sp|B7ZWR6|OEP61_ARATH ----> Outer envelope protein 61
Intron 1 GTATGTGCCA ... GTTCCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.95 | 192 | 35.4 | 43 |
| A2 | 18.87 | 205 | 31.4 | 64 |
| A3 | 15.23 | 191 | 23.6 | 45 |
| A4 | 14.71 | 142 | 21 | 28 |
| A5 | 16.05 | 68 | 15 | 11 |
| A6 | 18.33 | 797.4 | 119.9 | 238 |
| A7 | 16.4 | 1024 | 147.9 | 254 |
| A8 | 18.63 | 1223.6 | 185.2 | 375 |
| A9 | 17.87 | 885 | 129 | 256 |
| A10 | 16.13 | 650.7 | 94.3 | 156 |
>TRINITY_DN115021_c3_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTTCGGCTA
TAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAG
GTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAA
GGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTTGTTA
TTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTCCTGA
TGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGT
CAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAAAACA
GTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGGAGTC
ATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTA
AAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTCTTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGAC
ACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGAT
TGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTT
ATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACAT
CAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACATTCACATAATCCATAAATATGGTATAAAACGTTTACCTGGATTTTGTTACTCTTATTTTGAAATTATTAAATATCGATTTAACTGAAACGATCATATTTTCCAAC
GTTTTGGCATAGGAAACCTAGACGTTATGGAAATGCAGGGGAAATGCCTAGG
>TRINITY_DN115021_c3_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTCTTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGgtatgtgccatttttttcga
ctgtttgataccttgattttattttgacatggcagaactttagccaggtagttataagtgacaattgctttctagcaaattggtacaaactcatgatgtctttattgatacgctgctgggattttgttcctgtagATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTA
TGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGC
TATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTG
AAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACA
TTCACATAATCCATAAATATGGTATAAAACGTTTACCTGGATTTTGTTACTCTTATTTTGAAATTATTAAATATCGATTTAACTGAAACGATCATATTTTCCAACGTTTTGGCATAGGAAACCTAGACGTTATGGAAATGCAGGGGAAATGCCTAGG
Intron 2 GTTTGTCCTA ... CTATCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.43 | 167 | 34.1 | 60 |
| A2 | 16.81 | 94 | 26.4 | 19 |
| A3 | 25.38 | 147 | 30.7 | 50 |
| A4 | 28.93 | 113 | 26.4 | 46 |
| A5 | 31.03 | 60 | 8.6 | 27 |
| A6 | 23.84 | 115 | 13.6 | 36 |
| A7 | 22.04 | 290 | 66.4 | 82 |
| A8 | 21.33 | 166 | 26.4 | 45 |
| A9 | 22.86 | 297 | 65.7 | 88 |
| A10 | 23.3 | 316 | 57.9 | 96 |
>TRINITY_DN117739_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTTCGGCTA
TAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAG
GTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAA
GGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTTGTTA
TTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTCCTGA
TGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGT
CAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAAAACA
GTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGGAGTC
ATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTA
AAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGAC
ACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGAT
TGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTT
ATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACAT
CAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACATTCACATAATCC
>TRINITY_DN117739_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTTCGGCTA
TAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAG
GTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAA
GGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAgtttgtcctaatcttctaacttcattatatttgggatagtggcagattaac
cttgggttgtatgcttgtttaacatggttcttttgttgttctcctaagcttgcttagcaggatgttttctttctttgaagtaatttcctttttgacaggtagttttctgtgttttgaattttctatctacagGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTTGTTATTGGCTTCTTTGTTGAA
TTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTCCTGATGATGAAACAATTGCAC
AGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGTCAGAAGATCAAAATGGG
TTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAAAACAGTATCTGGTATGTTTAG
TAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGGAGTCATCTATGAATTTGAGTT
CTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTAAAGCACAAACTGCTATG
GCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGA
TTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGATTGTGCTGTGGTACATGG
TATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTTATTTTTAAATACACTCT
CAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACATCAAACTGAGATTTGTAG
ATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACATTCACATAATCC
Intron 3 GTATTGGGCA ... GTGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.08 | 179 | 45 | 34 |
| A2 | 20.73 | 130 | 48 | 20 |
| A3 | 18.03 | 125 | 39 | 16 |
| A4 | 21.4 | 112 | 42 | 19 |
| A5 | 15.38 | 55 | 10 | 10 |
| A6 | 17.61 | 421 | 96 | 84 |
| A7 | 18.07 | 587 | 146 | 113 |
| A8 | 18.82 | 716 | 169 | 163 |
| A9 | 18.27 | 481 | 129 | 86 |
| A10 | 18.72 | 395 | 104 | 78 |
>TRINITY_DN39578_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGA
TGAGGTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATA
TCAAGGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTT
GTTATTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTC
CTGATGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAG
AGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAA
AACAGTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGG
AGTCATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCA
GTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTCTTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTA
AGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGT
GGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTT
ATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTA
ACATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGC
>TRINITY_DN39578_c1_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TATTTTCTCAGTGTTTAGGGGTCAGATAGTGACACCATGTGGCTCCTAGAATTACTTAATTGAGGCCCTAAGAATTGCCTCAGGCAGATTCTGGTGGATGGAACATGTCATGAATGGCATAATACTCATCGACATAAATATTCATAAGAATTTCATTAGTAGTTCATTACCTTGTGGAAGATCTTTGGTATAAACTTTTG
TGGGCCTTGTGGTGGAACCATGCTCACAGTTAGAAGATGCAACACTATTATGGATGACAACCATATTCAAAGGATCAAATGGCCTGTCCTCGGTCTAGGGGATGCAATTAAGAGGCGCCTTGGCAGCCTTGGGATAACGCAGGAACGACGACTTGGAGCCACAGCAGGATGGCTAAACTGTCTTGGCAAGGAATAATGGT
AGCAATGGAAAAGGGATGCAGACATACCTTAAAACCTGTTGTGGATCTAATATGTTTGCATTATTCATGAATGCACAAAATACATTGTAGGTTGCTGGATTTGTCTCTACTATTGCCAGTTCAGATGCACAAAAGCGCGAGCAACCACAATTGTCATTGGAGACTTGAACCCTAGTGCGGGGTGAACACAACACCTTGCT
TTCACCAAGCCGGAAAGCCATTGTTGACAACATATCTTTTTGTATCTACTGTTTTTTTGTTTTAGTATTCTATCACTTGCAAATTCTTCAGATAACTGACTATGATACACCATTGTTAATCACTTGATTTCTGATGTTCAGTGCATTACTCTCTGTACCATGAAGGCTAGTTTTACCCTTCAGCTCTAAGTTATATATAT
