sp|Q1PDV6|PBL27_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase PBL27
Intron 1 GTACCATCAG ... TTGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.7 | 25 | 16 | 42 |
| A2 | 53.85 | 21 | 12 | 37 |
| A3 | 53.7 | 25 | 15 | 43 |
| A4 | 51.61 | 15 | 8 | 24 |
| A5 | 47.69 | 17 | 12 | 19 |
| A6 | 55.21 | 71 | 53 | 122 |
| A7 | 51.6 | 98 | 68 | 141 |
| A8 | 57.32 | 67 | 53 | 127 |
| A9 | 53.69 | 69 | 35 | 125 |
| A10 | 51.54 | 55 | 36 | 81 |
>TRINITY_DN42050_c2_g2_i7 from sample A8 / Example spliced isoformTGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATG
CAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACA
GGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATG
GTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGC
CAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGC
ACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATA
AGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTT
AGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCT
TAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTA
GGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAAT
CAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGA
CAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCC
ATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGC
TAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTG
>TRINITY_DN42050_c2_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATG
CAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACA
GGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATG
GTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGC
CAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGC
ACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATA
AGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTT
AGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCT
TAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTA
GGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAAT
CAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGgtaccatcaggccatagtcatcattttgacagtctcgttgggataatgttagcatagctctcttactaacggaatcgtacagcatgtggagatgcatatggtggatacattaccttgttggtttgattgcagTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCA
TACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGA
ACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAA
GCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGAT
ATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTG
Intron 2 GTAGTTATTC ... AGTGTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.78 | 28 | 21 | 16 |
| A2 | 49.37 | 20 | 14 | 25 |
| A3 | 45.1 | 28 | 19 | 27 |
| A4 | 30.77 | 36 | 17 | 15 |
| A5 | 30.77 | 18 | 7 | 9 |
| A6 | 24.44 | 17 | 7 | 4 |
| A7 | 27.66 | 17 | 8 | 5 |
| A8 | 20 | 2 | 1 | 0 |
| A9 | 28.89 | 16 | 8 | 5 |
| A10 | 15.56 | 19 | 2 | 5 |
>TRINITY_DN109825_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATGC
AAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGAATGTTACGGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGG
GATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGA
GGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGA
AATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGG
GCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCAC
TTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGA
AAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAAAAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAG
GCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTATGGGATAGAAAACTATTTTTGTTGTTAGGGTGAAGATTGTTGACTCTATGCATGTCACTTATTTAGCATGATCATGCTTTGGTTCTTGTAGTGGAGTCCCACTAATCATATTTAGTGGTCAGGTACC
ATCAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGAT
AATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCT
TGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCT
TGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACA
TTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTGTATTTTGTTTGGTATCTACACAGTTGATGGGTTTGGACTATGTTTCAAGT
>TRINITY_DN109825_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATGC
AAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGgtagttattcatttcatttttgcttttatcctttttagggtttcgatcttgtcgtgaataattttcagtgtgccagGAATGTTAC
GGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAA
TGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACAT
GATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATT
GAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTC
TCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAA
TTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAAAAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTA
TACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTATGGGATAGAAAACTATTTTTGTTGTTAGGGTGAAGATTGTTGACTCTATGC
ATGTCACTTATTTAGCATGATCATGCTTTGGTTCTTGTAGTGGAGTCCCACTAATCATATTTAGTGGTCAGGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTG
CAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTG
TCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTC
TTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATA
TTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTGTATTTTGTTTGGTATCTACACAGTTGATGGGTTTGGACTATGTTTCAAGT
Intron 3 GCATGCAAGC ... TAATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 84 | 4 | 30 | 12 |
| A2 | 72.73 | 9 | 28 | 20 |
| A3 | 75 | 8 | 23 | 25 |
| A4 | 67.27 | 9 | 25 | 12 |
| A5 | 69.23 | 2 | 7 | 2 |
| A6 | 68 | 4 | 14 | 3 |
| A7 | 84 | 2 | 18 | 3 |
| A8 | 42.86 | 6 | 9 | 0 |
| A9 | 75.61 | 5 | 26 | 5 |
| A10 | 50.88 | 14 | 25 | 4 |
>TRINITY_DN110236_c0_g3_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGGGCCATACACTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCA
ATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGTGTGCCAGGAATGTTACGG
>TRINITY_DN110236_c0_g3_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGCCATACACTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCA
ATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGgcatgcaagcagctcccgtagccactaaatcgagctcaattgccatgcgttttaagcgggcagagcttcggccgtgaccttagggaatcggtcggggagttgagcagttcgagctcgtctggtagttattcatttcatttttgcttttatcctttttagggtttcgatcttgtc
gtgaataattttcagTGTGCCAGGAATGTTACGGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACA
GGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGGTAAGCTTTCTGCTCTCCGGAAACCCTCAACGGCTGTATTTTTTTTATATAATT
ATGGATGATTAAGCTTTTTAAATCATTCAATTGAAAATGTATATGGTAATGAAGAAGAATTATAATAGTCATGAAAAATGAATATCTTACTTCCAAAATTTGTTGAATATGGCATTGGATGCGATAAACATGTGAGATATTTAGTTTTTTGGTGGTAATTTTGGCATTGAATGCGATAAAAATGTGAGATGTTTTGAGTT
TACATATTAATTACGATTGGCGGG
Intron 4 GTAGTTATTC ... TAATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60 | 11 | 21 | 12 |
| A2 | 54.84 | 14 | 14 | 20 |
| A3 | 57.89 | 16 | 19 | 25 |
| A4 | 50.88 | 14 | 17 | 12 |
| A5 | 39.13 | 7 | 7 | 2 |
| A6 | 29.41 | 12 | 7 | 3 |
| A7 | 33.33 | 11 | 8 | 3 |
| A8 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A9 | 37.14 | 11 | 8 | 5 |
| A10 | 21.43 | 11 | 2 | 4 |
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
TGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGTGTGCCAGGAATGTTACGGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATT
TCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGG
CTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTG
AGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTA
AACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTA
TCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTG
TGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAG
GAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAG
CCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAA
AGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTATGGGATAGAAAACTATTTTTGTTGTTAGGGTGAAGATTGTTGACTCTATGCATGTCACTTATTTAGCATGATCATGC
TTTGGTTCTTGTAGTGGAGTCCCACTAATCATATTTAGTGGTCAGGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCT
AGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTT
CAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGA
AACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAA
CTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCC
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
TGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGgtagttattcatttcatttttgcttttatcctttttagggtttcgatcttgtcgtgaataattt
tcagTGTGCCAGGAATGTTACGGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTG
CTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTC
TGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGAC
TCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATG
AAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGG
ATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTT
TGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAG
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TGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGTTTCATTGGGAT
AATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGT
TGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTC
TCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTT
ATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCC
Intron 5 GTATGGGATA ... TTGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.77 | 25 | 46 | 42 |
| A2 | 63.48 | 21 | 36 | 37 |
| A3 | 67.11 | 25 | 59 | 43 |
| A4 | 65.12 | 15 | 32 | 24 |
| A5 | 63.04 | 17 | 39 | 19 |
| A6 | 63.4 | 71 | 124 | 122 |
| A7 | 60 | 98 | 153 | 141 |
| A8 | 66.25 | 67 | 136 | 127 |
| A9 | 65.59 | 69 | 138 | 125 |
| A10 | 69.19 | 55 | 166 | 81 |
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
TGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGTAGTTATTCATTTCATTTTTGCTTTTATCCTTTTTAGGGTTTCGATCTTGTCGTGAATAATTT
TCAGTGTGCCAGGAATGTTACGGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTG
CTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTC
TGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGAC
TCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATG
AAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGG
ATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTT
TGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAG
AAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGA
TGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGTTTCATTGGGAT
AATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGT
TGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTC
TCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTT
ATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCC
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAACCTTAATTATATAAGTAAATTTTGCATTTGGATAGACTAATTCTGTGTTTGAATAGACGATAGTACCAAAACTAAGCATTTTGACCACAATGCACTGATCTTGTTTATATTTTTTCTTATGATGACTGCAGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAG
CTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGC
CTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGA
TAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGA
AATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTC
GCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATT
GGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATA
CTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGgtatgggatagaaaactatttttgttgttagggtgaagattgttgactctatgcat
gtcacttatttagcatgatcatgctttggttcttgtagtggagtcccactaatcatatttagtggtcaggtaccatcaggccatagtcatcattttgacagtctcgttgggataatgttagcatagctctcttactaacggaatcgtacagcatgtggagatgcatatggtggatacattaccttgttggtttgattgca
gTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTC
TTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTT
CCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATT
CTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCC
Intron 6 GTATGGGATA ... GTACCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 76.74 | 15 | 46 | 53 |
| A2 | 72 | 14 | 36 | 36 |
| A3 | 76.39 | 17 | 59 | 51 |
| A4 | 77.5 | 9 | 32 | 30 |
| A5 | 64.1 | 14 | 39 | 11 |
| A6 | 71.51 | 52 | 124 | 137 |
| A7 | 67.77 | 78 | 153 | 175 |
| A8 | 73.37 | 55 | 136 | 167 |
| A9 | 76.64 | 41 | 138 | 131 |
| A10 | 78.14 | 40 | 166 | 120 |
>TRINITY_DN43565_c3_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCAGATATATATAAATGGGCCATACACTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATG
CGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGC
TCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTG
AATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGA
AGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATG
AGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCG
AAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAG
GGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCA
CTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAG
AAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGA
GGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATT
GGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAG
ACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGC
AGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGG
TGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTGTATTTTGTTTGGTATCTACACAGTTGATGGGTTTGGACTATGTTTCAAG
>TRINITY_DN43565_c3_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:CAGATATATATAAATGGGCCATACACTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATG
CGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGC
TCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTG
AATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTT
GCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGA
GAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATT
GGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCA
TAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTG
AACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGgtatgggatagaaaactatttttgttgttagggtgaagattgttgactctatgcatgtcacttatttagcatgatcatgctttggttcttgtagtggagtcccacta
atcatatttagtggtcaggtaccatcagGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAA
GTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGAC
AAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAA
TTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGC
TATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTGTATTTTGTTTGGTATCTACACAGTTGATGGGTTTGGACTATGTTTCAAG
Intron 7 GTATGGGATA ... TAGTGGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75.57 | 16 | 46 | 53 |
| A2 | 75.26 | 12 | 36 | 37 |
| A3 | 78.87 | 15 | 59 | 53 |
| A4 | 79.75 | 8 | 32 | 31 |
| A5 | 70 | 12 | 39 | 17 |
| A6 | 72.03 | 53 | 124 | 149 |
| A7 | 70.69 | 68 | 153 | 175 |
| A8 | 74.15 | 53 | 136 | 168 |
| A9 | 80 | 35 | 138 | 142 |
| A10 | 80.43 | 36 | 166 | 130 |
>TRINITY_DN42050_c2_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATG
CAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACA
GGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATG
GTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGC
CAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGC
ACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATA
AGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTT
AGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCT
TAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTA
GGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAAT
CAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCA
TACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGA
ACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAA
GCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGAT
ATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCTGTTCACGTG
>TRINITY_DN42050_c2_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATG
CAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACA
GGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATG
GTTCCCACCTTGCGGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCC
AAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGT
TGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATG
AACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCA
GCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTG
GAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGgtatgggatagaaaactatttttgttgttagggtgaagattgttgactctatgcatgtcacttatttagcatgatcatgctttggttcttgtagtggagtcccactaatcatatttagtggtcagGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTG
ACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTA
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GATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAG
AATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCC
TGTTCACGTG
Intron 8 GTAATTTTTT ... CCAAGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.08 | 36 | 17 | 4.6 |
| A2 | 21.28 | 37 | 10 | 8.1 |
| A3 | 22.03 | 46 | 13 | 6.3 |
| A4 | 20.59 | 27 | 7 | 2.3 |
| A5 | 21.62 | 29 | 8 | 2.3 |
| A6 | 25.49 | 38 | 13 | 5.3 |
| A7 | 15.09 | 45 | 8 | 5.3 |
| A8 | 27.59 | 42 | 16 | 6.3 |
| A9 | 16.13 | 52 | 10 | 8.1 |
| A10 | 6.25 | 60 | 4 | 8.3 |
>TRINITY_DN109825_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoformGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTCTGCTAAGACTAAAAGGCATGC
AAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAG
GTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGAAGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGG
TTCCCACCTTGCGGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCA
AACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTT
GCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGA
ACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAG
CCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAAAAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGG
AGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTATGGGATAGAAAACTATTTTTGTTGTTAGGGTGAAGATTGTTGACTCTATGCATGTCACTTATTTAGCATGATCATGCTTTGGTTCTTGTAGTGGAGTCCCACTAATCATATTTAGTGGTCAGGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTGA
CAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTAT
CCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGG
ATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGAATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGA
ATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATGCTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCCT
GTTCACGTGTATTTTGTTTGGTATCTACACAGTTGATGGGTTTGGACTATGTTTCAAGT
>TRINITY_DN109825_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTT
AAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTC
ATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTTTGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTA
CAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGGAGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGgtaatttttttatgttttatcagtctgatt
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GATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTATTGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGG
TTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTCATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAA
AAAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGTGAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTATGGGATAGAAAACTATTTTTG
TTGTTAGGGTGAAGATTGTTGACTCTATGCATGTCACTTATTTAGCATGATCATGCTTTGGTTCTTGTAGTGGAGTCCCACTAATCATATTTAGTGGTCAGGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATAT
GGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGAAGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATT
TGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGACAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTC
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Intron 9 GCAAGTTACA ... GTGGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.57 | 37.3 | 9 | 14 |
| A2 | 35.85 | 17 | 8 | 11 |
| A3 | 29.65 | 26.1 | 8 | 14 |
| A4 | 34.32 | 18.2 | 9 | 10 |
| A5 | 33.33 | 18 | 3 | 15 |
| A6 | 31.42 | 13.1 | 1 | 11 |
| A7 | 24.77 | 15.2 | 1 | 9 |
| A8 | 33.33 | 6 | 1 | 5 |
| A9 | 29.14 | 23.1 | 3 | 16 |
| A10 | 29.87 | 27 | 2 | 21 |
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
TGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGAT
TTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGA
AGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCT
GAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCA
ACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGGTTAGTACTCCATAACCTGGACATGCAATAAGCAAATTCAAAATATCTATGTTTAAGTGCATGCTTATGGAGCTGTTTAAGCATTAGCATTTTGTACATGAGATAGTTATAAACAGTAGAAGTCCATGTAGTGGGGCCAAATCT
CATATCTTGGAGCACATCCATTTTAAAAATTGCATTTCAATATTTGGGTTGGAACTCATGTTTCACAACTCTAAACTCCCTGGCTTTTGTTTGCTGTTGTAGTGCTTATCATAGTGAGTGGTCTTCTCCAACAGTCCATTTACTGTCCTCTTTATTTTATGGTTCTCCCTGTTGTCCTTTGTTGTGTTGTGAAATCTGGT
GAAGATCTTGTACTTTCTCAAGTACCGCTTTACTTAAATCCTCCCTTTGCACCCCTTTGGTATCCTTTCCCTACCTGAGATTGGCCATTAGCCTACCCGTTTTTCCAAGTGTAAAGGGTTGTTAGTGGCCATTTCTTGCATTAAATTGAGTGGATACAAGCATTCACAATTCTATTGTACATCTGTTCTTTCAAAGAGAA
GGCAGAGTTGAGAGTTTAGTTGTCATATGCTATGCGTCTAGGGTATTTTCTTCTCTTGATGTCTTTGTAGTTTGCCTCTTTGGTTTGTTGGGTCCTTGTTACATTACAACCTAGCAACAACAAAACAATTTTAAATAATAGGTGCTTCACTGAGCGACTATTGGAGTAGTTGCTTCAATAGAGGACAACAATATCATTGT
AGATATTTTTGATGGAGAAACCTCCACTTACCGTTATCTAGCATTGCATCAATAGGCTTATAAGTGCAGAACCAAAGCAAACCACCCATATGCATGTGCCATCTCACTATGGGCTCACCATTCTAGTAGCTTACTATATCAACTTCTTTCTAGGTAGAGCCATGCTGATAAACCAAGGCCACATTCAGTTGCAGTTGTTA
ATTGAGTTGAGAGCCATTTGTAGTTAATGGACTTATTTGTGTTTGAACGAGGAAAATTGTCAAGGTGTTCAATTGTCTTTGGATCACAAACTTTGAACCAGTCATCGAAATTACTATCCACATATTTCTTGTACCAAGATTTTAGACTTAGAAATGAGGCTTCACAATGAAGTCATGAGTAATAACAATTATAGTTATCT
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GACTCACGTAAAATAATGTGTTTAGTTTTATTTTTATAACAAAAAGCGGTTATAACTTGTAAGTTTGCATTAAAAAGGCTGCAGCTGAATCGCACAGCTGAGTAATAC
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
TGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGTAGTTATTCATTTCATTTTTGCTTTTATCCTTTTTAGGGTTTCGATCTTGTCGTGAATAATTT
TCAGTGTGCCAGGAATGTTACGGTCACATGCTGCAGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGATTTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTG
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TGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCTGAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGgcaagttacacctcatgatatttgtataggctac
atgtacttgtagtgtttcagctgaaggaaatgcttagaaacattaacgttttgctgggctttgtggtggcagGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGG
TGATCAACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGATCTTGCACCTGAGAAGGAGTCATTGGACTGGAACACGAGAATGAAGATTGCAGCTGGGGCTGCTAGAGGACTGGAGCATCTACATGATAAAGCAAACCCACCTGTTATTTATCGTGATTTTAAATCTTCTAATATTT
