sp|Q9LET3|RBL20_ARATH ----> Rhomboid-like protein 20

Intron 1 GTATGATTTT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.88	75	24	18
A2	16.5	43	7	10
A3	27.54	50	21	17
A4	20.59	54	15	13
A5	23.33	23	8	6
A6	17.77	229	40	59
A7	16.89	219	38	51
A8	17.41	230	47	50
A9	18.55	281	60	68
A10	15.3	119	17	26

>TRINITY_DN44060_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GTTTTTGAGAGACAAATTGGATCAAACAAATATTCAGTTTATATCCTATTTACAACAATTTTCTCAACACTCTTTGAGTTAATAATTTTGGTAGTATTCAAAGATTCTATATTAGGTGGACTAGCTCCTGGACCTTATGGCATAATAGTTTCTCTCTTTGTTCCCTTCTTTCTTGATATACCAGTTTCATCGCGGTTCCA
AATTTTCAGTGTCCGGTTCTCTGATAAGTCATTTGTCTACCTTGCTGGACTTCAACTTCTCCTTTCGTCATGGAAGAGATCCTTTATACCAGGGTTTTGTGGAGTACTTGCTGGCTTATTATATCGAATGAACATTTTTAGAATTCAAAGAATCAAGCTTCCTAAATTGGTTGCATCTACTGCTTCTTGGCTTTTTTCTC
CATTAGTCTCTGGTGGGTCATCTACCAATTCCTCGAGAAGAACTGTCACAAGGGAAACAATAGATGCTCCGCTGGGTCAACAATTTCAGGGTAATTGGGTTGCACCTACGTTGGCTGCATCAGAGGAGGCCATTTCAGCTCTGGTTTCTATGGGTTTTGATAGGAGTTCAGCTATACAAGCACTCGTCCAAGCAAGGAAC
GACATCAATGCTGCAGCAGATCTACTGCTCAATAGTCAGGCACATTGAATATTAAGAAAACTTATTTATTTGCTTTTGTAGGGATTTTTTTGAATGACTTTTAGATGAAAATATTCATGCATATTAGGCCGTGGAAAGATCTTGTAATTTTGTAGTTCTTTTTTTCAATTTGTTCTAGATGCGAAAAGGATGTAGGCCCC
CCTTGTTTGGATGAGTTCCTGCTGTGTCTTTGAATTTTCTAATCTGTACAGACTGCAGAAAGTGTGACCCAGGGATGTAAACTGCCTTTATAATTGACGCCCCAGTGCGGGGGTATTCATTAGATGTCCTGTTGGACATGCATATATAAAAGTACCATGGATTCCAAACATGTAATTACCCTCTCTACAACCGTGTGCGC
CTAACATTTCAAGCTACACAACTTTAATGGACCGAATATAGGTCGGATCTCGGTGAATTGAAATAATGGTAACTATGCAGAAATAAGTGAGAGAGGGATACAACCCTGACTATTTACTTACAAAAGCTGGTTTTAGTCACAGGTTTGCGTAATAGTCTTGCATGCACATCTATGTTTGGTTATGGTTGGATTGATTGTTA
CCACAGTATTGGATAATTTTTTTTTAATACTTTGTATTTTAGTAATGGTCTGTTTTAATTACATGTTGCCTCAG

