NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTGGCT ... TTTTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.97	8	17	6
A2	64.71	6	7	15
A3	55.56	2	3	2
A4	36.36	14	6	10
A5	41.18	10	4	10
A6	31.71	14	5	8
A7	13.43	29	2	7
A8	17.86	23	2	8
A9	13.51	16	0	5
A10	28.57	5	4	0

>TRINITY_DN109408_c1_g3_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

ATAACATAAATATGACTGAGAATATCTGTTTGAAAACATTACAGAGCTACTAACTACATATCTAATAGTACTCGTGGTAAGATTTGATAACAGGCATAAATCGTTAACGCAAAGAGGAATCATATGCCCAGCCGGAGCTATGATAATGGCAGCCCCGCCGCCTGACCTTGACCGAGCAACAGGCCCACCTCGACCTAGGA
TAATGGCAGACCCGGTCCGGCCCCCAGCCCGAGCCCCAGACCCACCTTGACCTACGATAATGACAACCCGGACCCAGGCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGGTTCTGACGCAGGCGATGAGTTCGTACAATCCCAGACTGAGCGATCCAATGAATATTTAGTATGGAGCGTGTCAAATATCTTAATTCATGA
GACTGGTCCTCTACTCACGTGTGATCTCGGCCCGGAAGGTTCAAAAACCTTCTCAAAGACAATGGATCCAAATAAGAGATATCCAAAGAAAAAAACAGTCTGCTAGTTTCGTTCTTTTCGGCGTAGGATGATGATGTATTCATGTTGATTGCCTTCTCTTTGATGTCCGTGGGTGTGGGATTCTCATGAAACAACTATTA
ATAATGGGTAAGTAATTCAACCACATGGAATTATCTCGATATAAGGATAAGGAAGGATTGCATATTTTATATTTATTTAATTTTGTTTTCTCTATATTAAATTTAGATTGTAAATCTATTTAATGGATTTTTTTTATTTTTCAGGGCAATCATGGATGATATATCAAGAATGAAAACAAAAAATATGGATGATACCACAC
AAATGAAAACAAGAAATGAAAAATTCATTCTTTAATCCAATGTTTATATACATAAAGTAAGAACCTCCTCTATGATTCTTTTTTTCATAATAATTAGTTATTGTTGTAAATTTTCTTATCTTGCTTTGATGGATTCTTGTGAGAATCTCATCTTTGTTTATATTAATGTGTTTTAAGGTTTGATTTATTCCCATTATTTC
ATCATATTTTTTAAAACTTAAGTTGTAGAATCCTCACTCAACATATGTCTCATTATACCCTTCACTTATTATTGCCTCCCTGAACTCAAAGAACTCAAGAGCATCTATTTATAAATGGGAATATAATCCATAACTCACTGGTATATCTCATACTTATCCTCAGAACTACTTTATTGTTTCATTCCCTCCTTTGGAGGTAG
CGTTATTAAAGCCCACATGATTTATAATTAATCTCTGCAAATTCTATTTGCACGTGCTAAACATAGTGAAATGCATTGATCATCTAAATTCTTTGGCTAAGGAATCAAACAGCTTATATGATTCTCCCTTTACCCGTTTGATCAACAACTCCATATTGAAACACTCCAGCATTCAATTTGTTGGTTGACAAGCACCTCAT
ACTATCATCTTGCGAGTCAATTAAGATTCATGCCTACTGGATTACGGAAAACTATACAATCATCGAGGCTCATTTGATATGCTTATTTATACCTGTTTTCATCCCATTCTTCGGGCTTAACCAGTACCTGCCTCCAATCAGGCACGGAGTTAAATGAATCATATACATAAGAAGGTTTCTGGAGACTATTCCCTTTGCAG
AATAAAAATAAGATGAGGTACGAAGTTAAAATCTAATCTCATTATGAATATGCTATTGGGGGTTATCCCAGTCGATAAAAAAACGTCTC

