sp|Q93ZH1|TORL4_ARATH ----> TORTIFOLIA1-like protein 4

Intron 1 GTATCCTTTG ... AAGATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.84	139	66	36
A2	25.82	79	32	23
A3	33.33	69	47	22
A4	24.02	68	24	19
A5	21.95	32	10	8
A6	22.99	258	87	67
A7	23.9	347	129	89
A8	30.45	257	116	109
A9	22.31	376	99	117
A10	24.18	276	101	75

>TRINITY_DN109933_c0_g3_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

ACGGTGTTTTTTAGAAGGAGACCAAATATGCCGAGAGCATCCAAGAAGGTTTTCAAGGAACACATAAATTGACGAACTCGAGCCTGCAATCCTGGACACCCTGTCGCCGATTGCATTGACTGTCGCCGATTGCATTGACCCAGTCTTGTGGACATTCGAATCGGGGTCCTTGACGCGCCAGACAAAATTGTCCACCATTC
TTGGCAGGTGGGACGACAACGAGTCGCCGTGGGCGTCAGCCATCGTGGCCAAGAGCTTCACGCATTTTTTCCTCACGTTTCTCTTCTGCTGCGAGTCGGTGTCATAGAGACACTACACGAAGGTCCCGAAGTCATCTGAATTCAAGCTCCGGGCAGACACAGAGAGAAGATTAGCAGGAAGCGGAGAGACCCAACGTGAA
CGGGGACAGAGGAGTCTTAACGAGCCCTTTCACTGTAAAAAACACCGTTTGTTCCCAACATCCAATTTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAAT
TTCACACAGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTG
GAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACT
TGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTGTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGA
CAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAAT
TAAATTGGAATTAGAGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAAAA

>TRINITY_DN109933_c0_g3_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTGTTCCCAACATCCAATTTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAATTTCACACAgtatcctttgtcattttcaattgcgttgttaaagttctat
gttatagttataaatatataactcgtcttgtttaaatatttaggtctcgtaaagtattactcatctatagtagcttgtggaactttgaaaagataccagGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGG
CAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAA
ATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTGTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAA
AGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCC
TTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGAGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAAAA

Intron 2 GTATCCTTTT ... AAGATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.84	139	66	36
A2	25.82	79	32	23
A3	33.33	69	47	22
A4	24.02	68	24	19
A5	21.95	32	10	8
A6	22.99	258	87	67
A7	23.9	347	129	89
A8	30.45	257	116	109
A9	22.47	376	101	117
A10	24.18	276	101	75

>TRINITY_DN113468_c1_g3_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTGAATGTACCTATACCATGCGCTGGTTGAAGTGATACCGGCATTCATTCAGCCTTTTGACCTTTCTTCGAGTAACTTCTCTCCCACTTTGAGGGCATTGCTTGGACTGAAACTAAAAACCCTTGCCACACTTGTCAAAGTTTTTGGGCATTTGTCTGTCTGGGTGCATTTCGACGGGGAACGGGAGATACAAGGCCTT
GAACAACTCGCTGACACCAAAAGGTTTGTTCCCAACATCCAATTTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAATTTCACACAGTTGGCTATCGAGAA
GGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAG
TTCAACGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCG
TTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTTTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGA
GTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGAGTTGGTTA
AAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAATTTTGCTTTTGGTGAATATTTGGCCATTGCACGAGTTGCACTTTTACATACTACTTGTGTAAAGTATGATAGCAAAAG

>TRINITY_DN113468_c1_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCAAATAGGAAGTTAATTTTTTTTAGAAGGAGACCAAATATGCCGAGAGCATCCAAGAAGGTTTTCAAGGAACACATAAATTGACGAACTCGAGCCTGCAATCCTGGACACCCTGTCGCCGATTGCATTGACTGTCGCCGATTGCATTGACCCAGTCTTGTGGACATTCGAATCGGGGTCCTTGACGCGCCAGACAAAA
TTGTCCACCATTCTTGGCAGGTGGGACGACAACGAGTCGCCGTGGGCGTCAGCCATCGTGGCCAAGAGCTTCACGCATTTTTTCCTCACGTTTCTCTTCTGCTGCGAGTCGGTGTCATAGAGACACTACACGAAGGTCCCGAAGTCATCTGAATTCAAGCTCCGGGCAGACACAGAGAGAAGATTAGCAGGAAGCGGAGA
GACCCAACGTGAACGGGGACAGAGGAGTCTTAACGAGCCCTTTCACTGTAAAAAACACCGTTTGTTCCCAACATCCAATTTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCT
AGATATAAGCAATTTCACACAgtatcctttttgtcattttcaattgcgttgttaaagttctgtgttatagttataaatatataactcgtcttgtttaaatatttaggtctcgtaaagtattactcatctatagtagcttgtggaactttgaaaagataccagGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAA
ATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCAT
TGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCT
TTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTTTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAAC
TTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGAGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGA
TTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAATTTTGCTTTTGGTGAATATTTGGCCATTGCACGAGTTGCACTTTTACATACTACTTGTGTAAAGTATGATAGCAAAAG

