sp|Q8LB10|CLPR4_ARATH ----> ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit-related protein 4, chloroplastic
Intron 1 GTACAAATTT ... TATTCTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.28 | 74 | 20 | 10 |
| A2 | 13.86 | 87 | 14 | 12.4 |
| A3 | 13.19 | 79 | 12 | 10.8 |
| A4 | 25.64 | 29 | 10 | 4 |
| A5 | 21.95 | 32 | 9 | 2.2 |
| A6 | 9.27 | 235 | 24 | 38 |
| A7 | 11.86 | 364 | 49 | 64.4 |
| A8 | 13.32 | 397 | 61 | 66 |
| A9 | 11.73 | 301 | 40 | 44.2 |
| A10 | 8.13 | 226 | 20 | 38.3 |
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCG
TTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAAC
ATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCT
AAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAAT
AGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAG
CAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTG
TGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCT
CATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATG
TTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTTTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTT
AACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTC
TCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATG
CAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCA
TGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGG
ATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATT
TAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCAC
GGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGT
GGGATCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATGACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTG
CATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTATCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGT
TAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACTGGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCATATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGATCAATGCACCAAATCATTTTACATTACCAAATTGATACGATGCAT
TTTGGGTTAAATGCAACTGAAAAAAGTTCTTTTGAAACTCCGAATATGGTTAG
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCG
TTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAAC
ATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCT
AAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAAT
AGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAG
CAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTG
TGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCT
CATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATG
TTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTTTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTT
AACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTC
TCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATG
CAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCA
TGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGG
ATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATT
TAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCAC
GGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGT
GGGATCAGgtacaaatttattagtaatattgttccactatacatttgaaacaacgtgaacattcaatacaaaattcatacagtcagcttagcagggagatgataaaatattcatctttgtgattttgtttattctccagATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATG
ACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTA
TCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACT
GGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCATATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGATCAATGCACCAAATCATTTTACATTACCAAATTGATACGATGCATTTTGGGTTAAATGCAACTGAAAAAAGTTCTTTTGAAACTCCGAATATGGTTAG
Intron 2 GTGGCATCAT ... CTCCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.17 | 23 | 39.7 | 15 |
| A2 | 57.37 | 13 | 17.7 | 2 |
| A3 | 62.84 | 26 | 44 | 13 |
| A4 | 70 | 9 | 21 | 5 |
| A5 | 66.26 | 10 | 19.7 | 8 |
| A6 | 66.57 | 17 | 34 | 7 |
| A7 | 58.76 | 43 | 61.7 | 18 |
| A8 | 52.79 | 38 | 42.7 | 15 |
| A9 | 56.26 | 27 | 35 | 11 |
| A10 | 45.08 | 36 | 30 | 13 |
