NA ----> NA
Intron 1 GTATGATATC ... TATTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.61 | 31 | 5 | 15 |
| A2 | 34.78 | 30 | 3 | 16 |
| A3 | 34.88 | 28 | 3 | 15 |
| A4 | 33.33 | 28 | 5 | 14 |
| A5 | 16 | 21 | 5 | 4 |
| A6 | 30 | 28 | 0 | 12 |
| A7 | 28.17 | 51 | 4 | 20 |
| A8 | 27.03 | 27 | 0 | 10 |
| A9 | 18.97 | 47 | 0 | 11 |
| A10 | 20 | 44 | 4 | 11 |
>TRINITY_DN117690_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformTGAAATTAAGTGATGTGCTATAATATTACATGTAGAGTATTTTGTAGACTGAGATGCATTTTGATCAGTCATTATGTTTAAAACCTTTTTTGTACTTGTTGTTTATAACTAGGGAATTTTCTTTTATGTTTTGGTTTATGTTGCTTTTGGCATGATATGAATCCTTTACTTACATGTGGCATTTTTATGCAGTTAATAAG
GCATCTTAGTGAGCAGCGGCTTTCAGCACCTCAATGGAGGAATCAGCGCCCTTTTGTTATGGCTCAGCAGGTCATGGAAGCACCACATGGAGATCTCCAGTCATGCTTGGAAATGGCAAAGCCAGGTTGCAGATGTAATAGCATTTGTAGCTTCAGCTGAAGGTTCCAGTGAAGGTGCTATGCACAATCATTATATTGAC
ACTATTGGAGGTCAATGCTTGTCTATGCTTCGAGCATTGGGTTTGCCGAGTACTGTTGGCTTGATTATTGATTTGCCCGTCGACCAGAAAAAGAAACAAGATGCTAAAAAGGCTTGCATTTCAAGCCTTTCAACCGAATTTCCAGAAGGCTGCAAGATCTTACCTGCGGAAGCAAAGGACGACTGCCAGAAATTAATAAG
GCATCTTAGTGAGCAGCGGCTTTCAGCACCTCAATGGAGGAATCAGCGCCCTTTTGTTATGGCTCAGCAGATTGATATTTCAGCATATGAGCAAGATGCAGGGATGAGTACTCTTCTAATAGCAGGCTATGTCCGGGCACGCAATATTTCTATTAATCAGCTGGTTCATGTTCCTGGAGCAGGTGATTTTCAGTTTGATA
AAATTGACATTCTTGAAGATCCCCATCCCCTTAATGAGCGACAAAAGCTTAAAAAGGATCACATGCAGCTGGATGAATACACACAAAATGACAAGGTTCTTCGATCCTTATTGCCCAACCCTTCAGAGCAGGACCTCGTAATTGTTGAGAATGTTCCAGATCCCCTTGGTGGGGAGCAGACTTGGCCAACAGAAGAAGAA
CTGGCAGAAGCTGATAAGTCTACAAAGCAAAAGAAGTTGAAGAGGAGGACTCTACCACGAGGCATGTCTGATTATCAGGCTGCATGGATTGTTGATGAAACAGATGATGATAATGATACAGATTGTGAAAATGAGTCTGTGGATGGTATGGTGTTGGATAAAGATGAACACGGAGATGATGCTGAAGGAAATGACAACGT
CGATGAAGCTTCTCTTGCAGGAGATGAAGTTTCTATATCATTTACTCTCAAAGATTATGATGAACAGACACAAACTGATATGATGGATGATGATGAGAATATTACCCAGGAACAGTTGCATGATGAACTTCAGAGGCTGAAGGCAGCGCATGCACAAGATGAAGAATATCCGGATGAAGTGGACACACCAACGGATGTTC
CAGCTCGTCAGCGGTTTGCAAAGTATAGAGGTCTTAAATCCTTTCGAACCTCTAGTTGGGATCCAAAGGAGTCCTTGCCCCAAGAATATGCCCGGATTTTTGCATTTGACAATTTTGCTCGAACATATAAACATGCTTTGGCAAGAGCAAAAGAAGTTGACAGTGAAAGTTCTGATAGCTGTGTATCTGTTGGAGCGTAT
GTTCGGCTTCACATTAAGGGAGTTCCTCTTGATGTTGCTACAAAATTATTGAATAAGTATAAAAAGCATCCGGTTGTAGCATGTGGGCTCTTGCAACATGAGACAAAGATGTCTGTATTGCATTTCAGTGTAAGGAAGCATGACTCTTACACAGAACCTATCAAGTCAAAAGAATCTCTAGTATTTCATGTCGGATTCCG
