sp|Q9LN22|PPR54_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial


Intron 1 GCAAGCCAAA ... TCCTTCCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A9621420.324
A1066.721220.426



>TRINITY_DN122848_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
GCGATGACATGATTCTCAAAGGAAGTTTTAAGGAAATATGTGATAGACTAGAGGGAACACAAATGGAGCACAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACA
GCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCTTCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAAC
CCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTGAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAG
GCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAATGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGA
CATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCCGGAAGATGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCA
GGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATGTTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGA
GCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCC
AATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATA
CTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTT
AAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTT
TTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGA
ATCGTGAATGATTCTTCCATCTAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGG
TGGTTTAGGATCTGCACAATCAACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGGTACTTTC
CTTCATTTCTTGCCTATGCTTTGTTTGGTTTTTGAATTCTGAAAATGATATCCTGAGCTGCT


>TRINITY_DN122848_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GCGATGACATGATTCTCAAAGGAAGTTTTAAGGAAATATGTGATAGACTAGAGGGAACACAAATGGAGCACAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACA
GCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCTTCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAAC
CCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTGAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAG
GCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAATGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGA
CATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCCGGAAGATGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCA
GGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATGTTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGA
GCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCC
AATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATA
CTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTT
AAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTT
TTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGgcaagccaaatccatcctgctgttgcataaaaaccttattgtttaaatcctttttg
aaatataagactctttgcaatatttttctggaatctgaaatgcaaatgtctaggatagccaaattttattcacgtaacctacttcaaaaattgaaagatgagatggctatgcacggaatgccttccttcccag
GAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGA
TTCTTCCATCTAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGAT
CTGCACAATCAACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGGTACTTTCCTTCATTTCTT
GCCTATGCTTTGTTTGGTTTTTGAATTCTGAAAATGATATCCTGAGCTGCT




Intron 2 GTAATATAAC ... TTTACTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1034.33443016



>TRINITY_DN131174_c1_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform
AAGGACTCCAGTCATTGTACAGAGCGTATTTGGTTTGGCTGTAAGTAAGGACTAGGCGAGCGAGCAATGCAACGGTTGAATTTTGGCTGATTTTGTTGGTCGTTGGATTTTAAGTAGCTATTAGTAAATCCAACTGCAGCATACACTGTAGAATGCTTATTGCTCAAAGCAGGCCACTAGTGCTATGCTGCTATTTTTCT
ATGTTGAAAGTTGAGCGTCATCTAAGCCACTTGTTATTGATTCATTCCCAGCAAACAATCTATCTGGCGTGAAGCCTGCCCCTGCCCTCCTTTTTTCTATCAGCAGTATGGTCAGCTATGGAATTGGTAAATAAAGGGTGCTAGCTAGGATCACCTAAAATGGGGAAAAGTTAAACGTCTCCGTGCGTTGCTACGCTATT
TGTCTATGTTGAAAAAAAATTATATTAGAGGATTTCTTGCGGATGGCTTAATGGCCTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTAAAGGCGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACATTAATGTCCATAAAACTTAAGCGTATCCATGGCATTTTACCTTCCGGCCACTTATTCACACCTTCCAA
TTGTAGAATTCGCCTTGTCACTCAAACCTATATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCTAAATCTCGACGACGAACCAGAGCAGGGTACCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATT
CGAGTTTGGATCTCTCCAGAATCTCTGTTAACATTTCCCCTGTTTTGGTGGAGCAACTGATTAAGAGATGCTGCGAGGTGAGGTACGGGATCGCGTGGAGAGAGGCACTGGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGTGATACACTCACAGCCCCGATGCTTACAATGGAATGCTGGATTTCTTAGGTAAGGTCAAG
CAGGTCAGTTTGGCTTGGGATGTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTTTATTACCGTTAGAACGTTTCCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCCGACATGACTACTGAAGCCATTTATACATTTAAATGGAGGATTATGGTTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTTGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCCG
GAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCTCTTTTTGAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCATGGCCTATAATATTAGCAAGGCGCAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCATGTTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATA
AATTGAATGAGGCCGAGGCTGTTTTCCACGAAATTATCGACAGTGGTTGCTCACCGACTACGTTCACCTTTAATGCTGTGATCCCAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAATGCCTTACAGGTGCATAACCCGCTGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGC
AGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTCTAGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAGTTCATCGAGTGGTTTTCGAATACGTAACTTCTGTCTTCGCAAAGAAGGATTCCTCCGTCGCGATTATGGACCTACACGAGATTATGGAATCGATATAAGCAGGGGTGCTATTGACATCGCCACAGTTTTGAT
AACTCCAAACTTATTGCAATCTTTTATGTGACTGATAAGTCACCAGCAATACCTGTGGAGGTTGTTGTATAAATTCTGGTGCTGCCTGTATTAAAGCAAAAACATGACGAGTTTATGTTGAGAGAACTTGTGAATCGATGGAATAATCACAAGATAATGGTCCGTTGGCTGTCTCACTTGTTTGGATATTTGGATCGTTT
CTTCACCACAAGACACTATCTTCCAGCACTGAAGGAAGTTGGCCTTACCTGTTTTCATGACCTGGTCTATCCGGAACTGAAGACTAATATAAGAAATGCAGTGATTTCACTGATTGATCGGGAACGTGAGGGAGAACAGATAGATCGTGC


