sp|Q8RWL5|CLT3_ARATH ----> Protein CLT3, chloroplastic
Intron 1 GTATGTCAGT ... CTGCAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.76 | 32 | 27 | 22 |
| A2 | 33.33 | 16 | 8 | 5.5 |
| A3 | 41.38 | 17 | 12 | 9.5 |
| A4 | 39.29 | 17 | 11 | 13.5 |
| A5 | 46.15 | 7 | 6 | 6 |
| A6 | 24.24 | 50 | 16 | 3.5 |
| A7 | 30.93 | 67 | 30 | 7 |
| A8 | 24.44 | 34 | 11 | 7 |
| A9 | 29.49 | 55 | 23 | 9.5 |
| A10 | 28.72 | 67 | 27 | 8.5 |
>TRINITY_DN117381_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformCTACACAAAATTTTCATGGCTGTCACTAAACTGCTGAACACGCCATGCTGAAGGAGAAACACAAAGGCTTCCTACCTATCGAGTAATAAGCATGTCAGTTTTGGGACTCCACCTGCGGCCTGCCTATATCATTATCATTATTGTTGCAATTGCATTATATATAGACAGAGACACATGCTGGTTTGACACAAGGCATTCAC
CTGAAACCATTTGCAATGTTTTCGATCGGTCGTTACTCCAACGCCAAACTGCCTGCTTGTTTTGACCCTCTTCAAGATAGTAGTAGGACCATTCACCCCCTTGCTCACTTAACTTTGCATTGTAAATTACGGTCATATGGGAATGGGAACGATCATCAGCGATCTCTGGTCACTCTGCACGCTAGATCTTTTTCCAAACA
CAAGTGTATTGGAGATGATCAGTCTTTTCACAGGACATGGTGGGACGACAGAGCCTCTGGGAATCGCACAGAACCGATCTCCAGTGTTTCAGAAGGAGCAAGCATCCACGGGACCAAGACTGCGAATGCCAACGTAAATGCAAAGAGGAAATACTTAAAAGTGTTGATCGCTGCAACAATTACTGTCATGTTTGGCGTTG
CCAACAGAGTTTTCTACAAATTGGCGTTGATTCCTTTGAAGGAATACCCTTTCTTCTTGGCCCAGATCGCTACGTTTGGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTATTGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGT
GTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAACCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATC
ATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTAT
CAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTA
GCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCT
ATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGA
TAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGT
AAATTATCTGCCGATGTGTACATTATTCCACATTGTAATTTTCTATTGAAATTGAAGTTAATAATAACTATAAAATATGTTGACACGT
>TRINITY_DN117381_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTGACTTAGCTTGTATGGTACATTCTTCTTCTATAAAAGAGAGGTGGGATATACCACCGGGTACGATGAGATTGTTAGGGTTTTGAGCTATTATTCTTTTATTCTTTTGGTTATTACAAGATAGATTGATTGAGTGGTTCAGATTTTGTTTTGTATTTTTAGAGTGATGTGTTTGCAGGTGGAGTGCTAAAATTTTTGC
TGTTTTTAGAGGTGTTAACAGTTTTCAGTACCTAGTTTTAGGGTTTATATCTTTGAAGAGAAGATCTGCTTCTCATGATATGAGATTTATTGCTTTTGGCTAAAGAAAGGGAATATGTGGAGTGATCATTAGAGTTGGTTCTGTCTTCATGGTGGATTTTAGTGGTGTCCATCATTTTTTATGGATAGAAATATTAAAGA
AACTTTCCTTTGCAATGTTTTTGAAGGCTACTGATTGCAAAGGTAAAGAAAAAGAGGGTCAATTTACTGCCAACATACTGATTGAGGCAATTGAACTAGCGGGGCAGAAAATGTTGTCCAAGTCAGGACAACTCAAATGTTTATAGAGCTACAGGTTTAAATGTGGAGGTTAAATGTGATTATACTTTTGGACTCTTTTT
GTTGCCTATTCTTTGAACTTTATGCTTCACAGGATGATGAAAGTTGACTGAATTAAGATGGTTTGCTGTGGTGAGGAAGATCTAGATGTTCACTAGAAATTCATGTCTCAATCCATATATTGTTAGTTTGCGAAATTTGACCTCTCAAAAATTTTAATGTTCAATTTTCCATTTTCCACCTATATTTATAAATTTTATTT
AAAAAAAATCATTTAAAGGCTTGCAGGTGGCTGAGACTTTTTTTTGCCTCCCACAGTATCCTCTTAAAGAAGCTTCTGGGGGTGCAACAGGCCTTATCAAAATGGTCATTAGGAATGTTTGGTTGTGTGAGGCAATCCTAAATTGACAGAGCCAATCATCTCCAGAATCTAGCCATTGGGCTATTATCACAAGCTGCAAG
TTCTTCAGTAGCTGAGAAAATTGGATATATATGATTTCGTTTATTTGGTGATCGTGGAAAAGATTGGCAACAAAGAATCCCGACCTCCGCCTTCTACCATACAAGAGGCTAGATTACATGAAGGGGCCTACCAGGTTGTCAGAGGTGGAGCCAGAGATAGATGACTTGGACATGTCCTTGCATGAATCACCTTGGTTTGA
TTAGCGATGATGCATCAACAGTCGCTTCTTCAAGTATAGTCTATATTCAGATTAAAATACACCACATCTTCCAAGATTGTTGGACTCCCAGAGAATAATAATGATGTAGAACTTCAATATCAAGATGATGATGACACATTTCATGATAGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTAT
TGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAAgtatgtcagtacaactgttgtgaaacaattcgtaattatagtgtatttttgtttacttaatattgaacatttatttcatggatctttaaaatgtaatgtaatatg
tacaaaaactgacatttatttcatggatcttgaaaatgtaatgtaatatgtacaaaaactgggggcttgtgtgtgtatttctaaactatggggtatataaataatcatctatgaatgtttttgcaatttgattcactcactttactgagctcagagtaaatggctttgatagctctgctgctctattacctttttttttt
