sp|O22703|RZ1B_ARATH ----> Glycine-rich RNA-binding protein RZ1B
Intron 1 GTACCGTGTT ... ATACTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.25 | 7 | 7 | 11 |
| A2 | 50 | 11 | 14 | 8 |
| A3 | 33.33 | 22 | 17 | 5 |
| A4 | 50 | 9 | 11 | 7 |
| A5 | 40 | 9 | 9 | 3 |
| A6 | 54.87 | 51 | 102 | 22 |
| A7 | 46.57 | 74 | 98 | 31 |
| A8 | 42.18 | 109 | 117 | 42 |
| A9 | 38.67 | 92 | 82 | 34 |
| A10 | 41.01 | 64 | 67 | 22 |
>TRINITY_DN37416_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformGCGATAAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGG
AATCACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTT
GTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAG
TTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACC
GCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAG
GGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATT
TCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCT
TTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGG
AAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAA
TGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCT
ATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGG
CCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTA
GCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATT
ATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGATGCCAAATACACGCGAGAGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCGCTGTTTGGTGTAGTGTATG
GCACCACAAATAATTGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTGTTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAAGTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATGTAAATTTGTTTTTTTTTTC
AATAAAATTACGATTGCAATTTTTATTTTCAGG
>TRINITY_DN37416_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCGATAAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGG
AATCACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTT
GTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAG
TTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACC
GCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAG
GGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATT
TCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCT
TTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGG
AAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAA
TGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCT
ATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGG
CCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTA
GCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATT
ATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGgtaccgtgtttcaaaaaaagttcaatgtcacagtactttaacaatttacctttacattctttgatatttgtctatatagcatttactctggctgcttctttattgacaagctc
tcgtattattttcctggcattccaattgctttcttcatttactctggctgcttctttattgacacgctctcgtatatagcatttactctggctgcttcttcttcattattgcggataagacttgtattagaaacctgattgccatttcttgttattggaaaaggttgacaagcagttgaatgcaaatcgcacgctctaga
caatcttatgtattttatgtaacagaaaattgttttcatttttcttagtgttcatcttcccttgtatttggattttcatggtagggctagacctagatgatttttttctgtacatttcccttgaacacacgtcttcgatgaatttaatttaggtagggctagacctagatgatttttttctgtacatttcccttcaacac
acgtcttcgatgaatttaatttatcagccgaattcgttttcaattaaagtccattgtttccattccagttgaatttttgtactcgtacctttatacttgtagGATGCCAAATACACGCGAGAGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCGCTGT
TTGGTGTAGTGTATGGCACCACAAATAATTGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTGTTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAAGTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATGTAAA
TTTGTTTTTTTTTTCAATAAAATTACGATTGCAATTTTTATTTTCAGG
Intron 2 GTAAATAAAC ... CTTCATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.31 | 369.1 | 48 | 94 |
| A2 | 13.85 | 398 | 32 | 64 |
| A3 | 16.13 | 571.9 | 21 | 110 |
| A4 | 15.55 | 505.2 | 23 | 93 |
| A5 | 12.57 | 368.7 | 21 | 53 |
| A6 | 15.07 | 2245.3 | 25 | 398 |
| A7 | 14.49 | 2185 | 35 | 370 |
| A8 | 15.11 | 1135.6 | 26 | 202 |
| A9 | 15.3 | 1860.2 | 40 | 336 |
| A10 | 14.14 | 2247.8 | 33 | 370 |
>TRINITY_DN113627_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTAGAG
TTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTAT
GTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATT
ATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGT
TATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAG
ATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTC
TTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAAT
CAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCC
GAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTAT
TAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTA
GACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCT
GGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTG
GATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGT
TTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGTACCGTGTTTCAAAAAAAGTTCAATGTCACAGTACTTTAACAATTTACCTTTACATTCTTTGATATTTGTCTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCTTCTTCATTATTGCGGATAAGACTTGTATTAG
AAACCTGATTGCCATTTCTTGTTATTGGAAAAGGTTGACAAGCAGTTGAATGCAAATCGCACGCTCTAGACAATCTTATGTATTTTATGTAACAGAAAATTGTTTTCATTTTTCTTAGTGTTCATCTTCCCTTGTATTTGGATTTTCATGGTAGGGCTAGACCTAGATGATTTTTTTCTGTACATTTCCCTTCAACACAC
GTCTTCGATGAATTTAATTTA
>TRINITY_DN113627_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTAGAG
TTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGgtaaataaacaaattccaggatactgcaggtaatgacggtaaaagggtttctgctagccagggtttattcgaatgcattatgtttatttcgtgtactgctgttgaatatatatgtattcttcatacagGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTG
CTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTATGTACGCGTGCGTCTCTAATGTATATTTTCACAGAAGTTTCGAATTTAGGCTTCTTTTGTATACCGTAACTGTT
TTTATTTTTTTATTATGTAAACCAGGGTTTGATGGGGTCTCATATTTTTTTAATCAGAAATATATCTATTTTCTTAACGTCTTAGGGTTTATTAGCCTGCAATTTGTGTGCGAGCGCCATAGAGTGGTCTCCCAAGGGAAGGGCAAATAATCCAAACCCTAAGTGCTAACAAAAAATTTAAACGGGCCTGAAAAATATGG
CAGCCGTTTGTGTTTTGTCATGGAAATTGTTTTGTATGTATTTGGATGATTTATTTTGCTTGCGTTTTGTCCAGTGGCTGACCTGGTTCCCATCTCTGTCAGCGGGTTTTTTTCTGTTTCCTATCTCTGTCAGTGGGGAAAATTGATTGGTTTGTTTTAGTTTTTAAATAGAATTTTGTTGTAGTTATATTTATGTATCT
GAATATTGGTGAGGGGGACACTTAACATTAGTTAATATGTATGAGTAAATTAGTCCTAAAGGTTTTTTGATCCAATGGTGGGGAGTGCTGGGTCACCTTGAGGTAGTGGTTTGTTGTTGAAATCTCATTTTGAAAGTGATCCGTCAATTTGTGGTTGGTGCACACAAGTGGTTAAAATACTACCCACTGCCTTCTCATGT
TTGCTGCTTTGTCTGCTGGGC
Intron 3 GTAAATAAAC ... GATACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.44 | 367 | 16 | 83 |
| A2 | 13.16 | 396 | 9 | 60 |
| A3 | 15.83 | 569 | 8 | 107 |
| A4 | 16.42 | 504 | 15 | 99 |
| A5 | 14.65 | 367 | 10 | 63 |
| A6 | 17.06 | 2227 | 31 | 458 |
| A7 | 16.2 | 2168 | 30 | 419 |
| A8 | 16.57 | 1128 | 26 | 224 |
| A9 | 17.06 | 1848 | 48 | 380 |
| A10 | 17.03 | 2232 | 47 | 458 |
>TRINITY_DN96289_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTA
GAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGT
TATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGG
ATTATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGT
CGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGA
GAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACG
GTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGT
AATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGA
TCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGG
TATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCA
CTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGT
GCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAA
GTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTT
CGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGATGCCAAATACACGCGAGAGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCGCTGTTTGGTGTAGTGTATGGCACCACAAATAAT
TGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTGTTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAAGTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATGTAAATTTGTTTTTTTTTTCAATAAAATTACGAT
TGCAATTTTTATTTTCAGGAAAAAAATGTATAACC
>TRINITY_DN96289_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTA
GAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGgtaaataaacaaattccaggatactgcagGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGC
CGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTA
TGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTG
ATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGT
CCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGT
GGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTC
CTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGAT
TCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTG
GTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACT
AGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATC
TATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAAT
CTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAG
TTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGTACCGTGTTTCAAAAAAAGTTCAATGTCACAGTACTTTAACAATTTACCTTTACATTCTTTGATATTTGTCTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTC
TTTATTGACAAGCTCTCGTATTATTTTCCTGGCATTCCAATTGCTTTCTTCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTATTGACACGCTCTCGTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTA
Intron 4 GTACCGTGTT ... ATACTTGTAG
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| A1 | 56.25 | 7 | 7 | 11 |
| A2 | 50 | 11 | 14 | 8 |
| A3 | 33.33 | 22 | 17 | 5 |
| A4 | 50 | 9 | 11 | 7 |
| A5 | 37.93 | 9 | 8 | 3 |
| A6 | 54.87 | 51 | 102 | 22 |
| A7 | 46.38 | 74 | 97 | 31 |
| A8 | 41.87 | 109 | 115 | 42 |
| A9 | 38.26 | 92 | 80 | 34 |
| A10 | 40.74 | 64 | 66 | 22 |
>TRINITY_DN36665_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformCACGAGAGTTAGTGCTAGTGCGATAAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATA
GCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTT
CAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATG
GGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCACCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTAT
GGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGG
TGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGA
TTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAA
TTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTG
AGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAG
TCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAG
CACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCA
GATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGG
CAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACA
GAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGATGCCAAATACACGCGAGAGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCG
CTGTTTGGTGTAGTGTATGGCACCACAAATAATTGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTGTTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAAGTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATG
TAAATTTGTTTTTTTTTTCAATAAAATTACGATTGCAATTTTTATTTTCAGG
>TRINITY_DN36665_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:CACGAGAGTTAGTGCTAGTGCGATAAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATA
GCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTT
CAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATG
GGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCACCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTAT
GGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGG
TGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGA
TTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAA
TTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTG
AGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAG
TCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAG
CACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCA
GATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGG
CAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACA
GAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGgtaccgtgtttcaaaaaaagttcaatgtcacagtactttaacaatttacctttacattctttgatatttgtctatatagcatttactctggctg
cttcttcttcattattgcggataagacttgtattagaaacctgattgccatttcttgttattggaaaaggttgacaagcagttgaatgcaaatcgcacgctctagacaatcttatgtattttatgtaacagaaaattgttttcatttttcttagtgttcatcttcccttgtatttggattttcatggtagggctagacct
agatgatttttttctgtacatttcccttgaacacacgtcttcgatgaatttaatttaggtagggctagacctagatgatttttttctgtacatttcccttgaacacacgtcttcgatgaatttaatttatcagccgaattcgttttcaattaaagtccattgtttccattccagttgaatttttgtactcgtacctttat
acttgtagGATGCCAAATACACGCGAGAGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCGCTGTTTGGTGTAGTGTATGGCACCACAAATAATTGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTG
TTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAAGTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATGTAAATTTGTTTTTTTTTTCAATAAAATTACGATTGCAATTTTTATTTTCAGG
Intron 5 GTAAATAAAC ... CTTCATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.39 | 367 | 48 | 94 |
| A2 | 13.88 | 397 | 34 | 64 |
| A3 | 16.18 | 570 | 22 | 110 |
| A4 | 15.55 | 505 | 25 | 93 |
| A5 | 12.62 | 367 | 21 | 53 |
| A6 | 15.22 | 2228 | 27 | 400 |
| A7 | 14.57 | 2169 | 37 | 370 |
| A8 | 15.13 | 1133 | 31 | 202 |
| A9 | 15.4 | 1851 | 41 | 337 |
| A10 | 14.24 | 2233 | 37 | 370.7 |
>TRINITY_DN41448_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformGTAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATC
ACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGTAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATT
CGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACA
TCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACC
TAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCACCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAG
GAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCC
AGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTT
CTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACAT
CCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAAC
TGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCG
TTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTA
GACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGG
AACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTT
TAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGC
TTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGTACCGTGTTTCAAAAAAAGTTCAATGTCACAGTACTTTAACAATTTACCTTTACATTCTTTGATATT
TGTCTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTATTGACAAGCTCTCGTATTATTTTCCTGGCATTCCAATTGCTTTCTTCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTATTGACACGCTCTCGTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCTTCTTCATTATTGCGGATAAGACTTGTATTAGAAACCTGATTGCCATTTCTTGTTAT
