NA ----> NA

Intron 1 GTATGGTACA ... ACATGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.31	9	20	27
A2	54.67	17	9	32
A3	68	4	10	7
A4	74.19	4	8	15
A5	80	1	2	6
A6	60	46	58	80
A7	67.48	40	68	98
A8	52.44	78	77	95
A9	56.55	58	68	83
A10	50.94	65	56	79

>TRINITY_DN39340_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GTGGTTTACCGGTTCCCGGTGCGGGTTCAGCGGTTAAGATTTAAAAAAAATATAAAAAACCCAACCGAAACCATTCCCTTCTAGGGCTAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTT
TCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGGATAGTG
TTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTTTGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTGTAAGCAGTTGTGGTCGGATTCTCACAATGTTGATGACTGTCGG
AAACTGTAAAAACGGATGGGTAGTGCTGTTGGAGCTCTAACGAGTTTTGTTGATGTGTAGTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATCTGC
ATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAACAAA
AGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAATATT
TGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCAACA
AAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATTCTT
GTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAGACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCAT
GTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTGGGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGT
AGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGTTGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGCCTATTTTTTCCCATGTTTTATAATATATTGTTGATATCTTGACATGC

>TRINITY_DN39340_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTGGTTTACCGGTTCCCGGTGCGGGTTCAGCGGTTAAGATTTAAAAAAAATATAAAAAACCCAACCGAAACCATTCCCTTCTAGGGCTAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTT
TCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGGATAGTG
TTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTTTGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTGTAAGCAGTTGTGGTCGGATTCTCACAATGTTGATGACTGTCGG
AAACTGTAAAAACGGATGGGTAGTGCTGTTGGAGCTCTAACGAGTTTTGTTGATGTGTAGTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATCTGC
ATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAACAAA
AGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAATATT
TGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCAACA
AAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATTCTT
GTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAgtatggtacattgtttttgctgctaagtttttggtagcttcagtgatatagcacaagtttgtttctttttctttaccttggcatgtttgttgtttttctttggaactgtgggtaacatgtaaagGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAGACA
AGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTGGGA
ATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGTTGG
TCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGCCTATTTTTTCCCATGTTTTATAATATATTGTTGATATCTTGACATGC

Intron 2 GTAAGGGCTC ... CAACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.51	31	10	6
A2	22.02	35.4	15	5
A3	24.91	73.9	39	10
A4	20	50	15	10
A5	26.19	22.6	11	5
A6	16.67	20	5	3
A7	22.56	103	47	13
A8	20.8	22.9	5	7
A9	20	66	28	5
A10	18.07	102	32	13

>TRINITY_DN119118_c12_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGGTTTACCGGTTCCCGGTGCGGGTTCAGCGGTTAAGATTTAAAAAAAATATAAAAAACCCAACCGAAACCATTCCCTTCTAGGGCTAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTT
TCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGTGAGCAC
AATATGCAATTTATTTATCTATTTTTAATTATGTGGAGTTGCCTGGCC

>TRINITY_DN119118_c12_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGGTTTACCGGTTCCCGGTGCGGGTTCAGCGGTTAAGATTTAAAAAAAATATAAAAAACCCAACCGAAACCATTCCCTTCTAGGGCTAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTT
TCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCgtaagggctcacaattttctcttgatataatgatgtctaggtgatgacttcctaataataggcagtcccccacattgtgtcaaattattcaagtaatttacagcaatgctaaatcggcgctgtaca
ttgcttgagtaacttgaacacaatatggttgcagattgctcgggtaactctgatacaatgtggttgcaacttgcagTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGTGAGC
ACAATATGCAATTTATTTATCTATTTTTAATTATGTGGAGTTGCCTGGCC

Intron 3 GTAAGCAGTT ... TGATGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.05	7	26	21
A2	94.29	1	13	20
A3	83.33	4	12	28
A4	68.97	18	45	35
A5	62.5	6	12	8
A6	67.9	13	21	34
A7	74.71	22	51	79
A8	58.7	19	26	28
A9	67.69	21	34	54
A10	75.38	24	68	79

