NA ----> NA

Intron 1 GTGAGGCACA ... ATCCACGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.63	9	10	10
A2	86.49	5	32	3
A3	80	4	16	4
A4	100	0	10	1
A5	100	0	4	1
A6	75.12	17	51.3	2
A7	75.14	43	130	12
A8	81.02	41	175	8
A9	72.5	44	116	8
A10	76.92	24	80	12

>TRINITY_DN44492_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

TGGTAATGAAGCGGTGGATTCTTATTTGTGTTTTTTTTAATGCAATTAATTAACTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGT
TCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAAGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAA
TGTCTCAGATGATGCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTG
ATGATGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTT
GATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTAT
TTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTA
CAGTTTTTAATATATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGCGTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAGATTTATCTTTCTTTCGGCTTAGGATGCTATGTTTGCCTATTTGTCATGTATCATCTTTACATACGAAAAATTAGACATGAAAGAGAGGCTGGG
AGTTTTCGTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCGGGTGTGGGATTGAGATCTGAAACATGTATTAATGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGAAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTC
AATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCCTCTAGTCTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATGTTTATCATAATTACTTGAATGCTCGATAGCTCCTCTATGACGAGCCTTAAGCACGCAGTTAGACATATCATTATTTCTACAGAAGGTGAAGAAATCACCAAACCTAATCAGATATCAGGCCTCC
TCTGGGCGAGGAGAAATAATTTCTTACCAAATGTAAATTAAAGTAACGAGAACATTATGGTGTCCCTTAGGGACCTGTCACGGGATTATGGTGGCCCTTCTTACATGAAATCATTTCATTTCGTGTTGTTTTCATATTTACTTTCTTTTTTATTATTTTGTGTGCTCAGCTACCTCCTTTTTTTCTTTGATTATCCTTAT
TTTGTGTGTTCAGATACTTCTCGTCCTTTATGTTTTGTGTGCTTTGCTACTCATCCTCATAAATGAGAAAAATGTTCCCTGTTATTCTGTATAGACTAGAAAACGGTATTAATTCCACATATTTGTCATTTGCTTTGTACCATGAATTCTCCTTCTCAATATTAAACTTGTGCTGCTCTTTGCAATAAAAATCATTTACA
TGGGAGATAACATGATAGTTATCTTCTTCTGTAACAATCTCACAAACCTTTATTGTTGGACTAGCCATCTCTGTCATCAGAAAGTTCCGGAATCAGTTTGAGGTTGGGAATTGGTTGAGCAAATTTGGCAAAACTGTTGTGTTGTTATTATCAATATTTTTATGTGATTCGAATCGATCAGCTCCAAGTTCTTGGACAAA
CTCCGAAAGCCTACTAGAATTTTTAACCAAACTCCTCTGTTACACGATAGGATGATGGAATTTCGTCTGTATTTCGCAGATAGGTCTTTCTCTAAACCCTTCACGTATCCTTCCTATAGTCTCGTAAAAATAGTAATGATGAATTCAAAAAAAGTTGTTGTAAAAATGTAATGATGAATTAAAAAAAAAGTAGTTGTAAA
AATGTAAATCGTCTCGAGTTTAAATTCCAGTTACCAGTTGTTTGACCACGTACCCACTACTCCC

