sp|Q8RY67|WAKLO_ARATH ----> Wall-associated receptor kinase-like 14

Intron 1 GTTTGAACCC ... GATTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40	18	7	17
A2	37.5	10	4	8
A3	49.15	15	9	20
A4	45.95	10	7	10
A5	36	8	0	9
A6	60	1	1	2
A7	66.67	1	0	4
A8	66.67	1	3	1
A9	27.27	4	3	0
A10	27.27	4	2	1

>TRINITY_DN115326_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TAATTTCAATATAATACTCGAAATTCAATGCTCATCTATTTATTTTGGCTTGGCATTCCGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAG
TGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAAGATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAA
GAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGTATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATA
TCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGG
TTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACATTCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCT
CAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATG
AGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCA
GTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTG
TTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGG
CCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGTTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTT
TGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGA
TTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGC
TATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCT
ACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACCGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAA
GCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCA

>TRINITY_DN115326_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAATTTCAATATAATACTCGAAATTCAATGCTCATCTATTTATTTTGGCTTGGCATTCCGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAG
TGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAAGATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAA
GAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGTATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGgtttgaacccacatgcccccattctcattttcagtatttggatgtatatgcagaaggctaagtaaatatacatga
catattcagtggctattgacatacaatgaagcactaatcaagtggctgttgacatacaatgaggcacttatcaaacacacagggaaggacaggctgctacagtgttccaagcaattattcaacctcttgtcttgtagggaaccaacaaaaaaatatatgaacaaagaatttgaatacatatatatattgtgagccatgat
tgtcttacttttgggttgatttgacagGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAG
GGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACATTCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTC
TGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAG
CTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCG
CAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTG
ATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTC
CTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGTTGGAGAAGGCCACTAA
AGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGG
AAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTT
TTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAA
ACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAA
TGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACCGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCT
GAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCA

Intron 2 GTAACTGTTT ... CAATTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.31	6	0	23
A2	66.67	7	1	14
A3	71.43	6	3	15
A4	56.25	7	8	9
A5	40	6	2	4
A6	76.51	39	10	127
A7	74.76	26	6	77
A8	80.21	38	5	154
A9	76.52	27	10	88
A10	74.36	10	3	29

>TRINITY_DN43905_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

CGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAA
GATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGT
ATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACC
ATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACAT
TCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATT
GCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGA
CACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTG
TATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAA
GGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAAC
CTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTG
AAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCC
ACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACA
GTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCA
TTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAG
TACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATA
TTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATT
ATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGAAGATAATGTCTTTTTCATAGTCAT

>TRINITY_DN43905_c1_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAA
GATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGT
ATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACC
ATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACAT
TCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATT
GCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGA
CACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTG
TATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAA
GGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAAC
CTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTG
AAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCC
ACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACA
GTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCA
TTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAG
TACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtaactgtttgcaacctcttttttctattttctctgaaattgttcatcaagttatctcattctttttcttttgttctgcctttgctatcttcaggtagataagaagtgtttaggtgattc
aaaggtattttgggaacatctatctatcaattctgattttttgaagatttagtcatggcaggcattttgacttgcttgggaaacatgaaggtctctaccctaatcatggataacatcccagtatgtgtattggcaatcatgtcaagacaactctgttactttggtaaatggagcttgtgttaagtcatttattgctgcta
tacttcacctcaacacctgatttcttgaatgctactttgcaatatatcctcctgcagggagtcatatgtttatgatcgatccttatgcatggagaattgtttgcaatggaaattggtaaagagaaagatgggtgcaactatatgattatgagcagatagtctttcttaaggtcctctcctagttctctggtgtaagtttc
actttgacagaggaatggaagtgaatttcttatttctgccaagttatattcaaagtcataccatgttacagtccaagcccattccagtcattaactgaattgttataaagcatgtagacacagcacaaccaacctctaggctatatctagaaacaaatttcgaagttctaattctgtgtttctggtcataaatagcttcg
aagcttgaagcctttggttccttaatgcagcagatgagcatttggcttgaacttggctttttgcaaattacatgcttggatagataatatgttgactattgagcaagaagaaaacttgtatcatattaagcctctgattagtggagcactcctaacgcacagcatttttcaattgtcagATATCCCTTTGGGAGAAAGTA
TGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAAC
AAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGAAGATAATGTCTTTTTCATAGTCAT