CCAGTTTACTTCAAGGCCAGTATTTTCATCTGATGATATCAACCTGGATAAACATAAATTGGAGAGGTTCTTGCATCCAGGCCGTTTCTCTGTGGCTTCTGTTTTTGCTCCAATATGTTTTGCACTATTGCCTCTTGTTGCTTTCAAGGAAGACTCTGCTGGGGATAAGATTGCAGCATTTGGTTCATTACGGAGTGTAG
ATCCTGATAGAATAATTTTAAAGAAGGTTATTTTAACTGGTTATCCCCAGCGAGTTTCAAAAGTTAAAGCGATAGTGCGGTTTATGTTTCACAATCCTGAAGATGTCAGATGGTTCAAGCCTGTGGATTTGTGGACAAAGTATGGTCGCCGTGGTCGTATTAAGGAACCTGTTGGTACACATGGGGCCATGAAGGCTATT
TTCGATGGGGTTCTTCAACAGCGGGATACTGTTTGCATGAACTTGTATAAACGTGTTTATCCAAAATGGCCAGAGCAACATTGTTAGCCATGCTATATCTATAGATTTTGGCTTTTGTTATGTCGTTTAATTTGAGAGGAACGTATATTCCCTTCATAATTTGATCTCAATTTGCATTAAATGTTGAGTGTTGTATTTTA
GGACACAAATGTAATTGGGTGTTGAAAGCAGGGTTTAGTCTTCAACATGCCAATTTAGTTTTGACATGCCAGTATTGGTGAAATTTTGTCATTGTAAACATAATAAATTAGCCACCCTTGCTTCCAAATATGCCATTGGGAAGCCATTTGTACATCTTTCAGTTGTCTATTTCTCATTGATTTAATCATTATGTTTCCAA
GTCCAACGACGATTAGTGATATTTCTAGAGTCTTCTCTGATTTTCAGAGAAATATACCGTTAAGTTTCAGTGTAATAGATATTCCCAAAACAAACACCCAAAAACATCCATCAGGAATTGGACATATATTATATCACCATCAACCCAAATATGCATCATTTGTTCCATTTTGAATGAAATCTTAAATAACATTTTTTTTT
GCAATTTCTGAGACCTTGCATTTTTATCATGGTC
>TRINITY_DN117690_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAATTTATAAAATTTAAAATTGTAAACATCATTTCTAATATTTCATACTTCAAAGCATAATAATGAATGTTATTTGACAGTAGCGCAAGAATTGCATACCAATGAACCTATAGGATGAATAAAATAACTATTATTTTGGATAAAGTAAGTGAGAAGGTAAAGTTGTTTCTTTGGATGGAATATTTTATCATAAATTGTTG
GTTGGTTAATTTTTATCAAGGCTCATGATGATCATATTACTTGATGTCTACTATTAAACGGTATCTAAATTCCACTTTCAGATTGATATTTCAGCATATGAGCAAGATGCAGGGATGAGTACTCTTCTAATAGCAGGCTATGTCCGGGCACGCAATATTTCTATTAATCAGCTGgtatgatatcttacaaatgtgtccat
cttgacatctatttgtttttatgtctgtgagactaaggacattttctccactattttatagGTTCATGTTCCTGGAGCAGGTGATTTTCAGTTTGATAAAATTGACATTCTTGAAGATCCCCATCCCCTTAATGAGCGACAAAAGCTTAAAAAGGATCACATGCAGCTGGATGAATACACACAAAATGACAAGGTTCTTC
GATCCTTATTGCCCAACCCTTCAGAGCAGGACCTCGTAATTGTTGAGAATGTTCCAGATCCCCTTGGTGGGGAGCAGACTTGGCCAACAGAAGAAGAACTGGCAGAAGCTGATAAGTCTACAAAGCAAAAGAAGTTGAAGAGGAGGACTCTACCACGAGGCATGTCTGATTATCAGGCTGCATGGATTGTTGATGAAACA
GATGATGATAATGATACAGATTGTGAAAATGAGTCTGTGGATGGTATGGTGTTGGATAAAGATGAACACGGAGATGATGCTGAAGGAAATGACAACGTCGATGAAGCTTCTCTTGCAGGAGATGAAGTTTCTATATCATTTACTCTCAAAGATTATGATGAACAGACACAAACTGATATGATGGATGATGATGAGAATAT
TACCCAGGAACAGTTGCATGATGAACTTCAGAGGCTGAAGGCAGCGCATGCACAAGATGAAGAATATCCGGATGAAGTGGACACACCAACGGATGTTCCAGCTCGTCAGCGGTTTGCAAAGTATAGAGGTCTTAAATCCTTTCGAACCTCTAGTTGGGATCCAAAGGAGTCCTTGCCCCAAGAATATGCCCGGATTTTTG