>TRINITY_DN109408_c1_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTAGGTAGATGACAGGATTGAACTGTATAAGTCTATTGTTGATGTTGGTAGATTGATAATAGGAATGATGTGTAATATAATGATATAAGGGTTGATTTGTGCAGGAGCGTGTCAAATATCTTAATTCATGAGACTGGTCCTCTACTCACGTGTGATCTCGGCCCGGAAGgtgagtggctatagatctatattcctttaat
atctatgttttgacaaagaagtccatatattaactgtgtatgtattttaatgttttattggttttagtgttttatctattctaaagattttgtaattttttacattggaagttgaagtcattttgggttttctaattaatttacgttatatttaataaattaaatagatttttgtcagGTTCAAAAACCTTCTCAAAGAC
AATGGATCCAAATAAGAGATATCCAAAGAAAAAAACAGTCTGCTAGTTTCGTTCTTTTCGGCGTAGGATGATGATGTATTCATGTTGATTGCCTTCTCTTTGATGTCCGTGGGTGTGGGATTCTCATGAAACAACTATTAATAATGGGTAAGTAATTCAACCACATGGAATTATCTCGATATAAGGATAAGGAAGGATTG
CATATTTTATATTTATTTAATTTTGTTTTCTCTATATTAAATTTAGATTGTAAATCTATTTAATGGATTTTTTTTATTTTTCAGGGCAATCATGGATGATATATCAAGAATGAAAACAAAAAATATGGATGATACCACACAAATGAAAACAAGAAATGAAAAATTCATTCTTTAATCCAATGTTTATATACATAAAGTAA
GAACCTCCTCTATGATTCTTTTTTTCATAATAATTAGTTATTGTTGTAAATTTTCTTATCTTGCTTTGATGGATTCTTGTGAGAATCTCATCTTTGTTTATATTAATGTGTTTTAAGGTTTGATTTATTCCCATTATTTCATCATATTTTTTAAAACTTAAGTTGTAGAATCCTCACTCAACATATGTCTCATTATACCC
TTCACTTATTATTGCCTCCCTGAACTCAAAGAACTCAAGAGCATCTATTTATAAATGGGAATATAATCCATAACTCACTGGTATATCTCATACTTATCCTCAGAACTACTTTATTGTTTCATTCCCTCCTTTGGAGGTAGCGTTATTAAAGCCCACATGATTTATAATTAATCTCTGCAAATTCTATTTGCACGTGCTAA
ACATAGTGAAATGCATTGATCATCTAAATTCTTTGGCTAAGGAATCAAACAGCTTATATGATTCTCCCTTTACCCGTTTGATCAACAACTCCATATTGAAACACTCCAGCATTCAATTTGTTGGTTGACAAGCACCTCATACTATCATCTTGCGAGTCAATTAAGATTCATGCCTACTGGATTACGGAAAACTATACAAT
CATCGAGGCTCATTTGATATGCTTATTTATACCTGTTTTCATCCCATTCTTCGGGCTTAACCAGTACCTGCCTCCAATCAGGCACGGAGTTAAATGAATCATATACATAAGAAGGTTTCTGGAGACTATTCCCTTTGCAGAATAAAAATAAGATGAGGTACGAAGTTAAAATCTAATCTCATTATGAATATGCTATTGGG
GGTTATCCCAGTCGATAAAAAAACGTCTC

Intron 2 GTAAGTTTGT ... TGTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.88	6	22	51
A2	97.12	2	48	87
A3	86.44	4	15	36
A4	94.94	2	22	53
A5	92.11	3	21	49
A6	67.01	16	14	51
A7	76.61	20	29	102
A8	74.26	13	20	55
A9	63.16	21	17	55
A10	72.04	13	15	52

>TRINITY_DN39617_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CGGTGCTGTAATTTAGATTTGCAAGTTGAGGAGCGGTCTGTTTGTGATTACTGAAAGAGGAGGGGACGCGGAACATATTTAACTCGTTGTCTGGACTTACTATATTTTCAGCTACGATCGTGTTAAATTCACGAGGCATAAATCGTTAACGCAAAGAGGAATCATATGCCCAGCCGGAGCTATGATAATGGCAGCCCCGC
CGCCTGACCTTGACCGAGCAACAGGCCCACCTCGACCTCGGGTAATGGCAACCCCGGCCCCGAAACCAGACCAAGCCACAGACCCAGCTGGAGCTACGATAATGGCAGCCCCGCTTCCTGAGCCGGACCGAGGAACAGGCCCACATCGACCTAGGATAATGGCAACCCCGGCCCCGGAACCTGACCAAGCCACAGGCCCA
GCTGGAGCTACGATAATGGCAGCCCCGCCCCTTGACCCGGACCGATCAACAGGCCCACCTCGACCTAGGATAATGGCAACCCCGGCCCCGGAACCTGACCAAGCCACAGGCCCAGCTGGAGCTACGATA

