sp|P86888|PMLN_PRUPE ----> Peamaclein

Intron 1 GTAAATAATG ... TTTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.23	41.5	14	14
A2	23.61	61.5	19	3
A3	43.06	41	31	3
A4	23.34	46	14	6
A5	33.09	42.5	21	1
A6	15.95	843	158	1
A7	15.66	363	67	3
A8	18.46	236	53	8
A9	17.14	371.5	76	3
A10	16.76	220	44	3

>TRINITY_DN100944_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTCAGTTTAGGCCTTGCTATATCTGAGATACGCGGAAGTAGCCAGCCGGGAAGATATAATATTTTTAAGGTCTGAGACATGGATATCAAGAAAGCAATCCACGCGTGCATGCTTCTAGTTTTGATGTTCGGATTGTTGAATCTGGTGGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATTAGCGGATTTTCACTTGGTCAGCCTCAGA
CATTACAGAACGGCCGTCATCTGCTTGCGATAAACTGCGGCAGCTCTTGCGGGAAGAGATGTGCATTGGCATCAGTGAAGGACAGGTGCTTGAAATACTGCGGGATCTGCTGCAGCTCGTGCCAGTGTGTACCCCCAGGGACATATGGCAACAAGAACGCGTGCCCTTGCTATAGGGACATGAAGAATGGCAAGGGCAAA
CCCAAATGCCCTTAAATGAGCTGCATCGTACTGTTTAGATTAGATTGGATATGAGCTAAATAAGTCTCTTGAGGCGATCCTATTGAAACATTAAAAATATGTATAGGTAGTATATTATAGGTTGTGATTTGTATTCTAATCCTGTAGGTTATGATGTATCTGTCGTGACTTCTGGACTCATGTTATAAACCGATTATATT
AACTATATATATTTTTGTAAGTGTTAGACTCTGTTATGAGCTTATCTGGAGTCTGTGCGACTATCCAACCATGGCCAGCCATGCAATGCGCTCAGAAAAGCTTAAACGGCAGCATATTTATGCTTGTTCTTGGGTACTTAAGCCTTGAATGGCTGGGATCAGGGATCTGGTAGTTGGGTACATTAATTTGGATATCTGCT
TGTGTATATTATTAAGGTTACAACCTTAAATATATAAATTAATTTATTACAATCTTAAATGTATAAATTGGAAGAGCATGGAAGTCGGAGCCAAAGAACCATTGGTTTCGTTGGCCTGCTGTGGATACTAAGATCGGCAGCTTAAACCAATGTTATTGTGCGAGAGTACCCACTTAAATGATGAGAGTATGACGTGGATA
TTAAGATCGGTAGATAAAACCAATGTTATTGTTTCAGAGGAGCTAAAAGTTCAGCCTAAAACCAC

>TRINITY_DN100944_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTCAGTTTAGGCCTTGCTATATCTGAGATACGCGGAAGTAGCCAGCCGGGAAGATATAATATTTTTAAGGTCTGAGACATGGATATCAAGAAAGCAATCCACGCGTGCATGCTTCTAGTTTTGATGTTCGGATTGTTGAATCTGgtaaataatgtgttaattctcttgtattttcttatcagcagtactaatgtgaatc
tacgatgcctagattattctcttatttacaacctgcagccttatactctgtgtcgtcctaaatttgtggattatccttgaaacattttctcttgacaggactttttctttatactgtgtcaatgcttcaagctgtgctagattgttctcatgttctcagcttagtgctctataccgggctaaaggtttattctcatattc
attgcgttgtgctctattccgggctaaatgttctagactattctcatattcagagtacattttcaatctgcagtcttaatgctctgtgccgtgctaaatttgtggatgcttatttaaagattcttttgttcacagagcattttcttttatttcagtcccgatgctctaagccgtgctgaattagtggattttacataaat
attcccttgttcacagtgcattttctctttaacaatcccgatgctcctaagccgtgctaaatcttgtggattttacataaatattcccttgttcacagtgcattttctctttaacaatcccgatgctcctaagccgtgctaaatcttgtggatttttacttgaaaattctcttgttcacattccatttccttttacagtc
tcaaggctctaaactgtactagatattatcatcttttcagctttaatgctcaatattgtggtttgtttgtggattttcattcatcttgttcagagtataggtttttaacttctttcttctgtttaaacgcgctatgctgtgctagatttaagatttaatgcgctatcctgtagtttgaagcaattttttcaatttctttg
aagatcttgttatccatatcgattcttacgttgaaaaatcatttcttgcagGTGGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATTAGCGGATTTTCACTTGGTCAGCCTCAGACATTACAGAACGGCCGTCATCTGCTTGCGATAAGTAGGCATTAAAGGGTTTACTGCCATTTTTTAAAACTATTCTATAAATAACGTGTTTATGC
TTAATATTTAATAAAAATGTAAATGCTTTGGTTTCGTCTTCAAATAAAAATGTAAATGCTTTGGTTTCGTCTTCAAATAAAAATGTAAATGCTTTGGT

