sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33170

Intron 1 GTATCTACTG ... CTCACACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	2	4	0
A2	20	4	2	0
A3	21.43	11	6	0
A4	33.33	2	1	1
A5	33.33	1	0	1
A6	29.03	22	14	4
A7	55.56	12	21	9
A8	50.77	16	18	15
A9	40.74	24	20	13
A10	45.1	14	18	5

>TRINITY_DN44123_c5_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGAAAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATA
GTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAACTTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGAGGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAG
TGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCCGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCATTTTCATTACATTGGAGGGAGCACAACTCTTTGGCCGATAAGCTGTCTAAGCAAGCACTTGATGGAGATGAAGGG
CATCTTATATGGGAAGAATGGCAGGATGAAAACATCCAAGACATGGGTGTTTTATACTTCTATGATTAATCTTTGTATATCGGCCTGTTGATATCATTTTTGTTGAAATATTTTAGTGGTTGCAAAAAGATGTGGATAGATGGTTTCATCTTAGTATATTTGTAAAGGCTGATATATTTTGCCTCAGTATTTAGCATATG
TGTTCTTTGAAAAGAACCAGAACTATCATTGTACTATTTGATTCCTATGAATAGCAACAGTACACTTTTTTCTGTTGAC

>TRINITY_DN44123_c5_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGAAAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATA
GTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAACTTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGAGGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAG
TGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCCGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCATTTTCATTACATTGGAGgtatctactgtgtgtctaaaaggtatctcatttggatgaattcttcttcgtctccatc
tgtaatagttcccaagcttgcggacaaatcctccatgagtgtcgtcctcttccatggcattgttttatcctcggacattgagttttataatggtcttgcaacctgccacggcttatcagatgactccaggaggctgaaatgggcaggtttcactgtctggatttgaggaggagacatacgaccagtggctggagagaaac
tgtttccaagtcggggatatacttgaaacaaataaatgacctcaaagattttctgctcactgtgtgctgcaagctggatgcatgttcaaagaggatgaagataagcaagtatgttgtgaagttcaaggtttggtcactggtgtaaaacatatttttacagtttttgcatctttgactcagaggaagctgacaggctaatg
aaatatctcacaccagGGAGCACAACTCTTTGGCCGATAAGCTGTCTAAGCAAGCACTTGATGGAGATGAAGGGCATCTTATATGGGAAGAATGGCAGGATGAAAACATCCAAGACATGGGTGTTTTATACTTCTATGATTAATCTTTGTATATCGGCCTGTTGATATCATTTTTGTTGAAATATTTTAGTGGTTGCAAA
AAGATGTGGATAGATGGTTTCATCTTAGTATATTTGTAAAGGCTGATATATTTTGCCTCAGTATTTAGCATATGTGTTCTTTGAAAAGAACCAGAACTATCATTGTACTATTTGATTCCTATGAATAGCAACAGTACACTTTTTTCTGTTGAC

Intron 2 GTAAGTTGTT ... CCTGTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	3
A2	71.43	1	4	1
A3	33.33	1	0	1
A4	100	0	1	0
A5	-1	0	0	0
A6	20	4	0	2
A7	26.67	11	3	5
A8	71.43	4	8	12
A9	23.08	10	2	4
A10	62.5	3	8	2

