NA ----> NA

Intron 1 GTAATGTTTT ... TCTGTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	30	5	10
A2	38.46	12	8	7
A3	33.33	14	5	9
A4	29.03	11	2	7
A5	24.14	11	5	2
A6	37.5	5	2	4
A7	11.11	32	4	4
A8	8.33	11	1	1
A9	6.98	20	1	2
A10	15.07	31	6	5

>TRINITY_DN124475_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTACGGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAG
CCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAAAGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGAATAGTTAGGCTCC
TGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAAGATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTA
GAGCAGATTGAGCACAAGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTACATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAG
GAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTTTGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGCTAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATC
CATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTAAGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAA
TGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAATTTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCAGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGAGAGATCAGAGA
AAGTATATGGGCCAGTGTTACAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAAGTAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTCCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTA
CCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTTTTTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCT
TGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATATCTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAG
CTTTCAGTTCTCAATGAGCGACATTCTACTGCAAAGTTTGACACTGAAGAAAAAAAGAGTTTACGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAGTGATGGTGTT
GTGGGCATAACGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGGAAACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTGTTGAAGAAAATACCAAACAGATGGTGTCGTTGTCGGGACAAGCATATTGACTTCTAAGTTAATACAAGAGATTATGGTATGAAGCATTTGGTGTTTCCATATTGTTTAATTGTTACTTGG
GTGCTAGTGTTAATTCTATTAGTTGACAATTGCAGATGGAAAAAAGTAAAAATGTTCAAGCATTTTGCCCAATATTGTTACTGTTAGCCTAAAACTTAAACTTGTCATCAAGACTCATTTGAGAGTCCAGCTTTTGTGTACATTATATTTCACATCTGGTATGTTGCCTTTTGCTTTTCCCTCCTTTGCACTCATTCTCT
TTTGAATGTTTGGAGCCAAGCCCTGATTTTCTTTTATAGGATATTGTTCTACACACTAGAGGCTAGGGTTTATACTAGCAAGTTCATCAGTGAAATGAGACAGTGTTCAAGTGCAATGCTTGTTGTCAGGTGTCAGATGCTGTGCAGGAGGGTTTGCAATGCGTCATAGAGTCATAGTATCTGGGTAACCATACATTGAT
GTTTTTCTCCTTATTAAATCATGAGATGGTCAACACTCAAGTCAAGTTTTCTTTTGGGTTTGGTTGAAGGGAAAGCATTAGTCTTCAACATGCTGGGGCTTATGAATAACTATTAAATGAGATTCAAAACTTATAAATGGGTTTGGTAATGGTAACACAGCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGG
TTTCCAGAGCCAGTGAAGAATGCATTGGAAAAGAAAGACTAAAGAGGAACTTCGAGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGGAAGGAATCAAAAGAAACATTGTTGACTATAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGACAATTGGATTACTCTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGA
GGTCCTGACATGCATATGTTTGGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCTTGTCTGATGGGTCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTATCCAATTCCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCT
GGGCATGCCTAGGCCAAGGCATCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTCCTGCTCACCTCTTTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAACCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATTACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAG
GTAGAAGTTTAGGCAGAGGCTTCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAGGTTCATTCCCCAGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGAACGCCATGTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTG
ATGGTTGGTGTTGGACAAAAAATGCCAGTTGTTGTAAACAAAGCAGATAAAATTGGACAAGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGGCCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCA
TGCTACAAACAAAAGTCAGGAAACTGGACCTAGTACTGCAAATATGATTCAGCTCGGGGGCCCTGTACAGCGGAGTAGGGTCTTGACAGTTGGTGGCTTGCCTGAGGGTACTCCTCTATCAATTGTTATTGAAGCGTTTGAGAATCAAGGAAAAATAGAGGATGTTGAGAAGAGAGAGAAGGGGGATGCGTTCACTATAA
CGTTTTCAACTTTACATGAAGCTGTATCAGCCAAGCGTCTTTTGCACAGATCAATCCTTCGTGGAAAGCAGATAACGGTTGATTATTTCTTATGAGTGGGGTTCTTATCGGGAAAGGTTTCTGGAGATTTGTATATTTCTTTCTCTGTTGACAGGGTTCTCAAATTTAGGGACAACAATTTTGTTTTCTTCCTTGATTGG
AGGTTGATCTGGGCCAAATGTATTATTTGTTTGAAGAATGTAAGAATCAGTCTTCTCTTGTATCATCTGTGTAGATGTTTTGGAGGATTGATTTTACCAAGCCAAAATATTTTCTTCTTGTAAAGCTAATTTGAGGTTCACAGTGGAACACAGTTCCTAACTTCATTTTCTGAAGTGATCTTGAATGTTAAGCATTCTTT
GGCTGGTATTTGACAATCCATGTATAAATTATCATGGCGATTCTAGTATTAGATTCTTAAAAATATTATCCCGCATCATGCCTTGATGGTGTCGGTCATCCTTTGATTCAGAGTTCTTGATCACATTAAGACTTGGTGCCAGAGACAAATTATGAAAACCTTCAAATAAGCTACATTGTTAT

