sp|Q4V398|RRT1_ARATH ----> Rhamnogalacturonan I rhamnosyltransferase 1
Intron 1 GTAATCTTAC ... TCAAATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.36 | 182 | 0 | 5 |
| A2 | 1 | 149 | 1 | 2 |
| A3 | 0 | 132 | 0 | 0 |
| A4 | 0.86 | 172 | 2 | 1 |
| A5 | 0.87 | 57 | 0 | 1 |
| A6 | 0.88 | 339 | 1 | 5 |
| A7 | 2.23 | 615 | 9 | 19 |
| A8 | 1.78 | 606 | 5 | 17 |
| A9 | 0.65 | 692 | 2 | 7 |
| A10 | 1.17 | 505 | 4 | 8 |
>TRINITY_DN39528_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoformCGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCAGTTGACAGAGTTGTTCTTCCTGCTTTTGATCGGCCTAAAACAATGACGATTG
GACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGCAACAGAATAGAAGTCTTTGTACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTCCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTAATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGGTGCCGGGGTGGGAAGTTGTGGATTAT
TCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGCTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCCTCCGGTTCCGTCTCTGGCTCTGGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGGAGAAGGATTGGTTCCCGTTCCCTTTG
AAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTGGGCAGACCCCAGTGAATTCAAA
GACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGATCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGAC
AGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGATATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTC
ATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATACATTGCTGCTGGAGAAATCTAT
GGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCA
TCGCAGCAACATTGTATGATATGTTCATTGTTCAATAATGTGTGGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGAT
TGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCT
AGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAA
CATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTC
ATTATGGCTAAGATGGAGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCTATCTTTTATTTGACAGATGACAGCTGCTAGTTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTTAATTTAATTTTTATATGGCAAAGG
>TRINITY_DN39528_c0_g2_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:TATGATGGCAACATGGCAAAAGTGATGGAAGGGCATCGCAGgtaatcttacattgttttgcacatacctggcagagagaatatagtggttagctactagtacttgctgtggtggtgacaagtttagttctattggaatcacaccttgttcccacagcactactatcgtcaagaaaccattttctgataaaccaagaaatg
ggaatattgggcatcaactaccttttggaagctcagcttaccatggtttccttttgtgtttttacatttcatcttaggaatcaataattgttcatgttttatttttgggttatttcatttatatagccaaaattttgaatcaattctgcttgaattgcatgtatgataatgcttgaactggttgaaaatgaatgattatc
tattttcaaatttagCAACATTGTATGATATGTTCATTGTTCAATAATGTGTGGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGA
CACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGA
AATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAA
TCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATT
GCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGAGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCTATCTTTTATTTGACAGATGACAGCTGCTAGTTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTTAATTTAATTTTTATATGGCAAAGG
Intron 2 GTATATTACA ... TCTTTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.39 | 877 | 115 | 122 |
| A2 | 8.8 | 612.6 | 65.5 | 89 |
| A3 | 9.6 | 724 | 86 | 99 |
| A4 | 8.91 | 733 | 79 | 116.5 |
| A5 | 10.48 | 238 | 31 | 34 |
| A6 | 10.03 | 1033 | 129.5 | 135 |
| A7 | 10.09 | 2233.6 | 282 | 303.5 |
| A8 | 9.43 | 2129.6 | 247.5 | 334 |
| A9 | 9.91 | 2171 | 268 | 306.5 |
| A10 | 10.48 | 1918 | 254.5 | 252.5 |
>TRINITY_DN110544_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoformCGGCGATTCCGACGCCGGGAAACGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCAGTTGACAGGGTTGTTCCTCCTGCTTTTGAT
CGGCCTAAAACAATGACGATTGGACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGCAACAGAATAGAAGTCTTTGTACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTTCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTAATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGGTGCC
GGGGTGGGAAGTTGTGGATTATTCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGCTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCTTCCGATTCCGGCTCTGGCTCTGGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGGAGAA
GGATTGGATCCCGTTCCCTTTGAAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTG
GGCAGACCCCAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGGTCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACA
AAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGATATG
TTGGCCTTTTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATA
CATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACA
TGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCC
AAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCC
AAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGT
CTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGG
>TRINITY_DN110544_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTGAGGAACTCACCAGACTGAGgtatattacatgtttggcaatcacaatcttttcctggtcaaatcaaactctttcttgttaacaatgttgattctcttctcttgcattatttctttcatagGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCC
AGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATACATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCAC
TGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAAT
GCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAG
TTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGAT
TGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTA
TTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGG
Intron 3 GTAATTGACT ... AAATATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.48 | 1407 | 263 | 333 |
| A2 | 17.68 | 1052 | 179 | 273 |
| A3 | 18.18 | 1181 | 243 | 282 |
| A4 | 18.55 | 1104 | 256 | 247 |
| A5 | 16.02 | 477 | 97 | 85 |
| A6 | 17.68 | 2587.1 | 457 | 654 |
| A7 | 17.72 | 5378.3 | 865 | 1452 |
| A8 | 18.58 | 4703 | 920 | 1226 |
| A9 | 18.46 | 4791 | 902 | 1268 |
| A10 | 18.57 | 4151.3 | 678 | 1215 |
>TRINITY_DN98133_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformGACATGTTTGAGAATCTAGTTTAACAAAAAAGAATTAAGAGTTGGCAAAAGATGTTTCCAAGGATCCAACATTTAAGAAGATGGCTCAACAAACTTCAGCAAAGTGTGAAGGGTGTTGGTCATTTTGCTACACCCCAATTAGATCCAGAAAAGTATGTCAAGAACATGCAACAGGTTATGATAAATCCTCAGTTCATGAC
AAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAA
ATGGATATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATAT
TCGGATATACATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATG
ATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCT
GATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATA
CTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTAC
ATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCG
>TRINITY_DN98133_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGACGCCGGGAAACGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCAGTTGACAGGGTTGTTCCTCCTGCTTTTGATCGGCCTAA
AACAATGACGATTGGACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGGAACAGAATAGAAGTCTTTGCACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTTCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTAATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGGTGCCGGGGTGGG
AAGTTGTGGATTATTCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGCTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCTTCCGATTCCGGCTCTGGCTCTGGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGGAGAAGGATTGGT
TCCCGTTCCCTTTGAAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTGGGCAGACC
CCAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGGTCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTG
CATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGATATGTTGGCCTT
TTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATACATTGCTG
CTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTgtaattgactaattcaatgagactcactttaactcattttcctttgaagttggtttttcttatgtcatgcacttttgctaatcaacaaaaatatgtagGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGC
CATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTG
CACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGG
ACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATA
TGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCAC
CGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCG
Intron 4 GTGTATGATT ... ATGTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.53 | 766.4 | 99.2 | 291 |
| A2 | 26.08 | 595.7 | 106.8 | 210 |
| A3 | 22.72 | 616.9 | 155.4 | 181 |
| A4 | 26.3 | 619.7 | 136.4 | 221 |
| A5 | 20.13 | 353.3 | 68.8 | 89 |
| A6 | 20.99 | 991.7 | 213.6 | 263 |