TGCTAGATGAGAATTTTAATCCGAAATTATCTGACTTTGGCCTGGCCAAACTTGGTCCAGTTGGTGATAAGACACACGTCTCTACAAGAGTGATGGGGACATATGGATATTGTGCTCCAGAGTATGCTATGACAGGCCAGCTTACATTGAAATCTGATGTCTACAGTTTTGGTGTGGTTTTGTTAGAGTTAATTACAGGG
AGAAAGGCCATCGACAATGGCAGGGCTGCTGGAGAGCACAATCTTGTTGCTTGGGCACGTCCTTTGTTTAGGGATCGCAGAAAATTTCCTCAAATGGCCGATCCTTTGTTACAAGGTCGATATCCGATGCGTGGTTTGTATCAAGCTCTCGCTGTTGCTGCAATGTGTCTCCAGGAACAAGCTGCTACTCGCCCTCTTAT
TGGTGATGTTGTGACTGCTCTCACTTACCTGGCTTCTCAAACATATGAACCTGGACTGCAGCATAATCTTAGCAATAGATTTGCTCCAGGAACACCCAGGGAGAAGAAAGATAAGAGGTTGAGCAGTGTCACAGATTGCCAAGATGAATTGGTGCAGAAGGAACGGAGCCCTAGCCAAGGTTCTGTCCGGTCACCATCTC
ATAATTCTTCTGATTTCAACCAGAAAGATATTGGTAAACAGCATTCAGCCAGTGGTACTGAAATTTCTAGGGGTCAGGAAGGAGGATCTGGAAGAAGAGATTTGGATGGGTGGGAGAAACAAGAAGGGTCAAAGGAGAGTCCTAGCTATACTGGAAGGGCTAGAGAACGCCAAAAGAACTTTGCATCAATCCGTGATCGT
GAACGGGAGCGTGCTGTTGCTGAGGCCAAGGTATGGGGTGAAAACTGGAGAGAGAAAAGAAGAGCAAATCAACAAGGTGGGAGCTTTGATGGAGGTATGGGATAGAAAACTATTTTTGTTGTTAGGGTGAAGATTGTTGACTCTATGCATGTCACTTATTTAGCATGATCATGCTTTGGTTCTTGTAGTGGAGTCCCACT
AATCATATTTAGTGGTCAGGTACCATCAGGCCATAGTCATCATTTTGACAGTCTCGTTGGGATAATGTTAGCATAGCTCTCTTACTAACGGAATCGTACAGCATGTGGAGATGCATATGGTGGATACATTACCTTGTTGGTTTGATTGCAGTTTCATTGGGATAATGCTTGTCTAGCTCTTGCTGAGGGAATCATACAGA
AGTTTCAGATGCAGAAGAATGGATAATTTTATCAGGCCACGTGTTTATCCACACTAATGAACTAGCATTTCAAGGATTTGGCTAACGAGGATGATAGTTCATTCAGATCAAGAACATTTGTATTGACAAAATAGAAAATGCATCTTTGTCTTTTAGAGACAGTTGACAGCAGTTCAGATGGACTTTTGGTATGAACAAGA
CAAGTTCATACCCAGACTTCTCCTTGACGGTATTCAAAGGAAGCTTGGATAGGTCAATGATCGTGTTTAATTTCTGATTATCTTTTCCCCAAGGAAGTTGGTGTACCTGTGTAGTGTCCACCGGCCATTTACATGTTGTACCTAATTCTTCCATAGGCAGGTCTCAATTTGGGAAACAAGGCAGGAAAATTCAAGCTTGA
ATTCTGACAGTTGGCCTATGTTCTTGCATGGTTCCTCTATTGTTTAGAATTTACAAGGATTTCATCTGTTTTTGGTCATAATTATTTCAGGAGGTTCGGGTTAGTGAATGTCTCCTACTTTCCGGCTAGTGGGACAGTCGCATGTATATTCTACCAGGTGTTTATTTATTTCAACTATTTGATAGTACTGTGATATTATG
CTATACTTGTAAGTATCAGACACATTTAATATATATTTATCTTTTCC
Intron 10 GTAGTTATTC ... CATGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.68 | 35 | 21 | 27 |
| A2 | 48.89 | 23 | 14 | 30 |
| A3 | 50.94 | 26 | 19 | 35 |
| A4 | 32.33 | 45 | 17 | 26 |
| A5 | 35.29 | 22 | 7 | 17 |
| A6 | 32 | 17 | 7 | 9 |
| A7 | 33.33 | 22 | 8 | 14 |
| A8 | 25 | 3 | 1 | 1 |
| A9 | 33.33 | 15 | 8 | 7 |
| A10 | 24.14 | 22 | 2 | 12 |
>TRINITY_DN117109_c1_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
TGCTAAGACTAAAAGGCATGCAAGCAGCTCCCGTAGCCACTAAATCGAGCTCAATTGCCATGCGTTTTAAGCGGGCAGAGCTTCGGCCGTGACCTTAGGGAATCGGTCGGGGAGTTGAGCAGTTCGAGCTCGTCTGGGGTTGCTGTGCTCGAGGACAGAAGCCCGATTTCTGGCTCAAAGATCTCTGATTTTGGCGGGAT
TTCGGTCAATCCGGGTTACAGGTTTGTTATTTGGAAGCTGGGGTTTAAATTCAGGAGCGGATGCAGCATTAGGGTTTCGAAGCAAAACAGGGTGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTTGCTGGAGAAGGTGGTAGAGAAATGGGCTGTTTTCCATGCTTTGGATCTGGAAAGAAGA
AGACTTCGAATCCGGTGAATAAGAGCGAAAGCGCGAAGGAGGCGCAGTCAAATTCCTCAAATGGTTCCCACCTTGCGGAAAAGCACAAGTCAAAAAATTCTGATAGTAAGAAGGAACCTCATAAAGAGGGAGCCCCACATATAGCTGCTCAAACTTTTACTTTTCGTGAGCTTGCTGCAGCTACCAAGAACTTCAGACCT
GAATGCCTTTTAGGTGAAGGTGGCTTTGGCCGTGTTTACAAGGGGCGTTTAGAGAGTACAGGCCAGGTGGTTGCAGTTAAGCAGCTAGATAGAAATGGACTCCAAGGAAACAGGGAGTTTCTTGTGGAAGTGCTCATGCTTAGCCTTCTACACCATCCTAATTTAGTAAACTTGATTGGTTATTGTGCTGATGGTGATCA
ACGGCTTCTTGTCTATGAGTATATGCCTATGGGATCTTTGGAAGATCATCTTCATGGTTAGTACTCCATAACCTGGACATGCAATAAGCAAATTCAAAATATCTATGTTTAAGTGCATGCTTATGGAGCTGTTTAAGCATTAGCATTTTGTACATGAGATAGTTATAAACAGTAGAAGTCCATGTAGTGGGGCCAAATCT
CATATCTTGGAGCACATCCATTTTAAAAATTGCATTTCAATATTTGGGTTGGAACTCATGTTTCACAACTCTAAACTCCCTGGCTTTTGTTTGCTGTTGTAGTGCTTATCATAGTGAGTGGTCTTCTCCAACAGTCCATTTACTGTCCTCTTTATTTTATGGTTCTCCCTGTTGTCCTTTGTTGTGTTGTGAAATCTGGT
GAAGATCTTGTACTTTCTCAAGTACCGCTTTACTTAAATCCTCCCTTTGCACCCCTTTGGTATCCTTTCCCTACCTGAGATTGGCCATTAGCCTACCCGTTTTTCCAAGTGTAAAGGGTTGTTAGTGGCCATTTCTTGCATTAAATTGAGTGGATACAAGCATTCACAATTCTATTGTACATCTGTTCTTTCAAAGAGAA
GGCAGAGTTGAGAGTTTAGTTGTCATATGCTATGCGTCTAGGGTATTTTCTTCTCTTGATGTCTTTGTAGTTTGCCTCTTTGGTTTGTTGGGTCCTTGTTACATTACAACCTAGCAACAACAAAACAATTTTAAATAATAGGTGCTTCACTGAGCGACTATTGGAGTAGTTGCTTCAATAGAGGACAACAATATCATTGT
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>TRINITY_DN117109_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCTTTTACTTGGGCTCAGATGTTTTTCGTGGCTCGGCTCCTTGACTGTACAGGAGGGTTTACTGTTACCACTACAAATGCAGGAGCCGCTCTCACCAGGATTCGATCTGGTGACCAGTTAAGGCCCTGGATCCGTCAGCCGATCTGTTCGCAGCTCAAAATGAGCTCAAGATGCGCGTATTTCGGCCAATGGGACCGTC
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