ATATATTTTAGAAATTAGCTTAACACAGATAAGGGTTTTTCCAGCATTGTTTTTGGTGGACATCTATATCGTAAGTTCTTTAAGTTATTTGTCATCTCATTGCGAGTACTTGTATTTAAACTGCATGTGGTCTTCTGTTCATATAGCTTATTGTTCAAATTATTTCTCATACTAAAATATGTCTGTTTGCAGATGTTTTC
ATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGgtattgggcaatcctttactttttcattatttgattttgattgctgtagctgttgtcatcaatg
catgtgggcttaatgcttgcaatgaaatgtggactcattctcggtgttctgtacgatggggcagaggagcttgtgtattcttatcagtttcacattgaattgaattgtgtgttaaggctgccaatggatacatctctgtccatttacaacttttcaagttattttgtgttattggtacttgagtatttcaagaaatggat
tatgttatgtgtcctgatgaggtggctgttgcaacattacaatatcttaatagtattatatagtttgtgatgaagtacttggaatgtgtgtttgcagATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTT
TTCTTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGGTATGTGCCATTTTTTTCGACTGTTTGATACCTTGATTTTATTTTGACATGGCAGAACTTTAGCCAGGTAGTTATAAGTGACAATTGCTTTCTAGCAAATTGGTACAAACTCATGATGTCTTT
ATTGATACGCTGCTGGGATTTTGTTCCTGTAGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGG
ATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTAT
TTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAAC
ATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGC
Intron 4 GTTTGTCACA ... GATGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.99 | 268 | 50 | 52 |
| A2 | 17.65 | 224 | 45 | 51 |
| A3 | 17.08 | 182 | 27 | 48 |
| A4 | 20.91 | 208 | 61 | 49 |
| A5 | 14.77 | 75 | 14 | 12 |
| A6 | 18.63 | 367 | 54 | 114 |
| A7 | 17.06 | 678 | 115 | 164 |
| A8 | 16.24 | 650 | 90 | 162 |
| A9 | 16.94 | 674 | 110 | 165 |
| A10 | 16.01 | 632 | 92 | 149 |
>TRINITY_DN117739_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTTCGGCTA
TAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAG
GTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAA
GGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTTGTTA
TTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTCCTGA
TGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGT
CAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAAAACA
GTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGGAGTC
ATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTA
AAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGAC
ACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGAT
TGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTT
ATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACAT
CAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACATTCACATAATCC
>TRINITY_DN117739_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:CACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTTCGGCTA
TAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAG
GTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAA
GGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTTGTTA
TTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTCCTGA
TGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGT
CAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGgtttgtcacattacatatttatctgtgcttttcaatttgtcttactaagctaccgttttttgctttgctcgtgtcgtagaaggatcca
gatatatagcttttatctgcccttcacatagctgaggcatttttcttcatgttctgggaatattgtcttatgaagaagtttcaggactgaatagctgttttctcccaacattggtactctattattcatattgcagttgtctgtgcaataggttaatataacaacaaattaacattgttaattgcttcgaatgatcaaag
aaggttttatgaaaaaaattaagtgttgaaatataagcaagtaatagaaaatacattttttttgggcacatcatgatattcctgaatctaccaaatcatttgccagtcctcacttactgaatgctaattgcatgcctgccaatactgagaataaaatcaatcaaacacaggagcttttctccagtctttgccactaattt
tccctgtcattctaaaccctcactagtctaccaaattttgtccaatgctggttgccatactcacataactttataagacattataatttaaaccatggtagtgaatgctaatatttagccagcagaagctgctggactaaaatgctgtatacaagggactagctgtagaatttctaacttgtgcaggctgtactgaaagt
