NA ----> NA

Intron 1 GTGAGCTTTC ... GGCTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.73	3	0	8
A2	0	3	2	0
A3	45.45	12	1.3	10
A4	50	3	4.7	3
A5	66.67	2	0	4
A6	21.95	32	1.3	9
A7	15.63	27	0	5
A8	20	32	1.3	8
A9	32.14	19	0	9
A10	35.71	18	0	10

>TRINITY_DN44603_c3_g5_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

GCATAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCTCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTAT
TGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAA
TTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAGGGC
CTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAG
TGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCC
AGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGCAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGC
AATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTG
AAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAG


GATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAG
CGTACAGCACCACATTCTTTATTATTTGCCAATTTGCTTTGTTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATA
GTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATTCAAGTGGCCTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGATCATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGA
TGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCACATTAATTGCATCCTGCATTTATGTAATGCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGT
AGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAAATTTCCTTGGATGTAATAATTTTAGAATCTACAT
TCATTCTATGTAAGATTCCAAGTAGTGGGGACTGCCCTTGGATATGTTTATATTGGCC

>TRINITY_DN44603_c3_g5_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTAGTTAATTGTATAATTGCAATTACCTTTTATTATGGTTTAGTTCATGTCTAAAGCTTGAAAAAATAGTGCACGGCATTCAGCAGCATAATCATGATGAAGGTAGTATATGTATTTTACAATAAAAGTGGGCCCTGTGGCATCCACCACAAGCTAATAAAGAGTTAGCTATCAAAATTGCCCAAAGATCATAAGTCCT
ATAAAAATTGCCACCTGGGCATACATCAGTATAACAACTGTCCTCAAGAAGCCACTTGGCATAAAAGCAAACATAAATTCCTGCCATCAAGGCACAAAACGAAGTGATAGCACATATCCAAGATAATCATTTAGGTCTAGTATAAGCTTTTGAACTGTATTGGACTTTAACTCTTATCAAAGATATGATGTTGCGGATCA
CATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGgtgagctttcatttcctacccctctaaagcagtttaatacttgtcacttaaatagtggtaggtgatattcaggaagggaaaagaactgttgccagactgttgatctttaccgacaattaagagaaaccagggagagtagtagaatgtgggctagcttgttaacta
aagtaatttactatagtaattttaacattcctatttgtggctggacagGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGG
TTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGAT

Intron 2 GTACAGCACC ... GTTTCCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	3	7	3
A2	-1	0	0	0
A3	77.78	1	4	3
A4	88.24	1	9	6
A5	33.33	2	0	2
A6	35.29	11	11	1
A7	60	3	5	4
A8	59.09	9	16	10
A9	42.86	12	10	8
A10	40	6	7	1

>TRINITY_DN39394_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

AAACACCCACGTAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCCCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTG
TTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCT
TTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGT
GGCAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGA
AAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTT
CACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTTCAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGG
GGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACG
ACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTT
CAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAA
TAAGCGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATTCAAGTGGCCTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGAT
CATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCACATTAATTGCATCCTGCATTTATGTAATGCCATTGTTGGGGTGTT
GACACCAGTAGTGTGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGA
CTAAAAATGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCTTAAAAATTCCCCAGCTGGGAACATAGGACTAGTGCCTAGGGTTGAAGTTGGGCATATGGGG

>TRINITY_DN39394_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGTGAGCTTTCATTTCCTACCCCTCTAAAGCAGTTTAATACTTGTCACTTAAATAGTGGTAGGTGATATTCAGGAAGGGAAAAGAACTGTTGCCAGACTGTTGATCTTTACCGACAATTAAGAGAAACCAGGGAGAGTAGTAGAATGTGGGCTAGCTTGTTAACTAAAGTAATTTACTA
TAGTAATTTTAACATTCCTATTTGTGGCTGGACAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTT
GCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGCgtacagcaccacattctttattatttgccaatttgctttgttttcatttgttcactctgtacatttcatatgctttttgtttcctcagGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTC
ATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATTCAAGTGGCCTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGATCATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATG
TGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCACATTAATTGCATCCTGCATTTATGTAATGCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGTGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAG
AGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAATGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCTTAAAA
ATTCCCCAGCTGGGAACATAGGACTAGTGCCTAGGGTTGAAGTTGGGCATATGGGG

Intron 3 GTATCCTTTA ... TCTGGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.78	13	4	6
A2	0	2	0	0
A3	25	6	3	1
A4	16.67	5	1	1
A5	33.33	1	1	0
A6	30	28	17	7
A7	37.93	9	4	7
A8	20	40	12	8
A9	36.71	25	16	13
A10	36	8	6	3