>TRINITY_DN115002_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformTTTAACAATTTCCTTTTTGGTTGATTTCAGCTTTCCTTGCTTCCATGATTAATATCAATAATCGCTTTCGTTTGGTTGCATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGGCATGGACTATGCCATCTTGTGGCTCTTGTTTGTAGTCTA
AAAAAACGCAGTAGCCTGCCACCTGCTAGATGTTTGATGCATGGTGATGGTGAATGCCCTTGCTCTTGGTGTATTTCTGAGTTTTTGTGTTCTTATGTTTGGCAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCAT
TAACAAGAAACAAAATGGAGCGCGTTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTA
CCCCATAAGGCTACTGAGAGCAACATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGC
ATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTTCCAAGAATA
AAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGA
TGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTGTGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGC
CTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCTCATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTAT
TAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATGTTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGT
CGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTCTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTTAACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTT
GTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTCTCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGC
TGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATGCAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTC
TCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCATGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTA
GTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGGATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCAT
AAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATTTAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAA
TTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCACGGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATT
GAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGTGGGATCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATGACAT
AAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTATCTT
GACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACTGGGA
ACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGG
>TRINITY_DN115002_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGCTGGAATCCACAATTTGTGGATAGCCAGCAGCATTTTGTGCTTTCTTGCTTGACTGTGTTGGATTCATTGCAGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTAGATAGATAGCCTCAGCCAACTGCTGTAGCCGATTACATTCTGTCTATTTCTCAAGAATTTTTTTATAAGCAACTAGGTTT
TTCAAATTGCTACCCATTTCATCAGATACCCAGACATCGATTCTGTTTGATTGTTAAATAGTTGTGATTTTAATTATGCAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGgtggcatcatcatcttc
tccttctttgcctccaaatagtttgtcatgtatcatctcctatttctgcttctccatccttattggctcaactgactaaggttatatgtgcctttcttttatttgattgcagtgttatgttttatctttttgttattgtattttttaattgaaaattgctgaaatctccttgcagGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCC
CACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCT
TGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTTTTGGGAAGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCTTGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCAT
TGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGCTACAAGTAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGATGTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGG
ATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGA
Intron 3 GTTATATGTG ... CTCCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.79 | 41 | 25 | 15 |
| A2 | 20 | 10 | 3 | 2 |
| A3 | 32.65 | 33 | 19 | 13 |
| A4 | 33.33 | 12 | 7 | 5 |
| A5 | 44.68 | 13 | 13 | 8 |
| A6 | 26.03 | 27 | 12 | 7 |
| A7 | 28.75 | 57 | 28 | 18 |
| A8 | 26.67 | 44 | 17 | 15 |
| A9 | 28.21 | 28 | 11 | 11 |
| A10 | 31.11 | 31 | 15 | 13 |
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGAATCCACCGCTTTCTTTGAGTTGGGATTCCGAGTTTTTGCGGTGTCTGGAACCCACAAACTTTGTGACATTTCGTGTTTTCTTGCTTGTCTGTCTTTGGATTCATTGCAGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACT
GTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAATAGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATC
CCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCTTGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTT
TTGGGAAGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCTTGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCATTGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGC
TACAAGTAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGATGTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAAC
AGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGGTATGGTCTTAAGGCTTTTATTTTT
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATAAGGCTACTGAGAGCAACAATATTAGCTCAGGGCTTGGTTAGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGGTGGGTGAATTGATTGATTTCAGAGGGAATTGCGATACATAATGTAGAGACGGAGGTTGAGGTAGAGGTTTTCTTGGTGTATAACTGTTTGTAGAGTCTTGTTTCTTTTTAATTGACTGTTTTTATACATAC
AGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGGTATGTTTCTTTTGTCTGTGAATC
CACTTGCTTTCTTTGAGTTGGGATTCTGAGTTTTTGGGGAGGCTGGAATCCACAATTTGTGGATAGCCAGCAGCATTTTGTGCTTTCTTGCTTGACTGTGTTGGATTCATTGCAGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGG
TACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAATAGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGgttatatgtgcctttcttttatttgattgcagtgttatgtttta
tctttttgttattgtattttttaattgaaaattgctgaaatctccttgcagGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGA
TTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCTTGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTTTTGGGAAGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCT
TGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCATTGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGCTACAAGTAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGAT
GTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGGTATGGTCTTAAGGCTTTTATTTTT
Intron 4 GCATGGACTA ... TGTTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.62 | 17 | 22 | 49 |
| A2 | 78.94 | 9 | 27.5 | 40 |
| A3 | 69.17 | 22.1 | 50 | 49 |
| A4 | 61.45 | 16 | 14 | 37 |
| A5 | 77.89 | 6.5 | 12.5 | 33 |
| A6 | 75.44 | 7 | 9 | 34 |
| A7 | 73.02 | 17 | 27.9 | 63 |
| A8 | 80.22 | 4.9 | 13 | 27 |
| A9 | 65.88 | 12.3 | 18 | 29 |
| A10 | 75.21 | 9.7 | 13.2 | 45 |
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCG
TTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAAC
ATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCT
AAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAAT
AGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAG
CAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTG
TGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCT
CATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATG
TTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTTTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTT
AACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTC
TCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATG
CAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCA
TGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGG
ATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATT
TAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCAC
GGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGT
GGGATCAGGTACAAATTTATTAGTAATATTGTTCCACTATACATTTGAAACAACGTGAACATTCAATACAAAATTCATACAGTCAGCTTAGCAGGGAGATGATAAAATATTCATCTTTGTGATTTTGTTTATTCTCCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATG
ACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTA
TCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACT
GGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCATATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGATCAATGCACCAAATCATTTTACATTACCAAATTGATACGATGCATTTTGGGTTAAATGCAACTGAAAAAAGTTCTTTTGAAACTCCGAATATGGTTAG
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGgcatggactatgccatcttgtggctcttgtttgtagtctaaaaaaacgcagtagcctgccacctgctagatgtttgatgcatggtgatggtgaatgcccttgctcttggtgtatttctg
agtttttgtgttcttatgtttggcagAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCGTTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGA
CCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGTGAGCCAACGGGACCGTACCTCAACCAAATGCTTACATTAAAAACCAACAGAGAGAAGAAACCCAGTGC
TTCTGGTTTTTCTTCTTTGGTTTTGAG
Intron 5 GTAGATAGAT ... AATTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.28 | 33.4 | 1 | 3 |
| A2 | 13.69 | 12.6 | 0 | 2 |
| A3 | 22.41 | 38.3 | 3 | 11 |
| A4 | 21.36 | 14.8 | 0 | 4 |
| A5 | 16.23 | 20.8 | 0 | 4 |
| A6 | 20.23 | 31.6 | 0 | 8 |
| A7 | 12.9 | 67.6 | 1 | 10 |
| A8 | 19.08 | 34 | 0 | 8 |
| A9 | 10.24 | 35.1 | 0 | 4 |
| A10 | 2.56 | 38.1 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN115002_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformTTTAACAATTTCCTTTTTGGTTGATTTCAGCTTTCCTTGCTTCCATGATTAATATCAATAATCGCTTTCGTTTGGTTGCATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGGCATGGACTATGCCATCTTGTGGCTCTTGTTTGTAGTCTA
AAAAAACGCAGTAGCCTGCCACCTGCTAGATGTTTGATGCATGGTGATGGTGAATGCCCTTGCTCTTGGTGTATTTCTGAGTTTTTGTGTTCTTATGTTTGGCAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCAT
TAACAAGAAACAAAATGGAGCGCGTTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTA
CCCCATAAGGCTACTGAGAGCAACATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGC
ATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTTCCAAGAATA
AAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGA
TGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTGTGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGC
CTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCTCATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTAT
TAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATGTTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGT
CGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTCTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTTAACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTT
GTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTCTCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGC
TGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATGCAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTC
TCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCATGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTA
GTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGGATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCAT
AAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATTTAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAA
TTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCACGGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATT
GAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGTGGGATCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATGACAT
AAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTATCTT
GACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACTGGGA
ACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGG
>TRINITY_DN115002_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGCTGGAATCCACAATTTGTGGATAGCCAGCAGCATTTTGTGCTTTCTTGCTTGACTGTGTTGGATTCATTGCAGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGgtagatagatagcctcagccaactgctgtagccgattacattctgtctatttctcaagaatttttttataagcaactaggttt
ttcaaattgctacccatttcatcagatacccagacatcgattctgtttgattgttaaatagttgtgattttaattatgcagGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTC
TCCTTCTTTGCCTCCAAATAGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTATATGTGCCTTTCTTTTATTTGATTGCAGTGTTATGTTTTATCTTTTTGTTATTGTATTTTTTAATTGAAAATTGCTGAAATCTCCTTGCAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCC
CACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCT
TGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTTTTGGGAAGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCTTGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCAT
TGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGCTACAAGTAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGATGTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGG
ATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGA
Intron 6 GTGGGTGAAT ... ATACATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.36 | 28 | 0.4 | 16 |
| A2 | 34.78 | 15 | 0 | 8 |
