sp|Q8LPL6|AP2A1_ARATH ----> AP-2 complex subunit alpha-1
Intron 1 GTACACAACT ... GATGCATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.42 | 43 | 1 | 5 |
| A2 | 13.79 | 25 | 2 | 4 |
| A3 | 7.69 | 48 | 2 | 4 |
| A4 | 17.24 | 24 | 5 | 5 |
| A5 | 5.26 | 18 | 0 | 1 |
| A6 | 7.25 | 192 | 1 | 15 |
| A7 | 16.24 | 227 | 0 | 44 |
| A8 | 14.21 | 157 | 1 | 26 |
| A9 | 15.79 | 176 | 3 | 33 |
| A10 | 16.46 | 137 | 4 | 27 |
>TRINITY_DN107776_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformCTGTCTTCTCTTCCTGCTGGCTCACCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAAAATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGATGGAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGG
TTAGGGCATCGGATGATGACGACGATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTCTAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCTGTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTA
TAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGAACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTTATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACTTTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATA
TCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAACAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGATATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGA
TGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAA
ACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTT
CAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGAC
TAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTG
AGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGTTGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGAC
AAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCC
AGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTG
ACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCT
CTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGA
GCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTC
CTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGG
AAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGT
TGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAG
ATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGA
ATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATG
AGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGA
>TRINITY_DN107776_c0_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:GATAACTGTTTCCCCGGGACTTGTGAGTATGGTCCTGTGTATGTATTTTTACAATATCTTGTCTCTGACTGGTAGATTGACTACATATATGAAAAAATAATCTCTTGCAGGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGgtacacaactaactaccc
aatacaattgttttaatttttcatttctttagtatgcccaaggaatactgtgcttatgccatgtattttgatgcattagATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTA
CAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGTTCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTT
AATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTAT
TCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGC
AAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGA
Intron 2 GTAAGATTTT ... GTGCTCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.59 | 158 | 1 | 27 |
| A2 | 23.15 | 139.4 | 0 | 42 |
| A3 | 27.93 | 149.7 | 0 | 58 |
| A4 | 20.57 | 150.6 | 0 | 39 |
| A5 | 30 | 70 | 0 | 30 |
| A6 | 23.03 | 50.1 | 1 | 15 |
| A7 | 24.66 | 94.7 | 0 | 31 |
| A8 | 30.77 | 18 | 0 | 8 |
| A9 | 23.22 | 89.3 | 0 | 27 |
| A10 | 31.95 | 72.4 | 0 | 34 |
>TRINITY_DN105891_c0_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoformCGTCGCTATATAGATATCTATGGTAATTACTGTCTTCTCTTCCTGCTGGCTCACCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAAAATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGAGG
GAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGGTTAGGGCATCGGATGATGACGACGATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTCTAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCT
GTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTATAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGAACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTTATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACT
TTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATATCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAACAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGATATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGG
AAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGATGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGT
AATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAAACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCA
ACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTTCAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAAC
ATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTA
TCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTAGGATTGCCAGCCATACATTTGGATGTTGTTATGTCAGCTCTCTTTAAGTACATTTTGTTTTGTTTCCTGTTTCTGGTTTGCAATGAAAAATGAACCCTTGATATGTTTTT
TTGTTATGCTGTTGATGTAATACCGTCGGTAATATTTTCTTCTTGTTTGTTATTGTGAATATTCATGCGAATGAGACATTATGTCTGCCAATATTTACGTGT
>TRINITY_DN105891_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:TAACATTCGGTATCTTGGGCTGgtaagattttaaactgtttactgctttgtttgaaacctcaaggcttcccaagtaaaacatgtttgtattgcaaaattaataaaggttaatgctcagcccttaagaatcaatctgttgacaaggaccaacgttgttttactggtctgccatagagaatcacttgtggtttaattattat
gttagcagtagcatttttgaaacaagttgacaaacataataataatactgcatggaaatatttaagttatcatgttcatgcttttatttgtttgtgctcgcagGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAA
GTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGT
Intron 3 GTGTGTCATC ... GCTCCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.08 | 94 | 3 | 4 |
| A2 | 4.35 | 66 | 0 | 3 |
| A3 | 10.17 | 53 | 0 | 6 |
| A4 | 4.49 | 85 | 0 | 4 |
| A5 | 0 | 23 | 0 | 0 |
| A6 | 0 | 35 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 49 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 25 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 48 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 52 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCATTATCAAAAATGTCATTTATCACTTGTGACTTATTTCTACTTTATGACAATATTACTTTAGTACATAGCATTAATTACTCAAATAAAACAAACATTACAATATCTAACAAAAGATACCTGTACTTTTTTATTTAGTGTATTTTCCATATTTTGGAACAGGAAAAGTATCAATATCCTTAATTCTAGATGCGGTTGATG
CTACAGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGA
CATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGT
TGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGACAAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCT
GGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCCAGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGC
AGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTGACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTG
CTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCTCTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGAT
TCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGAGCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGGTATTTCTTCTGATACATTC
TCCACTGTTCTGTGTAATAGATGTTCCAGCAAGCTTGTTGCATCATAGGATTCTTACATAAGAATAAATACAATAAGTTTTATCTGTTTTTTTTCAGTACTTTTTTTCTTAGTATGTTGATATTAAGTTAGGAAGGGATGAAAAGTGAAAACACGATAGAACGTGTATACCTTTGCTGGCTGTCAAAACTGAATATTCCC
ACTTAGCATTACTTAAATTATTTATTTGGAAAGCCCAGTTGTATAACATTGTGATAGTCAGTCCCTTAAGATATAGTTTTCTGTTGCTCTGAGTTGAAATTTATGGAGAGAAAAATATATTGATGGAAGATGCAGAAATGAATGATATAATTCCACACGTCAACAAATCATCTTTCCCTTATGAATATGGCATATTTGTT
GATGAATTCCATTCAGTCAAAATTTAAGCTATTAGGATTTGCTTAGACTACAAAAAGAAAAAGAAAAGTACACTAGATTCAAAGTCCACTCTAAAGCGGTGTCATAGCTACTGAACGACAACTTGTCATTGAGGTGAACGTGATCAAAACATGTGTTCAAGAGCATTTACAGATTTACCTGGACATTTGAATCCTCG
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCACAAACAATGAAGACTTGCAGgtgtgtcatctatgccaggactgctgttttaagattgaattttatttgatttctagatggaatggctttttagtttttgagatgtttatgcaagttgttgctcctacagCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGACAAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGT
GAGAAATGCTGGGATATTGTTTTGTTTATAAGCATACAGATATATGTTAAATTTTGGTTAGGGTTAGGGTTTGATGCAGAATAATAAACAAACGATGTACTTTAATGCAAAATTACGTTTAAC
Intron 4 GTATGGGCTA ... TCTCCCCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.4 | 20 | 17 | 44 |
| A2 | 71.93 | 8 | 13 | 28 |
| A3 | 64.96 | 24 | 29 | 60 |
| A4 | 58.73 | 13 | 19 | 18 |
| A5 | 69.7 | 5 | 10 | 13 |
| A6 | 64.47 | 81 | 120 | 174 |
| A7 | 65.06 | 94 | 122 | 228 |
| A8 | 58.98 | 121 | 135 | 213 |
| A9 | 65.45 | 104 | 126 | 268 |
| A10 | 61.78 | 43 | 45 | 94 |
>TRINITY_DN107776_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformCTGTCTTCTCTTCCTGCTGGCTCACCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAAAATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGATGGAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGG
TTAGGGCATCGGATGATGACGACGATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTCTAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCTGTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTA
TAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGAACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTTATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACTTTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATA
TCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAACAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGATATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGA
TGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAA
ACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTT
CAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGAC
TAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTG
AGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGTTGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGAC
AAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCC
AGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTG
ACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCT
CTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGA
GCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTC
CTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGG
AAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGT
TGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAG
ATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGA
ATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATG
AGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGA
>TRINITY_DN107776_c0_g1_i14 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTGTCTTCTCTTCCTGCTGGCTCACCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAAAATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGATGGAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGG
TTAGGGCATCGGATGATGACGACGATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTCTAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCTGTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTA
TAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGAACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTTATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACTTTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATA
TCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAACAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGATATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGA
TGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAA
ACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTT
CAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGAC
TAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTG
AGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGTTGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGAC
AAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCC
AGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTG
ACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCT
CTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGA
GCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTC
CTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGG
AAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGT
TGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAG
ATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGgtatgggctatttgttctctccgagtataccaactatggattacagatcctgcagatgttcttgctggttaatttagattgcatttcatctcaattgatatgggctatttgttctcccccagTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCAT
GTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAG
TATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCAT
TTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGA
Intron 5 GTATGACAAA ... TTTGTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.43 | 50 | 9 | 24 |
| A2 | 14.58 | 41 | 6.8 | 7 |
| A3 | 23.26 | 33 | 5.5 | 10 |
| A4 | 19.3 | 46 | 9.9 | 11 |
| A5 | 39.13 | 14 | 2.6 | 9 |
| A6 | 15.58 | 130 | 18.6 | 24 |
| A7 | 19.81 | 166 | 21.6 | 41 |
| A8 | 21.51 | 135 | 26.4 | 37 |
| A9 | 16.45 | 127 | 18.6 | 25 |
| A10 | 20.61 | 104 | 10.4 | 27 |
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTAGCAACATTGGAAAATATGCTCCACACATAATCTTTCCTCCACTCCAGTACTTCAGCTTTATTAGAGTGCTGGTAATTTTTAGGGGAATAGACACGAGTTATTTAAAATCCACCTATGAAATCTACTATTCTAGCCTCTTCAGACAAATATTCCTGTTTACTTACAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATA
GTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCCAGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATT
GATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTGACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACT
GGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCTCTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTG
AAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGAGCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATT
CAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTCCTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACG
AGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTC
TATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCC
ATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGT
TCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAA
AATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCA
GCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGAGTT
TTCTTTTTTCTTTGTTCATATGTCCGTGGGTGTGTGCTATACATGGAAGTAATCAATATGCAACCCCTTCTGAGAAACAACGTTAAAACAGAACCAGATGAATCTTTTGGTAAGTAATAAATGTTGAAGTCATTCATCTTTATGGTTTAATTTTATAAATGCCCC
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGTTTTGCAGACAATAAATTTAAGATTTCTCGGTTCTGAAGACCTTTAAGGTTTGTAACTCTCTCTATAATAATCTAAACCTCTTATATTGTTGGTACAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAgtatgacaaact
ctcttatttgtaaatcttttcacatagtatgtatctgatcttgcacaaggaattttggaaatatggcacaaaactttttcttttgtttcagGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTTGCCAGCCCACCAT
TGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGA
ACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTA
GAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGTTCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATT
ACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATC
GATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGAT
GTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGAGTTTTCTTTTTTCTTTGTTCATATGTCCGTGGGTGTGTGCTATACATGGAAGTAATCAATATGCAACCCCTTCTGAGAAACAACGTTAAAACAGAACCAGATGAATCTTTTGGTAAGTAATAAATGTTGAAGTCATTCATCTTTATGGTTTAATTTTATAAATGCCC
C
Intron 6 GTATGTATCT ... TTAAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.92 | 38 | 14 | 10 |
| A2 | 16 | 21 | 4 | 4 |
| A3 | 20 | 40 | 10 | 9.5 |
| A4 | 30.56 | 25 | 11 | 2 |
| A5 | 16 | 21 | 4 | 7.5 |
| A6 | 11.97 | 125 | 17 | 24 |
| A7 | 20.47 | 101 | 26 | 23 |
| A8 | 18.62 | 118 | 27 | 23 |
| A9 | 16.9 | 118 | 24 | 19.5 |
| A10 | 26.09 | 68 | 24 | 12.5 |
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTAGCAACATTGGAAAATATGCTCCACACATAATCTTTCCTCCACTCCAGTACTTCAGCTTTATTAGAGTGCTGGTAATTTTTAGGGGAATAGACACGAGTTATTTAAAATCCACCTATGAAATCTACTATTCTAGCCTCTTCAGACAAATATTCCTGTTTACTTACAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATA
GTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCCAGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATT
GATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTGACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACT
GGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCTCTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTG
AAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGAGCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATT
CAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTCCTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACG
AGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTC
TATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCC
ATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGT
TCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAA
AATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCA
GCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGAGTT
TTCTTTTTTCTTTGTTCATATGTCCGTGGGTGTGTGCTATACATGGAAGTAATCAATATGCAACCCCTTCTGAGAAACAACGTTAAAACAGAACCAGATGAATCTTTTGGTAAGTAATAAATGTTGAAGTCATTCATCTTTATGGTTTAATTTTATAAATGCCCC
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATTATCAAAAATGTCATTTATCACTTGTGACTTATTTCTACTTTATGACAATATTACTTTAGTACATAGCATTAATTACTCAAATAAAACAAACATTACAATATCTAACAAAAGATACCTGTACTTTTTTATTTAGTGTATTTTCCATATTTTGGAACAGGAAAAGTATCAATATCCTTAATTCTAGATGCGGTTGATG
CTACAGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGA
CATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGT
TGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGACAAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCT
GGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCCAGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGC
AGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTGACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTG
CTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCTCTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGAT
TCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGAGCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATG
GCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTCCTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTC
TAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGgtatgtatcttcaatatgtgtagggaatactggggatagaaa
cattcagtttttgcaataaggaatcatcgaggctgtattatgtgtctaaattatggaattatattgtttgaatactctggaacatatttgtccaaatacacagatatatcaaatactgcttaaaatttcttgtcttaatgacattgctgttatgctctctattagttgatgttggcttgtaagaatggttgtaaggtgtt
cagtggagctgcaaaatgtttctggtttctcttgttttgaggccagatatctcctacaaagttttctagtgctgatttgaggctgcactggatttatttagtttctcttggtgatctctaacttgaaggattattttaaatgcagGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCC
TTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAG
CAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGTTCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCT
GCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAA
AAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAG
TTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGAGTTTTCTTTTTTCTTTGTTCATATGTCCGTGGGTGTGTG
CTATACATGGAAGTAATCAATATGCAACCCCTTCTGAGAAACAACGTTAAAACAGAACCAGATGAATCTTTTGGTAAGTAATAAATGTTGAAGTCATTCATCTTTATGGTTTAATTTTATAAATGCCCC
Intron 7 GTAAGTTTGT ... TTGGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.15 | 94 | 3 | 13 |
| A2 | 15.19 | 67 | 0 | 12 |
| A3 | 16.09 | 73 | 3 | 14 |
| A4 | 22.37 | 59 | 0 | 17 |
| A5 | 14.29 | 24 | 0 | 4 |
| A6 | 12 | 44 | 0 | 6 |
| A7 | 13.75 | 69 | 0 | 11 |
| A8 | 17.14 | 29 | 0 | 6 |
| A9 | 12.12 | 58 | 0 | 8 |
| A10 | 16.33 | 82 | 0 | 16 |
>TRINITY_DN39577_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAAAATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGAGGGAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGGTTAGGGCATCGGATGATGACGACG
ATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTCTAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCTGTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTATAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGA
ACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTTATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACTTTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATATCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAA
CAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGATATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGATGTTCAAAAATTACTGATTTCCAG
CAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAAACAACCATGATAGTTACTGGAGTT
GTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTTCAGCGCATTTTGATGGGGACAGAT
GTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGT
TCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAA
TACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGTTGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGACAAGCCTGCTGTGCATGAAACCATG
GTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCCAGATCCAGAATTACAAGAACATGT
CTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTGACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGA
AATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCTCTAACTGCACCGACAGCACCTGAC
CTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGAGCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAA
AGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTCCTGATACAATTCCTCCGAGAGCGC
AGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTTGCCAGCCCACCATTG
AAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAAC
GCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGA
ATGCATTTCATCTCAATGGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCC
ATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTG
CCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGAGTTTTCTTTTTTCTTTGTTCATATGTCCGTGGGTGTGTGCTATACATGGAAGTAATCAATATGCAACCCCTTCTGAGAAACAACGTTAAAA
CAGAACCAGATGAATCTTTTGGTAAGTAATAAATGTTGAAGTCATTCATCTTTATGGTTTAATTTTATAAATGCCCCATATCTTGTCTCATTTATTATAGC
>TRINITY_DN39577_c0_g2_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:CATGACAAACTCCCAACTGTGTCgtaagtttgtttggtgttttgagatggtttattgtttacatcctcttattttcctgataactgtcaaagcaactaaaatataatttatggctgtcctacaaatacttataatgttgggtgcagAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACAC
GCAACCTCCAGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATA
CAGAAGGTGACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGG
CAGGATTCTCTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAG
CATTACTGAGCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTT
CACATGTTCCTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTC
TCTCAGTGGAAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTT
GATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAG
ATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGTTCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAG
TGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTT
TCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAA
ATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTATATCTAGAGTTTTCTTTTTTCTTTGTTCATATGTCCGTGGGTGTGTGCTATACATGGAAGTAATCAATATGCAACCCCTTCTGAGAAACAACGTTAAAACAGAACCAGATGAATCTTTTGGTAAGTAATAAATGTTGAAGTCAT
TCATCTTTATGGTTTAATTTTATAAATGCCCCATATCTTGTCTCATTTATTATAGC
Intron 8 GTAGGCACAA ... GTTGGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.42 | 31 | 7 | 2 |
| A2 | 21.43 | 33 | 9 | 1 |
| A3 | 22.58 | 48 | 14 | 0 |
| A4 | 28.57 | 30 | 12 | 9 |
| A5 | 26.67 | 11 | 4 | 1 |
| A6 | 15.04 | 113 | 20 | 1 |
| A7 | 23.2 | 96 | 29 | 4 |
| A8 | 17.29 | 110 | 23 | 6 |
| A9 | 19.85 | 105 | 26 | 2 |
| A10 | 15.71 | 59 | 11 | 2 |
>TRINITY_DN107776_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformCTGTCTTCTCTTCCTGCTGGCTCACCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAAAATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGATGGAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGG
TTAGGGCATCGGATGATGACGACGATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTCTAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCTGTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTA
TAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGAACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTTATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACTTTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATA
TCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAACAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGATATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGA
TGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAA
ACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTT
CAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGAC
TAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTG
AGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGTTGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGAC
AAGCCTGCTGTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCC
AGATCCAGAATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTG
ACGCAGCTGAGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCT
CTAACTGCACCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGA
GCGTTTTCAAGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTC
CTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGG
AAAACACTTGCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTATGTATCTTCAATATGTGTAGGGAATACTGGGGATAGAAACATTCAGTTTTTGCAATAAGGAATCATCGAGGCTGTATTATGTGTCTAAATTATG
>TRINITY_DN107776_c0_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTTAAAGGAATGCAATGGAGTAACCTTTCTATTTGCTGTAGCCCTCTTTGATTTCACTTGGTGATTTTATTTAAAATTCAGACAGATGTTACATCTGCTTGTGTTTTCCACAGAATTCTTTGTTATAGTCTCAGGTTTTCAGATTTATGTGTCTCATAGGAGGTTAGGAACTGATTCAGAATGCGACTTCAACTGACGTG
TTGGAAAGGGTCATTTGTATCACTGTAAAATTGTAAATCATGTTTACGTATTCTAATTTGTATATTGCTTTTGTTGTGCTCAATTTAATTCGCTGCCTACAATTGTTGATGGAAATGCCAACTGTGTACAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACA
TCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTCCTGATACAATTCCTCCGAGAGCGCAGgtaggcacaactatcatgagatttagtagatgatacattgttctcttataaacaaatttgctgagaaccagaggctgtttggttttgcagacaataaatttaag
atttctcggttctgaagacctttaaggtttgtaactctctctataataatctaaacctcttatattgttggtacagGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTATGACAAACTCTCTTATTTGTAAATCTTTTCACAT
AGTATGTATCTGATCTTGCACAAGGAATTTTGGAAATATGGCACAAAACTTTTTCTTTTGTTTCAGGTAAATGTCAAG
Intron 9 GTGAGTATGG ... TCTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.69 | 48 | 4.7 | 9.8 |
| A2 | 17.27 | 21 | 2.9 | 4.5 |
| A3 | 28.14 | 65 | 10.1 | 26.5 |
| A4 | 19.69 | 28 | 4.6 | 6.9 |
| A5 | 21.42 | 32 | 9.1 | 8.9 |
| A6 | 25.17 | 214 | 15.7 | 75.7 |
| A7 | 27.31 | 192 | 7.1 | 76.4 |
| A8 | 25.48 | 172 | 21 | 61 |
| A9 | 21.47 | 171 | 14 | 48.3 |
| A10 | 29.8 | 119 | 3.2 | 53.4 |