>TRINITY_DN44492_c0_g1_i17 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGGTAATGAAGCGGTGGATTCTTATTTGTGTTTTTTTTAATGCAATTAATTAACTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGT
TCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAAGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAA
TGTCTCAGATGATGCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTG
ATGATGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTT
GATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTAT
TTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTA
CAGTTTTTAATATATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGCGTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAGATTTATCTTTCTTTCGGCTTAGGATGCTATGTTTGCCTATTTGTCATGTATCATCTTTACATACGAAAAATTAGACATGAAAGAGAGGCTGGG
AGTTTTCGTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCGGGTGTGGGATTGAGATCTGAAACATGTATTAATGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGgtgaggcacagaaaatgatatttggattatga
aacctagaaagtatctaattaggttttatgtgttgatgtaaaggaagtttagcaatatattttttatttatttaattttgggttttatgtgttgatgtaaactaagcctattattcaatctagtgtctgtttatgtagtaggtacttcctgtatgcttctttttaacataattacttgcttttcttaaattgtttattaa
ttatttttttctctgaatttttttaagaaatcatgtatttaattttgttattttgaatattaaatttcaataatagatttaatgatttttttttttttttaataaaacttatgaatgatccacgaagAAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCCTCTAGTCT
TCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATGTTTATCATAATTACTTGAATGCTCGATAGCTCCTCTATGACGAGCCTTAAGCACGCAGTTAGACATATCATTATTTCTACAGAAGGTGAAGAAATCACCAAACCTAATCAGATATCAGGCCTCCTCTGGGCGAGGAGAAATAATTTCTTACCAAATGTAAATTAA
AGTAACGAGAACATTATGGTGTCCCTTAGGGACCTGTCACGGGATTATGGTGGCCCTTCTTACATGAAATCATTTCATTTCGTGTTGTTTTCATATTTACTTTCTTTTTTATTATTTTGTGTGCTCAGCTACCTCCTTTTTTTCTTTGATTATCCTTATTTTGTGTGTTCAGATACTTCTCGTCCTTTATGTTTTGTGTG
CTTTGCTACTCATCCTCATAAATGAGAAAAATGTTCCCTGTTATTCTGTATAGACTAGAAAACGGTATTAATTCCACATATTTGTCATTTGCTTTGTACCATGAATTCTCCTTCTCAATATTAAACTTGTGCTGCTCTTTGCAATAAAAATCATTTACATGGGAGATAACATGATAGTTATCTTCTTCTGTAACAATCTC
ACAAACCTTTATTGTTGGACTAGCCATCTCTGTCATCAGAAAGTTCCGGAATCAGTTTGAGGTTGGGAATTGGTTGAGCAAATTTGGCAAAACTGTTGTGTTGTTATTATCAATATTTTTATGTGATTCGAATCGATCAGCTCCAAGTTCTTGGACAAACTCCGAAAGCCTACTAGAATTTTTAACCAAACTCCTCTGTT
ACACGATAGGATGATGGAATTTCGTCTGTATTTCGCAGATAGGTCTTTCTCTAAACCCTTCACGTATCCTTCCTATAGTCTCGTAAAAATAGTAATGATGAATTCAAAAAAAGTTGTTGTAAAAATGTAATGATGAATTAAAAAAAAAGTAGTTGTAAAAATGTAAATCGTCTCGAGTTTAAATTCCAGTTACCAGTTGT
TTGACCACGTACCCACTACTCCC

Intron 2 GTAAGCAATT ... GAAAAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.08	5	15	20.6
A2	83.67	4	19	22
A3	78.57	3	9	13
A4	68.75	5	6	16
A5	66.67	4	8	8
A6	54.98	23	27	29.2
A7	57.12	38	40	61.3
A8	56.86	38	43	57.2
A9	54.59	38	35	56.4
A10	49.91	38	32	43.7

>TRINITY_DN44436_c0_g2_i13 from sample A6 / Example spliced isoform

GTGGATTCTTATTTGTGTTTTTTTTACTGCAATTAATTAACTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGTTCTTCTCATGTGT
TGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAGGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAATGTCTCAGATGAT
GCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTGATGGTGAATCCGG
TTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTTGATTTGTTTTAGG
ATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTATTTTTCAAAATAAT
TATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTACAGTTTTTAATAT
ATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGCGTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAACATGAAAGAGAGGCTGGGAGTTTTCGTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCGGGTGTGGGATTGAGATCTGAAACATGTATTAA
TGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGGTGAGGCACAGAAAATGATATTTGGATTATGAAACCTAGAAAGTATCTAATTAGGTTTTATGTGTTGATGTAAAGGAAGTTTTGCAATATATTTTTTATTTATTTAATTTTGGGTTTTAT
GTGTTGATGTAAACTAAGCCTATTATTCAATCTAGTGTCTGTTTATGTAGTAGGTACTTCCTGTATGCTTCTTTTTAACATAATTACTTGCTTTTCTTAAATTGTTTATTAATTATTTTTTTCTCTGAATTTTTTTAAGAAATCATGTATTTAATTTTGTTATTTTGAATATTAAATTTCAATAATAGATTTAATGATTT
TTTTTTTTTTTTAATAAAACTTATGAATGATCCACGAAGAAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCCTCTAGTCTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATTTTTATCATAATTACTTGAATCCTATATTGTTTTTAAATGGAGTGTTTATTTAT
TTGATAGGTATGTTCTCTAGTTTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATGTTTATCATAATTACTTGAATGCTCGATAGCTCCTCTATGACGAGCCTTAAGCACGCAGTTAGACATATCATTATTTCTACAGAAGGTGAAGAAATCACCAAACCTAATCAGATATCAGACCTCCTCTGGGCGAGGAGAAATA
ATTTCTTACCAAATGTAAATTAAAGTAACGAGAACATTATGGTGTCCCTTAGGGACCTGTCACGGGATTATGGTGGCCCTTCTTACATGAAATCATTTCATTTCGTGTTGTTTTCATATTTACTTTCTTTTTTATTATTTTGTGTGCTCAGCTACCTCCTTTTTTTCTTTGATTATCCTTATTTTGTGTGTTCAGATACT
TCTCGTCCTTTATGTTTTGTGTGCTTTGCTACTCATCCTCATAAATGAGAAAAATGTTCCCTGTTATTCTGTATAGACTAGAAAACGGTATTAATTCCACATATTTGTCATTTGCTTTGTACCATAAATTCTCCCGGTCAATATTAAACTTGTGCTGCTCTTTGCAATAAAAATCATTTACATAGGAGATAACATGATAG
TTATCTTCTTCTG