| A3 | 25.64 | 58 | 0.4 | 20 |
| A4 | 0 | 15 | 0.9 | 0 |
| A5 | 33.33 | 22 | 0.9 | 11 |
| A6 | 18.18 | 27 | 0 | 6 |
| A7 | 18.18 | 54 | 0 | 12 |
| A8 | 15.63 | 27 | 0 | 5 |
| A9 | 17.24 | 24 | 0 | 5 |
| A10 | 25.58 | 32 | 0 | 11 |
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCG
TTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAAC
ATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCT
AAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAAT
AGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAG
CAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTG
TGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCT
CATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATG
TTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTTTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTT
AACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTC
TCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATG
CAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCA
TGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGG
ATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATT
TAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCAC
GGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGT
GGGATCAGGTACAAATTTATTAGTAATATTGTTCCACTATACATTTGAAACAACGTGAACATTCAATACAAAATTCATACAGTCAGCTTAGCAGGGAGATGATAAAATATTCATCTTTGTGATTTTGTTTATTCTCCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATG
ACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTA
TCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACT
GGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCATATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGATCAATGCACCAAATCATTTTACATTACCAAATTGATACGATGCATTTTGGGTTAAATGCAACTGAAAAAAGTTCTTTTGAAACTCCGAATATGGTTAG
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATAAGGCTACTGAGAGCAACAATATTAGCTCAGGGCTTGGTTAGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGgtgggtgaattgattgatttcagagggaattgcgatacataatgtagagacggaggttgaggtagaggttttcttggtgtataactgtttgtagagtcttgtttctttttaattgactgtttttatacatac
agCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGGTATGTTTCTTTTGTCTGTGAATC
CACTTGCTTTCTTTGAGTTGGGATTCTGAGTTTTTGGGGAGGCTGGAATCCACAATTTGTGGATAGCCAGCAGCATTTTGTGCTTTCTTGCTTGACTGTGTTGGATTCATTGCAGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGG
TACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAATAGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTATATGTGCCTTTCTTTTATTTGATTGCAGTGTTATGTTTTA
TCTTTTTGTTATTGTATTTTTTAATTGAAAATTGCTGAAATCTCCTTGCAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGA
TTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCTTGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTTTTGGGAAGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCT
TGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCATTGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGCTACAAGTAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGAT
GTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGGTATGGTCTTAAGGCTTTTATTTTT
Intron 7 GTAAATGTCG ... TTGATTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.33 | 131 | 20 | 27.5 |
| A2 | 14.49 | 71 | 17 | 7.1 |
| A3 | 12.01 | 76 | 8 | 12.8 |
| A4 | 15.98 | 78.8 | 16 | 14 |
| A5 | 13.2 | 33 | 4 | 6.1 |
| A6 | 6.29 | 55 | 6 | 1.4 |
| A7 | 6.01 | 150 | 13 | 6.3 |
| A8 | 8.33 | 167 | 22 | 8.4 |
| A9 | 11.01 | 78 | 10 | 9.3 |
| A10 | 8.66 | 69 | 7 | 6.2 |
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCG
TTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAAC
ATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCT
AAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAAT
AGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAG
CAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTG
TGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCT
CATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATG
TTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTTTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTT
AACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTC
TCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATG
CAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCA
TGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGG
ATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATT
TAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCAC
GGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGT
GGGATCAGGTACAAATTTATTAGTAATATTGTTCCACTATACATTTGAAACAACGTGAACATTCAATACAAAATTCATACAGTCAGCTTAGCAGGGAGATGATAAAATATTCATCTTTGTGATTTTGTTTATTCTCCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATG
ACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTA
TCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACT
GGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCATATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGATCAATGCACCAAATCATTTTACATTACCAAATTGATACGATGCATTTTGGGTTAAATGCAACTGAAAAAAGTTCTTTTGAAACTCCGAATATGGTTAG
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATAAGGCTACTGAGAGCAACAATATTAGCTCAGGGCTTGGTTAGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGGTGGGTGAATTGATTGATTTCAGAGGGAATTGCGATACATAATGTAGAGACGGAGGTTGAGGTAGAGGTTTTCTTGGTGTATAACTGTTTGTAGAGTCTTGTTTCTTTTTAATTGACTGTTTTTATACATAC
AGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGGTATGTTTCTTTTGTCTGTGAATC
CACTTGCTTTCTTTGAGTTGGGATTCTGAGTTTTTGGGGAGGCTGGAATCCACAATTTGTGGATAGCCAGCAGCATTTTGTGCTTTCTTGCTTGACTGTGTTGGATTCATTGCAGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGG
TACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAATAGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTATATGTGCCTTTCTTTTATTTGATTGCAGTGTTATGTTTTA
TCTTTTTGTTATTGTATTTTTTAATTGAAAATTGCTGAAATCTCCTTGCAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGA
TTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATgtaaatgtcgtgtttgactattcttgtttttctcttcctttctatttttgggaagctttcaaatggttttgaattgagaaacaattctgtattttaggtaacattttaggttgaagttctaatggattggattctggagtacattcct
tgatgacatctggagtacattcatggattttatattttgcttgaataaatgttttcccagtatactgaaactgcattgcacgtctagtagagtttgagctacaagtaaaaattaggaaaggctttggagcctgttgaagggctcaaatttctgacagggtgctgcctctagaatccatttcattctgtgtgttgattgat
gttgtttatctattttgtgaatgataaagtatcatttatgttgattatagGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGGTATGGTCTTAAGGCTTTTATTTTT
Intron 8 GTATGTTTCT ... TTCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26 | 37 | 7 | 19 |
| A2 | 21.57 | 20 | 10 | 1 |
| A3 | 21.98 | 71 | 32 | 8 |
| A4 | 25.58 | 16 | 4 | 7 |
| A5 | 24.14 | 33 | 15 | 6 |
| A6 | 23.08 | 25 | 6 | 9 |
| A7 | 21.33 | 83 | 29 | 16 |
| A8 | 18.99 | 32 | 5 | 10 |
| A9 | 20.45 | 35 | 7 | 11 |
| A10 | 18.64 | 48 | 12 | 10 |
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCG
TTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATCACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAAC
ATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCT
AAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAAT
AGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAG
CAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTG
TGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCCAACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCT
CATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAAGCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATG
TTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTTTTGATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTT
AACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGATAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTC
TCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCCTCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATG
CAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAAGATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCA
TGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCATTTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGG
ATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTGCAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATT
TAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCATCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCAC
GGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAAAAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGT
GGGATCAGGTACAAATTTATTAGTAATATTGTTCCACTATACATTTGAAACAACGTGAACATTCAATACAAAATTCATACAGTCAGCTTAGCAGGGAGATGATAAAATATTCATCTTTGTGATTTTGTTTATTCTCCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATG
ACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTTGAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTA
TCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAATATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACT
GGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCATATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGATCAATGCACCAAATCATTTTACATTACCAAATTGATACGATGCATTTTGGGTTAAATGCAACTGAAAAAAGTTCTTTTGAAACTCCGAATATGGTTAG
>TRINITY_DN121169_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATAAGGCTACTGAGAGCAACAATATTAGCTCAGGGCTTGGTTAGATTCCCCGGAATGCCCATTCAGGTGGGTGAATTGATTGATTTCAGAGGGAATTGCGATACATAATGTAGAGACGGAGGTTGAGGTAGAGGTTTTCTTGGTGTATAACTGTTTGTAGAGTCTTGTTTCTTTTTAATTGACTGTTTTTATACATAC
AGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGgtatgtttcttttgtctgtgaatc
cacttgctttctttgagttgggattctgagtttttggggaggctggaatccacaatttgtggatagccagcagcattttgtgctttcttgcttgactgtgttggattcattgcagAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGG
TACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTGGCATCATCATCTTCTCCTTCTTTGCCTCCAAATAGTTTGTCATGTATCATCTCCTATTTCTGCTTCTCCATCCTTATTGGCTCAACTGACTAAGGTTATATGTGCCTTTCTTTTATTTGATTGCAGTGTTATGTTTTA
TCTTTTTGTTATTGTATTTTTTAATTGAAAATTGCTGAAATCTCCTTGCAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGA
TTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCTTGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTTTTGGGAAGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCT
TGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCATTGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGCTACAAGTAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGAT
GTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGGTATGGTCTTAAGGCTTTTATTTTT
Intron 9 GTGGCATCAT ... ACTGACTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.88 | 23 | 47.9 | 41 |
| A2 | 54.58 | 13 | 21.3 | 10 |
| A3 | 61.07 | 26 | 48.6 | 33 |
| A4 | 64.71 | 9 | 21 | 12 |
| A5 | 62.76 | 10 | 20.7 | 13 |
| A6 | 65.7 | 17 | 38.2 | 27 |
| A7 | 59.8 | 43 | 71 | 57 |
| A8 | 54.99 | 38 | 48.9 | 44 |
| A9 | 56.68 | 27 | 42.7 | 28 |
| A10 | 48.64 | 36 | 37.3 | 31 |
>TRINITY_DN116446_c1_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformCAATAATCGCTTTCGTTTGGTTGCATTCCCGTTGTGCCTTCTCAATTTCTCTCCTATATGACTTCATGCTGTGTATCTCTCCCATCACATGCCTAATTTGCAAAGGCATGGACTATGCCATCTTGTGGCTCTTGTTTGTAGTCTAAAAAAACGCAGTAGCCTGCCACCTGCTAGATGTTTGATGCATGGTGATGGTGAAT
GCCCTTGCTCTTGGTGTATTTCTGAGTTTTTGTGTTCTTATGTTTGGCAGAGGAGGCACTATCATTGTGAGTGTCCTGGGAGAGATCCAGGAAGGAAAAACATATCTTTCGTTCGTTGGCTTCATCTCCTTTAGAAGAGCCCCATTAACAAGAAACAAAATGGAGCGCGTTATTGGATGTTTAATTCCTGGAAAGTTATC
ACGATCAGGAAGATGGGCATGAGACCACGGAACAGCTCAGCCGTTCCCCATCTTGCTGTTCCCTGCTTTCTTCAACGAGGATGATGAGCCCGGACAGGCCAGACAAAGGAGGGAGTCCTCATCCTCGTCTCCCACTCTCAAGCTACCCCATAAGGCTACTGAGAGCAACATTATTAGCTCAGGGCTTGGTTCGATTCCCC
GGAATGCCCATTCAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTCGGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGG
AACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGGATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGCTGCTCCTTCAATT
GACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATATTAGGCGACCA
AAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGAAAATAATTATATGCACTATGGTGTGCTTTCTTTTTTCTTAGTTGATGAGGAGGTTTCCCCCACACCCAAGGGATGGGTGAGTCCTTTCCAATGTGCCTAGGACTAATTGAACAACATGATCACATGGCACAACTATGGTTTTTGTGTTGCC
AACAATGACAATGCTCTTAGCCTCAACATCCCAGTGCTGAGGAGGGACTAAAGGGCCCACATGTATCAACCTCATGACCTAATGGGGACCAAAACCAATGTAGACCAAGTGGTTTATCCATTGTACATTTATTGCAATTTTCTATTAGTGCTTTGTCCAACTATTTTTCTATTCAAATGGACAATAACATTTGCCAATAA
GCATCTTAAATGATAGATTACATTAATTTAGTATTAAACCCATGGCTTTCCATGTTTTATATAAATTAAATGTTTGCAACCACTGCCATCCAATCCTTAGAGTCGTGTAGATTATCTATGCAAGACGTTATCTAGCCTTGCATGTCGCTTGTTGTTTCTCCCCTATAACAATGTTCCATATATTGTTTGAGTGGGCTCTT