CATTTGACAATTTTGCTCGAACATATAAACATGCTTTGGCAAGAGCAAAAGAAGTTGACAGTGAAAGTTCTGATAGCTGTGTATCTGTTGGAGCGTATGTTCGGCTTCACATTAAGGGAGTTCCTCTTGATGTTGCTACAAAATTATTGAATAAGTATAAAAAGCATCCGGTTGTAGCATGTGGGCTCTTGCAACATGAG
ACAAAGATGTCTGTATTGCATTTCAGTGTAAGGAAGCATGACTCTTACACAGAACCTATCAAGTCAAAAGAATCTCTAGTATTTCATGTCGGATTCCGCCAGTTTACTTCAAGGCCAGTATTTTCATCTGATGATATCAACCTGGATAAACATAAATTGGAGAGGTTCTTGCATCCAGGCCGTTTCTCTGTGGCTTCTGT
TTTTGCTCCAATATGTTTTGCACTATTGCCTCTTGTTGCTTTCAAGGAAGACTCTGCTGGGGATAAGATTGCAGCATTTGGTTCATTACGGAGTGTAGATCCTGATAGAATAATTTTAAAGAAGGTTATTTTAACTGGTTATCCCCAGCGAGTTTCAAAAGTTAAAGCGATAGTGCGGTTTATGTTTCACAATCCTGAAG
ATGTCAGATGGTTCAAGCCTGTGGATTTGTGGACAAAGTATGGTCGCCGTGGTCGTATTAAGGAACCTGTTGGTACACATGGGGCCATGAAGGCTATTTTCGATGGGGTTCTTCAACAGCGGGATACTGTTTGCATGAACTTGTATAAACGTGTTTATCCAAAATGGCCAGAGCAACATTGTTAGCCATGCTATATCTAT
AGATTTTGGCTTTTGTTATGTCGTTTAATTTGAGAGGAACGTATATTCCCTTCATAATTTGATCTCAATTTGCATTAAATGTTGAGTGTTGTATTTTAGGACACAAATGTAATTGGGTGTTGAAAGCAGGGTTTAGTCTTCAACATGCCAATTTAGTTTTGACATGCCAGTATTGGTGAAATTTTGTCATTGTAAACATA
ATAAATTAGCCACCCTTGCTTCCAAATATGCCATTGGGAAGCCATTTGTACATCTTTCAGTTGTCTATTTCTCATTGATTTAATCATTATGTTTCCAAGTCCAACGACGATTAGTGATATTTCTAGAGTCTTCTCTGATTTTCAGAGAAATATACCGTTAAGTTTCAGTGTAATAGATATTCCCAAAACAAACACCCAAA
AACATCCATCAGGAATTGGACATATATTATATCACCATCAACCCAAATATGCATCATTTGTTCCATTTTGAATGAAATCTTAAATAACATTTTTTTTTGCAATTTCTGAGACCTTGCATTTTTATCATGGTC
Intron 2 GTAAGGCTGT ... AATTTGGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.78 | 26 | 4 | 16 |
| A2 | 46.39 | 26 | 23 | 22 |
| A3 | 30 | 35 | 17 | 13 |
| A4 | 26.53 | 18 | 8 | 5 |
| A5 | 35.59 | 19 | 9 | 12 |
| A6 | 30.91 | 19 | 10 | 7 |
| A7 | 22.45 | 19 | 7 | 4 |
| A8 | 9.09 | 10 | 0 | 2 |
| A9 | 15.56 | 19 | 4 | 3 |
| A10 | 29.17 | 17 | 8 | 6 |
>TRINITY_DN104984_c1_g3_i2 from sample A5 / Example spliced isoformTTTAAGAGTTGAATCAAACAGTACATTGATAGTTTAGAGTTCGAAACCCTTGTAAACTCTCTAACAAAACGCTGGGTTTTTGTTTATAAAACCCTGACGACGTTTATGTATCGAGTCAATGATTTTTCAAACAAATCTAAGTTCATCTTCTTCCTCTTGTAAACTGAATGACTGAGAGGATATCTCGACAGGAAGAAATG
GTAGCCCTTTTCAAAACCCTAAACCCGGATACAATAATTTATTGTCAGGCGTTCTTTTAATTCATTGACGGAAATCTGAGGTTTTTCCCCGCGAACTCTCAGCCCCCGGAGGACTACAGGGTCATCATTTATCGTATTCAATGGCGGGTTCGCGACTTCAGAAGAATAAGCCACACAAAACTCGCTTTTCTTCCAAATCT