>TRINITY_DN131174_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAGGACTCCAGTCATTGTACAGAGCGTATTTGGTTTGGCTGTAAGTAAGGACTAGGCGAGCGAGCAATGCAACGGTTGAATTTTGGCTGATTTTGTTGGTCGTTGGATTTTAAGTAGCTATTAGTAAATCCAACTGCAGCATACACTGTAGAATGCTTATTGCTCAAAGCAGGCCACTAGTGCTATGCTGCTATTTTTCT
ATGTTGAAAGTTGAGCGTCATCTAAGCCACTTGTTATTGATTCATTCCCAGCAAACAATCTATCTGGCGTGAAGCCTGCCCCTGCCCTCCTTTTTTCTATCAGCAGTATGGTCAGCTATGGAATTGGTAAATAAAGGGTGCTAGCTAGGATCACCTAAAATGGGGAAAAGTTAAACGTCTCCGTGCGTTGCTACGCTATT
TGTCTATGTTGAAAAAAAATTATATTAGAGGATTTCTTGCGGATGGCTTAATGGCCTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTAAAGGCGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACATTAATGTCCATAAAACTTAAGCGTATCCATGGCATTTTACCTTCCGGCCACTTATTCACACCTTCCAA
TTGTAGAATTCGCCTTGTCACTCAAACCTATATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCTAAATCTCGACGACGAACCAGAGCAGGGTACCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATT
CGAGTTTGGATCTCTCCAGAATCTCTGTTAACATTTCCCCTGTTTTGGTGGAGCAACTGATTAAGAGATGCTGCGAGGTGAGGTACGGGATCGCGTGGAGAGAGGCACTGGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGTGATACACTCACAGCCCCGATGCTTACAATGGAATGCTGGATTTCTTAGGTAAGGTCAAG
CAGGTCAGTTTGGCTTGGGATGTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTTTATTACCGTTAGAACGTTTCCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCCGACATGACTACTGAAGCCATTTATACATTTAAATGGAGGATTATGGTTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTTGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCCG
GAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCTCTTTTTGAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCATGGCCTATAATATTAGCAAGGCGCAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCATGTTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATA
AATTGAATGAGGCCGAGGCTGTTTTCCACGAAATTATCGACAGTGGTTGCTCACCGACTACGTTCACCTTTAATGCTGTGATCCCAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAATGCCTTACAGGTGCATAACCCGCTGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGC
AGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTCTAGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAGTTCATCGAGTGGTTTTCGAATACGTAACTTCTGTCTTCGCAAAGAAGGATTCCTCCGTCGCGATTATGGACCTACACGAGATTATGGAATCGATATAAGCAGGGGTGCTATTGACATCGCCACAGTTTTGAT
AACTCCAAACTTATTGCAATCTTTTATGTGACTGATAAGTCACCAGCAATACCTGTGGAGGTTGTTGTATAAATTCTGgtaatataactttaaaataaagctttgaaatttaacttttacagtagacattcatctggtatgttttggctctttttattttgctatctttgctaacttaagcatatttaccatttctcttg
cacactatgctgaatttttcttcggtttcattaatggatgctttaatctatattaccatgttatgatccatgaatcttcagaaaaaacaaccttaattttttaatataaagcgcatatattgtttactcagactacccttcgacctgtcaccttaaaaaatgtataagaggataagaccttaaaaatgaagaggagcagc
tttcgtccttttgatggtaagatcataatggcatttaggacgttacagatatgagtacttattgctgttgttggtattggaaacgatattaccgagctttcgagacgatattaaatctaggagcttaccgttaattgtttggttcgttctactttttcagaaacagagaatgggtgggaattgttggtggtcctctgtat
tgtaacccaaagagaaagctatatgcgccttacgcaatgaactttggaaagtcttggctagaaataggatagaaggagcttaaaaaaacattaagcacctcttatttagctccacaaaatcatgacttaccaatagatttgacatgtaggagtgggtactcctatggtgtaggaaatgaaaaaaagagggtactcctagg
gtactcttatgttgctagtaggctggttgtagtggtctggtccctattagttttggtcgacctatttttggataggtcccctgtttagaacggacatatggactgataattagtgatatgtggtagctatatgttttgtattgaacagtaatgtgtttttcttatctcgattcacaatttctgaatagcagacatactgg
tctttttcttgttgaaaaaaggaaaattaaaaaaaagttggtatgcggtatccgtctcttgttaaaagactttatggttctttgaacgggcctcaatatgttgagttttgcaacttgtgaatagtgatttagagtcagacatactgcttaactctttcagcgtgttcaataggcatgaaagtaactccttaaaagttatg
aaagtaactttaaaaaaaaaatcttaatagtaatagtttgattatttaaaagtttatagaggaaagctaaatcattaaccggaagtatgttacaaacttacaacactgcttctcagtctagtgctttctgcaattttgtcttattgttcgtgctatgttagggacattgccacctggtttgtttgaaagggttctatgtt
ttcgactagttaattataaattataaatttgaattttttgttatttgaaagggttccatgtataaattataagtttgaatttttttgtaaagtgcattggttgttttactttag
GTGCTGCCTGTATTAAAGCAAAAACATGACGAGTTTATGTTGAGAGAACTTGTGAATCGATGGAATAATCACAAGATAATGGTCCG
TTGGCTGTCTCACTTGTTTGGATATTTGGATCGTTTCTTCACCACAAGACACTATCTTCCAGCACTGAAGGAAGTTGGCCTTACCTGTTTTCATGACCTGGTCTATCCGGAACTGAAGACTAATATAAGAAATGCAGTGATTTCACTGATTGATCGGGAACGTGAGGGAGAACAGATAGATCGTGC