>TRINITY_DN40297_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGATAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTTTCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCTTTGCCAAC
GCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGGATAGTGTTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTT
TGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGG
CACATGGATCTGCATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGA
TAAGAACAACAAAAGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGAT
TTCTTGAAATATTTGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCG
TCTTGTTTCAACAAAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATG
CATAGTGATTCTTGTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGTATGGTACATTGTTTTTGCTGCTAAGTTTTTGGTAGCTTCAGTGATATAGCACAAGTTTGTTTCTTTTTCTTTACCTTGGCATGTTTGTTGTTTTTCTTTGGAACTGTGGGTAACATGTAAAGGCATCATGAGGATTGTAAGTG
GAACATTGAGACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGT
TTAAAGGGTGGGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATC
TATTTGGTGTTGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGCCTATTTTTTCCCATGTTTTATAATATATTGTTGATATCTTGACATGCA

>TRINITY_DN40297_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGATAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTTTCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCTTTGCCAAC
GCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGGATAGTGTTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTT
TGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTgtaagcagttgtggtcggattctcacaatgttgatgactgtcggaaactgtaaaaacggatgggtagtgctgttggagctctaacgagttttgttgatgtgtagTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAG
CACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATCTGCATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTG
CACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGAT
GTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAATATTTGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGT
GATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCAACAAAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTG
CCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATTCTTGTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGTATGGTACATTGTTTTTGCTGCTAAGTTTTTGGTAGCTTC
AGTGATATAGCACAAGTTTGTTTCTTTTTCTTTACCTTGGCATGTTTGTTGTTTTTCTTTGGAACTGTGGGTAACATGTAAAGGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAGACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTC
TGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTGGGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCA
CGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGTTGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGCCTATTTTTTCCCATGTTTTATAA
TATATTGTTGATATCTTGACATGCA

Intron 4 GTGAGCACAA ... TGGAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.78	26	7	13
A2	24	19	11	1
A3	28.36	24	9	10
A4	31.25	22	13	7
A5	38.1	13	12	4
A6	25.33	28	6	13
A7	27.17	67	34	16
A8	23.4	18	8	3
A9	24.77	41	13	14
A10	30	42	17	19

>TRINITY_DN43505_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

ATTCCCTTCTAGGGCTAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTTTCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTA
GCTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGGATAGTGTTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGA
CTGATGTGGTTTGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTGTAAGCAGTTGTGGTCGGATTCTCACAATGTTGATGACTGTCGGAAACTGTAAAAACGGATGGGTAGTGCTGTTGGAGCTCTAACGAGTTTTGTTGATGTGTAGTGAGAGAAGGAG
ACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATCTGCATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTA
CCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTA
TAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAATATTTGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACA
TAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCAACAAAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGT
GGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATTCTTGTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGTATGGTACATTGTTTTTGCTGCTAAGTTT
TTGGTAGCTTCAGTGATATAGCACAAGTTTGTTTCTTTTTCTTTACCTTGGCATGTTTGTTGTTTTTCTTTGGAACTGTGGGTAACATGTAAAGGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAGACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACT
GGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTGGGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTG
TAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGTTGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGCCTATTTTTTCCC
ATGTTTTATAATATATTGTTGAC

>TRINITY_DN43505_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:

ATTCCCTTCTAGGGCTAGGTCAGGAAGGATTGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTTTCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTA
GCTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAgtgagcacaatatgcaatttatttatctatttttaattatgtggagttgcctggccatggttgttttctattcactgttc
ttcattttacgggcataggttggattgcaaacaatttatgcatatcgtgataggttaatcataggtagtttaaggggccatgctattcgcctatcatatttaatgtgacgaagcctgttatttagatactgttactcggctggttggctggtcagattggccaatcttatattaataaggaccagtaaagagggtaaata
ttgtctcttagttatatttttctttggcgggctagaattgaccaatcaataataataataatagatacctatttgatcctggttttccaggaaagggtttctagggataaatatttgtgtctattatttacctattttctctgatggtatcgggctgacctgtctctgatggtatcgggctgacctggaatccagGGATA
GTGTTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTTTGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTGTAAGCAGTTGTGGTCGGATTCTCACAATGTTGATGACTGT
CGGAAACTGTAAAAACGGATGGGTAGTGCTGTTGGAGCTCTAACGAGTTTTGTTGATGTGTAGTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATC
TGCATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAAC
AAAAGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAAT
ATTTGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCA
ACAAAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATT
CTTGTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGTATGGTACATTGTTTTTGCTGCTAAGTTTTTGGTAGCTTCAGTGATATAGCACAAGTTTGTTTCTTTTTCTTTACCTTGGCATGTTTGTTGTTTTTCTTTGGAACTGTGGGTAACATGTAAAGGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAG
ACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTG
GGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGT
TGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGCCTATTTTTTCCCATGTTTTATAATATATTGTTGAC

