sp|Q9SZA4|CDC21_ARATH ----> Cell division cycle 20.1, cofactor of APC complex


Intron 1 GCTTGAGCAA ... TTGAGCCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A144.52434524
A244.23292818
A344.35323318
A43616162
A546.67886
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A741.0825126288
A843.85445470225
A944.97320337186
A1043.0917518085



>TRINITY_DN41330_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform
CGTTGAAATCCAGGCAACACCGTTGAAATCCAGGCAACAAGTATGTAATGTGGGTTCTGTATTTTCTTTCATCCTCTTTCCATTTGTCACATGACCCGCTACAACTTTCCGGCTCGCCGTTAGCTTTGCTCTGTGCAAGGAGAACGCTAAGCCACTACCGGTTTTAATATATTGCTGGAATTATTTTTGAGAACTAAAGC
CATCCTCATCCGTTGAGGAACCTAAGCATTTTCAGATTCCCTGGAGCTGTTATTTTTTCAGAATTTACATTAGGTTGTGTTTTGTCTTTTGATTTCATTAGAGGAGAAGGATCTTGTGATTTGGTTAGAGGAGAGGGAGCATATGGAATCGTCTTGCCATTCATTAAGTTCCAGGAGGTTTTTCACAAGAAAGCAATGTC
TCCGACCTATGCAAAAACAGGGTGCTTCAATCAGACACAGCAGTGACAGGTTTATCCCGGAAAGAGGATCCATGGATCTGGACGTAGCTAGATTCATGATCATGAAGAAAGAAAAGGAAAACAACGGTACCCCTACACCTACCCCCTCCCCTGCTAAGAAAGCATACCAGGTGGAGATGGCAGCAACTTTATTGAAGAAT
GCAAATGCTGCAGACACCAATTGCAGAATTCTATCTTTCAAGAGAAAAGCAAACCCTACTTATGGGGAATCACAACAACTTATGTCAGCTAATCTTCCTATTTCCAAAAAGGCACGCAGATATATTCCTCAGTCTGCAGATAGAACTCTGGATGCGCCAGACCTTGTGGATGATTACTACTTGAATCTACTGGACTGGAG
TTTGAACAATGTGTTGTCCATAGCCCTTGGCAACACTGTATACTTGTGGGATGCTTCAAATAGTTCTATATCCGAGCTTCTGATTGCAGACGATGAAGAAGGTCCTGTTACCAGTGTTAGCTGGGCACCTGATGGAAGGCACATTGCCGTTGGGTTAAATAATTCTGTTATACAGCTATGGGACTCTGCATCTGATAAAC
AGTTAAGAGCCTTGAAAGGTCATCATGCACGTGTCGGTGCCCTTGCTTGGAATGGTCCTATTCTTACCACAGGAGGACGGGATGGGATGATAATCAATCATGATGTTCGCATTCGTGAGCACATTGTTCAAACATACAGAGGGCATGACCAGGAGGTTTGTGGATTGAAATGGTCTCTTTCTGGCCAACAACTTGCAAGT
GGGGGGAATGACAATCTACTGTACATTTGGGATCAGAGCATGACATCCCATAATTCTACCTCTCAATACCTCCACCGCTTAGATGAACATTGTGCTGCAGTCAAGGCCTTGGCATGGTGCCCCTTCCAAAGCAATCTTTTAGCATCCGGTGGAGGAAGTGCAGACAGGTCTATAAAGTTTTGGAACACTCAAACAGGTGC
CTGCCTAAATACCATAGACACTCATTCTCAAGTTTGTTCATTACTGTGGAATAGGCATGAACGCGAGTTATTGAGTTCACATGGGTTCAGTCAGAACCAATTAACCTTATGGAAATATCCATCTATGGTGAAAATTACTGAGCTCACAGGGCATTCTTCTCGAGTTCTTCATCTGGCACAGAGCCCTGATGGGTACACAG
TTGCATCAGCTGCAGCAGATGAAACACTCAGGTTTTGGCAAGTTTTTGGAGCTCCTGATACCTCAAAGAGGGCTAAGAGTAAAGATGAAAATGGGGCTTTCAGCAAGTGTCATACTTATATCCGCTAGGCACTAAGAAGCATCTTTCTGGATTCATGGAATGTGGACGTTCAACTGAATGAACAATGTTGTAACAACTTT
CTGAGACAGGAAACCATTTCTTCAGCTGCATCATAAAGTTTTAAATGGTTCTGGCAAGTCTTTGGAATTCCTTATTCTTCAAAGAGGGTTCTGAAAATGATATGTCGTCGGTATCAGCAAGTATCTTCACATCTACAAAGTATCCTCCACACCTCCACTCATGGAGTGATTCACATTTTACAAAGAAGCCTCCAATTTAC
