sp|Q9M2Z2|WDR5A_ARATH ----> COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5A
Intron 1 GTATGTAAAC ... CCTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.19 | 94.1 | 7.9 | 30 |
| A2 | 24.32 | 112.1 | 5 | 36 |
| A3 | 21.34 | 84.9 | 6.9 | 23 |
| A4 | 23.39 | 91.8 | 4.2 | 28 |
| A5 | 31.46 | 30.5 | 2.6 | 14 |
| A6 | 22.9 | 259.8 | 15.5 | 77 |
| A7 | 22.24 | 315.5 | 19.4 | 90 |
| A8 | 23 | 284.8 | 12.5 | 85 |
| A9 | 23.44 | 277.8 | 10.3 | 85 |
| A10 | 22.28 | 296.9 | 15.7 | 85 |
>TRINITY_DN104510_c0_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGGTCACTTGACGGTGGAAGCGTAACCAAGCCAAGGTTCTCAGACCGGGGTTTTCATTCGTGTATAAGAGAAGGCGGTTGGTGTCGGTGCTCTGGACTCTGAAGGGAATTCTCAGGGTCTCTTGCGATACATGTAGTGTATATATTCCTTTCCCAGGAGGTTGTTGAATATTGTGCACAGTGAGAGGGTCTGGACATTCAG
TACACCCAGAGAAGCATATTCTCAACAGAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGATAACT
AGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTATGG
ATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTT
TAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCAT
TTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGG
CCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCG
ATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATT
CCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTA
TGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCT
CAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGGTTTCCTTATTGTATAGGTATTTAACCTGTCCAGAAAAATATCTAATGAAATATTGCA
GTGCCGAAC
>TRINITY_DN104510_c0_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGTCACTTGACGGTGGAAGCGTAACCAAGCCAAGGTTCTCAGACCGGGGTTTTCATTCGTGTATAAGAGAAGGCGGTTGGTGTCGGTGCTCTGGACTCTGAAGGGAATTCTCAGGGTCTCTTGCGATACATGTAGTGTATATATTCCTTTCCCAGGAGGTTGTTGAATATTGTGCACAGTGAGAGGGTCTGGACATTCAG
TACACCCAGAGAAGCATATTCTCAACAGAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGATAACT
AGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTATGG
ATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTT
TAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCAT
TTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGgtatgtaaacctttttttta
gaaccactggggtgcgaggtgttttgctctgtattttcagtaatgagcacacactcggtaagtttaaaatttgactctatcgataaggtcctgtttgtatgtattatgtaatgtatctgttctgaatctgattatatggcgcctttttcagACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCAT
GGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCAT
AACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTT
GATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTC
TCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCG
ATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGGTTTCCTTATTGTATAGGTATTTAACCTGTCCAGAAAAATATCTAATGAAATATTGCAGTGCCGAAC
Intron 2 GTAAGTACCA ... TAATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.28 | 83 | 7 | 12.3 |
| A2 | 10.25 | 90 | 6 | 10.7 |
| A3 | 4.45 | 98 | 2 | 4.7 |
| A4 | 13.54 | 90 | 8 | 14.7 |
| A5 | 3.03 | 32 | 5 | 1 |
| A6 | 8.39 | 187 | 12 | 17.7 |
| A7 | 5.38 | 272 | 13 | 15.7 |
| A8 | 7.67 | 199 | 7 | 17 |
| A9 | 11.77 | 250 | 5 | 35 |
| A10 | 11.26 | 194 | 2 | 26 |
>TRINITY_DN96458_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformTGTCAGACTTCGCATCAGAGTGCCTTCTCAGCGACTGATGGTGAAAGGGGCTCCCCTTCTCCTTCCTATGCCCATCCAGGATGCTGATATTGAGTCAGGGCCTCACTGTTGTGATATCTAGCCCTTGCTCCTTTTCTTTGTTTATTCTGACATTTCTTGATCATCTGTCTTTCATGTGTTTCTCATGTATATTATAATTC
AGCTTGAGTTAGGTACTCTTGCAGGTGCTTGTTGCTGATTGTACTTTCTTCCTCTGTCCCATTGACCTACCATTTTGATTATTCGTTGGATATTAATATAATTATCTTGGCTTATTTTATTATTGTCCAAATTCTAAGGTTAGTGTTTGTGTATGTATGGCCATTTATGGACTAATTATAATATAACGTGGAATGCTGCA
GCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGG
ATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAA
AGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAAT
ATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGG
AAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGC
CAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGT
GTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATG
ATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGGT
>TRINITY_DN96458_c0_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:CACAGCTCTAGGTACATTTTTGTCTAGCTGTTCAAGTATGGAACAGCAATTGGTTTTGTATTTAGATTAATAAATTTAAGTAATTGATTTTCAATTTTTCCATTTCAATTTCAAAAAACACACAAAATCCAATGATGGAAAGTTCCTTTTGTTGACTTATTTCCATAGGCGCTATGCTGTGGTCTGACTATAATTGGATT
TGTGCTATACAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATgtaagtaccaagtgatttcacagcacctaattgtgtgccagttgtaattgataaggtgaatgcctttttatttgttgtttct
gtatcacactgagctataatatgcatgataatatgcagCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCT
ACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGA
TTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTT
CAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTC
GTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGA
TATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGGT
Intron 3 GTATGTAAAC ... CCTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.17 | 95 | 18 | 30 |
| A2 | 17.82 | 113 | 13 | 36 |
| A3 | 18.48 | 86 | 16 | 23 |
| A4 | 18.78 | 93 | 15 | 28 |
| A5 | 25.3 | 31 | 7 | 14 |
| A6 | 19.76 | 264 | 53 | 77 |
| A7 | 19.35 | 321 | 64 | 90 |
| A8 | 17.6 | 288 | 38 | 85 |
| A9 | 17.6 | 281 | 35 | 85 |
| A10 | 18.65 | 301 | 53 | 85 |
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGCACCACTATTTTCCTTATGGTTATACATTGTTGTAGATAAGTGGGTTGTTTGTTTGCCCCTCCGCATGAACACCAAATGTTATATTGTAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGT
ATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGGTGAGTAAACCCTGATCCCTTAATTCTTAACTTTTCTTCATTGATTAATTTCTAATTTGTTTAGCAACCCCCTTGCATTTCTTTGGTAATAGATTTGGCTTTGATTAGAAAGATTTATAATGGTTATCATGATAAATGTTGAAC
ATTTAAGCTGGCAATAATGCGACTAATCAATTTGATATTATTCTGGCAATAAAGTTGAGCAATCAATTTGATATTCCTGCTCCATTTCTTGAGTTTTCTTGTGCTTTTACTTTGATATTTTTCCACATGACACACTTCATATGTAGTTCCCTGTTGGACAGATAACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGA
AGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTATGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTAC
AATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCA
CCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGA
GTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCA
TCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACT
ATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATT
GGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCAT
CAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGG
GAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCGGTCACTTGACGGTGGAAGCGTAACCAAGCCAAGGTTCTCAGACCGGGGTTTTCATTCGTGTATAAGAGAAGGCGGTTGGTGTCGGTGCTCTGGACTCTGAAGGGAATTCTCAGGGTCTCTTGCGATACATGTAGTGTATATATTCCTTTCCCAGGAGGTTGTTGAATATTGTGCACAGTGAGAGGGTCTGGACATT
CAGTACACCCAGAGAAGCATATTCTCAACAGAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGATA
ACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTA
TGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAA
CTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAAC
CATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGgtatgtaaacctttttt
tttaaaaccatactggggtgcgaggtgttttgctctgtattttcagtaatgagcacacactcggtaagtttaaaatttgactctatcgataaggtcctgtttgtatgtattatgtaatgtatctgttctgaatctgattatatggcgcctttttcagACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTT
CTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACA
AAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTA
TTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACC
ATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGAT
AGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG
Intron 4 GTACATTTTT ... TGCTATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.15 | 123 | 3 | 4 |
| A2 | 1.11 | 89 | 1 | 1 |
| A3 | 1.05 | 94 | 0 | 1 |
| A4 | 5.11 | 130 | 1 | 7 |
| A5 | 0 | 30 | 0 | 0 |
| A6 | 2.39 | 204 | 1 | 5 |
| A7 | 2.09 | 375 | 0 | 8 |
| A8 | 1.47 | 268 | 0 | 4 |
| A9 | 1.32 | 299 | 0 | 4 |
| A10 | 0 | 208 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN44020_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformATCGGAGGTACTTTTAAGCTATCCTGATTGATCTTGTGCATAGTGCGTACACTAGGTGTAATAAAATGATATTTGTGAATGCTTGTATCCTTTTGTAGTTACACTCAATGTTTGTCATGGTAATACACAGTGGAAAATCGTCATTTTCATTGTTTCAATATTACAGATTTGGCTGCCTTATTACTGGCTTGTGCCTGACT
AAAACAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACC
ACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGA
AAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTT
TATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATC
TTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGA
TTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGA
GAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGGTTTCCTTATTGTATAGGTATTTAACCTGTCCAGA
AAAATATCTAATGAAATATTGCAGTGCCGAACTCATTATATAATGTGGAAAATTGTATCTATACTATGACAGAATGGAAGTTCAACATCTTTTACCATTGAAGTTATTTGAAATATAT
>TRINITY_DN44020_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTGGAGATCTACCACAGCTCTAGgtacatttttgtctagctgttcaagtatggaacagcaattggttttgtatttagattaataaatttaagtaattgattttcaatttttccatttcaatttcaaaaaacacacaaaatccaatgatggaaagttccttttgttgacttatttccataggcgctatgctgtggtctgac
tataattggatttgtgctatacagTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATGTAAGTACCAAGTGATTTCACAGCACCTAATTGTGTGCCAGTTGTAATTGATAAGGTGAATGCCTTTTTA
TTTGTTGTTTCTGTATCACACTGAGCTATAATATGCATGATAATATGCAGCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGGTATGTAAACCTTTTTTTTAGAACCACTGGGGTGCGAGGTGTTTTGCTCTGTATTTTCAGTAA
TGAGCACACACTCGGTAAGTTTAAAATTTGACTCTATCGATAAGGTCCTGTTTGTATGTATTATGTAATGTATCTGTTCTGAATCTGATTATATGGCGCCTTTTTCAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTC
GACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAG
CTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGG
ATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATT
TTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGT
TTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGGTTTCCTTATTGTATAGGTATTTAACCTGTCCAGAAAAATATCTAATGAAATATTGCAGTGCCGAACTCATTATATAATGTGGAAAATTGTATCTATACTATGACAGAATGGAAGTTCAACATCTTTTAC
CATTGAAGTTATTTGAAATATAT
Intron 5 GTGCACCACT ... TATATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.22 | 123 | 49 | 43 |
| A2 | 26.79 | 164 | 68 | 52 |
| A3 | 26.57 | 170 | 80 | 43 |
| A4 | 25.64 | 123 | 60 | 24.8 |
| A5 | 26.13 | 82 | 37 | 21 |
| A6 | 28.04 | 145 | 73 | 40 |
| A7 | 22.51 | 420 | 150 | 94 |
| A8 | 21.48 | 159 | 56 | 31 |
| A9 | 23.46 | 310 | 125 | 65 |
| A10 | 24.51 | 349 | 154 | 72.7 |
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATCGGTCACTTGACGGTGGAAGCGTAACCAAGCCAAGGTTCTCAGACCGGGGTTTTCATTCGTGTATAAGAGAAGGCGGTTGGTGTCGGTGCTCTGGACTCTGAAGGGAATTCTCAGGGTCTCTTGCGATACATGTAGTGTATATATTCCTTTCCCAGGAGGTTGTTGAATATTGTGCACAGTGAGAGGGTCTGGACATT
CAGTACACCCAGAGAAGCATATTCTCAACAGAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGATA
ACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTA
TGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAA
CTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAAC
CATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGA
AGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAG
CCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGT
ATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATA
GTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGT
GCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCGGTCACTTGACGGTGGAAGCGTAACCAAGCCAAGGTTCTCAGACCGGGGTTTTCATTCGTGTATAAGAGAAGGCGGTTGGTGTCGGTGCTCTGGACTCTGAAGGGAATTCTCAGGGTCTCTTGCGATACATGTAGTGTATATATTCCTTTCCCAGGAGGTTGTTGAATATTGTGCACAGTGAGAGGGTCTGGACATT
CAGTACACCCAGAGAAGCATATTCTCAACAGAGgtgcaccactattttccttatggttatacattgttgtagataagtgggttgtttgtttgcccctccgcatgaacaccaaatgttatattgtagGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAA
ATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGATAACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCG
GTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTATGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATT
ATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGAC
CGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCAT
CAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTA
AAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCA
CTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAG
CAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATC
AACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATT
TGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG
Intron 6 GTTAGGTTAT ... TGTGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.38 | 101.7 | 7 | 36.7 |
| A2 | 6.3 | 57.2 | 4 | 17 |
| A3 | 8.81 | 65.9 | 6.3 | 23 |
| A4 | 2.48 | 88.9 | 2.3 | 32.7 |
| A5 | 6.65 | 31 | 2.3 | 9.3 |
| A6 | 4.93 | 142.6 | 8 | 40 |
| A7 | 5.93 | 219.6 | 14.3 | 78.7 |
| A8 | 3.83 | 150.2 | 6.3 | 48.7 |
| A9 | 4.12 | 184.4 | 8.3 | 66.3 |
| A10 | 3.38 | 137.3 | 5 | 48.7 |
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGCACCACTATTTTCCTTATGGTTATACATTGTTGTAGATAAGTGGGTTGTTTGTTTGCCCCTCCGCATGAACACCAAATGTTATATTGTAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGT
ATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGGTGAGTAAACCCTGATCCCTTAATTCTTAACTTTTCTTCATTGATTAATTTCTAATTTGTTTAGCAACCCCCTTGCATTTCTTTGGTAATAGATTTGGCTTTGATTAGAAAGATTTATAATGGTTATCATGATAAATGTTGAAC
ATTTAAGCTGGCAATAATGCGACTAATCAATTTGATATTATTCTGGCAATAAAGTTGAGCAATCAATTTGATATTCCTGCTCCATTTCTTGAGTTTTCTTGTGCTTTTACTTTGATATTTTTCCACATGACACACTTCATATGTAGTTCCCTGTTGGACAGATAACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGA
AGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTATGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTAC
AATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCA
CCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGA
GTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCA
TCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACT
ATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATT
GGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCAT
CAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGG
GAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTACACTCAATGTTTGTCATGGTAATACACAGTGGAAAATCGTCATTTTCATTGTTTCAATATTACAGATTTGGCTGCCTTATTACTGGCTTGTGCCTGACTAAAACAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTC
CAGGGAGAGCTTATTTGCAAGgttaggttataatgtttgttccagaggtttgatctatagccatctatgtcgttatgtttaattgaacatccttgcttatggtacgatacacacattttcttttgtggtgcagTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATG
CAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATGTAAGTACCAAGTGATTTCACAGCACCTAATTGTGTGCCAGTTGTAATTGATAAGGTGAATGCCTTTTT
ATTTGTTGTTTCTGTATCACACTGAGCTATAATATGCATGATAA
Intron 7 GTGAGTAAAC ... TGTTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.85 | 169.4 | 77 | 35 |
| A2 | 17.14 | 193.4 | 49 | 31 |
| A3 | 21.31 | 212.4 | 77 | 38 |
| A4 | 16.95 | 196 | 46 | 34 |
| A5 | 19.63 | 88 | 33 | 10 |
| A6 | 19.82 | 182 | 51 | 39 |
| A7 | 20.42 | 504.6 | 171 | 88 |
| A8 | 17.69 | 197.8 | 56 | 29 |
| A9 | 19.88 | 366.8 | 113 | 69 |
| A10 | 20.44 | 389.2 | 123 | 77 |
