NA ----> NA

Intron 1 GTTAAACCCT ... ATTCCGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.12	50	158	114
A2	75.65	28	122	52
A3	71.74	39	103	95
A4	79.13	24	103	79
A5	75	18	72	36
A6	60.83	113	184	167
A7	69.33	125	371	194
A8	69.33	125	343	222
A9	66.77	104	268	150
A10	68.56	83	236	126

>TRINITY_DN48873_c1_g1_i6 from sample A10 / Example spliced isoform

TAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTAATGATTTCGGCTTTAATTAATTATGATTTCAGCTCTAATCAATTTTGTGTTACAGTTGGATGGCGCTATAATTTACAGTGCCTCTTAATCATCTTGTTTGAATATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTC
ATCTAGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTGA
GGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCGAGAAAGGGCATTTCACTTGGATGCTGAGAAGGAGCTTCAAATTCCATCTCTCGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGCAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGATTTCCTCGATGTGCTGCTCTACATGGCTGAGAC
TGACACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCAGAGGGTTAGCGTGTTTTGCATTATTGAATGCAATGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAACAAATTGTTTGCATTATTGAATGCAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGAGGGCTATATGCGGTGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACC
ACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGG

>TRINITY_DN48873_c1_g1_i11 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAgttaaaccctaattcttcttgcgaccatttatgttttaaatctgtcaaaagagtggttaactttccatt
attgttgttcttttctgattattggaacctgttattagcattaatggccctttctttaatattatccgacctgaaatcctatgggttcgactactttataacatcgtcgttgataaaacctcaagaatcaactaaggattattcatttctaacactattttttagcctcttaacgtcgcgggttcaattccgccagGCCA
GGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTGAGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCGAGAAAGGGCATTTCACTTGGAT
GCTGAGAAGGAGCTTCAAATTCCATCTCTCGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGCAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGATTTCCTCGATGTGCTGCTCTACATGGCTGAGACTGACACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCAGAGGGTTAGCGTGT
TTTGCATTATTGAATGCAATGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAACAAATTGTTTGCATTATTGAATGCAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGAGGGCTATATGCGGTGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACCACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTGGCCTCGAATGGCTTG
AAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGG

Intron 2 GTCCTGTTTA ... ATGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.48	174.9	70	56
A2	23.77	101	32	31
A3	26.45	146	48	57
A4	24.5	114	53	21
A5	24.72	67	33	11
A6	17.69	377	76	86
A7	15.36	584	107	105
A8	16.8	530	103	111
A9	14.97	497	83	92
A10	13.89	406	60	71

>TRINITY_DN135293_c2_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGTCTTCAGTTTATGTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATCGAATTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTT
CCGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCATTTATGTTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGGTTAACTTTCCATTATTGTTGTTCTTTTCTGATTACTGGAACCTGTTATTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGACCTGAAATCCT
ATGGGTTCGACTACTTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATC
GCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGC
GCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCACAGGGTTACCGTGTCGTGAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGA
GATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGGTCAGTCTCTGTATGCAATATCCAATGGCAAGGACTTGATAATTCAACACGCATCAGAGGAAATTTAAAGAAAACTTATCACTACATTTTGATTTTATTTTGTATATGGCACTTTCAGCAATGATTTCAGGA
TAATCTCTTTGTTCATGTTTTTATTTTCTTGTTTTTTTAATACAATCATAGTTGTACTATCTTATCATAGTTGCAGTAATCTTAGGGTTTATCTTATCATAGTTGTGGTAATCTTAGGGTTTATTTTCTAATAAATTTATAATTACAGTAATTTTAGGGTTTATCTTATCAGAGTTGCCTTAGTCTTAAGGGTTATCTTA
TAATAGTTGTAATAAGTTTAGTGATTTGTGGCCTCTTGAATACCTCTCCGTATAATGACATGGTGCATTCCACAAAAAGGGACCTCTTAATAAATATATATTATTTAAATAGATTTATAATTATAAAATTTTTTAAAAGAAAATTATCACTACATCTTTTAGTTGTAATTAATAGTACTATATCTTAGTTTTAATAGATT
TCGGCTTTTAGAATTTTTCTCATGGTGACACATCATAATGGAGAAGAAGAGTAGCCTTCAGAAATTGATTTGCTTTCAGTCCTAGAGAAATGTCTGGAAAACTGCTAAGTAAATCCAGAGACTTTATAGTGAATCCAATAAATATAGTGACCTTATTTGAAAATCCCGGGATTAATACACTTGACCTAACCCCGGTGTAG
GTTCGCTTTCCTTATCCATCGTTTTAATTTTCAATGACATACTCAAATAAAGTTATGTTTCCGCTGGTTTAAATGTCTTAATTGGGATAGTCTATGGAGATTTTATAATATCCTTCAACGAATCTTGGCCTGTCGCCATTAGAATCAGATATTACATTAACGACAGTTAAACAGAAATTTCGAGTTTGTAGACATTGTTA
GTGTGAACAAATTTTAATGACTACGGATTCTTTCAGGTCCAAATCCCCATATCCCACTACCAATCATATCGATCAAAATTAGATTTCAAGATTTGAAGTTAAATAGTGCTAAAATAGGTGGCTTTGAAAGTTCGCATTTTTTCTCCGACAAGATTACACGTAAATGCCCAGCCATTTATGTTTTGGAAGTGGTAAAGGAA
ATGTGATCATAATGATTAAAGAGACCAAGCGATTTAGTATTTACTTTAGGCTTCGGCCGCCTGGGGATCATATGTTTATTTCTTCTTCCCAATTTTGTTTGTCAAACTTTTACAGGTACATACTGTGTGAATTTGATTTCCAGTACAGATGTTTAGTTTCAGTTCTACATTTTAGTTATGTGTCTTAATTTCAATTCTGA
GTTTTAAGTTTTGCATTTTAATTTTGGTTCTATGTTTTGATTCTGCGATTTTGTTATGCATGGTAGTTCAGAATATAATTTAGTTTAGATTTGATAATCAAGACGCATTCCTCGTTCATCACCCATTGCAACTTTCAATTCACCCTAACTCCGTTTCATTCTTTTTAGAACCGTGTAGTCCTTTGATAATGTTGTTGACT
CGACGTTCTATGATGCAACGTTTTCTTCTAAGGTAATAGTTCCAAATTCTTCTAAGGTATAAGATCCAATTCGTAATTGATAATCTTATATGATAATTAATGTTGGCATGTTAACTTTTCATTGATAATTTTTTTATGATTAAAGTTGGCATGATTAAAATGTTTTCATTGATACATGGTTAACATTGATATTTACCTTT
ATTATAAAATTCTGTAATTCATTGGATTTTACATTATCACCTTGAATTATATATATATATATTGAATTATTAAACTAAGTAACCTTTTGGGGAAGCGTTTCACCTTATGGATTAAAGTGTTAGTTTGTAAATACTAAATAGATTTTAGTTCAGACCAAGCGATTTAGTTTGTGATCATTATGATTAATGTGATCATAATG
ATCGAAGTGCGATAAGAACGATAAGCGTAGTTCCGATTGACATCTAGGGTTTTAGTTTAAAGCGAAGGCAATTGACATGCGACCGACACCATATCTCTTCCACGTGCGAATCACGACTCTCTTTATGGGAGGGGAGAGGGAATTTCAAATAGTTGTATCACTTTGTTTCTTTTATATCTATGAGAGACCGACCAACTTCA
ATGAATATGGATTCTTTCAGGTCCAAATCCCCATATCCTACTACCAATCCTCACTACCAATCCTATCTACCAAAATTAGATTTCAAAATTTGAAGTTAAATGGATGATCTACCATATCTCACTTTCTTTCTTTTATATCTATGAGAGACAGACCAACCTTCGACCAACCTTCAACATAATTCTGAAGCTGCATGGCTTCA
CCAAGGATTGACATTATGATTTATTGGACTAACACCCTTCATTCTGCAGACATCCTCCGTCTCTCATTGAGTGTCGCAATGGCAGTTTTTACTTTTGACCAAATTTGCTTGTCTAGCAAGCCTCCAAATTTGCAATTAGAAGTAAGCTGACGCAATTTCTCTTGGTACAGCGTCCAATCTTAACTATTCATCGGTACAGA
TGTTAACAAAGTTTGCGA