| A7 | 19.45 | 2093.9 | 481.1 | 505 |
| A8 | 22.93 | 1235.2 | 256.4 | 367 |
| A9 | 20.25 | 2042.7 | 419.1 | 518 |
| A10 | 19.37 | 2076.7 | 435.8 | 498 |
>TRINITY_DN117039_c2_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoformCCGGCGGCGATTCCGACGCCGGGAAACGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCAGTTGACAGGGTTGTTCCTCCTGCTTT
TGATCGGCCTAAAACAATGACGATTGGACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGGAACAGAATAGAAGTCTTTGCACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTTCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTAATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGG
TGCCGGGGTGGGAAGTTGTGGATTATTCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGCTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCTTCCGATTCCGGCTCTGGCTCTGGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGG
AGAAGGATTGGTTCCCGTTCCCTTTGAAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCAT
TTTGGGCAGACCCCAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGATCCTTCCCCTTATAAGAAAG
CACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGA
TATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGA
TATACATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGC
AACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAA
ACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGAC
GTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAG
TAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGG
AGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCTATCTTTTATTTGACAGATGACAGCTGCTAGTTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTTAATTTAATTTTTATA
>TRINITY_DN117039_c2_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TATTAACTGAAATTCTTGAATATGAAAATTGCCATCAGGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGGTACGTAAATTGTTTTTTTCCAAACCTTTTAGAATTAGGCAGGATTCTTCTTTAGCTAGGAGTTTGATTATGGTTCTTCAAACTTCGTAATAAT
GTATTTCATGTTGTTAGTGTGTTTCTTGCACAATATGTTGTGGCTGTTTTGTGATATATTGTCATTTGATCGATGCCAATCTTTTTTTCATGTCAGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTGGGCAGACCCCAGgtgtatgatttacta
ttgtctattaatagattttcagtatgttttataggtgcctttcagtattgggtattatatggtattaattacttgtgggggaaggtctgtgccttcatgttgcatcttaaagaaattaatctttaattttatgtggacagTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAG
GATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGATCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTAC
GCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAA
Intron 5 GTTGAGTATT ... TATGACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.54 | 962.7 | 204.8 | 139.3 |
| A2 | 14.73 | 850 | 146.8 | 159.9 |
| A3 | 15.32 | 911 | 164.8 | 121 |
| A4 | 15.77 | 908 | 170 | 150.3 |
| A5 | 15.93 | 416.5 | 78.9 | 55.9 |
| A6 | 16.7 | 1297 | 260 | 157.2 |
| A7 | 15.76 | 2831.5 | 529.8 | 384.6 |
| A8 | 15.06 | 1672.1 | 296.3 | 274.8 |
| A9 | 16.38 | 2658.5 | 520.8 | 405.2 |
| A10 | 16.95 | 2652.6 | 541.4 | 377.3 |
>TRINITY_DN117884_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGAACGCAATAGAATGAAAAGCCTTGCCGGCGGCGATTCCGACGCCGGGAAACGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCA
GTTGACAGGGTTGTTCCTCCTGCTTTTGATCGGCCTAAAACAATGACGATTGGACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGGAACAGAATAGAAGTCTTTGCACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTTCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTA
ATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGGTGCCGGGGTGGGAAGTTGTGGATTATTCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGTTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCTTCCGATTCCGGCTCTGGCTCT
GGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGGAGAAGGATTGGATCCCGTTCCCTTTGAAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGAT
TGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTGGGCAGACCCCAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGC
ATCAGGTCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTG
GCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGATATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGC
TTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATACATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTG
ATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCG
ACACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAG
AAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATA
ATCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAAT
TGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGAGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCA
>TRINITY_DN117884_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGGGGGAAGGTCTGTGCCTTCATGTTGCATCTTAAAGAAATTAATCTTTAATTTTATGTGGACAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCT
GGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGgttgagtattgaagactagcatttcatactttaggctttgcacacaaggatgctaacaaagttttctactatgacacagGTCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAA
GCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGATATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGC
ATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATACATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAAC
ATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGAT
ACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCC
ATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTG
ACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTA
ATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGAGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCA
Intron 6 GTACGTAAAT ... TTCATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 702 | 3.3 | 152.7 |
| A2 | 14.43 | 573 | 0.7 | 103 |
| A3 | 14 | 638 | 3 | 111 |
| A4 | 14.74 | 557 | 1.7 | 104.3 |
| A5 | 16.16 | 339 | 2.7 | 71.3 |
| A6 | 15.73 | 934 | 0 | 190 |
| A7 | 15.92 | 2189 | 0 | 451.3 |
| A8 | 16.01 | 1030 | 0 | 214.3 |
| A9 | 15.34 | 2067 | 0 | 406.7 |
| A10 | 15.52 | 2091 | 0 | 417 |
>TRINITY_DN117039_c2_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoformCCGGCGGCGATTCCGACGCCGGGAAACGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCAGTTGACAGGGTTGTTCCTCCTGCTTT
TGATCGGCCTAAAACAATGACGATTGGACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGGAACAGAATAGAAGTCTTTGCACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTTCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTAATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGG
TGCCGGGGTGGGAAGTTGTGGATTATTCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGCTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCTTCCGATTCCGGCTCTGGCTCTGGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGG
AGAAGGATTGGTTCCCGTTCCCTTTGAAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCAT
TTTGGGCAGACCCCAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGATCCTTCCCCTTATAAGAAAG
CACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGA
TATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTCATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGA
TATACATTGCTGCTGGAGAAATCTATGGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGC
AACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCATCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAA
ACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGAC
GTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAG
TAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGG
AGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCTATCTTTTATTTGACAGATGACAGCTGCTAGTTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTTAATTTAATTTTTATA
>TRINITY_DN117039_c2_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TATTAACTGAAATTCTTGAATATGAAAATTGCCATCAGGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGgtacgtaaattgtttttttccaaaccttttagaattaggcaggattcttctttagctaggagtttgattatggttcttcaaacttcgtaataat
gtatttcatgttgttagtgtgtttcttgcacaatatgttgtggctgttttgtgatatattgtcatttgatcgatgccaatctttttttcatgtcagATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTGGGCAGACCCCAGGTGTATGATTTACTA
TTGTCTATTAATAGATTTTCAGTATGTTTTATAGGTGCCTTTCAGTATTGGGTATTATATGGTATTAATTACTTGTGGGGGAAGGTCTGTGCCTTCATGTTGCATCTTAAAGAAATTAATCTTTAATTTTATGTGGACAGTGAATTCAAAGACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAG
GATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGATCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGACAGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTAC
GCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAA
Intron 7 GTAATCTTAC ... TGTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.53 | 1087.1 | 151 | 434 |