>TRINITY_DN112754_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTCCAATTTCATTTAACCATGCTTTTCTAATTCTATGTGGGACTGCTAAAACACTAATTTCTTGTACTTGTATCTCATGCTTTTTCTTCTTCTCAATTTGATGACATTTTTGCATTATTATGAATCATGATCACTTTAAAGTTTATTGTTTATTCTGCATTTGTTATTTTAAAACTTGTTTAAGTGCCAGTAATTTATATT
ACCTGGATTTTTTTGTTCCTTTATGTGGCTCCATTTCTAAAGTGTGATATTTAAAATTTTAATGACTGTATAGTCAAATAAATGATGACACACTCAACAAATTGACTGAACAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTTCAGCGCATT
TTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTT
GATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAG
CTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTATGTTGATGTTATCCTTCAGTTGATAGACAAGGCAGGTGATTTCATAAGTGATGACATATGGTTTCGAGTTGTTCAGTTTGTCACAAACAATGAAGACTTGCAGCCATATGCTGCAGCAAAGGCTCGAGAGTACCTTGACAAGCCTGCT
GTGCATGAAACCATGGTGAAGGTTGGTGCATATCTACTAGGAGAGTATAGTCACCTCTTATCCAGAAGACCTGGTTGCAGCCCAAAGGAAATATTTGCTATCATTCATGACAAACTCCCAACTGTGTCAATCCCCACTGTTGCGCTTCTTCTTTCTACATATGCAAAGATACTGATGCACACGCAACCTCCAGATCCAGA
ATTACAAGAACATGTCTGGGCAGTTTTTAGCAAGTATGAAAGCTACATTGATGTAGAAATACAACAACGAGCAGTGGAGTATTTTGCTTTAAGTCAAAAAGGGCCAGTCCTGATGGACATATTGGCTGAAATGCCCAAATTTCCTGAACGCCAGTCTGCACTATTGAGGAGAGCAGAAGATACAGAAGGTGACGCAGCTG
AGCTCAGTGCGACGAAATTGCGATTGCAACAGCAAATGTCAAATGCACTGGTTGTTTCAGATCAGCGACCTGCTAATGGATCTCTACCTACTGGGAAGATAAAGATGCCTGTAGTGTCTCATAATATGGAAATTACTGCTGTAGAGCCAGCAATCCGGCAGGTTAATGGGGTCATTTCAAGGCAGGATTCTCTAACTGCA
CCGACAGCACCTGACCTCCTAGGGGATCTCCTGGGTACACTTGCTATTGAAGCTCCTCCGGGTCCAGTTGATTCAACTCAATCTAGTTCTCTTTTGGCATTGGAAGGTCCAACTGGGGCTTCAGATCCTTTAGCACTTGCAATCCTTGCTGAAGATTCAATTTCAGTCCAGCCAATTGGGAGCATTACTGAGCGTTTTCA
AGGTTTATGCCTAAAAGATAGTGGTGTCCTCTATGAAGACCCTTTTATTCAGATAGGTTTAAAGTCTGAATGGCGAGCTCATCATGGACGTCTTGTCCTCTTCTTGGGCAACAAAAATACATCAACACTAGCTTTTGTTCAAGCTGTGATTTTGGCCCCCGCACATTTGAAAATGCAGCTTTCACATGTTCCTGATACAA
TTCCTCCGAGAGCGCAGGTGCAGTGTCCACTTGAAGTTGTGAATCTACGAGCAAGCAGGGATGTGGCAGTTCTAGAATTCTCCTATAAAAATAACACTATTCCAGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTT
GCCAGCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTGATCCCAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGA
CCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAACTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTG
CTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGTTCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGCATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGT
GTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATCAGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATC
CTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGTGACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGA
ACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTA
>TRINITY_DN112754_c0_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:TGACAAACTCTCTTATTTGTAAATCTTTTCACATAGTATGTATCTGATCTTGCACAAGGAATTTTGGAAATATGGCACAAAACTTTTTCTTTTGTTTCAGGTAAATGTCAAGCTACGGTTGCCTGTTGTCTTCAACAAATTTCTACAACCTATATCTATGTCTGTTGATGAATTTTTCTCTCAGTGGAAAACACTTGCCA
GCCCACCATTGAAGCTGCAAGAAGTGGTCAGAGGTGTGAAGCCTCTATCACTGTATGAAATGGCAAATTTGTTCAACAGCCTTCGGATAACTGTTTCCCCGGGACTTgtgagtatggtcctgtgtatgtatttttacaatatcttgtctctgactggtagattgactacatatatgaaaaaataatctcttgcagGATCC
CAATCCTAACAATTTAGTTGCAAGTACCACATTTTATTCTGAGGCTACCAAAGCCACGCTTTGCTTGATTAGAGTTGAAACAGACCCTTCTGATAGAACGCAATTGCGGATGACTGTTGCATCATCTGATCCCATGACGACATTTGAGTTTAAGGAATTCATCAAGGAGCAGCTTGTCAACATTCCTACAGCTCCTGCAA
CTCATGTAGCTCCAGCTCCGTCACCACCTCCACCTCCTGCAGTACATGTACCCTCAGGGATTACAGATCCCGCAGATGTTCTTGCTGGTTTAATTTAGAATGCATTTCATCTCAATGGGTATGGGCTATTTGTTCTCTCCGAGTATACCAACTATGGATTACAGATCCTGCAGATGTTCTTGCTGGTTAATTTAGATTGC
ATTTCATCTCAATTGATATGGGCTATTTGTTCTCCCCCAGTATTCCAAGTGTATGAGCTTTTTGAGTGGCCTCATGTCAGTGGTGTGCTGTCTAATTACAAAGTCTTAAATGTTGAAGGGCTACCTAGGAGAAAATTGGTGCAATGCAAGTGCTCGCGGAGAAGATTAAAAGCATAGTGACATTTTATTCTAACAGAATC
AGGAGTGATATTTTCGTGTCCATTCAGTTCTGCTGGGATGCATTTGGGGTGACCTATCAGAGCTTTTCCCTTCAGTATCACATCCTTTTTTGGAATCGATAGCCATGTGAGTATTTTTTATTTGTAATTCTCAGCACAGGTTCCTGCGGGGGCCTTCTGTATTTTGAAGTTTGAGAAGTAGGCTGTGCAAGTAAATGAGT
GACCATCATTGTAATAGTTTGCCATTTCCAATTAGTTCAATATTTATTCAATAAAATCTAGACCAAATGAATCATTTGGTAAGAACTAGTAGTTGATGTTCAACTTTGCATCTAATTTTGTA
Intron 10 GTGAGTCAGA ... GTGCAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.73 | 241 | 104 | 63 |
| A2 | 22.44 | 197 | 79 | 35 |
| A3 | 24.73 | 172 | 74 | 39 |
| A4 | 20.25 | 195 | 59 | 40 |
| A5 | 23.39 | 95 | 42 | 16 |
| A6 | 23.44 | 49 | 18 | 12 |
| A7 | 22.78 | 100 | 46 | 13 |
| A8 | 24.39 | 31 | 13 | 7 |
| A9 | 22.66 | 99 | 38 | 20 |
