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Intron 1 GTATGTTACT ... TATGTGTCAG

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A80200
A9321780
A1031.2544204



>TRINITY_DN125424_c1_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
TTCGTGAGAGAAAAATTTGATATGGTAATGCACATTTATTTTCTTACAGTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGACTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTC
CACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTA
CTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATA
TGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGG
AGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGG
CTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATG
GCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTC
AGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCA
GAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAA
ACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTT
GTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATA
CCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGA
GAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAG
ATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGAC
CCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGGAGTTTGTAAGCTGCGTCCGCTGTATCAAGATCTTATCACCTCAAGAAGTCTTGCAAATGAGTCAGGAAGGGATTGAGATCATAAATAATACACCAATGCAGCTGCAAACCAGTAGCTATTCGGA
TGATCATAATGCTTGGAGAGATCATTGTTATCAGAACTCTACCAATCCTTCATCGATATCTTTCAGTCATTAGTTTTGCTGGGATGGTCCCTTACTTTGACTATTGACCAGTGCAAGTTTTTTCTGAGTTGATTGGATTATGCAGATGTGAAACGTTTTCAGAATCACTGTTCATTGTTTACACCCCCATCTCTGAGTGG
ATGGCCTCCATGTATTGAATGAAGCTATATAGACTACCAATGATTTCAGTTTGCACAATTGAGTGATTCTCAATATTGTCTTGGCATTCGTTTTTCTAAGCTAAGAGTTGATATCATTGCAAACATTGAGCTGCAGGAGCTCATATGGAATATTTGCAGATGATGGCTGAGGTCTTGTAAGCAGCACTGAGCTCGGGGAT
ATTCCAGATGATATTTAATGGAAGCATGTCGATCTTGTATTATACACTGCATTATCATCCAGATGATATTCGTTGGAAGCATGTTGATCTTGTATTATATACTGCTTTATCAACAGGAGTGACAACGCGTAGCTTGTGACAAAAATAGGTAAGTTCTAGTTTGCTGAAGCCGGATAAATGTGTCATTGTTTGGTGCATTT
TTCGTTAGTAAAGCAGTTTCTGATTCGGTTGCTGCAAAGTGCTTCGACGTATAAGCTGTTGTGCCAGATTTTTGCAATCTTTTCAATAGCTGTATGCTGACTGTTAAGAAGGATCTGCGAGGCAAATTCAAGTTGAAGCATCTCCAAGTGGTTAACTAAAGTGGGGTTTTACCTATTTTGGCTTACCCCTTTGTTATGAT
ACTGTGTTATTTTTTCTCTTCGGTAGATGTAATGTTGAGTCCCATTGACCTAATTTAGTCATTTGTGGACATTAATATAATTTCTTCCTTTCTTTGTATGGTTGGTACGGAAGATTTAGAGATGCAAACTACCTGTCAGCGATTGATCTGACATTGAAGATTGTACCATATTTCTTTTGTAAATGTATTTTTCTGACACG
TCATGGTGGCAGTTGCCAGAATCATTTTTGGTACACTACAATGTAGTGGAGCAAATATTGATTTGCCAATATTTTGACCGGGTTTCTTGATTTTGTGGAAAATTTGCTTCTTAA


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TTCGTGAGAGAAAAATTTGATATGGTAATGCACATTTATTTTCTTACAGTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGACTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTC
CACTTgtatgttacttctcaatcctgctgtaaattaggatctttcaaataccaccattgttaaaaatgtctgtttttagtgccttttggaaactccttatgatgttttcccatcatgattttatgtgtcagGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTT
CGACATATCTATCGTGGTATGCATCATTTAGGCAGATCCTTGAGTTATAAGTACTTTATTGGGCATGTGAAAATTGATCTATTTCATGGTTTAAACTCAAATTGGTGTTTATTAGAGAACTCGCAAAGTTGCATGCTGGATATTTCTTCCTTGTAGTGAAATTTCTGGAGGTAAACTTCTGTCTTCCT



Intron 2 GTAACCTGCA ... GAATGCGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.651525727
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>TRINITY_DN125424_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCG
GCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACAT
TCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGA
CTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTA
TTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGT
ATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGT
GGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTA
AGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCC
ACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTC
AACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTA
CTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCT
GCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAA
CAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTT
TCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAG
TACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAAC
CACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGT
TATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGAGAGTCCATACACAA
CTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTAGGCATGTTCTCTCT
TATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGgtaacctgcaacagatttggcgaagtcttgtttttataggttggaatgcgcagGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTC
TTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGG



Intron 3 GTCCGGGCTT ... CGTGGCTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A149.09141413
A258.21141920
A358.06132313
A456.5210719
A562.56128
A6-1000
A736809
A8100001
A942.86203
A1057.89447



>TRINITY_DN115829_c1_g1_i22 from sample A3 / Example spliced isoform
GAATGGTTGAAAGGCTAGAATGATGAAGGAGAAGTAGAGAGGGGCCAGGTAGTTGGAGTTGATGTTCATGCCTTGCACTTCCATTATTTTCATGGGGGATGGACAATCGATGCTTCCATGACATGGATTATAATAATATGGCAATAATTAAGGATAAATAAATGTGGATAAACCCTTGCAAGGAAAAAGGTGAAATCTTT
GTGTTGGTAATGGTGATGAGTAGTGTTATCTATGCAATGCAATTTTGTCTGCCTGATTTGCTTTGATTGCTGGGTGGTGTTGGTGTTAATGGAGGCATCTGGTGTTGGTCATTGGTCATCATTTCTTTTGGTTTTGTAGGAGAAAACAAGGGAAGAACACCAACAACAATCACTGATTACACTAATCTGGTCTCCTTTGC
AGGAACTTCAGCTAAGTTGAAGCTTAAGCTGACTGACTTTCCAGGGTTTGAATCCCTGTCAGACCACCCAACAGAAATTTAGTTATGGAAGTTTTGCAAACCTGAGATTTGTGCGGGAAACAACAGAGTTCTCGCACTATTTCCGGCATCCAGGAGGACAAGATCTCGGAAGATGAAGGCTCCTTCCAATGGCTACCTTC
CTCAGCCTCAAGATGGAGAAAGGAGGAGCATTAATTCTGAACTTTGGCATGCCTGTGCGGGACCTCTTGTTTCATTGCCGCAAGTGGGTAGCCTGGTGGTATATTTTCCACAAGGCCACAGTGAACAGGTAGCAGCTTCAATGCAGAAGGAAACGGATGGACATATTCCAAATTACCCCAATCTGCCCTCCAAGTTGATT
TGTCAGCTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCGGAGACGGATGAGGTCTATGCACAGATGACTCTTCAACCTGTTAATATACATGATAAGGAGGCATCATCGCCCTCTGATCTTGGTCTGAAGCAAAGTAAGCAGCCTACAGAGTTCTTCTGCAAGACTTTGACAGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTTTC
TGTACCTCGCCGTGCTGCAGAGAAAATATTTCCATCACTAGATTATACAATGCAACCACCAGCTCAAGAACTCATGGCAAGAGATTTGCATGACCATACGTGGACATTCAGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGATGGAGTGTATTTGTAAGTGCAAAGAGACTTTTTGCTGGTGACT
CTGTCCTTTTTATAAGGGATGAAAAATCACAACTACTTCTGGGTATAAGGCGTGCAAATCGGCAACAAGCAGCTATGTCATCATCTGTCCTGTCTAGTGACAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCTGCAGCAGCTCATGCTGCTTCAAACCATAGCCCATTTACTGTTTTCTACAATCCAAGGGCAAGCCCTTCAGAGTTT
GTCATTCCTCTGTCTAAGTACAACAACGCAATCTATGGTACCCAGGTTTCACTTGGCATGCGGTTCAGGATGATGTTTGAAACTGAGGAATCGGGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGCATCAGTGACCTTGATTCTTTGAAATGGCCAAACTCACAATGGCGTAATATACAGGTTGGGTGGGATGAATCAAG
TGCTGGTGAAAGGCAGAATCGAGTTTCTATCTGGGAGATTGAGCCTGTTGCCACTCCATTTTTTATTTGCCCTCCACCTTTTTTCAGGCCCAAGCGTCCACGGCAGCCAGGAATGCCGGGTAAAACTCTTTCCCTTTAATTGACCTTTTAACTTTCTAGATAGAAAATTTGAGAGCATTGTTTAGAAAATAATCATCGAT
GGTCTTTTTGTCACTG


>TRINITY_DN115829_c1_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GAATGGTTGAAAGGCTAGAATGATGAAGGAGAAGTAGAGAGGGGCCAGGTAGTTGGAGTTGATGTTCATGCCTTGCACTTCCATTATTTTCATGGGGGATGGACAATCGATGCTTCCATGACATGGATTATAATAATATGGCAATAATTAAGGATAAATAAATGTGGATAAACCCTTGCAAGGAAAAAGGTGAAATCTTT
GTGTTGGTAATGGTGATGAGTAGTGTTATCTATGCAATGCAATTTTGTCTGCCTGATTTGCTTTGATTGCTGGGTGGTGTTGGTGTTAATGGAGGCATCTGGTGTTGGTCATTGGTCATCATTTCTTTTGGTTTTGTAGGAGAAAACAAGGGAAGAACACCAACAACAATCACTGATTACACTAATCTGGTCTCCTTTGC
AGGAACTTCAGCTAAGTTGAAGCTTAAGCTGACTGACTTTCCAGGGTTTGAATCCCTGTCAGACCACCCAACAGAAATTTAGTTATGGAAGTTTTGCAAACCTGAGATTTGTGCGGGAAACAACAGAGTTCTCGCACTATTTCCGGCATCCAGGAGGACAAGgtccgggctttgttaacgtttgcagatttttttcagag
ggttttctctcgtatatgggtatagatttctaacaggtggacacgtggcttagATCTCGGAAGATGAAGGCTCCTTCCAATGGCTACCTTCCTCAGCCTCAAGATGGAGAAAGGAGGAGCATTAATTCTGAACTTTGGCATGCCTGTGCGGGACCTCTTGTTTCATTGCCGCAAGTGGGTAGCCTGGTGGTATATTTTCC
ACAAGGCCACAGTGAACAGGTAGCAGCTTCAATGCAGAAGGAAACGGATGGACATATTCCAAATTACCCCAATCTGCCCTCCAAGTTGATTTGTCAGCTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCGGAGACGGATGAGGTCTATGCACAGATGACTCTTCAACCTGTTAATATAGTAAGTCATGATTTTTCACGACTCC
TACTAAGCAATTGGGATATGCTGGGAGGTTTATTATCATTGATCAATTTTAATGTTTACTCAGGGCAGTTGGTATTTGTGTAGTTTACTCATCTACTGTTAACATGGAGAAATCTAGAATCATTGGCAGCTGCAGCACTGTAGTAGGACCCACACATGTTTCTCTTGCTTCTGCACATTGTTTGCACACATGAGCTTTCA
TAGCATGGACAGCTGCAATTTTTATTTTGTTTCAGGTGGGCACTGG



Intron 4 GTAATTTTCT ... TTTCTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A135.111226610
A231.21119549
A325.39144492
A430.9389.34014
A525.86863018
A631.251150
A716.364690
A8201232
A919.153890
A1018.0350111