agaattcgtatagctctatttagagtaaatggctttgatagctctatttagagtaaatggatttgatagctctatgccccaagatatgtatgttactatgtaggtgatgagttttattttcatatttcttccatttgatatggtgattattcttgttgaaaatctaggtatttttggccattgaactgcttaacatttta
ctaataacaatgtgtgattttctgttctgattctgcaaacagCCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGGTAATATGCAGTGATGTTTATGATACTATTATCTCTTATTGCAAGCTGTATTTGCAATGAGAATAGCTTCTCATCAGAATAAAATTATACTTTGTCACTGCCACTTCTTAAATATAACAA
TATGAACTCATGCGTTATGTGAGTGAAACACTGAAAAGTGATAGGAATAGAGTTTTTGGGGAGGAAGGTTCACATGGTTAAGAAATACATACTTAGGGCCAAAATCATGCATTGGTTCACGTTTCCTGGTTAAGATAAAATTCAGTTCTAAGCAACTTTTAGCCTTTTCCTTGTTCATGAGGAATGATGCATGAGATGAT
ATAACGATATCTTTTTAATTTCTTTGCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGGTATCTGTTTACCCTATGCCTAACCGATCTAACTGTAGTTTCAATATTTCATTAG
ATCTTTTGTCCTCTACTGCAGCTATACATAAATGAATGGGAACAATTATGAAAGGTGAAGCACAAGGTGTGACAGTATTTGAAACACTAGAATCAGGAACTGGATTTATAGAGCCAGTGAAATGTATCTCGATTTTTTGTTCATTACATTTTGATATTTACAATTTTTGGCTCATTTATGTACAATAAGTGATTGATCCA
TTTCCACTGCAATATCTATAAGTTCAACTATATTTGCTTGGTTTGGGTCAGATTGCAAAACCATAAATGGAAAAGTAGAGATTCTTGTTCCAATGCATATAAAATCAGAATGATATTGTATTATGAATAATATAACTTCATGTTCATGACCTTTTTTGTTGCATACTGGTTGAGAATCCATGATGCCCAAACATAAAGAC
TGT
Intron 2 GTATGTGGTT ... CTGTTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 6 | 34 | 14 |
| A2 | 68.83 | 12 | 29 | 24 |
| A3 | 70.37 | 8 | 22 | 16 |
| A4 | 60 | 14 | 22 | 20 |
| A5 | 78.57 | 3 | 12 | 10 |
| A6 | 64.52 | 22 | 30 | 50 |
| A7 | 62.42 | 31 | 41 | 62 |
| A8 | 63.46 | 19 | 16 | 50 |
| A9 | 71.2 | 18 | 37 | 52 |
| A10 | 65.91 | 30 | 52 | 64 |
>TRINITY_DN110588_c0_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoformTGGGGCAATGCTTCGCTTGAACGTAAGTAAGACATGGATGTCAGTGTCAAGTACGCAAGATCCTTCCACTAAATCCGATGAGAGGACAAAATGATCTAAAAGGCCGTTCTACCACGACACTCATAGATTCTATAAGGCTGCCTACCCGCCGAGTAATAAGCATGTCAGTTTTGGGACTGCACCTGCCTATATCATTATCA
TTATTGTTGCAATTGCATTATATATAGACAGAGACACATGCTGGTTTGACACAAGGCATTCACCTGAAACCATTTGCAATGTTTTCGATCGGTCGTTACTCCAACGCCAAACTGCCTGCTTGTTTTGACCCTCTTCAAGATAGTAGTAGGACCATTCACCCCCTTGCTCACTTAACTTTGCATTGTAAATTACGGTCATA
TGGGAATGGGAACGATCATCAGCGATCTCTGGTCACTCTGCACGCTAGATCTTTTTCCAAACACAAGTGTATTGGAGATGATCAGTCTTTTCACAGGACATGGTGGGACGACAGAGCCTCTGGGAATCGCACAGAACCGATCTCCAGTGTTTCAGAAGGAGCAAGCATCCACGGGACCAAGACTGCGAATGCCAACGTAA
ATGCAAAGAGGAAATACTTAAAAGTGTTGATCGCTGCAACAATTACTGTCATGTTTGGCGTTGCCAACAGAGTTTTCTACAAATTGGCGTTGATTCCTTTGAAGGAATACCCTTTCTTCTTGGCCCAGATCGCTACGTTTGGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATG
ATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAG
CTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGT
TTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCA
AGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAG
ATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGC
>TRINITY_DN110588_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:TGGGGCAATGCTTCGCTTGAACGTAAGTAAGACATGGATGTCAGTGTCAAGTACGCAAGATCCTTCCACTAAATCCGATGAGAGGACAAAATGATCTAAAAGGCCGTTCTACCACGACACTCATAGATTCTATAAGGCTGCCTACCCGCCGAGTAATAAGCATGTCAGTTTTGGGACTGCACCTGCCTATATCATTATCA
TTATTGTTGCAATTGCATTATATATAGACAGAGACACATGCTGGTTTGACACAAGGCATTCACCTGAAACCATTTGCAATGTTTTCGATCGGTCGTTACTCCAACGCCAAACTGCCTGCTTGTTTTGACCCTCTTCAAGATAGTAGTAGGACCATTCACCCCCTTGCTCACTTAACTTTGCATTGTAAATTACGGTCATA
TGGGAATGGGAACGATCATCAGCGATCTCTGGTCACTCTGCACGCTAGATCTTTTTCCAAACACAAGTGTATTGGAGATGATCAGTCTTTTCACAGGACATGGTGGGACGACAGAGCCTCTGGGAATCGCACAGAACCGATCTCCAGTGTTTCAGAAGGAGCAAGCATCCACGGGACCAAGACTGCGAATGCCAACGTAA
ATGCAAAGAGGAAATACTTAAAAGTGTTGATCGCTGCAACAATTACTGTCATGTTTGGCGTTGCCAACAGAGTTTTCTACAAATTGGCGTTGATTCCTTTGAAGGAATACCCTTTCTTCTTGGCCCAGATCGCTACGTTTGGgtatgtggttgtctacttttccattctatatcttaggtaccgggctggtattgtgact
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ttgtttacttatatctgctggtgtaatcataactgttgccagTGGGGCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTG
TTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAAC
ATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTT
GCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGG
TATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAA
TCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGC
Intron 3 GTATGTCAGT ... CTGCAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.76 | 32 | 27 | 24 |
| A2 | 33.33 | 16 | 8 | 6.3 |
| A3 | 41.38 | 17 | 12 | 10 |
| A4 | 39.29 | 17 | 11 | 13.3 |
| A5 | 46.15 | 7 | 6 | 6.3 |
| A6 | 24.24 | 50 | 16 | 4.3 |
| A7 | 30.93 | 67 | 30 | 9.3 |
| A8 | 24.44 | 34 | 11 | 9 |
| A9 | 29.49 | 55 | 23 | 10.7 |
| A10 | 28.72 | 67 | 27 | 10.7 |
>TRINITY_DN110588_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformTGGGGCAATGCTTCGCTTGAACGTAAGTAAGACATGGATGTCAGTGTCAAGTACGCAAGATCCTTCCACTAAATCCGATGAGAGGACAAAATGATCTAAAAGGCCGTTCTACCACGACACTCATAGATTCTATAAGGCTGCCTACCCGCCGAGTAATAAGCATGTCAGTTTTGGGACTGCACCTGCCTATATCATTATCA
TTATTGTTGCAATTGCATTATATATAGACAGAGACACATGCTGGTTTGACACAAGGCATTCACCTGAAACCATTTGCAATGTTTTCGATCGGTCGTTACTCCAACGCCAAACTGCCTGCTTGTTTTGACCCTCTTCAAGATAGTAGTAGGACCATTCACCCCCTTGCTCACTTAACTTTGCATTGTAAATTACGGTCATA
TGGGAATGGGAACGATCATCAGCGATCTCTGGTCACTCTGCACGCTAGATCTTTTTCCAAACACAAGTGTATTGGAGATGATCAGTCTTTTCACAGGACATGGTGGGACGACAGAGCCTCTGGGAATCGCACAGAACCGATCTCCAGTGTTTCAGAAGGAGCAAGCATCCACGGGACCAAGACTGCGAATGCCAACGTAA
ATGCAAAGAGGAAATACTTAAAAGTGTTGATCGCTGCAACAATTACTGTCATGTTTGGCGTTGCCAACAGAGTTTTCTACAAATTGGCGTTGATTCCTTTGAAGGAATACCCTTTCTTCTTGGCCCAGATCGCTACGTTTGGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTATTGTGACT
GATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAACCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGG
TTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTG
TTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAAC
ATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTT
GCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGG
TATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAA
TCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGC
>TRINITY_DN110588_c0_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAGATTTTGGTTGTTTGTATTTGTCGCTCTTAATGTGTAGAGTATAGATAGTTGAGTGCTGAAACACTCATTTGTATGCATTATTTACTTCTCTAAAAGTTTGCTTTATCTGTATCCATACCCATGCACCTTAGCTTGTATCTTGATAATATATATCTCAAAGTCAATATGATTGCCTTGCTATCGACAAGGCGAAGTAT
AATTATTTCAGACTGTTAGAAGTCATTCAGCAGACTTTTTGGCTTTTGTGGGTAGTCATGATTTCTTTGTTCATCGCTTCTATTTTCATAACTTGTTAACATATGATAAACAAGTAATGGATGGTTGTGAATGTATAAAATGTTTGTTAATTGTGCTGTCTACCAAGTGGTTAAGCTTTACTCTGTAGCCTTTGTGGTGT
CATGCAGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTATTGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAAgtatgtcagtacaactgttgtgaaacaattcgtaattatagtgtatt
tttgtttacttaatattgaacatttatttcatggatctttaaaatgtaatgtaatatgtacaaaaactgacatttatttcatggatcttgaaaatgtaatgtaatatgtacaaaaactgggggcttgtgtgtgtatttctaaactatggggtatataaataatcatctatgaatgtttttgcaatttgattcactcactt
tactgagctcagagtaaatggctttgatagctctgctgctctattacctttttttttagaattcgtatagctctatttagagtaaatggctttgatagctctatttagagtaaatggatttgatagctctatgccccaagatatgtatgttactatgtaggtgatgagttttattttcatatttcttccatttgatatgg
tgattattcttgttgaaaatctaggtatttttggccattgaactgcttaacattttactaataacaatgtgtgattttctgttctgattctgcaaacagCCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTT
CAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGT
GGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCA
TTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTT
GTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATA
ACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGG
TTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGC
Intron 4 GTAGATTTTG ... TGTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.67 | 14 | 6 | 14 |
| A2 | 48.28 | 15 | 3 | 25 |
| A3 | 39.13 | 7 | 1 | 8 |
| A4 | 39.39 | 10 | 1 | 12 |
| A5 | 71.43 | 2 | 5 | 5 |
| A6 | 36.67 | 19 | 12 | 10 |
| A7 | 38.18 | 17 | 7 | 14 |
| A8 | 50 | 5 | 5 | 5 |
| A9 | 37.14 | 11 | 5 | 8 |
| A10 | 44.44 | 10 | 5 | 11 |
>TRINITY_DN117381_c0_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoformGGTGACTTAGCTTGTATGGTACATTCTTCTTCTATAAAAGAGAGGTGGGATATACCACCGGGTACGATGAGATTGTTAGGGTTTTGAGCTATTATTCTTTTATTCTTTTGGTTATTACAAGATAGATTGATTGAGTGGTTCAGATTTTGTTTTGTATTTTTAGAGTGATGTGTTTGCAGGTGGAGTGCTAAAATTTTTGC
TGTTTTTAGAGGTGTTAACAGTTTTCAGTACCTAGTTTTAGGGTTTATATCTTTGAAGAGAAGATCTGCTTCTCATGATATGAGATTTATTGCTTTTGGCTAAAGAAAGGGAATATGTGGAGTGATCATTAGAGTTGGTTCTGTCTTCATGGTGGATTTTAGTGGTGTCCATCATTTTTTATGGATAGAAATATTAAAGA
AACTTTCCTTTGCAATGTTTTTGAAGGCTACTGATTGCAAAGGTAAAGAAAAAGAGGGTCAATTTACTGCCAACATACTGATTGAGGCAATTGAACTAGCGGGGCAGAAAATGTTGTCCAAGTCAGGACAACTCAAATGTTTATAGAGCTACAGGTTTAAATGTGGAGGTTAAATGTGATTATACTTTTGGACTCTTTTT
GTTGCCTATTCTTTGAACTTTATGCTTCACAGGATGATGAAAGTTGACTGAATTAAGATGGTTTGCTGTGGTGAGGAAGATCTAGATGTTCACTAGAAATTCATGTCTCAATCCATATATTGTTAGTTTGCGAAATTTGACCTCTCAAAAATTTTAATGTTCAATTTTCCATTTTCCACCTATATTTATAAATTTTATTT
AAAAAAAATCATTTAAAGGCTTGCAGGTGGCTGAGACTTTTTTTTGCCTCCCACAGTATCCTCTTAAAGAAGCTTCTGGGGGTGCAACAGGCCTTATCAAAATGGTCATTAGGAATGTTTGGTTGTGTGAGGCAATCCTAAATTGACAGAGCCAATCATCTCCAGAATCTAGCCATTGGGCTATTATCACAAGCTGCAAG
TTCTTCAGTAGCTGAGAAAATTGGATATATATGATTTCGTTTATTTGGTGATCGTGGAAAAGATTGGCAACAAAGAATCCCGACCTCCGCCTTCTACCATACAAGAGGCTAGATTACATGAAGGGGCCTACCAGGTTGTCAGAGGTGGAGCCAGAGATAGATGACTTGGACATGTCCTTGCATGAATCACCTTGGTTTGA
TTAGCGATGATGCATCAACAGTCGCTTCTTCAAGTATAGTCTATATTCAGATTAAAATACACCACATCTTCCAAGATTGTTGGACTCCCAGAGAATAATAATGATGTAGAACTTCAATATCAAGATGATGATGACACATTTCATGATAGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTAT
TGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAAGTATGTCAGTACAACTGTTGTGAAACAATTCGTAATTATAGTGTATTTTTGTTTACTTAATATTGAACATTTATTTCATGGATCTTTAAAATGTAATGTAATATG
TACAAAAACTGACATTTATTTCATGGATCTTGAAAATGTAATGTAATATGTACAAAAACTGGGGGCTTGTGTGTGTATTTCTAAACTATGGGGTATATAAATAATCATCTATGAATGTTTTTGCAATTTGATTCACTCACTTTACTGAGCTCAGAGTAAATGGCTTTGATAGCTCTGCTGCTCTATTACCTTTTTTTTTT
AGAATTCGTATAGCTCTATTTAGAGTAAATGGCTTTGATAGCTCTATTTAGAGTAAATGGATTTGATAGCTCTATGCCCCAAGATATGTATGTTACTATGTAGGTGATGAGTTTTATTTTCATATTTCTTCCATTTGATATGGTGATTATTCTTGTTGAAAATCTAGGTATTTTTGGCCATTGAACTGCTTAACATTTTA
CTAATAACAATGTGTGATTTTCTGTTCTGATTCTGCAAACAGCCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGTGGG
GCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCT
ACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCG
CGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGA
AACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGA
AGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGAT
TACAATATTATATATGTAAATTATCTGCCGATGTGTACATTATTCCACATTGTAATTTTCTATTGAAATTGAAGTTAATAATAACTATAAAATATGTTGACACGT
>TRINITY_DN117381_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTGACTTAGCTTGTATGGTACATTCTTCTTCTATAAAAGAGAGGTGGGATATACCACCGGGTACGATGAGATTGTTAGGGTTTTGAGCTATTATTCTTTTATTCTTTTGGTTATTACAAGATAGATTGATTGAGTGGTTCAGATTTTGTTTTGTATTTTTAGAGTGATGTGTTTGCAGGTGGAGTGCTAAAATTTTTGC
TGTTTTTAGAGGTGTTAACAGTTTTCAGTACCTAGTTTTAGGGTTTATATCTTTGAAGAGAAGATCTGCTTCTCATGATATGAGATTTATTGCTTTTGGCTAAAGAAAGGGAATATGTGGAGTGATCATTAGAGTTGGTTCTGTCTTCATGGTGGATTTTAGTGGTGTCCATCATTTTTTATGGATAGAAATATTAAAGA
AACTTTCCTTTGCAATGTTTTTGAAGGCTACTGATTGCAAAGGTAAAGAAAAAGAGGGTCAATTTACTGCCAACATACTGATTGAGGCAATTGAACTAGCGGGGCAGAAAATGTTGTCCAAGTCAGGACAACTCAAATGTTTATAGAGCTACAGGTTTAAATGTGGAGGTTAAATGTGATTATACTTTTGGACTCTTTTT
GTTGCCTATTCTTTGAACTTTATGCTTCACAGGATGATGAAAGTTGACTGAATTAAGATGGTTTGCTGTGGTGAGGAAGATCTAGATGTTCACTAGAAATTCATGTCTCAATCCATATATTGTTAGTTTGCGAAATTTGACCTCTCAAAAATTTTAATGTTCAATTTTCCATTTTCCACCTATATTTATAAATTTTATTT