>TRINITY_DN135293_c2_g2_i26 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTCTTCAGTTTATGTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATCGAATTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTT
CCGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCATTTATGTTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGGTTAACTTTCCATTATTGTTGTTCTTTTCTGATTACTGGAACCTGTTATTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGACCTGAAATCCT
ATGGGTTCGACTACTTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATC
GCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGgtcctgtttattttttccttagtaagttaaatattattatattcattcttgggctcggctcggctcggctcggctctgttatctacagccgactgacttttctttcttataatgtttgtagGATTCTTGGTAGGTTTTCA
AGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCAC
ATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAGCAGTTCACCGGTTT

Intron 3 GTTATTGTTG ... ATTCCGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.84	44	39	118
A2	72.6	20	18	53
A3	76.19	30	25	96
A4	84.04	15	20	79
A5	70.59	15	19	36
A6	64.73	91	53	167
A7	63.79	109	57	192
A8	66.56	108	72	215
A9	65.49	78	60	148
A10	65.76	63	39	121

>TRINITY_DN135293_c2_g2_i32 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTACAATGCTTCTTTATCATCTTTCTTGATGGATTGCTTGTCCATTAATTAGTGATGGTGGATTTTGGTTCATCTAGCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATTTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTTCCGAGG
GTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTGAGGTGGGCCA
CGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCGAGAAAGGGCATTTCACTTGGATGCTGAGAAGGAGCTTCAAATTCCATCTCTCGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGAGTTGGGTTGTGTGTTATATACTTTGTTTTTCTTTGTTTTAAATCTTTTTTCAGGGT

>TRINITY_DN135293_c2_g2_i23 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTCTTCAGTTTATGTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAATGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTCTGGTGTTGATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATTTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTTCCGA
GGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAgttattgttgttcttttctgattactggaacctgttattagcattaatggccgtttctttaatattatccgaccagaaatcctatgggttcgactacgttataacatcgtcgttgataaaacctcaagaatcaactaaggattattcatttct
aacactattttttagcctcaaacgtcgcgggttcaattccgccagGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTGAGGTGGGCCA
CGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCGAGAAAGGGCATTTCACTTGGATGCTGAGAAGGAGCTTCAAATTCCATCTCTCGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGCAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGATTTCCTCGATGTGCTGCTCTACATGGCTGAGACTGACACGAA
TATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCAGAGGGTTAGCGTGTTTTGCATTATTGAATGCAATGTGCTGGGTTCGA

Intron 4 GTGAGTATAC ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.77	29.3	35	82.7
A2	69.31	12	15	25.9
A3	66.18	22.3	21	41.7
A4	84.62	6.9	15	34
A5	63.85	10	7	16.9
A6	67.63	47.2	9	88.7
A7	68.56	56.2	26	102.6
A8	67.11	56.2	31	101.6
A9	69.73	44.6	33	85.7
A10	58.67	49.7	23	67.4