>TRINITY_DN39617_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGGTGCTGTAATTTAGATTTGCAAGTTGAGGAGCGGTCTgtaagtttgttataatctctctctgtggtgtgtttttgtgtgtgatgtgttttattgtttgttattatttttgtgttgcagGTTTGTGATTACTGAAAGAGGAGGGGACGCGGAACATATTTAACTCGTTGTCTGGACTTACTATATTTTCAGCTACGATC
GTGTTAAATTCACGAGGCATAAATCGTTAACGCAAAGAGGAATCATATGCCCAGCCGGAGCTATGATAATGGCAGCCCCGCCGCCTGACCTTGACCGAGCAACAGGCCCACCTCGACCTCGGGTAATGGCAACCCCGGCCCCGAAACCAGACCAAGCCACAGACCCAGCTGGAGCTACGATAATGGCAGCCCCGCTTCCT
GAGCCGGACCGAGGAACAGGCCCACATCGACCTAGGATAATGGCAACCCCGGCCCCGGAACCTGACCAAGCCACAGGCCCAGCTGGAGCTACGATAATGGCAGCCCCGCCCCTTGACCCGGACCGATCAACAGGCCCACCTCGACCTAGGATAATGGCAACCCCGGCCCCGGAACCTGACCAAGCCACAGGCCCAGCTGG
AGCTACGATA

Intron 3 GTATGGTATG ... CGTTCTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.78	5	0.7	2
A2	20.64	4.7	4	1
A3	28.15	5.7	1.3	2.7
A4	21.41	13	1.7	3.7
A5	50.55	5	6	6
A6	11.11	26	3.3	2.7
A7	13.98	79.3	1.7	12
A8	9.41	59	2	6
A9	8.08	50.7	3	4
A10	4.48	54	4.7	2

>TRINITY_DN109408_c1_g3_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

ATAACATAAATATGACTGAGAATATCTGTTTGAAAACATTACAGAGCTACTAACTACATATCTAATAGTACTCGTGGTAAGATTTGATAACAGGCATAAATCGTTAACGCAAAGAGGAATCATATGCCCAGCCGGAGCTATGATAATGGCAGCCCCGCCGCCTGACCTTGACCGAGCAACAGGCCCACCTCGACCTAGGA
TAATGGCAGACCCGGTCCGGCCCCCAGCCCGAGCCCCAGACCCACCTTGACCTACGATAATGACAACCCGGACCCAGGCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGGTTCTGACGCAGGCGATGAGTTCGTACAATCCCAGACTGAGCGATCCAATGAATATTTAGTATGGAGCGTGTCAAATATCTTAATTCATGA
GACTGGTCCTCTACTCACGTGTGATCTCGGCCCGGAAGGTTCAAAAACCTTCTCAAAGACAATGGATCCAAATAAGAGATATCCAAAGAAAAAAACAGTCTGCTAGTTTCGTTCTTTTCGGCGTAGGATGATGATGTATTCATGTTGATTGCCTTCTCTTTGATGTCCGTGGGTGTGGGATTCTCATGAAACAACTATTA
ATAATGGGTAAGTAATTCAACCACATGGAATTATCTCGATATAAGGATAAGGAAGGATTGCATATTTTATATTTATTTAATTTTGTTTTCTCTATATTAAATTTAGATTGTAAATCTATTTAATGGATTTTTTTTATTTTTCAGGGCAATCATGGATGATATATCAAGAATGAAAACAAAAAATATGGATGATACCACAC
AAATGAAAACAAGAAATGAAAAATTCATTCTTTAATCCAATGTTTATATACATAAAGTAAGAACCTCCTCTATGATTCTTTTTTTCATAATAATTAGTTATTGTTGTAAATTTTCTTATCTTGCTTTGATGGATTCTTGTGAGAATCTCATCTTTGTTTATATTAATGTGTTTTAAGGTTTGATTTATTCCCATTATTTC
ATCATATTTTTTAAAACTTAAGTTGTAGAATCCTCACTCAACATATGTCTCATTATACCCTTCACTTATTATTGCCTCCCTGAACTCAAAGAACTCAAGAGCATCTATTTATAAATGGGAATATAATCCATAACTCACTGGTATATCTCATACTTATCCTCAGAACTACTTTATTGTTTCATTCCCTCCTTTGGAGGTAG
CGTTATTAAAGCCCACATGATTTATAATTAATCTCTGCAAATTCTATTTGCACGTGCTAAACATAGTGAAATGCATTGATCATCTAAATTCTTTGGCTAAGGAATCAAACAGCTTATATGATTCTCCCTTTACCCGTTTGATCAACAACTCCATATTGAAACACTCCAGCATTCAATTTGTTGGTTGACAAGCACCTCAT
ACTATCATCTTGCGAGTCAATTAAGATTCATGCCTACTGGATTACGGAAAACTATACAATCATCGAGGCTCATTTGATATGCTTATTTATACCTGTTTTCATCCCATTCTTCGGGCTTAACCAGTACCTGCCTCCAATCAGGCACGGAGTTAAATGAATCATATACATAAGAAGGTTTCTGGAGACTATTCCCTTTGCAG
AATAAAAATAAGATGAGGTACGAAGTTAAAATCTAATCTCATTATGAATATGCTATTGGGGGTTATCCCAGTCGATAAAAAAACGTCTC