TCCCGACATGCCCACAAGCTGTCTACAATAGATTCAAAAGGAATATCCAAGGGTGCACAGCATCATGTATCTAAAGGAGCAAGAGCTGCCAGATTACAGCGTAATAAAATGGTCCGGGATCAAAAACGAGCCGCACTTTTGGCAGAAAGGCGGGCTTCAAGTGGGTCGACAAGTCCTCCACGGATTCTTGTGCTATTTGC
TCTTTCATCAAATGTTCAATTGACTAAATTAAAGCAAAATCTTCTGTCAGCACTTGCATCAGTTGAATCGAGCGAGTTCATTGATTCAGAAAGTATGCAAACAGATGAAGTATCTGGTCATGGATCCGAAGTCATGTTGGATGTGATTGGTTCCACTGGGTATAAGCTAAGACTAACAGTCATGGAAGCACCACATGGAG
ATCTCCAGTCATGCTTGGAAATGGCAAAGGTTGCAGATGTAATAGCATTTGTAGCTTCAGCTGAAGGTTCCAGTGAAGGTGCTATGCACAATCATTATATTGACACTATTGGAGGTCAATGCTTGTCTATGCTTCGAGCATTGGGTTTGCCGAGTACTGTTGGCTTGATTATTGATTTGCCCGTCGACCAGAAAAAGAAA
CAAGATGCTAAAAAGGCTTGCATTTCAAGCCTTTCAACCGAATTTCCAGAAGGCTGCAAGATCTTACCTGCGGAAGCAAAGGACGACTGCCAGAAATTAATAAGGCATCTTAGTGAGCAGCGGCTTTCAGCACCTCAATGGAGGAATCAGCGCCCTTTTGTTATGGCTCAGCAGATTGATATTTCAGCATATGAGCAAGA
TGCAGGGATGAGTACTCTTCTAATAGCAGGCTATGTCCGGGCACGCAATATTTCTATTAATCAGCTGGTTCATGTTCCTGGAGCAGGTGATTTTCAGTTTGATAAAATTGACATTCTTGAAGATCCCCATCCCCTTAATGAGCGACAAAAGCTTAAAAAGGATCACATGCAGCTGGATGAATACACACAAAATGACAAGG
TTCTTCGATCCTTATTGCCCAACCCTTCAGAGCAGGACCTCGTAATTGTTGAGAATGTTCCAGATCCCCTTGGTGGGGAGCAGACTTGGCCAACAGAAGAAGAACTGGCAGAAGCTGATAAGTCTACAAAGCAAAAGAAGTTGAAGAGGAGGACTCTACCACGAGGCATGTCTGATTATCAGGCTGCATGGATTGTTGAT
GAAACAGATGATGATAATGATACAGATTGTGAAAATGAGTCTGTGGATGGTATGGTGTTGGATAAAGATGAACACGGAGATGATGCTGAAGGAAATGACAACGTCGATGAAGCTTCTCTTGCAGGAGATGAAGTTTCTATATCATTTACTCTCAAAGATTATGATGAACAGACACAAACTGATATGATGGATGATGATGA
GAATATTACCCAGGAACAGTTGCATGATGAACTTCAGAGGCTGAAGGCAGCGCATGCACAAGATGAAGAATATCCGGATGAAGTGGACACACCAACGGATGTTCCAGCTCGTCAGCGGTTTGCAAAGTATAGAGGTCTTAAATCCTTTCGAACCTCTAGTTGGGATCCAAAGGAGTCCTTGCCCCAAGAATATGCCCGGA
TTTTTGCATTTGACAATTTTGCTCGAACATATAAACATGCTTTGGCAAGAGCAAAAGAAGTTGACAGTGAAAGTTCTGATAGCTGTGTATCTGTTGGAGCGTATGTTCGGCTTCACATTAAGGGAGTTCCTCTTGATGTTGCTACAAAATTATTGAATAAGTATAAAAAGCATCCGGTTGTAGCATGTGGGCTCTTGCAA
CATGAGACAAAGATGTCTGTATTGCATTTCAGTGTAAGGAAGCATGACTCTTACACAGAACCTATCAAGTCAAAAGAATCTCTAGTATTTCATGTCGGATTCCGCCAGTTTACTTCAAGGCCAGTATTTTCATCTGATGATATCAACCTGGATAAACATAAATTGGAGAGGTTCTTGCATCCAGGCCGTTTCTCTGTGGC
TTCTGTTTTTGCTCCAATATGTTTTGCACCATTGCCTCTTGTTGCTTTCAAGGAAGACTCTGCTGGGGATAAGATTGCAGCATTTGGTTCATTACGGAGTGTAGATCCTGATAGAATAATTTTAAAGAAGGTTATTTTAACTGGTTATCCCCAGCGAGTTTCAAAAGTTAAAGCGATAGTGCGGTTTATGTTTCACAATC
CTGAAGATGTCAGATGGTTCAAGCCTGTGGATTTGTGGACAAAGTATGGTCGCCGTGGTCGTATTAAGGAACCTGTTGGTACACATGGGGCCATGAAGGCTATTTTCGATGGGGTTCTTCAACAGCGGGATACTGTTTGCATGAACTTGTATAAACGTGTTTATCCAAAATGGCCAGAGCAACATTGTTAGCCATGCTAT