>TRINITY_DN49131_c2_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

GCGGTGTTTGGTGTGCTTTTTAATGCTTTGGAGGGTTCATTGTTGTGCGTGATGTATGTTATGTTTGTCTGTGTTGTGAGTCTGTGCTGTATGTTATATTATGTCTATGCTGTATGTTATGTTCATTGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTAATGTATTCTTACCTTCGATATTTCGGCATGGCATATCGAAGCTGAGGAA
TGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAGGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCGTGCCATTCATACGATCAACAAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCA
ACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAGGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCATTGCCGAGTAAAACCCTAATTCTTGTTGCTGCCATTTATTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTTCCGTTATTGTTATTCTTTTCTGATTATTGGAACCTGTTA
TTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCAAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTCCTCCGATTTGACTTATAAAGATTTCCCATGTAGGCCA
GCAACTTTTCGTCTCTGATCTTGAAATCTTTCCATCTCTGACCATGAATTGCTTCATAACCATCAATTGCTAGAGCTGGTTATCTTTCTCACAGATATAGAACCTTAATATTTCTGACAGAGGAGAATATGATCAATTAGCAGGTTTGTGTGTTCGTGGTATAACCTCCGCGCCACCGGAGTATACTGGTTATCTTTATC
TCCGAAGGTGACATTGCTGCCAGGATGACTTGACGATAGTGGAGATGAATCCCTCCTGAGGGATAGACAGGAATCCCTACGGTGAAATGTAATCAATTCACTACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTGAGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCC
AGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGGTGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTGTAATGCAA
TGGGATCACAGGGTTACCGTGTCGTGAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAG
CAGTTCACTGGTTTTCCTACAGAAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAATCTTTGGGACTTTTGGTTCCGACATGACCAAATTCAAAGTCCCCTCCTTGTAATCTACAACAGATACCAATTTGGTTTGGTCCTTTTTGTCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATA
CAGTAGGCTGTGACTAAGAGGCCCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGCGGATGTAACATACTCAATGGTAATAGCAAGCTTTCTTGATGTTGTCTTAGGCTTGGTTGAGGCTGTCTCAAGCTCAATCAATGTTTTTTTGGTGGTCTTCAATTTCTAAACCTATGTTCTTACTTCTTCC
TCAATCCTATACTTCTTGTTTGATTGCTCTATTAGATTTTAAATTATTATCTTGATTACAAGTCCTCAATTCTCTGAAGGACTTGAGCGAAGTATAATTTCTTGCTAAATATCGTATTTTTATTATAACATTATTAGTATCATGTTTTTGCCTAGACATGTTTACGTGCAACTATAAAGGAGGAGCAAAGTGTAGAATGG
GCATGTGATAATAGCTACGACACGTTTAGCATGTGATCTCTCTTTGCCAGCTAAGACAAGTTGTCAAAATGACACCTAGGTAGGTCCATGTCCACGCTAAGGGAAACAGATTGGTTGTTCTACTAGTGGATTTGCGGTGGAAATTATTTTCGCTATGAAACCCGTTAATAATGAATTTACTTTCAGCTTAGCATCTTTGA
ACTGACTGCCCATGTGCCTTACACCGCCTCCACTTTTGGCCCAGAAACAAAAGCATATATTGGTATTTATGAGGCGAGAGTGCTTCCTATGTGTTGAACTCACACACTAATCGATTTTGTGAATTACATCATTGAACCATCCAGTCAACTTGGCTATGGAAATGATTACCAAACCATCTACAGTCTTATAAACTTGTTAG
TTACCATTGTGACTTAATATAGAAAAATATTTGTTAATTTTTATAGGTTTTTTTTTTTTTAATTTTTAC

