sp|Q94AM9|CID4_ARATH ----> Polyadenylate-binding protein-interacting protein 4
Intron 1 GTTTGTTCCA ... GCTTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.16 | 22 | 6 | 13 |
| A2 | 40 | 15 | 13 | 7 |
| A3 | 32.43 | 25 | 14 | 10 |
| A4 | 26.67 | 22 | 6 | 10 |
| A5 | 30 | 7 | 3 | 3 |
| A6 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A7 | 15.56 | 19 | 6 | 1 |
| A8 | 18.92 | 15 | 3 | 4 |
| A9 | 28.57 | 5 | 1 | 3 |
| A10 | 14.29 | 6 | 1 | 1 |
>TRINITY_DN116376_c7_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoformTTCCAAGAAATTTTCGAGGGAGGGTGTCCATCAATGAAAATTATTTAAGCCTAAAAACAAAACACCCTTTCGTTGTTTTATTTTAAGCGAAGCACAAACTGTGGCAACGACTCCGAGATCCATGCGAGGGATCGACCTGTGACCGTCAACAGTTCACCAGTTTAGTCTTATATCGTATGTCCTCTGGTCGGAAGCAAGCT
CCGCAAATTTAGTTTAAAGAATTTCCAGAAGAGGAGAGAGGGGTTAGAAGCGAGATCGAGCCATTTCTGCTCCGATTTCGGTCCTCTTACAGAGCTTTTATCGTTGTTTTGCAGCATTGGCAGGAGATTGGGACCAAAGAGGAGAATTATAGTTGTATGCAAAGTTAATTGCTTTATTCGATTCAGAAATGAGTCAGCAA
CAAGTAACCCAACCCAGGCCTTCCTGTGTTAATGGGTTTGATCGAAGTCGTACTGACAGAGATCCTGGAAGCCACTATGATAATCGATCGACACAATCTCCAAATTCTCGTTTGGGCAATTCTGGCAACACAAGCATGGGTCATGACTTATACGGCTATATGAAAAGCGAGCATGTTGGCCATCCCAACCATAATAAGGT
TCAAGGAGGAAATGCAAGTATAAGCAGACGTGGAGGATTTGGAAGGCCCCTGCATGATCGCTTGCTCTTTATGACAGCTTGCCTGATTGGTCAGCCTGTAGAAGTCCAAGTGAAAAATGGGTCCATATTCTCTGGGATATTTCATACTACAAATGCTGAAAAAGATTATGGAGTTGTTTTGAGAATGGCTCGGTTGATTA
AAGATGGATCTAATAAGGGAGAAAAATATGATGCTGTTAAAGATGCTGCAAGCAAAGCTCCTATCAAGACTTTGATTATCCTTGCCAATGATCTTGTGCAAGTGATTGCAAAGGATGTACAAATAACTGGAGATGAATTAGCAAATGGTCATGCATGTCAGAATAAGCATGACATTGTAATAGATTCCTTCCTATCTCAA
GCACATCGGGTCGAGTTAGAGAGGGAGCTGGAACCTTGGACCCCAGACAAGGATGCTCCTGAGAATCTTGGCTTGGAAGACACCTTTCAGAATACTTGGAACAGGAGATTGGGACCAAAGAGGAGAATTATAGTTGTATGCAAAGTTAATTGCTTTATTCGATTCAGAAATGAGTCAGCAACAAGTAACCCAACCCAGGC
CTTCCTGTGTTA
>TRINITY_DN116376_c7_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTCCAAGAAATTTTCGAGGGAGGGTGTCCATCAATGAAAATTATTTAAGCCTAAAAACAAAACACCCTTTCGTTGTTTTATTTTAAGCGAAGCACAAACTGTGGCAACGACTCCGAGATCCATGCGAGGGATCGACCTGTGACCGTCAACAGTTCACCAGTTTAGTCTTATATCGTATGTCCTCTGGTCGGAAGCAAGCT
CCGCAAATTTAGTTTAAAGAATTTCCAGAAGAGGAGAGAGGGGTTAGAAGCGAGATCGAGCCATTTCTGCTCCGATTTCGGTCCTCTTACAGAGCTTTTATCGTTGTTTTGCAGCATTGGCAGGAGATTGGGACCAAAGAGGAGAATTATAGTTGTATGCAAAGTTAATTGCTTTATTCGATTCAGAAATGAGTCAGCAA