>TRINITY_DN39394_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AAACACCCACGTAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCCCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTG
TTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCT
TTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGT
GGCAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGA
AAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTT
CACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTTCAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGG
GGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACG
ACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTT
CAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATATATCAATATG
AGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCACATTAATTGCATCCTGCATTTATGTAATGCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGTGTGGCAGGCCCTT
CACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAATGATCAAATAGTGAATTTAT
TTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCTTAAAAATTCCCCAGCTGGGAACATAGGACTAGTGCCTAGGGTTGAAGTTGGGCATATGGGG

>TRINITY_DN39394_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAACACCCACGTAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCCCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTG
TTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCT
TTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGT
GGCAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGA
AAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTT
CACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTTCAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGG
GGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACG
ACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTT
CAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATgtatcctttaa
taagcgaatggtgcaggaaagtgcattctttatgcacaacaagaaggtacataaaaaggataagaaacaattgttcaagtcattatgggaatcatgcctcctaatatattttaatagttgtgtgcaactcaggatttctgtttagtatatgtgcattcaagtggcctttttttctgttattatttggaggcttccttgat
catttttctggcacagATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCACATTAATTGCATCCTGCATTTATGTAATGCCATTGTTGGGGTGTT
GACACCAGTAGTGTGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGA
CTAAAAATGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCTTAAAAATTCCCCAGCTGGGAACATAGGACTAGTGCCTAGGGTTGAAGTTGGGCATATGGGG

Intron 4 GTGAGCTTTC ... GGCTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.08	2.7	1	8
A2	63.63	2	5	0
A3	30.86	12.3	1	10
A4	64.76	2.3	5	3
A5	60.85	1.7	1	4
A6	27.24	28.7	12	9
A7	19.19	22.7	5	5
A8	17.19	29.3	4	8
A9	28.71	16.7	4	9
A10	26.67	16.7	2	10

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCACCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAA
GCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTA
TTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCA
ACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAA
GAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAG
AAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTG
GCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCAT
AAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCA
GCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGCGTACAGCACCTCATTCTTTATTATTTACCAATTTGCTTTGTTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGAT
AAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATTCAAGTGGCCTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAG

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCACCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAA
GCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTA
TTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTA
ATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGC
ATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGA
AACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTT
GTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTT
ATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGgtgagctttcatttcctacccctctaaagcagtttaacta
gtggtaggtgatattcaggaagggaaaagaactgttgccagactgttgatctttaccgacaattaagagaaacgagggagagtagcagaatgtgggctagcttgttaactaaagtaatttgctatagtaattttaacattcctatgtgtggctggacagGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTT
CAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGCGTACAGCACCTCATTCTTTATTATTTACCAATTTGCTTTG
TTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATT
CAAGTGGCCTTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGATCATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCAT
GTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGT
TATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAATTTCCTTGCTTAGCTCTCTATTTGATGTGATCAACTGGTCGGACG

Intron 5 GTTGGTATGG ... CTGGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.56	6	34	27
A2	78.12	7	27	23
A3	73.58	7	19	20
A4	80	3	11	13
A5	54.39	13	15	16
A6	76.67	7	27	19
A7	82.28	7	29	36
A8	79.49	4	12	19
A9	68.12	11	25	22
A10	95.74	1	24	21

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCACCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAA
GCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTA
TTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCA
ACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAA
GAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAG
AAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTG
GCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCAT
AAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCA
GCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGCGTACAGCACCTCATTCTTTATTATTTACCAATTTGCTTTGTTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGAT
AAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATTCAAGTGGCCTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAG

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCACCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAA
GCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTA
TTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGgttggtatggaaaacgtcacaaagatattggcagtggcatggctcactctgcccattggaatggtcacttctatcgtaacatgtgcatttgtgttctggtggcagGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTA
ATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGC
ATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGA
AACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTT
GTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTT
ATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGTGAGCTTTCATTTCCTACCCCTCTAAAGCAGTTTAACTA
GTGGTAGGTGATATTCAGGAAGGGAAAAGAACTGTTGCCAGACTGTTGATCTTTACCGACAATTAAGAGAAACGAGGGAGAGTAGCAGAATGTGGGCTAGCTTGTTAACTAAAGTAATTTGCTATAGTAATTTTAACATTCCTATGTGTGGCTGGACAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTT
CAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGCGTACAGCACCTCATTCTTTATTATTTACCAATTTGCTTTG
TTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATT
CAAGTGGCCTTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGATCATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCAT
GTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGT
TATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAATTTCCTTGCTTAGCTCTCTATTTGATGTGATCAACTGGTCGGACG