ATCTATAGATTTTGGCTTTTGTTATGTCGTTTAATTTGAGAGGAACGTATATTCCCTTCATAATTTGATCTCAATTTGCATTAAATGTTGAGTGTTGTATTTTAGGACACAAATGTAATTGGGTGTTGAAAGCAGGGTTTAGTCTTCAACATGCCAATTTAGTTTTGACATGCCAGTATTGGTGAAATTTTGTCATTGTA
AACATAATAAATTAGCCACCCTTGCTTCCAAATATGCCATTGGGAAGCCATTTGTACATCTTTCAGTTGTCTATTTCTCATTGATTTAATCATTATGTTTCCAAGTCCAACGACGATTAGTGATATTTCTAGAGTCTTCTCTGATTTTCAGAGAAATATACCGTTAAGTTTCAGTGTAATAGATATTCCCAAAACAAACA
CCCAAAAACATCCATCAGGAATTGGACATATATTATATCACCATCAACCG
>TRINITY_DN104984_c1_g3_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTTAAGAGTTGAATCAAACAGTACATTGATAGTTTAGAGTTCGAAACCCTTGTAAACTCTCTAACAAAACGCTGGGTTTTTGTTTATAAAACCCTGACGACGTTTATGTATCGAGTCAATGATTTTTCAAACAAATCTAAGTTCATCTTCTTCCTCTTGTAAACTGAATGACTGAGAGGATATCTCGACAGGAAGAAATG
GTAGCCCTTTTCAAAACCCTAAACCCGGATACAATAATTTATTGTCAGGCGTTCTTTTAATTCATTGACGGAAATCTGAGGTTTTTCCCCGCGAACTCTCAGCCCCCGGgtaaggctgtatttttgtctgtctgttctaactgtacgtggatggagtcgtgaacgctgattttattgtcaatttggaagAGGACTACAGG
GTCATCATTTATCGTATTCAATGGCGGGTTCGCGACTTCAGAAGAATAAGCCACACAAAACTCGCTTTTCTTCCAAATCTTCCCGACATGCCCACAAGCTGTCTACAATAGATTCAAAAGGAATATCCAAGGGTGCACAGCATCATGTATCTAAAGGAGCAAGAGCTGCCAGATTACAGCGTAATAAAATGGTCCGGGAT
CAAAAACGAGCCGCACTTTTGGCAGAAAGGCGGGCTTCAAGTGGGTCGACAAGTCCTCCACGGATTCTTGTGCTATTTGCTCTTTCATCAAATGTTCAATTGACTAAATTAAAGCAAAATCTTCTGTCAGCACTTGCATCAGTTGAATCGAGCGAGTTCATTGATTCAGAAAGTATGCAAACAGATGAAGTATCTGGTCA
TGGATCCGAAGTCATGTTGGATGTGATTGGTTCCACTGGGTATAAGCTAAGACTAACAGTCATGGAAGCACCACATGGAGATCTCCAGTCATGCTTGGAAATGGCAAAGGTTGCAGATGTAATAGCATTTGTAGCTTCAGCTGAAGGTTCCAGTGAAGGTGCTATGCACAATCATTATATTGACACTATTGGAGGTCAAT
GCTTGTCTATGCTTCGAGCATTGGGTTTGCCGAGTACTGTTGGCTTGATTATTGATTTGCCCGTCGACCAGAAAAAGAAACAAGATGCTAAAAAGGCTTGCATTTCAAGCCTTTCAACCGAATTTCCAGAAGGCTGCAAGATCTTACCTGCGGAAGCAAAGGACGACTGCCAGAAATTAATAAGGCATCTTAGTGAGCAG
CGGCTTTCAGCACCTCAATGGAGGAATCAGCGCCCTTTTGTTATGGCTCAGCAGATTGATATTTCAGCATATGAGCAAGATGCAGGGATGAGTACTCTTCTAATAGCAGGCTATGTCCGGGCACGCAATATTTCTATTAATCAGCTGGTTCATGTTCCTGGAGCAGGTGATTTTCAGTTTGATAAAATTGACATTCTTGA
AGATCCCCATCCCCTTAATGAGCGACAAAAGCTTAAAAAGGATCACATGCAGCTGGATGAATACACACAAAATGACAAGGTTCTTCGATCCTTATTGCCCAACCCTTCAGAGCAGGACCTCGTAATTGTTGAGAATGTTCCAGATCCCCTTGGTGGGGAGCAGACTTGGCCAACAGAAGAAGAACTGGCAGAAGCTGATA