Intron 2 GTAAATAATG ... CTCTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.33	10	14	7
A2	63.33	11	19	5
A3	88.57	4	31	4
A4	60.87	9	14	2
A5	75	7	21	2
A6	52.15	145	158	0
A7	54.92	55	67	6
A8	55.79	42	53	0
A9	51.01	73	76	5
A10	51.76	41	44	1

>TRINITY_DN36393_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ACGCACACGCCTCTGGCGATATGCTTTATAAAGAGATCGCTTCTTCTCTTCACTCCACATCTCTCGTCTTCAGTTTAGGCCTTGCTATATCTGAGATACGCGGAAGTAGCCAGCCGGGAAGATATAATATTTTTAAGGTCTGAGACATGGATATCAAGAAAGCAATCCACGCGTGCATGCTTCTAGTTTTGATGTTCGGA
TTGTTGAATCTGGACTTTTTCTTTATACTGTGTCAATGCTTCAAGCTGTGCTAGATTGTTCTCATGTTCTCAGCTTAGTGCTCTATACCGGGCTAAAGGTTTATTCTCATATTCATTGCGTTGTGCTCTATTCCGGGCTAAATGTTCTAGACTATTCTCATATTCAGAGTACATTTTCAATCTGCAGTCTTAATGCTCTG
TGCCGTGCTAAATTTGTGGATGCTTATTTAAAGATTCTTTTGTTCACAGAGCATTTTCTTTTATTTCAGTCCCGATGCTCTAAGCCGTGCTGAATTAGTGGATTTTACATAAATATTCCCTTGTTCACAGTGCATTTTCTCTTTAACAATCCCGATGCTCCTAAGCCGTGCTAAATCTTGTGGATTTTTACTTGAAAATT
CTCTTGTTCACATTCCATTTCCTTTTACAGTCTCAAGGCTCTAAACTGTACTAGATATTATCATCTTTTCAGCTTTAATGCTCAATATTGTGGTTTGTTTGTGGATTTTCATTCATCTTGTTCAGAGTATAGGTTTTTAACTTCTTTCTTCTGTTTAAACGCGCTATGCTGTGCTAGATTTAAGATTTAATGCGCTATCC
TGTAGTTTGAAGCAATTTTTTC

>TRINITY_DN36393_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACGCACACGCCTCTGGCGATATGCTTTATAAAGAGATCGCTTCTTCTCTTCACTCCACATCTCTCGTCTTCAGTTTAGGCCTTGCTATATCTGAGATACGCGGAAGTAGCCAGCCGGGAAGATATAATATTTTTAAGGTCTGAGACATGGATATCAAGAAAGCAATCCACGCGTGCATGCTTCTAGTTTTGATGTTCGGA
TTGTTGAATCTGgtaaataatgtgttaattctcttgtattttcttatcagcagtactaatgtgaatctacgatgcctagattattctcttatttacaacctgcagccttatactctgtgtcgtcctaaatttgtggattatccttgaaacattttctcttgacagGACTTTTTCTTTATACTGTGTCAATGCTTCAAGCT
GTGCTAGATTGTTCTCATGTTCTCAGCTTAGTGCTCTATACCGGGCTAAAGGTTTATTCTCATATTCATTGCGTTGTGCTCTATTCCGGGCTAAATGTTCTAGACTATTCTCATATTCAGAGTACATTTTCAATCTGCAGTCTTAATGCTCTGTGCCGTGCTAAATTTGTGGATGCTTATTTAAAGATTCTTTTGTTCAC
AGAGCATTTTCTTTTATTTCAGTCCCGATGCTCTAAGCCGTGCTGAATTAGTGGATTTTACATAAATATTCCCTTGTTCACAGTGCATTTTCTCTTTAACAATCCCGATGCTCCTAAGCCGTGCTAAATCTTGTGGATTTTTACTTGAAAATTCTCTTGTTCACATTCCATTTCCTTTTACAGTCTCAAGGCTCTAAACT
GTACTAGATATTATCATCTTTTCAGCTTTAATGCTCAATATTGTGGTTTGTTTGTGGATTTTCATTCATCTTGTTCAGAGTATAGGTTTTTAACTTCTTTCTTCTGTTTAAACGCGCTATGCTGTGCTAGATTTAAGATTTAATGCGCTATCCTGTAGTTTGAAGCAATTTTTTC