Intron 3 GTATCCTTTG ... AAGATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.84	139	66	36
A2	25.82	79	32	23
A3	33.33	69	47	22
A4	24.02	68	24	19
A5	21.95	32	10	8
A6	22.99	258	87	67
A7	23.9	347	129	89
A8	30.45	257	116	109
A9	22.31	376	99	117
A10	24.18	276	101	75

>TRINITY_DN107224_c9_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

GTGATACCGGCATTCATTCAGCCTTTTGACCTTTCTTCGAGTAACTTCTCTCCCACTTTGAGGGCATTGCTTGGACTGAAACTAAAAACCCTTGCCACACTTGTCAAAGTTTTTGGGCATTTGTCTGTCTGGGTGCATTTCGACGGGGAACGGGAGATACAAGGCCTTGAACAACTCGCTGACACCAAAAGGTTTGTTCC
CAACATCCAATCTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAATTTCACACAGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCA
ACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTAT
TTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCC
GCATGTTGAAATTACAAATTTGTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTA
ATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGTCGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGTGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGAT

>TRINITY_DN107224_c9_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGTTTTCAAGGAACACATAAATTGACGAACTCGAGCCTGCAATCCTGGACACCCTGTCGCCGATTGCATTGACTGTCGCCGATTGCATTGACCCAGTCTTGTGGACATTCGAATCGGGGTCCTTGACGCGCCAGACAAAATTGTCCACCATTCTTGGCAGGTGGGACGACAACGAGTCGCCGTGGGCGTCAGCCATCGTG
GCCAAGAGCTTCACGCATTTTTTCCTCACGTTTCTCTTCTGCTGCGAGTCGGTGTCATAGAGACACTACACGAAGGTCCCGAAGTCATCTGAATTCAAGCTCCGGGCAGACACAGAGAGAAGATTAGCAGGAAGCGGAGAGACCCAACGTGAACGGGGACAGAGGAGTCTTAACGAGCCCTTTCACTGTAAAAAACACCG
TTTGTTCCCAACATCCAATTTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAATTTCACACAgtatcctttgtcattttcaattgcgttgttaaagttcta
tgttatagttataaatatataacttgtcttgtttaaaaatttaggtctcgtaagtatagtcatctatagtagcttgtggaactttgaaaagataccagGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGC
AAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAA
TTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTGTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAA
GTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCT
TTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGTCGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGTGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGAT

Intron 4 GTATTCTAAA ... CTCTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.36	77.9	33	18.3
A2	25.61	80.7	20	27.1
A3	18.24	75.9	13	21.9
A4	21.91	56.7	13.4	10.3
A5	34.81	19.9	9	4.6
A6	22.91	252	63	55.4
A7	22.94	345.1	80	93.3
A8	26.31	272.4	73	79
A9	27.32	334.4	104	76.1
A10	25.37	279.4	76	74

>TRINITY_DN129966_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TTGTTCCCAACATCCAATCTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATTTGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAATTTCACACAGTATCCTTTGTCATTTTCAATTGCGTTGTTAAAGTTCTGT
GTTATAGTTATAAATATATAACTTGTCTTGTTTAAAAATTTAGGTCTCGTAAGTATAGTCATCTATAGTAGCTTGTGGAACTTTGAAAAGATACCAGGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCA
AAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTTATGGCAAAGTGAGTTCAATGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAAT
TCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTGTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAG
TTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAA

>TRINITY_DN129966_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGTTTGATGGTTTCACTTCATCTCTGAGGTTCCGACTTTATGCCATCCCTGGAGCGGTTGGAAGAAAATACTGTCCTAACTTCTATGAAGTTCGAAACCTGCTGAGACTGAGGATTACACAGGCTATCCCGTGAAATTTTTTCATAAGACAGAGCTTGGTTTGACATACTTCGCACTCCCTGAGCTCGACAAAGTCT
CTCGGCTTCTCTCTAGACAAACAGTTGCAGGTACGCGCAGGACTGTCGTTGCCATCGGCAGGCTCGCTCTGTTTTCTTGGTTTGTTCCCAACATCCAATCTTAATGGATTCCAAATGTCAAGGTTCCATTGAGGATGATGACATTTTTTGGGATGATGAAAGTCACCAAGATAATCTGAATACAAATTCAGTCTTGGATT
TGGATAGAGAATGGCAAGCTAGATATAAGCAATTTCACACAGTATCCTTTGTCATTTTCAATTGCGTTGTTAAAGTTCTGTGTTATAGTTATAAATATATAACTTGTCTTGTTTAAAAATTTAGGTCTCGTAAGTATAGTCATCTATAGTAGCTTGTGGAACTTTGAAAAGATACCAGGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGC
TTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGgtattctaaactcatttgtctttgttatgtaccctctatcatttctctgtttcagagggcgagggctatattgcactagaagttatattcaaaaacacct
tttgcaattaaaatatttggtgatttgctagcaattaaatctcattatcatttttaaacccttctataaagtactttattggtcccttaggaacgcaattatttaattcacaatttttctaagatatatatatacttcaattattattattaatatttttacataatttttcactagaacgtctaacctctttaaagTTT
GTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTTATGGCAAAGTGAGTTCAATGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAGCAAGGAGCAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTACGGTCAG
AAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTGTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAAATCAC
TGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGTTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATACGACCTCGCCAAGGTTAAGGTTAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAG
AGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCAATTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGAGTTGGTTGAAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAATTTTGCTTTTGGTGAATATCTGGCATTTGCAC
GAGTTGCACTTTTACATACTACTTGTGTAAAGTATGATAGCAAAAGGCAACACCGAGGAGTTGCATGTAACAAATTTGGCTTTGATCATGCTTCTGGAAAATGGTCTAACCATAATATGCATTGTTTTGTACTTTCACCCATGAGTGGTTTAAAGTTGATTAAAAAAATCGAGTTATGGAATTTTACTTCATTTTGTTTA
CAAAAATTTGGGAAATATCTTCATCATTTTTAGCTGACTTCTGTAGCT

Intron 5 GTTTGTTCCC ... CTTTGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.45	19	42	30
A2	50.94	26	39	15
A3	71.15	15	57	17
A4	65.85	14	37	17
A5	82.61	2	16	3
A6	74.87	25	106	43
A7	69.05	54	170	71
A8	60.54	59	96	85
A9	62.44	77	178	78
A10	58.53	62	131	44

>TRINITY_DN113468_c1_g3_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCAAATAGGAAGTTAATTTTTTTTAGAAGGAGACCAAATATGCCGAGAGCATCCAAGAAGGTTTTCAAGGAACACATAAATTGACGAACTCGAGCCTGCAATCCTGGACACCCTGTCGCCGATTGCATTGACTGTCGCCGATTGCATTGACCCAGTCTTGTGGACATTCGAATCGGGGTCCTTGACGCGCCAGACAAAA
TTGTCCACCATTCTTGGCAGGTGGGACGACAACGAGTCGCCGTGGGCGTCAGCCATCGTGGCCAAGAGCTTCACGCATTTTTTCCTCACGTTTCTCTTCTGCTGCGAGTCGGTGTCATAGAGACACTACACGAAGGTCCCGAAGTCATCTGAATTCAAGCTCCGGGCAGACACAGAGAGAAGATTAGCAGGAAGCGGAGA
GACCCAACGTGAACGGGGACAGAGGAGTCTTAACGAGCCCTTTCACTGTAAAAAACACCATACCAGGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAAATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTAT
CCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCATTGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGA
AGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCTTTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTTTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTG
AGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAACTTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAG
TTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGAGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGATTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAATTTTGCTTTTGGTGAATATTTGGCCATTGCACGAGTTGCAC
TTTTACATACTACTTGTGTAAAGTATGATAGCAAAAG