GATCTTATGTTCCAGTAGTATGTTTGACACATTCTTGTTGGATTGATTGTGGTTGGAATTTTCAATAGTCTTAACATGATCCTTCCAAATGTTTTTAGTAGTGTCGAATTCTTTGTCTGCTGCCAGACTTACTAATTTGGCTTTTGTATGTGCATTGTCAACAACATCCAAGAAACACTATCCTTGAGAGTAAGCTTGGA
TAGCATTAATAACCACATCAGAATTAGTGCCGTCATAAAAGTAGATCATAAAGTGTATCAATAAGACTGCTCTCATCTTCCATGACGTTTTGCCAACTTCCTTGAAATGCTTTCCTCTTTTAGAGATGTCAGAACTTCATTCTGCTGGGCATGTTTTGTGTCCCATTAAATTGATCAATTCTGCACAACTACCCTTGCCC
TCTTTATTGCCTTTTATCATATGATTCTTTGTTTTTTTAAAGGTTGCTTGATTTGATATCCACAAGTTTATGCAGCCAAATCCCCCTGATTAAGGAATGTAGCTTAACTGTAGTGATTAAATTCACAACACTTTCTATGAAGCTCTCACATCTCTAGAAGAGAAAAAACATTTCAAGGAAGTTTGCAAAAAGTCATGGAA
GATGAGAGCAATCTTATTGATATACTTTGTGATTTACTTTTATGTCGACACTAATTCTGATGTGGTTGCTCATGCTATCCAAGTGTACTCTCAAGGATGGTGTTCTTTGGATGTTGTTGACAATTCACATCCAAAAGGAAAATTAGTAAACCCGGCAGTAGACCAAGAATTTGACACTAACGAAAACAATTGGAAGTCAT
TTTTACACTGTTGAAAATTTTGACCATAATCAATCCAACAAGAATGTGTCAAACATACTATTGGAACAGAGGATCAAGAGTGCACTCAAACAAACATATGGAACATCATTATAGCAAAGAAACAAAAGGTAGCATAGAAGGCCATAAAATTCCTTGCATAGATAATCTACATGACTCTAAGAATTGAATGGTTGTCGCTG
CAAAAATTAATTTATATAAAACGTGGAAAACCATAGATCTTAACGCTAAATTAGTTAATGAATTCCATCATTTAAAATGTTTATTGGCAAACGTTATTGTCCATTGCATGGAAAAGGAGTTGAACAACGACGCATTGGTAGAAAATTGCGGTAAATGTCCAACAGGTAGACCACTTGGTCTGTTTGGAGTTTGGTCTCCA
TCAGGTCACAAGTTCGATACCTGTGGGCCCTTGGGTCTCTTCTAATCTCCGGTATTTTGGTGCCAAGAGCACGGTGACTGTCAACAACACGTAAACCATAATTGCACCGTGTGAACATGCCTGCTTGGTTATTCTTGGGTATATTGAAAAGCACTGACCCATCCCTTGGTTGTGAGGGAACTTCACCATTGATGAAGGAA
AAGAAAGGCAGAGGATGGAAAGGAAAAAGAGAATCAATGCAAGTTTTATATCCAGGAAAGGCAAGGCAGTGTGGGATCAGATCATCGAAGGAAACCATGCGGTATGCTATCAAACAGAAGATGTGGTTGACGAGCACAATGACATAAGCCAAGTGTAGGCTATCCAAGATGACGGCAACAATACAGTGCATGGTCAAGTT
GAAGTTGTTGAAAGCAACGATGCAATTAATGATGAAGTTGAAGCTCTTGAAAGCAAAAGCAATTCTCCAGTGCATGGACAAGTTTTAGAGTCACCCAAACGCGATCACCGAAATCAATGATGCGGGGGACAATAATTGTTATCTTGACCAACTATAGTCAAGTTTTCATGTTGTAGATTAGTGTAGGTAATTGTTGTAAA
TATATTTTGTCCTTTAAAATGTCTGGTTTGTGTTGTCCACTATGTGAACTTCCACTGCTAAATTATCATTGTTAAAATGTTTGGTTTGTATGTTGTCTACTACGAACTTCTACCCTGAGTGATCATTTTATGTTGTTCACTGGGAACTTCTACTTGGATTGGATTATGTAAGAAAATATCCAGGGGAAAAGATGCACCAT
ATAGGATACCGATTGAAATTAGTGAGA
>TRINITY_DN116446_c1_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGTGAATTGATTGATTTCAGAGGGAATTGCGATACATAATGTAGAGACGGAGGTTGAGGTAGAGGTTTTCTTGGTGTATAACTGTTTGTAGAGTCTTGTTTCTTTTTAATTGACTGTTTTTATACATACAGCATTTGTAAAGAAAGCTCATGAGGGAACATTGCCAGCACAGCCCATTTCAGAATTTACTGCCACAGCTC
GGCATTCCTCTTCTGCAGCAAAGTGCCATATCCTCCTAATCACAATGAAAGGATTTGAAGCATATTGCCTACCCCATCGGCGGCTAAACCAACCAGAAAAAAATGAAACCGATTGGAACAAAGCCCCGCCCTGCAAAATTTCTAAAGGTGTCGGCATCATTCTCAGAGCAAGAGGTAGAAGTTGCAGAGGTACTGTTTGG
ATTTGCAAGGAAAATTACCTGTGCAGAAGAAAGTTTAGATGATTTCAAGgtggcatcatcatcttctccttctttgcctccaaatagtttgtcatgtatcatctcctatttctgcttctccatccttattggctcaactgactaagGTTCCAAGAATAAAAGTCCCAGCCCCACTAAGATGATGAAATTAGATCCCCTGC
TGCTCCTTCAATTGACCTTGCTTGTGTCAATCTGGGGGATGGGGATTATTTCTTCTGACAATGCAGATGGTTGAACAGGGATCAGCAAGAGCAGATTCTTTTTTGGAAGCTTGGAAGGGAATTGCTCTTCTAACTCTAAAAGAGCATGTAAATGTCGTGTTTGACTATTCTTGTTTTTCTCTTCCTTTCTATTTTTGGGA
AGCTTTCAAATGGTTTTGAATTGAGAAACAATTCTGTATTTTAGGTAACATTTTAGGTTGAAGTTCTAATGGATTGGATTCTGGAGTACATTCCTTGATGACATCTGGAGTACATTCATGGATTTTATATTTTGCTTGAATAAATGTTTTCCCAGTATACTGAAACTGCATTGCACGTCTAGTAGAGTTTGAGCTACAAG
TAAAAATTAGGAAAGGCTTTGGAGCCTGTTGAAGGGCTCAAATTTCTGACAGGGTGCTGCCTCTAGAATCCATTTCATTCTGTGTGTTGATTGATGTTGTTTATCTATTTTGTGAATGATAAAGTATCATTTATGTTGATTATAGGTTGCTCTTGATGCAAGACATACTGGATATCCCAAAGAAAAGATTGAACAGGATA
TTAGGCGACCAAAATATTTCAGTCCCCAAGAAGCCATTGAATATGGGATAATTGATAAGGTATGGTCTTAAGGCTTTTATTTTTCAGATGGAATATTATCATATTGTGTGATTTAGAGATTTAAGCTTAAACAACTATTTTCGACAGGCCTGTTTTTTTGGCAGGAAAAAGAAACATCATTTACTGTGGTCTGGAAAGGG
TCTTCTTTAATATATCATATATATGATATATCTTCAAGACACTCCCTGTTTTCCTATTTTTCTAAAATCGGATACTAAGTACTTTTACCCTCATCAACTACTGACAGAACCAAAGTTGGGGAGCTTTATATGATTATAGCTAATGTCCAGATCAGAACTGAAAACAACTGTTTGTAATGAATTTTAAAGTCTTAAACATG
ACTACTGTTTAACTATCTGTCTGCAGATGATACACTAAGCTATACTCCAACTTGGAACCCATATTTTTCCAAAGAGTTCTCCAAAATGTTCAAGGAATCTGGTATCCCTATCTGAAGTGACACTCTTAAGTAGCCCATGCAACCTCAGAACCTCCTTGGGAAACAACACAGCCACAT