| A2 | 30.59 | 817 | 123.4 | 360 |
| A3 | 29.26 | 817 | 107.2 | 338 |
| A4 | 28.84 | 893 | 141.1 | 362 |
| A5 | 33.08 | 354 | 50.4 | 175 |
| A6 | 29.99 | 1970 | 279 | 844 |
| A7 | 30.65 | 3919.1 | 517.6 | 1732 |
| A8 | 29.99 | 3890.1 | 503.1 | 1666 |
| A9 | 29.2 | 3836.2 | 573.6 | 1582 |
| A10 | 29.25 | 3046 | 410.8 | 1259 |
>TRINITY_DN39528_c0_g2_i6 from sample A6 / Example spliced isoformCGGGGATCGGACGAGCCGAATCATAAAAACACGCGCACATATCTAATTATAAGCAGGCAATTCAGTTCAGTCCGGCGTCTGGATCGTCTTGGAGCTCCGCTATATTGGTTCCCAACAGCCAGAAGCCAAGCCCATAAGCATCTCTGCAGTTGACAGAGTTGTTCTTCCTGCTTTTGATCGGCCTAAAACAATGACGATTG
GACCGTATTTGGAACAAAAATTCTTGATTCCCAGGATGCATTCGATCACAGCAATTGGGATGCAACAGAATAGAAGTCTTTGTACAGAATAAAATGCAGGGCAAGGCTCCAGCGGACGGCCATATAGAGTTCAATAATAATAAGAGTAATAAGTTCCTGGTGATGACTTCGCGGTGCCGGGGTGGGAAGTTGTGGATTAT
TCGTGCCAGCACCAGCATTGTGCTGTGGACTTGCATGGTGCAGTTGGTGGTGTTGGGTCATATCTGGGGCCCTCGGGTGCTTAAGAGCTGGCCCGCTTGCTTTACTTCTGCCGCGTCTGGTGTTGCCTCCGGTTCCGTCTCTGGCTCTGGGTCTCCTTCCCCTTTAGCAGCAGGAGAAGGATTGGTTCCCGTTCCCTTTG
AAATTCAAGCAAAAGACCTCCTCCCTCTCAAGAGACTTTACAAAAGCAATGGATTCCTAATGGTCTCTTGCAATGGAGGCCTGAATCAGATGCGAGCTGCGATTTGTGACATGGTTACAATTGCAAGGTTTCTCAATGTGACTCTGATTGTCCCAGAGCTGGACAAGGCTTCATTTTGGGCAGACCCCAGTGAATTCAAA
GACATATTTGATGTGGATCACTTTATCACATCCCTTAGAGGAGAGGTTAGGATAGTCAAGGAGCTTCCTTTAAAGCTGAAGGCAAAGGCAGAAAATGGAGTCTTCACCATGCCTCCTGTGAGCTGGTCGAACATGTCCTATTACCTGCATCAGATCCTTCCCCTTATAAGAAAGCACAAAGTTCTGCATTTGAATAAGAC
AGATGCACGTCTGGCAAATAATGGCCTGCCACTTGAGCTTCAAAAGCTACGCTGCCGTGTGAATTACAACTCTCTGGTTTTCACTTCAAAAATTGGAGAATTGGGTCAAAAAGTTTTGAAAATGTTGCAACAGAATGGTCCTTTTGTGGCCCTTCATCTTCGTTATGAAATGGATATGTTGGCCTTTTCTGGTTGTACTC
ATGGCTGTACTAATGAAGAAGCTGAGGAACTCACCAGACTGAGGCATGCTTACCCATGGTGGAAGGAGAAAGTCATAAATTCTGACATTAAGAGGAAGGATGGACTGTGTCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCATTAGTTTTGAAGGCTTTTGATTTTGATCGCAATATTCGGATATACATTGCTGCTGGAGAAATCTAT
GGGGGAGAAAGAAGGATGGATGCCCTCTATTCAGCTTTTCCAAACATTGTGAGGAAGGAGACACTTCTTAGTCCAATGGATTTAAAGCCATTCCAAAATCATTCATCTCAAATGGCTGCACTGGATTACATGGTGTCTTTGGCCAGTGATGTGTTTATTCCCACATATGATGGCAACATGGCAAAAGTTATGGAAGGGCA
TCGCAGGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGACACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATG
CCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGAAATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCC
TTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAATCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGC
TGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATTGCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGAGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGA
GAATTAATCAGTTGCTATCTTTTATTTGACAGATGACAGCTGCTAGTTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTTAATTTAATTTTTATATGGCAAAGG
>TRINITY_DN39528_c0_g2_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:TATGATGGCAACATGGCAAAAGTGATGGAAGGGCATCGCAGgtaatcttacattgttttgcacatacctggcagagagaatatagtggttagctactagtacttgctgtggtggtgacaagtttagttctattggaatcacaccttgttcccacagcactactatcgtcaagaaaccattttctgataaaccaagaaatg
ggaatattgggcatcaactaccttttggaagctcagcttaccatggtttccttttgtgtttttacatttcatcttaggaatcaataattgttcatgttttatttttgggttatttcatttatatagccaaaattttgaatcaattctgcttgaattgcatgtatgataatgcttgaactggttgaaaatgaatgattatc
tattttcaaatttagcaacattgtatgatatgttcattgttcaataatgtgtggcagGTTCGTTGGATTTCGACAAACAATTTTGCTGGATCGGATACATCTGGTTGAACTTATAGACCAATATAACAATGGTTTGCTGCACTGGGAAGAATTTTCTCTTGCTGTTAAAAATGCACATGTAGATCGAATTGGAGGACCGA
CACCTAGATTGGCAATACCTGATAAACCCAAGGACGAGGAATACTTTTATGCCAACCCTCAAGAGTGCTTGCAGCAGATATTTGATGACCAACTCCATTCTATTTAGTTGTTTATTATCACTACAATTATAATTTTTGGACTAGTGTCCCAAAAGTGAGCACCAGAATGTAGTTGCTATGTTATTTTCATGATCAAAAGA
AATAGCTCTAGCAGAGTATACTGACGTCCAAGCATGGCATATTCGTTATCCTTCATTGAAACACTGGGAGACATGTGCTTGCTCACATAATTATTGACGAGTCCTGCCTTGTGGAACCCAACTATATCAGGTTACCATATGACAGTTTCAAGCATGTTGGTCTATTTCAGATTGCCGGATACTAAATTCAACTGTCATAA
TCCAAACAACATCTATGTACATGAGTAGTCTCATATTGTATAGTTCTGTGCTGGGAGTAATCAAAATAATCTTCATATGAATTCTTCTGAGATGTAATGACATCTTCATACCGCACCTATATTTGTGTGGGATAACCACCGAGTGACATCATGGAATGTAAAGAGATATTTATTCTTTGTTGGATCACACACCTATAATT
GCATTTTTCATTATGGCTAAGATGGAGTTGTCCTCAGCAGAAATGATAGGAGAATTAATCAGTTGCTATCTTTTATTTGACAGATGACAGCTGCTAGTTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTTAATTTAATTTTTATATGGCAAAGG