Intron 3 GTAGATAAGA ... GAAGATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	7	4	10
A2	30	7	1	5
A3	48.72	10	9	10
A4	51.11	11	8	15
A5	65.22	4	8	7
A6	50.59	21	19	24
A7	46.88	17	11	19
A8	69.57	7	12	20
A9	57.38	13	19	16
A10	52.38	10	10	12

>TRINITY_DN43905_c1_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

CGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAA
GATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGT
ATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACC
ATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACAT
TCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATT
GCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGA
CACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTG
TATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAA
GGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAAC
CTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTG
AAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCC
ACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACA
GTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCA
TTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAG
TACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGTCATGGCAGGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGA
GCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGT
CCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAAT
TCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAA
TTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATA
TGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGAAGATAATGTCTTTTTCATAGTCAT

>TRINITY_DN43905_c1_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAA
GATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGT
ATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACC
ATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACAT
TCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATT
GCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGA
CACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTG
TATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAA
GGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAAC
CTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTG
AAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCC
ACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACA
GTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCA
TTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAG
TACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtagataagaagtgtttaggtgattcaaaggtattttgggaacatctatctatcaattctgattttttgaagatttagTCATGGCAGGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCT
CTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAG
AATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAA
CTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGTTG
ACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTG
TTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAG
TTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGAAGATAATGTCTTTTTCATAGTCAT

Intron 4 GTAGATAAGA ... GTCATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.52	8	4	13
A2	30.43	8	1	6
A3	45.45	12	8	12
A4	49.09	14	8	19
A5	60	4	8	4
A6	48.45	25	19	28
A7	45.95	20	11	23
A8	68	8	13	21
A9	55.56	16	19	21
A10	47.54	16	10	19

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAAGTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGGGGTGTGGGTGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCG
ATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTG
AATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGC
TTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTG
TTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACT
GTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCAC
CCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCA
GATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCT
CTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCAT
GCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGGCATTT

TGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATAT
GTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTT
ACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAA
TTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACA
GGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGT
ATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGA

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAAGTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGGGGTGTGGGTGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCG
ATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTG
AATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGC
TTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTG
TTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACT
GTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCAC
CCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCA
GATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCT
CTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCAT
GCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtagat
aagaagtgtttaggtgattcaaaggtattttgggaacatctatctatcaattctgattttctgaagatttagtcatggcagGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGT
TAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCT
AGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTT
TCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGA
TATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGAT
GGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGA

Intron 5 GTAACTGTTT ... GTCATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	8	0	20
A2	42.86	8	1	6
A3	52	12	3	13
A4	58.82	14	8	20
A5	63.64	4	2	7
A6	54.55	25	10	30
A7	55.56	20	6	25
A8	79.49	8	5	31
A9	54.29	16	10	19
A10	52.94	16	3	18

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAAGTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGGGGTGTGGGTGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCG
ATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTG
AATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGC
TTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTG
TTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACT
GTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCAC
CCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCA
GATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCT
CTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCAT
GCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGGCATTT

TGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATAT
GTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTT
ACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAA
TTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACA
GGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGT
ATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGA

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAAGTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGGGGTGTGGGTGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCG
ATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTG
AATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGC
TTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTG
TTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACT
GTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCAC
CCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCA
GATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCT
CTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCAT
GCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtaact
gtttgcaacctcttttttctattttctctgaaattgttcatcaagttatctcattctttttcttttgttctgcctttgctatcttcaggtagataagaagtgtttaggtgattcaaaggtattttgggaacatctatctatcaattctgattttctgaagatttagtcatggcagGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACAT
GAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATG

Intron 6 GTAGATAAGA ... CAATTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.31	6	4	23
A2	66.67	7	1	14
A3	71.43	6	8.3	15
A4	56.25	7	8	9
A5	40	6	8	4
A6	76.51	39	19	127
A7	74.76	26	11	77
A8	80.21	38	12.7	154
A9	76.52	27	19	88
A10	74.36	10	10	29

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATC
ACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTA
GTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTT
ATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTT
CAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGAT
TTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATAT
ATGTGACAAAATTAAGGATTGA