AAAAAAAATCATTTAAAGGCTTGCAGGTGGCTGAGACTTTTTTTTGCCTCCCACAGTATCCTCTTAAAGAAGCTTCTGGGGGTGCAACAGGCCTTATCAAAATGGTCATTAGGAATGTTTGGTTGTGTGAGGCAATCCTAAATTGACAGAGCCAATCATCTCCAGAATCTAGCCATTGGGCTATTATCACAAGCTGCAAG
TTCTTCAGTAGCTGAGAAAATTGGATATATATGATTTCGTTTATTTGGTGATCGTGGAAAAGATTGGCAACAAAGAATCCCGACCTCCGCCTTCTACCATACAAGAGGCTAGATTACATGAAGGGGCCTACCAGGTTGTCAGAGGTGGAGCCAGAGATAGATGACTTGGACATGTCCTTGCATGAATCACCTTGGTTTGA
TTAGCGATGATGCATCAACAGTCGCTTCTTCAAGTATAGTCTATATTCAGATTAAAATACACCACATCTTCCAAGATTGTTGGACTCCCAGAGAATAATAATGATGTAGAACTTCAATATCAAGATGATGATGACACATTTCATGATAGgtagattttggttgtttgtatttgtcgctcttaatgtgtagagtatagata
gttgagtgctgaaacactcatttgtatgcattatttacttctctaaaagtttgctttatctgtatccatacccatgcaccttagcttgtatcttgataatatatatctcaaagtcaatatgattgccttgctatcgacaaggcgaagtataattatttcagactgttagaagtcattcagcagactttttggcatttgtg
ggtagtcatgatttctttgttcatcgcttctattttcataacttgttaacatatgataaacaagtaatggatggttgtgaatgtataaaatgtttgttaattgtgctgtctaccaagtggttaagctttactctgtagcctttgtggtgtcatgcagGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGG
GCTGGTATTGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAAGTATGTCAGTACAACTGTTGTGAAACAATTCGTAATTATAGTGTATTTTTGTTTACTTAATATTGAACATTTATTTCATGGATCTTTAAAATGTAAT
GTAATATGTACAAAAACTGACATTTATTTCATGGATCTTGAAAATGTAATGTAATATGTACAAAAACTGGGGGCTTGTGTGTGTATTTCTAAACTATGGGGTATATAAATAATCATCTATGAATGTTTTTGCAATTTGATTCACTCACTTTACTGAGCTCAGAGTAAATGGCTTTGATAGCTCTGCTGCTCTATTACCTT
TTTTTTTTAGAATTCGTATAGCTCTATTTAGAGTAAATGGCTTTGATAGCTCTATTTAGAGTAAATGGATTTGATAGCTCTATGCCCCAAGATATGTATGTTACTATGTAGGTGATGAGTTTTATTTTCATATTTCTTCCATTTGATATGGTGATTATTCTTGTTGAAAATCTAGGTATTTTTGGCCATTGAACTGCTTA
ACATTTTACTAATAACAATGTGTGATTTTCTGTTCTGATTCTGCAAACAGCCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTG
CCAGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTT
ATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGAT
TTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTT
ATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAG
TACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCA
TTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGCCGATGTGTACATTATTCCACATTGTAATTTTCTATTGAAATTGAAGTTAATAATAACTATAAAATATGTTGACACGT
Intron 5 GTTAGTTTGC ... CCTCCCACAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.56 | 2 | 5 | 0 |
| A2 | 40 | 3 | 2 | 2 |
| A3 | 50 | 4 | 6 | 2 |
| A4 | 52.38 | 5 | 9 | 2 |
| A5 | 100 | 0 | 5 | 0 |
| A6 | 60 | 1 | 0 | 3 |
| A7 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 4 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN35769_c1_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoformTATTCTTTGAACTTTATGCTTCACAGGATGATGAAAGTTGACTGAATTAAGATGGTTTGCTGTGGTGAGGAAGATCTAGATGTTCACTAGAAATTCATGTCTCAATCCATATATTTATCCTCTTAAAGAAGCTTCTGGGGGTGCAACAGGCCTTATCAAAATGGTCATTAGGAATGTTTGGTTGTGTGAGGCAATCCTAA
ATTGACAGAGCCAATCATCTCCAGAATCTAGCCATTGGGCTATTATCACAAGCTGCAAGTTCTTCAGTAGCTGAGAAAATTGGATATATATGATTTCGTTTATTTGGTGATCGTGGAAAAGATTGGCAACAAAGAATCCCGACCTCCGCCTTCTACCATACAAGAGGCTAGATTACATGAAGGGGCCTACCAGGTTGTCA
GAGGTGGAGCCAGAGATAGATGACTTGGACATGTCCTTGCATGAATCACCTTGGTTTGATTAGCGATGATGCATCAACAGTCGCTTCTTCAAGTATAGTCTATATTCAGATTAAAATACACCACATCTTCCAAGATTGTTGGACTCCCAGAGAATAATAATGATGTAGAACTTCAATATCAAGATGATGATGACACATTT
CATGATAGGTAGATTTTGGTTGTTTGTATTTGTCGCTCTTAATGTGTAGAGTATAGATAGTTGAGTGCTGAAACACTCATTTGTATGCATTATTTACTTCTCTAAAAGTTTGCTTTATCTGTATCCATACCCATGCACCTTAGCTTGTATCTTGATAATATATATCTCAAAGTCAATATGATTGCCTTGCTATCGACAAG
GCGAAGTATAATTATTTCAGACTGTTAGAAGTCATTCAGCAGACTTTTTGGCTTTTGTG
>TRINITY_DN35769_c1_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:TATTCTTTGAACTTTATGCTTCACAGGATGATGAAAGTTGACTGAATTAAGATGGTTTGCTGTGGTGAGGAAGATCTAGATGTTCACTAGAAATTCATGTCTCAATCCATATATTgttagtttgcgaaatttgacctctcaaaaattttaatgttcaattttccattttccacctatatttataaattttattttattta