>TRINITY_DN45410_c6_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TGAGTCAAGATTATGGTGTAAACCCAAGACCAGAGCACTTTGCTTGCATGGTTGACCTTCTTGGCCGTGCAGGACACTTGGATGAGGCAAAGGATTTCATTGAGAAAATGCCATTTGAACCAAGCGTTTCAGTGTGGCAGAGTTTACTTGGGGCATGTAGAATCCATGGGAATATGGAGCTAGGGAAATATGCAGCAGAA
CATCTTCTTGAGTTGGAACCACATGACTCTGCAACATATGTATTACTTTCAAACATCTATGCTGCAGCTAACAGATGGGATGATGTAGCAAGGGTCAGAAAAATGATGAAAGACCGGGGTGTGAAAAAGGAGCCTGGGCGAAGCTGGATTGATGTAGATAGCACAGTGCACGAATTCATTTCAGATGACAGTTCACACCC
TCAGGCAGAAGAAATATATAAAATGTTGGAGAGGTTGTGGAACCAGATGAAGGATGCAGGATATGTACCCAATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGA
AAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAAC
TTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGACGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCTGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCAT
TTTCATTACATTGGAGGTATCTACTGTGTGTCTAAAAGGTATCTCATTTGGATGAATTCTTCTTCGTCTCCATCTGTAATAGTTCCCAAGCTTGCGGACAAATCCTCCATGAGTGTCGTCCTCTTCCATGGCATTGTTTTATCCTCGGACATTGAGTTTTATAATGGTCTTGCAACCTGCCACGGCTTATCAGATGACTC
CAGGAGGCTGAAATGGGCAGGTTTCACTGTCTGGATTTGAGGAGGAGACATACGACCAGTGGCTGGAGAGAAACTGTTTCCAAGTCGGGGATATACTTGAAACAAATAAATGACCTCAAAGATTTTCTGCTCACTGTGTGCTGCAAGCTGAATGCATGTTCAAAGAGGATGAAGATAAGCAAGTATGTTGTGAAGTTCAA
GGTTTGGTCACTGGTGTAAAACATATTTTTACAGTTTTTGCATCTTTGACTCAGAGGAAGCTGACAGGCTAATGAAATATCTCACACCAGGTTTATGTATTTTCCAACATTCACTTAGTTCATTGTGTTTGTTCCTAACTAAACAATTTATATCTATGTTGTGTCCTTCTCAATTCCCACAAGTGCAGTCCACGTGGTTT
TGTTGCAATAAAAGTAGTTATGTAAAATAGTTACACATATTTTTTGCAATATGGAATTGAATGGAAAATGGCACACCTTTAGGACTTTGTAATTTATTAGTGGTTGATGCATACATTTAAATGTATGAATATATGCACAAAAAACATGTTTGGTCCTCAACTTTAAATAAATGTCTTCACTGGA

>TRINITY_DN45410_c6_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGAGTCAAGATTATGGTGTAAACCCAAGACCAGAGCACTTTGCTTGCATGGTTGACCTTCTTGGCCGTGCAGGACACTTGGATGAGGCAAAGGATTTCATTGAGAAAATGCCATTTGAACCAAGCGTTTCAGTGTGGCAGAGTTTACTTGGGGCATGTAGAATCCATGGGAATATGGAGCTAGGGAAATATGCAGCAGAA
CATCTTCTTGAGTTGGAACCACATGACTCTGCAACATATGTATTACTTTCAAACATCTATGCTGCAGCTAACAGATGGGATGATGTAGCAAGGGTCAGAAAAATGATGAAAGACCGGGGTGTGAAAAAGGAGCCTGGGCGAAGCTGGATTGATGTAGATAGCACAGTGCACGAATTCATTTCAGATGACAGTTCACACCC
TCAGGCAGAAGAAATATATAAAATGTTGGAGAGGTTGTGGAACCAGATGAAGGATGCAGGATATGTACCCAATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGA
AAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAAC
TTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGACGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCTGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCAT
TTTCATTACATTGGAGGTATCTACTGTGTGTCTAAAAGGTATCTCATTTGGATGAATTCTTCTTCGTCTCCATCTGTAATAGTTCCCAAGCTTGCGGACAAATCCTCCATGAGTGTCGTCCTCTTCCATGGCATTGTTTTATCCTCGGACATTGAGTTTTATAATGGTCTTGCAACCTGCCACGGCTTATCAGATGACTC
CAGGAGGCTGAAATGGGCAGGTTTCACTGTCTGGATTTGAGGAGGAGACATACGACCAGTGGCTGGAGAGAAACTGTTTCCAAGTCGGGGATATACTTGgtaagttgtttgagattttgtagactgtaatgctagtagcactagttggttataatttgtaggacttgttatcaattgatgttttggttggtatacaatgt
tgaaaacttgaagatcaacccaagatgttgcaagtgaattcacaagttatcttgtttgggagggttttgttaaggtgattacatgttaaagaaatttgtcgaacttcaagtattacatttcgttccttttgaaaacaattcgttataagtttataacttatttgggtgcactgttacttctttgacttggaaccattcta
caaactatttgtgcaatgcaaatttcttttttgaagctttatcccaataattgttagttttgctaaccaatattacttgcagagatcctctgctccattcaaccgttcttaattgtaggggttggtacaaaatatgatgatatgttcgaggctatttattgaataggttaacagagtcagttattccgggagggatctca
gatttttgtcactgcagagatgttcacttttctgaatgtgttgttaattggaagctctggcattgctaaaacaattgaaagttgtattcatatgaagttggtgtttatgtgtcctgtagcagAAACAAATAAATGACCTCAAAGATTTTCTGCTCACTGTGTGCTGCAAGCTGAATGCATGTTCAAAGAGGATGAAGATA
AGCAAGTATGTTGTGAAGTTCAAGGTTTGGTCACTGGTGTAAAACATATTTTTACAGTTTTTGCATCTTTGACTCAGAGGAAGCTGACAGGCTAATGAAATATCTCACACCAGGTTTATGTATTTTCCAACATTCACTTAGTTCATTGTGTTTGTTCCTAACTAAACAATTTATATCTATGTTGTGTCCTTCTCAATTCC
CACAAGTGCAGTCCACGTGGTTTTGTTGCAATAAAAGTAGTTATGTAAAATAGTTACACATATTTTTTGCAATATGGAATTGAATGGAAAATGGCACACCTTTAGGACTTTGTAATTTATTAGTGGTTGATGCATACATTTAAATGTATGAATATATGCACAAAAAACATGTTTGGTCCTCAACTTTAAATAAATGTCTT
CACTGGA