Intron 3 GTACTTTCCT ... TTCTTATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A142.86451
A2100022
A342.86451
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A550120
A646.1521297
A763.86153122
A851.96437518
A946.07242912
A1046.3411109



>TRINITY_DN45371_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform
CAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCT
TCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCAC
CCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAA
TGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTTTATTACCGTTAGAACGTTTCCAATTCCGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGC
CTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCCGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATG
TTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGC
CTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCA
TTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAG
AGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAG
AACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATC
ACTTGATGGTATGGCATTGATGACCTCACCATGACTCTGGTTCATGGGCAGGTTGAACAGTTTCAAGAAGTTCTAATCAGATTTGCTTGCTCATTGAACTACATATGTAATCAAGTTTTATTTGAAGCACCTGAAATGCAGTCTTCTGCTACAAACTTTCCTGTTATACTCTGTAAATTAAAAAAAAAATCAGGTTTTTA
TCTATTGGCATGATATTGTTGGATGCTATCTTATAGGTGTGTAACAAATCGCTGTCTTGCAGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGCAAGCCAAATCCATCCTGCTGTTGCATAAAAACCTTATTGTTTAAATCCTTTTTGAAATATAAGACTCTT
TGCAATATTTTTCTGGAATCTGAAATGCAAATGTCTAGGATAGCCAAATTTTATTCACGTAACCTACTTCAAAAATTGAAAGATGAGATGGCTATGCACGGAATGCCTTCCTTCCCAGGAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGATTCTTCCATCTAAGA
AGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGATCTGCACAATCAACCC
TCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGCCATGTCAGGTTTTCATGATGCAGTAATTGATTC
AAATGCTTTACTGGAATTTATTGTTTGGTATTGATCTTCTGGCAAAACAAATTTGAAATGTCAAATTGCTTTTTAAAATGAACTGTAAATACTTTTAAGTCCGTATACAAAATTCATTGACTTTCTGAAATTGATTTTGCCAGAGAGCACATTCTTAGCTAAGTGAATAATGGGTTGGATGCATTTACTTTAAGAATAGA
TTGGATGGTGGATTTATACGATGTAAAATGTCATTTTGTTCACTTCTCCCATCCCATTTATTGGATCATATATCTAG


