sp|Q9ZPI5|MFP2_ARATH ----> Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP2


Intron 1 GTTAGTATAA ... ATGAGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A619.86573142142
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A917.93286974
A1016.672003941



>TRINITY_DN43364_c0_g4_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
TGGATATGGTAATCGAAGTGAGTGCTGCTTTCCATTCTCTACCATGTTGTCGTTTTTAGACATACAAGTAAGAAAAGTTTCACAGATCAAGCTAGTTGGCCTCAAATGAAAGTGCCCTGTTTCTGTGTAGGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATT
GTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGGTATTGCTTCTTTTAATGTCTCAATTTAATGTAATATACACCTTTTTTTATTTGCTTCTGATACTCTGACATGTTATATTTTGTATGGCTAAATTAATACGTTGTA
AAATATCGATATGAGCAAAGATTATTCCCAGGTCTCAACACTGTTGTTGGATTTTACTTTTGCATTTCATTGGAGCATTGATTATATTCTGATAAACTTGTGTTGCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGA
TTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCA
ACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGA
TGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAATTACA
TTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTA
TTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATTGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTT
GGGTATTAGTGAGTAGTTTTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTG
GATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAG


>TRINITY_DN43364_c0_g4_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GCATGGGATTCCCACCCTACAGGTAAGTTGAAAAGTCCTTTAGTTTTATCGCTTATCTGTTGCATTCTATATCCCATATTATAGTTCTTTCTTTTAAACTTCTTATAAACCTGGTTTGTTGTGGAAACATTTTGACCATCTTTTATGTTTTGGGGGAACAATGGTTGAATCCAAATTACATTCATCGAATTAATGCATTC
ATAATTTCTAAAGGAGTGTTCTAAAATCTCATTCCTTGAAAGACTAAGAGAGTGTTCCTTCCAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAATTACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAA
CTGgttagtataatatcttttatcattttgttccccgttgccccaaatttgatagctagtttataaattgtattgttattttactcattcttgatatatgagtgcagAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGA
GAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATTGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTT
CTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTTTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGT
AACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAG



Intron 2 GTATGTCGAC ... TCTGATACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A111.56130017
A219.0989021
A313.81181029
A415.7491017
A513.45103016
A614.02141023
A712.09189226
A814.7481114
A910.81132016
A107.54184015



>TRINITY_DN107403_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform
CGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAAGATCAAACTGCTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAG
TAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGCTAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGT
TCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTACAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAAGGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAAT
GGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCC
CACCTGTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATT
GAGGAGGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTT
GATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATT
TTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACAT
ATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAAT
TGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATG
ATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGAT
ATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAA
GTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGT
TTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGA
AAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA


>TRINITY_DN107403_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGATTGCCTGAACTCCAACTTGGGGTTATCCCTGGTTTTGGTGgtatgtcgacttgcttttgggagaattgcaaaattaggatcgcttcaatatagagaacttgtgaagcttacttctatagacaagtggtctcataatgtccaagggtcaaatgtgtcttccataagatttaacctagattagttagtttttgcattgt
agtcaatcatttgtttcaaacataaaatataaattcaaatctcattcctttctattaatattgatctttctgatacagGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCT
GTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGA
GGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGG
GTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATTTTAGG
GATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAAT
GCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATA
AAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATGATGAT
AGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGC
CTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTC
GATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAG
CCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGAT
AAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA



Intron 3 GTACTTTTGA ... ACATACATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A111.13277036.3
A210.71188124
A312.18328.3048
A410.21166020
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A610.82210127
A711.13369049.3
A813.4591015.3
A99.99227026.7
A109.12328034.7



>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TCATAACCGAATTGTTTGAAGgtacttttgaacccaaaaatacttgatctactgtgcagtatatctttcgtaagggagctagcaagtttgggtgtggatcttttctctgtttctgaccctcgggttctttactcttgtgattaattgtattaattttaattttttactacatacatagGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGC
TGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTCTTGTCGAAACCGATCA
AATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAG
ATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTT
AAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTG
AGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAAT
TCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCA
ATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAG
ACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGC
CGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAG
AGCAGCCACTGGGTCTAAACTG