>TRINITY_DN44436_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTGGATTCTTATTTGTGTTTTTTTTACTGCAATTAATTAACTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGTTCTTCTCATGTGT
TGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAGGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAATGTCTCAGATGAT
GCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTGATGGTGAATCCGG
TTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTTGATTTGTTTTAGG
ATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTATTTTTCAAAATAAT
TATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTACAGTTTTTAATAT
ATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGCGTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAgtaagcaattcaatatagaagtggtttctctcgaatgatgagaagcaattcataattacttgtttttgttagattttttttaatcgtttttagtggattcttctgac
atatatgtttttttaattctcttttttgatggattattctagtatatatgtttgttttgatttgttttagggtttgattttggagcgttttaattgtaggatttatctttctttcggcttaggatgctatgtttgcctatttgccatgtatcatctttacatacgaaaaattagACATGAAAGAGAGGCTGGGAGTTTTC
GTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCGGGTGTGGGATTGAGATCTGAAACATGTATTAATGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGGTGAGGCACAGAAAATGATATTTGGATTATGAAACCTAG
AAAGTATCTAATTAGGTTTTATGTGTTGATGTAAAGGAAGTTTTGCAATATATTTTTTATTTATTTAATTTTGGGTTTTATGTGTTGATGTAAACTAAGCCTATTATTCAATCTAGTGTCTGTTTATGTAGTAGGTACTTCCTGTATGCTTCTTTTTAACATAATTACTTGCTTTTCTTAAATTGTTTATTAATTATTTT
TTTCTCTGAATTTTTTTAAGAAATCATGTATTTAATTTTGTTATTTTGAATATTAAATTTCAATAATAGATTTAATGATTTTTTTTTTTTTTTAATAAAACTTATGAATGATCCACGAAGAAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCCTCTAGTCTTCATTAT
CTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATTTTTATCATAATTACTTGAATCCTATATTGTTTTTAAATGGAGTGTTTATTTATTTGATAGGTATGTTCTCTAGTTTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATTTTTATCATAATTACTTGAATCCTATATTGTTTTTAAATGGAGTGTTTATTTATTTGATAGG
TATGTTCTCTAGTTTTCATTATCTGATAACTAAGTCC

Intron 3 GTAAGCAATT ... TTAATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.16	11.9	15	8.9
A2	53.05	15.9	19	17
A3	39.9	15.1	9	11
A4	19.93	28.1	6	8
A5	56.62	5.8	8	7
A6	35.19	42.3	26.9	19
A7	40.79	63.9	40	47.7
A8	36.48	66.2	42.9	33
A9	27.59	86.9	34.9	31.1
A10	35.13	57.7	31.9	30.3