Intron 6 GTGAGCTTTC ... TGTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	4	1	5
A2	57.14	3	5	4
A3	76.47	4	1	13
A4	75	1	5	3
A5	50	2	1	2
A6	48.15	28	12	26
A7	47.62	11	5	10
A8	63.64	16	4	28
A9	60	16	4	24
A10	63.64	8	2	14

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAA
AGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTT
CCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAA
TGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAA
GCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGT
GTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACT
TAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCA

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCACCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAA
GCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTA
TTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTA
ATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGC
ATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGA
AACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTT
GTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTT
ATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGgtgagctttcatttcctacccctctaaagcagtttaacta
gtggtaggtgatattcaggaagggaaaagaactgttgccagactgttgatctttaccgacaattaagagaaacgagggagagtagcagaatgtgggctagcttgttaactaaagtaatttgctatagtaattttaacattcctatgtgtggctggacaggattcgccctcctttcaaattcgacaatggttaccatcttt
caaagttttggcagttttctgtattgcagGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGCGTACAGCACCTCATTCTTTATTATTTACCAATTTGCTTTG
TTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAGTTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATT
CAAGTGGCCTTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGATCATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCAT
GTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGT
TATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAATTTCCTTGCTTAGCTCTCTATTTGATGTGATCAACTGGTCGGACG

Intron 7 GTATCCTTTA ... TCTGGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35	13	8	6
A2	0	2	0	0
A3	36.84	6	6	1
A4	50	5	10	0
A5	33.33	1	1	0
A6	30.86	28	18	7
A7	43.75	9	7	7
A8	24.53	40	18	8
A9	36.71	25	16	13
A10	40.74	8	8	3

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAA
AGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTT
CCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAA
TGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAA
GCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGT
GTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACT
TAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCA

>TRINITY_DN43310_c1_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCACCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAA
GCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTA
TTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAGGGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTA
ATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGC
ATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGA
AACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTT
GTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTT
ATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAGTTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGTGAGCTTTCATTTCCTACCCCTCTAAAGCAGTTTAACTA
GTGGTAGGTGATATTCAGGAAGGGAAAAGAACTGTTGCCAGACTGTTGATCTTTACCGACAATTAAGAGAAACGAGGGAGAGTAGCAGAATGTGGGCTAGCTTGTTAACTAAAGTAATTTGCTATAGTAATTTTAACATTCCTATGTGTGGCTGGACAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTT
CAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATgtatcctttaataagcgtacagcacctcattctttattatttaccaatttgctttg
ttttcatttgttcactctgtacatttcatatgctttttgtttcctcaggaatggtgcaggaaagtgcattctttatgcacaacaagaaggtacataaaaaggataagaaacaattgttcaagtcattatgggaatcatgcctcctaatatattttaatagttgtgtgcaactcaggatttctgtttagtatatgtgcatt
caagtggccttttttttctgttattatttggaggcttccttgatcatttttctggcacagATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCAT
GTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGT
TATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAATTTCCTTGCTTAGCTCTCTATTTGATGTGATCAACTGGTCGGACG

Intron 8 GTCAAATGCT ... GTTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	3	4	5
A2	81.82	1	5	4
A3	62.79	8	13	14
A4	100	0	6	2.7
A5	60	2	5	1
A6	62.5	18	28	32
A7	71.88	9	25	21
A8	62.96	20	30	38
A9	69.23	8	15	21
A10	73.33	6	14	19

>TRINITY_DN47135_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTC
TCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTC
TTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTTCAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGC
TTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAG
TAATCGGCAACTCTTATGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGAT

>TRINITY_DN47135_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCGCATAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCTCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCG
TATTGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATG
CAATTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAG
GGCCTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGA
AAGTGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCT
TCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTTCAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCA
ATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGA
AGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGgtcaaatgcttcacttgttatcttctctgttatttatgtctccctgaatgttatacttgttaagagtgctggaactgttggacttgtccttgcaaactccataaatatgatgttgcggatcacatattctgtaatattcatttggcttttcttcaagg
attcgccctcctttcaaattcgacaatggttaccatctttcaaagttttggcagTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATGTATCCTTTAATAAGC
GTACAGCACCACATTCTTTATTATTTGCCAATTTGCTTTGTTTTCATTTGTTCACTCTGTACATTTCATATGCTTTTTGTTTCCTCAGGAATGGTGCAGGAAAGTGCATTCTTTATGCACAACAAGAAGGTACATAAAAAGGATAAGAAACAATTGTTCAAGTCATTATGGGAATCATGCCTCCTAATATATTTTAATAG
TTGTGTGCAACTCAGGATTTCTGTTTAGTATATGTGCATTCAAGTGGCCTTTTTTTCTGTTATTATTTGGAGGCTTCCTTGATCATTTTTCTGGCACAGATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTTGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGAT
GTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCACATTAATTGCATCCTGCATTTATGTAATGCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGTGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTA
GAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAATTACCTCGGTTATTAGTGGATTACCATTTTAATTG
AGTAGATACATCGACTAATAGTGTACGGGTACTTATGCAACACCTATTTAAGAAA