Intron 3 GTATCTACTG ... CCTGTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.48	9	3	3
A2	40	3	2	1
A3	41.56	5	4	1
A4	16.66	2	0.5	0
A5	-1	0	0	0
A6	25.97	19	8	2
A7	48.32	17	16.5	5
A8	33.61	23	12.5	12
A9	30.52	30	14	4
A10	36.47	16	11	2

>TRINITY_DN45410_c6_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

TGAGTCAAGATTATGGTGTAAACCCAAGACCAGAGCACTTTGCTTGCATGGTTGACCTTCTTGGCCGTGCAGGACACTTGGATGAGGCAAAGGATTTCATTGAGAAAATGCCATTTGAACCAAGCGTTTCAGTGTGGCAGAGTTTACTTGGGGCATGTAGAATCCATGGGAATATGGAGCTAGGGAAATATGCAGCAGAA
CATCTTCTTGAGTTGGAACCACATGACTCTGCAACATATGTATTACTTTCAAACATCTATGCTGCAGCTAACAGATGGGATGATGTAGCAAGGGTCAGAAAAATGATGAAAGACCGGGGTGTGAAAAAGGAGCCTGGGCGAAGCTGGATTGATGTAGATAGCACAGTGCACGAATTCATTTCAGATGACAGTTCACACCC
TCAGGCAGAAGAAATATATAAAATGTTGGAGAGGTTGTGGAACCAGATGAAGGATGCAGGATATGTACCCAATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGA
AAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAAC
TTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGACGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCTGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCAT
TTTCATTACATTGGAGAAACAAATAAATGACCTCAAAGATTTTCTGCTCACTGTGTGCTGCAAGCTGAATGCATGTTCAAAGAGGATGAAGATAAGCAAGTATGTTGTGAAGTTCAAGGTTTGGTCACTGGTGTAAAACATATTTTTACAGTTTTTGCATCTTTGACTCAGAGGAAGCTGACAGGCTAATGAAATATCTC
ACACCAGGTTTATGTATTTTCCAACATTCACTTAGTTCATTGTGTTTGTTCCTAACTAAACAATTTATATCTATGTTGTGTCCTTCTCAATTCCCACAAGTGCAGTCCACGTGGTTTTGTTGCAATAAAAGTAGTTATGTAAAATAGTTACACATATTTTTTGCAATATGGAATTGAATGGAAAATGGCACACCTTTAGG
ACTTTGTAATTTATTAGTGGTTGATGCATACATTTAAATGTATGAATATATGCACAAAAAACATGTTTGGTCCTCAACTTTAAATAAATGTCTTCACTGGA