>TRINITY_DN116384_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGG
CGATTGACGAAGAAGGTCTAAGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATCATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAATGTCTCAGATGATACAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTC
CATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAAGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTGATGGTGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAACTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCG
CATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTTGATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTAT
CATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTATTTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCT
TTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTACAGTTTTTAATATATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGC
GTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAGATTTATCTTTCTTTCGGCTTAGGATGCTATGTTTGCCTATTTGTCATGTATCATCTTTACATACGAAAAATTAGACATGAAAGAGAGGCTGGGAGTTTTCGTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCGGGTGTG
GGATTGAGATCTGAAACATGTATTAATGGGTAAGCAACTTAATCATATAGAATATTCAAATTTACTTTTTATCTTGATAGAAAGGAATATTTAATGGAATTTTTTTATTTTTCATATCAATTTTGAATGTTTTGTTTTAGGGTTTATAAAGGTTTTGAGTGTTTCCTTTTTTTC

>TRINITY_DN116384_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGG
CGATTGACGAAGAAGGTCTAAGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATCATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAATGTCTCAGATGATACAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTC
CATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAAGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTGATGGTGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAACTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCG
CATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTTGATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTAT
CATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTATTTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCT
TTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTACAGTTTTTAATATATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGC
GTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAgtaagcaattcaatatagaagtggtttctctcgaatgatgagaagcaattcataattacttgtttttgttagattttttttaatcgtttttagtggattcttctgacatatatgtttttttaattctcttttttgatggattattctagtatatat
gtttgttttgatttgttttagggtttgattttggagcgttttaattgtagGATTTATCTTTCTTTCGGCTTAGGATGCTATGTTTGCCTATTTGTCATGTATCATCTTTACATACGAAAAATTAGACATGAAAGAGAGGCTGGGAGTTTTCGTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCG
GGTGTGGGATTGAGATCTGAAACATGTATTAATGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGGTGAGGCACAGAAAATGATATTTGGATTATGAAACCTAGAAAGTATCTAATTAGGTTTTATGTGTTGATGTAAAGGAAGTTTAGCAAT
ATATTTTTTATTTATTTAATTTTGGGTTTTATGTGTTGATGTAAACTAAGTCTCTTATTCAATCTAGTGTC

Intron 4 GCATTGCCAA ... AGATAGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.94	9	4	9
A2	50	1	1	1
A3	42.86	2	2	1
A4	33.33	1	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	50	3	3	3
A7	44.44	15	9	15
A8	45.45	12	8	12
A9	46.67	4	4	3
A10	36.36	7	3	5