>TRINITY_DN49131_c2_g1_i19 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCGGTGTTTGGTGTGCTTTTTAATGCTTTGGAGGGTTCATTGTTGTGCGTGATGTATGTTATGTTTGTCTGTGTTGTGAGTCTGTGCTGTATGTTATGTTTGTCTGTGTTGTGAGTCTGTGCTGTATGTTATGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTCATTGTTGTGTTTTGTGAGTCAATGTTAATGTATTCTTACCTTCG
ATATTTCGGCATGGCATATATTGTATGAGTTGAATAGAAGCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCTTTTTTTAACAGCTTGTCTCTGTTTTTCTCCTGTAATTTCTTTTTTTTTACC
TAAAGTATATGGAATTTACATTGAGTTTGTATGTTTGATTCCTATGTGTTTTTTTCAAAGTCTCCTTTCTTTTTCCTCTTAATTTTGTGTTACAACCACTGCTTTTTCCCTCTAATTGTGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTTTATGATTTCGTCTCTAATTAATTTTTTGTTGCAGTTGGAGGGTTTGCAATGC
CTCCTTATCATCTTTCCTGCTGGAATGCTTGTCCATTAATCATTGATTGTGAATTTTGGTTCATCCAGAGGTAATTTTATTTCATTGGCTTGAATTCGTGAACTCGTTTTTCAACAAAACCCTTTATCTCTCAACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAA
CTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAGGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCATTGCCGAGTAAAACCCTAATTCTTGTTGCTGCCATTTATTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTTCCGTTATTGTTATTCTTTTCTGATTATTGGAACCTGTTAT
TAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGACCTGAAATCCTATGGGTTCGACTACTTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCAAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGTCCTCCGATTTGACTTATAAAGATTTCCCATGTAGGCCAG
CAACTTTTCGTCTCTGATCTTGAAATCTTTCCATCTCTGACCATGAATTGCTTCATAACCATCAATTGCTAGAGCTGGTTATCTTTCTCACAGATATAGAACCTTAATATTTCTGACAGAGGAGAATATGATCAATTAGCAGGTTTGTGTGTTCGTGGTATAACCTCCGCGCCACCGGAGTATACTGGTTATCTTTATCT
CCGAAGGTGACATTGCTgtgagtatactcgtgtttgtgtgggttgtgtgtatactttgtttttctgtgtatatactctgtcttggtaggtctggtagatccgctctttgtttgcagGCCAGGATGACTTGACGATAGTGGAGATGAATCCCTCCTGAGGGATAGACAGGAATCCCTACGGTGAAATGTAATCAATTCACT
ACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTGAGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAG
GAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGGTGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTGTAATGCAATGGGATCACAGGGTTACCGTGTCGTGAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGG
AGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAGCAGTTCACTGGTTTTCCTACAGAAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAATCTTTGGGACTTTTGGTTCCGACATGACCAAA
TTCAAAGTCCCCTCCTTGTAATCTACAACAGATACCAATTTGGTTTGGTCCTTTTTGTCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATACAGTAGGCTGTGACTAAGAGGCCCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGCGGATGTAACATACTCAATGGTAATAGCAAGCT
TTCTTGATGTTGTCTTAGGCTTGGTTGAGGCTGTCTCAAGCTCAATCAATGTTTTTTTGGTGGTCTTCAATTTCTAAACCTATGTTCTTACTTCTTCCTCAATCCTATACTTCTTGTTTGATTGCTCTATTAGATTTTAAATTATTATCTTGATTACAAGTCCTCAATTCTCTGAAGGACTTGAGCGAAGTATAATTTCT
TGCTAAATATCGTATTTTTATTATAACATTATTAGTATCATGTTTTTGCCTAGACATGTTTACGTGCAACTATAAAGGAGGAGCAAAGTGTAGAATGGGCATGTGATAATAGCTACGACACGTTTAGCATGTGATCTCTCTTTGCCAGCTAAGACAAGTTGTCAAAATGACACCTAGGTAGGTCCATGTCCACGCTAAGG
GAAACAGATTGGTTGTTCTACTAGTGGATTTGCGGTGGAAATTATTTTCGCTATGAAACCCGTTAATAATGAATTTACTTTCAGCTTAGCATCTTTGAACTGACTGCCCATGTGCCTTACACCGCCTCCACTTTTGGCCCAGAAACAAAAGCATATATTGGTATTTATGAGGCGAGAGTGCTTCCTATGTGTTGAACTCA
CACACTAATCGATTTTGTGAATTACATCATTGAACCATCCAGTCAACTTGGCTATGGAAATGATTACCAAACCATCTACAGTCTTATAAACTTGTTAGTTACCATTGTGACTTAATATAGAAAAATATTTGTTAATTTTTATAGGTTTTTTTTTTTTTAATTTTTAC

Intron 5 GCGAGACTGG ... TTGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.34	20.1	124.4	21.7
A2	88.69	13.2	100.5	34.2
A3	85.42	21.9	123.7	39.1
A4	88.76	11.2	87	30.5
A5	87.24	5.7	39	9.6
A6	87.24	55.5	362.8	61.9
A7	83.49	115	565.2	62.7
A8	80.71	134.1	540.9	80.7
A9	83.06	90	427.7	81.5
A10	83.81	69.8	356.7	34

>TRINITY_DN115080_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TATATACTTTGTTTTTCTTTGTTTTAAATCTTTTTTCAGGGTGGTGGAGGCCAAGAAGGATCGAACCTGCGACGTGAGTTCGAAGACCCTGATTTCTCACCGTATTTGACAAATCACCTTGTGACAGGGGGCCATTAAATTCCACCTCTCGTTCTGAGTATACATCCATGCTAATGTTAATTGTCTCATGCAGGTGGCCT
CGAATGGCTTGAAGGAGGCAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGATTTCCTCGATGTGCTGCTCTACATGGCTGAGACTGACACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCAGAGGGTTAGCGTGTTTTGCATTATTGAATGCAATGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAACAAATTGTTTGCATTATTGA
ATGCAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGAGGGCTATATGCGGTGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACCACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTCACTCTCTCTATGCTACATCCAATAGCAAGGATTTGATAATTTAACACCCATCACAGGAAATTCAAACAAAACTTATCACTG
AATTTTAATTTTATTTTGGATATGGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAA

>TRINITY_DN115080_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTCGATGTGCTGCTCCACATGGgcgagactggcacgaatattccatttaaaatcttttaatgcaatgggatcacagggttaccgtgtcgtga
ggttacttcatatttattgaaaacccttgttattggctgtccaagttgctgtatgtccagcataaaattatataagaaattgtttgcattattgtatgcagTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCA
ACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAGCAGTTCACTGGTTTTCCTACAGAAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAATCTTTGGGACTTTTGGTTCCGACATGACCAAATTCAAAGTCCCCTCCTTGTAAT
CTACAACAGATACCAATTTGGTTTGGTCCTTTTTGTCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATACAGTAGGCTGTGACTAAGAGGCCCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGCGGATGTAACATACTCAATGGTAATAGCAAGCTTTCTTGATGTTGTCTTAGGCTT
GGTTGAGGCTGTCTCAAGCTCAATCAATGTTTTTTTGGTGGTCTTCAATTTCTAAACCTATGTTCTTACTTCTTCCTCAATCCTATACTTCTTGTTTGATTGCTCTATTAGATTTTAAATTATTATCTTGATTACAAGTCCTCAATTCTCTGAAGGACTTGAGCGAAGTATAATTTCTTGCTAAATATCGTATTTTTATT
ATAACAGTATTAGTATCATGTTTTTGCCTAGACATGTTTACGTGCAACACTAAAGGAGTAGGAAAGTGTAGAATGGGCATGTGATAATAGCTACGACACGTTTAGCATGTGATCTCTCTTTGCCAGCTAAGACAAGTTGTCAAAATGACACCTAGGTAGGTCCATGTCCACGCTAAGGGAAACAGATTGGTTGTTCTACT
AGTGGATTTGCGGTGGAAATTATTTTCGCTATGAAACCCGTTAATAATGAATTTACTTTCAGCTTAGCATCTTTGAACTGACTGCCCATGTGCCTTACACCGCCTCCACTTTTGGCCCAGAAACAAAAGCATATATTGGTATTTATGAGGCGAGAGTGCTTCCTATGTGTTGAACTCACACACTAATCGATTTTGTGAAT
TACATCATTGAACCATCCAGTCAACTTGGCTATGGAAATGATTACCAAACCATCTACAGTCTTATAAACTTGTTAGTTACCATTGTGACTTAATATAGAAAAATATTTGTTAATTTTTATAGGTTTTTTTTTTTTTAATTTTTACAGGTTTTTTTTAACTAATATGAAATACTAATATTAATCATGTTAACTAATCTTAT
AGAGAAATACAAGTTGTTTCATTTTGTACAATTGAATGTGTGAGTTTTTTCATTTTGTATAATGAATTTAATCATACTTTCGATGAATTAGCAGAGATCTTAATCCAAGGTAAATTGCTTTATGTAAAAATATTGACCAAGCCTTCCTAGTGCTCATGGAAATATGTAGTACTTTCCTAAGAACACACATGTCTTGGAAA
GTTATACCTCATCTCAATTTACCTAGTATTTATGGATTTGAAATTATTTTATGATCTTAAAGAGTAGACTTTCTTGGATTTGTAATTATTTTATAATATTAAAGCATATATTTCTTTGAAATGCAAATTTTATGA

Intron 6 GCGAGACTGG ... GTGTCGTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.28	23.9	150.8	120.4
A2	85.94	19.9	123.3	115.1
A3	81.71	29.8	139.5	117.7
A4	84.36	19.5	109.6	86.7
A5	85.77	7	47.1	36.3
A6	86.69	77.1	502.4	459.6
A7	82.08	156.8	748.7	637.8
A8	81.81	175.5	783.1	744.7
A9	82.27	125.3	563.6	550.5
A10	85.07	94.3	558.9	486.5

>TRINITY_DN135293_c2_g2_i26 from sample A1 / Example spliced isoform

TGTCTTCAGTTTATGTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATCGAATTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTT
CCGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCATTTATGTTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGGTTAACTTTCCATTATTGTTGTTCTTTTCTGATTACTGGAACCTGTTATTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGACCTGAAATCCT
ATGGGTTCGACTACTTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATC
GCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGTCCTGTTTATTTTTTCCTTAGTAAGTTAAATATTATTATATTCATTCTTGGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCTGTTATCTACAGCCGACTGACTTTTCTTTCTTATAATGTTTGTAGGATTCTTGGTAGGTTTTCA
AGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCAC
ATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAGCAGTTCACCGGTTT

>TRINITY_DN135293_c2_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTCTTCAGTTTATGTGTTGATTGCTGTGAATTTGATATAAAGCTTTTTAATGTGAAAATATTTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCGCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGGCCATCGAATTATGCTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGCTTAACTTT
CCGAGGGTAGCGGCCCAGCGGGTTCAATTTGCAATGGAATGGCATCTCGGAGTTAAACCCTAATTCTTCTTGCGACCATTTATGTTTTAAATCTGTCAAAAGAGTGGTTAACTTTCCATTATTGTTGTTCTTTTCTGATTACTGGAACCTGTTATTAGCATTAATGGCCCTTTCTTTAATATTATCCGACCTGAAATCCT
ATGGGTTCGACTACTTCCTGAAATCCTGTGGGTTCAACTACGTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATC
GCTACGGTGAAATGTAATCAATTCAATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGC
GCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGgcgagactggcacgaatattccatttaaaatcttttaatgcaatgggatcacagggttaccgtgtcgtgagTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGA
GATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAGCAGTTCACCGGTTT

Intron 7 GTGAGTTGGG ... TCTCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.35	130	75	62
A2	45.93	63	63.5	44.3
A3	36.35	114	80	52
A4	34.39	108	75.5	39
A5	38.11	36	23.5	21
A6	23.49	293	87.8	94
A7	24.89	446	139.5	159
A8	26.1	484	169.5	176
A9	25.91	434	161.5	146
A10	23.16	329	103.5	97