aaaaaaatcatttaaaggcttgcaggtggctgagacttttttttgcctcccacagTATCCTCTTAAAGAAGCTGCTGGGGGTGCAACAGG
Intron 6 GTAATATGCA ... TTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.26 | 15.9 | 9 | 4.5 |
| A2 | 27.93 | 14.3 | 3 | 8.2 |
| A3 | 33.22 | 14.1 | 6 | 7.9 |
| A4 | 46.56 | 14 | 14 | 10.6 |
| A5 | 29.15 | 8.8 | 3 | 4.3 |
| A6 | 11.76 | 42.2 | 0 | 10 |
| A7 | 11.41 | 51.7 | 0 | 12.2 |
| A8 | 13.54 | 33.7 | 1 | 9.2 |
| A9 | 9.2 | 37.9 | 2 | 4.8 |
| A10 | 12.01 | 55.2 | 1 | 12.8 |
>TRINITY_DN117381_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformCTACACAAAATTTTCATGGCTGTCACTAAACTGCTGAACACGCCATGCTGAAGGAGAAACACAAAGGCTTCCTACCTATCGAGTAATAAGCATGTCAGTTTTGGGACTCCACCTGCGGCCTGCCTATATCATTATCATTATTGTTGCAATTGCATTATATATAGACAGAGACACATGCTGGTTTGACACAAGGCATTCAC
CTGAAACCATTTGCAATGTTTTCGATCGGTCGTTACTCCAACGCCAAACTGCCTGCTTGTTTTGACCCTCTTCAAGATAGTAGTAGGACCATTCACCCCCTTGCTCACTTAACTTTGCATTGTAAATTACGGTCATATGGGAATGGGAACGATCATCAGCGATCTCTGGTCACTCTGCACGCTAGATCTTTTTCCAAACA
CAAGTGTATTGGAGATGATCAGTCTTTTCACAGGACATGGTGGGACGACAGAGCCTCTGGGAATCGCACAGAACCGATCTCCAGTGTTTCAGAAGGAGCAAGCATCCACGGGACCAAGACTGCGAATGCCAACGTAAATGCAAAGAGGAAATACTTAAAAGTGTTGATCGCTGCAACAATTACTGTCATGTTTGGCGTTG
CCAACAGAGTTTTCTACAAATTGGCGTTGATTCCTTTGAAGGAATACCCTTTCTTCTTGGCCCAGATCGCTACGTTTGGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTATTGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGT
GTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAACCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATC
ATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAGGCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTAT
CAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCTTCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTA
GCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCT
ATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGA
TAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGT
AAATTATCTGCCGATGTGTACATTATTCCACATTGTAATTTTCTATTGAAATTGAAGTTAATAATAACTATAAAATATGTTGACACGT
>TRINITY_DN117381_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTGACTTAGCTTGTATGGTACATTCTTCTTCTATAAAAGAGAGGTGGGATATACCACCGGGTACGATGAGATTGTTAGGGTTTTGAGCTATTATTCTTTTATTCTTTTGGTTATTACAAGATAGATTGATTGAGTGGTTCAGATTTTGTTTTGTATTTTTAGAGTGATGTGTTTGCAGGTGGAGTGCTAAAATTTTTGC
TGTTTTTAGAGGTGTTAACAGTTTTCAGTACCTAGTTTTAGGGTTTATATCTTTGAAGAGAAGATCTGCTTCTCATGATATGAGATTTATTGCTTTTGGCTAAAGAAAGGGAATATGTGGAGTGATCATTAGAGTTGGTTCTGTCTTCATGGTGGATTTTAGTGGTGTCCATCATTTTTTATGGATAGAAATATTAAAGA
AACTTTCCTTTGCAATGTTTTTGAAGGCTACTGATTGCAAAGGTAAAGAAAAAGAGGGTCAATTTACTGCCAACATACTGATTGAGGCAATTGAACTAGCGGGGCAGAAAATGTTGTCCAAGTCAGGACAACTCAAATGTTTATAGAGCTACAGGTTTAAATGTGGAGGTTAAATGTGATTATACTTTTGGACTCTTTTT
GTTGCCTATTCTTTGAACTTTATGCTTCACAGGATGATGAAAGTTGACTGAATTAAGATGGTTTGCTGTGGTGAGGAAGATCTAGATGTTCACTAGAAATTCATGTCTCAATCCATATATTGTTAGTTTGCGAAATTTGACCTCTCAAAAATTTTAATGTTCAATTTTCCATTTTCCACCTATATTTATAAATTTTATTT
AAAAAAAATCATTTAAAGGCTTGCAGGTGGCTGAGACTTTTTTTTGCCTCCCACAGTATCCTCTTAAAGAAGCTTCTGGGGGTGCAACAGGCCTTATCAAAATGGTCATTAGGAATGTTTGGTTGTGTGAGGCAATCCTAAATTGACAGAGCCAATCATCTCCAGAATCTAGCCATTGGGCTATTATCACAAGCTGCAAG
TTCTTCAGTAGCTGAGAAAATTGGATATATATGATTTCGTTTATTTGGTGATCGTGGAAAAGATTGGCAACAAAGAATCCCGACCTCCGCCTTCTACCATACAAGAGGCTAGATTACATGAAGGGGCCTACCAGGTTGTCAGAGGTGGAGCCAGAGATAGATGACTTGGACATGTCCTTGCATGAATCACCTTGGTTTGA
TTAGCGATGATGCATCAACAGTCGCTTCTTCAAGTATAGTCTATATTCAGATTAAAATACACCACATCTTCCAAGATTGTTGGACTCCCAGAGAATAATAATGATGTAGAACTTCAATATCAAGATGATGATGACACATTTCATGATAGGTAGATTTTGGTTGTTTGTATTTGTCGCTCTTAATGTGTAGAGTATAGATA
GTTGAGTGCTGAAACACTCATTTGTATGCATTATTTACTTCTCTAAAAGTTTGCTTTATCTGTATCCATACCCATGCACCTTAGCTTGTATCTTGATAATATATATCTCAAAGTCAATATGATTGCCTTGCTATCGACAAGGCGAAGTATAATTATTTCAGACTGTTAGAAGTCATTCAGCAGACTTTTTGGCATTTGTG