>TRINITY_DN49004_c0_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGTAATGAAGCGGTGGATTCTTATTTGTGTTTTTTTTACTGCAATTAATTAACTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGT
TCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAGGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAA
TGTCTCAGATGATGCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTG
ATGGTGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTT
GATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTAT
TTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTA
CAGTTTTTAATATATTTAATTTTGTTTTTCATGAGCAGTGGTCAAAATATGAGCAGTAGGGCGTGGGAGAATCCATTCGGGATAGAGGATTTAGGCAGCGAAATGAGTAAGCAATTCAATATAGAAGTGGTTTCTCTCGAATGATGAGAAGCAATTCATAATTACTTGTTTTTGTTAGATTTTTTTTAATCGTTTTTAGT
GGATTCTTCTGACATATATGTTTTTTTAATTCTCTTTTTTGATGGATTATTCTAGTATATATGTTTGTTTTGATTTGTTTTAGGGTTTGATTTTGGAGCGTTTTAATTGTAGGATTTATCTTTCTTTCGGCTTAGGATGCTATGTTTGCCTATTTGTCATGTATCATCTTTACATACGAAAAATTAGACATGAAAGAGAG
GCTGGGAGTTTTCGTGGAGTAAGGGCCTATGCTTGTTAGACAGTTGGCTGGATTGGATGGCGGGTGTGGGATTGAGATCTGAAACATGTATTAATGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGGTGAGGCACAGAAAATGATATTTGGA
TTATGAAACCTAGAAAGTATCTAATTAGGTTTTATGTGTTGATGTAAAGGAAGTTTTGCAATATATTTTTTATTTATTTAATTTTGGGTTTTATGTGTTGATGTAAACTAAGCCTATTATTCAATCTAGTGTCTGTTTATGTAGTAGGTACTTCCTGTATGCTTCTTTTTAACATAATTACTTGCTTTTCTTAAATTGTT
TATTAATTATTTTTTTTCTCTGAATTTTTTTAGAAATCATATATTTAATTTTTTTATTTTGAATATTAAATTTCAATAATAGATTTAATGATTTTTTTTTTTTTTTTTAATAAAACTTATGAATGATCCACGAAGAAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCC
TCTAGTCTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATGTTTATCATAATTACTTGAATGCTCGATAGCTCCTCTATGACGAGCCTTAAGCACGCAGTTAGACATATCATTATTTCTACAGAAGGTGAAGAAATCACCAAACCTAATCAGATATCAGGCCTCCTCTGGGCGAGGAGAAATAATTTCTTACCAAATG
TAAATTAAAGTAACGAGAACATTATGGTGTCCCTTAGGGACCTGTCACGGGATTATGGTGGCCCTTCTTACATGAAATCATTTCATTTCGTGTTGTTTTCATATTTACTTTCTTTTTTATTATTTTGTGTGCTCAGCTACCTCCTTTTTTTCTTTGATTATCCTTATTTTGTGTGTTCAGATACTTCTCGTCCTTTATGT
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ACAATCTCACAAACCTTTATTGTTGGAGAAAATGGCTAACTGTAGTTTGAAATTCTCTGTCATTAGAAAGTTGGGAATTAGTTGAGCAAATTTGACAAAACTGTTGTATTGTTATTATCAAGATTTTTATGTGATTTGAATGCATCAGCTTCGCCTTCATGGGCTCTAAGTTCTCTGACAAACTCTGAAAGCCTGTAACT
TTACTGTAATCTTTACCGGTTTCTCGAGTTGTGTATCCTTCCTCTATGAGTTTTATAACGATATGACCCAATGTAACTCCAATGAGGGCTCCTAATTTTCGTGAGGAGGAAGAATCTCAGGCCTAATTTTCGTGAGCAGCAGCTTCATGGAGCTAACAAAACGCACAATTGGGTTTTCCCTAAACTAAGTGCAGAAGGTC
ATATAGGGTTCTAGGGCCCAATAAGCCGAGAGCTCATCTTATACAGCTTTGCCACAGAGCCGGAAACCCACCGCCCATAGAACGTTCCCGCACGCCCGCTATGTAAGCTGGATTGCACTCTTCCGTCATCCCCCAACCTCACATCTCTTGGGAGGACTTGAATTCCAATGAGGTGCTTGTCGCTGCCTGCATGCTTAAAG
TCCTCGGCTCTGTTCTCTATTACCATTGGTATTATTATTTCCTTCTCCTAAATGACATGCTTGTCTCCTTCTTCTGCATATACATAGATCCCTGTTGTTTCAGGCATTGCCAAGACAGATAGAAATGGAAATGGAAAACTCAGATAGAAATCTAAAGCCTTCTAGATCCATGGGTTTGAAGTCAGGCCAAAGGGCTGTCA
AGTTACGCCTTCGGAACCTTTACGCCGCCTATAGGGGCTCTAGAGGGACTCTGGAACTCTTATAGTTGCGCCCTTCACTGACTTCCGAGAACTAGTCCAGGGGGAATTTTGGCGAGGCTGCTATGGTCACTTAGCTCAATTGAACCACATTAGCCTGGCTTGTGTAGCAAAGAGTTCAGTCAAGCGAGAAAGGCTGGGAA
ACACAAGACAAACTAATCAAAGGAAGGGCAAGAAAGATAGAATCGATATTTACCCTTCCTCACTTGAAAGGGCAGATCTCGGGCAGGGCGAGTACAGACAACTAATAATCATAATGGCACTCTCCTACCCCAAGCCAGTGATTCCAACCAGCTACCAAGCGCCTCTGATAGCATTGTCCAGCTGCTTACCGGACTGCCTC
ATAGGCCCAGCTGCTTACCGGACTGCCTCTTGTGGCTCTCGCTTTCAATACTTGAGCGTGCTCTGTGCACGTTCCTCTCCAAGATGCCAATGTTTCCATACTCAATAGCTCTTTTGTTCATAACCCTCTTGGAGTATTATATAATTTTGTAAATGTACTTTATATTTAGTTTAATTATTTAGTTTTTTTAATAATTATAA
ATATGGGTTAATTATATTTTTTAAATCAATAAATAAATTTGTATTTATTTTAATTTTGATATTTTTTCATATTTTTA