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAAGTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGGGGTGTGGGTGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCG
ATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTG
AATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGC
TTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTG
TTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACT
GTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACC
CTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAG
ATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTC
TTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATG
CCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtagata
agaagtgtttaggtgattcaaaggtattttgggaacatctatctatcaattctgattttctgaagatttagtcatggcaggcattttgacttgcttgggaaacatgaaggtctctaccctaatcatggataacatcccagtatgtgtattggcaatcatgtcaagacaactctgttactttggtaaatggagcttgtgtt
aagtcatttattgctgctatacttcacctcaacacctgatttcttgaatgctactttgcaatatatcctcctgcagggagtcatatgtttatgatcgatccttatgcatggagaattgtttgcaatggaaattggtaaagagaaagatgggtgcaactatatgattatgagcagatagtctttcttaaggtcctctccta
gttctctggtgtaagtttcactttgacagaggaatggaagtgaatttcttatttctgccaagttatattcaaagtcataccatgttacagtccaagcccattccagtcattaactgaattgttataaagcatgtagacacagcacaaccaacctctaggctatatctagaaacaaatttcgaagttctaattctgtgttt
ctggtcataaatagcttcgaagcttgaagcctttggttccttaatgcagcagatgagcatttggcttgaacttggctttttgcaaattacatgcttggatagataatatgttgactattgagcaagaagaaaacttgtatcatattaagcctctgattagtggagcactcctaacgcacagcatttttcaattgtcagAT
ATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATG
GAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGA

Intron 7 GTAACTGTTT ... GAAGATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.83	7	0	17
A2	46.15	7	1	6
A3	52.38	10	3	11
A4	59.26	11	8	16
A5	63.64	4	2	7
A6	54.35	21	10	25
A7	55.26	17	6	21
A8	79.41	7	5	27
A9	51.85	13	10	14
A10	52.38	10	3	11

>TRINITY_DN43905_c1_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

CGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAA
GATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGT
ATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACC
ATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACAT
TCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATT
GCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGA
CACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTG
TATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAA
GGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAAC
CTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTG
AAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCC
ACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACA
GTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCA
TTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAG
TACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGTCATGGCAGGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGA
GCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGT
CCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAAT
TCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAA
TTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATA
TGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGAAGATAATGTCTTTTTCATAGTCAT

>TRINITY_DN43905_c1_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAA
GATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGACGT
ATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACC
ATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACAT
TCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATT
GCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGA
CACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTG
TATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAA
GGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAAC
CTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTG
AAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCC
ACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACA
GTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCA
TTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAG
TACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtaactgtttgcaacctcttttttctattttctctgaaattgttcatcaagttatctcattctttttcttttgttctgcctttgctatcttcaggtagataagaagtgtttaggtgattc
aaaggtattttgggaacatctatctatcaattctgattttttgaagatttagTCATGGCAGGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTA
TACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTC
ACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCG
AAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATGCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTA
TGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAAC
AAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGAAGATAATGTCTTTTTCATAGTCAT

Intron 8 GTAAGACTCT ... TGTAGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.56	14	40	24
A2	77.33	6	24	17
A3	85.5	5	31	28
A4	72.95	5	14	13
A5	87.1	2	17	10
A6	100	0	3	3
A7	100	0	17	16.5
A8	100	0	1	2.5
A9	63.34	1	1	2.5
A10	100	0	10	11

>TRINITY_DN115326_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TAATTTCAATATAATACTCGAAATTCAATGCTCATCTATTTATTTTGGCTTGGCATTCCGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAG
TGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAAGATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGACGTATACACAGTGGCTGTTGAGCT
TCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGG

>TRINITY_DN115326_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAATTTCAATATAATACTCGAAATTCAATGCTCATCTATTTATTTTGGCTTGGCATTCCGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGTGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAG
TGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTACAAGATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATgtaagactcttggcccacatgcgaaa
gaatttcatttcaaggatttggtgacatactcaatgtgtatattgtagaccagGACGTATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATA
TCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCAGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGG
TTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACATTCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCT
CAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATG
AGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCA
GTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTG
TTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGG
CCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGTTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTT
TGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGA
TTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGC
TATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCT
ACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACCGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAA
GCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCA

Intron 9 GCATTTTGAC ... CAATTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.31	6	8	23
A2	66.67	7	8	14
A3	71.43	6	12	15
A4	56.25	7	14	9
A5	40	6	4	4
A6	76.51	39	25	127
A7	74.76	26	20	77
A8	80.21	38	8	154
A9	76.52	27	16	88
A10	74.36	10	16	29

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATC
ACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTA
GTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTT
ATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTT
CAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGAT
TTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATAT
ATGTGACAAAATTAAGGATTGA

>TRINITY_DN43126_c3_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAAGTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGGGGTGTGGGTGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCG
ATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTG
AATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGC
TTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTG
TTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGCTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACT
GTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACC
CTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAG
ATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTC
TTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATG
CCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgcatttt
gacttgcttgggaaacatgaaggtctctaccctaatcatggataacatcccagtatgtgtattggcaatcatgtcaagacaactctgttactttggtaaatggagcttgtgttaagtcatttattgctgctatacttcacctcaacacctgatttcttgaatgctactttgcaatatatcctcctgcagggagtcatatg
tttatgatcgatccttatgcatggagaattgtttgcaatggaaattggtaaagagaaagatgggtgcaactatatgattatgagcagatagtctttcttaaggtcctctcctagttctctggtgtaagtttcactttgacagaggaatggaagtgaatttcttatttctgccaagttatattcaaagtcataccatgtta
cagtccaagcccattccagtcattaactgaattgttataaagcatgtagacacagcacaaccaacctctaggctatatctagaaacaaatttcgaagttctaattctgtgtttctggtcataaatagcttcgaagcttgaagcctttggttccttaatgcagcagatgagcatttggcttgaacttggctttttgcaaat
tacatgcttggatagataatatgttgactattgagcaagaagaaaacttgtatcatattaagcctctgattagtggagcactcctaacgcacagcatttttcaattgtcagATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAG
GGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTA
TTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTTATTATAACATATATATGTGACAAAATTAAGGATTGA

Intron 10 GTAACTGTTT ... CTATCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A7	50	11	6	16
A8	48.56	12.4	5	18.4
A9	35.59	19	10	11
A10	39.39	10	3	10

>TRINITY_DN45373_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

TCCGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGAGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTAC
AAGATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGAC
GTATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAAAGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTA
CCATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCGGGTGCCTAATCTTGCCTTAGCAGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAAC
ATTCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAACATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATA
TTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCGATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACAC
GACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAATATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAG
TGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAAAGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGAT
AAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACTTGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAA
ACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGTTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTGGGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAG
TGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAACACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAAT
CCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACTTTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTA
CAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCGCAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTG
CATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAAAACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAAC
AGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGGTAGATAAGAAGTGTTTAGGTGATTCAAAGGTATTTTGGGAACATCTATCTATCAATTCTGATTTTTTGAAGATTTAGTCATGGCAGGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGT
CTCTACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGG
AGAATTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATT
AACTGAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATCCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGT
TGACTATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATC
TGTTATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTA
AGTTATTATAACATATATATGTGAGAAAATTAAAGATTGAAGATA