AAAGAAGTCTCCACTCAATCTTGATCAGCATGGATTATTCCAAATTCTAGATATGGGCTTGTGGTAATGTCTCGTACAGCTTAATGTACCGTACAATTTGGTATCGTCACCAGATGGATACTTTCCACTGTTATCTACTATTCCCAGGAGTTTCAGAATAGGACTGTCAAATCCCCCTACACATTATCCATGTCTGAATG
ATTTTGATGACGTGGCCAAAGATGACCCACTTATGGATGAAACAGATAAGGAACTTTTGGGTGATTTAGATGCCCAGTACAGCCTTGCTGGATGGTGTGCAGGGTGTTGAGAAAATGGTGATCCTTGTGCAGTCAGAGGTGATCCGGCAGTTTTCAAATCTGGTCCAGTTGCCGACAGACAGGTTACTGTTTAAATTATT
AGCACCTGAAACTTTTCATGTTAAACAATGTATATGACATCTAGATACTAATGCCGACATGGGACAAATGAAATTATTACGGTCCAAAATATCTCAATTCCATTTATAAGAAGTGAAAATGAGCCCAGGATTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTTTTCTCTAGC
TGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAACAATCAATCCAGCATGGGCATTTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCGTAATAGTTGTTTTATCAAAAAATTTGGTTGACAAATGAGGAGTTTTGATGATCATATGTATTGCACACACTTAGATATCATGCAGGC
TTCATACGTAGATCGATGCCGGCAATTTCTTTTGTTTATATTGAAGTTTCTGGAAACAAAATATAACTTTTTATGAGACTAAGAATGGGGACACCCGTATGGAATCGGGATACTGAGATTTTGAATGCCATCAACCGAATCTGCCAGGACCAGGCATAAATTAAAGAAATTTTGAGCTATGTGGAGGATAGCTACCGATG
CAAATATCCAGGTGGAGCAATTGTTGGTTCCTCATGGCATTGAGCATTTACGCACCCAAAGGAATCAAGCGGAGGCTGGAAAAGGAGCCAGTGCTGAGAAGATCTTGCTCAATCCACTCCACCATGACGGTTAATTTTCCGGTGTCTTTTTATCGATAGTTTGAGCAACTGGAGGAAAAACGGTAATTTTTTGACTATAA
ATTTGAACTGATGGTTTTTCAACAAGCTGATCATTAATTTTAAAGTATCGCGCACCCAAAGGAACCAAGCAAGAGGCTGGAGAGAGGAGGAGCCAGTGCTAAGATCTTCTCAATTCACTCCACCATGACAGTCAACTATTCTGTGTCTTTTGATTTTTTGACTGTAATTTTAAACTGATGGTTTTTCAACAAGCT


>TRINITY_DN41330_c0_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CGTTGAAATCCAGGCAACACCGTTGAAATCCAGGCAACAAGTATGTAATGTGGGTTCTGTATTTTCTTTCATCCTCTTTCCATTTGTCACATGACCCGCTACAACTTTCCGGCTCGCCGTTAGCTTTGCTCTGTGCAAGGAGAACGCTAAGCCACTACCGGTTTTAATATATTGCTGGAATTATTTTTGAGAACTAAAGC
CATCCTCATCCGTTGAGGAACCTAAGCATTTTCAGATTCCCTGGAGCTGTTATTTTTTCAGAATTTACATTAGGTTGTGTTTTGTCTTTTGATTTCATTAGAGGAGAAGGATCTTGTGATTTGGTTAGAGGAGAGGGAGCATATGGAATCGTCTTGCCATTCATTAAGTTCCAGGAGGTTTTTCACAAGAAAGCAATGTC
TCCGACCTATGCAAAAACAGGGTGCTTCAATCAGACACAGCAGTGACAGGTTTATCCCGGAAAGAGGATCCATGGATCTGGACGTAGCTAGATTCATGATCATGAAGAAAGAAAAGGAAAACAACGGTACCCCTACACCTACCCCCTCCCCTGCTAAGAAAGCATACCAGGTGGAGATGGCAGCAACTTTATTGAAGAAT
GCAAATGCTGCAGACACCAATTGCAGAATTCTATCTTTCAAGAGAAAAGCAAACCCTACTTATGGGGAATCACAACAACTTATGTCAGCTAATCTTCCTATTTCCAAAAAGGCACGCAGATATATTCCTCAGTCTGCAGATAGAACTCTGGATGCGCCAGACCTTGTGGATGATTACTACTTGAATCTACTGGACTGGAG
TTTGAACAATGTGTTGTCCATAGCCCTTGGCAACACTGTATACTTGTGGGATGCTTCAAATAGTTCTATATCCGAGCTTCTGATTGCAGACGATGAAGAAGGTCCTGTTACCAGTGTTAGCTGGGCACCTGATGGAAGGCACATTGCCGTTGGGTTAAATAATTCTGTTATACAGCTATGGGACTCTGCATCTGATAAAC