>TRINITY_DN49004_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

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TGTCTCAGATGATGCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTG
ATGGTGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTT
GATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTAT
TTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTA
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GGATTCTTCTGACATATATGTTTTTTTAATTCTCTTTTTTGATGGATTATTCTAGTATATATGTTTGTTTTGATTTGTTTTAGGGTTTGATTTTGGAGCGTTTTAATTGTAGGATTTATCTTTCTTTCGGCTTAGGATGCTATGTTTGCCTATTTGTCATGTATCATCTTTACATACGAAAAATTAGACATGAAAGAGAG
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TTATGAAACCTAGAAAGTATCTAATTAGGTTTTATGTGTTGATGTAAAGGAAGTTTTGCAATATATTTTTTATTTATTTAATTTTGGGTTTTATGTGTTGATGTAAACTAAGCCTATTATTCAATCTAGTGTCTGTTTATGTAGTAGGTACTTCCTGTATGCTTCTTTTTAACATAATTACTTGCTTTTCTTAAATTGTT
TATTAATTATTTTTTTTCTCTGAATTTTTTTAGAAATCATATATTTAATTTTTTTATTTTGAATATTAAATTTCAATAATAGATTTAATGATTTTTTTTTTTTTTTTTAATAAAACTTATGAATGATCCACGAAGAAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCC
TCTAGTCTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATGTTTATCATAATTACTTGAATGCTCGATAGCTCCTCTATGACGAGCCTTAAGCACGCAGTTAGACATATCATTATTTCTACAGAAGGTGAAGAAATCACCAAACCTAATCAGATATCAGGCCTCCTCTGGGCGAGGAGAAATAATTTCTTACCAAATG
TAAATTAAAGTAACGAGAACATTATGGTGTCCCTTAGGGACCTGTCACGGGATTATGGTGGCCCTTCTTACATGAAATCATTTCATTTCGTGTTGTTTTCATATTTACTTTCTTTTTTATTATTTTGTGTGCTCAGCTACCTCCTTTTTTTCTTTGATTATCCTTATTTTGTGTGTTCAGATACTTCTCGTCCTTTATGT
TTTGTGTGCTTTGCTACTCATCCTCATAAATGAGAAAAATGTTCCCTGTTATTCTGTATAGACTAGAAAACGGTATTAATTCCACATATTTGTCATTTGCTTTGTACCATAAATTCTCCCGGTCAATATTAAACTTGTGCTGCTCTTTGCAATAAAAATCATTTACATAGGAGATAACATGATAGTTATCTTCTTCTGTA
ACAATCTCACAAACCTTTATTGTTGGAGAAAATGGCTAACTGTAGTTTGAAATTCTCTGTCATTAGAAAGTTGGGAATTAGTTGAGCAAATTTGACAAAACTGTTGTATTGTTATTATCAAGATTTTTATGTGATTTGAATGCATCAGCTTCGCCTTCATGGGCTCTAAGTTCTCTGACAAACTCTGAAAGCCTGTAACT
TTACTGTAATCTTTACCGGTTTCTCGAGTTGTGTATCCTTCCTCTATGAGTTTTATAACGATATGACCCAATGTAACTCCAATGAGGGCTCCTAATTTTCGTGAGGAGGAAGAATCTCAGGCCTAATTTTCGTGAGCAGCAGCTTCATGGAGCTAACAAAACGCACAATTGGGTTTTCCCTAAACTAAGTGCAGAAGGTC
ATATAGGGTTCTAGGGCCCAATAAGCCGAGAGCTCATCTTATACAGCTTTGCCACAGAGCCGGAAACCCACCGCCCATAAAACGTTCCCGCATGCCCGCTATGTAAGCTGGATTGCACTCTTCCGTCATCCCCCAACCTCACATCTCTTGGGAGGACTTGAATTCCAATGAGGTGCTTGTCGCTGCCTGCATGCTTAAAG
TCCCCGGCTCTGCTCTCTATTACCATTGATATTATTATTTCCTTCTCCTAAATGACATGCTTGTCTCCTTCTTCTGCATATACATAGATCCCTGTTGTTTCAGgcattgccaaaacagatagtcagGCATTGCCAAGACAGATAGAAATGGAAATGGAAAACTCAGATAGAAATCTAAAGCCTTCTAGATCCATGGGTTT
GAAGTCAGGCCAAAGGGCTGTCAAGTTACGCCTTCGGAACCTTTACGCCGCCTATAGGGGCTCTAGAGGGACTCTGGAACTCTTATAGTTGCGCCCTTCACTGACTTCCGAGAACTAGTCCAGGGGGAATTTTGGCGAGGCTGCTATGGTCACTTAGCTCAATTGAACCACATTAGCCTGGCTTGTGTAGCAAAGAGTTC
AGTCAAGCGAGAAAGGCTGGGAAACACAAGACAAACTAATCAAAGGAAGGGCAAGAAAGATAGAATCGATATTTACCCTTCCTCACTTGAAAGGGCAGATCTCGGGCAGGGCGAGTACAGACAACTAATAATCATAATGGCACTCTCCTACCCCAAGCCAGTGATTCCAACCAGCTACCAAGCGCCTCTGATAGCATTGT
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TTTAGTTTTTTTAATAATTATAAATATGGGTTAATTATATTTTTTAAATCAATAAATAAATTTGTATTTATTTTAATTTTGATATTTTTTCATATTTTTA