GGTAGTCATGATTTCTTTGTTCATCGCTTCTATTTTCATAACTTGTTAACATATGATAAACAAGTAATGGATGGTTGTGAATGTATAAAATGTTTGTTAATTGTGCTGTCTACCAAGTGGTTAAGCTTTACTCTGTAGCCTTTGTGGTGTCATGCAGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGG
GCTGGTATTGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCGTTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAAGTATGTCAGTACAACTGTTGTGAAACAATTCGTAATTATAGTGTATTTTTGTTTACTTAATATTGAACATTTATTTCATGGATCTTTAAAATGTAAT
GTAATATGTACAAAAACTGACATTTATTTCATGGATCTTGAAAATGTAATGTAATATGTACAAAAACTGGGGGCTTGTGTGTGTATTTCTAAACTATGGGGTATATAAATAATCATCTATGAATGTTTTTGCAATTTGATTCACTCACTTTACTGAGCTCAGAGTAAATGGCTTTGATAGCTCTGCTGCTCTATTACCTT
TTTTTTTTAGAATTCGTATAGCTCTATTTAGAGTAAATGGCTTTGATAGCTCTATTTAGAGTAAATGGATTTGATAGCTCTATGCCCCAAGATATGTATGTTACTATGTAGGTGATGAGTTTTATTTTCATATTTCTTCCATTTGATATGGTGATTATTCTTGTTGAAAATCTAGGTATTTTTGGCCATTGAACTGCTTA
ACATTTTACTAATAACAATGTGTGATTTTCTGTTCTGATTCTGCAAACAGCCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGgtaatatgcagtgatgtttatgatactattatctcttattgcaagctgtatttgcaatgagaatagcttctcatcagaataaaattatactttgtcactgccacttcttaaa
tataacaatatgaactcatgcgttatgtgagtgaaacactgaaaagtgataggaatagagtttttggggaggaaggttcacatggttaagaaatacatacttagggccaaaatcatgcattggttcacgtttcctggttaagataaaattcagttctaagcaacttttagccttttccttgttcatgaggaatgatgcat
gagatgatataacgatatctttttaatttctttgcagACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCATAACTGTTGCCAGGTATCTGTTTACCCTATGCCTAACCGATCTAACTGTAGTTTCAATAT
TTCATTAGATCTTTTGTCCTCTACTGCAGCTATACATAAATGAATGGGAACAATTATGAAAGGTGAAGCACAAGGTGTGACAGTATTTGAAACACTAGAATCAGGAACTGGATTTATAGAGCCAGTGAAATGTATCTCGATTTTTTGTTCATTACATTTTGATATTTACAATTTTTGGCTCATTTATGTACAATAAGTGA
TTGATCCATTTCCACTGCAATATCTATAAGTTCAACTATATTTGCTTGGTTTGGGTCAGATTGCAAAACCATAAATGGAAAAGTAGAGATTCTTGTTCCAATGCATATAAAATCAGAATGATATTGTATTATGAATAATATAACTTCATGTTCATGACCTTTTTTGTTGCATACTGGTTGAGAATCCATGATGCCCAAAC
ATAAAGACTGT
Intron 7 GTACTTCTAA ... ATATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.7 | 21 | 3.3 | 2 |
| A2 | 40.74 | 16 | 2.3 | 11 |
| A3 | 16 | 21 | 2.3 | 4 |
| A4 | 16 | 21 | 3.7 | 4 |
| A5 | 0 | 10 | 2.3 | 0 |
| A6 | 19.88 | 137 | 13.3 | 34 |
| A7 | 19.39 | 133 | 13.3 | 32 |
| A8 | 17.29 | 110 | 12 | 23 |
| A9 | 20.38 | 125 | 17 | 32 |
| A10 | 27.08 | 70 | 7.3 | 26 |
>TRINITY_DN48476_c6_g6_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCCCACCCACAAGCAAAGAGGTAAACCTCGTAATATAATCATGGAATTATAACCAAATTGTTACACTCCAACCAGAGTCGGGGGCAATGCTTCGCTTGAACGTAAGTAAGACATGGATGTCAGTGTCAAGTACGCAAGATCCTTCCACTAAATCCGATGAGAGGACAAAATGATCTAAAAGGCCGTTCTACCACGACACTC
ATAGATTCTATAAGGCTGCCTACCCGCCGAGTAATAAGCATGTCAGTTTTGGGACTGCACCTGCCTATATCATTATCATTATTGTTGCAATTGCATTATATATAGACAGAGACACATGCTGGTTTGACACAAGGCATTCACCTGAAACCATTTGCAATGTTTTCGATCGGTCGTTACTCCAACGCCAAACTGCCTGCTTG
TTTTGACCCTCTTCAAGATAGTAGTAGGACCATTCACCCCCTTGCTCACTTAACTTTGCATTGTAAATTACGGTCATATGGGAATGGGAACGATCATCAGCGATCTCTGGTCACTCTGCACGCTAGATCTTTTTCCAAACACAAGTGTATTGGAGATGATCAGTCTTTTCACAGGACATGGTGGGACGACAGAGCCTCTG
GGAATCGCACAGAACCGATCTCCAGTGTTTCAGAAGGAGCAAGCATCCACGGGACCAAGACTGCGAATGCCAACGTAAATGCAAAGAGGAAATACTTAAAAGTGTTGATCGCTGCAACAATTACTGTCATGTTTGGCGTTGCCAACAGAGTTTTCTACAAATTGGCGTTGATTCCTTTGAAGGAATACCCTTTCTTCTTG
GCCCAGATCGCTACGTTTGGTATCCTCTTAAAGAAGCTTCTGGGGGTGCAACAGGCCTTATCAAAATGGTCATTAGGAATGTTTGGTTGTGTGAGGCAATCCTAAATTGACAGAGCCAATCATCTCCAGAATCTAGCCATTGGGCTATTATCACAAGCTGCAAGTTCTTCAGTAGCTGAGAAAATTGGATATATATGATT
TCGTTTATTTGGTGATCGTGGAAAAGATTGGCAACAAAGAATCCCGACCTCCGCCTTCTACCATACAAGAGGCTAGATTACATGAAGGGGCCTACCAGGTTGTCAGAGGTGGAGCCAGAGATAGATGACTTGGACATGTCCTTGCATGAATCACCTTGGTTTGATTAGCGATGATGCATCAACAGTCGCTTCTTCAAGTA
TAGTCTATATTCAGATTAAAATACACCACATCTTCCAAGATTGTTGGACTCCCAGAGAATAATAATGATGTAGAACTTCAATATCAAGATGATGATGACACATTTCATGATAGGTATGTGGTTGTCTACTTTTCCATTCTATATCTTAGGTACCGGGCTGGTATTGTGACTGATGAGATGCTAGCCTTGCCTAAGTTCCG