>TRINITY_DN45373_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TCCGGTCTTTGACATTTTTCCTTTTTAATAAAGGGTATAAAACAAAAGAGAAAACCTTGCATCAGCTGCTTGGAAGATTACGATCCAGAAGAGGGTGGATGATATTCAATTCCTGCTGTTTAGTCGATTCTTCACATTGGGTAGTGTGAGCTGTAATGGAGTTGTTGGGATATCATAAATTGGTTGGGTCTCCTTCTTAC
AAGATTTCATCTATCGTAGGATTCCTTCAAGATGCTGTCTGAACAAGGCCATAAACCAGCAGTCAGGCCGGATTTGATGTTTCCATGATATTTTATATTATGCAATGGTGACCCAAATGTAAGACTCTTGGCCCACATGCGAAAGAATTTCATTTCAAGGATTTGGTGACATACTCAATGTGTATATTGTAGACCAGGAC
GTATACACAGTGGCTGTTGAGCTTCGACAGTGAAGCGCTAGTAAAGTCTTCATGACCCAAATACAAGAGGTTTGAACCCACATGCCCCCATTCTCATTTTCAGTATTTGGATGTATATGCAGAAGGCTAAGTAAATATACATGACATATTCAGTGGCTATTGACATACAATGAAGCACTAATCAAGTGGCTGTTGACATA
CAATGAGGCACTTATCAAACACACAGGGAAGGACAGGCTGCTACAGTGTTCCAAGCAATTATTCAACCTCTTGTCTTGTAGGGAACCAACAAAAAAATATATGAACAAAGAATTTGAATACATATATATATTGTGAGCCATGATTGTCTTACTTTTGGGTTGATTTGACAGGGACCATTGTAGACTTTGTGATCCAATAA
AGTAGTGAAACTGAAAAGGGGATCCAAACAAAGGCATAGATTGATATCAATTACACAAGACAGCAAAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTATATCAATTACACAAGATAGCAGAATTTGGAGCAGGGAATGAGCAGAGGATGAATGCTACCATCGTCTCGGGTGCCTAATCTTGCCTTAGC
AGGCCTTGAAACCAGGTGGATATACGCAACATAAATGGGTATTTGGTTTGTCATTCTGGGAAGTATATACTGTCCAAGCAGGCCTTAAAATCATGTGGCAACATTCAAGACAAATGAGTATTAGCGTTGTCGTTTTTGTTATTCTGGCCTTTTTGGGTTCATGGCTGCCTCAGGTCTTCTCGTTTAGAGCTTTCTCAAAC
ATTGCCCAGAGCACAAGGCAGTGCAATGAACGCTGTGGGAATTTCTCAATTCCGTATCCTTTCTATATCAATTCAAGGCGTTGTGGGAGGGATGGATTCATATTGCAATGCCATAACAATACTGTGAAGATTGAAGTGAACAAGCTTTACTATAATGTCGTCAGTTTGTTATCAGATGGGATTATCATCGATCCTCTCCG
ATCTTCTTGTTCCAAAAATCTCAAGGACTTCAATATCAAAGGCATGAGAAATTATGCAATTTCCGTCAACAACTTTGTACAGTTCTCTGACTGCAAGAACACGACACAATGTCTGCTGAAGTGCAATATTCCTATGCAGAGCCGCAATGAACAGTGCATGTTTGACAGGACATGCTGCTATCCCCTTTTGAATGAGACAA
TATGGCACATTGGAGATGATGACTTTGCCCAATTCTCCCGTTTGCAGTGCCAAAGTTTCATTAGCTGGGTACTCACGCCATCATTGACCAGTTTGGATGCAGTGTATGGGCTAAAGCTGGAGTGGGGTATTCTGGGCACTTGTGATGACGTTCACTGTGACCCCGATGCGGTCTGTGAACACGGGGTAGCTTTAAAAAAA
AGTGTGAGGTGTACTTGTAAGCCTGGCTATGAAGGGGATGGGTTTGTTCAAGGCACTGGATGCGTAAGAGTGTGCACAAAACATGGTGCAAAGGCATATGATAAGGACTGCCGGAGTGATCACAGTGCAACAAAGACAATAGTCCTTGCAGCTGGGCTGTTGGCTTCAGCAACACTTGTGGCAGGAAGTGTTATTGCACT
TGCTTTACATAGACGGCGTAAATCATTTAGATTTCAAAGTAGAAGGCCTGGGGATGGGAGTCAACTTGCAAGCCTTCTACCTATGCGCTCTGAAGAGTTCAAACCTGAGCTATTCACTTATAAGACGTTGGAGAAGGCCACTAAAGGTTTTTCTGCTACAGAGAAGTGTGGACATGGTGCTTGTGGGACTGTATATGCTG