Intron 9 GTAATCCAAT ... CATTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	4	3	1
A2	20	14	5	2
A3	12	11	3	0
A4	31.25	11	6	4
A5	0	5	0	0
A6	25	15	6	4
A7	14.29	24	3	5
A8	33.33	6	5	1
A9	4.35	11	0	1
A10	6.67	14	1	1

>TRINITY_DN44603_c3_g5_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GCATAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCTCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTAT
TGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAA
TTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAGGGC
CTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAA
AAACTAGGCAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCC
TTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTT
ATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAG
GAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCG
AGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCATGTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCA
AATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACTAAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAAATTTCCTTGGATGTAATAATTTTAGAATCTACATTCATTCTATG
TAAGATTCCAAGTAGTGGGGACTGCCCTTGGATATGTTTATATTGGCC

>TRINITY_DN44603_c3_g5_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCATAACTCGCATTTTTATTAAAGCTCTCAGACAGCGAGAAAAATAAAGCTCTCAGAGTTTGAAGCATCGACACAATCCAGGGTACACAATTCATCGGCAGAGGCGAAATCTAAAACATGTAACGTGAACATTAACATTGATGTAGCGGTACAAGTTTTCAAGCTATTTGAATTCAAAGAATCAGATCACTGTTTCGTAT
TGTGTCGCTGAAGAAGGGGTTTAAGCAAATGGGGAAGCAAAATGATGAAGACGCCAAGGTTGAAGTCAAGCAGGCTCCCATGTTGACTCATACATTCTTCTATCTTATGGTGTCACAGGTGATATCCCGCGCATTTTCATTTGGTTTGAATTTACTGATTGCCCGACAGCTTGCGGAAGAAGATTTTGCGCTTTATGCAA
TTCAATTTCATCTGCTAGTCACTACCATTTTGTTTATTAGTCGAGAAGGCATTCGTCGTGCTTGCCTGCGCAGTGATGTAAGGACAGAGGAGGTTGGTATGGAAAACGTCACAAAGATATTGGCAGTGGCATGGCTCACTCTGCCCATTGGAATGGTCACTTCTATCGTAACATGTGCATTTGTGTTCTGGTGGCAGGGC
CTCAGTTTTTCAGAACATTATGGGCAAGCTGTTCTAATTCATGGGGCTGCATGCTTTCTAGAACTTTTGGCCGAGCCCCTTTACATTCTTGCTCAAAATTTGCTTCTTTTGGGACTACGTGTCAAGACAGAGGCAATAGCAACCTTTGTTCGGTGCACAGCTACTTACATTATGATCATAAATGGAATAGGAAAGGAAAG
TGGGCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCC
AGTCATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTACAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGCAGgtaatccaatttatctccattcacaatgttgtagcttgtaccttggcatgtgttacattgttcttttttcgtcactgggtcaattatttactct
ataatgctgaaataatgaagggctgtcttttcctgttgcatgatttgccagaggtaatatcaatgtattattctttctatttctcaatggtcacagattagccatatggagcttatgtttactgcatgatttttgagtgtagatgagattcgagaacagtgctgccattatcaaaatttcaacagttcacattgttgaag
cacagtccaaaatttaaattccctacctgaatacaattttttaagttccattagcttctggtcatgacaatcccaattcttattatggtctctgtctgaaaattcatgtgattttctgtcatttgcattcttcagGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAG
GCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCTTTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACAT
TATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTTTTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATT
CTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTG
CTATCTGCAATGATATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCATGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCATGTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGA
CACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTTATGTAAATATAGGCAATATTAGAGACT
AAAAACGATCAAATAGTGAATTTATTTTTTTGAAAAAAACCCCAAAGAATAGCCAATTGGCGAAATTTCGCCCCTAAAAAATTTCCTTGGATGTAATAATTTTAGAATCTACATTCATTCTATGTAAGATTCCAAGTAGTGGGGACTGCCCTTGGATATGTTTATATTGGCC