TGGAAAAGGTTGACAAGCAGTTGAATGCAAATCGCACGCTCTAGACAATCTTATGTATTTTATGTAACAGAAAATTGTTTTCATTTTTCTTAGTGTTCATCTTCCCTTGTATTTGGATTTTCATGGTAGGGCTAGACCTAGATGATTTTTTTCTGTACATTTCCCTTGAACACACGTCTTCGATGAATTTAATTTAGGTA
GGGCTAGACCTAGATGATTTTTTTCTGTACATTTCCCTTGAACACACGTCTTCGATGAATTTAATTTAGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGC
CGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTA
TGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCACCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTG
ATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGT
CCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGT
GGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTC
CTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGAT
TCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTG
GTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACT
AGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATC
TATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAAT
CTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAG
TTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGATGCCAAATACACGCGAGAGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCGCTGT
TTGGTGTAGTGTATGGCACCACAAATAATTGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTGTTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAAGTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATGTAAA
TTTGTTTTTTTTTTCAATAAAATTACGATTGCAATTTTTATTTTCAGGAAAAA
>TRINITY_DN41448_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATC
ACTAGGGTTAGAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTGTAGGGTTTGATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATT
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aatatatatgtattcttcatacaggtaaataaacaaattccaggatactgcaggtaatgacggtaaaagggtttctgctagccagggtttattcgaatgcattatgtttatttcgtgtactgctgttgaatatatatgtattcttcatacagGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAA
TAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGT
GAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCACCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGG
GGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTG
ATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTC
CAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATT
GAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAA
AGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTT
CTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTT
CTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATAT
GCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAAC
CAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCT
GTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGTACCGTGTTTC
AAAAAAAGTTCAATGTCACAGTACTTTAACAATTTACCTTTACATTCTTTGATATTTGTCTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTATTGACAAGCTCTCGTATTATTTTCCTGGCATTCCAATTGCTTTCTTCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTATTGACACGCTCTCGTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCT
TCTTCATTATTGCGGATAAGACTTGTATTAGAAACCTGATTGCCATTTCTTGTTATTGGAAAAGGTTGACAAGCAGTTGAATGCAAATCGCACGCTCTAGACAATCTTATGTATTTTATGTAACAGAAAATTGTTTTCATTTTTCTTAGTGTTCATCTTCCCTTGTATTTGGATTTTCATGGTAGGGCTAGACCTAGATG
ATTTTTTTCTGTACATTTCCCTTGAACACACGTCTTCGATGAATTTAATTTAGGTAGGGCTAGACCTAGATGATTTTTTTCTGTACATTTCCCTTGAACACACGTCTTCGATGAATTTAATTTAGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTAT
TTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGA
AGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCACCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATC
ACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGG
AGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCG
ATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGA
GATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCA
GTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGT
GACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGA
AAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGT
CGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAA
AAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAATCTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTAT
TGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACGGTAGGGCTAGACCTAGATGATTAGGATGCCAAATACACGCGAG
AGGAAAAATTCTTTGGCTCAACCACGTTGGACTGTCAGACATGCGTGGATTTTAGTGGCACGAGTTCGGATTTCGCTGTTTGGTGTAGTGTATGGCACCACAAATAATTGAAATAGTACAGTACTGGAAACGTGAGGAATTAGGAGTGAAGAAAAATTTCTTTGGACCTTGTGTTTTGGAGGTGCTCAGTTCACTAGGAA
GTGATGTAACTTGAAGGGTCACAAATTGTAGTGTGTTGATCAAAGTGAGTGAAAAATGTCATGATACTCTTTATGTAAATTTGTTTTTTTTTTCAATAAAATTACGATTGCAATTTTTATTTTCAGGAAAAA
Intron 6 GTAATGACGG ... CTTCATACAG
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| A8 | 47.42 | 224 | 12 | 202 |
| A9 | 46.93 | 380 | 30 | 336 |
| A10 | 44.69 | 458 | 21 | 370 |