Intron 4 GTGATTATTG ... GAATTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A114.85139.7124
A216.9490.7018
A314.5589.3015
A426.777.8228
A513.9544.207
A617.74117.7025
A715.23152.7027
A822.178.3022
A918.28117.2026
A1017.2288018



>TRINITY_DN107403_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform
CGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAAGATCAAACTGCTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAG
TAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGCTAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGT
TCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTACAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAAGGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAAT
GGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCC
CACCTGTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATT
GAGGAGGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTT
GATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATT
TTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACAT
ATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAAT
TGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATG
ATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGAT
ATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAA
GTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGT
TTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGA
AAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA


>TRINITY_DN107403_c0_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GCACAGCGGTTGACGTCAAAGgtgattattgatcacttcgacatttctataaatactataagtttcatggatttaaaatgttatgttaatcactccatatctttctggaacttggaactgaaagattgaatttacagGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGT
GGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTA
TGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAG



Intron 5 GTACTTTTAC ... TGTTTCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGG
AAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAA
ACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAAT
CGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACT
TTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAAgtacttttacttctgctgcagtatagtattatttcgaaagatt
ttcttcattttcgttcaaattcatcagttttaggactgaactaatggttaaagtatgctgtttctcagCCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATG
GGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGAC
AACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACA
ATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTAC
ATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTA
ATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTCGCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCA
CAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC



Intron 6 GTGAGTGCTG ... TTCTGTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A726.4548118.5173
A825.44295.927.2101
A926.5529631.9107
A1026.1432536.4115



>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAgtgagtgctgctttccattctctaccatgttgtagtttttagacatacaagtaagaaaagtttcacagatcaagctag
ttggcctcaaatgaaagtgccctgtttctgtgtagGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGG
TATTGCTTCTTTTAATGTCTCAATTTAATGTAATATGCACCTTTTTTTATTTGCTTCTGATACTCTGACATGTTATATTTTGTATGGCTAAATTAATACGTTGTAAAATATCGATATGAGCAAAGATTATTCCCAGGTCTCAACACTGTTGTTGGATTTTACTTTTGCATTTCATTGGAGCATTGATTATATTCTGATAA
ACTTGTGTTGCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGAC
CTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAG



Intron 7 GTACTTTTAC ... GCTTTCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A124.38150.154.942
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A1022.9313439.740



>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGG
AAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAA
ACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAAT
CGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACT
TTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTAAGAACTTTATAATTTATATATATATTCAATATTGTGAACTATGCCAATGGGATTGTGGTTCAACTGTGAAGACAGTGGTATGTCAAGCCACCCAAGGATAATTCCCGGAAGGCATGAATCAGTGGCTGACAAGGTGCAAGTCCTGGGTGATTATGATGGAAG
AGTAACCCCCTATAATGGAAGCTTAGCCAAAGTAAAGCAATTGTGATTAGTGGTTTGCCCTTTGAGGGCCAATCGTAATGCTTCTGGAGTTTAAAGGGAACACATTCAAAAAAAAATATTGCGCACCATATTATGGCAATGCCAAATCATTTGGACTTTTGTTTTATTCTTTAGTTGATAATTATATGACACTTCTTTTG
CAGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAAgtacttttacttctgctgcagtatagtattatttcgaaagattttcttcattttcgttcaaattcatcagtttta
ggactgaactagtggttaaagtatgctgttttgctttctcagCCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGT
TATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAA
TGTCTGCTGGAGATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGA
AACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAAT
TATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATA
TATGCTTCTCTTCGCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAAT
ATTAATC



Intron 8 GTGAGCATGG ... TGCTGGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A818.45842414
A913.771442125
A1014.21362619



>TRINITY_DN107403_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform
CGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAAGATCAAACTGCTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAG
TAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGCTAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGT
TCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTACAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAAGGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAAT
GGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCC
CACCTGTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATT
GAGGAGGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTT
GATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATT
TTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACAT
ATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAAT
TGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATG
ATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGAT
ATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAA
GTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGT
TTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGA
AAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA


>TRINITY_DN107403_c0_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAAGATCAAACTGCTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAG
TAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGCTAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGT
TCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTACAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAAGGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAAT
GGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCC
CACCTGTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATT
GAGGAGGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGgtgagcatgggtatgatttctattacatgctttttcttctgttttgataatcaatcttttgtgcatcgtgttaagcatcctttttagcttctaatttttcatcatatggcattgtggctggaccagcaaagcatatgccattaggaatacaaccatta
agtttcaagtgaatataggtagaccaacaaaggttcatatttgtgtatttaatattgatgtacaatagaattttatttggatttaacaaattggatgccgattacaaaaattaaagacattttgagctgtacggaactttaagttaacatttcttatcaagaagattacaaaaactgaagacattttgagctgtatagaa
ctttaatttaacattcttaccaagaagattacaaaaatttaagacactttgagctgtggttcttaccaacaagacttacatgtgctgcagaattggaaagttggaatgtggtctaggtttggattcactgataccttctcctaacttgaggaaataaatcttgttaagtgcccaaaattgcgttaaaacataggattggc
tgccctaaacaatgattttgtatatttttatttggtaaagaagattacaaacaggtttaaaatttttgttcatagttttttctagaaagataatcagaaataatattcactgtcattgggagtatgtttggcttgacaaggattatggtgtattttcccagtgatttttcgtgtatgttgttcttataaacttctgttgt
tttattttgctgctgggcagGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACA
GCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAAT
CGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAG
TGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTT
GGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATGATGATAGACGTAAGGCCCGTCC
AGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGG
GATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACA
ACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAA
TATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATAAAAGAACCTAACTACA
TGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA



Intron 9 GTATTTTCTC ... GTTAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A220.131211645
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A418.771061732
A517.98731517
A619.532743994
A719.542434771
A821.672052885.4
A919.181582352
A1018.631662551



>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGG
AAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAA
ACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAAT
CGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGgtattttctcatttccaagcatgtctttagataagcgggtagtattcgaatgaacactgattcatctgtaatacgttaatgcagATT
AGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTAAGAACTTTATAATTTATATATATATTCAATATTGTGAACTATGCCAATGGGATTGTGGTTCAACTGTGAAGACAGTGG
TATGTCAAGCCACCCAAGGATAATTCCCGGAAGGCATGAATCAGTGGCTGACAAGGTGCAAGTCCTGGGTGATTATGATGGAAGAGTAACCCCCTATAATGGAAGCTTAGCCAAAGTAAAGCAATTGTGATTAGTGGTTTGCCCTTTGAGGGCCAATCGTAATGCTTCTGGAGTTTAAAGGGAACACATTCAAAAAAAAA
TATTGCGCACCATATTATGGCAATGCCAAATCATTTGGACTTTTGTTTTATTCTTTAGTTGATAATTATATGACACTTCTTTTGCAGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACT
GATGGCAAAGTACTTTTACTTCTGCTGCAGTATAGTATTATTTCGAAAGATTTTCTTCATTTTCGTTCAAATTCATCAGTTTTAGGACTGAACTAGTGGTTAAAGTATGCTGTTTTGCTTTCTCAGCCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCT
AGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGTAAGTTGAAAAGTCCTTTAGTTTTATCGCTTATCTGTTGCATTCTATATCCCATATTATAGTTCTTTCTTTTAAACTTCTTATAAACCTGGTTTGTTGTGGAAACATTTTGACCATCTTTTATG
TTTTGGGGGAACAATGGTTGAATCCAAATTACATTCATCGAAT



Intron 10 GTAAGAACTT ... TCTTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A917.1428559.858.9
A1015.3921951.539.8



>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGG
AAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAA
ACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAAT
CGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACT
TTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGgtaagaactttataatttatatatatattcaatattgtgaactatgccaatgggattgtggttcaactgtgaagacagtggtatgtcaagccacccaaggataattcccggaaggcatgaatcagtggctgacaaggtgcaagtcctgggtgattatgatggaag
agtaaccccctataatggaagcttagccaaagtaaagcaattgtgattagtggtttgccctttgagggccaatcgtaatgcttctggagtttaaagggaacacattcaaaaaaaaatattgcgcaccatattatggcaatgccaaatcatttggacttttgttttattctttagttgataattatatgacacttcttttg
cagGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAAGTACTTTTACTTCTGCTGCAGTATAGTATTATTTCGAAAGATTTTCTTCATTTTCGTTCAAATTCATCAGTTTTA
GGACTGAACTAGTGGTTAAAGTATGCTGTTTTGCTTTCTCAGCCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGTAAGTTGA
AAAGTCCTTTAGTTTTATCGCTTATCTGTTGCATTCTATATCCCATATTATAGTTCTTTCTTTTAAACTTCTTATAAACCTGGTTTGTTGTGGAAACATTTTGACCATCTTTTATGTTTTGGGGGAACAATGGTTGAATCCAAATTACATTCATCGAAT