CAAGTAACCCAACCCAGGCCTTCCTGTGTTAATGGGTTTGATCGAAGTCGTACTGACAGAGATCCTGGAAGCCACTATGATAATCGATCGACACAATCTCCAAATTCTCGTTTGGGCAATTCTGGCAACACAAGCATGGGTCATGACTTATACGGCTATATGAAAAGCGAGCATGTTGGCCATCCCAACCATAATAAGGT
TCAAGGAGGAAATGCAAGTATAAGCAGACGTGGAGGATTTGGAAGGCCCCTGCATGATCGCTTGCTCTTTATGACAGCTTGCCTGATTGGTCAGCCTGTAGAAGTCCAAGTGAAAAATGGGTCCATATTCTCTGGGATATTTCATACTACAAATGCTGAAAAAGATTATGgtttgttccattcttgcaagctttctgtag
aaaattgcaattgttaagataggttgatttatgtaatcttcatttgatgaacacagttgtttatgcacttaggctgactaatcaagagtaaagattgtatcattgtaccccccttatttgttggaattcctgcaggaagtgcattctccccgaggtttgaaacatttctattgatattatgctttgttttgtatttgatc
tctaagatgtgcaatgttccttcattgtgcttttatagGAGTTGTTTTGAGAATGGCTCGGTTGATTAAAGATGGATCTAATAAGGGAGAAAAATATGATGCTGTTAAAGATGCTGCAAGCAAAGCTCCTATCAAGACTTTGATTATCCTTGCCAATGATCTTGTGCAAGTGATTGCAAAGGATGTACAAATAACTGGAG
ATGAATTAGCAAATGGTCATGCATGTCAGAATAAGCATGACATTGTAATAGATTCCTTCCTATCTCAAGCACATCGGGTCGAGTTAGAGAGGGAGCTGGAACCTTGGACCCCAGACAAGGATGCTCCTGAGAATCTTGGCTTGGAAGACACCTTTCAGAATACTTGGAACAGGAACTGGGACCAATTTGAAACAAACAAG
GCTCTGTTTGGTGTCAAAAGCACATATGATGAAGAGCTGTACACTACAAAACTTGAAAGGGGGCCACAGATGAAGGATATGGAAAAAGAGGCTTCTAGAATTGCCAGAGAAATTGAAGGACAGGTGACCAGGAACTTTCATTTAGCAGAGGAAAGAGGCATTCACGTTCCCAATGAGTTAGATTCATTGGATGAGGAAAG
TAGGTTTTCATCTGTGCTTAGAGAATTGGGTGATGATGTTGGAGAAGATGATGAAGACACTTGTATTGACAACCACAATGAGGAAACATTTAGCAGTAATTTTCCCTACAGTGGTGTTGCACCTACTGTTTGTAAAGACAGCAATGGGTGCATTCCTGATCTGATTAGATCTGAAAAGAATTCTAATCCTACATACCTAT
CTTTATCTGCAGGTTCTTCAGAGATTTCGTCAAGTGGTTGCGATCAATTGGAAGTGCAAGCTGCAAATCTGGATACAAATTTTTCAAATTTCACCGTTAATAATTGCAGGAAAACAGGTGATTCAAGCCTGGAAGACAACTCAAAGAAGTGTAAAAAACAGCTCAAAGATAAAGTTAATGCCTCAGCTGAGGTATTGCAG
AACAAAATTAAGGTTACTGAGTCTCACTCTAAAAAAGTACCAGTAAGTGGAGAGCAATTATCTTCAATGGACAAGCAGACAGAGTTGGTACCAAAAGAAGAAACGTCAGTACCTACAAATAGGGTACCGACTTCGGTTCATATAACAGAAGTAGCTTATGCCCCTCCTGCTTCTGCTCTACCCATGCCAACAGGTTTGGG
TGGTTTGTCAGCTACATCTAGTATTTATACACACTTAGAAGGCACAAAATGCATTGCAGAACCCTCACCATCTGCAACCAGTAGAGGTTCATTGATTAGAACAGGAAGCTCCTCATCTTTGGGTACAGATTTAACAGCCACCACTGTTATTTCAACTTTTTCAGTATCTTCACCAGGTTCATCTGTAGGATCTGCCTCTT
CAGAAAAGTCAACACTTAATCCTTTTGCAAAGGAATTCAAACTCAATCCTAATGCAAAGAGTTTTACTCCATTCCAAAGTGGCTTACGGACATCATCTCCTGGAGGTCAAGGTCCTTTTCCTATGCCAAGCAATATTCCTCCAGTTACACATATGCATGGTTTATCCTTGGGGCTTGGATCAAGCTCTTTGGTACAGCAA