AGTCTACAAAGCAAAAGAAGTTGAAGAGGAGGACTCTACCACGAGGCATGTCTGATTATCAGGCTGCATGGATTGTTGATGAAACAGATGATGATAATGATACAGATTGTGAAAATGAGTCTGTGGATGGTATGGTGTTGGATAAAGATGAACACGGAGATGATGCTGAAGGAAATGACAACGTCGATGAAGCTTCTCTT
GCAGGAGATGAAGTTTCTATATCATTTACTCTCAAAGATTATGATGAACAGACACAAACTGATATGATGGATGATGATGAGAATATTACCCAGGAACAGTTGCATGATGAACTTCAGAGGCTGAAGGCAGCGCATGCACAAGATGAAGAATATCCGGATGAAGTGGACACACCAACGGATGTTCCAGCTCGTCAGCGGTT
TGCAAAGTATAGAGGTCTTAAATCCTTTCGAACCTCTAGTTGGGATCCAAAGGAGTCCTTGCCCCAAGAATATGCCCGGATTTTTGCATTTGACAATTTTGCTCGAACATATAAACATGCTTTGGCAAGAGCAAAAGAAGTTGACAGTGAAAGTTCTGATAGCTGTGTATCTGTTGGAGCGTATGTTCGGCTTCACATTA
AGGGAGTTCCTCTTGATGTTGCTACAAAATTATTGAATAAGTATAAAAAGCATCCGGTTGTAGCATGTGGGCTCTTGCAACATGAGACAAAGATGTCTGTATTGCATTTCAGTGTAAGGAAGCATGACTCTTACACAGAACCTATCAAGTCAAAAGAATCTCTAGTATTTCATGTCGGATTCCGCCAGTTTACTTCAAGG
CCAGTATTTTCATCTGATGATATCAACCTGGATAAACATAAATTGGAGAGGTTCTTGCATCCAGGCCGTTTCTCTGTGGCTTCTGTTTTTGCTCCAATATGTTTTGCACCATTGCCTCTTGTTGCTTTCAAGGAAGACTCTGCTGGGGATAAGATTGCAGCATTTGGTTCATTACGGAGTGTAGATCCTGATAGAATAAT
TTTAAAGAAGGTTATTTTAACTGGTTATCCCCAGCGAGTTTCAAAAGTTAAAGCGATAGTGCGGTTTATGTTTCACAATCCTGAAGATGTCAGATGGTTCAAGCCTGTGGATTTGTGGACAAAGTATGGTCGCCGTGGTCGTATTAAGGAACCTGTTGGTACACATGGGGCCATGAAGGCTATTTTCGATGGGGTTCTTC
AACAGCGGGATACTGTTTGCATGAACTTGTATAAACGTGTTTATCCAAAATGGCCAGAGCAACATTGTTAGCCATGCTATATCTATAGATTTTGGCTTTTGTTATGTCGTTTAATTTGAGAGGAACGTATATTCCCTTCATAATTTGATCTCAATTTGCATTAAATGTTGAGTGTTGTATTTTAGGACACAAATGTAATT
GGGTGTTGAAAGCAGGGTTTAGTCTTCAACATGCCAATTTAGTTTTGACATGCCAGTATTGGTGAAATTTTGTCATTGTAAACATAATAAATTAGCCACCCTTGCTTCCAAATATGCCATTGGGAAGCCATTTGTACATCTTTCAGTTGTCTATTTCTCATTGATTTAATCATTATGTTTCCAAGTCCAACGACGATTAG
TGATATTTCTAGAGTCTTCTCTGATTTTCAGAGAAATATACCGTTAAGTTTCAGTGTAATAGATATTCCCAAAACAAACACCCAAAAACATCCATCAGGAATTGGACATATATTATATCACCATCAACCG
Intron 3 GTAAGGCTGT ... AATTTGGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.87 | 26 | 3.9 | 14.9 |
| A2 | 46.06 | 26 | 22.3 | 20.7 |
| A3 | 32.49 | 35 | 16.9 | 12.2 |
| A4 | 30.56 | 18 | 7.9 | 4.7 |
| A5 | 30.46 | 19 | 8.5 | 11.2 |
| A6 | 34.48 | 19 | 10 | 6.5 |
| A7 | 26.47 | 19 | 6.9 | 3.7 |
| A8 | 0 | 10 | 0 | 1.9 |
| A9 | 17.39 | 19 | 4 | 2.8 |
| A10 | 32 | 17 | 8 | 5.6 |
>TRINITY_DN126292_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGTTGAATCAAACAGTACATTGATAGTTTAGAGTTCGAAACCCTTGTAAACTCTCTAACAAAACGCTGGGTTTTTGTTTATAAAACCCTGACGACGTTTATGTATCGAGTCAATGATTTTTCAAACAAATCTAAGTTCATCTTCTTCCTCTTGTAAACTGAATGACTGAGAGGATATCTCGACAGGAAGAAATGGTAGCCC