Intron 11 GTATCCATTC ... GTAATTGCAG

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A714.86300.4051
A824.1891.6029
A915.24187.4033
A1016.73278.5055



>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i17 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGTGGACTTGAGATTGCAATGgtatccattcatgctttattttgttatgcatgcataatatttactgaagcattcaaatatctttctaggcttgtacaatggtcaggacattacactccatttttttaaatggacaaatttaaaaactctttagagaaaattttcattggcaactttattgtaattgcagGCTTGCCAT
GGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGA
ACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCA
TTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCT
GGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGT
GGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTC
TTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCG
ATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACG
TAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTG
TTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTG



Intron 12 GTAAGTTGAA ... TTCCTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.8517627.346.4
A226.09128.824.645.4
A317.815911.334.4
A417.7611623.825.1
A519.9954913.5
A623.6968257.4211.8
A721.5843444.3119.4
A825.5944646153.4
A921.0238345101.9
A1021.9327628.877.6



>TRINITY_DN107403_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform
CGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAAGATCAAACTGCTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAG
TAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGCTAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGT
TCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTACAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAAGGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAAT
GGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCC
CACCTGTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATT
GAGGAGGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTT
GATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATT
TTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACAT
ATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAAT
TGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATG
ATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGAT
ATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAA
GTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGT
TTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGA
AAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA


>TRINITY_DN107403_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAAGATCAAACTGCTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAG
TAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGCTAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGT
TCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTACAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAAGGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAAT
GGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTTTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCC
CACCTGTGGATCTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACCGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATT
GAGGAGGGAATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGAGACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTT
GATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAATAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGATTATGAAAATT
TTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACAT
ATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAAT
TGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATG
ATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGAT
ATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGgtaagttgaaaagtcctttagttttatcgcttatctgttgcattctatatcccatattatagttctttcttttaaacttcttataaacctggtttgttgtggaaacattttgaccatcttttatgttttgggggaacaatggttgaatccaaattacattca
tcgaattaatgcattcataatttctaaaggagtgttctaaaatctcattccttgaaagactaagagagtgttccttccagGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCCCATTTTTAGAAGAAAGAGC
AGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGACATTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAA
TTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTAGTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATT
GCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATAAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTACTCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTGTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCA



Intron 13 GTATTGCTTC ... TGTGTTGCAG

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>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGTGAGTGCTGCTTTCCATTCTCTACCATGTTGTAGTTTTTAGACATACAAGTAAGAAAAGTTTCACAGATCAAGCTAG
TTGGCCTCAAATGAAAGTGCCCTGTTTCTGTGTAGGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGg
tattgcttcttttaatgtctcaatttaatgtaatatgcacctttttttatttgcttctgatactctgacatgttatattttgtatggctaaattaatacgttgtaaaatatcgatatgagcaaagattattcccaggtctcaacactgttgttggattttacttttgcatttcattggagcattgattatattctgataa
acttgtgttgcagTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGAC
CTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAG



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>TRINITY_DN128100_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
TGGTGGACTTGAGATTGCAATGGTATCCATTCATGCTTTATTTTGTTATGCATGCATAATATTTACTGAAGCATTCAAATATCTTTCTAGGCTTGTACAATGGTCAGGACATTACACTCCATTTTTTTAAATGGACAAATTTAAAAACTCTTTAGAGAAAATTTTCATTGGCAACTTTATTGTAATTGCAGGCTTGCCAT
GGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAATGATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGA
ACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAATTTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCA
TTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTTCCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCT
GGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGT
GGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTC
TTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGATCTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCG
ATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGTTGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACG
TAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGAGCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTG
TTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCAGATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTG


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGgtctgcaactggtcacaagcaatatgat
ttcttcttatttgttttctttgcaaagggctcttatttacaatctttgtccaccattttgaagaaagcaatagcgcatagtgttttctgactgctttctatcctactttattactataagggtttgtatgagaaaattttagtagtttccattattttcttagaatgattatatactgagttagactggagctattctga
atacaatcaacttgcttcttagtatgtagtttgaatgcttgcagCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC



Intron 15 GTTAGTATAC ... ATGAGTGCAG

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>TRINITY_DN128100_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGGTCTGCAACTGGTCACAAGCAATATGAT
TTCTTCTTATTTGTTTTCTTTGCAAAGGGCTCTTATTTACAATCTTTGTCCACCATTTTGAAGAAAGCAATAGCGCATAGTGTTTTCTGACTGCTTTCTATCCTACTTTATTACTATAAGGGTTTGTATGAGAAAATTTTAGTAGTTTCCATTATTTTCTTAGAATGATTATATACTGAGTTAGACTGGAGCTATTCTGA
ATACAATCAACTTGCTTCTTAGTATGTAGTTTGAATGCTTGCAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGGAAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAA
TATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAAACTTGATTGGCGAAAAAACCAATTCGCAGGATCGGATTGTTGGTGCACACTTTTTCAGTCCTGCACATATAATGCCTCTTCTGGAAATAGTGCGCACTGAAAAAACATCCCCTCAAGTTATAGTTGAT
CTCATGGATGTTGGAAGAAAGATTAAGAAGACACCTATAGTGGTTGGGAACTGCACTGGATTTGCGGTTAATCGTATGTTTTTCCCATATAGTCAATCAGCTCTACTCTTGACAGACCTTGGCTTAGATGTATATCGAATTGATAAAGCGATTACCAGCTTTGGAATGCCAATGGGTCCATTTAGATTAGTTGATCTTGT
TGGGTTTGAGGTTGCAGTAGCAACAGGCATGCAGTATATAGAAAATTTTCCAGAACGTGTTTACAAGTCACTTTTGATACCGATTATGCTTGAAGACAAGCGGGCTGGTGAGAAAACACGTAAAGGTTTCTATGTATATAATGATAGACGTAAGGCCCGTCCAGACCCTGAAATCAAGAAATATATAGAGAAGTCGAGGA
GCATGGCCGGTTTGATTACTGATGGCAAACCGCTTTCCTTGACAGATAAGGATATAGTTGAGATGGTATTTTTTCCAGTTGTCAATGAAGCTTGCCGGGTTCTAGCTGAGGGAATCGCGGTTCAAGCTTCAGATCTTGATATTGCCTCTGTTATGGGCATGGGATTCCCACCCTACAGGGGTGGTGTTATGTTCTGGGCA
GATTGTATTGGATCAAAATACATTTATTCCAAATTGAAGATCTGGGCCGAGTCATATGGTGATTTTTTTAAACCCTGCACATTTTTAGAAGAAAGAGCAGCCACTGGGTCTAAACTGAGTGCCCCAGGAAAAAGTATCAAGTCTCGATTATAATTATGGACAACAGTTAAGAGAATCTTCTAGAGAATGTCTGCTGGAGA
TTCTGGATGAGAGCAATGTTTATTTTTGTATTGGTGACAGCTTGTCATCTTAACCATATAATCGTCAGTGATAAATTGCTGATTTATAGTCCAGGGAATTTCCTTCTAGACGACATAGGGATTGTATTGCAGCAAAGAGTTTCAGCCTGTCAGTCCATACAATATTTGGCTGTACAGTATTGGTTGAAACTTGGGCATTA
GTGAATATTTCTAGCCTAACTTGGGTATTAGTGAGTAGTTCTAGGTTTTTCATTCCTTCATGACGTTTTGAATATATCTGTAGTATGTAAATTTTATTGCTTTATGAATGTTATTGAGCTTGAGTAGACAAAATACTTGAAAGATGAAAGAACCTAACTACATGTTGTAATTGGCTGGTATGAAAATTATTCGAGATTAC
TCTGTATGGTAACTCTCTGTTGGATTAACTGTTAAAAATAAGGTCTTATATTTGTTAAAATGCATGGAAGTAATCCTTATGTTCCATCTTGGATTAACCAGTAGCTTTAAATTTGGTTACATCTTGTTATACTATAATTGTCAGCTGTTGCTTGTGTTTTAATGAAGTTTTCGACTGCACTCTAATATATGCTTCTCTTC
GCACATATTGACTCCCAGGCATATCTGGTGGATTGCTATCTTCATTTTATTGTTGCAATTCCTTTGAATCAGAGGAAGACATTTTTTCAAATGAGTTTTGATGTGAGTTTTGAAACAAATCTTCTCTTGAAATTTCTATTACATTAAAACTTGTAACAGCACAAAAGGCTTTGAAGGCGTACAAAATATTAATC