AGTTAAGAGCCTTGAAAGGTCATCATGCACGTGTCGGTGCCCTTGCTTGGAATGGTCCTATTCTTACCACAGGAGGACGGGATGGGATGATAATCAATCATGATGTTCGCATTCGTGAGCACATTGTTCAAACATACAGAGGGCATGACCAGGAGGTTTGTGGATTGAAATGGTCTCTTTCTGGCCAACAACTTGCAAGT
GGGGGGAATGACAATCTACTGTACATTTGGGATCAGAGCATGACATCCCATAATTCTACCTCTCAATACCTCCACCGCTTAGATGAACATTGTGCTGCAGTCAAGGCCTTGGCATGGTGCCCCTTCCAAAGCAATCTTTTAGCATCCGGTGGAGGAAGTGCAGACAGGTCTATAAAGTTTTGGAACACTCAAACAGGTGC
CTGCCTAAATACCATAGACACTCATTCTCAAGTTTGTTCATTACTGTGGAATAGGCATGAACGCGAGTTATTGAGTTCACATGGGTTCAGTCAGAACCAATTAACCTTATGGAAATATCCATCTATGGTGAAAATTACTGAGCTCACAGGGCATTCTTCTCGAGTTCTTCATCTGGCACAGAGCCCTGATGGGTACACAG
TTGCATCAGCTGCAGCAGATGAAACACTCAGGTTTTGGCAAGTTTTTGGAGCTCCTGATACCTCAAAGAGGGCTAAGAGTAAAGATGAAAATGGGGCTTTCAGCAAGTGTCATACTTATATCCGCTAGGCACTAAGAAGCATCTTTCTGGATTCATGGAATGTGGACGTTCAACTGAATGAACAATGTTGTAACAACTTT
CTGAGACAGGAAACCATTTCTTCAGCTGCATCATAAAGTTTTAAATGGTTCTGGCAAGTCTTTGGAATTCCTTATTCTTCAAAGAGGGTTCTGAAAATGATATGTCGTCGGTATCAGCAAGTATCTTCACATCTACAAAGTATCCTCCACACCTCCACTCATGGAGTGATTCACATTTTACAAAGAAGCCTCCAATTTAC
AAAGAAGTCTCCACTCAATCTTGATCAGCATGGATTATTCCAAATTCTAGATATGGGCTTGTGGTAATGTCTCGTACAGCTTAATGTACCGTACAATTTGGTATCGTCACCAGATGGATACTTTCCACTGTTATCTACTATTCCCAGGAGTTTCAGAATAGGACTGTCAAATCCCCCTACACATTATCCATGTCTGAATG
ATTTTGATGACGTGGCCAAAGATGACCCACTTATGGATGAAACAGATAAGGAACTTTTGGGTGATTTAGATGCCCAGTACAGCCTTGCTGGATGGTGTGCAGGGTGTTGAGAAAATGGTGATCCTTGTGCAGTCAGAGGTGATCCGGCAGTTTTCAAATCTGGTCCAGTTGCCGACAGACAGGTTACTGTTTAAATTATT
AGCACCTGAAACTTTTCATGTTAAACAATGTATATGACATCTAGATAGTAAGATACTAATGCCGACATGGGACAAATGAAATTATTACGGTCCAAAATATCTCAATTCCATTTATAAGAAGTGAAAATGAGCCCAGgcttgagcaacttctccatgaaaaagatactgtatttccttatttctgtcaaactcaatctttt
tctctagctggctgattaattatttaacagaaaaggtagcaactggttccatcaattatgtaatcttaaaaaaaatcaatccagcatgggcatttttggagtctgttgcattgtggattccgtaatagttgagcccag
GATTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTT
TTTCTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAACAATCAATCCAGCATGGGCATTTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCGTAATAGTTGTTTTATCAAAAAATTTGGTTGACAAATGAGGAGTTTTGATGATCATATGTATTGCACACACTTAGATA
TCATGCAGGCTTCATACGTAGATCGATGCCGGCAATTTCTTTTGTTTATATTGAAGTTTCTGGAAACAAAATATAACTTTTTATGAGACTAAGAATGGGGACACCCGTATGGAATCGGGATACTGAGATTTTGAATGCCATCAACCGAATCTGCCAGGACCAGGCATAAATTAAAGAAATTTTGAGCTATGTGGAGGATA
GCTACCGATGCAAATATCCAGGTGGAGCAATTGTTGGTTCCTCATGGCATTGAGCATTTACGCACCCAAAGGAATCAAGCGGAGGCTGGAAAAGGAGCCAGTGCTGAGAAGATCTTGCTCAATCCACTCCACCATGACGGTTAATTTTCCGGTGTCTTTTTATCGATAGTTTGAGCAACTGGAGGAAAAACGGTAATTTT
TTGACTATAAATTTGAACTGATGGTTTTTCAACAAGCTGATCATTAATTTTAAAGTATCGCGCACCCAAAGGAACCAAGCAAGAGGCTGGAGAGAGGAGGAGCCAGTGCTAAGATCTTCTCAATTCACTCCACCATGACAGTCAACTATTCTGTGTCTTTTGATTTTTTGACTGTAATTTTAAACTGATGGTTTTTCAAC