CCAATACAACCTCTTAAGTTTGGGCCTCAGAGCAATTCGCTGACTGCATCTGGAGTTACATCTGCAACCTATTACCAGCCTGCAGCTAGTTTTTCTCCCAATGCGTCAGGCAGTAGCATATTGACAAGCTTTCCTGCAGTATCCGCTGGCAGAATTCCTGCAGGACAGCAGATTGGGCATTCTTTCAGTGGACATCACCC
CATTATGTATAATTCACAGGCACCTTCAGTGCAGTCTGCATCGACATATATCCATCAAAATGGGCATTTGTATCCACAACATATGATGCTTGGTCAACCTGGACAAGTTGTATACATACCACCATTTCCCCAGGGACCACCTCCTCCCCATGGTTTGATCCCATCTTTTGCAACTCCTCAGCAGGGTCAACAGCCTAAGC
ACCGTGGTGGCAGTTGACCTTTGTTCTGGCATTCCTTTAGTGTGTTTTACTTCAAAGGGCTTCGTTCACTTTCATATGAGTTATGCCAAGAGAGAAATTCGGAGTTGCAGTTTAAGTGTGATTTTCTGTAGCTTCTTTCTGGCTGGACAAGAACCAATAAATTCAACGGTTCAAATTTCACGTCTTCCTAACACCGTGAA
CACCAGATGTTCAGAAGTATTAATGCCCACGTCTGAGAGATGCAGGGTTTTGTGAGAAGTATTGGAGTACGACTATGTAACAATGGTTAACCTGGTGTAAAAGACAGATAGGTAGACGGGAAGTGGGTGACAGTATACCTTCTATAGTAGAGAAAAATAAATTTAGTCTTTTCTACTTTTTCTTTTTCCTTTTCTAATCT
ATTATTTACAATTTATTAAAACAATCCAATCTGTAATTTTTTTTAATAAATATGGAAAGCTTGTACAAAAA
Intron 2 GTATGTTATC ... TGTTGCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.41 | 218 | 62 | 43 |
| A2 | 30.31 | 146 | 82 | 45 |
| A3 | 24.86 | 195 | 83 | 46 |
| A4 | 26.78 | 134 | 56 | 42 |
| A5 | 24.08 | 93 | 45 | 14 |
| A6 | 27.95 | 2048 | 819 | 770 |
| A7 | 26.95 | 1533 | 646 | 485 |
| A8 | 27.83 | 2168 | 888 | 784 |
| A9 | 27.39 | 1864 | 752 | 654 |
| A10 | 28.12 | 1107 | 564 | 302 |
>TRINITY_DN119159_c3_g3_i4 from sample A2 / Example spliced isoformAATTCTTCTGCATAGAAGCTTTTTGCCAGCTTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTTAACCTACAGGTTAAAGATCAAGGGTTGATCGTGTGATTGCAGGAGTTGTGGCAGGGTCAAGTTGCCCCATTTCTTTTGTTGCACCGGTGACAAGATAAATGAAGAAAGGGACAATTCTGCCAAATAATTACATCTTGG
CACTTGCCAGGAAGACTTAGAGCATCATCCCCACCAAGCTTGGAGTACATGCTGAATTGCCCATTTGAACATTAGACTGTTAACTTTAATTTGTCCTCTTGTAATCTGAGACTAGACCAAGATTGTGTGACCAATATTGGGCATTGAGATTGCAATCAAGAGATGTTCCTTGTAACTCTTGTAATAGATGCTATTGTGTT
TGTTATGAATTTTTATCTCCAGATAGATATTTTGCAAAGTGCATGCACAAGTTTTGAGACTGGTAACTATTTAAGATGGACTTTGATACAAGTCTTTTGGAATATTAGACAATACAAAAGCTAAGCAGATAAGTATATGCAGGCGTATTCAATTGTTCCCTGATAGAAGATAACTTTGAACCTCCAAATTTCTGGAAAAT
TTTCATTGGTTTTTCAAGTTTTGTTGCAAAGCGAAATGTATTTTCCTTGTTCTGTATGTCTTGAACAATTTTCTTTGACCTTGAGCTATTTCAGGA
>TRINITY_DN119159_c3_g3_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTCCAATGCCAACGGCAACAACGGCCGTCTGAGGATATCCGTCTCGACACCAAAAAACGACAGCCAGTAGGGTAAAAACTAGGGTATTTTATATAGCAATGTTTATTTTACCAACCTACCTTCATATTGTCGGAGCCTTAAGCCCTCCAAAAACCCTTGGGACGAAGGATTGAGCAACAAGCCAGAGAAGTCGCAACAG