>TRINITY_DN44812_c1_g2_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

CCTATGGGTTCGACTACTTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTC
AATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTT
GAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTCGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCACAGGGTTACCGTGTCGTGAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGAGGGCTATATGCGGTGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACC
ACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAAATACTAAGGAGGGATTCAG
ATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAACATCTCTCCATAGCAGTTCACTGGTTTTCCTACAGAAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAATCTTTGGGACTTTTGGTTCCGACATGACCAAATTCAAAGTCC
CCTCCTTGTAATCTACAACAGATACCAATTTGGTTTGGTCCTTTTTGTCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATACAGTAGGCTGTGACTAAGAGGCCCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGCGGATGTAACATACTCAATGGTAATAGCAAGCTTTCTTGATGT
TGTCTTAGGCTTGGTTGAGGCTGTCTCAAGCTCAATCAATGTTTTTTTGGTGGTCTTCAATTTCTAAACCTATGTTCTTACTTCTTCCTCAATCCTATACTTCTTGTTTGATTGCTCTATTAGATTTTAAATTATTATCTTGATTACAAGTCCTCAATTCTCTGAAGGACTTGAGCGAAGTATAATTTCTTGCTAAATAT
CGTATTTTTATTATAACAGTATTAGTATCATGTTTTTGCCTAGACATGTTTACGTGCAACACTAAAGGAGTAGGAAAGTGTAGAATGGGCATGTGATAATAGCTACGACACGTTTAGCATGTGATCTCTCTTTGCCAGCTAAGACAAGTTGTCAAAATGACACCTAGGTAGGTCCATGTCCACGCTAAGGGAAACAGATT
GGTTGTTCTACTAGTGGATTTGCGGTGGAAATTATTTTCGCTATGAAACCCGTTAATAATGAATTTACTTTCAGCTTAGCATCTTTGAACTGACTGCCCATGTGCCTTACACCGCCTCCACTTTTGGCCCAGAAACAAAAGCATATATTGGTATTTATGAGGCGAGAGTGCTTCCTATGTGTTGAACTCACACACTAATC
GATTTTGTGAATTACATCATTGAACCATCCAGTCAACTTGGCTATGGAAATGATTACCAAACCATCTACAGTCTTATAAACTTGTTAGTTACCATTGTGACTTAATATAGAAAAATATTTGTTAATTTTTATAGGTTTTTTTTTTTTAATTTTTACAGGTTTTTTTTAACTAATATGAAATACTAATATTAATCATGTTA
ACTAATCTTATAGAGAAATACAAGTTGTTTCATTTTGTACAATTGAATGTGTGAGTTTTTTCATTTTGTATAATGAATTTAATCATACTTTCGATGAATTAGCAGAGATCTTAATCCAAGGTAAATTGCTTTATGTAAAAATATTGACCAAGCCTTCCTAGTGCTCATGGAAATATGTAGTACTTTCCTAAGAACACACA
CATGTCTTGGAAAGTTATACCTCATCTCAATTTACCTAGTATTTATGGATTTGAAATTATTTTATGATCTTAAAGAGTAGACTTTCTTGGATTTGTAATTATTTTATAATATTAAAGCATAT

>TRINITY_DN44812_c1_g2_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTATGGGTTCGACTACTTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTC
AATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTgtgagttgggttgtgtg
ttatatactttgtttttctttgttttaaatcttttttcagggtggtggaggccaagaaggatcgaacctgcgacgtgagttccaagaccctgatttctcaccgtatttgacaaatcaccttgtgacagggggccattaaattccacctctcgttctgagtatacatgcatgcatgacgatccgtaatactgagaaaataa
tgctaatgttaatcgtctcatgcagGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTCGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCACAGGGTTACCGTGTCGTGAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGA
GGGCTATATGCGGTGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACCACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGC
GGGAGATGGGAAAGATTTTGAAAATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAACATCTCTCCATAGCAGTTCACTGGTTTTCCTACAGAAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAA
TCTTTGGGACTTTTGGTTCCGACATGACCAAATTCAAAGTCCCCTCCTTGTAATCTACAACAGATACCAATTTGGTTTGGTCCTTTTTGTCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATACAGTAGGCTGTGACTAAGAGGCCCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGC
GGATGTAACATACTCAATGGTAATAGCAAGCTTTCTTGATGTTGTCTTAGGCTTGGTTGAGGCTGTCTCAAGCTCAATCAATGTTTTTTTGGTGGTCTTCAATTTCTAAACCTATGTTCTTACTTCTTCCTCAATCCTATACTTCTTGTTTGATTGCTCTATTAGATTTTAAATTATTATCTTGATTACAAGTCCTCAAT
TCTCTGAAGGACTTGAGCGAAGTATAATTTCTTGCTAAATATCGTATTTTTATTATAACAGTATTAGTATCATGTTTTTGCCTAGACATGTTTACGTGCAACACTAAAGGAGTAGGAAAGTGTAGAATGGGCATGTGATAATAGCTACGACACGTTTAGCATGTGATCTCTCTTTGCCAGCTAAGACAAGTTGTCAAAAT
GACACCTAGGTAGGTCCATGTCCACGCTAAGGGAAACAGATTGGTTGTTCTACTAGTGGATTTGCGGTGGAAATTATTTTCGCTATGAAACCCGTTAATAATGAATTTACTTTCAGCTTAGCATCTTTGAACTGACTGCCCATGTGCCTTACACCGCCTCCACTTTTGGCCCAGAAACAAAAGCATATATTGGTATTTAT
GAGGCGAGAGTGCTTCCTATGTGTTGAACTCACACACTAATCGATTTTGTGAATTACATCATTGAACCATCCAGTCAACTTGGCTATGGAAATGATTACCAAACCATCTACAGTCTTATAAACTTGTTAGTTACCATTGTGACTTAATATAGAAAAATATTTGTTAATTTTTATAGGTTTTTTTTTTTTAATTTTTACAG
GTTTTTTTTAACTAATATGAAATACTAATATTAATCATGTTAACTAATCTTATAGAGAAATACAAGTTGTTTCATTTTGTACAATTGAATGTGTGAGTTTTTTCATTTTGTATAATGAATTTAATCATACTTTCGATGAATTAGCAGAGATCTTAATCCAAGGTAAATTGCTTTATGTAAAAATATTGACCAAGCCTTCC
TAGTGCTCATGGAAATATGTAGTACTTTCCTAAGAACACACACATGTCTTGGAAAGTTATACCTCATCTCAATTTACCTAGTATTTATGGATTTGAAATTATTTTATGATCTTAAAGAGTAGACTTTCTTGGATTTGTAATTATTTTATAATATTAAAGCATAT