>TRINITY_DN44060_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTTTTTGAGAGACAAATTGGATCAAACAAATATTCAGTTTATATCCTATTTACAACAATTTTCTCAACACTCTTTGAGTTAATAATTTTGGTAGTATTCAAAGATTCTATATTAGGTGGACTAGCTCCTGGACCTTATGGCATAATAGTTTCTCTCTTTGTTCCCTTCTTTCTTGATATACCAGTTTCATCGCGGTTCCA
AATTTTCAGTGTCCGGTTCTCTGATAAGTCATTTGTCTACCTTGCTGGACTTCAAgtatgattttcctgttatttctaattaaatgcgactcttccatgtcataaatgagtcagatgatttagtcgtatttccatatgggataatcattatctgaggcttttttttgcagCTTCTCCTTTCGTCATGGAAGAGATCCTTT
ATACCAGGGTTTTGTGGAGTACTTGCTGGCTTATTATATCGAATGAACATTTTTAGAATTCAAAGAATCAAGCTTCCTAAATTGGTTGCATCTACTGCTTCTTGGCTTTTTTCTCCATTAGTCTCTGGTGGGTCATCTACCAATTCCTCGAGAAGAACTGTCACAAGGGAAACAATAGATGCTCCGCTGGGTCAACAATT
TCAGGGTAATTGGGTTGCACCTACGTTGGCTGCATCAGAGGAGGCCATTTCAGCTCTGGTTTCTATGGGTTTTGATAGGAGTTCAGCTATACAAGCACTCGTCCAAGCAAGGAACGACATCAATGCTGCAGCAGATCTACTGCTCAATAGTCAGGCACATTGAATATTAAGAAAACTTATTTATTTGCTTTTGTAGGGAT
TTTTTTGAATGACTTTTAGATGAAAATATTCATGCATATTAGGCCGTGGAAAGATCTTGTAATTTTGTAGTTCTTTTTTTCAATTTGTTCTAGATGCGAAAAGGATGTAGGCCCCCCTTGTTTGGATGAGTTCCTGCTGTGTCTTTGAATTTTCTAATCTGTACAGACTGCAGAAAGTGTGACCCAGGGATGTAAACTGC
CTTTATAATTGACGCCCCAGTGCGGGGGTATTCATTAGATGTCCTGTTGGACATGCATATATAAAAGTACCATGGATTCCAAACATGTAATTACCCTCTCTACAACCGTGTGCGCCTAACATTTCAAGCTACACAACTTTAATGGACCGAATATAGGTCGGATCTCGGTGAATTGAAATAATGGTAACTATGCAGAAATA
AGTGAGAGAGGGATACAACCCTGACTATTTACTTACAAAAGCTGGTTTTAGTCACAGGTTTGCGTAATAGTCTTGCATGCACATCTATGTTTGGTTATGGTTGGATTGATTGTTACCACAGTATTGGATAATTTTTTTTTAATACTTTGTATTTTAGTAATGGTCTGTTTTAATTACATGTTGCCTCAG

Intron 2 GTCAGTTTTC ... AATATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.09	67	5	19
A2	25	66	1	22
A3	19.48	62	3	15
A4	17.46	52	3	11
A5	22.92	37	0	11
A6	23.62	443	0	137
A7	23.67	345	1	107
A8	24.81	403	1	133
A9	24.22	388	0	124
A10	22.19	249	0	71

>TRINITY_DN43386_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCTACCTGTTGTACTATTTTAGAGTTTTTGAGAGACAAATTGGATCAAACAAATATTCAGTTTATATCCTATTTACAACAATTTTCTCAACACTCTTGGAGTTAATAATTTTGGTAGTATTCAAAGATTCTATATTAGGTGGACTAGCTCCTGGACCTTATGGCATAATAGTTTCTCTCTTTGTTCCCTTCTTTCTTGA
TATACCAGTTTCATCGCGGTTCCAAATTTTCAGTGTCCGGTTCTCTGATAAGTCATTTGTCTACCTTGCTGGACTTCAACTTCTCCTTTCGTCATGGAAGAGATCCTTTATACCAGGGTTTTGTGGAGTACTTGCTGGCTTATTATATCGAATGAACATTTTTAGAATTCAAAGAATCAAGCTTCCTAAATTGGTTGCAT
CTACTGCTTCTTGGCTTTTTTCTCCATTAGTCTCTGGTGGGTCATCTACCAATTCCTCGAGAAGAACTGTCACAAGGGAAACAATAGATGCTCCGCTGGGTCAACAATTTCAGGGTAATTGGGTTGCACCTACGTTGGCTGCATCAGAGGAGGCCATTTCAGCTCTGGTTTCTATGGGTTTTGATAGGAGTTCAGCTATA
CAAGCACTCGTCCAAGCAAGGAACGACATCAATGCTGCAGCAGATCTACTGCTCAATAGTCAGGCACATTGAATATTAAGAAAACTTATTTATTTGCTTTTGTAGGGATTTTTTTGAATGACTTTTAGATGAAAATATTCATGCATATTAGGCCGTGGAAAGATCTTGTAATTTTGTAGTTCTTTTTTTCAATTTGTTCT
AGATGCGAAAAGGATGTAGGCCCCCCTTGTTTGGATGAGTTCCTGCTGTGTCTTTGAATTTTCTAATCTGTACAGACTGCAGAAAGTGTGACCCAGGGATGTAAACTGCCTTTATAATTGACGCCCCAGTGCGGGGGTATTCATTAGATGTCCTGTTGGACATGCATATATAAAAGTACCATGGATTCCAAACATGTAAT
TACCCTCTCTACAACCGTGTGCGCCTAACATTTCAAGCTACACAACTTTAATGGACCGAATATAGGTCGGATCTCGGTGAATTGAAATAATGGTAACTATGCAGAAATAAGTGAGAGAGGGATACAACCCTGACTATTTACTTACAAAAGCTGGTTTTAGTCACAGGTTTGCGTAATAGTCTTGCATGCACATCTATGTT
TGGTTATGGTTGGATTGATTGTTACCACAGTATTGGATAATTTTTTTTTAATACTTTGTATTTTAGTAATGGTCG