tgtcagaaggatcattcatatcatctcctaaatcctcaatatttcctgcaaatcatggcaccaaaatctacacaaacagttacatatagcataatctaacttcatgcatctagaaaaggagagtacttattagctgcctgtcaaatttctttttaagagtggattagaatggcctcatagtacaatgcttcccaccgttt
gttatccctattggtgtatttcattctttcactccttacaagatgcatcttgaacttgagctgtcttgtaaagagaagtcaagagtcaagacagactggtagcctctgagaggtggatgataatcataagagatttaattttccaatagtttggacaggctattgagtagttaattcatgctgagccagaaggaaacagg
tgaacctctaggaccaatgattaattaatttcaatatttttagtaactggtgagtttgtcttagtttaaattttgcatattaaacttcctctcaactctgcattctgtcatgtttttcctgggagttctttgtatcttagtcatcttttatttcaaagcagcgacttcattcatccccagctgggactagccttgctatc
tatattttgcaccttatcttgtttgatattggcttgttgcaaacatgaatatcttgaaagatatgtacatgacgagaaaaatttgtttagtgcacatctgggagtggatgttgaatttaaccaaacttttagtgcagtgcatccattccgaatgatttatcatcctattcttatcagaaggcagtatctagtatctacag
cccaagagtcttgactttagattcactaatgctagaaattttaacattatggatttgggatctctagaagtgagactaatacagcaagtgaagcagatcccagcagatgacttgttattaacttattaggcacccgaaaaatttgggaatggaagaatttcaatttatgtagatatgctaagcagtaatgattataccat
tatgatatttgttactttatatgatcgtcctagctttgtttttcgtttttccttttggtgctttctgcactttacgagaatccagtaatcttggttctgttttcgtttattgccttggtctttcttataatttataagccctaacattctagttactttcatattttgttctatgttttctatgttcatgtttctcattc
atctctagtttctcttttattttcccttgtttttatccctaaacttgcagaggtaagttatattaaaagataaaaaattatttatgttgtacatatttgctgattatgctaaaacttaaagaaaatttacagttcccatcctagatattgtttactttctctacagcagcaaataagggtgaatattgaaacaaaataca
gctttcaaaaaattagttacattaaaagataaaaaattatttatgttgtagtagttgtacatatttgctgattatgctaaaacttaaagaaaatttacagttcccatcctagatattgtttactttctctacagcagcaaataagggtgaatattgaaacaaaatacagctttcaaaaaatttccttgatttaatgaaca
catcatttccttctgtggtggtcaatgctaaatttttaccaggaaaccccttgaaagttgaaactatgtttgaatcaatatctacttaacctgaagtttctctattaatttcgttgaacaatggcattcaagtgcttaaggtgtgcattttcaatgttacatgaacatgtatcagtattttttctaagaacgttttcggt
tttagtcattgaaatttctcttgttgttttcttttaaaaaattaatacattttcgttcctatcatttcttttcctctttgaagatggctaacccctatagaacatgctttacagaataaaatcttttaagcttctaaacatttcagtgttttctattcaagattcacaagatactttgcgatgatttgcttaacatctag
tgatgctgcagAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAAAACAGTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATT
TGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGGAGTCATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGA
GACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATC
AAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCT
TATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTT
CCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAA
GAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACATTCACA
TAATCC
Intron 5 GTATGTGCCA ... TTATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.85 | 47 | 34 | 83 |
| A2 | 73.91 | 30 | 30 | 85 |
| A3 | 70.37 | 32 | 25 | 76 |
| A4 | 68.93 | 32 | 21 | 71 |
| A5 | 47.37 | 20 | 15 | 18 |
| A6 | 68.61 | 183 | 122 | 400 |
| A7 | 66.62 | 220 | 150 | 439 |
| A8 | 69.57 | 283 | 186 | 647 |
| A9 | 69.6 | 183 | 129 | 419 |
| A10 | 64.17 | 129 | 95 | 231 |
>TRINITY_DN44199_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformACACCCCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACC
TTTTTCGGCTATAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCG
GAGCTGATGAGGTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGA
GCGCATATCAAGGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGA
AGAGTTTGTTATTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAG
GTTTCTCCTGATGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGG
TGAGCAGAGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATA
TGGTCAAAACAGTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGA
GTTGGGGAGTCATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGA
GGAAGCAGTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTG
GAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATT
AAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATG
TAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCG
AACACGAGCTATCTGCG
>TRINITY_DN44199_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCCATTGTTGACAACATATCTTTTTGTATCTACTGTTTTTTTGTTTTAGTATTCTATCACTTGCAAATTCTTCAGATAAACTGACTATGATACACCATTGTTAATCACTTGATTTCTGATGTTCAGTGCATTACTCTCTGTACCATGAAGGCTAGTTTTACCCTTCAGCTCTAAGTTATATATATATATATTTTAGAAAT
TAGCTTAACACAGATAAGGGTTTTTCCAGCATTGTTTTTGGTGGACATCTATATCGTAAGTTCTTTAAGTTATTTGTCATCTCATTGCGAGTACTTGTATTTAAACTGCATGTGGTCTTCTGTTCATATAGCTTATTGTTCAAATTATTTCTCATACTAAAATATGTCTGTTTGCAGATGTTTTCATCAATGATACAAAA
CATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTC
TTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGgtatgtgccatttttttcgactgtttgataccttgattttattttgacatggcagaactttagccaggtagttataagtgacaattgctttctagcaaa
ttggtacaaactcatgatgtctttattgatacgctgctgggattttgttcctgtagatggagttgatgcatgcttaaaccaattgtggaagctgcttcagggcatgtattttgattctttatgaccttattttcagCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAG
GAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTG
TACATGGAATCTCCTAATTTTTATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATC
TGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCG
Intron 6 GTATGTAGTA ... CATATTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.45 | 46 | 82 | 71 |
| A2 | 60.66 | 36 | 65 | 46 |
| A3 | 59.04 | 60 | 89 | 84 |
| A4 | 52.09 | 63 | 62 | 75 |
| A5 | 47.25 | 24 | 13 | 30 |
| A6 | 48.55 | 71 | 46 | 88 |
| A7 | 61.05 | 96 | 172 | 129 |
| A8 | 59.8 | 82 | 150 | 94 |
| A9 | 53.62 | 125 | 133 | 156 |
| A10 | 54.07 | 124 | 140 | 152 |
>TRINITY_DN100580_c1_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoformCGGTATTCAAGAAGATCGACATGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTG
ATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAG
>TRINITY_DN100580_c1_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTT
CGGCTATAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCT
GATGAGGTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCA
TATCAAGGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGT
TTGTTATTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTC
TCCTGATGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGgtatgtagtagccatatgaaatatttcataaggggtttggcattaagggattatattattcctcttgtaattacaaggttgtcagatatttggagtccattaaatcaattgtta
actgtttttctctaaattctgcatgtgatttgattaatccacaactgatagggcttcatattgaagAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGAT
AGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGGTTTGTCACATTACATATTTATCTGTGCTTTTCAATTTGTCTTACTAAGCTACCGTTTTTTGCTTTGCTCGTGTCGTAGAAGGATCCAGATATATAGCTTTTATCTGCCCTTCACAT
AGCTGAGGCATTTTTCTTCATGTTCTGGGAATATTGTCTTATGAAGAAGTTTCAGGACTGAATAGCTGTTTTCTCC
Intron 7 GTAAAGTTTG ... TTCTTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.92 | 40.4 | 71 | 84.8 |
| A2 | 60.4 | 48.3 | 63 | 83.9 |
| A3 | 62.43 | 66.3 | 122 | 98 |
| A4 | 62.33 | 48.2 | 80 | 78.9 |
| A5 | 65.73 | 21.9 | 55 | 29 |
| A6 | 55.8 | 71.3 | 100 | 79.8 |
| A7 | 57.57 | 208.1 | 294 | 269.7 |
| A8 | 56.81 | 71.7 | 104 | 83.9 |
| A9 | 54.18 | 196.1 | 276 | 186.6 |