>TRINITY_DN128100_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CACGCATACCCTGTTCCTGAAAGCATTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAATTTTTGTTAATGAGGAGAATCTTTGAAATGCACTCTCTTATTTCAAAGATTCTCCTCATTAACAAAAATTTGTCCAGTAGTTTCAACGTTTCCTCGGACGCTCTCTCCTTCTCCCTTCTGTTGAGGATCA
AACTACTCAGAAGCGTGCCTCTCTAATTTTTGTTCTCGGCGCTGATCGATCCTTGGAAATCTCCTGAGTAGGTCGGTGACGATTATTTGCAGGAGAAGCTATGGGTATGGGGAAAGTTGATATGGAGGTGGGATCTGATGGGGTCGCGCTTATAACCATCACAAATCCTCCTGTCAATTCTCTGTCAGTTGAAGTCTTGC
TAGGCTTGAAAGAGAAATATGATGAAGCTTTGCAAAGACATGACGTGAAAGCAATAGTTATTACAGGTTCTGGTGGCAAATTCTGTGGGGGTTTTGATATAGGAACCTTGGGGGGACTGCAACATGGGGCTGCACAAAATGGAGGAGAACAGTTTAAATTGACAGACGTTTCAGTCAGAATCATAACCGAATTGTTTGAA
GGTGCAAAGAAACCGTCAGTTGCTGCTATTGATGGTCTTGCGCTTGGTGGTGGACTTGAGATTGCAATGGCTTGCCATGGACGCATAGCTGCACCACAGGCTCAACTTGGATTGCCTGAACTCCAACTTGGAGTTATCCCTGGTTTTGGTGGTACACAGCGGCTTCCACGCCTTGTGGGCCTTTCAAAGGCACTTGAAAT
GATACTCTTGTCGAAACCGATCAAATCTGAAGAGGCAAATGAGTTGGGGCTTGTGGATGCTGTAGTCCCACCTGTGGAACTGCTAAATACAGCTCGTCGCTTGGCATTGGACATTGCAGAGTTTCGAAGGCCTTGGATAAGAAACCTTTACCGGACTGACAAGTTAGAACCTTTGGGAGAGGCACGTGAAATCCTAAAAT
TTGCACGAATTCAAGCACAAAAGATGGCTGCTAATCTCCAACATCCACTTGTTTGCCTTGATGTTATTGAGGAGGGCATTGTATCTGGACCAATGGCTGGCTTGCTAAAGGAAGTTAGTTCTTTTCAGCAGCTTCTACATTCTGACACTGCCAAGTCATTGATTCATGTTTTTTTCGCACAGCGGTTGACGTCAAAGGTT
CCTGGCGTGACAGATGTAGGCTTAAAGCCAAGAAGAGTCAGAAAGGTAGCTGTTCTTGGTGGGGGTTTGATGGGTTCTGGCATAACCACAGCCCTAATTCTGAGTGGCTATCCTGTGATCCTTAAAGAAGTAAATGATAAATTCCTTCAGGCAGGTCTTGATCGAATTAAAGCAAATTTGCAGAGCCGTGTGAAGAAAGG
AAAAATGAGCGAAGAAAAGTTTGAGAAAATATTCTCCTTGGTACAGGGTGCAATTGACTATGAAAATTTTAGGGATGTGGATATGGTAATCGAAGCTGTCATTGAAAATATAGCTCTGAAACAACAAATATTTAGTGACCTCGAGAGACTCTGTCCACCACATTGTGTACTGGCAACAAATACCTCTACAATAGACTTAA
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