sp|O49884|RL30_LUPLU ----> Large ribosomal subunit protein eL30

Intron 1 GTAGGGTTTT ... CTTGTGTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.67	162	36	59
A2	23.42	170	58	46
A3	22.09	164	60	33
A4	21.53	144	37	42
A5	20.7	90	24	23
A6	21.93	1280	390	329
A7	23.48	973	356	241
A8	21.44	766	206	212
A9	22.53	994	296	282
A10	22.28	729	242	176

>TRINITY_DN39694_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TTATTACTTGAAGCAATTGAAGATGACCAATAAAATATTCTTTCCACTGATAATTCACATAAACCCTAATAAATATTAGGGTTCGAGGCACGATATATACGGTTTGATACCCCTGAGGGTTTTGTTTGAGTGTCTATTTCCTCCACGGCTCCCGTTTTCCAGAAACCCTCAGTGCGGCTAAGGCGAGGCGAGCGTATTTT
TGCACTCAACAGTCAAAATGGTGGCGACGAAGAAAACTAAAAAGGCTCATGAGAATATCAACAGCAGATTGGCCCTTGTCATGAAGAGTGGCAAGTACACTCTGGGTTACAAGACTACTGTCAAGTCTATCAGGACTAACAAAGGAAAATTTATTATTATTGCAAACAATTGCCCTCCTCTCCGTAGATCAGAAATAGAG
TATTATGCTATGCTTGGTAAAGTTGGAGTGCATCATTTCAATGGAAACAATGTTGATCTGGGAACAGCCTGCGGCAAGTATTATCGGGTGTCCTGTCTCAGCATTATGGATCCAGGTGATTCTGATATTATTAAGACGGTTTCAGGAGATCAGTGAGAGAAACCTGGGATGGTTTACCCAGGAAATGGTCATTTTCTGAC
AATTGTTCCATTTTTTTGAGAAGGCAGTAGCAAACTAGTGGGTAGAATTGTCGGAGGCAACGGAGAGTTTAATTTATTCTGAGGCAAAGAACTCACTTTTGAAACTAGAATATAGAGTTCAGTTTATATTGATGTTTTATGTTTGGGAATGCATTGAATGCACAATGGTCGGGCACAAATTTTCTCTTTATGCAGTTGTC
TTTTGTGTAAGATATTCTTTTTGATTTGATGTGAAATAATGATTTAGTTGTTAGAATACCACACCCTATTGTTTCAGATCCTTGATTTTTACAGGAACTTATTCTTGATGATGGTTATTCTGTCAAATCATAAAAATAATTTCTAATTATTAGTCAACACTAGATACCGGTTGACTTCTCGCATTATCTAGAATATCACC
GGCTGAAAGGTTTTATGTTAATTCACTTATTCAATGCTTCCTTGTTGGAAAGGATACGCCATTGCTAATTTTCTTGGATATTTATTGCCAATATCCTATGCGGAAAGTTTAGAGATGTGAAGTGTACTACCTTTTTTGCATTGGTGATACAAGGCAGTGATTTGACCTCATCCCCACCTTACTTTTGTTTTGGGGGGTGA
GGAACGCTAGAACAATCTTTTGGTTTACTTTGGGCAAGTGATATTTCGTGGTCTGGAGTAAATAGCCAACCGAAATGGCAGGAACATATTATCCTTTTATTTGTCTTGTGGTAGTTTATCCACTGATTCAAGGAATGGATCGTCGGGTTTAATATCACCAGTTTTGATCTGTTATCATATTGCCTATTGTGAAATAGAGA
GTTATAAGGGAGGACATATATTTCCTTTTATTTGGTAGTTATAATTGATTTGGTATCTGGTATTAACACTGGTATTTCAATAAAAGATGGCTTTTGTACACTACAAATTCGGCTTGCTTGAGCAGGTCCATGTGATACTATGTTTTCCTGCACAAAGTTTTAAAGGTGATTTATACAATATTTGAACTATTACATTCAAA
AA