>TRINITY_DN45410_c6_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGAGTCAAGATTATGGTGTAAACCCAAGACCAGAGCACTTTGCTTGCATGGTTGACCTTCTTGGCCGTGCAGGACACTTGGATGAGGCAAAGGATTTCATTGAGAAAATGCCATTTGAACCAAGCGTTTCAGTGTGGCAGAGTTTACTTGGGGCATGTAGAATCCATGGGAATATGGAGCTAGGGAAATATGCAGCAGAA
CATCTTCTTGAGTTGGAACCACATGACTCTGCAACATATGTATTACTTTCAAACATCTATGCTGCAGCTAACAGATGGGATGATGTAGCAAGGGTCAGAAAAATGATGAAAGACCGGGGTGTGAAAAAGGAGCCTGGGCGAAGCTGGATTGATGTAGATAGCACAGTGCACGAATTCATTTCAGATGACAGTTCACACCC
TCAGGCAGAAGAAATATATAAAATGTTGGAGAGGTTGTGGAACCAGATGAAGGATGCAGGATATGTACCCAATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGA
AAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAAC
TTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGACGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCTGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCAT
TTTCATTACATTGGAGgtatctactgtgtgtctaaaaggtatctcatttggatgaattcttcttcgtctccatctgtaatagttcccaagcttgcggacaaatcctccatgagtgtcgtcctcttccatggcattgttttatcctcggacattgagttttataatggtcttgcaacctgccacggcttatcagatgactc
caggaggctgaaatgggcaggtttcactgtctggatttgaggaggagacatacgaccagtggctggagagaaactgtttccaagtcggggatatacttggtaagttgtttgagattttgtagactgtaatgctagtagcactagttggttataatttgtaggacttgttatcaattgatgttttggttggtatacaatgt
tgaaaacttgaagatcaacccaagatgttgcaagtgaattcacaagttatcttgtttgggagggttttgttaaggtgattacatgttaaagaaatttgtcgaacttcaagtattacatttcgttccttttgaaaacaattcgttataagtttataacttatttgggtgcactgttacttctttgacttggaaccattcta
caaactatttgtgcaatgcaaatttcttttttgaagctttatcccaataattgttagttttgctaaccaatattacttgcagagatcctctgctccattcaaccgttcttaattgtaggggttggtacaaaatatgatgatatgttcgaggctatttattgaataggttaacagagtcagttattccgggagggatctca
gatttttgtcactgcagagatgttcacttttctgaatgtgttgttaattggaagctctggcattgctaaaacaattgaaagttgtattcatatgaagttggtgtttatgtgtcctgtagcagAAACAAATAAATGACCTCAAAGATTTTCTGCTCACTGTGTGCTGCAAGCTGAATGCATGTTCAAAGAGGATGAAGATA
AGCAAGTATGTTGTGAAGTTCAAGGTTTGGTCACTGGTGTAAAACATATTTTTACAGTTTTTGCATCTTTGACTCAGAGGAAGCTGACAGGCTAATGAAATATCTCACACCAGGTTTATGTATTTTCCAACATTCACTTAGTTCATTGTGTTTGTTCCTAACTAAACAATTTATATCTATGTTGTGTCCTTCTCAATTCC
CACAAGTGCAGTCCACGTGGTTTTGTTGCAATAAAAGTAGTTATGTAAAATAGTTACACATATTTTTTGCAATATGGAATTGAATGGAAAATGGCACACCTTTAGGACTTTGTAATTTATTAGTGGTTGATGCATACATTTAAATGTATGAATATATGCACAAAAAACATGTTTGGTCCTCAACTTTAAATAAATGTCTT
CACTGGA

Intron 4 GTATCTACTG ... CTCACACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	2	4	0
A2	20	4	2	0
A3	21.43	11	6	0
A4	33.33	2	1	1
A5	33.33	1	0	1
A6	29.03	22	14	4
A7	55.56	12	21	9
A8	49.21	16	18	13
A9	40.74	24	20	13
A10	45.1	14	18	5

>TRINITY_DN40913_c6_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGAAAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAAT
TATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAACTTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGACGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGG
GAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCTGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCATTTTCATTACATTGGAGGGAGCACAACTCTTTGGCCGATAAGCTGTCTAAGCAAGCACTTGATGGAGATGA
AGGGCATCTTATATGGGAAGAATGGCAGGATGAAAACATCCAAGACATGGGTGTTTTATACTTCTATGATTAATCTTTGTATATCGGCCTGTTGATATCATTTTTGTTGAAATATTTTAGTGGTTGCAAAAAGATGTGGATAGATGGTTTCATCTTAGTATATTTGTAAAGGCTGATATATTTTGCCTCAGTATTTAGCA
TATGTGTTCTTTGAAAAGAACCAGAACTATCATTGTACTATTTGATTCCTATGAATAGCAACAGTACACTTTTTTCTGTTGAAATATATATATATATATCTTTTAATTGAG