| A10 | 58.1 | 183.1 | 262 | 244.7 |
>TRINITY_DN117739_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAGG
TTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAAG
GGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAG
>TRINITY_DN117739_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:CACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGgtaaagtttggtgtgctgtgtggacttattctttgacctttttcggcta
taaatttcatcccgcaaatcacttcggtcatcgaaattttctccaatattgctctgtaattccattccattacattcgagcccttaattttaattgtttctccccagccctgcattttgtaattgcctgggtaaactttttattcttggtagATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAG
GTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCATATCAA
GGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGTTTGTTA
TTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTCTCCTGA
TGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGT
CAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGGTTTGTCACATTACATATTTATCTGTGCTTTTCAATTTGTCTTACTAAGCTACCGTTTTTTGCTTTGCTCGTGTCGTAGAAGGATCCA
GATATATAGCTTTTATCTGCCCTTCACATAGCTGAGGCATTTTTCTTCATGTTCTGGGAATATTGTCTTATGAAGAAGTTTCAGGACTGAATAGCTGTTTTCTCCCAACATTGGTACTCTATTATTCATATTGCAGTTGTCTGTGCAATAGGTTAATATAACAACAAATTAACATTGTTAATTGCTTCGAATGATCAAAG
AAGGTTTTATGAAAAAAATTAAGTGTTGAAATATAAGCAAGTAATAGAAAATACATTTTTTTTGGGCACATCATGATATTCCTGAATCTACCAAATCATTTGCCAGTCCTCACTTACTGAATGCTAATTGCATGCCTGCCAATACTGAGAATAAAATCAATCAAACACAGGAGCTTTTCTCCAGTCTTTGCCACTAATTT
TCCCTGTCATTCTAAACCCTCACTAGTCTACCAAATTTTGTCCAATGCTGGTTGCCATACTCACATAACTTTATAAGACATTATAATTTAAACCATGGTAGTGAATGCTAATATTTAGCCAGCAGAAGCTGCTGGACTAAAATGCTGTATACAAGGGACTAGCTGTAGAATTTCTAACTTGTGCAGGCTGTACTGAAAGT
TGTCAGAAGGATCATTCATATCATCTCCTAAATCCTCAATATTTCCTGCAAATCATGGCACCAAAATCTACACAAACAGTTACATATAGCATAATCTAACTTCATGCATCTAGAAAAGGAGAGTACTTATTAGCTGCCTGTCAAATTTCTTTTTAAGAGTGGATTAGAATGGCCTCATAGTACAATGCTTCCCACCGTTT
GTTATCCCTATTGGTGTATTTCATTCTTTCACTCCTTACAAGATGCATCTTGAACTTGAGCTGTCTTGTAAAGAGAAGTCAAGAGTCAAGACAGACTGGTAGCCTCTGAGAGGTGGATGATAATCATAAGAGATTTAATTTTCCAATAGTTTGGACAGGCTATTGAGTAGTTAATTCATGCTGAGCCAGAAGGAAACAGG
TGAACCTCTAGGACCAATGATTAATTAATTTCAATATTTTTAGTAACTGGTGAGTTTGTCTTAGTTTAAATTTTGCATATTAAACTTCCTCTCAACTCTGCATTCTGTCATGTTTTTCCTGGGAGTTCTTTGTATCTTAGTCATCTTTTATTTCAAAGCAGCGACTTCATTCATCCCCAGCTGGGACTAGCCTTGCTATC
TATATTTTGCACCTTATCTTGTTTGATATTGGCTTGTTGCAAACATGAATATCTTGAAAGATATGTACATGACGAGAAAAATTTGTTTAGTGCACATCTGGGAGTGGATGTTGAATTTAACCAAACTTTTAGTGCAGTGCATCCATTCCGAATGATTTATCATCCTATTCTTATCAGAAGGCAGTATCTAGTATCTACAG
CCCAAGAGTCTTGACTTTAGATTCACTAATGCTAGAAATTTTAACATTATGGATTTGGGATCTCTAGAAGTGAGACTAATACAGCAAGTGAAGCAGATCCCAGCAGATGACTTGTTATTAACTTATTAGGCACCCGAAAAATTTGGGAATGGAAGAATTTCAATTTATGTAGATATGCTAAGCAGTAATGATTATACCAT
TATGATATTTGTTACTTTATATGATCGTCCTAGCTTTGTTTTTCGTTTTTCCTTTTGGTGCTTTCTGCACTTTACGAGAATCCAGTAATCTTGGTTCTGTTTTCGTTTATTGCCTTGGTCTTTCTTATAATTTATAAGCCCTAACATTCTAGTTACTTTCATATTTTGTTCTATGTTTTCTATGTTCATGTTTCTCATTC
ATCTCTAGTTTCTCTTTTATTTTCCCTTGTTTTTATCCCTAAACTTGCAGAGGTAAGTTATATTAAAAGATAAAAAATTATTTATGTTGTACATATTTGCTGATTATGCTAAAACTTAAAGAAAATTTACAGTTCCCATCCTAGATATTGTTTACTTTCTCTACAGCAGCAAATAAGGGTGAATATTGAAACAAAATACA
GCTTTCAAAAAATTAGTTACATTAAAAGATAAAAAATTATTTATGTTGTAGTAGTTGTACATATTTGCTGATTATGCTAAAACTTAAAGAAAATTTACAGTTCCCATCCTAGATATTGTTTACTTTCTCTACAGCAGCAAATAAGGGTGAATATTGAAACAAAATACAGCTTTCAAAAAATTTCCTTGATTTAATGAACA
CATCATTTCCTTCTGTGGTGGTCAATGCTAAATTTTTACCAGGAAACCCCTTGAAAGTTGAAACTATGTTTGAATCAATATCTACTTAACCTGAAGTTTCTCTATTAATTTCGTTGAACAATGGCATTCAAGTGCTTAAGGTGTGCATTTTCAATGTTACATGAACATGTATCAGTATTTTTTCTAAGAACGTTTTCGGT