>TRINITY_DN39694_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTTCGAGGCACGATATATACGGTTTGATACCCCTGAGGGTTTTGTTTGAGTGTCTATTTCCTCCACGGCTCCCGTTTTCCAGAAACCCTCAGTGCGGCTAAGGCGAGGCGAGCGTATTTTTGCACTCAACAGTCAAAATGGTGGCGACGAAGAAAACTAAAAAGGCTCATGAGAATATCAACAGCAGATTGGCCCTTGT
CATGAAGAGTGGCAAGTACACTCTGGGTTACAAGACTACTGTCAAGTCTATCAGGACTAACAAAGgtagggttttctcgttgataggggtttttttgccctgtttcaggaaattgactgttatcatcattttttcttgtgtaagGAAAATTTATTATTATTGCAAACAATTGCCCTCCTCTCCGTAGATCAGAAATAGAG
TATTATGCTATGCTTGGTAAAGTTGGAGTGCATCATTTCAATGGAAACAATGTTGATCTGGGAACAGCCTGCGGCAAGTATTATCGGGTGTCCTGTCTCAGCATTATGGATCCAGGTGATTCTGATATTATTAAGACGGTTTCAGGAGATCAGTGAGAGAAACCTGGGATGGTTTACCCAGGAAATGGTCATTTTCTGAC
AATTGTTCCATTTTTTTGAGAAGGCAGTAGCAAACTAGTGGGTAGAATTGTCGGAGGCAACGGAGAGTTTAATTTATTCTGAGGCAAAGAACTCACTTTTGAAACTAGAATATAGAGTTCAGTTTATATTGATGTTTTATGTTTGGGAATGCATTGAATGCACAATGGTCGGGCACAAATTTTCTCTTTATGCAGTTGTC
TTTTGTGTAAGATATTCTTTTTGATTTGATGTGAAATAATGATTTAGTTGTTAGAATACCACACCCTATTGTTTCAGATCCTTGATTTTTACAGGAACTTATTCTTGATGATGGTTATTCTGTCAAATCATAAAAATAATTTCTAATTATTAGTCAACACTAGATACCGGTTGACTTCTCGCATTATCTAGAATATCACC
GGCTGAAAGGTTTTATGTTAATTCACTTATTCAATGCTTCCTTGTTGGAAAGGATACGCCATTGCTAATTTTCTTGGATATTTATTGCCAATATCCTATGCGGAAAGTTTAGAGATGTGAAGTGTACTACCTTTTTTGCATTGGTGATACAAGGCAGTGATTTGACCTCATCCCCACCTTACTTTTGTTTTGGGGGGTGA
GGAACGCTAGAACAATCTTTTGGTTTACTTTGGGCAAGTGATATTTCGTGGTCTGGAGTAAATAGCCAACCGAAATGGCAGGAACATATTATCCTTTTATTTGTCTTGTGGTAGTTTATCCACTGATTCAAGGAATGGATCGTCGGGTTTAATATCACCAGTTTTGATCTGTTATCATATTGCCTATTGTGAAATAGAGA
GTTATAAGGGAGGACATATATTTCCTTTTATTTGGTAGTTATAATTGATTTGGTATCTGGTATTAACACTGGTATTTCAATAAAAGATGGCTTTTGTACACTACAAATTCGGCTTGCTTGAGCAGGTCCATGTGATACTATGTTTTCCTGCACAAAGTTTTAAAGGTGATTTATACAATATTTGAACTATTACATTCAAA
AA

Intron 2 GTAAGCATTT ... TTGTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.09	116	7	60
A2	27.54	150	10	57
A3	25.9	206	15	72
A4	29.51	129	12	54
A5	28.91	91	10	37
A6	28.4	1190	101	472
A7	30.4	870	47	380
A8	27.84	630	49	243
A9	26.39	979	81	351
A10	27.48	665	64	252

>TRINITY_DN116574_c2_g4_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TGATAATTCACATAAACCCTAATAAATATTAGGGTTCGAGGCACGATATATACGGTTTGATACCCCTGAGGGTTTTGTTTGAGTGTCTATTTCCTCCACGGCTCCCGTTTTCCAGAAACCCTCAGTGCGGCTAAGGCGAGGCGAGCGTATTTTTGCACTCAACAGTCAAAATGGTGGCGACGAAGAAAACTAAAAAGGCT
CATGAGAATATCAACAGCAGATTGGCCCTTGTCATGAAGAGTGGCAAGTACACTCTGGGTTACAAGACTACTGTCAAGTCTATCAGGACTAACAAAGGAAAATTTATTATTATTGCAAACAATTGCCCTCCTCTCCGTAGATCAGAAATAGAGTATTATGCTATGCTTGGTAAAGTTGGAGTGCATCATTTCAATGGAAA
CAATGTTGATCTGGGAACAGCCTGCGGCAAGTATTATCGGGTGTCCTGTCTCAGCATTATGGATCCAGGTGATTCTGATATTATTAAGACGGTTTCAGGAGATCAGTGAGAGAAACCTGGGATGGTTTACCCAGGAAATGGTCATTTTCTGACAATTGTTCCATTTTTTTGAGAAGGCAGTAGCAAACTAGTGGGTAGAA
TTGTCGGAGGCAACGGAGAGTTTAATTTATTCTGAGGCAAAGAACTCACTTTTGAAACTAGAATATAGAGTTCAGTTTATATTGATGTTTTATGTTTGGGAATGCATTGAATGCACAATGGTCGGGCACAAATTTTCTCTTTATGCAGTTGTCTTTTGTGTAAGATATTCTTTTTGATTTGATGTGAAATAATGATTTAG
TTGTTAGAATACCACACCCTATTGTTTCAGATCCTTGATTTTTACAGGAACTTATTCTTGATGATGGTTATTCTGTCAAATCATAAAAATAATTTCTAATTATTAGTCAACACTAGATACCGGTTGACTTCTCGCATTATCTAGAATATCACCGGCTGAAAGGTTTTATGTTAATTCACTTATTCAATGCTTCCTTGTTG
GAAAGGATACGCCATTGCTAATTTTCTTGGATATTTATTGCCAATATCCTATGCGGAAAGTTTAGAGATGTGAAGTGTACTACCTTTTTTGCATTGGTGATACAAGGCAGTGATTTGACCTCATCCCCACCTTACTTTTGTTTTGGGGGGTGAGGAACGCTAGAACAATCTTTTGGTTTACTTTGGGCAAGTGATATTTC
GTGGTCTGGAGTAAATAGCCAACCGAAATGGCAGGAACATATTATCCTTTTATTTGTCTTGTAGTAGTTTATCCACTGATTCAAGGAATGGATCGTCGGGTTTAATATCACCAGTTTTGATCTGTTATCATATTGCCTATTGTGAAATAGAGAGTTATAAGGGAGGACATATATTTCCTTTTATTTGGTAGTTATAATTG
ATTTGGTATCTGGTATTAACACTGGTATTTCAATAAAAGATGGCTTTTGTACACTACAAATTCGGCTTGCTTGAGCAGGTCCATGTGATACTATGTTTTCCTGCACAAAGTTTTAAAGGTGATTTATACAATATTTGAACTATTACATTCAAACAAAATTTATAAATCCTGATCATGGAATCTTAATGAATAATTATTTC
TAAGCTTC