TGAACGAAATTTCATCGCTGTTCGAAAATGTTGCGAGTGGGAAGGCTTACGAGAGCATTGGATTTTCGACTGAGCCTAATAAAATGCACCTATCCCGCTGATTCAAGGCCATTTTTAACTTCGGTTAATCCTAATCCCTATGAAGGCCATTTTTCTGAGGATCTGGGGACTTTCGGGTTCGCGAGAAGTCCAGACGGATC
GATGGCAATTAACGATCAGAGGTTCCAACAGCAAGAACCGGGACTGGAGGAATTTGCTCCGGTGGGTTCCATGCAGCTCATGGCAGTTCCCAAGAGAAAGGTGACGCCGCATAGAAAAGGGATACGGAACGGTCCAAAAGCTCTCAAGCCAGCTCCATTGATCATGAGATGCAAGAGTTGTGGCAGGGTCAAGTTGCCCC
ATTTCTTTTGTTGCACCGGTGACAAGATAAATGAAGAAAGGGACAATTCTGCCAAATAATTACATCTTGGCACTTGCCAGGAAGACTTAGAGCATCATCCCCACCAAGCTTGgtatgttatccccagccacctgtgccgaagaacaatgcaattgcacttgaaatcaatttcttttgcttcgctttgaacattgagattc
cacataatgggattgactttatttcactgttgtgagccttgctaatttttaatggctgtgttgctcagGAGTACATGCTGAATTGCCCATTTGAACATTAGACTGTTAACTTTAATTTGTCCTCTTGTAATCTGAGACTAGACCAAGATTGTGTGACCAATATTGGGCATTGAGATTGCAATCAAGAGATGTTCCTTGTA
ACTCTTGTAATAGATGCTATTGTGTTTGTTATGAATTTTTATCTCCAGATAGATATTTTGCAAAGTGCATGCACAAGTTTTGAGACTGGTAACTATTTAAGATGGACTTTGATACAAGTCTTTTGGAATATTAGACAATACAAAAGCTAAGCAGATAAGTATATGCAGGCGTATTCAATTGTTCCCTGATAGAAGATAAC
TTTGAACCTCCAAATTTCTGGAAAATTTTCATTGGTTTTTCAAGTTTTGTTGCAAAGCGAAATGTATTTTCCTTGTTCTGTATGTCTTGAACAATTTTCTTTGACCTTGAGCTATTTCAGGA
Intron 3 GTCAGGTTGT ... CAATTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.54 | 10 | 16 | 16 |
| A2 | 62.71 | 11 | 18 | 19 |
| A3 | 53.49 | 10 | 11 | 12 |
| A4 | 50.94 | 13 | 17 | 10 |
| A5 | 47.83 | 6 | 5 | 6 |
| A6 | 33.33 | 2 | 1 | 1 |
| A7 | 52.94 | 12 | 10 | 17 |
| A8 | 52.94 | 4 | 3 | 6 |
| A9 | 45.1 | 14 | 14 | 9 |
| A10 | 60 | 9 | 16 | 11 |
>TRINITY_DN119159_c3_g3_i7 from sample A2 / Example spliced isoformGGGAATACCAAATGGTCAATTGTACCAACGTCAAAGGAGGAACTTGCTGATTTTTTTGTCAAAACTGTCCAACAAGGGGATGAAGGCATCGTTGTGAAAGACCTTGATTCTCAATGGTGCCCTGATAATCGTGATGGTCGTTGGTGCAAAATCAAGCCTGATTATGTATCAATGGGCAATGATCTTGATCTTTTGATTAT
TGGAGGCTATTATGGAAGGAGTCAATATGGAGATGTGGAATTGGACTTTCAGAAGAAGATCGGTCCTTCTTACATTACAAGCTTGCTCCATTGCTCTTAGTGAATAATAAGGGCCGTGGGCCGCCAAGTTCCTGTAATTATCTAGTGACAAATAGTCGTTATGAATGTCCAGACGTCTGGGTTTCAAAACCGGAGATGTC
TGTTGTTGTTCAAGTTTCCTCAGAGCAGAGAATTTATCCAACTTCTACATTCAAAGCAGGATGGACATTCAGATTCCCACGAATTGTAAGGGTGAGATATGACAAATGTTGGTCTGATTCTCTTCATATGGGAGAGTTTGAAGAGATGATTCAGACAGCAAGGGTAAATGGGAATAGTTTGGTCTCTAATAGTCGCAAGT