GGAGACTTAGTGATGGCCGCGTTGTTGCTGTAAAAAGGATGCATTTTGGGAGTTCTCATGGAGTAGATCAGCTATTAAATGAAATTAATGTCCTCTCAACAGTGAAACAAAAAAACCTAGTACAAATGCTTGGCTGTTGTCTGGAAGCAGAGGATCCTATTTTGGTTTATGAGTTTGTTCCAAATGGCACCCTGTCCGAA
CACCTGCAGAAGGAGAGGGGAGAAGGCTTGAGTTGGTTATCTCGGATTTCCATTGCTACAGATGCATCTGAAGCTCTGGCATACTTACACTCAACACTGAATCCACCAATATATCACCGCGATGTAAAGTCCTGCAATATTCTTTTAGACATGGACTTTAATTGCAAGGTTGCTGACTTTGGACTTTCCAGATTGGTACT
TTCAGATGGATCTCACATATCCACAGTTCCCCAGGGCACTCCTGGCTATCTTGATCCAGAATATCATCAAAACTTCCATCTTACGGATAAAAGTGATGTGTACAGTTTTGGTGTAGTCCTGATTGAAATAATTACAGCCATGAAACCTGTGGATTTTTCACGGGATCAAAAGGAAGTGAATCTTGCTTCTCTTGCACTCG
CAAAAATTACAGGCGGATGCCTTGATGACATCATAGACCCATTTCTACAGGTTGATCAACAGCCTTCTGTTCGAGCATTAGTGCAGAGAGTTGCAGAGCTTGCATTTAGATGTTTATCATATGACAAAGATGCAAGGCCAACAATGAAAGAGGTTGCACATGAACTTTCATTAATCAAGACAGCAAGCATGCCCTTGGAA
AACTCCCCAAAGGAGGGTTTTTCAATTTTACCTGAAGGCACAGAAAGCCCTGACAAAGTTGGTTGCTCACCGACTTCTGTACAAGCACTTTGGCCTAGCAACAGTACTACTCCTTCAGATAGTTTAACTTAAACGTGAAAGGCTGAGGAGGGAGTTATTGGTTACCCACTGATAGAACAGTAAGgtaactgtttgcaacc
tcttttttctattttctctgaaattgttcatcaagttatctcattctttttcttttgttctgcctttgctatcttcagGTAGATAAGAAGTGTTTAGGTGATTCAAAGGTATTTTGGGAACATCTATCTATCAATTCTGATTTTTTGAAGATTTAGTCATGGCAGGCATTTTGACTTGCTTGGGAAACATGAAGGTCTCT
ACCCTAATCATGGATAACATCCCAGTATGTGTATTGGCAATCATGTCAAGACAACTCTGTTACTTTGGTAAATGGAGCTTGTGTTAAGTCATTTATTGCTGCTATACTTCACCTCAACACCTGATTTCTTGAATGCTACTTTGCAATATATCCTCCTGCAGGGAGTCATATGTTTATGATCGATCCTTATGCATGGAGAA
TTGTTTGCAATGGAAATTGGTAAAGAGAAAGATGGGTGCAACTATATGATTATGAGCAGATAGTCTTTCTTAAGGTCCTCTCCTAGTTCTCTGGTGTAAGTTTCACTTTGACAGAGGAATGGAAGTGAATTTCTTATTTCTGCCAAGTTATATTCAAAGTCATACCATGTTACAGTCCAAGCCCATTCCAGTCATTAACT
GAATTGTTATAAAGCATGTAGACACAGCACAACCAACCTCTAGGCTATATCTAGAAACAAATTTCGAAGTTCTAATTCTGTGTTTCTGGTCATAAATAGCTTCGAAGCTTGAAGCCTTTGGTTCCTTAATCCAGCAGATGAGCATTTGGCTTGAACTTGGCTTTTTGCAAATTACATGCTTGGATAGATAATATGTTGAC
TATTGAGCAAGAAGAAAACTTGTATCATATTAAGCCTCTGATTAGTGGAGCACTCCTAACGCACAGCATTTTTCAATTGTCAGATATCCCTTTGGGAGAAAGTATGGTTAGCATCACATTGCTCAATAACATGTGGTTCATGTGGACTGCATGCTCCTGACCTCGGAAACAGGGCCCTTTTTGTAGTAATAAAATCTGTT
ATATTCTTCAAGATTTCCAACTTCACGCTTTTAACTAATTGAAATGTATTTTCAAAATGTGCTTGTTAGCTATATATGAAAGATGGAGTGCTAGAACGCACAACAAAGAGAAGTTTCTCTCAAGAAAATCTCTGTAAAATTTTGGCTTCCCCTAACTGTGGATGTATTTGTATTGCTTAGGAGTACATATATTTTAAGTT
ATTATAACATATATATGTGAGAAAATTAAAGATTGAAGATA