>TRINITY_DN125424_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCG
GCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACAT
TCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGA
CTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTA
TTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGT
ATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGT
GGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTA
AGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCC
ACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTC
AACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTA
CTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCT
GCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAA
CAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTT
TCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAG
TACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAAC
CACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGT
TATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGAGAGTCCATACACAA
CTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTAGGCATGTTCTCTCT
TATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:
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GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTAACCTGCAACAGATTTGGCGAAGTCTTGTTTTTATAGGGTAAATGTTGTGAGCAGTTTGCTGTTCTGTTGGAGTGCTTGTCAAGGAGACACAGCCATGGCTTAAAATAAAGGGTTTTAGCTATTAGAGAGCATAGAAGCTGGATTTGATGTATATTTAGAAGGAAAAATGA
AATTTAAGGGAAAATTTATAAGTTTTCCTGTAAATTTTGTCTTGAATAGGACGCATTGCTGTTCGTAGTTTGCTTTTCGGCACAAAATGCATATTATTTGTTTTTCCTGAACATAATGCATTTATTCTCGTTTTTCTACCCAAAATTTTTGGTCATGTAGTGGATAATGCCAGTTTCAGCGCACGGCAGCCGGATTTTGT
AAACATTTAGAAAATATGAGTTTTAGGAAAAACTTTAAATCATTTTGCTGACGATTTGGTCTTCTTTGAGGTGTACTGTAGCTTTTAGTTTCAATGAATGCAGAAAATGCCATTGAAAACTAGTCTTTTGTAAACATATAGAAAATACGAGTTTTAGGAAAAACTTTAAATCATTTTGCTGACGATTTGATCTTCTTTGA
GCTGTACTGTAGTTTTTAGTTTCAATGAGTGCAGAAAATGCAATTCTAATTTTTTTTTCTGCTCAAAATGCATTTATTTTTACATTTTTCTACAAATGCTTTTGTGTACATTTTTCTGCACAAAATGCAATTATTTAGATTTTTATGCACAGCATTTTCTGTCATGTGACTGGAAACGTCGCATAACGTCTCCGTCTGAA
TGCGCAGATTTTATACTTCAAATTTGTGCTTAAATTTTAGTTCAAGTCTTCCCGGCACTAAAAATCATTTAATACGCGTCTGGAAAATAGTTTCAAATTTTTAGACGAAACTTCATAATTTATATTGTTTAAGTTTTGTGCACTCCATAAACTGACATGTGAAAGGAGAATTGATTCGATGCACTCAGTTGGAATGCGCA
GGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAG
CTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGgtaattttctttacttctatgcttttattgctttcaagatgtagtgctgctcactgtggctttagtgctcattctgaactgtggtggatactgtaatatgtttgttggtgctgaattagaggtgaagtgcaatacatttaactggtattgaagatgtctttgatagcttattttgta
gattgaatacttgacctacagtactgagctaaaatgcatcttagcttgttggaaatcagtcaccaatccaatgttcagatgtttgtagcaacatatacaagtcagcaacatactgatgtcgattgtcaagtgtcttagtggagggtttacgttgtacccttctcgttactgtctggttaaacattcagaatagctaccat
tgttatacttgttttggtttttataggcttactgtagttcttcagaacatgcctgtcctagaatatcttttgtgaacctgctatatgttttgtgaatatttagttagcagttttccacttcgcattctggttatgcttccactttaagttttgttgcatcccacaaataactgcccttaactgactttctttaatgcctt
ccaagttccaagttccaagttccaatcaaaatttcataattctgtttttccacagtagtaaaaaattgataggtagaaccttgaaaaggttggactatgtgatattgcttctattcccaactctattttaaatatccaagttaccagactcgggagtttgactctgcctgtgagtgaaacaagtcaaactgactcagggg
caagtcaaacctgggctgatcaggtttgacttgccgagtttttcccaagccaaatcaaactctcagctcttctgccttgccgagtctggtaacattaataaatataatttacactttctgatgctgttttgtttttgtgatttcttgtagGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCC
CTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTAAGAATTATAATATTATGTTAAGAGACTCTTGGCTTTATCTACGGTTTTCACACTACGGGCTCAGTGTAAAAGGATCACAGTTAACATAAAATGCAGAACCTTCACACCACCTTTTTCACTGTGTTTATTTTCAT
ACTGCATTGTGATTTAAGATTGTCTGTTTGGGGGATTGTGAGAATTCAACTGGAAGTTACATTCTTAATCTTAAGTTATTTCAGATCTGTCATGGAAAAGTGTATTGCTCACTTGTATTAAGGTTTCTCTTCTCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACATTTCGTCAGCTTGAAAATTTTCCTAAAGTT
GACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATTATTACTGCACCGATATTGACCTTTCTCTTCGCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACAATTCGTCAGCTTGAAAAGTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATT
ATTACTGCACCGATATTGACCATTTATCACTAGAATGTTCACATTATATGGACAAAGACTATAGATATTGAATAGCATACCTTATTACAATCTGAATTTCTGAAGAGCCTTATTCATATCTCACACTAGTTGTTTCTGTGTTGGCTGGTCATTATCAGAGATGCTATATCTAAAGGCATTCCTCTTTGTTTCTCCACCTT
CAACTAACCATTTAAATCTTTTGCTTGCTGAACATATGAACACCTAAAGCTTGTTATTAAGTAGAGAATTGGAGAGCCGTAACTCTATATTCTAATTTCTTCAATTGGTATTTTCCAATCACATCGATAGGTAAGTTTGGTCAAAGATTTTATAGGTCTTAATTGTTTCCTGTTTAAATTTTTAAACTGTTAGACATCTG
ACTGATGCAACATTAAAATAAGCAGATATTTTACAGCTGTAGGATAGCAGGGTACTAAGTCATATATGACAAGCATCTATTTGAAACAGATTTAAAGTTGAAATTGAAATCTGTATTAACGTCCACCAAAGGCCAAAATAGATCAAAGGGGCTAGTGACTACAACCGAGAATAATAGCCAAGCAAAAGAGATGAGTGCAA
GAAGCAACCCTACGAAACAAGAAATGAAATGAAAAGTGAGTATGACAGCAGCATGAAATAAAATGGCACTGACATAGGTGTAGAAGTAGGATATCATAAGAAGAAAAGTGAAAACCCTAGAAAGTGAAGGAGAGCCATAAAATACCATAGCCTGAATAAGATGCTGCTGTTGTGAGAAATGAGGGAGTTAACCTTGCTCA
TCATCTGAATCAACAGTACAGATTTCAACATCAAGTGCCTCCTGAATAATGTCCTTTAGAGAGTGGCCCGGACTGATAGGCTTTGGGGAGTAATCCTGGGTGGCATCAACATGCCGCTGATGGTGGTCAGAGCAGAGGATGAAGTAGAACTACTCTTAACATTTAGGGCTGAAGAACTCCTAGTAGAGGGAAAGAAACTA
ATTATTCATCTCCAAGGTGGCCTGCAGTGGCAGCTTTGATCCTCCTAGGACCCCTTGCTGTTGCACGGTTTGGAGCCTGGGTGGCATGGGTCAGGGAGTAATGCTGTACTTTCCTAGTGAGCTTTATGGTGTTTAGGCTATTAGAGGTTGCTGTATAAAATATTAAAATGTTCATCGCACAAGTTGAAACTGGAATATAC
TTATGCATTTTGGCTACTCAAAAATATTCTCATACTGTCTCTTGTAAAATTCAACATGCTCATTGTTATCCTTTCAGGTTCCAATCTGGTGCTCTGCATCACATTCATGGTAGTAATATATTAGTGAAAAATTAAGCATTTTTATCTTTTTGAGTTGACCCATTATTTTACTAATTAACCTGACCTTTTTTTTCTGTTTC
TAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGC



Intron 5 GTAAATGTTG ... ATGCACTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN125424_c1_g2_i13 from sample A1 / Example spliced isoform
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTAACCTGCAACAGATTTGGCGAAGTCTTGTTTTTATAGGTTGGAATGCGCAGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTC
TTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGG


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTAACCTGCAACAGATTTGGCGAAGTCTTGTTTTTATAGGgtaaatgttgtgagcagtttgctgttctgttggagtgcttgtcaaggagacacagccatggcttaaaataaagggttttagctattagagagcatagaagctggatttgatgtatatttagaaggaaaaatga
aatttaagggaaaatttataagttttcctgtaaattttgtcttgaataggacgcattgctgttcgtagtttgcttttcggcacaaaatgcatattatttgtttttcctgaacataatgcatttattctcgtttttctacccaaaatttttggtcatgtagtggataatgccagtttcagcgcacggcagccggattttgt
aaacatttagaaaatatgagttttaggaaaaactttaaatcattttgctgacgatttggtcttctttgaggtgtactgtagcttttagtttcaatgaatgcagaaaatgccattgaaaactagtcttttgtaaacatatagaaaatacgagttttaggaaaaactttaaatcattttgctgacgatttgatcttctttga
gctgtactgtagtttttagtttcaatgagtgcagaaaatgcaattctaatttttttttctgctcaaaatgcatttatttttacatttttctacaaatgcttttgtgtacatttttctgcacaaaatgcaattatttagatttttatgcacagcattttctgtcatgtgactggaaacgtcgcataacgtctccgtctgaa
tgcgcagattttatacttcaaatttgtgcttaaattttagttcaagtcttcccggcactaaaaatcatttaatacgcgtctggaaaatagtttcaaatttttagacgaaacttcataatttatattgtttaagttttgtgcactccataaactgacatgtgaaaggagaattgattcgatgcactcagTTGGAATGCGCA
GGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAG
CTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGTAATTTTCTTTACTTCTATGCTTTTATTGCTTTCAAGATGTAGTGCTGCTCACTGTGGCTTTAGTGCTCATTCTGAACTGTGGTGGATACTGTAATATGTTTGTTGGTGCTGAATTAGAGGTGAAGTGCAATACATTTAACTGGTATTGAAGATGTCTTTGATAGCTTATTTTGTA
GATTGAATACTTGACCTACAGTACTGAGCTAAAATGCATCTTAGCTTGTTGGAAATCAGTCACCAATCCAATGTTCAGATGTTTGTAGCAACATATACAAGTCAGCAACATACTGATGTCGATTGTCAAGTGTCTTAGTGGAGGGTTTACGTTGTACCCTTCTCGTTACTGTCTGGTTAAACATTCAGAATAGCTACCAT
TGTTATACTTGTTTTGGTTTTTATAGGCTTACTGTAGTTCTTCAGAACATGCCTGTCCTAGAATATCTTTTGTGAACCTGCTATATGTTTTGTGAATATTTAGTTAGCAGTTTTCCACTTCGCATTCTGGTTATGCTTCCACTTTAAGTTTTGTTGCATCCCACAAATAACTGCCCTTAACTGACTTTCTTTAATGCCTT
CCAAGTTCCAAGTTCCAAGTTCCAATCAAAATTTCATAATTCTGTTTTTCCACAGTAGTAAAAAATTGATAGGTAGAACCTTGAAAAGGTTGGACTATGTGATATTGCTTCTATTCCCAACTCTATTTTAAATATCCAAGTTACCAGACTCGGGAGTTTGACTCTGCCTGTGAGTGAAACAAGTCAAACTGACTCAGGGG
CAAGTCAAACCTGGGCTGATCAGGTTTGACTTGCCGAGTTTTTCCCAAGCCAAATCAAACTCTCAGCTCTTCTGCCTTGCCGAGTCTGGTAACATTAATAAATATAATTTACACTTTCTGATGCTGTTTTGTTTTTGTGATTTCTTGTAGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCC
CTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTAAGAATTATAATATTATGTTAAGAGACTCTTGGCTTTATCTACGGTTTTCACACTACGGGCTCAGTGTAAAAGGATCACAGTTAACATAAAATGCAGAACCTTCACACCACCTTTTTCACTGTGTTTATTTTCAT
ACTGCATTGTGATTTAAGATTGTCTGTTTGGGGGATTGTGAGAATTCAACTGGAAGTTACATTCTTAATCTTAAGTTATTTCAGATCTGTCATGGAAAAGTGTATTGCTCACTTGTATTAAGGTTTCTCTTCTCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACATTTCGTCAGCTTGAAAATTTTCCTAAAGTT
GACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATTATTACTGCACCGATATTGACCTTTCTCTTCGCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACAATTCGTCAGCTTGAAAAGTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATT
ATTACTGCACCGATATTGACCATTTATCACTAGAATGTTCACATTATATGGACAAAGACTATAGATATTGAATAGCATACCTTATTACAATCTGAATTTCTGAAGAGCCTTATTCATATCTCACACTAGTTGTTTCTGTGTTGGCTGGTCATTATCAGAGATGCTATATCTAAAGGCATTCCTCTTTGTTTCTCCACCTT
CAACTAACCATTTAAATCTTTTGCTTGCTGAACATATGAACACCTAAAGCTTGTTATTAAGTAGAGAATTGGAGAGCCGTAACTCTATATTCTAATTTCTTCAATTGGTATTTTCCAATCACATCGATAGGTAAGTTTGGTCAAAGATTTTATAGGTCTTAATTGTTTCCTGTTTAAATTTTTAAACTGTTAGACATCTG
ACTGATGCAACATTAAAATAAGCAGATATTTTACAGCTGTAGGATAGCAGGGTACTAAGTCATATATGACAAGCATCTATTTGAAACAGATTTAAAGTTGAAATTGAAATCTGTATTAACGTCCACCAAAGGCCAAAATAGATCAAAGGGGCTAGTGACTACAACCGAGAATAATAGCCAAGCAAAAGAGATGAGTGCAA
GAAGCAACCCTACGAAACAAGAAATGAAATGAAAAGTGAGTATGACAGCAGCATGAAATAAAATGGCACTGACATAGGTGTAGAAGTAGGATATCATAAGAAGAAAAGTGAAAACCCTAGAAAGTGAAGGAGAGCCATAAAATACCATAGCCTGAATAAGATGCTGCTGTTGTGAGAAATGAGGGAGTTAACCTTGCTCA
TCATCTGAATCAACAGTACAGATTTCAACATCAAGTGCCTCCTGAATAATGTCCTTTAGAGAGTGGCCCGGACTGATAGGCTTTGGGGAGTAATCCTGGGTGGCATCAACATGCCGCTGATGGTGGTCAGAGCAGAGGATGAAGTAGAACTACTCTTAACATTTAGGGCTGAAGAACTCCTAGTAGAGGGAAAGAAACTA
ATTATTCATCTCCAAGGTGGCCTGCAGTGGCAGCTTTGATCCTCCTAGGACCCCTTGCTGTTGCACGGTTTGGAGCCTGGGTGGCATGGGTCAGGGAGTAATGCTGTACTTTCCTAGTGAGCTTTATGGTGTTTAGGCTATTAGAGGTTGCTGTATAAAATATTAAAATGTTCATCGCACAAGTTGAAACTGGAATATAC
TTATGCATTTTGGCTACTCAAAAATATTCTCATACTGTCTCTTGTAAAATTCAACATGCTCATTGTTATCCTTTCAGGTTCCAATCTGGTGCTCTGCATCACATTCATGGTAGTAATATATTAGTGAAAAATTAAGCATTTTTATCTTTTTGAGTTGACCCATTATTTTACTAATTAACCTGACCTTTTTTTTCTGTTTC
TAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGC



Intron 6 GTAAGAATTA ... CTGTTTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.061181141
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A1012.549113



>TRINITY_DN125424_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCG
GCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACAT
TCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGA
CTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTA
TTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGT
ATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGT
GGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTA
AGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCC
ACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTC
AACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTA
CTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCT
GCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAA
CAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTT
TCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAG
TACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAAC
CACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGT
TATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGAGAGTCCATACACAA
CTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTAGGCATGTTCTCTCT
TATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGTTGGAATGCGCAGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAG
AGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGTAATTTTCTTTACTTCTATGCTTTTATTGCTTTCAAGATGTAGTGCTGCTCACTGTGGCTTTAGTGCTCATTCTGAACTGTGGTGGATACTGTAATATGTTTGTTGGTGCTGAATTAGAGGTGAAGTGCAATACATT
TAACTGGTATTGAAGATGTCTTTGATAGCTTATTTTGTAGATTGAATACTTGACCTACAGTACTGAGCTAAAATGCATCTTAGCTTGTTGGAAATCAGTCACCAATCCAATGTTCAGATGTTTGTAGCAACATATACAAGTCAGCAACATACTGATGTCGATTGTCAAGTGTCTTAGTGGAGGGTTTACGTTGTACCCTT
CTCGTTACTGTCTGGTTAAACATTCAGAATAGCTACCATTGTTATACTTGTTTTGGTTTTTATAGGCTTACTGTAGTTCTTCAGAACATGCCTGTCCTAGAATATCTTTTGTGAACCTGCTATATGTTTTGTGAATATTTAGTTAGCAGTTTTCCACTTCGCATTCTGGTTATGCTTCCACTTTAAGTTTTGTTGCATCC
CACAAATAACTGCCCTTAACTGACTTTCTTTAATGCCTTCCAAGTTCCAAGTTCCAAGTTCCAATCAAAATTTCATAATTCTGTTTTTCCACAGTAGTAAAAAATTGATAGGTAGAACCTTGAAAAGGTTGGACTATGTGATATTGCTTCTATTCCCAACTCTATTTTAAATATCCAAGTTACCAGACTCGGGAGTTTGA
CTCTGCCTGTGAGTGAAACAAGTCAAACTGACTCAGGGGCAAGTCAAACCTGGGCTGATCAGGTTTGACTTGCCGAGTTTTTCCCAAGCCAAATCAAACTCTCAGCTCTTCTGCCTTGCCGAGTCTGGTAACATTAATAAATATAATTTACACTTTCTGATGCTGTTTTGTTTTTGTGATTTCTTGTAGGGGAGCAGAAG
AGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGgtaagaattataatattatgttaagagactcttggctttatctacggttttcacactacgggctcagtgtaaaaggatcacagttaacataaaatgca
gaaccttcacaccacctttttcactgtgtttattttcatactgcattgtgatttaagattgtctgtttgggggattgtgagaattcaactggaagttacattcttaatcttaagttatttcagatctgtcatggaaaagtgtattgctcacttgtattaaggtttctcttctctttcatttagtaaatctatagtatgtt
attttaacatttcgtcagcttgaaaattttcctaaagttgactaacatgtataccagtctgcatgtatacagatgtacatgattgatattattactgcaccgatattgacctttctcttcgctttcatttagtaaatctatagtatgttattttaacaattcgtcagcttgaaaagtttcctaaagttgactaacatgta
taccagtctgcatgtatacagatgtacatgattgatattattactgcaccgatattgaccatttatcactagaatgttcacattatatggacaaagactatagatattgaatagcataccttattacaatctgaatttctgaagagccttattcatatctcacactagttgtttctgtgttggctggtcattatcagaga
tgctatatctaaaggcattcctctttgtttctccaccttcaactaaccatttaaatcttttgcttgctgaacatatgaacacctaaagcttgttattaagtagagaattggagagccgtaactctatattctaatttcttcaattggtattttccaatcacatcgataggtaagtttggtcaaagattttataggtctta
attgtttcctgtttaaatttttaaactgttagacatctgactgatgcaacattaaaataagcagatattttacagctgtaggatagcagggtactaagtcatatatgacaagcatctatttgaaacagatttaaagttgaaattgaaatctgtattaacgtccaccaaaggccaaaatagatcaaaggggctagtgacta
caaccgagaataatagccaagcaaaagagatgagtgcaagaagcaaccctacgaaacaagaaatgaaatgaaaagtgagtatgacagcagcatgaaataaaatggcactgacataggtgtagaagtaggatatcataagaagaaaagtgaaaaccctagaaagtgaaggagagccataaaataccatagcctgaataaga
tgctgctgttgtgagaaatgagggagttaaccttgctcatcatctgaatcaacagtacagatttcaacatcaagtgcctcctgaataatgtcctttagagagtggcccggactgataggctttggggagtaatcctgggtggcatcaacatgccgctgatggtggtcagagcagaggatgaagtagaactactcttaaca
tttagggctgaagaactcctagtagagggaaagaaactaattattcatctccaaggtggcctgcagtggcagctttgatcctcctaggaccccttgctgttgcacggtttggagcctgggtggcatgggtcagggagtaatgctgtactttcctagtgagctttatggtgtttaggctattagaggttgctgtataaaat
attaaaatgttcatcgcacaagttgaaactggaatatacttatgcattttggctactcaaaaatattctcatactgtctcttgtaaaattcaacatgctcattgttatcctttcaggttccaatctggtgctctgcatcacattcatggtagtaatatattagtgaaaaattaagcatttttatctttttgagttgaccc
attattttactaattaacctgaccttttttttctgtttctagGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGC



Intron 7 GTATGACTGC ... ATTCTTTCAG

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A1003.300



>TRINITY_DN115829_c1_g1_i22 from sample A3 / Example spliced isoform
GAATGGTTGAAAGGCTAGAATGATGAAGGAGAAGTAGAGAGGGGCCAGGTAGTTGGAGTTGATGTTCATGCCTTGCACTTCCATTATTTTCATGGGGGATGGACAATCGATGCTTCCATGACATGGATTATAATAATATGGCAATAATTAAGGATAAATAAATGTGGATAAACCCTTGCAAGGAAAAAGGTGAAATCTTT
GTGTTGGTAATGGTGATGAGTAGTGTTATCTATGCAATGCAATTTTGTCTGCCTGATTTGCTTTGATTGCTGGGTGGTGTTGGTGTTAATGGAGGCATCTGGTGTTGGTCATTGGTCATCATTTCTTTTGGTTTTGTAGGAGAAAACAAGGGAAGAACACCAACAACAATCACTGATTACACTAATCTGGTCTCCTTTGC
AGGAACTTCAGCTAAGTTGAAGCTTAAGCTGACTGACTTTCCAGGGTTTGAATCCCTGTCAGACCACCCAACAGAAATTTAGTTATGGAAGTTTTGCAAACCTGAGATTTGTGCGGGAAACAACAGAGTTCTCGCACTATTTCCGGCATCCAGGAGGACAAGATCTCGGAAGATGAAGGCTCCTTCCAATGGCTACCTTC
CTCAGCCTCAAGATGGAGAAAGGAGGAGCATTAATTCTGAACTTTGGCATGCCTGTGCGGGACCTCTTGTTTCATTGCCGCAAGTGGGTAGCCTGGTGGTATATTTTCCACAAGGCCACAGTGAACAGGTAGCAGCTTCAATGCAGAAGGAAACGGATGGACATATTCCAAATTACCCCAATCTGCCCTCCAAGTTGATT
TGTCAGCTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCGGAGACGGATGAGGTCTATGCACAGATGACTCTTCAACCTGTTAATATACATGATAAGGAGGCATCATCGCCCTCTGATCTTGGTCTGAAGCAAAGTAAGCAGCCTACAGAGTTCTTCTGCAAGACTTTGACAGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTTTC
TGTACCTCGCCGTGCTGCAGAGAAAATATTTCCATCACTAGATTATACAATGCAACCACCAGCTCAAGAACTCATGGCAAGAGATTTGCATGACCATACGTGGACATTCAGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGATGGAGTGTATTTGTAAGTGCAAAGAGACTTTTTGCTGGTGACT
CTGTCCTTTTTATAAGGGATGAAAAATCACAACTACTTCTGGGTATAAGGCGTGCAAATCGGCAACAAGCAGCTATGTCATCATCTGTCCTGTCTAGTGACAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCTGCAGCAGCTCATGCTGCTTCAAACCATAGCCCATTTACTGTTTTCTACAATCCAAGGGCAAGCCCTTCAGAGTTT
GTCATTCCTCTGTCTAAGTACAACAACGCAATCTATGGTACCCAGGTTTCACTTGGCATGCGGTTCAGGATGATGTTTGAAACTGAGGAATCGGGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGCATCAGTGACCTTGATTCTTTGAAATGGCCAAACTCACAATGGCGTAATATACAGGTTGGGTGGGATGAATCAAG
TGCTGGTGAAAGGCAGAATCGAGTTTCTATCTGGGAGATTGAGCCTGTTGCCACTCCATTTTTTATTTGCCCTCCACCTTTTTTCAGGCCCAAGCGTCCACGGCAGCCAGGAATGCCGGGTAAAACTCTTTCCCTTTAATTGACCTTTTAACTTTCTAGATAGAAAATTTGAGAGCATTGTTTAGAAAATAATCATCGAT
GGTCTTTTTGTCACTG