Intron 8 GTTACTTCAT ... TTGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.88	120.6	83.4	21.4
A2	44.38	112.6	89.8	33.4
A3	45.43	115.4	96	36.5
A4	41.67	83.6	59.6	29.9
A5	38.69	34	21.4	8.9
A6	31.29	450.2	204.6	57.4
A7	32.58	629.4	303.8	54.9
A8	28.63	735	294.2	70.2
A9	31.63	543.2	250.8	73.4
A10	26.57	481.8	174.4	26.4

>TRINITY_DN107741_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

GCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCACAGGGTTACCGTGT

CGTGAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGGCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAGCATCTCTCCATAGCAGTTCACTGGTTTTCCTACAG
AAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAATCTTTGGGACTTTTGGTTCCGACATGACCAAATTCAAAGTCCCCTCCTTGTAATCTACAACAGATACCAATTTGGTTTGGTCCTTTTTGTCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATACAGTAGGCTGTGACTAAGAGGC
CCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGCGGATGTAACATACTCAATGGTAATAGCAAGCTTTCTTGATGTTGTCTTAGGCTTGGTTGAGGCTGTCTCAAGCTCAATCAATGTTTTTTTGGTGGTCTTCAATTTCTAAACCTATGTTCTTACTTCTTCCTCAATCCTATACTTCTTGTTTG
ATTGCTCTATTAGATTTTAAATTATTATCTTGATTACAAGTCCTCAATTCTCTGAAGGACTTGAGCGAAGTATAATTTCTTGCTAAATATCGTATTTTTATTATAACAGTATTAGTATCATGTTTTTGCCTAGACATGTTTACGTGCAACACTAAAGGAGTAGGAAAGTGTAGAATGGGCATGTGATAATAGCTACGACA
CGTTTAGCATGTGATCTCTCTTTGCCAGCTAAGACAAGTTGTCAAAATGACACCTAGGTAGGTCCATGTCCACGCTAAGGGAAACAGATTGGTTGTTCTACTAGTGGATTTGCGGTGGAAATTATTTTCGCTATGAAACCCGTTAATAATGAATTTACTTTCAGCTTAGCATCTTTGAACTGACTGCCCATGTGCCTTAC
ACCGCCTCCACTTTTGGCCCAGAAACAAAAGCATATATTGGTATTTATGAGGCGAGAGTGCTTCCTATGTGTTGAACTCACACACTAATCGATTTTGTGAATTACATCATTGAACCATCCAGTCAACTTGGCTATGGAAATGATTACCAAACCATCTACAGTCTTATAAACTTGTTAGTTACCATTGTGACTTAATATAG
AAAAATATTTGTTAATTTTTATAGGTTTTTTTTTTTAATTTTTACAGGTTTTTTTTAACTAATATGAAATACTAATATTAATCATGTTAACTAATCTTATAGAGAAATACG

>TRINITY_DN107741_c1_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTATATACTTTGTTTTTCTTTGTTTTAAATCTTTTTTCAGGGTGGTGGAGGCCAAGAAGGATCGAACCTGCGACGTGAGTTCCAAGACCCTGATTTCTCACCGTATTTGACAAATCACCTTGTGACAGGGGGCCATTAAATTCCACCTCTCGTTCTGAGTATACATGCATGCATGACGATCCGTAATACTGAGAAAATA
ATGCTAATGTTAATCGTCTCATGCAGGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCACAGGGTTACCGTGTCGTGAGgttacttcatatttattgaaaaccctt
gttattggctgtccaagttgctgtatgtccagcataaaattatataagaaattgtttgcattattgtatgcagTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAG

Intron 9 GTGAGTTGGG ... TCTCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.23	98.3	86	8
A2	64.19	45.7	71	15
A3	56.68	84	94	7
A4	53.71	83.3	87	13
A5	55.04	26	26	1
A6	37.3	222	109	8
A7	40.68	327.3	174	46
A8	40.86	364.3	208	27
A9	42.78	324.3	199	28
A10	40.01	243.3	128	34

>TRINITY_DN44812_c1_g2_i11 from sample A6 / Example spliced isoform

CGAGAAAGGGCATTTCACTTGGATGCTGAGAAGGAGCTTCAAATTCCATCTCTCGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGCAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGATTTCCTCGATGTGCTGCTCTACATGGCTGAGACTGAAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGT
CGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCAGAGGGTTAGCGTGTTTTGCATTATTGAATGCAATGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAACAAATTGTTTGCATTATTGAATGCAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGAGGGCTATATGCGGTG
GGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACCACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGGAGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGA
TTTTGAAAATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGCCAGGAATTATCAGAGTCTGCATCGTGCATCCGTTTGACATTTGGAGAAGACTGAAGAACATCTCTCCATAGCAGTTCACTGGTTTTCCTACAGAAATCCACCTTGTCAATTGGGTGGCTTTATAATCCTTCGAGGTTTGAATCTTTGGGACTTTTG
GTTCCGACATGAGCAAATTCAAAGTCCCCTCGTAATCTACAACAGATAACAATTTGGTTTGTTCCTTTTTGTCCCCATATTTTGACGCTTAATATCCATATACTGAGTGAATACAGTAGGCTGTGACTAAGAGGCCCCATTTGGTGTAGAAGCTTGTTGTGTTGCTGGTGTAGGCAACATTGC