Intron 3 GTAGGCATTA ... TGTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.31	51	8.4	13
A2	13.11	53	5.2	8
A3	20.97	49	8.4	13
A4	18.18	45	5.6	10
A5	15.79	32	0.8	6
A6	15.41	1076	19.2	196
A7	15.2	385	11.4	69
A8	14.04	300	11.8	49
A9	12.5	378	9.8	54
A10	14.23	229	17.4	38

>TRINITY_DN96323_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TCAGTTTAGGCCTTGCTATATCTGAGATACGCGGAAGTAGCCAGCCGGGAAGATATAATATTTTTAAGGTCTGAGACATGGATATCAAGAAAGCAATCCACGCGTGCATGCTTCTAGTTTTGATGTTCGGATTGTTGAATCTGGTGGTTTGCAGTGTGGAGGATGAGATTAGCGGATTTTCACTTGGTCAGCCTCAGACA
TTACAGAACGGCCGTCATCTGCTTGCGATAAACTGCGGCAGCTCTTGCGGGAAGAGATGTGCATTGGCATCAGTGAAGGACAGGTGCTTGAAATACTGCGGGATCTGCTGCAGCTCGTGCCAGTGTGTACCCCCAGGGACATATGGCAACAAGAACGCGTGCCCTTGCTATAGGGACATGAAGAATGGCAAGGGCAAACC
CAAATGCCCTTAAATGAGCTGCATCGTACTGTTTAGATTAGATTGGATATGAGCTAAATAAGTCTCTTGAGGCGATCCTATTGAAACATTAAAAATATGTATAGGTAGTATATTATAGGTTGTGATTTGTATTCTAATCCTGTAGGTTATGATGTATCTGTCGTGACTTCTGGACTCATGTTATAAACCGATTATATTAA
CTATATATATTTTTGTAAGTGTTAGACTCTGTTATGAGCTTATCTGGAGTCTGTGCGACTATCCAACCATGGCCAGCCATGCAATGCGCTCAGAAAAGCTTAAACGGCAGCATATTTATGCTTGTTCTTGGGTACTTAAGCCTTGAATGGCTGGGATCAGGGATCTGGTAGTTGGGTACATTAATTTGGATATCTGCTTG
TGTAT

>TRINITY_DN96323_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGGATTTTCATTCATCTTGTTCAGAGTATAGGTTTTTAACTTCTTTCTTCTGTTTAAACGCGCTATGCTGTGCTAGATTTAAGATTTAATGCGCTATCCTGTAGTTTGAAGCAATTTTTTCAATTTCTTTGAAGATCTTGTTATCCATATCGATTCTTACGTTGAAAAATCATTTCTTGCAGGTGGTTTGCAGTGTGGA
GGATGAGATTAGCGGATTTTCACTTGGTCAGCCTCAGACATTACAGAACGGCCGTCATCTGCTTGCGATAAgtaggcattaaagggtttactgccattttttaaaactattctataaataacgtgtttatgcttaatatttaataaaaatgtaaatgctttggtttcgtcttcaaataaaaatgtaaatgctttggtttc
gtcttcatggaagacgctaactagataagcactgttctgcagACTGCGGCAGCTCTTGCGGGAAGAGATGTGCATTGGCATCAGTGAAGGACAGGTGCTTGAAATACTGCGGGATCTGCTGCAGCTCGTGCCAGTGTGTACCCCCAGGGACATATGGCAACAAGAACGCGTGCCCTTGCTATAGGGACATGAAGAATGGC
AAGGGCAAACCCAAATGCCCTTAAATGAGCTGCATCGTACTGTTTAGATTAGATTGGATATGAGCTAAATAAGTCTCTTGAGGCGATCCTATTGAAACATTAAAAATATGTATAGGTAGTATATTATAGGTTGTGATTTGTATTCTAATCCTGTAGGTTATGATGTATCTGTCGTGACTTCTGGACTCATGTTATAAACC
GATTATATTAACTATATATATTTTTGTAAGTGTTAGACTCTGTTATGAGCTTATCTGGAGTCTGTGCGACTATCCAACCATGGCCAGCCATGCAATGCGCTCAGAAAAGCTTAAACGGCAGCATATTTATGCTTGTTCTTGGGTACTTAAGCCTTGAATGGCTGGGATCAGGGATCTGGTAGTTGGGTACATTAATTTGG
ATATCTGCTTGTGTAT