>TRINITY_DN115829_c1_g1_i24 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GTCTGGGTGACCTGGGGCTCTCGAAATCACCTCCCATTCTGAGGGATGGTGTTGAATGATAATAGCCCAATAGTTTGCTCGGCCATTCCCTGAAATAACGCAGGTCTTATCGCTCATTGAGCAACTTAACCAGCATCTTTTGGATGTGCATCGAACTGTTAAAATTTTGTGACAGTGCGAACCATCTATGTGTTCTCAGC
CTTGCTTCACTGGTGAGGCTGAAGGAGTATTATGCTGGGTTCCATTCTTGCTGTAGTCAGTCACAAGTGTCAAAGGGATGAGTTCGATTTCAAGTTCTGAGCGAATTTGGTTGAATAGTTATTCATCGGACCTGGCACCCAAGCTGAAGGAAGTCAGCCCTATTTGGTGCAGCCTCATGTGGCGTGTTTTCTGAACCACT
TCTGTGCAGGAGAAAGGAGGAGCATTAATTCTGAACTTTGGCATGCCTGTGCGGGACCTCTTGTTTCATTGCCGCAAGTGGGTAGCCTGGTGGTATATTTTCCACAAGGCCACAGTGAACAGGTAGCAGCTTCAATGCAGAAGGAAACGGATGGACATATTCCAAATTACCCCAATCTGCCCTCCAAGTTGATTTGTCAG
CTTCACAATGTTACATTGCATgtatgactgcaaacattgacttttgaggtgctacctgaggatattactgtgtttttaaattctaaatttgtgcaattctctgaaataacttcctgattctttcagGCAGATGCGGAGACGGATGAGGTCTATGCACAGATGACTCTTCAACCTGTTAATATA



Intron 8 GTAATTTTCT ... TTTCTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN125424_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCG
GCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACAT
TCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGA
CTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTA
TTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGT
ATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGT
GGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTA
AGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCC
ACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTC
AACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTA
CTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCT
GCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAA
CAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTT
TCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAG
TACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAAC
CACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGT
TATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGAGAGTCCATACACAA
CTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTAGGCATGTTCTCTCT
TATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGTTGGAATGCGCAGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAG
AGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGgtaattttctttacttctatgcttttattgctttcaagatgtagtgctgctcactgtggctttagtgctcattctgaactgtggtggatactgtaatatgtttgttggtgctgaattagaggtgaaaattctcatcat
ttgtttcttttttcaatggaactcagcactttataatgaccattttatttcttttgtggtcgttgtgaactgtgctggagactgtcctgcatttgttggtgctgaactagatgtagaactctctgttatggggctcagtattttatgatacccgttttatttcttttgttgatttcgaaccttacatgtggctgtagtgc
tcattgtgaactgtggtggattatttcttttgtgctcattgtgaactgtgctggaaactgttgtgcatttgctggtgctgaactaaatgtagaacttgtcatcattttttagactgttcatatatatatatattaacaacaccaccccttattttttgattggggtggggacttatattttattactcccgggacatgtc
actctgaggactccgagttttagatgctagcaccctcaatctaagaatagcaccctcattctaagaatcaaacctgggccagtgatggaaatctcccaccgattaccacttgaccacagctcagccgactgttttaaatatttttgacctttttccgtttgatatgtgcgtgcagtcttaaaagatttttcaattatgca
ggggtgatgcagagtaattaatagaatgttgagctgattttttatcagaaaagtatattaaaggtagataaaaacatggtggatgataaattgccacatccacgtaactctttaagaaattatgtcgtttttgatatctcactggtttctcatatcttgcacgttttttcctgtgttcagaatgctgaaatttagctgtt
agcatgtgcctatgtcagacagtgtgctggtgccttctcagtggtggatgcagccctgtatacttcttcttttcctctcactgcttcatcttcctgacattgtgacttccagtagagctttctttctctatttctctctcttcttttatgtgctacagtacatatacctttctatgtattttgattttcagcttatttat
tttatgcttttggagtagccttgttcactcgtacaggggtttatcatggatggacctatctgtttggtcatttgttggacatcaataaacttttctcatcttatctgatcttaccagcgtgtataatataaaatacttcatagtgaaatattttttgaactgtatgcaataaacttagtttcctttttctacaatacata
agtacatgtacctttctatgtattttcagcttatttattttatccgtttggagtagccttgttcactcctataggggtttatcatggatggacctatctgtttggtcatttgttggacatcaataaacttttctcatcttatctgatcttaccagcgtgtatgatataaaatgcttcatagtgaaatattttttgaactg
tatgcaataaacctagtttcctttttttggaaacctgtttcatggtcaccattttcttcttgtgttagtgttcatcatgtgcaatacatttaactggtattgaagatgtctttgatagcttattttgtagattgaatacttgacctacagtactgagctaaaatgcatcttagcttgttggaaatcagtcaccaatccaa
tgttcagatgtttgtagcaacatatacaagtcagcaacatactgatgtcgattgtcaagtgtcttagtggagggtttacgttgtacccttctcgttactgtctggttaaacattcagaatagctaccattgttatacttgttttggtttttataggcttactgtagttcttcagaacatgcctgtcctagaatatctttt
gtgaacctgctatatgttttgtgaatatttagttagcagttttccacttcgcattctggttatgcttccactttaagttttgttgcatcccacaaataactgcccttaactgactttctttaatgccttccaagttccaagttccaagttccaatcaaaatttcataattctgtttttccacagtagtaaaaaattgata
ggtagaaccttgaaaaggttggactatgtgatattgcttctattcccaactctattttaaatatccaagttaccagactcgggagtttgactctgcctgtgagtgaaacaagtcaaactgactcaggggcaagtcaaacctgggctgatcaggtttgacttgccgagtttttcccaagccaaatcaaactctcagctctt
ctgccttgccgagtctggtaacattaataaatataatttacactttctgatgctgttttgtttttgtgatttcttgtagGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTAAGAAT
TATAATATTATGTTAAGAGACTCTTGGCTTTATCTACGGTTTTCACACTACGGGCTCAGTGTAAAAGGATCACAGTTAACATAAAATGCAGAACCTTCACACCACCTTTTTCACTGTGTTTATTTTCATACTGCATTGTGATTTAAGATTGTCTGTTTGGGGGATTGTGAGAATTCAACTGGAAGTTACATTCTTAATCT
TAAGTTATTTCAGATCTGTCATGGAAAAGTGTATTGCTCACTTGTATTAAGGTTTCTCTTCTCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACATTTCGTCAGCTTGAAAATTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATTATTACTGCACCGATATTGAC
CTTTCTCTTCGCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACAATTCGTCAGCTTGAAAAGTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATTATTACTGCACCGATATTGACCATTTATCACTAGAATGTTCACATTATATGGACAAAGACTATAGATATTGA
ATAGCATACCTTATTACAATCTGAATTTCTGAAGAGCCTTATTCATATCTCACACTAGTTGTTTCTGTGTTGGCTGGTCATTATCAGAGATGCTATATCTAAAGGCATTCCTCTTTGTTTCTCCACCTTCAACTAACCATTTAAATCTTTTGCTTGCTGAACATATGAACACCTAAAGCTTGTTATTAAGTAGAGAATTG
GAGAGCCGTAACTCTATATTCTAATTTCTTCAATTGGTATTTTCCAATCACATCGATAGGTAAGTTTGGTCAAAGATTTTATAGGTCTTAATTGTTTCCTGTTTAAATTTTTAAACTGTTAGACATCTGACTGATGCAACATTAAAATAAGCAGATATTTTACAGCTGTAGGATAGCAGGGTACTAAGTCATATATGACA
AGCATCTATTTGAAACAGATTTAAAGTTGAAATTGAAATCTGTATTAACGTCCACCAAAGGCCAAAATAGATCAAAGGGGCTAGTGACTACAACCGAGAATAATAGCCAAGCAAAAGAGATGAGTGCAAGAAGCAACCCTACGAAACAAGAAATGAAATGAAAAGTGAGTATGACAGCAGCATGAAATAAAATGGCACTG
ACATAGGTGTAGAAGTAGGATATCATAAGAAGAAAAGTGAAAACCCTAGAAAGTGAAGGAGAGCCATAAAATACCATAGCCTGAATAAGATGCTGCTGTTGTGAGAAATGAGGGAGTTAACCTTGCTCATCATCTGAATCAACAGTACAGATTTCAACATCAAGTGCCTCCTGAATAATGTCCTTTAGAGAGTGGCCCGG
ACTGATAGGCTTTGGGGAGTAATCCTGGGTGGCATCAACATGCCGCTGATGGTGGTCAGAGCAGAGGATGAAGTAGAACTACTCTTAACATTTAGGGCTGAAGAACTCCTAGTAGAGGGAAAGAAACTAATTATTCATCTCCAAGGTGGCCTGCAGTGGCAGCTTTGATCCTCCTAGGACCCCTTGCTGTTGCACGGTTT
GGAGCCTGGGTGGCATGGGTCAGGGAGTAATGCTGTACTTTCCTAGTGAGCTTTATGGTGTTTAGGCTATTAGAGGTTGCTGTATAAAATATTAAAATGTTCATCGCACAAGTTGAAACTGGAATATACTTATGCATTTTGGCTACTCAAAAATATTCTCATACTGTCTCTTGTAAAATTCAACATGCTCATTGTTATCC
TTTCAGGTTCCAATCTGGTGCTCTGCATCACATTCATGGTAGTAATATATTAGTGAAAAATTAAGCATTTTTATCTTTTTGAGTTGACCCATTATTTTACTAATTAACCTGACCTTTTTTTTCTGTTTCTAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCT
GATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGC



Intron 9 GTAACCTGCA ... GAATGCGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A130.281526628
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A6302191
A717.44711510
A811.11810
A926.7941151
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>TRINITY_DN125424_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCG
GCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACAT
TCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGA
CTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTA
TTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGT
ATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGT
GGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTA
AGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCC
ACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTC
AACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTA
CTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCT
GCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAA
CAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTT
TCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAG
TACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAAC
CACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGT
TATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGAGAGTCCATACACAA
CTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTAGGCATGTTCTCTCT
TATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGgtaacctgcaacagatttggcgaagtcttgtttttatagggtaaatgttgtgagcagtttgctgttctgttggagtgcttgtcaaggagacacagccatggcttaaaataaagggttttagctattagagagcatagaagctggatttgatgtatatttagaaggaaaaatga
aatttaagggaaaatttataagttttcctgtaaattttgtcttgaataggacgcattgctgttcgtagtttgcttttcggcacaaaatgcatattatttgtttttcctgaacataatgcatttattctcgtttttctacccaaaatttttggtcatgtagtggataatgccagtttcagcgcacggcagccggattttgt
aaacatttagaaaatatgagttttaggaaaaactttaaatcattttgctgacgatttggtcttctttgaggtgtactgtagcttttagtttcaatgaatgcagaaaatgccattgaaaactagtcttttgtaaacatatagaaaatacgagttttaggaaaaactttaaatcattttgctgacgatttgatcttctttga
gctgtactgtagtttttagtttcaatgagtgcagaaaatgcaattctaatttttttttctgctcaaaatgcatttatttttacatttttctacaaatgcttttgtgtacatttttctgcacaaaatgcaattatttagatttttatgcacagcattttctgtcatgtgactggaaacgtcgcataacgtctccgtctgaa
tgcgcagattttatacttcaaatttgtgcttaaattttagttcaagtcttcccggcactaaaaatcatttaatacgcgtctggaaaatagtttcaaatttttagacgaaacttcataatttatattgtttaagttttgtgcactccataaactgacatgtgaaaggagaattgattcgatgcactcagttggaatgcgca
gGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAG
CTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATC
AGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGACTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGT
GGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGC
TGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCT
CAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAG
GAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTT
TCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTA
TTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAG
AACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCC
TATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATC
AGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAA
TCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTT
TACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGA
CTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTC
AGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCCA
AGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGGAGTTTGTAAGCTGCGTCCGCTGTATCAAGATCTTATCACCTCAAGAAGTCTTGCAAATGAGTCAGGAAGGGATTGAGATCA
TAAATAATACACCAATGCAGCTGCAAACCAGTAGCTATTCGGATGATCATAATGCTTGGAGAGATCATTGTTATCAGAACTCTACCAATCCTTCATCGATATCTTTCAGTCATTAGTTTTGCTGGGATGGTCCCTTACTTTGACTATTGACCAGTGCAAGTTTTTTCTGAGTTGATTGGATTATGCAGATGTGAAACGTT
TTCAGAATCACTGTTCATTGTTTACACCCCCATCTCTGAGTGGATGGCCTCCATGTATTGAATGAAGCTATATAGACTACCAATGATTTCAGTTTGCACAATTGAGTGATTCTCAATATTGTCTTGGCATTCGTTTTTCTAAGCTAAGAGTTGATATCATTGCAAACATTGAGCTGCAGGAGCTCATATGGAATATTTGC
AGATGATGGCTGAGGTCTTGTAAGCAGCACTGAGCTCGGGGATATTCCAGATGATATTTAATGGAAGCATGTCGATCTTGTATTATACACTGCATTATCATCCAGATGATATTCGTTGGAAGCATGTTGATCTTGTATTATATACTGCTTTATCAACAGGAGTGACAACGCGTAGCTTGTGACAAAAATAGGTAAGTTCT
AGTTTGCTGAAGCCGGATAAATGTGTCATTGTTTGGTGCATTTTTCGTTAGTAAAGCAGTTTCTGATTCGGTTGCTGCAAAGTGCTTCGACGTATAAGCTGTTGTGCCAGATTTTTGCAATCTTTTCAATAGCTGTATGCTGACTGTTAAGAAGGATCTGCGAGGCAAATTCAAGTTGAAGCATCTCCAAGTGGTTAACT
AAAGTGGGGTTTTACCTATTTTGGCTTACCCCTTTGTTATGATACTGTGTTATTTTTTCTCTTCGGTAGATGTAATGTTGAGTCCCATTGACCTAATTTAGTCATTTGTGGACATTAATATAATTTCTTCCTTTCTTTGTATGGTTGGTACGGAAGATTTAGAGATGCAAACTACCTGTCAGCGATTGATCTGACATTGA
AGATTGTACCATATTTCTTTTGTAAATGTATTTTTCTGACACGTCATGGTGGCAGTTGCCAGAATCATTTTTGGTACACTACAATGTAGTGGAGCAAATATTGATTTGCCAATATTTTGACCGGGTTTCTTGATTTTGTGGAAAATTTGCTTCTTAA



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>TRINITY_DN107752_c2_g4_i2 from sample A4 / Example spliced isoform
GTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGAGCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCT
GGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTGGAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTC
GGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCA
GCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTAT
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TGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTG
CTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCC
TCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGA
GGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACT
TTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGT
ATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACA
GAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGC
CTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTAT
CAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGA
ATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGT
TTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAG
ACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCT
CAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCC
AAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGGAGTTTGTAAGCTGCGTCCGCTGTATCAAGATCTTATCACCTCAAGAAGTCTTGCAAATGAGTCAGGAAGGGATTGAGATC
ATAAATAATACACCAATGCAGCTGCAAACCAGTAGCTATTCGGATGATCATAATGCTTGGAGAGATCATTGTTATCAGAACTCTACCAATCCTTCATCGATATCTTTCAGTCATTAGTTTTGCTGGGATGGTCCCTTACTTTGACTATTGACCAGTGCAAGTTTTTTCTGAGTTGATTGGATTATGCAGATGTGAAACGT
TTTCAGAATCACTGTTCATTGTTTACACCCCCATCTCTGAGTGGATGGCCTCCATGTATTGAATGAAGCTATATAGACTACCAATGATTTCAGTTTGCACAATTGAGTGATTCTCAATATTGTCTTGGCATTCGTTTTTCTAAGCTAAGAGTTGATATCATTGCAAACATTGAGCTGCAGGAGCTCATATGGAATATTTG
CAGATGATGGCTGAGGTCTTGTAAGCAGCACTGAGCTCGGGGATATTCCAGATGATATTTAATGGAAGCATGTCGATCTTGTATTATACACTGCATTATCATCCAGATGATATTCGTTGGAAGCATGTTGATCTTGTATTATATACTGCTTTATCAACAGGAGTGACAACGCGTAGCTTGTGACAAAAATAGGTAAGTTC
TAGTTTGCTGAAGCCGGATAAATGTGTCATTGTTTGGTGCATTTTTCGTTAGTAAAGCAGTTTCTGATTCGGTTGCTGCAAAGTGCTTCGACGTATAAGCTGTTGTGCCAGATTTTTGCAATCTTTTCAATAGCTGTATGCTGACTGTTAAGAAGGATCTGCGAGGCAAATTCAAGTTGAAGCATCTCCAAGTGGTTAAC
TAAAGTGGGGTTTTACCTATTTTGGCTTACCCCTTTGTTATGATACTGTGTTATTTTTTCTCTTCGGTAGATGTAATGTTGAGTCCCATTGACCTAATTTAGTCATTTGTGGACATTAATATAATTTCTTCCTTTCTTTGTATGGTTGGTACGGAAGATTTAGAGATGCAAACTACCTGTCAGCGATTGATCTGACATTG
AAGATTGTACCATATTTCTTTTGTAAATGTATTTTTCTGACACGTCATGGTGGCAGTTGCCAGAATCATTTTTGGTACACTACAATGTAGTGGAGCAAATATTGATTTGCCAATATTTTGACCGGGTTTCTTGATTTTGTGGAAAATTTGCTTCTTAATCTCTATTCTCC


>TRINITY_DN107752_c2_g4_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGAGCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCT
GGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTGGAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTC
GGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCA
GCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTAT
CAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGACTGCAAGTGATACAAGCACCCATGG
TGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTG
CTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCC
TCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGgtaaaagtttt
aagaaatctaaacaatgcaattaagtcttcctttccccaaaagagatttcctatgctacaaaatccttttctaactcttacaattacaggacccaggttgcagaacgttgtcttacatgatttgtatttacttttaagcagGTTAGATGGGAGGAATCAGG



Intron 11 GTAACCTGCA ... ATGCACTCAG

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A1026.21107388



>TRINITY_DN125424_c1_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform
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GCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTG
GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGTTGGAATGCGCAGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAG
AGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGTAATTTTCTTTACTTCTATGCTTTTATTGCTTTCAAGATGTAGTGCTGCTCACTGTGGCTTTAGTGCTCATTCTGAACTGTGGTGGATACTGTAATATGTTTGTTGGTGCTGAATTAGAGGTGAAGTGCAATACATT
TAACTGGTATTGAAGATGTCTTTGATAGCTTATTTTGTAGATTGAATACTTGACCTACAGTACTGAGCTAAAATGCATCTTAGCTTGTTGGAAATCAGTCACCAATCCAATGTTCAGATGTTTGTAGCAACATATACAAGTCAGCAACATACTGATGTCGATTGTCAAGTGTCTTAGTGGAGGGTTTACGTTGTACCCTT
CTCGTTACTGTCTGGTTAAACATTCAGAATAGCTACCATTGTTATACTTGTTTTGGTTTTTATAGGCTTACTGTAGTTCTTCAGAACATGCCTGTCCTAGAATATCTTTTGTGAACCTGCTATATGTTTTGTGAATATTTAGTTAGCAGTTTTCCACTTCGCATTCTGGTTATGCTTCCACTTTAAGTTTTGTTGCATCC
CACAAATAACTGCCCTTAACTGACTTTCTTTAATGCCTTCCAAGTTCCAAGTTCCAAGTTCCAATCAAAATTTCATAATTCTGTTTTTCCACAGTAGTAAAAAATTGATAGGTAGAACCTTGAAAAGGTTGGACTATGTGATATTGCTTCTATTCCCAACTCTATTTTAAATATCCAAGTTACCAGACTCGGGAGTTTGA
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ATTTTAACATTTCGTCAGCTTGAAAATTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATTATTACTGCACCGATATTGACCTTTCTCTTCGCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACAATTCGTCAGCTTGAAAAGTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTA
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TGCTATATCTAAAGGCATTCCTCTTTGTTTCTCCACCTTCAACTAACCATTTAAATCTTTTGCTTGCTGAACATATGAACACCTAAAGCTTGTTATTAAGTAGAGAATTGGAGAGCCGTAACTCTATATTCTAATTTCTTCAATTGGTATTTTCCAATCACATCGATAGGTAAGTTTGGTCAAAGATTTTATAGGTCTTA
ATTGTTTCCTGTTTAAATTTTTAAACTGTTAGACATCTGACTGATGCAACATTAAAATAAGCAGATATTTTACAGCTGTAGGATAGCAGGGTACTAAGTCATATATGACAAGCATCTATTTGAAACAGATTTAAAGTTGAAATTGAAATCTGTATTAACGTCCACCAAAGGCCAAAATAGATCAAAGGGGCTAGTGACTA
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ATTAAAATGTTCATCGCACAAGTTGAAACTGGAATATACTTATGCATTTTGGCTACTCAAAAATATTCTCATACTGTCTCTTGTAAAATTCAACATGCTCATTGTTATCCTTTCAGGTTCCAATCTGGTGCTCTGCATCACATTCATGGTAGTAATATATTAGTGAAAAATTAAGCATTTTTATCTTTTTGAGTTGACCC
ATTATTTTACTAATTAACCTGACCTTTTTTTTCTGTTTCTAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGC


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGA
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GAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGgtaacctgcaacagatttggcgaagtcttgtttttatagggtaaatgttgtgagcagtttgctgttctgttggagtgcttgtcaaggagacacagccatggcttaaaataaagggttttagctattagagagcatagaagctggatttgatgtatatttagaaggaaaaatga
aatttaagggaaaatttataagttttcctgtaaattttgtcttgaataggacgcattgctgttcgtagtttgcttttcggcacaaaatgcatattatttgtttttcctgaacataatgcatttattctcgtttttctacccaaaatttttggtcatgtagtggataatgccagtttcagcgcacggcagccggattttgt
aaacatttagaaaatatgagttttaggaaaaactttaaatcattttgctgacgatttggtcttctttgaggtgtactgtagcttttagtttcaatgaatgcagaaaatgccattgaaaactagtcttttgtaaacatatagaaaatacgagttttaggaaaaactttaaatcattttgctgacgatttgatcttctttga
gctgtactgtagtttttagtttcaatgagtgcagaaaatgcaattctaatttttttttctgctcaaaatgcatttatttttacatttttctacaaatgcttttgtgtacatttttctgcacaaaatgcaattatttagatttttatgcacagcattttctgtcatgtgactggaaacgtcgcataacgtctccgtctgaa
tgcgcagattttatacttcaaatttgtgcttaaattttagttcaagtcttcccggcactaaaaatcatttaatacgcgtctggaaaatagtttcaaatttttagacgaaacttcataatttatattgtttaagttttgtgcactccataaactgacatgtgaaaggagaattgattcgatgcactcagTTGGAATGCGCA
GGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAG
CTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGGTAATTTTCTTTACTTCTATGCTTTTATTGCTTTCAAGATGTAGTGCTGCTCACTGTGGCTTTAGTGCTCATTCTGAACTGTGGTGGATACTGTAATATGTTTGTTGGTGCTGAATTAGAGGTGAAGTGCAATACATTTAACTGGTATTGAAGATGTCTTTGATAGCTTATTTTGTA
GATTGAATACTTGACCTACAGTACTGAGCTAAAATGCATCTTAGCTTGTTGGAAATCAGTCACCAATCCAATGTTCAGATGTTTGTAGCAACATATACAAGTCAGCAACATACTGATGTCGATTGTCAAGTGTCTTAGTGGAGGGTTTACGTTGTACCCTTCTCGTTACTGTCTGGTTAAACATTCAGAATAGCTACCAT
TGTTATACTTGTTTTGGTTTTTATAGGCTTACTGTAGTTCTTCAGAACATGCCTGTCCTAGAATATCTTTTGTGAACCTGCTATATGTTTTGTGAATATTTAGTTAGCAGTTTTCCACTTCGCATTCTGGTTATGCTTCCACTTTAAGTTTTGTTGCATCCCACAAATAACTGCCCTTAACTGACTTTCTTTAATGCCTT
CCAAGTTCCAAGTTCCAAGTTCCAATCAAAATTTCATAATTCTGTTTTTCCACAGTAGTAAAAAATTGATAGGTAGAACCTTGAAAAGGTTGGACTATGTGATATTGCTTCTATTCCCAACTCTATTTTAAATATCCAAGTTACCAGACTCGGGAGTTTGACTCTGCCTGTGAGTGAAACAAGTCAAACTGACTCAGGGG
CAAGTCAAACCTGGGCTGATCAGGTTTGACTTGCCGAGTTTTTCCCAAGCCAAATCAAACTCTCAGCTCTTCTGCCTTGCCGAGTCTGGTAACATTAATAAATATAATTTACACTTTCTGATGCTGTTTTGTTTTTGTGATTTCTTGTAGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCC
CTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTAAGAATTATAATATTATGTTAAGAGACTCTTGGCTTTATCTACGGTTTTCACACTACGGGCTCAGTGTAAAAGGATCACAGTTAACATAAAATGCAGAACCTTCACACCACCTTTTTCACTGTGTTTATTTTCAT
ACTGCATTGTGATTTAAGATTGTCTGTTTGGGGGATTGTGAGAATTCAACTGGAAGTTACATTCTTAATCTTAAGTTATTTCAGATCTGTCATGGAAAAGTGTATTGCTCACTTGTATTAAGGTTTCTCTTCTCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACATTTCGTCAGCTTGAAAATTTTCCTAAAGTT
GACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATTATTACTGCACCGATATTGACCTTTCTCTTCGCTTTCATTTAGTAAATCTATAGTATGTTATTTTAACAATTCGTCAGCTTGAAAAGTTTCCTAAAGTTGACTAACATGTATACCAGTCTGCATGTATACAGATGTACATGATTGATATT
ATTACTGCACCGATATTGACCATTTATCACTAGAATGTTCACATTATATGGACAAAGACTATAGATATTGAATAGCATACCTTATTACAATCTGAATTTCTGAAGAGCCTTATTCATATCTCACACTAGTTGTTTCTGTGTTGGCTGGTCATTATCAGAGATGCTATATCTAAAGGCATTCCTCTTTGTTTCTCCACCTT
CAACTAACCATTTAAATCTTTTGCTTGCTGAACATATGAACACCTAAAGCTTGTTATTAAGTAGAGAATTGGAGAGCCGTAACTCTATATTCTAATTTCTTCAATTGGTATTTTCCAATCACATCGATAGGTAAGTTTGGTCAAAGATTTTATAGGTCTTAATTGTTTCCTGTTTAAATTTTTAAACTGTTAGACATCTG
ACTGATGCAACATTAAAATAAGCAGATATTTTACAGCTGTAGGATAGCAGGGTACTAAGTCATATATGACAAGCATCTATTTGAAACAGATTTAAAGTTGAAATTGAAATCTGTATTAACGTCCACCAAAGGCCAAAATAGATCAAAGGGGCTAGTGACTACAACCGAGAATAATAGCCAAGCAAAAGAGATGAGTGCAA
GAAGCAACCCTACGAAACAAGAAATGAAATGAAAAGTGAGTATGACAGCAGCATGAAATAAAATGGCACTGACATAGGTGTAGAAGTAGGATATCATAAGAAGAAAAGTGAAAACCCTAGAAAGTGAAGGAGAGCCATAAAATACCATAGCCTGAATAAGATGCTGCTGTTGTGAGAAATGAGGGAGTTAACCTTGCTCA
TCATCTGAATCAACAGTACAGATTTCAACATCAAGTGCCTCCTGAATAATGTCCTTTAGAGAGTGGCCCGGACTGATAGGCTTTGGGGAGTAATCCTGGGTGGCATCAACATGCCGCTGATGGTGGTCAGAGCAGAGGATGAAGTAGAACTACTCTTAACATTTAGGGCTGAAGAACTCCTAGTAGAGGGAAAGAAACTA
ATTATTCATCTCCAAGGTGGCCTGCAGTGGCAGCTTTGATCCTCCTAGGACCCCTTGCTGTTGCACGGTTTGGAGCCTGGGTGGCATGGGTCAGGGAGTAATGCTGTACTTTCCTAGTGAGCTTTATGGTGTTTAGGCTATTAGAGGTTGCTGTATAAAATATTAAAATGTTCATCGCACAAGTTGAAACTGGAATATAC
TTATGCATTTTGGCTACTCAAAAATATTCTCATACTGTCTCTTGTAAAATTCAACATGCTCATTGTTATCCTTTCAGGTTCCAATCTGGTGCTCTGCATCACATTCATGGTAGTAATATATTAGTGAAAAATTAAGCATTTTTATCTTTTTGAGTTGACCCATTATTTTACTAATTAACCTGACCTTTTTTTTCTGTTTC
TAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGCTGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGC



Intron 12 GTAAGGATGC ... GTTGTTTCAG

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>TRINITY_DN109144_c0_g1_i20 from sample A5 / Example spliced isoform
CTATTCCCCTGTCCAAGAGCGGTTTTCTGGGAGCGGTTTCGGTGGCGAAACCGGAGAGGTTTCGTAAGATGTCGGCGGGACAGGGGACACGCGGAAGGTGTGGGGATGACGTGGCAGAGGTGCCTGACATTCTTGCCGGCGAGTCTGGCCATTTAATTTATGCGATGGTATGTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTA
AGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGAGCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGG
GCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTGGAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGT
TGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTG
CCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGC
TGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCAGAGACTGATGAGGTATATGCACAAATGACTCTGCAACCAGTGAACAGCTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGACTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGC
TTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGG
GGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAG
AGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAA
TCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCA
ACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTC
TGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAAC
CCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTAT
GCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGC
AGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCT
GATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTAC
TTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTG
ATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGT
CCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGGAGTTTGTAAGCTGCGTCCGCTGTATCAAGATCTTATCACCTCAAGAAGTCTTGCAAATGAGTCAGGAAGGGA
TTGAGATCATAAATAATACACCAATGCAGCTGCAAACCAGTAGCTATTCGGATGATCATAATGCTTGGAGAGATCATTGTTATCAGAACTCTACCAATCCTTCATCGATATCTTTCAGTCATTAGTTTTGCTGGGATGGTCCCTTACTTTGACTATTGACCAGTGCAAGTTTTTTCTGAGTTGATTGGATTATGCAGATG
TGAAACGTTTTCAGAATCACTGTTCATTGTTTACACCCCCATCTCTGAGTGGATGGCCTCCATGTATTGAATGAAGCTATATAGACTACCAATGATTTCAGTTTGCAC


>TRINITY_DN109144_c0_g1_i19 from sample A5 / Example unspliced isoform:
CTATTCCCCTGTCCAAGAGCGGTTTTCTGGGAGCGGTTTCGGTGGCGAAACCGGAGAGGTTTCGTAAGATGTCGGCGGGACAGGGGACACGCGGAAGGTGTGGGGATGACGTGGCAGAGGTGCCTGACATTCTTGCCGGCGAGTCTGGCCATTTAATTTATGCGATGGTATGTCACATTGTCATGTTTGTCTTGCTGTTA
AGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGAGCCGGGCGTCCCGGGGTCGAATCCTGGGG
GCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTGGAGCGCATCGCTCGCCTTTTGATTCGGGT
TGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTCAACCAGCTG
CCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGGAGCAGAAGAGCATAAATTCTGAACTTTGGCATGCTTGTGCTGGACCCCTTGTTTCTTTGCCCTCAGTGGGTAGTTTTGTGTATTACTTTCCTCAGGGCCACAGTGAACAGGTTGCAGCTTCAACTCAGAAGGTAGCTGACACACACATTCCAAACTACCCTAATCTTCCTTATCAGC
TGATGTGCCAACTTCACAATGTTACATTGCATgtaaggatgcatgtgctgttaatctttttaactaatattaaaggaatttactactgttccaaatgtggtgcacatttcaggactgagtgtcatatctgaaatcatggttgtttcagGCAGATGCAGAG