>TRINITY_DN45371_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGT
GTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTC
AGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTT
GTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGAG
AGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGATTCTTCCATCTAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTG
CTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGATCTGCACAATCAACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATC
TGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGgtactttccttcatttcttgcctatgctttgtttggtttttgaattctgaaaatgatatcctgagctgctaattttttttcgtagttgtcatctatacttatgttcattgcagctcttttgacgttgttcttatcagCCATGTCAGGTTTTCATG
ATGCAGTAATTGATTCAAATGCTTTACTGGAATTTATTGTTTGGTATTGATCTTCTGGCAAAACAAATTTGAAATGTCAAATTGCTTTTTAAAATGAACTGTAAATACTTTTAAGTCCGTATACAAAATTCATTGACTTTCTGAAATTGATTTTGCCAGAGAGCACATTCTTAGCTAAGTGAATAATGGGTTGGATGCAT
TTACTTTAAGAATAGATTGGATGGTGGATTTATACGATGTAAAATGTCATTTTGTTCACTTCTCCCATCCCATTTATTGGATCATATATCTAG




Intron 4 GTACTTTCCT ... TTCATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A162.5350
A2100022
A355.56451
A4100011
A566.67120
A661.718294
A777.593117
A868.18357515
A964.4416294
A1071.434103



>TRINITY_DN46221_c1_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
GGAGCACAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATT
TTACCTTCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGG
ACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACA
ATGAAATGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCA
GTTGCCTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCAGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACC
CAATGTTTATACCTATAGTATTCTTATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTG
GGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATG
AAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTT
CAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAA
TTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGC
TTATCACTTGATGGTATGGCATTGATGACCTCACCATGACTCTGGTTCATGGGCAGGTTGAACAGTTTCAAGAAGTTCTAATCAGATTTGCTTGCTCATTGAACTACATATGTAATCAAGTTTTATTTGAAGCACCTGAAATGCAGTCTTCTGCTACAAACTTTCCTGTTATACTCTGTAAATTAAAAAAAAAATCAGGT
TTTTATCTATTGGCATGATATTGTTGGATGCTATCTTATAGGTGTGTAACAAATCGCTGTCTTGCAGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGCAAGCCAAATCCATCCTGCTGTTGCATAAAAACCTTATTGTTTAAATCCTTTTTGAAATATAAGA
CTCTTTGCAATATTTTTCTGGAATCTGAAATGCAAATGTCTAGGATAGCCAAATTTTATTCACGTAACCTACTTCAAAAATTGAAAGATGAGATGGCTATGCACGGAATGCCTTCCTTCCCAGGAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGATTCTTCCATC
TAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGATCTGCACAATC
AACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGCTCTTTTGACGTTGTTCTTATCAGCCATG
TCAGGTTTTCATGATGCAGTAATTGATTCAAATGCTTTACTGGAATTTATTGTTTGGTATTGATCTTCTGGCAAAACAAATTTGAAATGTCAAATTGCTTTTTAAAATGAACTGTAAATACTTTTAAGTCCGTATACAAAATTCATTGACTTTCTGAAATTGATTTTGCCAGAGAGCACATTCTTAGCTAAGTGAATAAT
GGGTTGGATGCATTTACTTTAAGAATAGATTGGATGGTGGATTTATACGATGTAAAATGTCATTTTGTTCACTTCTCCCATCCCATTTATTGGATCATATATCTAGCTTTTGAGCCAGTG