>TRINITY_DN43386_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCCGCTGGGTCAACAATTTCAGgtcagttttctgcaaatcatttaagtcatggtggagaaatgaatgcctaattgtttgacttgtacaaattaaagacatttactttttttttgacatcggtttgagttccccacatcctgagggcacaggattagtctactggcataccccagaataacaaagtgttatgctcactacc
agcctccctgggctttgaaccatggtcctgggctggctgttactcaggtcagaaccaattggtcatcattagggagagaaaagaacatctacttatgcagtatgcacttagagttgagggaagattggtcaagtttaagaatgattatgttctaaaaaagaaagaacagagctaaatgtagagttcatttgtaattgcat
gtgccatgagcaactgaaggtttagatactatcagtgttttgatagctttttgtagttctagttgaggtcatgaacggaaacatgtttaagggccagtcttgcatattctctgaccaatcctctgtttagacttttctgtatagatttatatacaaatcacttgttttctagtgtgctttaatattctaatactaatttt
ggctattggcaattgcccgacaagaagcttagaatcatgacagtttcttttataggtaaagtatattagtgggaacttgcctttctataaaatcagtgtgggcttttagtttcagaaattatttccatcaagaagaaacgtattaggaaagtgatttatggtttggaaagtgaggttcgcaaggctctgagtgtatttgc
atggtacgataacactgttatggatacagtttgttcttccttcttttacacttagtgtaaaagcgtgacgatttcaacttattccggaaggatttttctgcgagatttcgacggaatccggcagagaatttttaaaattcctacaaacagtgtttaaattcccagaatatgggtgccctggggtttttgaggacgctgaa
tccatctatgaattcagaatcatgatttgaactaacacaaaatctgaatttctgaaaaagaaaatcaccagggatccgaccagaaacttgctggaaagtcgaaatggtcgtgggtttagacttcttccttcttttactctcttttagatctgtaattcctaataaattcattgtataagaagagagctgatcctatcatt
tgaaaaacaaatgaaagaatcaagctggaaattctctattcagagtaggaagagactaactatacgtttcttggaaatatgacagGGTAATTGGGTTGCACCTACGTTGGCTGCATCAGAGGAGGCCATTTCAGCTCTGGTTTCTATGGGTTTTGATAGGAGTTCAGCTATACAAGCACTCGTCCAAGCAAGGAACGACA
TCAATGCTGCAGCAGATCTACTGCTCAATAGTCAGGCACATTGAATATTAAGAAAACTTATTTATTTGCTTTTGTAGGGATTTTTTTGAATGACTTTTAGATGAAAATATTCATGCATATTAGGCCGTGGAAAGATCTTGTAATTTTGTAGTTCTTTTTTTCAATTTGTTCTAGATGCGAAAAGGATGTAGGCCCCCCTT
GTTTGGATGAGTTCCTGCTGTGTCTTTGAATTTTCTAATCTGTACAGACTGCAGAAAGTGTGACCCAGGGATGTAAACTGCCTTTATAATTGACGCCCCAGTGCGGGGGTATTCATTAGATGTCCTGTTGGACATGCATATATAAAAGTACCATGGATTCCAAACATGTAATTACCCTCTCTACAACCGTGTGCGCCTAA
CATTTCAAGCTACACAACTTTAATGGACCGAATATAGGTCGGATCTCGGTGAATTGAAATAATGGTAACTATGCAGAAATAAGTGAGAGAGGGATACAACCCTGACTATTTACTTACAAAAGCTGGTTTTAGTCACAGGTTTGCGTAATAGTCTTGCATGCACATCTATGTTTGGTTATGGTTGGATTGATTGTTACCAC
AGTATTGGATAATTTTTTTTTAATACTTTGTATTTTAGTAATGGTCG