AAGCT




Intron 2 GTATGAAAAT ... ACCTCTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.39821131
A219.23631812
A320.42761623
A42062922
A512.21823
A619.15953015
A715.881432628
A815.631082020
A915.471532828
A1017.851223221



>TRINITY_DN121790_c2_g4_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACAAGTCATATTATTTCGTTGGAAGTGCAAACCCATATCCAGGTTGGCTTTATGACCGTTGAAATCCAGGCAACACCGTTGAAATCCAGGCAACAAGTATGTAATGTGGGTTCTGTATTTTCTTTCATCCTCTTTCCATTTGTCACATGACCCGCTACAACTGTCCGGCTCGCCGTTAGCTTTGCTCTGTGCAAGGAG
AACGCTAAGCCACTACCGGTTTTAATATATTGCTGGAATTATTTTTGAGAACTAAAGCCATCCTCATCCGTTGAGGAACCTAAGCATTTTCAGATTCCCTGGAGCTGTTATTTTTTCAGAATTTACATTAGGTTGTGTTTTGTCTTTTGATTTCATTAGAGGAGAAGGATCTTGTGATTTGGTTAGAGGAGAGGGAGCAT
ATGGAATCGTCTTGCCATTCATTAAGTTCCAGGAGGTTTTTCACAAGAAAGCAATGTCTCCGACCTATGCAAAAACAGGGTGCTTCAATCAGACACAGCAGTGACAGGTTTATCCCGGAAAGAGGATCCATGGATCTGGACGTAGCTAGATTCATGATCATGAAGAAAGAAAAGGAAAACAACGGTACCCCTACACCTAC
CCCCTCCCCTGCTAAGAAAGCATACCAGGTGGAGATGGCAGCAACTTTATTGAAGAATGCAAATGCTGCAGACACCAATTGCAGAATTCTATCTTTCAAGAGAAAAGCAAACCCTACTTATGGGGAATCACAACAACTTATGTCAGCTAATCTTCCTATTTCCAAAAAGGCACGCAGATATATTCCTCAGTCTGCAGATA
GAACTCTGGATGCGCCAGACCTTGTGGATGATTACTACTTGAATCTACTGGACTGGAGTTTGAACAATGTGTTGTCCATAGCCCTTGGCAACACTGTATACTTGTGGGATGCTTCAAATAGTTCTATATCCGAGCTTCTGATTGCAGACGATGAAGAAGGTCCTGTTACCAGTGTTAGCTGGGCACCTGATGGAAGGCAC
ATTGCCGTTGGGTTAAATAATTCTGTTATACAGCTATGGGACTCTGCATCTGATAAACAGTTAAGAGCCTTGAAAGGTCATCATGCACGTGTCGGTGCCCTTGCTTGGAATGGTCCTATTCTTACCACAGGAGGACGGGATGGGATGATAATCAATCATGATGTTCGCATTCGTGAGCACATTGTTCAAACATACAGAGG
GCATGACCAGGAGGTTTGTGGATTGAAATGGTCTCTTTCTGGCCAACAACTTGCAAGTGGGGGGAATGACAATCTACTGTACATTTGGGATCAGAGCATGGCATCCCATAATTCTACCTCTCAATACCTCCACCGCTTAGATGAACATTGTGCTGCAGTCAAGGCCTTGGCATGGTGCCCCTTCCAAAGCAATCTTTTAG
CATCCGGTGGAGGAAGTGCAGACAGGTCTATAAAGTTTTGGAACACTCAAACAGGTGCCTGCCTAAATACCATAGACACTCATTCTCAAGTTTGTTCATTACTGTGGAATAGGCATGAACGCGAGTTATTGAGTTCACATGGGTTCAGTCAGAACCAATTAACCTTATGGAAATATCCATCTATGGTGAAAATTACTGAG
CTCACAGGGCATTCTTCTCGAGTTCTTCATCTGGCACAGAGCCCTGATGGGTACACAGTTGCATCAGCTGCAGCAGATGAAACACTCAGGTTTTGGCAAGTTTTTGGAGCTCCTGATACCTCAAAGAGGGCTAAGAGTAAAGATGAAAATGGGGCTTTCAGCAAGTGTCATACTTATATCCGCTAGGCACTAAGAAGCAT
CTTTCTGGATTCATGGAATGTGGACGTTCAACTGAATGAACAATGTTGTAACAACTTTCTGAGACAGGAAACCATTTCTTCAGCTGCATCATAAAGTTTTAAATGGTTCTGGCAAGTCTTTGGAATTCCTTATTCTTCAAAGAGGGTTCTGAAAATGATATGTCGTCGGTATCAGCAAGTATCTTCACATCTACAAAGTA