Intron 5 GTGAGCACAA ... TGGAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.6	26	6.8	8.1
A2	37.18	19	11.3	2.6
A3	26.32	23.8	8.5	7.3
A4	35.95	21.8	12.3	5
A5	45.52	13	11	2.5
A6	17.65	28	6	10.9
A7	32.47	66.9	32.3	9.4
A8	30.77	18	8	1.9
A9	21.7	41	11.5	8.8
A10	27.52	42	16	13.3

>TRINITY_DN121729_c5_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAGAGCAGGTTCCGGGGCTGAGGGTTTTACTTAAGAATGGAACAATTTGCTTCATATGATATAGCGGATTGTTTCATACAATGGAGGTCCTGGGGTTTCCTGCCTGCCGATGTCGATATGGGCAAGGCACAACCAGAAGCTCTGGTTAAGAACAACAGAGGAGGAAGTAGCTTTGCCAACGCTGGCTGCTGCTGATTGA
TTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAGGATAGTGTTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGAGAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTTTGCTAACCACATGCACCAA
TGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTGTAAGCAGTTGTGGTCGGATTCTCACAATGTTGATGACTGTCGGAAACTGTAAAAACGGATGGGTAGTGCTGTTGGAGCTCTAACGAGTTTTGTTGATGTGTAGTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCT
GCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATCTGCATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGTATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTG
GGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGATTCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACT
ACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAATATTTGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCTAGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTA
TGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCAACAAAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGAGAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGA
GAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATTCTTGTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGTATGGTACATTGTTTTTGCTGCTAAGTTTTTGGTAGCTTCAGTGATATAGCACAAGTTT
GTTTCTTTTTCTTTACCTTGGCATGTTTGTTGTTTTTCTTTGGAACTGTGGGTAACATGTAAAGGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAGACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGCACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGA
TATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTGGGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAACCTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCA
CCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGTTGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGTGTGCTCATTATTTAGC

>TRINITY_DN121729_c5_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATATAATGATGTCTAGGTGATGACTTCCTAATAATAGGCAGTCCCCCACATTGTGTCAAATTATTCAAGTAATTTACAGCAATGCTAAATCGGCGCTGTACATTGCTTGAGTAACTTGAACACAATATGGTTGCAGATTGCTCGGGTAACTCTGATACAATGTGGTTGCAACTTGCAGTTTGCCAACGCTGGCTGCTG
CTGATTGATTGGGTAACTCAGACACAATGCATGGAGCTTCAGATTGCTTGGATAACTCTGCAGCTGGAAATTTGGACACCAACCTGGGAACACTATCAgtgagcacaatatgcaatttatttatctatttttaattatgtggagttgcctggccatggttgttttctattcactgttcttcattttacgggcataggttg
gattgcaaacaatttatgcatatcgtgataggttaatcataggtagtttaaggggccatgctattcgcctatcatatttaatgtgacgaagcctgttatttagatactgttattcggctggttggctggtcagattggccaatcttatattaataaggaccagtaaagagggtaaatattgtctcttagttatatttttc
tttggcgggctagaattgaccaatcaataataataataatagatacctatttgatcctggttttccaggaaagggtttctagggataaatatttgtgtctgttatttacctattttctctgatggtatcgggctgacctggaatccagGGATAGTGTTATGGCGCTGGGAACCATGGCCTTGTGAGATGTTATTGCTCGA
GAGTAGGCGGAGGTGTTAAAGAGAGAGACTGATGTGGTTTGCTAACCACATGCACCAATGCCTGACGGTGGCTAGGGCAGAGATTTTTTCTATGAGAAGCAGATTTACTTGTGTAAGCAGTTGTGGTCGGATTCTCACAATGTTGATGACTGTCGGAAACTGTAAAAACGGATGGGTAGTGCTGTTGGAGCTCTAACGAG
TTTTGTTGATGTGTAGTGAGAGAAGGAGACCGTGGGGAGCACAAAAATTTGAATCCCTGCTGCTTGTAATGGATGCTAGATTGAAATGTTGGATCGTGGATGTAAGGGACGCTGGATCGTGTTTCTTTTTTCTCTGCCAGAGGCACATGGATCTGCATTTGAGACAGGCCATGCGAGAAGCCAAGCCGGATTTCTGGTGT
ATGTGGTGCTTGATGGAGGAAAGGTGTACCAATTAAGTGCACGATTTGCTCATGCTTGGGCATGGACCTGCAAGTAGAGGATATCATTGCTTCCTCATATTCTCGGGGCATGGAGTGATTGAAAGCTTGGCCGTGCTCTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATAAGAACAACAAAAGTGTGATATGGATATCTGCGGAT
TCATGGCGCCTGAGAATAACTGCTGTTATAGTTGATGATGTTCTCGTGAGTGTAGACTACTGTGTGCAGTTGTGTAAAAGGCGATCTATACAAGGAGTCAAATCTGCTATTGCTAGATCCCACGAAGTGTTGTTGTAGATGATTTCTTGAAATATTTGGACTAGAGATATATCTATAGTGAATCAGTACCTTGGTCCTCT
AGTCAAGACTGTCCAAGATTGTCCTACATAGAATACTGTGATAGTGGCTGCTGGTTTATGGCTTTGGCAGTCACAGAGGGAGCATAATAGAACAAATTGACCAAGGATTTGGCGGGCTGCATTTGAGGCATAATTCTCGTGCGTCTTGTTTCAACAAAAATGATCAATTACAGGTAGTACCTGAAGGCAAAAAACTCAGA
GAGCAGAGTCAATGGTGGATGCACCTGTGGCCTGGCGTGCCTTCCACATACAAAATGAGAGTGACATCTAGGTAATCAAGAAATAAGCTGTGGATACCAGCTCTAGAGGAACCTGTCCTAACCGGGAGAAGCTTATGTGCATGCATAGTGATTCTTGTATGTGAGACCAAAGGTTTATTGACCTCTTCTAATGACCAAGT
ATGGTACATTGTTTTTGCTGCTAAGTTTTTGGTAGCTTCAGTGATATAGCACAAGTTTGTTTCTTTTTCTTTACCTTGGCATGTTTGTTGTTTTTCTTTGGAACTGTGGGTAACATGTAAAGGCATCATGAGGATTGTAAGTGGAACATTGAGACAAGTGGAGCGCTGGTGGAAGCATTAAGTGGGCATATTGCTTAGGC
ACTCATACTCATGATTCAGTGGTTCACTGGTGTAAAGTCTGGGTGTAGACCTAGGTGATATAATTGAGGGGGTTTGGCATGTTGTAATCCTGGATACTTAGTTAATAAACTTTGAGGGGGCAAGTGTTGATCCCAAGTCAAGTTTAAAGGGTGGGAATGATAGATTTACCTTGAATGGTGAAAGGTAGTTTAAGGTTAAC
CTTGATTTGGTCAATAATGGGTTTATTGTAGGTAATTCACGGGCCCATGGTATATTCACCCATGGAATTTGATGTGATGTAGCCTATTTAAGCTTTAAAGGCTTGGTATACTTTGTTGTAAGATGTCTAAAGTGGCCTTTATCTATTTGGTGTTGGTCTTCCCAGTAAAAGGCCTCTAGAGTAAATATTGGCTCTTATGT
GTGCTCATTATTTAGC