Intron 3 GTAAGTATTT ... TTAATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	23	0	0
A2	13.33	13	2	2
A3	4.35	22	0	1
A4	30	21	1	9
A5	33.33	8	0	4
A6	10.53	68	0	8
A7	2.94	66	0	2
A8	9.52	38	0	4
A9	11.54	69	0	9
A10	10.71	50	0	6

>TRINITY_DN109611_c0_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

GTCACCTTTTCATTATATAAAGGTCGTTTGAAAGATTTTCAACTCCACGTCACAGAGCAAGAGCAACGAAGGTTTCAATTTTTATCCCTGTTGACGAAGGAAAACGAGTAACCGGTCTCCATTTTCGAAGAATTGACGCCGGCCCTCGTTTCTTCATTCACCTCTGCATTGCAGATCTGAATCTTTTTCCACCATTTCAT
CCATTAGCCTCCTTTAATTCCCGACAAAATTCGATTAAAATGAACGCCGGACCGTCTGGATTTCTCGAGTTTGTGAAATTTAGCCAAACAGAACACTCCGTGCAAACTGGGCATTAATTCCATGGTCTCAGATAGGAGAATGCTCCTGTATCTAAGGGATTGGTATTTATTTGTGGCGTGGCCTCAATTATTGCTGCCAC
TCAAGGCCGAGCATCCTTCTCCAGCCTCTCTTATCAGGCAATTGTGAAGAAGCTTCACCTTTGGAGGTTGGTCACATCCGTGTTTGTATTTTCATCCACCTCAGAGTTGATGTTTGGACTCTACCTGTTGTACTATTTTAGAGTTTTTGAGAGACAAATTGGATCAAACAAATATTCAGTAAGTAGTTCAATCACTCTTC
AAATAAAAAATCTGAATCATAGCTAGTTTGAGTTATGGGGAAAGTGGTCA

>TRINITY_DN109611_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAACGCCGGACCGTCTGGATTTCgtaagtatttaaattttaaattttttatctagggatttagggctcgattcttacagaccgttaaattctgttaattgtagTCGAGTTTGTGAAATTTAGCCAAACAGAACACTCCGTGCAAACTGGGCATTAATTCCATGGTCTCAGATAGGAGAATGCTCCTGTATCTAAGGGATT
GGTATTTATTTGTGGCGTGGCCTCAATTATTGCTGCCACTCAAGGCCGAGCATCCTTCTCCAGCCTCTCTTATCAGGCAATTGTGAAGAAGCTTCACCTTTGGAGGTTGGTCACATCCGTGTTTGTATTTTCATCCACCTCAGAGTTGATGTTTGGACTCTACCTGTTGTACTATTTTAGAGTTTTTGAGAGACAAATTG
GATCAAACAAATATTCAGTTTATATCCTATTTACAACAATTTTCTCAACACTCTTTGAGTTAATAATTTTGGTAGTATTCAAAGGGACCACATGGAGTTGGTTGAACTTGAGAATATCTAGGAAGGGGCCCTCCACTTGGGTCTCGGAAGTGCTTCAAATGTGGGAATGATGGCCATTGGGATTAATACGGTAAAGATGG
GGATTGGAAAATCCAAAATCAACCAGCAGGGACCATGTGGAGTTGGTCGAACTTGAGAATATCTAGGAAGGGGCCCTCCACTTGGGTCTCGGAAGTGCTTCAAATGTGGGAATGATGGCCATTGGGATTAATTCCACTTGGGTCTGAGCGATGCTTCAATTGTGGGAAATATGGCCATTGGGCTCAAGACTGTAAATCCG
AGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGTTGTGGTGAGTGGGTTCATATGGAAATAAATTTTCAAAATAGTCCAAAATCAACTAGCAGGTATGTCTTAGTACTTGTGTTTGGGCCGTGTCTGTGATCTCCATCTTCCTATGAACAAACAAAAATGTTTTTATTTTATTTAAATCCACAGGTTAAGTTTGATTCATAATGCACT
GATGATTCATTTGGAAAACACTATTGTAATAAAGGTTGATAATATATATTGGTGTATTAATGTGCATGACGTGAAAATAATATATATTGGTGTATTAATGTGCATGACGTGAAAATAATATATATTGGTGTATTAAT