TCCTCCACACCTCCACTCATGGAGTGATTCACATTTTACAAAGAAGCCTCCATTTACAAAGAAGTCTCCACTCAATCTTGTACGTATTTCTTGAATTATTTATCCTCTTCATTTTGCTAAGGCACTTATTATGCAATTTCTTACTTGAGATAAATTTAGAAGTTTTAAGTTCTGTATCTATATTGCTATCTCATTTATAT
GAATTTTTTGTAATATTTTACACTATGCCATGATGTAGTTTCTTAGGCTTAGCAAAATTTATGCATTCTCTTACATATATACATTCAAGAGATCG


>TRINITY_DN121790_c2_g4_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGACAAGTCATATTATTTCGTTGGAAGTGCAAACCCATATCCAGGTTGGCTTTATGACCGTTGAAATCCAGGCAACACCGTTGAAATCCAGGCAACAAGTATGTAATGTGGGTTCTGTATTTTCTTTCATCCTCTTTCCATTTGTCACATGACCCGCTACAACTGTCCGGCTCGCCGTTAGCTTTGCTCTGTGCAAGGAG
AACGCTAAGCCACTACCGGTTTTAATATATTGCTGGAATTATTTTTGAGAACTAAAGCCATCCTCATCCGTTGAGGAACCTAAGCATTTTCAGATTCCCTGGAGCTGTTATTTTTTCAGAATTTACATTAGGTTGTGTTTTGTCTTTTGATTTCATTAGAGGAGAAGGATCTTGTGATTTGGTTAGAGGAGAGGGAGCAT
ATGGAATCGTCTTGCCATTCATTAAGTTCCAGGAGGTTTTTCACAAGAAAGCAATGTCTCCGACCTATGCAAAAACAGGGTGCTTCAATCAGACACAGCAGTGACAGGTTTATCCCGGAAAGAGGATCCATGGATCTGGACGTAGCTAGATTCATGATCATGAAGAAAGAAAAGGAAAACAACGGTACCCCTACACCTAC
CCCCTCCCCTGCTAAGAAAGCATACCAGGTGGAGATGGCAGCAACTTTATTGAAGAATGCAAATGCTGCAGACACCAATTGCAGAATTCTATCTTTCAAGAGAAAAGCAAACCCTACTTATGGGGAATCACAACAACTTATGTCAGCTAATCTTCCTATTTCCAAAAAGGCACGCAGATATATTCCTCAGTCTGCAGATA
GAACTCTGGATGCGCCAGACCTTGTGGATGATTACTACTTGAATCTACTGGACTGGAGTTTGAACAATGTGTTGTCCATAGCCCTTGGCAACACTGTATACTTGTGGGATGCTTCAAATAGTTCTATATCCGAGCTTCTGATTGCAGACGATGAAGAAGGTCCTGTTACCAGTGTTAGCTGGGCACCTGATGGAAGGCAC
ATTGCCGTTGGGTTAAATAATTCTGTTATACAGCTATGGGACTCTGCATCTGATAAACAGTTAAGAGCCTTGAAAGGTCATCATGCACGTGTCGGTGCCCTTGCTTGGAATGGTCCTATTCTTACCACAGGAGGACGGGATGGGATGATAATCAATCATGATGTTCGCATTCGTGAGCACATTGTTCAAACATACAGAGG
GCATGACCAGGAGGTTTGTGGATTGAAATGGTCTCTTTCTGGCCAACAACTTGCAAGTGGGGGGAATGACAATCTACTGTACATTTGGGATCAGAGCATGGCATCCCATAATTCTACCTCTCAATACCTCCACCGCTTAGATGAACATTGTGCTGCAGTCAAGGCCTTGGCATGGTGCCCCTTCCAAAGCAATCTTTTAG
CATCCGGTGGAGGAAGTGCAGACAGGTCTATAAAGTTTTGGAACACTCAAACAGGTGCCTGCCTAAATACCATAGACACTCATTCTCAAGTTTGTTCATTACTGTGGAATAGGCATGAACGCGAGTTATTGAGTTCACATGGGTTCAGTCAGAACCAATTAACCTTATGGAAATATCCATCTATGGTGAAAATTACTGAG
CTCACAGGGCATTCTTCTCGAGTTCTTCATCTGGCACAGgtatgaaaattcatttctttgtatgagtacttatgcatgcatgctttcctttatgaatggacttgtcctgatgatccttcttatgctttacctcttcagAGCCCTGATGGGTACACAGTTGCATCAGCTGCAGCAGATGAAACACTCAGGTTTTGGCAAGT
TTTTGGAGCTCCTGATACCTCAAAGAGGGCTAAGAGTAAAGATGAAAATGGGGCTTTCAGCAAGTGTCATACTTATATCCGCTAGGCACTAAGAAGCATCTTTCTGGATTCATGGAATGTGGACGTTCAACTGAATGTTAGTAATTAGACATTCTGTTTTCTTTTTCACATAGCTCTTCTGCAATTAGAAATTTAGACCG
TTGGATTGCCATGTTCAATGCTCTTTGTTCCACTTTATTCTTTGTAACACTGTAATTTCTTCTTTCTTTTTACTCATATACCATGAACCCTGATGGAACAATGTTGTAACAACTTTCT




Intron 3 GTAAATAAAA ... AAAATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.0989021