Intron 10 GTATCCTTTA ... TCTGGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35	13	8	6
A2	0	2	0	0
A3	36.84	6	6	1
A4	52.01	5	10	0.8
A5	33.33	1	1	0
A6	30.99	28	18	7.2
A7	43.75	9	7	7
A8	23.92	40	17.2	8
A9	36.71	25	16	13
A10	40.74	8	8	3

>TRINITY_DN108494_c11_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GAGGGAGAGTAGCAGAATGTGGGCTAGCTTGTTAACTAAAGTAATTTGCTATAGTAATTTTAACATTCCTATGTGTGGCTGGACAGGATTCGCCCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAA
AATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGGTCGAGTTTTTTATGCTGCTCCG
TATCCAACCATGTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACCGCAAATGTTATTAATCACCAGT
CGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTT

>TRINITY_DN108494_c11_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTGGAATTAAAAAAAAATGAATTTCATGTTTTTATAATCAGCATATTTCTTTTTCACTCTAGCTAATTCAATCATTTAAGAAGTACATGATTTGTGACTCTTTCTAGATTCAAAACATGTGGGTATTTTTTTCTGCAAGGACTTTGAGATCAAATGGAGAATCATGATATGCTTGTTTTATTGATTTCAGGAAAGTGG
GCTGGTTTTTGCTTTCTCTCAGCTTGCATATGCATTTTGCTTGGTTCTGTGTTACTGGGGTTACTTTCTTGGCATGCCATTTTTTAGAAGCTTAACTGATGAAGCAAGAACTAGGATTCATCTCATTCCTTTTGGGAAGAGGCAGCCCTGTTATTTTGACAAACAACTACTGCACACTTGTTTGGTCTTCACCTTCCAGT
CATTTCAAAAGCTGGTTCTTCAAGAAGGAGAGAAACTTGTTCTTGTTCTCTTTGATACACCTTTCAATCAAGGTGTATATGGCCTAGTAGAAAAACTAGGAAGTTTGGTGGTTCGTTCCATATTTCAACCATTTGAAGAAAGTGCGTTTACAATTTTTGCGAAGGCAGCACCAGGCAGATCCTTGCGGGGGGCAATGTCT
TTAGAACATATTCTATGCTTGGCCATGAAGCTTGTCATCTTGATTGGGCTTCTCTTTGTTACATTTGGTCCAAGCTACTCCTATATCCTTATAAGATTGCTATATGGTAAAAAGTGGAGTGATGGAGAAGCTTCAGTGGCATTGGGTTACTACTGCCTATACATTATGCTTCTTGCTATAAACGGTACGACTGAAGCTTT
TTTACATGCAGTTGGGAGTAATCGGCAACTCTTATGGTCAAATGCTTCACTTGTTATCTTCTCTGTTATTTATGTCTCCCTGAATGTTATACTTGTTAAGAGTGCTGGAACTGTTGGACTTGTCCTTGCAAACTCCATAAATATGATGTTGCGGATCACATATTCTGTAATATTCATTTGGCTTTTCTTCAAGGATTCGC
CCTCCTTTCAAATTCGACAATGGTTACCATCTTTCAAAGTTTTGGCAGTTTTCTGTATTGCAGGTGTTCTAACAAGAATTTCTGAAAGGAAATTGGTAGACCACGAAAATTTCTTCCCTTCAGCAGCAGTTCATGTCAGCATGGGTTTTGCATGGCTTGCAGTGCTATCTGCAATGATgtatcctttaataagcgtacag
cacctcattctttattatttaccaatttgctttgttttcatttgttcactctgtacatttcatatgctttttgtttcctcaggaatggtgcaggaaagtgcattctttatgcacaacaagaaggtacataaaaaggataagaaacaattgttcaagtcattatgggaatcatgcctcctaatatattttaatagttgtgt
gcaactcaggatttctgtttagtatatgtgcattcaagtggcctttttttctgttattatttggaggcttccttgatcatttttctggcacagATATCAATATGAGAGGGGCTTCATTCGTCAAATTATCAATCTACGTAAATCTGAAGATATCCACGTGGAATAGCTGATGACATTACTTAGTTAAGATTGATGTTGGG
TCGAGTTTTTTATGCTGCTCCGTATCCAACCATGTTAAATGCATCCTGCATTTATGTAATTCCATTGTTGGGGTGTTGACACCAGTAGTGGGTGGCAGGCCCTTCACTGAATTAATGACCTATTGTAAGTTCTACTCTAGGAAAAATGTCATACGGAGAGAATGACATGTTTTGCGTTATTTGTTTCTTTTGTAGAGACC
GCAAATGTTATTAATCACCAGTCGCTATGGTGTTATAAAAAAACATGTTTTT