>TRINITY_DN96289_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTA
GAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTAAATAAACAAATTCCAGGATACTGCAGGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTGCTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGC
CGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGAATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTA
TGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAATGCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTG
ATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGATCGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGT
CCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATACTGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGT
GGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCATGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTC
CTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTTTGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGAT
TCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATTGATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTG
GTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTTCCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACT
AGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCACCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATC
TATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATTGAGTTAGTCTAACCAAATAGCTTCAAAACTGGCTGCTGAGTAAAAAATCTGCAGTGGCAAAGGAAAGTTTAGAGCCGAACCAAGCATGCTTCTGGCAAT
CTGTATATTTATTTAGCATGGTTCACCAAGTGGATTCGATTGTGTGAACACCAGTTTTTTATAACCAGCATGATACTTTTGTCAGATTGGAATAAGATGTAGGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAG
TTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACAGGTACCGTGTTTCAAAAAAAGTTCAATGTCACAGTACTTTAACAATTTACCTTTACATTCTTTGATATTTGTCTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTC
TTTATTGACAAGCTCTCGTATTATTTTCCTGGCATTCCAATTGCTTTCTTCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTATTGACACGCTCTCGTATATAGCATTTACTCTGGCTGCTTCTTTA
>TRINITY_DN96289_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATTTCTCCTTCGTCGGTTGGTTAGCTAAGACCACACGTACCTGAGCGCAGTTTGGGTTTTGTGGGTTTAGCAAAACCCTTTTTCTTCTTTCCGTTCACTATTAATAATATGAGGTTCTTATTCTTAGGCATTTGCTTTATTCGAGGTAGCAGCCGAGCCGAAGCATAGCGAGAAGAGAAGAGGAGGAATCACTAGGGTTA
GAGTTGGGATACGGCCTTTTGCCGGCTGAACTGTAAGGTAAATAAACAAATTCCAGGATACTGCAGgtaatgacggtaaaagggtttctgctagccagggtttattcgaatgcattatgtttatttcgtgtactgctgttgaatatatatgtattcttcatacagGTGAGGTTCGTAGTAGAATCTTCGTGCAAGAGCTG
CTGCTGGAAGCAATAATGTCTGGCAAGGAGGAGTACCGTGTATTTGTTGGAGGGCTTTCTTGGGATACATCAGACAGAGAACTCGAGAGCACTTTCAGCCGTTTCGGCAAAGTTGTGGATGCTCAGGTTATGTTGGATCGAGAAACTGGTCGTCCACGTGGCTTTGGCTTTGTGACTTTTGGAGATCTGCGGTCCATGGA
ATCTGCCATTAGTGAATTGCATGGGAGGGAATTAAATGGTCGAAGCATATCTGTTAATAAAGCGCAACCTAAGATAGGGGGGGATTCCGATTATGGGTATGGTGGTGGATACAGTTCCGGGAGAGCGGATTATGGTGACAGAGCCCCAGGTCGTTCGGATTGCTTTAAATGTGGTCGACCTGGACATTGGGCTCGGGAAT
GCACTGTTGGTGGGGTTGGTGGAGGTGGTGGGCGCTTCTCATCACGTTCCAGGTATGGTGGAGGTCGAGGAGATCGTTTTGGAGGGGATCGCTATGGTGATCGCTATGATGACCGCTATGGTGGTGGTCGTTATAGTGAAAGAGATCGTGGTGTTGATAGCCGGGATAGGTACAGCAGCCGTGACCGATATGGCAGTGAT
CGTTATGGTTCTGATCGTTATCCACAGAATGGGTATGGAAAGGAGAGAGGCTATGATCGTGATAGTGCCAGGGGAAGTGATCGATATGGCAGTGGTGGTCCTGCTCGTTATGAGGGAAGCTACAGAGAGAGATCAGGCCCCTATGATCGTCCAAGTCGAGGAAGAGCTTCGTATGAGGATCGCTATTGATGACTTAATAC
TGAATACTTGTTCCAGTTTGTATTTACTTTTGTGGAAATTTCGATGGACAATACCTGCAGACCATATTTCTTGTAGGATGAAAAACTTGTCATGATTGTGGCCATGCAGATATTTCAGCTACTACACGGTCTTGGCCGTATGTTTTCATGTTGATAGTCTTTATTTCAGCAGCAGTTGGCCCATGCAATTCAGTTGAGCA
TGGTTTTGGAATTGAGCATTTAAGAGCATCTATCTTTAAAAGAGATTTGACTGTGACAGTGATAAACATCCTCTTTTGCAGTGATTTTGAAATAATTTCCTATAATATTAGTCTTTTCGCATCGCAGTAATCAGCTACATATGTTATTCGTATGTTGAATTTGTTTGGCAACAGTTTGGCTTGAGGTCAGGCAGTATGTT
TGAGTGTTTTTAAAGAGTATCGTCTGGTAGTGTCAGTGTGTCAGTGTGAAGAGTCATGAAGGCTGGAACTGGACCCACACCTGCTGGCTTGTTTGAGATTCCACATCTGATGGGAAAATGATCTGAGATCCGAGCACTTATTCGTTTGCAGATGTGGTTATTTTTTCTAACTCTTCATGCTGTTGCTTTGGTTAGTGATT
GATTGATGGACTTCTGTTTTATCTTCTGCTTCGAAATTTTGGTGACATCAGTGTTTGGCAAGATGTTCGTTAAGGATGTAGAGATGGATATATAGTCTGGTCCTGAGAATCTAATGCTTCAGCGGCGGTATTAGTTCTTTCAACTTGACACATTAATGTAAACTAACTTTGATTGACGTGTGGTTACCAGATCAAAACTT
CCAGTTAGATCTTCTCTCTCATGTGAATGAATGACTGATTAGAAAAATTGTACAGAAGACAGAGCACTAGACTGAAATTCCCTCTGAAGTCAGAGCACTAGCCTGAGATTCCCTATGAGAACAGAGCACTAGACTGAGTGCCCTGGCCAGCTTAGATCTGACTCAAATACTTAGCTTATTAAACTGGTTAGCAACCCTCA
CCGTTTGCAATATGCGGCTGTTCAGAATGGTAACTGGTTCTGTCGACCCTTCGTACTATGACTTCTCGGAACTGTAAAGTGGTTAGTGGTCCTCAGATCTATGATTCGATAAGGCCCAGTATTCCTGTGCTGGTGAAGACTGCCTTATATCAATCTGATCTGAGGAGATTTCTGTTGCAGAAATGACTGTTTTCTGCATT
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GGCTTGAGAGTCTGTCACCTCTGCAATGTGAGTGGCGTAGTATTGGTCTTTCAGCTAAAGATAACCAGCTTTTTCGTATGGAGAGAAATGGTACAGAAGTTTGGGGTGCAAATTATTGCAGCGGACTTCGTTTGAAAGGTTATTATTTGTCTGATAAAAAATCAAAGTCCACAGCCCAGAATGAGTTCTTAAAACTGACA
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TCTGGCTGCTTCTTTA