TTTCCTTGCAGTTGGTGCTCTTGAGGCTCTAGGTGTGGCTTCAGGAATGGCAGCAGGAACCATTCTTTCAGGGGCATCCATTCCAATTTTGTCTCAGACATTTTTGGTATGGCAGCTTATCTTGTCAGCTGTATTTTTAGGAAGGCGTTACTCTGTCTTTCAGATTTTTGGTTGTTTACTTATATCTGCTGGTGTAATCA
TAACTGTTGCCAGTGGGGCTGGTGCAGGTAAATCATTACAACAAGCAGGAATTGTCTGGCCACTTTTGATGATACTCTCATTCTTATTTCAAGCTGGAGATACTATTCTAAAGGAAATTATTTTCTTGGATGCAGCCAAAAAGTTAAAGGGTGGATCTGTGGACCTTTTTGTTATTAATTCTTTTGGATCAGCTTTCCAG
GCTTTATTTATTTTGCTACTGCTCCCATTTTTATCAAGGTTATGGGGAGTTCCATTCTACCAGCTTCCTAGCTACTTCAAAGATGGAGCAGCTTGTTTTGTAAACGTTGGATCCTTAGCAAAGGGATGTGAAGGAGCTCCATTGTTGCCACTGCTTTTCATTTTTATTAACATGGGATTCAATATATCTTTGCTACATCT
TCTGAAGATTTCTTCCGCGTTGGTCTCCTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGTGCCTCTTTCAATCTTTATGTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTAC
AATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGCCAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCG
GTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAAAGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGT
CTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGCCGATGTGTACATTATTCCACATTGTAATTTTCTATTGAAATTGAAGTTAATAATAACTATAAAATATGTTGACACGTTCACCAC
>TRINITY_DN48476_c6_g6_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTCTCTAGCTGCTACATTTTCAGgtacttctaacgaaaattccatttgacatctgttcttagagaacttatcaattatcaattttctgttgggttgcttataagtcataccatgcatgaagttattggttttttggctttgtactacagtcctaatgcttgagaattttttatatttgcagTGCCTCTTTCAATCTTTAT
GTTTACACTTCCCCTCCCTTATCTTGGCGTAGATTGCATTCTAGGTCCAGGATTCCTTGTGGGTACTGCTGTTCTTGTGATTGGATTATTTGTATATAACTTGCCTCGTACTGTGGAGGCTACCAAAGTACAATAACCTTATTTTTGAAACCTTTGGCCATTTCTATCACTCTCTTAAAGTTTCAGCTTTGTGCTGAAGC
CAAGTTTCATATTTCTTGGCGAGAAATGGAGTATTAGGACTTCTAGAAGCCTCAACTTGGGCCTAAAGAAGCCTTCTATCATTCATGAATAACTGGAGAGGGTATTGACAAAATATAGGCTCAATTCGGCGGTAATAAAGTACGAGGAAGTGATACGTGTGCTGATAGAAGTGTTGTAGACTTATAGCAGGGAATCCAAA
AGATCAAAGCTGATTCCAGAACTGTAGTAGAAGATCTACATACAAATGAGATATACGAGGGTTCATTTTTGCTGGTGAACTGATGTTATGGTTATTTTATAATCAAATTGCAACTACTTTTAGTTGTGTGTCTATCTGCATTGGTGATTACAATATTATATATGTAAATTATCTGCCGATGTGTACATTATTCCACATTG
TAATTTTCTATTGAAATTGAAGTTAATAATAACTATAAAATATGTTGACACGTTCACCAC
Intron 8 GTTAAATGTG ... CCTCCCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.67 | 4 | 4 | 3 |
| A2 | 40 | 6 | 3 | 5 |
| A3 | 50 | 4 | 0 | 8 |
| A4 | 47.37 | 10 | 11 | 7 |
| A5 | 66.67 | 1 | 4 | 0 |
| A6 | 77.78 | 1 | 2 | 5 |
| A7 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A8 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A9 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A10 | 33.33 | 3 | 0 | 3 |
>TRINITY_DN119514_c4_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformAATTTTAATATATTTAAAAAAAATATACATATGTATATAAAACGTGTCCTTCGTGTCCTGATTCCGGGGGTCACCGTGTCCCGTGAGGACACTCGTATTTTGGGGACACTCGTGTCTCGTGTCCTCGTGTCAGGTGACTTAGCTTGTATGGTACATTCTTCTTCTATAAAAGAGAGGTGGGATATACCACCGGGTACGAT
GAGATTGTTAGGGTTTTGAGCTATTATTCTTTTATTCTTTTGGTTATTACAAGATAGATTGATTGAGTGGTTCAGATTTTGTTTTGTATTTTTAGAGTGATGTGTTTGCAGGTGGAGTGCTAAAATTTTTGCTGTTTTTAGAGGTGTTAACAGTTTTCAGTACCTAGTTTTAGGGTTTATATCTTTGAAGAGAAGATCTG
CTTCTCATGATATGAGATTTATTGCTTTTGGCTAAAGAAAGGGAATATGTGGAGTGATCATTAGAGTTGGTTCTGTCTTCATGGTGGATTTTAGTGGTGTCCATCATTTTTTATGGATAGAAATATTAAAGAAACTTTCCTTTGCAATGTTTTTGAAGGCTACTGATTGCAAAGGTAAAGAAAAAGAGGGTCAATTTACT
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>TRINITY_DN119514_c4_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATTTTAATATATTTAAAAAAAATATACATATGTATATAAAACGTGTCCTTCGTGTCCTGATTCCGGGGGTCACCGTGTCCCGTGAGGACACTCGTATTTTGGGGACACTCGTGTCTCGTGTCCTCGTGTCAGGTGACTTAGCTTGTATGGTACATTCTTCTTCTATAAAAGAGAGGTGGGATATACCACCGGGTACGAT
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