>TRINITY_DN113468_c1_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCAAATAGGAAGTTAATTTTTTTTAGAAGGAGACCAAATATGCCGAGAGCATCCAAGAAGGTTTTCAAGGAACACATAAATTGACGAACTCGAGCCTGCAATCCTGGACACCCTGTCGCCGATTGCATTGACTGTCGCCGATTGCATTGACCCAGTCTTGTGGACATTCGAATCGGGGTCCTTGACGCGCCAGACAAAA
TTGTCCACCATTCTTGGCAGGTGGGACGACAACGAGTCGCCGTGGGCGTCAGCCATCGTGGCCAAGAGCTTCACGCATTTTTTCCTCACGTTTCTCTTCTGCTGCGAGTCGGTGTCATAGAGACACTACACGAAGGTCCCGAAGTCATCTGAATTCAAGCTCCGGGCAGACACAGAGAGAAGATTAGCAGGAAGCGGAGA
GACCCAACGTGAACGGGGACAGAGGAGTCTTAACGAGCCCTTTCACTGTAAAAAACACCgtttgttcccaacatccaattttaatggattccaaatgtcaaggttccattgaggatgatgacattttttgggatgatgaaagtcaccaagataatctgaatacaaattcagtcttggatttggatagagaatggcaagct
agatataagcaatttcacacagtatcctttttgtcattttcaattgcgttgttaaagttctgtgttatagttataaatatataactcgtcttgtttaaatatttaggtctcgtaaagtattactcatctatagtagcttgtggaactttgaaaagATACCAGGTTGGCTATCGAGAAGGCCTGCTTGCAGGTAAAGAGAA
ATCTGCTCAACTAGGTTTTAATAATGGCTTCAAAGAATCAGTGTTGGCTGGATATAATTTTGGCAAAGTTCGAGGGATTACAAGTTTGTTTGCTATCCTTCCGGAGCATGTGAAAGGAAAATTGATTGAAACAAGTGAAGGTAGAACCAAATTGGAAGCTCTTCATGGCAAAGTGAGTTCAACGTCGGGAAAGGATGCAT
TGAAGTTATTTCACGAGGATGTTTTGAAAGGCGGAGTGGAAACAAGGAGGAAATCAAAAGAAAATTCTCAGGTGGATTTAGAAGAAAACCTTCAGAAGTTAAATACTAAAGAACATATTGGGTCCTCAGCAAATACGCGTATCACAGGCGAACTTGCAGATTTGCACAGACAACTCGTTTCTATGCTTGAAAATACTTCT
TTGAAAGCCGCATGTTGAAATTACAAATTTTTTGGCAGTAACAAGATGTACATTACTTGTGAAAGTTCAAGAAATCTCTCTGATTGTTAATCACTGAGTACTCAATTGTTACTGTAGATGCGAGTACAGTTGCATTTGAGAAAATCGTGTAAGACAGGGATTTTTTGCTCTAATTGAGTCAAATTGTATTGCGTTTGAAC
TTGGTCTTAATGAGCGTTGTGCTTATATGAGGATATGACCTCGCCAAGGTTAAGGTCAGGGCCTTTGCTATTTCTGGATGCTTTGTTAGTTGAGAGTTGTTTTCCTTACCACTTGCCATCCATTGTCCATATTTGACGTTCCATGTTTTTCAATTAAATTGGAATTAGAGTTGGTTAAAATTTATGATGAAGGTTGGTGA
TTGGATGGTGAATTGGTTGGTTGCATTTAAACAAAATTGGTGATTATAACTTCAATTTTGCTTTTGGTGAATATTTGGCCATTGCACGAGTTGCACTTTTACATACTACTTGTGTAAAGTATGATAGCAAAAG

Intron 6 GTATCCTTTG ... AAGACACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.57	139	14	36
A2	22.55	79	2	23
A3	24.18	69	8	22
A4	20	68	3	17
A5	20	32	0	8
A6	20.12	258	10	65
A7	19.68	347	19	85
A8	29.2	257	16	106
A9	22.47	376	14	109
A10	21.59	276	10	76

>TRINITY_DN102947_c0_g5_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CAGCCTTTTGACCTTTCTTCGAGTAACTTCTCTCCCACTTTGAGGGCATTGCTTGGACTGAAACTAAAAACCCTTGCCACACTTGTCAAAGTTTTTGGGCATTTGTCTGTCTGGGTGCATTTCGACGGGGAACGGGAGATACAAGGCCTTGAACAACTCGCTGACACCAAAAGGTTTGTTCCCAACATCCAATCTTAATG
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>TRINITY_DN102947_c0_g5_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

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