| A10 | 29.03 | 99 | 56 | 25 |
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformGGGGCCTTTGACAACCTTGACACAGTCAAAACATGCTCCCCTCCGCTAATATATAACATGCTCCGTCGCTATATAGATATCTATGGTAATTACTGTCTTCTCTTCCTGCTGGCTCACCTAACTCGAGTTACTACATGAATAATAATAATAACTGGGTCATGGAGAAATAAACTAAAGGGCTACGGGCGAAAAAAATTGAA
AATACCCAATTGGCAAAAAGTCTTCTTCTCCCATGGTTGCAGAGTCGTCTTCTTCATAGGAGGGAGGGTCGAGTGGAGACGAATGCAATCGGTTAGGGCATCGGATGATGACGACGATGATGTTCTGGTAGGAAAATCCGTGGTATTATGCGGTTTTGCCTTTGGATCTGAGGAGCTGCTGTCGGGTGTTCATTAATCTC
TAGTAGAGAGAATTGATTGATTGATTGATCTGTGGATTGGATCGGCCGGGCGAAGATGGCTCTGTCCGGGATGAGAGGGCTGTCGGTCTTTATAAGCGATGTAAGGAACTGTCAGAACAAGGAGCAGGAGCGCCAGAGAGTCGACAAAGAGCTCGGTAACATCAGGACGCGTTTCAAAAATGAACGGGCTTTGTCGCCTT
ATGAGAAGAAGAAATATGTCTGGAAGATGCTTTACATTTATATGCTTGGCTATGATGTAGACTTTGGTCATATGGAGACTGTTTCACTTATATCTGCTCCTAAATATCCAGAGAAACAGGTTGGATACATTGTGACTTCATGCTTATTAAATGAGAATCATGACTTCTTACGATTGGTTATCAATACTGTCCGCAATGAT
ATTATTGGGCGGAATGAGACGTTTCAATGTTTGGCGCTTACTATGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGATGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCTTCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGA
GGGTTGGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTCTTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAAACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAA
GTCCATGGCTGCAGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCAGTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTTCAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTATGCCTTGACAATGCAATA
CTAATTTTGGAATTTTGCTGTTATAATTTTTTTAAGCTTTAACAGAGGAATTGGGCAAATGTTAAAAGCAAAGCTATGAAGAGACTAGTATAACAAGGGAATGGAT
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTGGTGTAGTGATGCAACTCTAGCTTGCTCTCAAATTGATATCTGCATATGCATCTCTAATGTATCTATGGTCCTAATGCAGGTGGGAAATATTGGTGGGAAAGAGTTTGCCGAGTCATTAGCTCCTGATGTTCAAAAATTACTGATTTCCAGCAGCTGTAGACCACTTGTCAGGAAGAAAGCTGCTCTTTGTCTTCT
TCGCTTGTACAGGAAGAATCCAGATGTTGTGAATGTAGAGGGTTGgtgagtcagaagactttggaaatacataaatctagttgtcactgtatccagcttgcatgggatgtatttgtgttcaaagctaaccacacctctatgatgtgcaagcagGTCAGATCGCATGGCACAGCTGCTTGATGAGCGTGATCTTGGTGTTC
TTACTGCTGTAATGAGTCTTCTTGTAGCTTTAGTTTCAAACAACCATGATAGTTACTGGAGTTGTGTACCAAAATGTGTGAAAGTTTTAGAAAGACTTGCAAGAAGCCAGGACATTCCACAGGAGTATACTTACTATGGAATCCCAAGTCCATGGCTGCAGGTTTGATCCCTAAACCCATATATTATTATTTGTCAGTAA
TGGACAGAATATGCAAAGACATTGCATACATTGTATGAAATACCAATCTCTTATTAGATGGATATTTGTTTCATGTGTGGC
Intron 11 GTAAATTCAT ... TGACATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.26 | 113.2 | 8 | 2 |
| A2 | 5.06 | 94.7 | 4 | 6 |
| A3 | 1.79 | 110.7 | 2 | 2 |
| A4 | 4.49 | 106.8 | 2 | 8 |
| A5 | 0.83 | 60.8 | 1 | 0 |
| A6 | 0 | 42.2 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 66.7 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 15.8 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 68.5 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 52.5 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i18 from sample A1 / Example spliced isoformCATTATCAAAAATGTCATTTATCACTTGTGACTTATTTCTACTTTATGACAATATTACTTTAGTACATAGCATTAATTACTCAAATAAAACAAACATTACAATATCTAACAAAAGATACCTGTACTTTTTTATTTAGTGTATTTTCCATATTTTGGAACAGGAAAAGTATCAATATCCTTAATTCTAGATGCGGTTGATG
CTACAGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGAAGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGA
CATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGATTTGTTATATGGAATGTGTGATGTAACCAACGCTAAGGATATAGTTGAAGAGCTTTTACAGTATCTTACGACGGCTGACTTTGCAATACGTGAGGAATTAGCTCTTAAGGCTGCAATACTTGCTGAGAAGTTTGCACCTGATCTTTCATGGTTAAGACGATGAGGGCACTCCA
GTATTTTCCAACGATCGAGGACCCCAACATCAGAAGGTCGTTATTTGAGGTTCTTCAGCGCATTTTGATGGGGACAGATGTTGTGAAGAATGTTAACAAAAATAATGCATCACATGCTGTGCTGTTTGAGGCCCTTGCATTGGTGATGCATCTTGATGCTGAAAAGGAGATGATGTCCCAGTGTGTTGCTTTGCTTGGGA
AGTTTATAGCCGTGCGAGAACCTAACATTCGGTATCTTGGGCTGGAAAATATGACTAGAATGTTGATGGTAACCGATGTTCATGAGAGTATCAAAAGGCACCAAGCTCAAATTATTACTTCTTTAAAAGATCCTGACATAAGTATAAGGAGACGAGCTTTGGA
>TRINITY_DN124135_c2_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTTAGATAGGGTTTGGGAGTGGGGCCCACCTATTCCTCCCCATTTCCAGCATTAAATTCCATTTTTAATGGTTTTGGAACCCACAGGTCTACAGGTGACTGTTCGGGTGTCCCCATATGTCCCCAAATTCGGGGTACACCGTCTCCTTTTATCTTGGCATCCCCGCATCTGCCCACACGTGTCTTGGGTACTTGGTCGA
AGTTCTGGGTACGGCTGGGTACTCTTGTGACGTTCCCGACCCTGTACCAGGTACATGGGTACCTGTACACAGTACATGTATGCGTACCCTACCCCCGGGTGCAGGTACCCCTGCTACACAGTTTTTTATATTTGGAGTTTGTTCTTTTATATTTAATATTTGGGGAAGGTGATCTATGTTGGTGATCCCAACGTCCCTTG
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