>TRINITY_DN40913_c6_g1_i11 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAAGATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGAAAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAAT
TATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACTCTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAACTTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGACGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGG
GAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATATAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCTGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCATTTTCATTACATTGGAGgtatctactgtgtgtctaaaaggtatctcatttggatgaattcttcttcgtctc
catctgtaatagttcccaagcttgcggacaactcctccatgagtgtcctcctcttccatggcattgttttatcctcggacattgagttttataatggtcttgcaacctgccacggcttatcagatgactccaggaggctgaaatgggcaggtttcactgtctggatttgaggaggagacatacgaccagtggctggagag
aaactgtttccaagtcggggatatacttgctggatgcatgttcaaagaggatgaagataagcaagtatgttgtgaagttcaaggtttggtcactggtgtaaaacatatttttacagtttttgcatctttgactcagaggaagctgacaggctaatgaaatatctcacaccagGGAGCACAACTCTTTGGCCGATAAGCTG
TCTAAGCAAGCACTTGATGGAGATGAAGGGCATCTTATATGGGAAGAATGGCAGGATGAAAACATCCAAGACATGGGTGTTTTATACTTCTATGATTAATCTTTGTATATCGGCCTGTTGATATCATTTTTGTTGAAATATTTTAGTGGTTGCAAAAAGATGTGGATAGATGGTTTCATCTTAGTATATTTGTAAAGGCT
GATATATTTTGCCTCAGTATTTAGCATATGTGTTCTTTGAAAAGAACCAGAACTATCATTGTACTATTTGATTCCTATGAATAGCAACAGTACACTTTTTTCTGTTGAAATATATATATATATATCTTTTAATTGAG

Intron 5 GTATCTACTG ... ATACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.18	9	4	0
A2	33.33	3	2	1
A3	41.18	5	6	1
A4	20	2	1	0
A5	-1	0	0	0
A6	32.14	19	14	4
A7	48.48	17	21	11
A8	33.33	23	18	5
A9	33.33	30	20	10
A10	39.62	16	18	3