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>TRINITY_DN125424_c1_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
TTCGTGAGAGAAAAATTTGATATGGTAATGCACATTTATTTTCTTACAGTGTAATAAGAAGGAGATATTATCATCTGATCTGGGCCTTAAGCAAAGTAAACAACCAACAGAATTCTTCTGCAAGACTTTGACTGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTC
CACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTA
CTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATA
TGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGG
AGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGG
CTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATG
GCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTC
AGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCA
GAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAA
ACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTT
GTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATA
CCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGA
GAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAG
ATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGAC
CCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGGAGTTTGTAAGCTGCGTCCGCTGTATCAAGATCTTATCACCTCAAGAAGTCTTGCAAATGAGTCAGGAAGGGATTGAGATCATAAATAATACACCAATGCAGCTGCAAACCAGTAGCTATTCGGA
TGATCATAATGCTTGGAGAGATCATTGTTATCAGAACTCTACCAATCCTTCATCGATATCTTTCAGTCATTAGTTTTGCTGGGATGGTCCCTTACTTTGACTATTGACCAGTGCAAGTTTTTTCTGAGTTGATTGGATTATGCAGATGTGAAACGTTTTCAGAATCACTGTTCATTGTTTACACCCCCATCTCTGAGTGG
ATGGCCTCCATGTATTGAATGAAGCTATATAGACTACCAATGATTTCAGTTTGCACAATTGAGTGATTCTCAATATTGTCTTGGCATTCGTTTTTCTAAGCTAAGAGTTGATATCATTGCAAACATTGAGCTGCAGGAGCTCATATGGAATATTTGCAGATGATGGCTGAGGTCTTGTAAGCAGCACTGAGCTCGGGGAT
ATTCCAGATGATATTTAATGGAAGCATGTCGATCTTGTATTATACACTGCATTATCATCCAGATGATATTCGTTGGAAGCATGTTGATCTTGTATTATATACTGCTTTATCAACAGGAGTGACAACGCGTAGCTTGTGACAAAAATAGGTAAGTTCTAGTTTGCTGAAGCCGGATAAATGTGTCATTGTTTGGTGCATTT
TTCGTTAGTAAAGCAGTTTCTGATTCGGTTGCTGCAAAGTGCTTCGACGTATAAGCTGTTGTGCCAGATTTTTGCAATCTTTTCAATAGCTGTATGCTGACTGTTAAGAAGGATCTGCGAGGCAAATTCAAGTTGAAGCATCTCCAAGTGGTTAACTAAAGTGGGGTTTTACCTATTTTGGCTTACCCCTTTGTTATGAT
ACTGTGTTATTTTTTCTCTTCGGTAGATGTAATGTTGAGTCCCATTGACCTAATTTAGTCATTTGTGGACATTAATATAATTTCTTCCTTTCTTTGTATGGTTGGTACGGAAGATTTAGAGATGCAAACTACCTGTCAGCGATTGATCTGACATTGAAGATTGTACCATATTTCTTTTGTAAATGTATTTTTCTGACACG
TCATGGTGGCAGTTGCCAGAATCATTTTTGGTACACTACAATGTAGTGGAGCAAATATTGATTTGCCAATATTTTGACCGGGTTTCTTGATTTTGTGGAAAATTTGCTTCTTAA


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i23 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAATATCATACAGTTCTAATTTCCAAATCATGTTTAGTTGTAAGTCATCTGACAGTATTATCCTTCTTGTTTGCTCGGGTGTGTGGCTTGTTTAAAGTAAACTTTTGTGTTTTCATTGATTTGTGCATATTGTCTTTGTCAGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAG
ACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGTACTAGTACAGAAGTAAGCTAAGATCACTTGAAAGTTGCGATGTGTCTGAGAACCATGTATGGGTGCCAATGGCTATGGAATCGTTCTTTCCTAAATTGTACCCTCCTTTTAGAGCGTGTTTCTCTGTGCCACGTTATCTCTTCCCCAAATTCAAAGAATTATAGA
AGGCAGTTTTCATTCGCAGATAATCCCTTTAGTTTAACTTTATAGGGATGTGTGCCTTGTGTATAATCTAGAAAATCTACAATATGGGTGAGCATTACTTTGTTTGGAAGACTCAGTTTTACACATAACAGATTTGGACACTACTTTTTGCTACTTGCTGCAAATTCGGAACATTATTGCTTTGCTGCTAACCTTGATTT
GCAAAAGATCCACAATAGATGCAAATTTACAAGTTATGTTGTCATTTTAAGGCCTTGAGATTGTTTGAAATTGAGTTTCAGTGCTTTTTTTATGTCACAGCTCACATGGACTACTACTTTTCTTTTGTGGTGAACTCTTCATCAATATTTCTGTGTTTTCCTTATCATAAACAGGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTG
GTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGgtctgtaggatttttttcatccaaaaaaaattctgctggttggtttcagaggtacttgaat
gctttaattattggtctaatctattacagGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATG
GCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGAT
CTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCA
CCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACA
GAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGC
AACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCA
GCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTG
TAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATA
GCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCC
TATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGG
CAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTA
TAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGA
GAGTCCATACACAACTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTA
GGCATGTTCTCTCTTATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT



Intron 14 GTACTAGTAC ... TCATAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN125424_c1_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
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CACTTGATTTTTCAATGCAACCACCAGCTCAAGAGCTTTTGGCCAGAGATTTGCATGACAATGTCTGGACATTTCGACATATCTATCGTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAGACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGGGATGAGAAGTCGGAACTA
CTTCTTGGTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATA
TGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATGGCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGG
AGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGATCTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGG
CTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCACCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATG
GCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACAGAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTC
AGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGCAACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCA
GAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCAGCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAA
ACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTGTAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTT
GTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATAGCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATA
CCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCCTATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGA
GAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGGCAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAG
ATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTATAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGAC
CCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGGAGTTTGTAAGCTGCGTCCGCTGTATCAAGATCTTATCACCTCAAGAAGTCTTGCAAATGAGTCAGGAAGGGATTGAGATCATAAATAATACACCAATGCAGCTGCAAACCAGTAGCTATTCGGA
TGATCATAATGCTTGGAGAGATCATTGTTATCAGAACTCTACCAATCCTTCATCGATATCTTTCAGTCATTAGTTTTGCTGGGATGGTCCCTTACTTTGACTATTGACCAGTGCAAGTTTTTTCTGAGTTGATTGGATTATGCAGATGTGAAACGTTTTCAGAATCACTGTTCATTGTTTACACCCCCATCTCTGAGTGG
ATGGCCTCCATGTATTGAATGAAGCTATATAGACTACCAATGATTTCAGTTTGCACAATTGAGTGATTCTCAATATTGTCTTGGCATTCGTTTTTCTAAGCTAAGAGTTGATATCATTGCAAACATTGAGCTGCAGGAGCTCATATGGAATATTTGCAGATGATGGCTGAGGTCTTGTAAGCAGCACTGAGCTCGGGGAT
ATTCCAGATGATATTTAATGGAAGCATGTCGATCTTGTATTATACACTGCATTATCATCCAGATGATATTCGTTGGAAGCATGTTGATCTTGTATTATATACTGCTTTATCAACAGGAGTGACAACGCGTAGCTTGTGACAAAAATAGGTAAGTTCTAGTTTGCTGAAGCCGGATAAATGTGTCATTGTTTGGTGCATTT
TTCGTTAGTAAAGCAGTTTCTGATTCGGTTGCTGCAAAGTGCTTCGACGTATAAGCTGTTGTGCCAGATTTTTGCAATCTTTTCAATAGCTGTATGCTGACTGTTAAGAAGGATCTGCGAGGCAAATTCAAGTTGAAGCATCTCCAAGTGGTTAACTAAAGTGGGGTTTTACCTATTTTGGCTTACCCCTTTGTTATGAT
ACTGTGTTATTTTTTCTCTTCGGTAGATGTAATGTTGAGTCCCATTGACCTAATTTAGTCATTTGTGGACATTAATATAATTTCTTCCTTTCTTTGTATGGTTGGTACGGAAGATTTAGAGATGCAAACTACCTGTCAGCGATTGATCTGACATTGAAGATTGTACCATATTTCTTTTGTAAATGTATTTTTCTGACACG
TCATGGTGGCAGTTGCCAGAATCATTTTTGGTACACTACAATGTAGTGGAGCAAATATTGATTTGCCAATATTTTGACCGGGTTTCTTGATTTTGTGGAAAATTTGCTTCTTAA


>TRINITY_DN125424_c1_g2_i23 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAATATCATACAGTTCTAATTTCCAAATCATGTTTAGTTGTAAGTCATCTGACAGTATTATCCTTCTTGTTTGCTCGGGTGTGTGGCTTGTTTAAAGTAAACTTTTGTGTTTTCATTGATTTGTGCATATTGTCTTTGTCAGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGGTGGAGTGTATTTGTCAGTGCAAAGAG
ACTTGTTGCTGGGGATTCTGTTGTCTTTATAAGgtactagtacagaagtaagctaagatcacttgaaagttgcgatgtgtctgagaaccatgtatgggtgccaatggctatggaatcgttctttcctaaattgtaccctccttttagagcgtgtttctctgtgccacgttatctcttccccaaattcaaagaattataga
aggcagttttcattcgcagataatccctttagtttaactttatagggatgtgtgccttgtgtataatctagaaaatctacaatatgggtgagcattactttgtttggaagactcagttttacacataacagatttggacactactttttgctacttgctgcaaattcggaacattattgctttgctgctaaccttgattt
gcaaaagatccacaatagatgcaaatttacaagttatgttgtcattttaaggccttgagattgtttgaaattgagtttcagtgctttttttatgtcacagctcacatggactactacttttcttttgtggtgaactcttcatcaatatttctgtgttttccttatcataaacagGGATGAGAAGTCGGAACTACTTCTTG
GTATCAGACGAGCGAATCGGCAGCAAACATCTATGCCATTGTCTGTTTTGTCCACTGATAGTATGCATATTGGTGTTCTTGCAGCAGCAGCTCATGCTGCTGCAAACCAAAGTCCATTTACTGTATTTTACAATCCCAGGTCTGTAGGATTTTTTTCATCCAAAAAAAATTCTGCTGGTTGGTTTCAGAGGTACTTGAAT
GCTTTAATTATTGGTCTAATCTATTACAGGACAAGTCCCTCAGAGTTTGTAGTTCCCTTAGCAAAGTACAACAAAGCGGTATATGGTACCCAGGTTTCGGTTGGCATGCACTTCAGAATGATGTTTGAAACTGAGGAGTCCAGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTACAGGAATTAGTCCTCTTGATCCTGTGCGATG
GCCAAAGTCACAGTGGCGTAATCTCCAGGTTAGATGGGAGGAATCAGGTGCTGGTGAAAGACCGATCAGAGTTTCTATTTGGGAGATTGAGAGTGTTGCATCCCCATTTTTTATCTGTCCTCCATTCTTTCGGCTGAAGCGCCCCGTACAACCTGGAATGTTTGGGGAAGAAACAGATATTGAAGGCACCACCAAAAGAT
CTTCACCCTGGCTAAGGGAAGAACATGATATTCTGGACTTTCAACATCCTTTATCCTTTTTTGGTTTAGAGCCATGGATTGGGCTGCAACAGAGACCTGATGTGATCAACTCGACTGTCCCACTAGAGTACTACCGTTCTATGGCTGGTGCTACTTCAGAGGAATTTAGAAGCAATGATGCATGTAAAGAGCTCTGTGCA
CCTCAACAGACCCCACAACCCCGTGAAATGCAGCATAGTATTCTGCAGCAACAGGAATATCAATCACAACCTCCAGTCTCATGGCAACAGTTACAGCAACAAATTCAACAGCAGCAACAGCAATTGACATCACAGCAAATGGTGCTGCAGCAGCTGCAGCAAAATATGCCTTTACAGCAGTCACAGAAGCAAGTGCAACA
GAACCCAATGCTTCAACAGTTACAGCAGCAAGTGCAACAGAACCCACTGCTGCAACAGTTACAGCAGCAACACTTACTGCTTCAGAAGTCACAGCAACAGCACTCACCACTACAACAACTAAATCAGTTGCAGCAATCTATACCAGAACTAAAGCAATTTGAGCATCAGCCACCGCAACAGTTACAGCAATTGCAACAGC
AACAACCTTCTTTACTGTCACAGCAGCAGCTCCAACAGCCTATGCCATTACCTGCACAGCCCAAAATGTCATCCATGCAACCAGAGCAATTACATCATCAGCAGCAAGCAAGGCAGTCTCCTATGACGAGTCAATCTTCAGAAAATCACCTCCATAACCAGCAACTACAACTAGAACAATCAATTCTGCATCAGCAGCCA
GCACAGCAGCACCTGCAACCAGCTCAGCAATTGCAGTATCAGCAGATAGGACATCATTCTCCACCAGGACAGCCTAGCCACAAACAATCTGTGGAACATCCTCTTCATGACCATCAGCAAATGCAGCCACAATCTAGCCAATTACATGAATTAGAAGGCCAATTATTGCAGCCATCGTCCACCCGATCTCATGCATCTTG
TAACTTGGTGCCAACAAGATCTCAATCTGGACTCGCTGAATCTGATGTTTCCTTTTGTTCCACCACAACTCCTGTGAACAGTTGTTCATGGCAGAACGTACTTACTAGGACACAACCTGGTGGAATTAAATTAGAGGAAAAATCTCAATATTCAAACATGTTAAGGCCCGCCTCAGTTAATACACTAGGTGCAACTTATA
GCTCAAACCATGTTTCTGAACCACTGGTTACTTCTTGGTTTACTTCGAACAAAGAACCAAGTCAGACTGAATTGCGAGCTATACCAAATTTTCACTCTGGTGAAATGGAAACATCATCTTTTGGGGCTGCAATTTCTATGATAAATGCTAATGCTACTGCTCAGCCAGGCTTCTCCACGTTACCAAACACATCTAATTCC
TATTGGTATGGAAGTACTTCCCAGGATAATGAGATCCAGACTGATGCTCGGAATAGTATTTTGTTTAATGGCGCTAACATAGAGAGTCCTTTGGCTGATCATTCCAATACAAGCCCCTTGGTAGCAAGGGTATTTAATGGAGTTAAGGATGTTCCATGCCAGCTCTCTGCTGAAAGCATGATGTCTACATTAAGTACAGG
CAAGGATGTTCAACCACAAATTTCTTCTGCTAGTATGCTCAGTCCCCATTCTTTGGCTGTGCAAGACCTTCCTGACAATTCAGATGTTGCAAGCACTGTGGAAGACAATAATTTCTTACAGAAAGGGTCTCTTCAACAATTACCTCCACCTGTGAGAACTTATACTAAGGTATACAAGCTGGGATCTGTTGGAAGATCTA
TAGATGTTACACGTTATAGAAATTATAATGAACTTCGCCAAGAACTTGCTCGTATGTTTGGCATGGAAGGCCAACTAGAAGACCCTATGTCAGGTTGGCAGCTCGTGTTTGTGGACCATGAGAATGATATTCTTCTTGTTGGAGATGATCCCTGGGAGTAAGTCTTCTACCTCCCTTCATGTCCATTAGTACTGTCCAGA
GAGTCCATACACAACTTTCAGTACAGAAATGCATATAGATCTACATAACAATGTGTACCCAACTTGAGTTGCATGCTTTTGTTTGTATCTCATAAATTTACGTTAACCCCCAGTAAATTCAGAACCCTCCTTTATTTTGCCCCAACAGGAAATTTTCTTAAACTTCCATGGTGTCTTGTTCTATCATTCCTCTGATGTTA
GGCATGTTCTCTCTTATTGCTCGCTCCCTTTAGTCACTGCAATTCATTCTCGTTTTGCAAGGCTGGGTTATACAGGAT