A218.9577018
A314.7775213
A411.3678010
A522.53109
A628.3648019
A712.8109016
A89.095005
A921.2489024
A1012.24129018



>TRINITY_DN113048_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform
CGTTGAAATCCAGGCAACACCGTTGAAATCCAGGCAACAAGTATGTAATGTGGGTTCTGTATTTTCTTTCATCCTCTTTCCATTTGTCACATGACCCGCTACAACTGTCCGGCTCGCCGTTAGCTTTGCTCTGTGCAAGGAGAACGCTAAGCCACTACCGGTTTTAATATATTGCTGGAATTATTTTTGAGAACTAAAGC
CATCCTCATCCGTTGAGGAACCTAAGCATTTTCAGATTCCCTGGAGCTGTTATTTTTTCAGAATTTACATTAGGTTGTGTTTTGTCTTTTGATTTCATTAGAGGAGAAGGATCTTGTGATTTGGTTAGAGGAGAGGGAGGATATGGAATCGTCTTGCCATTCATTAAGTTCCAGGAGGTTTTTCACAAGAAAGCAATGTC
TCCGACCTATGCAAAAACAGGGTGCTTCAATCAGACACAGCAGTGACAGGTTTATCCCGGAAAGAGGATCCATGGATCTGGACGTAGCTAGATTCATGATCATGAAGAAAGAAAAGGAAAACAACGGTACCCCTACACCTACCCCCTCCCCTGCTAAGAAAGCATACCAGGTGGAGATGGCAGCAACTTTATTGAAGAAT
GCAAATGCTGCAGACACCAATTGCAGAATTCTATCTTTCAAGAGAAAAGCAAACCCTACTTATGGGGAATCACAACAACTTATGTCAGCTAATCTTCCTATTTCCAAAAAGGCACGCAGATATATTCCTCAGTCTGCAGATAGAACTCTGGATGCGCCAGACCTTGTGGATGATTACTACTTGAATCTACTGGACTGGAG
TTTGAACAATGTGTTGTCCATAGCCCTTGGCAACACTGTATACTTGTGGGATGCTTCAAATAGTTCTATATCCGAGCTTCTGATTGCAGACGATGAAGAAGGTCCTGTTACCAGTGTTAGCTGGGCACCTGATGGAAGGCACATTGCCGTTGGGTTAAATAATTCTGTTATACAGCTATGGGACTCTGCATCTGATAAAC
AG
TTAAGAGCCTTGAAAGGTCATCATGCACGTGTCGGTGCCCTTGCTTGGAATGGTCCTATTCTTACCACAGGAGGACGGGATGGGATGATAATCAATCATGATGTTCGCATTCGTGAGCACATTGTTCAAACATACAGAGGGCATGACCAGGAGGTTTGTGGATTGAAATGGTCTCTTTCTGGCCAACAACTTGCAAGT
GGGGGGAATGACAATCTACTGTACATTTGGGATCAGAGCATGACATCCCATAATTCTACCTCTCAATACCTCCACCGCTTAGATGAACATTGTGCTGCAGTCAAGGCCTTGGCATGGTGCCCCTTCCAAAGCAATCTTTTAGCATCCGGTGGAGGAAGTGCAGACAGGTCTATAAAGTTTTGGAACACTCAAACAGGTGC
CTGCCTAAATACCATAGACACTCATTCTCAAGTTTGTTCATTACTGTGGAATAGGCATGAACGCGAGTTATTGAGTTCACATGGGTTCAGTCAGAACCAATTAACCTTATGGAAATATCCATCTATGGTGAAAATTACTGAGCTCACAGGGCATTCTTCTCGAGTTCTTCATCTGGCACAGAGCCCTGATGGGTACACAG
TTGCATCAGCTGCAGCAGATGAAACACTCAGGTTTTGGCAAGTTTTTGGAGCTCCTGATACCTCAAAGAGGGCTAAGAGTAAAGATGAAAATGGGGCTTTCAGCAAGTGTCATACTTATATCCGCTAGGCACTAAGAAGCATCTTTCTGGATTCATGGAATGTGGACGTTCAACTGAATGAACAATGTTGTAACAACTTT
CTGAGACAGGAAACCATTTCTTCAGCTGCATCATAAAGTTTTAAATGGTTCTGGCAAGTCTTTGGAATTCCTTATTCTTCAAAGAGGGTTCTGAAAATGATATGTCGTCGGTATCAGCAAGTATCTTCACATCTACAAAGTATCCTCCACACCTCCACTCATGGAGTGATTCACATTTTACAAAGAAGCCTCCATTTACA
AAGAAGTCTCCACTCAATCTTGATCAGCATGGATTATTCCAAATTCTAGATATGGGCTTGTGGTAATGTCTCGTACAGCTTAATGTACCGTACAATTTGGTCTCGTCACCAGATGGATACTTTCCACTGTTATCTACTATTCCCAGGAGTTTCAGAATAGGACTGTCAAATCCCCCTACACATTATCCATGTCTGAATGA
