTTGCTCCCTGATTTTTGTTTTGTTGAAGTAAGGATGATGTGAAAATCTCTTACAATTTACTTCAACATGGTTTGAGTATGACAGATATGCAACATTTGCATCAGAGTATACTTATCCACAGgtgcacacttccattcctgtaaaagctttc
tttttcagacacaagttggagttttgaacttgaatagctaatggctgtaaatgtttctcttgtttgcatgcttattgaccttctatcttttgttttctgatgaatgttcctttcatgtggacattgcagAATATTTACGGTCCATATCTAGGGGCACAGTATCCTCAGATATATGGGTCGGCCAGGACAATTAGTCCAGT
ATATCCTTATGCACACTTTGGCCAACATCTCCAGACTGGACCTGGCTATCCTGCTCTGCAAGGTTATGGAGTTGCAGCACCTCACCTTGTGCAGTTTGCTTCACCAGGAGCTAGTACTATCAACCCTATTTCGCAACCATATGGAGCAGCCCTGCCGGCAGTTCAGGGACCATTCCCATCGGCAGTACTTTCACCTGTTC
CAGCACATCAACCCTTCATAATTCCTCCGCAATCCCAGCAACAGTTCACACAAGGTGGCAGTGCATCAGACCAACCATCAGGTTGAGGACCATCTGTACAAGGAACACCTCTACATTGTCAGGTATTCTCTAGGGCACGGCAAGACTAAGAGCAGCAGTACTGCTACCTGAGTGGCAGACTTCAAATCTTGGCTTGTATG
TTTCTGTTTGTCATTCTAGAGGTCATGGACAGATGCCCACAGTTGCTTCTGAAGTGCACAGCCTCGGTCAAGTTTGTTCGTTCTGGACATTCAAGAAACTAAAAACAGGACCCTCTCTCACTCTGGCCCTGGGAAAGCTGTGTTTGTGTATGTGCCCCTTATTCATGTTGGGATTTAGGAGGAAGTGTTAACAGTCTAGA
ATGATTCAAGGGTTTCAGTGATAGCAATCTAATGTTCAAGTTCTGGTCAGTTTTGGCAAGGTAGATCTTAAAGTGGGCAGTCTTTTATGGGAGAAAAACAAGTATAGAAAACTAAAATACAACTAGCAGCCTAAAGTTAGTACAGTTTGTGAATGCATATCTAAATTTAGATTCATTCTTTCATTCCTAGAACTAAATTA
TCTGTACAGAGTTAATGTTAATGATATAATCACTTTGTTCGGTATCATATGAAAACTTACTCATGGAGTTTCTCCTATTTTGAATTCTCAATTAAAAAACTTTGACAATATATCATATTGTTATGGAGCACTGGGAGTTTGGTTTCATATTGAACATTATATTTGAATGGATCATGGTGTTGAAGCTTTCTTAAAGAGAA
CGGTTTTAAAGTATATTTTGTCAAATGGGGAAACGGGGAGGAACTAACCTTAGGAAAGGTGTTCAAAGTCTGTATCCTGCACTTTGGAATGGATATTCTATCTAAGATTTTCATTAGGAGTTTGCTACAGTATATGCTGAAACTCTACAGCAAACTTTATTTGTTCTTAAAAATTCAGCATGCAACCAGGTTAGGAAAAT
GTTAAGAGTTCTGTTTAGTGTTGACAACGTCACAGTTGATCCGTCGCTACTATGAATATGATATCAGCTACGACTCATTCTTGCTTTGCTTACTATTATTAACAATATGTTCCAAATATTAATTAATTACCTGATTTCCAGA
Intron 4 GTAAGTAGTC ... GAGGGATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.1 | 27.7 | 13.5 | 12.4 |
| A2 | 32.04 | 29.7 | 13 | 14 |
| A3 | 38.77 | 34.8 | 6.5 | 22 |
| A4 | 24.08 | 28.8 | 6.4 | 9.1 |
| A5 | 30.74 | 18.1 | 5.6 | 8 |
| A6 | 35.57 | 59.9 | 10.8 | 33 |
| A7 | 26.1 | 59.8 | 15.5 | 21.1 |
| A8 | 26.48 | 52.8 | 22 | 19 |
| A9 | 23.17 | 46.5 | 15.4 | 14 |
| A10 | 22.33 | 66.1 | 16.2 | 19 |
>TRINITY_DN103580_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCAAACGGCAGGCTATGGAAAATGACCCGAGGCCTAAAGTACGAGTATCTTTTCCCCACGAAAGAGATTGAAAATTATCCCCTTTGAAACAGAAGCGTCCGATGACAAGAAGTTGCGAATGTTCATTTTTTTCACCTCCAATGGCGATCCTTTGATTCTTTGTATATATCTAAATGTATATTACATTGGGCTGACGCGACT
GATTATAATGCGGGTTCGATGGAGTGACCACCTCAAAGATTGCGTGTGCCCAGAATTTAAGCGAGATTGCATGAATCCATAGTGGGTTTTGGGTTTTACTCGCCGGATTTCGATCGTTTGCAGGAGAGAAGCAATGGAATGGAATCGGTTTGCATCAGGAATATGACGAGATCACACAATTCTCAGGGAATTGGATTTGG
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>TRINITY_DN103580_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAAACGGCAGGCTATGGAAAATGACCCGAGGCCTAAAGTACGAGTATCTTTTCCCCACGAAAGAGATTGAAAATTATCCCCTTTGAAACAGAAGCGTCCGATGACAAGAAGTTGCGAATGTTCATTTTTTTCACCTCCAATGGCGATCCTTTGATTCTTTGTATATATCTAAATGTATATTACATTGGGCTGACGCGACT
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