Intron 15 GTGAAATCTT ... TCCTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN115829_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform
GAATGGTTGAAAGGCTAGAATGATGAAGGAGAAGTAGAGAGGGGCCAGGTAGTTGGAGTTGATGTTCATGCCTTGCACTTCCATTATTTTCATGGGGGATGGACAATCGATGCTTCCATGACATGGATTATAATAATATGGCAATAATTAAGGATAAATAAATGTGGATAAACCCTTGCAAGGAAAAAGGAACTTCAGCT
AAGTTGAAGCTTAAGCTGACTGACTTTCCAGGGTTTGAATCCCTGTCAGACCACCCAACAGAAATTTAGTTATGGAAGTTTTGCAAACCTGAGATTTGTGCGGGAAACAACAGAGTTCTCGCACTATTTCCGGCATCCAGGAGGACAAGGTCCGGGCTTTGTTAACGTTTGCAGATTTTTTTCAGAGGGTTTTCTCTCGT
ATATGGGTATAGATTTCTAACAGGTGGACACGTGGCTTAGATCTCGGAAGATGAAGGCTCCTTCCAATGGCTACCTTCCTCAGCCTCAAGATGGAGAAAGGAGGAGCATTAATTCTGAACTTTGGCATGCCTGTGCGGGACCTCTTGTTTCATTGCCGCAAGTGGGTAGCCTGGTGGTATATTTTCCACAAGGCCACAGT
GAACAGGTAGCAGCTTCAATGCAGAAGGAAACGGATGGACATATTCCAAATTACCCCAATCTGCCCTCCAAGTTGATTTGTCAGCTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCGGAGACGGATGAGGTCTATGCACAGATGACTCTTCAACCTGTTAATATACATGATAAGGAGGCATCATCGCCCTCTGATCTTGGTCT
GAAGCAAAGTAAGCAGCCTACAGAGTTCTTCTGCAAGACTTTGACAGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTTTTCTGTACCTCGCCGTGCTGCAGAGAAAATATTTCCATCACTAGATTATACAATGCAACCACCAGCTCAAGAACTCATGGCAAGAGATTTGCATGACCATACGTGGACATTCAGACATATCTATC
GTGGTCAGCCAAAGAGGCATCTTCTAACAACAGGATGGAGTGTATTTGTAAGTGCAAAGAGACTTTTTGCTGGTGACTCTGTCCTTTTTATAAGGGATGAAAAATCACAACTACTTCTGGGTATAAGGCGTGCAAATCGGCAACAAGCAGCTATGTCATCATCTGTCCTGTCTAGTGACAGTATGCATATTGGTGTTCTT
GCTGCAGCAGCTCATGCTGCTTCAAACCATAGCCCATTTACTGTTTTCTACAATCCAAGGGCAAGCCCTTCAGAGTTTGTCATTCCTCTGTCTAAGTACAACAACGCAATCTATGGTACCCAGGTTTCACTTGGCATGCGGTTCAGGATGATGTTTGAAACTGAGGAATCGGGTGTGCGCAGGTATATGGGTACCATTAC
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AAACTCTTTCCCTTTAATTGACCTTTTAACTTTCTAGATAGAAAATTTGAGAGCATTGTTTAGAAAATAATCATCGATGGTCTTTTTGTCACTG


>TRINITY_DN115829_c1_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GAATGGTTGAAAGGCTAGAATGATGAAGGAGAAGTAGAGAGGGGCCAGGTAGTTGGAGTTGATGTTCATGCCTTGCACTTCCATTATTTTCATGGGGGATGGACAATCGATGCTTCCATGACATGGATTATAATAATATGGCAATAATTAAGGATAAATAAATGTGGATAAACCCTTGCAAGGAAAAAGgtgaaatcttt
gtgttggtaatggtgatgagtagtgttatctatgcaatgcaattttgtctgcctgatttgctttgattgctgggtggtgttggtgttaatggaggcatctggtgttggtcattggtcatcatttcttttggttttgtaggagaaaacaagggaagaacaccaacaacaatcactgattacactaatctggtctcctttgc
agGAACTTCAGCTAAGTTGAAGCTTAAGCTGACTGACTTTCCAGGGTTTGAATCCCTGTCAGACCACCCAACAGAAATTTAGTTATGGAAGTTTTGCAAACCTGAGATTTGTGCGGGAAACAACAGAGTTCTCGCACTATTTCCGGCATCCAGGAGGACAAGGTCCGGGCTTTGTTAACGTTTGCAGATTTTTTTCAGAG
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ACAAGGCCACAGTGAACAGGTAGCAGCTTCAATGCAGAAGGAAACGGATGGACATATTCCAAATTACCCCAATCTGCCCTCCAAGTTGATTTGTCAGCTTCACAATGTTACATTGCATGCAGATGCGGAGACGGATGAGGTCTATGCACAGATGACTCTTCAACCTGTTAATATAATCATTCTTTTGTAGCATGATAAGG
AGGCATCATCGCCCTCTGATCTTGGTCTGAAGCAAAGTAAGCAGCCTACAGAGTTCTTCTGCAAGACTTTGACAGCAAGTGATACAAGCACCCATGGTGGCTT



Intron 16 GTAATTTTCT ... CTGTGTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A170.2128667
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>TRINITY_DN117751_c3_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoform
TTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGAGCCGGGCGTCCCGGGGTCGA
ATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTGGAGCGCATCGCTCGCCTTTT
GATTCGGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAATGAAGAGTCCTTC
AACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGAATGCTGAAATTTAGCTGTTAGCATGTGCCTATGTCAGACAGTGTGCTGGTGCCTTCTCAGTGGTGGATGCAGCCCTGTATACTTCTTCTTTTCCTCTCACTGCTTCATCTT


>TRINITY_DN117751_c3_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTGCTGTTAAGTTGTGTTTGTCTGCCTCCTTGTCACTCGCTGCCGAATCTAGCCTGTCGCTGCGTATATTGTTCGCCTCGTTTTTGTTTCATCGGACGGCGCGGGGATCGCGTGAGGATATCTTCGCCGTCGGATTTCGGCGCAGGCGCTTGGGGTTTAGGAGAGCCACCTGGAGTTCGAGCCGGGCGTCCCGGGGTCGA
ATCCTGGGGGCCTCGTTGGTTAAGGCTCGGGCAGCTACGCCGTCGATCCGACGGTTCCAGGCGCTCTCTGCGGGTTTGCGGTGTTTGATGACAGGGTGGAAGCTGTTTGGGGTTTAGACGAGTAGACTGAGTTCGGCTCGGAGCTGTCTGGAGGTTTTGTTGAGCAGGGGCAGTTCTGTGGAGCGCATCGCTCGCCTTTT
GATTCGGTTGGAATGCGCAGGTTGCAGACAGGAAATTTTGCGTGGTGGAATGTGCAGAACTGTGGAAGTAGGGTTAATGGAAGGAAATTGTGCTTCTGATGATCGGAGGCATATAGTTTTATTCGATTATACAGTTGCTCTTTGTTAATTCATTGGGTTATAGTTGTTTCAACGGAGTAGAGCAGTTCCATCGGCGAAAA
TGAAGAGTCCTTCAACCAGCTGCCTTTCTCATCCTGAGGAGGgtaattttctttacttctatgcttttattgctttcaagatgtagtgctgctcactgtggctttagtgctcattctgaactgtggtggatactgtaatatgtttgttggtgctgaattagaggtgaaaattctcatcatttgtttcttttttcaatgga
actcagcactttataatgaccattttatttcttttgtggtcgttgtgaactgtgctggagactgtcctgcatttgttggtgctgaactagatgtagaactctctgttatggggctcagtattttatgatacccgttttatttcttttgttgatttcgaaccttacatgtggctgtagtgctcattgtgaactgtggtgga
ttatttcttttgtgctcattgtgaactgtgctggaaactgttgtgcatttgctggtgctgaactaaatgtagaacttgtcatcattttttagactgttcatatatatatatattaacaacaccaccccttattttttgattggggtggggacttatattttattactcccgggacatgtcactctgaggactccgagttt
tagatgctagcaccctcaatctaagaatagcaccctcattctaagaatcaaacctgggccagtgatggaaatctcccaccgattaccacttgaccacagctcagccgactgttttaaatatttttgacctttttccgtttgatatgtgcgtgcagtcttaaaagatttttcaattatgcaggggtgatgcagagtaatta
atagaatgttgagctgattttttatcagaaaagtatattaaaggtagataaaaacatggtggatgataaattgccacatccacgtaactctttaagaaattatgtcgtttttgatatctcactggtttctcatatcttgcacgttttttcctgtgttcagAATGCTGAAATTTAGCTGTTAGCATGTGCCTATGTCAGAC
AGTGTGCTGGTGCCTTCTCAGTGGTGGATGCAGCCCTGTATACTTCTTCTTTTCCTCTCACTGCTTCATCTT