TTTTGATGACGTGGCCAAAGATGACCCACTTATGGATGAAACAGATAAGGAACTTTTGGGTGATTTAGATGCCCAGTACACCCTTGCTGGATGGTGTGCAGGGTGTTGAGAAAATGGTGATCCTTGTGCAGTCAGAGGTGATCCGGCAGTTTTCAAATCTGGTCCAGTTGCCGACCGACAGGTTACTGTTTAAATTATTA
GAACCTGAAACTTTTCATGTTAAACAATGTATATGACATCTAGATAGTAAGATACTAATGCCGACATGGGACAAATGAAATTATTACGGTCCAAAATATCTCAATTCCATTTATAAGAAGTGAAAATGAGCCCAGGCTTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTTTT
CTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAAAAAATCAATCCAGCATGGGCATTTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCGTAATAGTTGAGCCCAGGATTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTT
TTCTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAACAATCAATCCAGCATGGGCATTTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCGTAATAGTTGAGCCCAGGATTGAGCAACTTC


>TRINITY_DN113048_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GGGACTCTGCATCTGATAAACAGgtaaataaaatctcttcatctcttttaaggttttttcattccaatgcaatggcaatctctaaattttgacatggataaaattgcagTTAAGAGCCTTGAAAGGTCATCATGCACGTGTCGGTGCCCTTGCTTGGAATGGTCCTATTCTTACCACAGGAGGACGGGATGGGATGATAA
TCAATCATGATGTTCGCATTCGTGAGCACATTGTTCAAACATACAGAGGGCATGACCAGGAGGTTTGTGGATTGAAATGGTCTCTTTCTGGCCAACAACTTGCAAGTGGGGGGAATGACAATCTACTGTACATTTGGGATCAGAGCATGACATCCCATAATTCTACCTCTCAATACCTCCACCGCTTAGATGAACATTGT
GCTGCAGTCAAGGCCTTGGCATGGTGCCCCTTCCAAAGCAATCTTTTAGCATCCGGTGGAGGAAGTGCAGACAGGTCTATAAAGTTTTGGAACACTCAAACAGGTGCCTGCCTAAATACCATAGACACTCATTCTCAAGTTTGTTCATTACTGTGGAATAGGCATGAACGCGAGTTATTGAGTTCACATGGGTTCAGTCA
GAACCAATTAACCTTATGGAAATATCCATCTATGGTGAAAATTACTGAGCTCACAGGGCATTCTTCTCGAGTTCTTCATCTGGCACAGAGCCCTGATGGGTACACAGTTGCATCAGCTGCAGCAGATGAAACACTCAGGTTTTGGCAAGTTTTTGGAGCTCCTGATACCTCAAAGAGGGCTAAGAGTAAAGATGAAAATG
GGGCTTTCAGCAAGTGTCATACTTATATCCGCTAGGCACTAAGAAGCATCTTTCTGGATTCATGGAATGTGGACGTTCAACTGAATGAACAATGTTGTAACAACTTTCTGAGACAGGAAACCATTTCTTCAGCTGCATCATAAAGTTTTAAATGGTTCTGGCAAGTCTTTGGAATTCCTTATTCTTCAAAGAGGGTTCTG
AAAATGATATGTCGTCGGTATCAGCAAGTATCTTCACATCTACAAAGTATCCTCCACACCTCCACTCATGGAGTGATTCACATTTTACAAAGAAGCCTCCATTTACAAAGAAGTCTCCACTCAATCTTGATCAGCATGGATTATTCCAAATTCTAGATATGGGCTTGTGGTAATGTCTCGTACAGCTTAATGTACCGTAC
AATTTGGTCTCGTCACCAGATGGATACTTTCCACTGTTATCTACTATTCCCAGGAGTTTCAGAATAGGACTGTCAAATCCCCCTACACATTATCCATGTCTGAATGATTTTGATGACGTGGCCAAAGATGACCCACTTATGGATGAAACAGATAAGGAACTTTTGGGTGATTTAGATGCCCAGTACACCCTTGCTGGATG
GTGTGCAGGGTGTTGAGAAAATGGTGATCCTTGTGCAGTCAGAGGTGATCCGGCAGTTTTCAAATCTGGTCCAGTTGCCGACCGACAGGTTACTGTTTAAATTATTAGAACCTGAAACTTTTCATGTTAAACAATGTATATGACATCTAGATAGTAAGATACTAATGCCGACATGGGACAAATGAAATTATTACGGTCCA