>TRINITY_DN46221_c1_g2_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GGAGCACAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATT
TTACCTTCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGG
ACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACA
ATGAAATGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCA
GTTGCCTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCAGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACC
CAATGTTTATACCTATAGTATTCTTATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTG
GGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATG
AAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTT
CAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAA
TTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGC
TTATCACTTGATGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGCAAGCCAAATCCATCCTGCTGTTGCATAAAAACCTTATTGTTTAAATCCTTTTTGAAATATAAGACTCTTTGCAATATTTTTCTGGAATCTGAAATGCAAATGTCTAGGATAGCCAAAT
TTTATTCACGTAACCTACTTCAAAAATTGAAAGATGAGATGGCTATGCACGGAATGCCTTCCTTCCCAGGAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGATTCTTCCATCTAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAA
TCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGATCTGCACAATCAACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGG
CTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGgtactttccttcatttcttgcctatgctttgtttggtttttgaattctgaaaatgatatcctgagctgctaattttttttcgt
agttgtcatctatacttatgttcattgcag
CTCTTTTGACGTTGTTCTTATCAGCCATGTCAGGTTTTCATGATGCAGTAATTGATTCAAATGCTTTACTGGAATTTATTGTTTGGTATTGATCTTCTGGCAAAACAAATTTGAAATGTCAAATTGCTTTTTAAAATGAACTGTAAATACTTTTAAGTCCGTATACAAAA
TTCATTGACTTTCTGAAATTGATTTTGCCAGAGAGCACATTCTTAGCTAAGTGAATAATGGGTTGGATGCATTTACTTTAAGAATAGATTGGATGGTGGATTTATACGATGTAAAATGTCATTTTGTTCACTTCTCCCATCCCATTTATTGGATCATATATCTAGCTTTTGAGCCAGTG




Intron 5 GTACTTTCCT ... GCCATGTCAG

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>TRINITY_DN44715_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform
GAAGTTTTAAGGAAATATGTGATAGACTAGAGGGAACACAAATGGAGCACAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCA
CAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCTTCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCC
TTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGG
GCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAATGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTA
TGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCAGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGG
CACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATGTTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAA
AGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACA
GCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTA
CCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATG
CCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAG
CGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGCAGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGATTCTTCCATC
TAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTTACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGATCTGCACAATC
AACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTTTGAGAATCATCCTGGTTTTCATGATGCAGTAATTGATTCAAAT
GCTTTACTGGAATTTATTGTTTGGTATTGATCTTCTGGCAAAACAAATTTGAAATGTCAAATTGCTTTTTAAAATGAACTGTAAATACTTTTAAGTCCGTATACAAAATTCATTGACTTTCTGAAATTGATTTTGCCAGAGAGCACATTCTTAGCTAAGTGAATAATGGGTTGGATGCATTTACTTTAAGAATAGATTGG
ATGGTGGATTTATACGATGTAAAATGTCATTTTGTTCACTTCTCCCATCCCATTTATTGGATCATATATCTAGCTTTTGAGCCATTGGCAAAAGTTTTTTTCTTTTTCATTCCTTTAGGATACCTCTCAATTTATTCAATTTATTGAGTTTATCTGAATATATTCTTATAATTAACGAGGGC