TTTTCAAAACCCTAAACCCGGATACAATAATTTATTGTCAGGCGTTCTTTTAATTCATTGACGGAAATCTGAGGTTTTTCCCCGCGAACTCTCAGCCCCCGGAGGACTACAGGGTCATCATTTATCGTATTCAATGGCGGGTTCGCGACTTCAGAAGAATAAGCCACACAAAACTCGCTTTTCTTCCAAATCTTCCCGAC
ATGCCCACAAGCTGTCTACAATAGATTCAAAAGGAATATCCAAGGGTGCACAGCATCATGTATCTAAAGGAGCAAGAGCTGCCAGATTACAGCGTAATAAAATGGTCCGGGATCAAAAACGAGCCGCACTTTTGGCAGAAAGGCGGGCTTCAAGTGGGTCGACAAGTCCTCCACGGATTCTTGTGCTATTTGCTCTTTCA
TCAAATGTTCAATTGACTAAATTAAAGCAAAATCTTCTGTCAGCACTTGCATCAGTTGAATCGAGCGAGTTCATTGATTCAGAAAGTATGCAAACAGATGAAGTATCTGGTCATGGATCCGAAGTCATGTTGGATGTGATTGGTTCCACTGGGTATAAGCTAAGACTAACAGTCATGGAAGCACCACATGGAGATCTCCA
GTCATGCTTGGAAATGGCAAAGGTTGCAGATGTAATAGCATTTGTAGCTTCAGCTGAAGGTTCCAGTGAAGGTGCTATGCACAATCATTATATTGACACTATTGGAGGTCAATGCTTGTCTATGCTTCGAGCATTGGGTTTGCCGAGTACTGTTGGCTTGATTATTGATTTGCCCGTCGACCAGAAAAAGAAACAAGATG
CTAAAAAGGCTTGCATTTCAAGCCTTTCAACCGAATTTCCAGAAGGCTGCAAGATCTTACCTGCGGAAGCAAAGGACGACTGCCAGAAATTAATAAGGCATCTTAGTGAGCAGCGGCTTTCAGCACCTCAATGGAGGAATCAGCGCCCTTTTGTTATGGCTCAGCAGATTGATATTTCAGCATATGAGCAAGATGCAGGG
ATGAGTACTCTTCTAATAGCAGGCTATGTCCGGGCACGCAATATTTCTATTAATCAGCTGGTTCATGTTCCTGGAGCAGGTGATTTTCAGTTTGATAAAATTGACATTCTTGAAGATCCCCATCCCCTTAATGAGCGACAAAAGCTTAAAAAGGATCACATGCAGCTGGATGAATACACACAAAATGACAAGGTAAATAG
TATTTATTGCCTCTTGTTTTGTAGTATCATTTCAATGGGAGCTTTCACGTCACTCAAAATAAAAGTGTGGAGTTTCTTATGATTGGGTGTGTTATTTGCCATTTATGTGTTTTCTTCCAACCGGTGGGAGATGTCAGTTATTAAGGACCGCCACAGTGAAAATACAACCTGCCATTTGCAATATCAACCTGCTTTCTATC
GTTTGTTTCAAACATGTCTGTTAAAGGTAAACGTATGGGAGAGGAATTTCACTGCCTCTATGAGTTGAAGCACATGGTGACCTCCCTTCTCCTTGATCAGGTCAAGTCCAGGGAGTTGTCGTTGCTCTTGAGTATACCA
>TRINITY_DN126292_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTGAATCAAACAGTACATTGATAGTTTAGAGTTCGAAACCCTTGTAAACTCTCTAACAAAACGCTGGGTTTTTGTTTATAAAACCCTGACGACGTTTATGTATCGAGTCAATGATTTTTCAAACAAATCTAAGTTCATCTTCTTCCTCTTGTAAACTGAATGACTGAGAGGATATCTCGACAGGAAGAAATGGTAGCCC
TTTTCAAAACCCTAAACCCGGATACAATAATTTATTGTCAGGCGTTCTTTTAATTCATTGACGGAAATCTGAGGTTTTTCCCCGCGAACTCTCAGCCCCCGGgtaaggctgtatttttgtctgtcttgttctaactgtacgtggatggagtcgtgaacgctgattttattgtcaatttggaagAGGACTACAGGGTCATC
ATTTATCGTATTCAATGGCGGGTTCGCGACTTCAGAAGAATAAGCCACACAAAACTCGCTTTTCTTCCAAATCTTCCCGACATGCCCACAAGCTGTCTACAATAGATTCAAAAGGAATATCCAAGGGTGCACAGCATCATGTATCTAAAGGAGCAAGAGCTGCCAGATTACAGCGTAATAAAATGGTCCGGGATCAAAAA