>TRINITY_DN116574_c2_g4_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATAATTCACATAAACCCTAATAAATATTAGGGTTCGAGGCACGATATATACGGTTTGATACCCCTGAGGGTTTTGTTTGAGTGTCTATTTCCTCCACGGCTCCCGTTTTCCAGAAACCCTCAGTGCGGCTAAGGCGAGGCGAGCGTATTTTTGCACTCAACAGTCAAAATGGTGGCGACGAAGAAAACTgtaagcatt
tattcaagcttctgcccgctgtatttacagccgtgttttttcgttaaatcaggtgctgttttgatttccgtttgatatccttgatttttgttatggactctgaagaatggttgatattgtttccagAAAAAGGCTCATGAGAATATCAACAGCAGATTGGCCCTTGTCATGAAGAGTGGCAAGTACACTCTGGGTTACAA
GACTACTGTCAAGTCTATCAGGACTAACAAAGGAAAATTTATTATTATTGCAAACAATTGCCCTCCTCTCCGTAGATCAGAAATAGAGTATTATGCTATGCTTGGTAAAGTTGGAGTGCATCATTTCAATGGAAACAATGTTGATCTGGGAACAGCCTGCGGCAAGTATTATCGGGTGTCCTGTCTCAGCATTATGGATC
CAGGTGATTCTGATATTATTAAGACGGTTTCAGGAGATCAGTGAGAGAAACCTGGGATGGTTTACCCAGGAAATGGTCATTTTCTGACAATTGTTCCATTTTTTTGAGAAGGCAGTAGCAAACTAGTGGGTAGAATTGTCGGAGGCAACGGAGAGTTTAATTTATTCTGAGGCAAAGAACTCACTTTTGAAACTAGAATA
TAGAGTTCAGTTTATATTGATGTTTTATGTTTGGGAATGCATTGAATGCACAATGGTCGGGCACAAATTTTCTCTTTATGCAGTTGTCTTTTGTGTAAGATATTCTTTTTGATTTGATGTGAAATAATGATTTAGTTGTTAGAATACCACACCCTATTGTTTCAGATCCTTGATTTTTACAGGAACTTATTCTTGATGAT
GGTTATTCTGTCAAATCATAAAAATAATTTCTAATTATTAGTCAACACTAGATACCGGTTGACTTCTCGCATTATCTAGAATATCACCGGCTGAAAGGTTTTATGTTAATTCACTTATTCAATGCTTCCTTGTTGGAAAGGATACGCCATTGCTAATTTTCTTGGATATTTATTGCCAATATCCTATGCGGAAAGTTTAG
AGATGTGAAGTGTACTACCTTTTTTGCATTGGTGATACAAGGCAGTGATTTGACCTCATCCCCACCTTACTTTTGTTTTGGGGGGTGAGGAACGCTAGAACAATCTTTTGGTTTACTTTGGGCAAGTGATATTTCGTGGTCTGGAGTAAATAGCCAACCGAAATGGCAGGAACATATTATCCTTTTATTTGTCTTGTAGT
AGTTTATCCACTGATTCAAGGAATGGATCGTCGGGTTTAATATCACCAGTTTTGATCTGTTATCATATTGCCTATTGTGAAATAGAGAGTTATAAGGGAGGACATATATTTCCTTTTATTTGGTAGTTATAATTGATTTGGTATCTGGTATTAACACTGGTATTTCAATAAAAGATGGCTTTTGTACACTACAAATTCGG
CTTGCTTGAGCAGGTCCATGTGATACTATGTTTTCCTGCACAAAGTTTTAAAGGTGATTTATACAATATTTGAACTATTACATTCAAACAAAATTTATAAATCCTGATCATGGAATCTTAATGAATAATTATTTCTAAGCTTC