Intron 5 GTGAGGCACA ... CACGAAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN49004_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

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TCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAGGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAA
TGTCTCAGATGATGCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTG
ATGGTGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTT
GATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTAT
TTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTA
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AAACATGTATTAATGGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAAGCGATGCGAGCTAGGTGAGGCAACTCAAGTAATGGGGCAGAGCGACGGGGCTAGGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCCTCTAGTCTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCAT

>TRINITY_DN49004_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGTAATGAAGCGGTGGATTCTTATTTGTGTTTTTTTTACTGCAATTAATTAACTTGTTTGCTCTCCTCTCGGTTACTCTCCTTGCTTCATGAGGCTGCGTGTGGTCTGGTTTATCAGGGTTTGGAGCTTTCTATTTGAAGGAGATGAAGAGAACAACTACTATGCTCGGCCTGGCCTACCAATGGATCTTCTCATGTGT
TCTTCTCATGTGTTGGAGACTGCTATGCTCCAGCTCTTTGAATGTATTACATTGCAAGATATCTGGCGATTGACGAAGAAGGTCTAGGGATCGAATCCCGTGGCCATTGTATATGATTGGGGAAGCTGAGATCGCTGCAAAGTAATGTGCCGCATGTCTTGGTGTGAGGCACATGATTCCAGTGGAAGCCCAGAATTGAA
TGTCTCAGATGATGCAAAACGACAGGCGTCCGCCGTTTTCTTGAGAGATCTGGCGGATGAGGCTTCCATGAAACGAATGAAAAGATCCTGAAAGAGGGAATCCATGTTTTCTGTCTCAGGAGGAAGACTGTGGTCGGCGCTGGAAAAGGGCGCCAGCGGACTCGATCTTGGGTTTCAGGCTTCGGATGTTGAGAGGCGTG
ATGGTGAATCCGGTTCGTTTAGCAAGCAGCTTGGCCCCGCGCCATGAATGGGAACATCACCGCATGGTGCTTGAACTCTCGGGTGGTTTACGCAGCGAAATATGAGCCTGGGAGAATCCATTGCGGATATATCTTCTTTGGTGGATTCTTGTTACATATATGTTTTTTTAATTGTTTTCTCGAGGGATTCTTCTGGTTTT
GATTTGTTTTAGGATTTGATTTGGGAGAATTTTGACGCTATGTTTGCCTATTTGTCCTGTATCATCGTTATTTGCGATCATAGAATGGGTAAGGGATTGAAATCATGTATCGATGGTAAGCAATTTAACTACATAGAATATTTAATTTTACTTTCTATGTTAATGGAATGGAAAGGAATATTGAATGGATTTTTTTTTAT
TTTTCAAAATAATTATGAATGTTTTGTTTGAGGGTTTATTAAGGTTTTGAGTGTTTCTTTCTTTTCAGCTTATCTACAAGACATGTTTCCTTCTCTTTCATTGTTATTTGTAAAACCTAAAACCTAGGTTTATTAGAGTTGGGCATGGCATATGAAAGTTGGGTAAGCAATTCAATCATATAAAATATTTAATTTTGTTA