>TRINITY_DN44715_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GAAGTTTTAAGGAAATATGTGATAGACTAGAGGGAACACAAATGGAGCACAAGCACATGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCA
CAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCTTCCGGCCACTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCC
TTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATACTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGG
GCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAATGCTGGATTTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTA
TGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTCGCAATTGTGCTCAGTATGCTCTCCAGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGG
CACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATGTTTATACCTCTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAA
AGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGATCTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACA
GCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTGTGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTA
CCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAGAAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATG
CCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGAAAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAG
CGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGGTATGGCATTGATGACCTCACCATGACTCTGGTTCATGGGCAGGTTGAACAGTTTCAAGAAGTTCTAATCAGATTTGCTTGCTCATTGAACTACATATGTAATCAAGTTTTATTTGAAGCACCTGAAATGCAGTCTTCTGCTAC
AAACTTTCCTGTTATACTCTGTAAATTAAAAAAAAAATCAGGTTTTTATCTATTGGCATGATATTGTTGGATGCTATCTTATAGGTGTGTAACAAATCGCTGTCTTGCAGATGCATGCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGCAAGCCAAATCCATCCTGCTGT
TGCATAAAAACCTTATTGTTTAAATCCTTTTTGAAATATAAGACTCTTTGCAATATTTTTCTGGAATCTGAAATGCAAATGTCTAGGATAGCCAAATTTTATTCACGTAACCTACTTCAAAAATTGAAAGATGAGATGGCTATGCACGGAATGCCTTCCTTCCCAGGAGAGATCGAAGATTCTAAGTGGAAGTACTCTGC
AGCATCCCACACATAACTCTGAATCGTGAATGATTCTTCCATCTAAGAAGCCGCAGTACATAGGCACCCTGAACCAGGGGAGTAATGAATCGGATAATCATTGGGTGAACATGGTGCTAATAATGTCATTCCCCGTGTTTGTTTAATTTTCTTCTATGAATAGTGGCTGCTACCACATGATGCATGTTACTCTGGGTTTT
ACGAGTTCTTTTACGCCATTGGTGGTTTAGGATCTGCACAATCAACCCTCAAGATTATGGATTTTCAAAATTGATGGATCCCATGAAAGTTTCCAGGCTTTTCAAGTAGCATCATAATTGACAGTAAAATCTCTAGGCCTGCAGAGTAAAATGGTGCATCTCAGCGATCTGTGCACAATTACAGGCACACATTTTATCTT
TGAGAATCATCCTGgtactttccttcatttcttgcctatgctttgtttggtttttgaattctgaaaatgatatcctgagctgctaattttttttcgtagttgtcatctatacttatgttcattgcagctcttttgacgttgttcttatcagccatgtcagGTTTTCATGATGCAGTAATTGATTCAAATGCTTTACTGGA
ATTTATTGTTTGGTATTGATCTTCTGGCAAAACAAATTTGAAATGTCAAATTGCTTTTTAAAATGAACTGTAAATACTTTTAAGTCCGTATACAAAATTCATTGACTTTCTGAAATTGATTTTGCCAGAGAGCACATTCTTAGCTAAGTGAATAATGGGTTGGATGCATTTACTTTAAGAATAGATTGGATGGTGGATTT
ATACGATGTAAAATGTCATTTTGTTCACTTCTCCCATCCCATTTATTGGATCATATATCTAGCTTTTGAGCCATTGGCAAAAGTTTTTTTCTTTTTCATTCCTTTAGGATACCTCTCAATTTATTCAATTTATTGAGTTTATCTGAATATATTCTTATAATTAACGAGGGC




Intron 6 GTATGGCATT ... TGTCTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A131.911696
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A833.4142.32814
A939.3327314
A1028.9221134