>TRINITY_DN39967_c7_g4_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CAGGTGACCTATGTTAGTGTATTAAATGCATTTTCTACCTTGGAAATGCTGCAGCAGGGTAGGCTGGTTCACGCCCTTGTCATCATGACTGGTTACTCATTTGATGTAAATGTTGGAAATAGCCTTGTTACGATGTATGCGAAATGTGGGTGTATAGAAGATGCATGTCGAGTGTTTGAAAAAATGACCAAGCGTGAATT
GGTGTCATGGAATGCAATGGTTGCAGGATATGCCCAGGGTGGTGACTGTAAGGAGGCCTTAGAAATGTTTTTCCTAATGCAACAGGCAGGAATGAAGCCAAATCCGTTCACCTTTGGCAGTGTTCTCAGTGCCTGTGCGAGCCTCGTAACTCTAGAACAGGGCAAATGGGTGCATACATACATTGTGAAAACTGGATTTG
AGTCAGATGTTGTTGTAGGGAGTGCCCTTGTTGACATGTATGCAAAATGTGGAAGTATAGATGATGCAAGTAAGGTATTCAACAAAATGTCTGAGCGGAACATTGTAACATGGACTGTAATGATTATAGGATATGCTCAGCATGGATATGCTCAGGAGGTACTCAAGCTTTTTAGCCAAATGCAAGATAACCGTATGAAG
CCAGATCATGTCACATTTGTTGGTATTCTCTCTGCATGCAGTCGAGCAGGTCTTGTGGATGAAGGTTGCAACTATTTCAAATCAATGAGTCAAGATTATGGTGTAAACCCAAGACCAGAGCACTTTGCTTGCATGGTTGACCTTCTTGGCCGTGCAGGACACTTGGATGAGGCAAAGGATTTCATTGAGAAAATGCCATT
TGAACCAAGCGTTTCAGTGTGGCAGAGTTTACTTGGGGCATGTAGAATCCATGGGAATATGGAGCTAGGGAAATATGCAGCAGAACATCTTCTTGAGTTGGAACCACATGACTCTGCAACATATGTATTACTTTCAAACATCTATGCTGCAGCTAACAGATGGGATGATGTAGCAAGGGTCAGAAAAATGATGAAAGACC
GGGGTGTGAAAAAGGAGCCTGGGCGAAGCTGGATTGATGTAGATAGCACAGTGCACGAATTCATTTCAGATGACAGTTCACACCCTCAGGCAGAAGAAATATATAAAATGTTGGAGAGGTTGTGGAACCAGATGAAGGATGCAGGATATGTACCCAATACGGATTTTGTGCTACATGATATTGAGAAGAAACAGAAAGAA
GATTCCCTTAGTCACCACAGTGAGAAGCTGGCCATTGCTTTTGGGCTGATCAAAACACCTCCAGGATCACCTCTCCGGATCATGAAAAATCTTCGTGTGTGTGGGGACTGCCATATTGCTACTAAGTTTATCTCCAAGATTGTTGGCCGTGAAATTATAGTGAGGGATGCTACCCGCTTTCATCATTTCAAGAATGGACT
CTGCTCCTGTGGTGATTATTGGTGATGTTAATTGAAGCAAACGATAAACGGTATCATGTTTAGACAAAATCTGGCAATGGAGAACTTTTTGTGCAATGTAAAGTCTGCATGGAAGAAATATGAGGAATAGATCACTGCCTTTACCTGCTGGCTGGGAAGTGAGGAAATTGATAAAGCATCAGCATTGTGGATTAACGATA
TAATATCAGAAGATCAGTGACATGCATGCACAGATGATTTAAATTCCCGGCATGCCTCATTTCAAGATGAGTCCAATGCGATCATTTTCATTACATTGGAGAAACAAATAAATGACCTCAAAGATTTTCTGCTCACTGTGTGCTGCAAGCTGAATGCATGTTCAAAGAGGATGAAGATAAGCAAGTATGTTGTGAAGTTC
AAGGTTTGGTCACTGGTGTAAAACATATTTTTACAGTTTTTGCATCTTTGACTCAGAGGAAGCTGACAGGCTAATGAAATATCTCACACCAGGTTTATGTATTTTCCAACATTCACTTAGTTCATTGTGTTTGTTCCTAACTAAACAATTTATATCTATGTTGTGTCCTTCTCAATTCCCACAAGTGCAGTCCACGTGGT
TTTGTTGCAATAAAAGTAGTTATGTAAAATAGTTACACATATTTTTTGCAATATGGAATTGAATGGAAAATGGCACACCTTTAGGACTTTGTAATTTATTAGTGGTTGATGCATACATTTAAATGTATGAATATATGCACAAAAAACAAGTTTGGTCCTCAACTTTAAATAAATGTCTTCACTGGATGATGGATTCTATG
GTGGAGTTACCTATCTTTAAGAATTGCAATATTGTGTGTGTCCTTGCATGTGCCCAGCTATTCAATATATATTATTATATTTATACGGTGGCTTTTGAATTCCATCAATTGTGACCCTTGA

>TRINITY_DN39967_c7_g4_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGGTGACCTATGTTAGTGTATTAAATGCATTTTCTACCTTGGAAATGCTGCAGCAGGGTAGGCTGGTTCACGCCCTTGTCATCATGACTGGTTACTCATTTGATGTAAATGTTGGAAATAGCCTTGTTACGATGTATGCGAAATGTGGGTGTATAGAAGATGCATGTCGAGTGTTTGAAAAAATGACCAAGCGTGAATT
GGTGTCATGGAATGCAATGGTTGCAGGATATGCCCAGGGTGGTGACTGTAAGGAGGCCTTAGAAATGTTTTTCCTAATGCAACAGGCAGGAATGAAGCCAAATCCGTTCACCTTTGGCAGTGTTCTCAGTGCCTGTGCGAGCCTCGTAACTCTAGAACAGGGCAAATGGGTGCATACATACATTGTGAAAACTGGATTTG
AGTCAGATGTTGTTGTAGGGAGTGCCCTTGTTGACATGTATGCAAAATGTGGAAGTATAGATGATGCAAGTAAGGTATTCAACAAAATGTCTGAGCGGAACATTGTAACATGGACTGTAATGATTATAGGATATGCTCAGCATGGATATGCTCAGGAGGTACTCAAGCTTTTTAGCCAAATGCAAGATAACCGTATGAAG
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