>TRINITY_DN109408_c1_g3_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATAACATAAATATGACTGAGAATATCTGTTTGAAAACATTACAGAGCTACTAACTACATATCTAATAGTACTCGTGGTAAGATTTGATAACAGGCATAAATCGTTAACGCAAAGAGGAATCATATGCCCAGCCGGAGCTATGATAATGGCAGCCCCGCCGCCTGACCTTGACCGAGCAACAGGCCCACCTCGACCTAGGA
TAATGGCAGACCCGGTCCGGCCCCCAGCCCGAGCCCCAGACCCACCTTGACCTACGATAATGACAACCCGGACCCAGGCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGgtatggtatggggtgctttatcacactgtaatttatatagtagtgcttatatactatttgcttaggatggtatgggatattggagctttcg
ttttgtagtttttaagcactgatctgcttccacgttctctagGTTCTGACGCAGGCGAA

Intron 4 GTGAGTGGCT ... TATATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.64	235	15.3	34
A2	10.34	104	7.4	12
A3	14.95	91	13.8	16
A4	15.38	154	14.4	28
A5	21.54	51	6.3	14
A6	12.7	859	62.7	125
A7	9.61	2061	134.1	219
A8	12.36	2332	175.9	329
A9	11.42	2109	134.8	272
A10	11.35	2046	95.3	262