ATGATCCTCTTGTGAAAGTTAAAGATTCAAAGAGGTGCAGACAGGACCAGCTAGAAAAATATCCTGTAATTCTATCACGTTTTCGAAGATTCGTTCCTGCTCCTGTTGAAAGAGCAAATGATCATCTTGATTATCTTGTAATTTACATTTGTAACCTGACAAAAGATCTCGAGAAAGAAAAGTTATTTGGACATATTCAA
CAATCTGGTGGAAAAATAGCAATGAATCTTTCCCAATCTGTAACTCATGTTTTTGCAGCAGAACCAAAAGGTGTTCAATACAATGTAGCAGTATCCTCCAATTTTGATGTCATTCATATCTCATGGCTTCTTTTAGTGATTGAAGGAAAGGAGCTTCTACCAATCCTACCAAGACACTATCTTCATTTGAGTAATTCTGG
AACAAAAACAATTGAAAAATCAGTGGATGAGTTTGGAGACCCATGGTTTGACCCTATAGAAACAGAAGATCTTGTCCAGATCTTCCAAAACATCAAGCAACCTTATTCTTCTACCGCAACTGATCAATTGAGCAAAATGTTAACATTAAAATTTTCAAGATCATCACCATGGGGTATTTTTTATGATTGTCACATACATT
TTTACAAGCCTATACATTCTATAAATCCAGACTCACAATATATAGGTATGATGGCATTAAGGAGATTTAAATTAGAGGCAGATATGCGAGGAGCATCCATATCAAACAACCTATGTGGTGACTCTACTCATATGGTGGTTTATACCCCAATTGGCATACAATTGCCATTCAAAAAAATCATGCAAAGTTTAAGTGAACTG
GAACAGAAGCTGGTTCAGTCAAGTCATATATGTATTGTTAGTCATGTTTGGATTGAAGAATGCATAAGAGTTGGAAAAAGGTTGGGTTCAGGCCCTTACAGTCTCAGGAATGAAAAGGATCTTACATCAAATCCTGCTTCAAGCTCTATTGATGTTAATTGTAAACTACGCCACAAAGTTGAGAAGGTACTAATGCAATC
AGTTCTGCAGAACAGTTCAGATGGTCAGAATCAAAGGCGTTACGGTAAGGATGATTCCATCGTAGAAAATTTTCCTGTGGTCGCATGTGGTAATGAGAGAAAGACAGACTGCTCATTGGTGTCTCAGTCAGAGTTTTCTGAACTACAAATCATTGATAAGTCTGGCTGTAGTTCGGGACTGTCGAAAGATTGTGGTTATG
ATGTTGTGGAGAACATGACCCAAATTTTTTTAGGGGTTCCATTATCTACAGGGCTTGCGCAGAGCTGTTGTTCATTCCCTTCAAATTGGGAAGAGGCCACCGAGTATAATTGTTCACCACTCAAAAAGAAGAGATTCAAGTGAATGAATATTGGTTTTCTTTCCAAGCTGCAATACTTGCCAGCAAAGGTAGTGCAGTAG
GATCTCATTATACACTGAAAAATGACTTGGGACATGGTCCAGTGCATGTTCCAGAATGCAGGTTTACCTGAAAGGATTTTTCTGATTTACTTTGCTAATTTGGAAAAGGATCTTTCAGAATTCATCAGTCTTGTTTGGCTTTCCAAGTAATTAAAAAAAGTGTTTATGGGAACAATGGAAATAGCTATGTCAAAAGTATG
CATAGTTGAAAGAGCGTGGAAACAAACATGGGGTCAAACAGCTAGTTGTTACTGCATGTATCAAACCCCATCTTTCTGAGGTGGTGATAGCTGAAAGCAGCTTGTTTGCTTTCAGAATCCAATGTTTTGATCCGTCTCTTCATCTCAGACAAAGTTCTCTCTCCTTTTTGCTATTTTTCCAGCAGTAGAGCGGAGATGTC
CCAGGCACTTTTTTTTTATCTATATTTTTGAGTCTGATTGACCTATTTGGGTCATTAGTGGACATTATTATAATTTCATTCTCCCTGTATGTTTGTGATGTAACTGCACGCAGTTGTGCGGCGTGCCGAGCAAGAAATAAATTGTCACAAGGGCTTGTAATAGAAGATGGAAAGGCTTTGAGGAATAATTACAGGAATTT
TCAGAAAATCTTGAAGTTTCAAGCTTTGGGATTTAGTGTAACTTGAAGTAAAATTTGCATTACATTCTTTATGAGAATGGCCATCAATATTTTATAAAAAAGGAATAAGAAAGGGATAGTTCAT