CGAGCCGCACTTTTGGCAGAAAGGCGGGCTTCAAGTGGGTCGACAAGTCCTCCACGGATTCTTGTGCTATTTGCTCTTTCATCAAATGTTCAATTGACTAAATTAAAGCAAAATCTTCTGTCAGCACTTGCATCAGTTGAATCGAGCGAGTTCATTGATTCAGAAAGTATGCAAACAGATGAAGTATCTGGTCATGGATC
CGAAGTCATGTTGGATGTGATTGGTTCCACTGGGTATAAGCTAAGACTAACAGTCATGGAAGCACCACATGGAGATCTCCAGTCATGCTTGGAAATGGCAAAGGTTGCAGATGTAATAGCATTTGTAGCTTCAGCTGAAGGTTCCAGTGAAGGTGCTATGCACAATCATTATATTGACACTATTGGAGGTCAATGCTTGT
CTATGCTTCGAGCATTGGGTTTGCCGAGTACTGTTGGCTTGATTATTGATTTGCCCGTCGACCAGAAAAAGAAACAAGATGCTAAAAAGGCTTGCATTTCAAGCCTTTCAACCGAATTTCCAGAAGGCTGCAAGATCTTACCTGCGGAAGCAAAGGACGACTGCCAGAAATTAATAAGGCATCTTAGTGAGCAGCGGCTT
TCAGCACCTCAATGGAGGAATCAGCGCCCTTTTGTTATGGCTCAGCAGATTGATATTTCAGCATATGAGCAAGATGCAGGGATGAGTACTCTTCTAATAGCAGGCTATGTCCGGGCACGCAATATTTCTATTAATCAGCTGGTTCATGTTCCTGGAGCAGGTGATTTTCAGTTTGATAAAATTGACATTCTTGAAGATCC
CCATCCCCTTAATGAGCGACAAAAGCTTAAAAAGGATCACATGCAGCTGGATGAATACACACAAAATGACAAGGTTCTTCGATCCTTATTGCCCAACCCTTCAGAGCAGGACCTCGTAATTGTTGAGAATGTTCCAGATCCCCTTGGTGGGGAGCAGACTTGGCCAACAGAAGAAGAACTGGCAGAAGCTGATAAGTCTA
CAAAGCAAAAGAAGTTGAAGAGGAGGACTCTACCACGAGGCATGTCTGATTATCAGGCTGCATGGATTGTTGATGAAACAGATGATGATAATGATACAGATTGTGAAAATGAGTCTGTGGATGGTATGGTGTTGGATAAAGATGAACACGGAGATGATGCTGAAGGAAATGACAACGTCGATGAAGCTTCTCTTGCAGGA
GATGAAGTTTCTATATCATTTACTCTCAAAGATTATGATGAACAGACACAAACTGATATGATGGATGATGATGAGAATATTACCCAGGAACAGTTGCATGATGAACTTCAGAGGCTGAAGGCAGCGCATGCACAAGATGAAGAATATCCGGATGAAGTGGACACACCAACGGATGTTCCAGCTCGTCAGCGGTTTGCAAA
GTATAGAGGTCTCAAATCCTTTCGAACCTCTAGTTGGGATCCAAAGGAGTCCTTGCCCCAAGAATATGCCCGGATTTTTGCATTTGACAATTTTGCTCGAACATATAAACATGCTTTGGCAAGAGCAAAAGAAGTTGACAGTGAAAGTTCTGATAGCTGTGTATCTGTTGGAGCGTATGTTCGGCTTCACATTAAGGGAG
TTCCTCTTGATGTTGCTACAAAATTATTGAATAAGTATAAAAAGCATCCGGTTGTAGCATGTGGGCTCTTGCAACATGAGACAAAGATGTCTGTATTGCATTTCAGTGTAAGGAAGCATGACTCTTACACAGAACCTATCAAGTCAAAAGAATCTCTAGTATTTCATGTCGGATTCCGCCAGTTTACTTCAAGGCCAGTA
TTTTCATCTGATGATATCAACCTGGATAAACATAAATTGGAGAGGTTCTTGCATCCAGGCCGTTTCTCTGTGGCTTCTGTTTTTGCTCCAATATGTTTTGCACCATTGCCTCTTGTTGCTTTCAAGGAAGACTCTGCTGGGGATAAGATTGCAGCATTTGGTTCATTACGGAGTGTAGATCCTGATAGAATAATTTTAAA
GAAGGTTATTTTAACTGGTTATCCCCAGCGAGTTTCAAAAGTTAAAGCGATAGTGCGGTTTATGTTTCACAATCCTGAAGATGTCAGATGGTTCAAGCCTGTGGATTTGTGGACAAAGTATGGTCGCCGTGGTCGTATTAAGGAACCTGTTGGTACACATGGGGCCATGAAGGCTATTTTCGATGGGGTTCTTCAACAGC
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