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATCGGTCACTTGACGGTGGAAGCGTAACCAAGCCAAGGTTCTCAGACCGGGGTTTTCATTCGTGTATAAGAGAAGGCGGTTGGTGTCGGTGCTCTGGACTCTGAAGGGAATTCTCAGGGTCTCTTGCGATACATGTAGTGTATATATTCCTTTCCCAGGAGGTTGTTGAATATTGTGCACAGTGAGAGGGTCTGGACATT
CAGTACACCCAGAGAAGCATATTCTCAACAGAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGATA
ACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTA
TGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAA
CTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAAC
CATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGAGTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGA
AGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCATCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAG
CCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGT
ATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATTGGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATA
GTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGT
GCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGGGAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG
>TRINITY_DN114708_c0_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCACCACTATTTTCCTTATGGTTATACATTGTTGTAGATAAGTGGGTTGTTTGTTTGCCCCTCCGCATGAACACCAAATGTTATATTGTAGGGATTTGAATAGGGCGAAGAGAAATGGCCCAGTATCAGCCAGATGAGTATGATTATGTGGCAGACGATTATGAAATGGCAGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGT
ATCCCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGATGATGATTATGAGGCGgtgagtaaaccctgatcccttaattcttaacttttcttcattgattaatttctaatttgtttagcaacccccttgcatttctttggtaatagatttggctttgattagaaagatttataatggttatcatgataaatgttgaac
atttaagctggcaataatgcgactaatcaatttgatattattctggcaataaagttgagcaatcaatttgatattcctgctccatttcttgagttttcttgtgcttttactttgatatttttccacatgacacacttcatatgtagttccctgttggacagATAACTAGACCAACTGACACATCTGCAGCGGAAGCCAGA
AGAGGAAAAGATATTCAAGGAATACCCTGGGAGAGGCTTAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCTCAAATTCACGATGAACTAGATAAGGTGTGTACAAGGACTCAAAAAGGAGGGAATTTCTATGGATTTTGCTACAATACAAGATCAGTGAAGTCTAC
AATTGTACACTTTCAGCTGAGGAACTTGGTTTGGGCAACTTCAAAGCACGATGTGTATCTGTTATCAAATTATTCTGTTATACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTCGCTGGCCCAATTGTACCATCGGAGGTCCATCCAGGAACTTTAGTGCATGGTCTCTCAAGAGTCCAGATTAGCA
CCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCTGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGCAAGTTCTTGGACCGACCAGATGTGAGTTATTGTTCAAAGATAACTTATGATGATAATGCTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACCACAGCTCTAGTGGAGCAAACCATTTCATGACTTCAAGCAATGACTCTGGTGTACGA
GTATTTGACACAGAAAGATTTACATTAATTAAGCACTTCTCCTTCCCTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGCTGCTTGTTGTTGTTGGGGACAATGCCGAGGGTTTGCTTACAGACTCCCAAACAGGAAAGACTGTTGCAGCTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCA
TCCAGATGGTCGAATATTTGCTACTGGGAACCAAGATTCGACTTGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACCCTAAAACCTCTCTTGAAGTTCTCAAGGGCCACTTAGGTGCCATACGTTCCATAAGGTTCTCATCAGATGGACAGTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTCCATATATATGATACAAAGCATAACT
ATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTCGGGGAGATAGCTGGAATGTCTTTCAGTCCAGACACTGAATCACTTTTTATTGGTGTTGCGGATCGAACTTATGGCAGCCTCCTTGGATATAGCAGACTGCATGAATATTTTTATCTTGATTCTTTAATATGAAGTATTCCTTGATTGGTTAACATGAAGTATTCCTTGATT
GGTGATTTAGAAAGCCAAATTTCAAGTGCTGCATATTGGATTGCATTAATGTGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATTGTAGAGAAAATATGTACAGCAGATGACCGTGTTAGGTTCTTTTGATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCAT
CAATAGGTAGCCAGTGTCAGTCGTATAGTTGATGACATTTTAAAAATGGAATGTGCAAAATGTTATTGATCAACAGAAATCTTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGAGGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGAACACTCGAGAAATGTTTGGAAGAAATGTGCTCAATAATGCAGCGGTGATTTGATAGATCGATGG
GAACTGGTGTCTATGATAGTGATATCTGATCAGTCATGTTTGTCTCCAGTGTTAGAAAAATATTTTTCATTTGTTAATCGTTTGTACAATATTAATATCTCAGATGCTGG