>TRINITY_DN119159_c3_g3_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGGAATACCAAATGGTCAATTGTACCAACGTCAAAGGAGGAACTTGCTGATTTTTTTGTCAAAACTGTCCAACAAGGGGATGAAGGCATCGTTGTGAAAGACCTTGATTCTCAATGGTGCCCTGATAATCGTGATGGTCGTTGGTGCAAAATCAAGCCTGATTATGTATCAATGGGCAATGATCTTGATCTTTTGATTAT
TGGAGGCTATTATGGAAGGAGTCAATATGGAGgtcaggttgtatcctatttattagctttagttgagatttctgaggggaaatgccattcaccaaggtttatctcaatttgtagATGTGGAATTGGACTTTCAGAAGAAGATCGGTCCTTCTTACATTACAAGCTTGCTCCATTGCTCTTAGTGAATAATAAGGGCCGTG
GGCCGCCAAGTTCCTGTAATTATCTAGTGACAAATAGTCGTTATGAATGTCCAGACGTCTGGGTTTCAAAACCGGAGATGTCTGTTGTTGTTCAAGTTTCCTCAGAGCAGAGAATTTATCCAACTTCTACATTCAAAGCAGGATGGACATTCAGATTCCCACGAATTGTAAGGGTGAGATATGACAAATGTTGGTCTGAT
TCTCTTCATATGGGAGAGTTTGAAGAGATGATTCAGACAGCAAGGGTAAATGGGAATAGTTTGGTCTCTAATAGTCGCAAGTATGATCCTCTTGTGAAAGTTAAAGATTCAAAGAGGTGCAGACAGGACCAGCTAGAAAAATATCCTGTAATTCTATCACGTTTTCGAAGATTCGTTCCTGCTCCTGTTGAAAGAGCAAA
TGATCATCTTGATTATCTTGTAATTTACATTTGTAACCTGACAAAAGATCTCGAGAAAGAAAAGTTATTTGGACATATTCAACAATCTGGTGGAAAAATAGCAATGAATCTTTCCCAATCTGTAACTCATGTTTTTGCAGCAGAACCAAAAGGTGTTCAATACAATGTAGCAGTATCCTCCAATTTTGATGTCATTCATA
TCTCATGGCTTCTTTTAGTGATTGAAGGAAAGGAGCTTCTACCAATCCTACCAAGACACTATCTTCATTTGAGTAATTCTGGAACAAAAACAATTGAAAAATCAGTGGATGAGTTTGGAGACCCATGGTTTGACCCTATAGAAACAGAAGATCTTGTCCAGATCTTCCAAAACATCAAGCAACCTTATTCTTCTACCGCA
ACTGATCAATTGAGCAAAATGTTAACATTAAAATTTTCAAGATCATCACCATGGGGTATTTTTTATGATTGTCACATACATTTTTACAAGCCTATACATTCTATAAATCCAGACTCACAATATATAGGTATGATGGCATTAAGGAGATTTAAATTAGAGGCAGATATGCGAGGAGCATCCATATCAAACAACCTATGTGG
TGACTCTACTCATATGGTGGTTTATACCCCAATTGGCATACAATTGCCATTCAAAAAAATCATGCAAAGTTTAAGTGAACTGGAACAGAAGCTGGTTCAGTCAAGTCATATATGTATTGTTAGTCATGTTTGGATTGAAGAATGCATAAGAGTTGGAAAAAGGTTGGGTTCAGGCCCTTACAGTCTCAGGAATGAAAAGG
ATCTTACATCAAATCCTGCTTCAAGCTCTATTGATGTTAATTGTAAACTACGCCACAAAGTTGAGAAGGTACTAATGCAATCAGTTCTGCAGAACAGTTCAGATGGTCAGAATCAAAGGCGTTACGGTAAGGATGATTCCATCGTAGAAAATTTTCCTGTGGTCGCATGTGGTAATGAGAGAAAGACAGACTGCTCATTG
GTGTCTCAGTCAGAGTTTTCTGAACTACAAATCATTGATAAGTCTGGCTGTAGTTCGGGACTGTCGAAAGATTGTGGTTATGATGTTGTGGAGAACATGACCCAAATTTTTTTAGGGGTTCCATTATCTACAGGGCTTGCGCAGAGCTGTTGTTCATTCCCTTCAAATTGGGAAGAGGCCACCGAGTATAATTGTTCACC
ACTCAAAAAGAAGAGATTCAAGTGAATGAATATTGGTTTTCTTTCCAAGCTGCAATACTTGCCAGCAAAGGTAGTGCAGTAGGATCTCATTATACACTGAAAAATGACTTGGGACATGGTCCAGTGCATGTTCCAGAATGCAGGTTTACCTGAAAGGATTTTTCTGATTTACTTTGCTAATTTGGAAAAGGATCTTTCAG