>TRINITY_DN39617_c0_g1_i13 from sample A6 / Example spliced isoform

AAACTCCTCTCCTCCTTTATAAGGCATTTGGAGATTAATGCTATGATCGTGGTCTTGGAGACATTCGCCAGCCGTATATTCCTCACTGGTTTATCTGCACACCAATTTTATATAGCGGTAGATTCTTTCTCCTCACTGGGTTATCTGCACACCAATCTGATCAGGCACGTGTGAGGGGCAATTCATTTCACCTCAATTCA
ATAATGGCAGACCCGGCCCCGGAACCAGACCAAGCTACAGGCCCAGCTGGAGCCACGACAATGGCAGCCCTGCCCCCTGACCCGGACCGAGCAGCAGGTTCACCTCGACCTAGGATAATGGCAGACCCGGCCCCGGAACCAGACCAAGCAACAGGCCCAGCTGGAGCTACGACAATGGCAGGCCCGCCCCCTGACCCGGA
CCGAGCATCAGGCCCACCTCGACATAGGATAATGGCAGACCCGGACCGAGCAACGGGCCCACCTCGACCTAGGACAATGGCAGCACCGGCCCCGGAACCAGACCAAGCCGCAGGCCCAGCTGGAGCTACGATAATGACAGCCCCGCTTCCTGAGCCGGACCGAGCAACCGGTCCACCTCGACCTAGGATAATGGCAGACC
CGGCCCCGGAACCAGACCAAGCCACAGACCCAGCTGGAGCTACGGTAATGGCAGCCCAGCAGCCTAACCCGGACCGAGCAACAGGCCCACCTCGACCTCGGGTAATGGCAACCCCGGCCCCGAAACCAGACCAAGCCACAGACCCAGCTGGAGCTACGATAATGGCAGCCCCGCTTCCTGAGCCGGACCGAGGAACAGGC
CCACATCGACCTAGGATAATGGCAACCCCGGCCCCGGAACCTGACCAAGCCACAGGCCCAGCTGGAGCTACGATAATGGCAGCCCCGCCCCTTGACCCGGACCGATCAACAGGCCCACCTCGACCTAGGATAATGGCAACCCCGGCCCCGGAACCTGACCAAGCCACAGGCCCAGCTGGAGCTACGATAATCCCGGCCAC
AGGTCCATCTCGAGCCCTGATAATGGCAGCCCTCATGGCAGACCCGGTCCCTGCCCCAGCCCGAGCTCCAGGCCCACCTCGACCTAGGATAATGGCAGCCCCGATCCCGGCCACAGGTCCATCTCGAGCCGAGATAGTGGCAGCCCTCATGGCAGACTCGGTCCCTGTCCCAGCCCGAGCCCCAGGCCCACCTCGACCTA
CGATAATGGCACTCCGGACCTCAGCCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGGTTGTGACGCAGGTGGTGAGTTCGTACAATCCCATACTAGGGCGAGCCAGTGAATATATAGCATGGATGGTGTCAAATATCTTAATTCCTGACACGGGTCCTCTACTCACGAATGATCTCGGCCCGGAAGCAACTTTAATCGTG
GAATATCAACTTCAATTTCCAATTGCCCAACTACCACAAGGGTTCAGTTATCATTGCGTGCTGAGAATGTTCCTTCAACAAAGAGGGCGAAACGGCGTTACCCGTGTTCCCTTTATGTCGCGTGAATATTTCGTACCCGAAATCTTTGAAGCTCAGAACAGTCTTTTTCGCGTGATAACGAATCATTTTCAACTGCCATA
AATGATAACGTGATGCTGAAAGAGCTGCATGATTTTAGATTTTGTGTGAAAAACCCATTCTAACTGAACAATTGCCATCACATGAATGAATGATTATTACCATTCTGATAAAAAATCGATTTGGATTGATGAATGCATTTACAAGTTTATGGATTCTATTTCTTGAGTTTATGGTGTTTTTACCAAAGAGAACCAGTTTG
GAAATTGAAAACTGAACCAGAATGTAAACTGGAAATATATATACAATGAATATAGTGCA

>TRINITY_DN39617_c0_g1_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGCATACTTTGTCACTGTTTTTCATATATATATATATATATATGATTTGTAGTCTGTTCTTGTTCTTGTTCTTGTTCGGTAGATGATAGGATTGAATTGTAACGTGCATAATTCTGTTGTTGATCTTGGAAGATTGATAATAGGAATGAAGTGTAATACAATGATATATGGGTTGCTATTGTGCAGGATGGTGTCAAATA
TCTTAATTCCTGACACGGGTCCTCTACTCACGAATGATCTCGGCCCGGAAGgtgagtggctatagatctatattcctttatagtgtatatatgtttgttttgagaaagaagtgcatatattaactgtgtatgtactctgtgaattatcatgaacaatatatatattacagCAACTTTAATCGTGGAATATCAACTTCAAT
TTCCAATTGCCCAACTACCACAAGGGTTCAGTTATCATTGCGTGCTGAGAATGTTCCTTCAACAAAGAGGGCGAAACGGCGTTACCCGTGTTCCCTTTATGTCGCGTGAATATTTCGTACCCGAAATCTTTGAAGCTCAGAACAGTCTTTTTCGCGTGATAACGAATCATTTTCAACTGCCATAAATGATAACGTGATGC
TGAAAGAGCTGCATGATTTTAGATTTTGTGTGAAAAACCCATTCTAACTGAACAATTGCCATCACATGAATGAATGATTATTACCATTCTGA