Intron 4 GTATGATTTT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.63	73.8	14.3	18
A2	18.91	42.9	4.2	10
A3	24.36	49.7	15.8	16
A4	19.63	53.3	11	13
A5	20.73	22.9	4.8	6
A6	20.56	228	24.8	59
A7	18.67	217.9	24.4	50
A8	18.21	229.1	28.2	51
A9	19.16	278.5	35.9	66
A10	16.87	118.3	10.2	24

>TRINITY_DN124928_c8_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CTGTTGTACTATTTTAGAGTTTTTGAGAGACAAATTGGATCAAACAAATATTCAGTTTATATCCTATTTACAACAATTTTCTCAACACTCTTGGAGTTAATAATTTTGGTAGTATTCAAAGATTCTATATTAGGTGGACTAGCTCCTGGACCTTATGGCATAATAGTTTCTCTCTTTGTTCCCTTCTTTCTTGATATACC
AGTTTCATCGCGGTTCCAAATTTTCAGTGTCCGGTTCTCTGATAAGTCATTTGTCTACCTTGCTGGACTTCAACTTCTCCTTTCGTCATGGAAGAGATCCTTTATACCAGGGTTTTGTGGAGTACTTGCTGGCTTATTATATCGAATGAACATTTTTAGAATTCAAAGAATCAAGCTTCCTAAATTGGTTGCATCTACTG
CTTCTTGGCTTTTTTCTCCATTAGTCTCTGGTGGGTCATCTACCAATTCCTCGAGAAGAACTGTCACAAGGGAAACAATAGATGCTCCGCTGGGTCAACAATTTCAGGGTAATTGGGTTGCACCTACGTTGGCTGCATCAGAGGAGGCCATTTCAGCTCTGGTTTCTATGGGTTTTGATAGGAGTTCAGCTATACAAGCA
CTCGTCCAAGCAAGGAACGACATCAATGCTGCAGCAGATCTACTGCTCAATAGTCAGGCACATTGAATATTAAGAAAACTTATTTATTTGCTTTTGTAGGGATTTTTTTGAATGACTTTTAGATGAAAATATTCATGCATATTAGGCCGTGGAAAGATCTTGTAATTTTGTAGTTCTTTTTTTCAATTTGTTCTAGATGC
GAAAAGGATGTAGGCCCCCCTTGTTTGGATGAGTTCCTGCTGTGTCTTTGAATTTTCTAATCTGTACAGACTGCAGAAAGTGTGACCCAGGGATGTAAACTGCCTTTATAATTGACGCCCCAGTGCGGGGGTATTCATTAGATGTCCTGTTGGACATGCATATATAAAAGTACCATGGATTCCAAACATGTAATTACCCT
CTCTACAACCGTGTGCGCCTAACATTTCAAGCTACACAACTTTAATGGACCGAATATAGGTCGGATCTCGGTGAATTGAAATAATGGTAACTATGCAGAAATAAGTGAGAGAGGGATACAACCCTGACTATTTACTTACAAAAGCTGGTTTTAGTCACAGGTTTGCGTAATAGTCTTGCATGCACATCTATGTTTGGTTA
TGGTTGGATTGATTGTTACCACAGTATTGGATAATTTTTTTTTAATACTTTGTATTTTAGTAATGGTCTGTTTTAATTACATGTTGCCCC

>TRINITY_DN124928_c8_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGTCTACCTTGCTGGACTTCAAgtatgattttcctgttatttctaattaaatgcgactcttccatgtcataaatgagtcagatgatttagtcgtatttccatatgggataatcattatctgaggctttttttgcagCTTCTCCTTTCGTCATGGAAGAGATCCTTTATACCAGGGTTTTGTGGAGTACTTGCTGGCTTA
TTATATCGAATGAACATTTTTAGAATTCAAAGAATCAAGCTTCCTAAATTGGTTGCATCTACTGCTTCTTGGCTTTTTTCTCCATTAGTCTCTGGTGGGTCATCTACCAATTCCTCGAGAAGAACTGTCACAAGGGAAACAATAGATGCTCCGCTGGGTCAACAATTTCAGGTCAGTTTTCTGCAAATCATTTAAGTCAT
GGTGGAGAAATGAATGCCTAATTGTTTGACTTGTACAATTTAAAGACATTTACTTTTTTTTTGACATCGGTTTGAGTTCCCCACATCCTGAGGGCACAGGATTAGTCTACTGGCATACCCCAGAATAACAAAGTGTTATGCTCA