AATTCATCAGTCTTGTTTGGCTTTCCAAGTAATTAAAAAAAGTGTTTATGGGAACAATGGAAATAGCTATGTCAAAAGTATGCATAGTTGAAAGAGCGTGGAAACAAACATGGGGTCAAACAGCTAGTTGTTACTGCATGTATCAAACCCCATCTTTCTGAGGTGGTGATAGCTGAAAGCAGCTTGTTTGCTTTCAGAAT
CCAATGTTTTGATCCGTCTCTTCATCTCAGACAAAGTTCTCTCTCCTTTTTGCTATTTTTCCAGCAGTAGAGCGGAGATGTCCCAGGCACTTTTTTTTTATCTATATTTTTGAGTCTGATTGACCTATTTGGGTCATTAGTGGACATTATTATAATTTCATTCTCCCTGTATGTTTGTGATGTAACTGCACGCAGTTGTG
CGGCGTGCCGAGCAAGAAATAAATTGTCACAAGGGCTTGTAATAGAAGATGGAAAGGCTTTGAGGAATAATTACAGGAATTTTCAGAAAATCTTGAAGTTTCAAGCTTTGGGATTTAGTGTAACTTGAAGTAAAATTTGCATTACATTCTTTATGAGAATGGCCATCAATATTTTATAAAAAAGGAATAAGAAAGGGATA
GTTCAT
Intron 4 GTTTGGGTGG ... ACTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.42 | 7 | 26 | 22 |
| A2 | 100 | 0 | 12 | 15 |
| A3 | 57.89 | 8 | 10 | 12 |
| A4 | 62.5 | 6 | 14 | 6 |
| A5 | 60 | 2 | 1 | 5 |
| A6 | 65 | 7 | 16 | 10 |
| A7 | 62.07 | 11 | 21 | 15 |
| A8 | 63.33 | 11 | 23 | 15 |
| A9 | 65 | 7 | 14 | 12 |
| A10 | 61.29 | 18 | 28 | 29 |
>TRINITY_DN43405_c0_g5_i6 from sample A8 / Example spliced isoformTTAGTGTTTTCCTGCAACAAAATTTAATCTTTCATTGTGTTTAGAGTTTGGAGTTAAACAATAGTTATGTTTCTTAGTCACTTCATTGAGGTTTGCAACTTTGCACCTTCTTGCTTAAGATATTTCTTTGACATTTATTTAATAGTTGAACATAGTATTTTGTCTTGCCGACTATAGAAACGATTCTACCATGTGTGTGC
ACTGTGCAGTAAGTGGAGAGCAATTATCTTCAATGGACAAGCAGACAGAGTTGGTACCAAAAGAAGAAACGTCAGTACCTACAAATAGGGTACCGACTTCGGTTCATATAACAGAAGTAGCTTATGCCCCTCCTGCTTCTGCTCTACCCATGCCAACAGTATCTTCACCAGGTTCATCTGTAGGATCTGCCTCTTCAGAA
AAGTCAACACTTAATCCTTTTGCAAAGGAATTCAAACTCAATCCTAATGCAAAGAGTTTTACTCCATTCCAAAGTGGCTTACGGACATCATCTCCTGGAGGTCAAGGTCCTTTTCCTATGCCAAGCAATATTCCTCCAGTTACACATATGCATGGTTTATCCTTGGGGCTTGGATCAAGCTCTTTGGTACAGCAACCAAT
ACAACCTCTTAAGTTTGGGCCTCAGAGCAATTCGCTGACTGCATCTGGAGTTACATCTGCAACCTATTACCAGCCTGCAGCTAGTTTTTCTCCCAATGCGTCAGGCAGTAGCATATTGACAAGCTTTCCTGCAGTATCCGCTGGCAGAATTCCTGCAGGACAGCAGATTGGGCATTCTTTCAGTGGACATCACCCCATTA
TGTATAATTCACAGGCACCTTCAGTGCAGTCTGCATCGACATATATCCATCAAAATGGGCATTTGTATCCACAACATATGATGCTTGGTCAACCTGGACAAGTTGTATACATACCACCATTTCCCCAGGGACCACCTCCTCCCCATGGTTTGATCCCATCTTTTGCAACTCCTCAGCAGGGTCAACAGCCTAAGCACCGT
GGTGGCAGTTGACCTTTGTTCTGGCATTCCTTTAGTGTGTTTTACTTCAAAGGGCTTCGTTCACTTTCATATGAGTTATGCCAAGAGAGAAATTCGGAGTTGCAGTTTAAGTGTGATTTTCTGTAGCTTCTTTCTGGCTGGACAAGAACCAATAAATTCAACGGTTCAAATTTCACGTCTTCCTAACACCGTGAACACCA