TTTAGTCATTGAAATTTCTCTTGTTGTTTTCTTTTAAAAAATTAATACATTTTCGTTCCTATCATTTCTTTTCCTCTTTGAAGATGGCTAACCCCTATAGAACATGCTTTACAGAATAAAATCTTTTAAGCTTCTAAACATTTCAGTGTTTTCTATTCAAGATTCACAAGATACTTTGCGATGATTTGCTTAACATCTAG
TGATGCTGCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTCAAAACAGTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATT
TGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGGGGAGTCATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGA
GACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAGCAGTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATC
AAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTTTAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCT
TATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTTGTGGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTT
CCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTTTTATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAA
GAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTGTAACATCAAACTGAGATTTGTAGATAATAAGATTGTTATTTTGCATTCTTGACATTTTTGCAAGGAGTAATTTCGAACACGAGCTATCTGCATTTATAACATTCACA
TAATCC
Intron 8 GTATGTAGTA ... CAACTGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.24 | 257 | 82 | 65 |
| A2 | 20.37 | 213 | 65 | 44 |
| A3 | 24.53 | 252.3 | 89 | 75 |
| A4 | 23.36 | 210 | 62 | 66 |
| A5 | 25 | 60 | 13 | 27 |
| A6 | 22.83 | 194.3 | 46 | 69 |
| A7 | 21.93 | 498.3 | 172 | 108 |
| A8 | 23.08 | 380 | 150 | 78 |
| A9 | 21.79 | 472 | 133 | 130 |
| A10 | 23.57 | 444.3 | 140 | 134 |
>TRINITY_DN100580_c1_g1_i13 from sample A4 / Example spliced isoformCCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTT
CGGCTATAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCT
GATGAGGTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCA
TATCAAGGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGT
TTGTTATTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTC
TCCTGATGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGC
AGAGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTC
AAAACAGTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGG
GGAGTCATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGATGTTTTCATCAATGATACAAAACATGAGCCCTGAGACGATGGCCAGTATGAGCGAGCAGTTTGGGATTAAGCTTTCACACGAGGAAG
CAGTTAAAGCACAAACTGCTATGGCCTCTCTTTCTCCTACTGAAATAGACAGATTGATGAATTGGGCAGCAAGGCTACAGACTGGAATTGACTATGCTCGAAAGATCAAGAACTGGATACTAGGAAGGCCGGGTCTTATTTTTTCAATTTCCATGCTTTTTATTGCTATTATTCTTCATCGGCTTGGATATATTGGAGTT
TAAGACACACTACATCATTTGGATTTTTCAATATTGATGGAGTTGATGCATGCTTAAACCAATTGTGGAAGCTGCTTCAGGGCATGTATTTTGATTCTTTATGACCTTATTTTCAGCAATGCCAGCCGTATAGCTTACTGAGAAAAGCTGGGAACTCTGCTGGAATTATTTGTGAACAAGGAAACAGTTGACTATTGCTT
GTGGATTGTGCTGTGGTACATGGTATAGATCCATCAAGCTATGTCAATTTTTTTGGCATCCTCATGCCTTCTATTAAAAACATTCGGATGCTTGAGAATGCTATTTTCCTTCGTGTTCGGTCAGTTTTTTTTTCAAATCATATGGTAACTTTTGTTATAAACATTATCCACATCAATTTGTACATGGAATCTCCTAATTT
TTATTTATTTTTAAATACACTCTCAGAATAAAGTTCCATTTTTATGTATCATCAGGGGAAGGGTGCCGTACAATGTAATTTATAAATGGACTACTGAACTGAAGAAAGAAGGGAAACATGCCCTGATAACAATAACGTTTTTTCATTGAAGATTTTTTATGCTCACTCAAATGTTTGATCTGTCTTTTTTGTTACAAGTG
TAACATCAAACTGAG
>TRINITY_DN100580_c1_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGGTTCATCCCAGGGTAAAGTTTGGTGTGCTGTGTGGACTTATTCTTTGACCTTTTT
CGGCTATAAATTTCATCCCGCAAATCACTTCGGTCATCGAAATTTTCTCCAATATTGCTCTGTAATTCCATTCCATTACATTCGAGCCCTTAATTTTAATTGTTTCTCCCCAGCCCTGCATTTTGTAATTGCCTGGGTAAACTTTTTATTCTTGGTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCT
GATGAGGTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCA
TATCAAGGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGT
TTGTTATTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTC
TCCTGATGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGgtatgtagtagccatatgaaatatttcataaggggtttggcattaagggattatattattcctcttgtaattacaaggttgtcagatatttggagtccattaaatcaattgtta
actgtttttctctaaattctgcatgtgatttgattaatccacaactgatagGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGCAGAGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGAT
AGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGGTTTGTCACATTACATATTTATCTGTGCTTTTCAATTTGTCTTACTAAGCTACCGTTTTTTGCTTTGCTCGTGTCGTAGAAGGATCCAGATATATAGCTTTTATCTGCCCTTCACAT
AGCTGAGGCATTTTTCTTCATGTTCTGGGAATATTGTCTTATGAAGAAGTTTCAGGACTGAATAGCTGTTTTCTCC
Intron 9 GTTCATCCCA ... TTCTTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75 | 26 | 71 | 85 |
| A2 | 61.54 | 50 | 76 | 84 |
| A3 | 66.16 | 56 | 121 | 98 |
| A4 | 74.04 | 27 | 75 | 79 |
| A5 | 63.5 | 25 | 58 | 29 |
| A6 | 58.39 | 67 | 108 | 80 |
| A7 | 63.19 | 166 | 300 | 270 |
| A8 | 60.63 | 62 | 107 | 84 |
| A9 | 56.3 | 189 | 300 | 187 |
| A10 | 61.37 | 163 | 273 | 245 |
>TRINITY_DN109984_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformCCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCTGATGAGGTTGGCA
CAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGGTGAGTTTTGTGTCTAAATTCTATTTTTGATTTATCATTGGAATCAATTTCGCCTTGGACTCTTCTTGGTTTATTGCATTTGGGTTTACAGG
>TRINITY_DN109984_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCGTAACACACCCAAGCACTCTGCATATTTCCAACTACTAAGCCGCCAGGCTCGTTGACCACACGAAGAAACCTCCCACACTTGATCTGCACGCGGACCGGGAAAGCAACTCAAGCGTCCACCGAAGATCTCTATTAAATTCTAGgttcatcccagggtaaagtttggtgtgctgtgtggacttattctttgaccttttt
cggctataaatttcatcccgcaaatcacttcggtcatcgaaattttctccaatattgctctgtaattccattccattacattcgagcccttaattttaattgtttctccccagccctgcattttgtaattgcctgggtaaactttttattcttggtagATCTTCCAGAGAATTGAATTAGTCAATGATGGATCCGGAGCT
GATGAGGTTGGCACAAGAACAGATGAGCAAGATTTCCCCCGATGATCTCTTGAAGATGCAACAACAGATGATGGCCAATCCAGACTTACTGCGTATGGCGTCAGAGAATATGAAGAATATGAAGCCTGAAGATATAAGGTTTGCAGCAGAGCAGATGAAGCATTTACCCAAGGAAGATATGGCTGAAATAAGTGAGCGCA
TATCAAGGGCTTCGCCAGAAGAAATTGCAGCTATGAAGGCTCATGCAAATCTTCAGTCTGCATATCAATTGCAAGGAGCTCAGAACCTAAAAAATCAGGGAAATCGGCTTCATGCTCAAGGCAAATACAGTGAAGCAGCAGAGAAATATTTGCAAGCAAGGACCAATCTGACAGGAATACCCTTCTCCGAATCGAAGAGT
TTGTTATTGGCTTCTTTGTTGAATTTAATGTCCTGCTATCTAAAGACACAACAGTTTGAGGAGTGTGTACAAACAGGTTCGGAGGTTCTGGCATATGATGCAGTGAATGCTAAAGCATTGTATCGCAGAGGCCAAGCCTACAAACATATTGGAAAGCTAGAATTGGCTGTTGCAGACTTGAGAAAAGCAGTAGAGGTTTC
TCCTGATGATGAAACAATTGCACAGGCTTTAAGAGAAGCAAGCACCGAATTAATGGAGAAAGGCGGTATTCAAGAAGATCGACATGGGCTTCATATTGAAGAGATAACTGAGGAAGAAGCTGTTCAGTTGACTGATAAAAAGGATCTGCAGTCGGCTCCTTTGGTGACTTCTGTTATAGGAGATATAAGTGATGGTGAGC
AGAGGTCAGAAGATCAAAATGGGTTCTTTAAAGATAGAGTTCAAGCAACTAATGTGCCCAATGGGGAGATGTATGCTGATAGCTTGAGGAACTTGAGTGAAAATCCTGATATGCTCAGAACCATGCAGAGTTTGATGGAAAATGTCAACCCAGAATCCTTAGTTGCTTTAAGTGGAGGTAAATTGACCCCTGATATGGTC
AAAACAGTATCTGGTATGTTTAGTAGGATGTCACCAGAGGAGCTACAGAATATGATGAAAATTTCAAGCAACCTATCAAGACAAAATCAAGCTTCTTCATCTACATTTGATGACATGAGAAATGGGCATTCAGTTATGGGTTCTTCACAATCTGTTTCAGTAGATAATGGCCTTTTTGAAGAAAATCAGAATAGAGTTGG
GGAGTCATCTATGAATTTGAGTTCTAGTGCAGCCTTCTCGGGCATGCCAAACTTTTCTGCAGAAATGCAGGAGCAAGTGAGAAATCAAATGAACAATCCAGCCACGAGACAGGTATGTTGGACTTTATTTTGTTTGAATTACTTAAGCATATACACTTTAGCATTTAATTGTTTTGTAAAATTACAAAAGTAAATATGTA
TGTGACAGGTTACATAGATTGCGTCTTCTGAATCTATTCGTTTTTTGAATAGAATGCTTCCTTTAACTATTAAATATTCAAAATATGTACATATACGGCATTTTAAACAAAAACGTGGGCCACAAAGGCAGCCTCCACAAGTGAAGTGCCTTGAGAAGTCAAAATTGCCCTATCTCATATTTCAAAACCAGACAGAC