AAATATCTCAATTCCATTTATAAGAAGTGAAAATGAGCCCAGGCTTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTTTTCTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAAAAAATCAATCCAGCATGGGCATT
TTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCGTAATAGTTGAGCCCAGGATTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTTTTCTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAACAATCAATCCAGCATGGGCAT
TTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCGTAATAGTTGAGCCCAGGATTGAGCAACTTC




Intron 4 GTATGTAATG ... ATTTCATTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A190.918980
A281.25121352
A382.93141768
A483.9391047
A579.6612647
A6757221
A783.78181493
A8727518
A976.07281489
A1081.082815120



>TRINITY_DN40812_c0_g1_i10 from sample A9 / Example spliced isoform
GCCCGGGGAGACATCATTTATGCAATAAGACAACTCATATTATTTCGTTGGAAGTGCAAAGCCCATATCCAGGTTGGCTTTATGACCGTTGAAATCCAGGCAACACCGTTGAAATCCAGGCAACAAAGGAGAAGGATCTTGTGATTTGGTTAGAGGAGAGGGAGCATATGGAATCGTCTTGCCATTCATTAAGTTCCAGG
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>TRINITY_DN40812_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:
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CAGCAAGTATCTTCACATCTACAAAGTATCCTCCACACCTCCACTCATGGAGTGATTCACATTTTACAAAGAAGCCTCCAATTTACAAAGAAGTCTCCACTCAATCTTGATCAGCATGGATTATTCCAAATTCTAGATATGGGCTTGTGGTAATGTCTCGTACAGCTTAATGTACCGTACAATTTGGTATCGTCACCAGA
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GAAAATGAGCCCAGGATTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTTTTCTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAAAAAATCAATCCAGCATGGGCATTTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCCG
TAATAGTTGAGCCCAGGATTGAGCAACTTCTCCATGAAAAAGATACTGTATTTCCTTATTTCTGTCAAACTCAATCTTTTTCTCTAGCTGGCTGATTAATTATTTAACAGAAAAGGTAGCAACTGGTTCCATCAATTATGTAATCTTAAAACAATCAATCCAGCATGGGCATTTTTGGAGTCTGTTGCATTGTGGATTCC
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ACTGAGATTTTGAATGCCATCAACCGAATCTGCCAGGACCAGGCATAAATTAAAGAAATTTTGAGCTATGTGGAGGATAGCTACCGATGCAAATATCCAGGTGGAGCAATTGTTGGTTCCTCATGGCATTGAGCATTTACGCACCCAAAGGAATCAAGCGGAGGCTGGAAAAGGAGCCAGTGCTGAGAAGATCTTGCTCA
ATCCACTCCACCATGACGGTTAATTTTCCGGTGTCTTTTTATCGATAGTTTGAGCAACTGGAGGAAAAACGGTAATTTTTTGACTATAAATTTGAACTGATGGTTTTTCAACAAGCTGATCATTAATTTTAAAGTATTGCGCACCCAAAGGAACCAAGCAAGAGGCTGGAGAGAGGAGGAGCCAGTGCTAAGATCTTCTC
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GTTTTTTTATTTTTTTACTGTAATTTTAATCTGATGGGTTTTCAACAAGCTGATCATTATATTTTCTTTGAAGGTAGTTCAGATAGGAGTAATTTTTTAAAGATTATGATTTTCTCTACCTTTTGTGGAACAATATCTCTAATGTAGATAGTATCAGTATTTTTTGGGTGTGTGGAAGATGATCAAAATGATTTTTGAGA
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