GATGTTCAGAAGTATTAATGCCCACGTCTGAGAGATGCAGGGTTTTGTGAGAAGTATTGGAGTACGACTATGTAACAATGGTTAACCTGGTGTAAAAGACAGATAGGTAGACGGGAAGTGGGTGACAGTATACCTTCTATAGTAGAGAAAAATAAATTTAGTCTTTTCTACTTTTTCTTTTTCCTTTTCTAATCTATTAT
TTACAATTTATTAAAACAATCCAATCTGTAATTTTTTTTAATAAATATGGAAAGCTTGTACATATGTTTTGTTTGTTGACCCTTTAATTTTTGCACTGCTGTTATTTGTGTGTTTGTTACTTTGTTCTATTAAATTGAAATATTGAATTATTCTATGAGCTGGAGACTTCTCAGTACTGGTACAATTGTTATGGCTTTAA
TTTATTCTCGGGAAGGCAACGACCATCAACCTTTCTACGTGGCAGCTTATTCACGGACACAAGTATCCTGTTTGTAGTGAACTCTTACCTCATCTATAATTGCATTGTATTTGGAATTTGACAATTTAGAATTTGTTCGAGCAGAATGAAATTG
>TRINITY_DN43405_c0_g5_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGGGAGGGTGTCCATCAATGAAAATTATTTAAGCCTAAAAACAAAACACCCTTTCGTTGTTTTATTTTAAGCGAAGCACAAACTGTGGCAACGACTCCGAGATCCATGCGAGGGATCGACCTGTGACCGTCAACAGTTCACCAGTTTAGTCTTATATCGTATGTCCTCTGGTCGGAAGCAAGCTCCGCAAATTTAGTTTA
AAGAATTTCCAGAAGAGGAGAGAGGGGTTAGAAGCGAGATCGAGCCATTTCTGCTCCGATTTCGGTCCTCTTACAGAGCTTTTATCGTTGTTTTGCAGCATTGGCAGGAGATTGGGACCAAAGAGGAGAATTATAGTTGTATGCAAAGTTAATTGCTTTATTCGATTCAGAAATGAGTCAGCAACAAGTAACCCAACCCA
GGCCTTCCTGTTTTAATGGGTTTGATCGAAGTCGTACTGACAGAGATCCTGGAAGCCACTATGATAATCGATCGACACAATCTCCAAATTCTCGTTTGGGCAATTCTGGCAACACAAGCATGGGTCATGACTTATACGGCTATATGAAAAGCGAGCATGTTGGCCATCCCAACCATAATAAGGTTCAAGGAGGAAATGCA
AGTATAAGCAGACGTGGAGGATTTGGAAGGCCCCTGCATGATCGCTTGCTCTTTATGACAGCTTGCCTGATTGGTCAGCCTGTAGAAGTCCAAGTGAAAAATGGGTCCATATTCTCTGGGATATTTCATACTACAAATGCTGAAAAAGATTATGGAGTTGTTTTGAGAATGGCTCGGTTGATTAAAGATGGATCTAATAA
GGGAGAAAAATATGATGCTGTTAAAGATGCTGCAAGCAAAGCTCCTATCAAGACTTTGATTATCCTTGCCAATGATCTTGTGCAAGTGATTGCAAAGGATGTACAAATAACTGGAGATGAATTAGCAAATGGTCATGCATGTCAGAATAAGCATGACATTGTAATAGATTCCTTCCTATCTCAAGCACATCGGGTCGAGT
TAGAGAGGGAGCTGGAACCTTGGACCCCAGACAAGGATGCTCCTGAGAATCTTGGCTTGGAAGACACCTTTCAGAATACTTGGAACAGGAACTGGGACCAATTTGAAACAAACAAGGCTCTGTTTGGTGTCAAAAGCACATATGATGAAGAGCTGTACACTACAAAACTTGAAAGGGGGCCACAGATGAAGGATATGGAA
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AACATTTAGCAGTAATTTTCCCTACAGTGGTGTTGCACCTACTGTTTGTAAAGACAGCAATGGGTGCATTCCTGATCTGATTAGATCTGAAAAGAATTCTAATCCTACATACCTATCTTTATCTGCAGGTTCTTCAGAGATTTCGTCAAGTGGTTGCGATCAATTGGAAGTGCAAGCTGCAAATCTGGATACAAATTTTT
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