>TRINITY_DN131174_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCTTCCGGCCA
CTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATA
CTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAATGCTGGAT
TTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTCGCAAT
TGTGCTCAGTATGCTCTCCCGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATGTTTATACCT
CTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGAT
CTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTG
TGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAG
AAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGA
AAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGA
TGCAT
GCTGGATTTCATCTGTTCTGTGATGTATGGACTGACCAACAAAAAGAATATTTTAAGACAGGCAAGCCAAATCCATCCTGCTGTTGCATAAAAACCTTATTGTTTAAATCCTTTTTGAAATATAAGACTCTTTGCAATATTTTTCTGGAATCTGAAATGCAAATGTCTAGGATAGCCAAATTTTATTCACGTAAC
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>TRINITY_DN131174_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGCTAATTCACAGGTCACAATAAAGATGCCCAAAAAATTATATTGGAGGATTTCTTGTGGATAGCTCAATGGCTTCAGCTACGAGGGTTTAGGGTTTAAGCTGTTCAAAAACCCTATGCACAGCACTCATTTTGGGCCACTCACAGGACAATAATGTCCATACCACTTAAACGAATCCAAGGCATTTTACCTTCCGGCCA
CTTATTCACGCCTTCCAATTGCAGAATTCGCCCTGCCACTCGAACTGAGATCTTCAGAAAATGCTCGACAATGCCAAATCTCGACGATGAACCAAAGAAGGGTCCCGAGTTCGACTCCCAACCCGTCGAAGAGATACATTCCCTTCTCAAAGACCATCACAGGCGGAGCTCAATGGTCGAGGCAGGACGCACCCAGAATA
CTTTCTTAGACCCTAATTTCAGCTTAGATCTCTCTCGAATATCTGTTAACATATCCCCTGTTTTGGTGGAGCGAGTGATTAAAAAATGCTGCGGCGTGAGGTACGGTATCGCGTGGAGAGAGGCACTTGCGTTCTTCAATTGGGCAGGTTCGCAGAAGGGATACACTCACAGCCTCGATGCTTACAATGAAATGCTGGAT
TTATTAGGTAAGGTCAAGCAATTCAGTTTGGCTTGGGATTTAATGGATGAAATGAAGAAGGGAAATGTTTTGATTACCGTTGGAACATTTTCAATTCTGATTAGGAGATATGCTAGGGCTGACATGACCACTGAAGCCATTTATGCATTTAATCGCATGGAGGATTATGGGTGTCAGCCTGATTCAGTTGCCTTCGCAAT
TGTGCTCAGTATGCTCTCCCGGAAGAGGCACGCTGATGAGGCTCAGGCCCTTTTTGAGCGTTTGAGGAATAGGTTTAAGCCTGATACAGTGATCTACACCACCCTGATTCATGCGTGGTGCAGGGCCTACAATATTAGCAAGGCACAGAGGGTTTTTGAGGAGATGAAGGAGGAAGGGATCCAACCCAATGTTTATACCT
CTAGTATTCTCATTGAATGCTTCTGTAGAGATAATAAATTGAATGAGGCCGATGATGTTTTCCACGAAATGATAGACAGTGGTTGCTCACCGACTACAGTCACCTTTAATGCTTTCATCCGAGCCCATGTGAAGGCTAATAAAAGGGAAAAAGCCTTAGAGGTGCATAACCAGATGAAGAGATTTGGGTGCCTGCCTGAT
CTTATCACCTATAATTTTCTTATTGAGAGCCATTGCAGGGATGATAAAGTAGACCATGCGCTCAAGCTTATGGATCAGATGGCTATCAAAGGTGTTCAGCCTAATCCATCGAGCTTTACTCCAATTTTCAAGTGTATTTCACAGCTGAAGGATGTTAATGCAGCTCAGAGGCTGTTCTCTAAAATGAAGCATTTGAATTG
TGCCCCCAATATAGTTACATACAATGTTTTGATGGACATGTTTTCCCAAACAAAGTCAACAGATATGGTGTTGAAGCTTCGGAGCGAAATGGAACAGAGTGGGTGTGAGGCAAATGTTAATACTTACAGAATTTTGATTGCTACCTTTTGTCAGTTTGGTCACTGGAATCAAGTGTATAAGCTTTTCAAAGAGATGACAG
AAGAAAAATGTATTCGCCCAACTCCCACTGTATATAAGATGGTTTTAGATGAGCTGCGGAAGGCAGGTCAGATGCAGAAGCATGAAGAACTAGTAGATAAGATGCATGCCAAAGGATATTTTAAACGGCCCTGGGAAGCTATGCCAAGAACAAAGCGTTAACAATTTTCATCAAAATACTGGATAATTGAGAACAAGGGA
AAGTTATAATGCATTTGGACTAATGCATAGAAAGAGATAATTTGCTCTGCAATAGGTCTCCAGAGATTTGTAAAGGCTTCCAACGTGAAGCATTAATAACGGACTTGAACGAATCTCTTCTTTTAAGGCCTCCCGTGACCAAGCGCCCCCTTGTCAATTCTTTAAACATTTGGCATCTATTGCGGCTTATCACTTGATGg
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