>TRINITY_DN44812_c1_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTATGGGTTCGACTACTTTATAACATCGTCGTTGATAAAACCTCAAGAATCAACTAAGGATTATTCATTTCTAACACTATTTTTTAGCCTCTTAACGTCGCGGGTTCAATTCCGCCAGGCCAGGATGACTTGACGGTAGTGGAGATGAATCCCTCCGGAGGGATAGACAGGAATCGCTACGGTGAAATGTAATCAATTC
AATACGTTGGATTCTGCTGGCCTATGTGATCATAAGGATTCTTGGTAGGTTTTCAAGGCCCTTAAGGGTGGGCCACGAGCTGATGGCGGTGAACAGAAAGCCAGAAAGGGCATTTAACTTGGATGCTGAGAAGAAGCTTCAAATTCCATCTTTGGACCGTATATTTCTATGCACGCGCTATTTgtgagttgggttgtgtg
ttatatactttgtttttctttgttttaaatcttttttcagggtggtggaggccaagaaggatcgaacctgcgacgtgagttccaagaccctgatttctcaccgtatttgacaaatcaccttgtgacagggggccattaaattccacctctcgttctgagtatacatccatgctaatgttaattgtctcatgcagGTGGCC

TCGAATGGCTTGAAGGAGGCAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGATTTCCTCGATGTGCTGCTCTACATGGCTGAGACTGAAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTCGATGTGCTGCTCCACATGGGCGAGACTGGCACGAATATTCCATTTAAAATCTTTTAATGCAATGGGATCAGAGGGTTAGCGTGTTTTG
CATTATTGAATGCAATGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAACAAATTGTTTGCATTATTGAATGCAGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTGGAGGGCTATATGCGGTGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAGATACCACCAGCAATTCAAAGAGCTGCAACAGGAAGGAATTATCAGGTGGCCTCGAATGGCTTGAAGG
AGGAAGAGGCAGAGCCTGATATTCAAGGTTTCGTGGATGTGCTGCTCCACATGGTGTGCTGGGTTCGATTCTGATTGTTAGAGGGCTATATGCGGCGGGAGATGGGAAAGATTTTGAAAATACTAAGGAGGGATTCAGATAAGAGCTGCAACAGCCAGGAATTATCAGGTCAGTCTCTGTATGCAATATCCAATGGCAAG
GACTTGATAATTCAACACGCATCAGAGGAAATTTAAAGAAAACTTATCACTACATTTTGATTTTATTTTGTATATGGCACTTTCAGCAATGATTTCAGGATAATCTCTTTGTTCATGTTTTTATTTTCTTGTTTTTTTAATACAATCATAGTTGTACTATCTTATCATAGTTGCAGTAATCT

Intron 10 GTATGTTATG ... TGAATAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.69	65	141	255
A2	83.43	55	178	277
A3	79.28	63	145	241
A4	75	88	135	264
A5	76.47	44	78	143
A6	60.27	654	239	992
A7	69.09	625	322	1397
A8	64.14	663	241	1186
A9	55.74	767	254	966
A10	66.31	684	457	1346

>TRINITY_DN49131_c2_g1_i15 from sample A7 / Example spliced isoform

GCGGTGTTTGGTGTGCTTTTTAATGCTTTGGAGGGTTCATTGTTGTGCGTGATCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAGGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCGTGCCATTCATACGATCAACAAAAACCCTTTATCTCTCA
ACAAAAGCCTCAATTAGTGCCATTCATACGATAAATCATGCCGAAAATCAGTTCATAATGATTCCAACTTCTTGTTTTCCGTTTATCTGTTGATTGCTGTCAATTTGATATCAAGCTTTTTAATGTGAAAATATGTGTTTGGTGTTTATGGCCGAAAGGGTAGCGGGTTCAATTTTCAATAGGATGGCATCGCCGAGTAA
AATCTGTCAAAAGAGTCAG

>TRINITY_DN49131_c2_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCGGTGTTTGGTGTGCTTTTTAATGCTTTGGAGGGTTCATTGTTGTGCGTGATgtatgttatgtttgtctgtgttgtgagtctgtgctgtatgttatgtttgtctgtgttgtgagtctgtgctgtatgttatgttgtgttttgtgagtcaatgttcattgttgtgttttgtgagtcaatgttaatgtattcttaccttcg
atatttcggcatggcatatattgtatgagttgaatagaagCTGAGGAATGGCTTTCACATCGACCGCTCATATAAGGTGAGGCAATGAAGATTTGATGTAAATGGCGTACAAGGGAATTGAGCGGTCTTTGCACAGATAAGCATTTTCTTTTTTTAACAGCTTGTCTCTGTTTTTCTCCTGTAATTTCTTTTTTTTTTAC
CTAAAGTATATGGAATTTACATTGAGTTTGTATGTTTGATTCCTATGTGTTTTTTTCAAAGTCTCCTTTCTTTTTCCTCTTAATTTTGTGTTACAACCACTGCTTTTTCCCTCTAATTGTGATTTAAGGATCCTCTTTTTCTGCCATTTTATGATTTCGTCTCTAATTAATTTTTTGTTGCAGTTGGAGGGTTTGCAATG
CCTCCTTATCATCTTTCCTGCTGGAATGCTTGTCCATTAATCATTGATTGTGAATTTTGGTTCATCCAGAGGTGTTTAAACATTTGTAGGAAGGAGCATCATTGATTTTAACATCGTGGATGTTGCTGGAAATAGCTTATATATGAGAACATTGTTCCAGTTTTGG