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ttatgaaacctagaaagtatctaattaggttttatgtgttgatgtaaaggaagttttgcaatatattttttatttatttaattttgggttttatgtgttgatgtaaactaagcctattattcaatctagtgtctgtttatgtagtaggtacttcctgtatgcttctttttaacataattacttgcttttcttaaattgtt
tattaattattttttttctctgaatttttttagaaatcatatatttaatttttttattttgaatattaaatttcaataatagatttaatgatttttttttttttttttaataaaacttatgaatgatccacgaagaagGAAAACTAAAAGTTGAGACTTCATGCTTCAATGGAGTGTTTATTTATCTGATAGGTATGTCC
TCTAGTCTTCATTATCTGATAACTAAGTCCTATATGATTCATGTTTATCATAATTACTTGAATGCTCGATAGCTCCTCTATGACGAGCCTTAAGCACGCAGTTAGACATATCATTATTTCTACAGAAGGTGAAGAAATCACCAAACCTAATCAGATATCAGGCCTCCTCTGGGCGAGGAGAAATAATTTCTTACCAAATG
TAAATTAAAGTAACGAGAACATTATGGTGTCCCTTAGGGACCTGTCACGGGATTATGGTGGCCCTTCTTACATGAAATCATTTCATTTCGTGTTGTTTTCATATTTACTTTCTTTTTTATTATTTTGTGTGCTCAGCTACCTCCTTTTTTTCTTTGATTATCCTTATTTTGTGTGTTCAGATACTTCTCGTCCTTTATGT
TTTGTGTGCTTTGCTACTCATCCTCATAAATGAGAAAAATGTTCCCTGTTATTCTGTATAGACTAGAAAACGGTATTAATTCCACATATTTGTCATTTGCTTTGTACCATGAATTCTCCTTCTCAATATTAAACTTGTGCTGCTCTTTGCAATAAAAATCATTTACATAGGAGATAACATGATAGTTATCTTCTTCTGTA
ACAATCTCACAAACCTTTATTGTTGGAGAAAATGGCTAACTGTAGTTTGAAATTCTCTGTCATTAGAAAGTTGGGAATTAGTTGAGCAAATTTGACAAAACTGTTGTATTGTTATTATCAAGATTTTTATGTGATTTGAATGCATCAGCTTCGCCTTCATGGGCTCTAAGTTCTCTGACAAACTCTGAAAGCCTGTAACT
TTACTGTAATCTTTACCGGTTTCTCGAGTTGTGTATCCTTCCTCTATGAGTTTTATAACGATATGACCCAATGTAACTCCAATGAGGGCTCCTAATTTTCGTGAGGAGGAAGAATCTCAGGCCTAATTTTCGTGAGCAGCAGCTTCATGGAGCTAACAAAACGCACAATTGGGTTTTCCCTAAACTAAGTGCAGAAGGTC
ATATAGGGTTCTAGGGCCCAATAAGCCGAGAGCTCATCTTATACAGCTTTGCCACAGAGCCGGAAACCCACCGCCCATAGAACGTTCCCGCACGCCCGCTATGTAAGCTGGATTGCACTCTTCCGTCATCCCCCAACCTCACATCTCTTGGGAGGACTTGAATTCCAATGAGGTGCTTGTCGCTGCCTGCATGCTTAAAG
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ACACAAGACAAACTAATCAAAGGAAGGGCAAGAAAGATAGAATCGATATTTACCCTTCCTCACTTGAAAGGGCAGATCTCGGGCAGGGCGAGTACAGACAACTAATAATCATAATGGCACTCTCCTACCCCAAGCCAGTGATTCCAACCAGCTACCAAGCGCCTCTGATAGCATTGTCCAGCTGCTTACCGGACTGCCTC
ATAGGCCCAGCTGCTTACCGGACTGCCTCTTGTGGCTCTCGCTTTCAATACTTGAGCGTGCTCTGTGCACGTTCCTCTCCAAGATGCCAATGTTTCCATACTCAATAGCTCTTTTGTTCATAACCCTCTTGGAGTATTATATAATTTTGTAAATGTACTTTATATTTAGTTTAATTATTTAGTTTTTTTAATAATTATAA
ATATGGGTTAATTATATTTTTTAAATCAATAAATAAATTTGTATTTATTTTAATTTTGATATTTTTTCATATTTTTA