>TRINITY_DN124475_c1_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTACGGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAG
CCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAAAGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGAATAGTTAGGCTCC
TGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAAGATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTA
GAGCAGATTGAGCACAAGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTACATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAG
GAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTTTGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGCTAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATC
CATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTAAGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAA
TGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAATTTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCAGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGAGAGATCAGAGA
AAGTATATGGGCCAGTGTTACAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAAGTAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTCCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTA
CCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTTTTTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCT
TGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATATCTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAG
CTTTCAGTTCTCAATGAGCGACATTCTACTGCAAAGTTTGACACTGAAGAAAAAAAGAGTTTACGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAGTGATGGTGTT
GTGGGCATAACGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGGAAACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTATTGAAGGAAATACCGGACAGATGGTGTTGTTGTCAGGACAAGCATATTGGAGATTTTACTTTTTTCAAGAAGTTTCAAGGACTTCTAAGTTTATACAAGAGACTATGGTATGAAGAATTT
GGTGTTTCCATATTGTTTAATTGTTACTTGGGTGCTAGTGTTAATTCTATTAGTTGACAATTGCAGATGGAAAAAAGTAAAAATGTTCAAGCATTTTGCCCAATATTGTTACTGTTAGCCTAAAACTTAAACTTGTCATCAAGACTCATTTGAGAGTCCAGCTTTTGTGTACATTATATTTCACATCTGGTATGTTGCCT
TTTGCTTTTCCCTCCTTTGCACTCATTCTCTTTTGAATGTTTGGAGCCAAGCCCTGATTTTCTTTTATAGGATATTGTTCTACACACTAGAGGCTAGGGTTTATACTAGCAAGTTCATCAGTGAAATGAGACAGTGTTCAAGTGCAATGCTTGTTGTCAGGTGTCAGATGCTGTGCAGGAGGGTTTGCAATGCGTCATAG
AGTCATAGTATCTGGGTAACCATACATTGATGTTTTTCTCCTTATTAAATCATGAGATGGTCAACACTCAAGTCAAGTTTTCTTTTGGGTTTGGTTGAAGGGAAAGCATTAGTCTTCAACATGCTGGGGCTTATGAATAACTATTAAATGAGATTCAAAACTTATAAATGGGTTTGGTAATGGTAACACAGCCTGAGGCT
TTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCCAGAGCCAGTGAAGAATGCATTGGAAAAGAAAGACTAAAGAGGAACTTCGAGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGAAAGGAATCAAAAGAGAGATGGTTGACTACAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGgtaatgttttgctgtctg
agcctctgcaaatttctctcagcttgttgaaatcatagacagcatgttgtctctatctcttattcttaaattgcatcataagatgttgttcaaagattatatgttatgctagttataaaactagcgagaaatgagaacatggttaggccactttgctgaatttgcatacataatttcttgtaatgatggattgcatatat
atatatatatttggcacttgtttctaaatagtgaactctaaatggttgtgagaccaacacaagcttatcaaaatatttgtgttctgtgctagACAATTGGATTACTCTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGAGGTCCTGACATGCATATGTTTGGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCTTGTCTGATGGG
TCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTATCCAATTCCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCTGGGCATGCCTAGGCCAAGGCATCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTCCTGCTCACCTCT
TTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAACCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATTACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAGGTAGAAGTTTAGGCAGAGGCTTCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAGGTTCATTCCCC
AGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGAACGCCATGTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTGATGGTTGGTGTTGGACAAAAAATGCCAGTTGTTGTAAACAAAGCAGATAAAATTGGACA
AGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGGCCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCATGCTACAAACAAAAGTCAGGAAACTGGACCTAGTACTGCAAATATGATTCAGCTCGGGG
GCCCTGTACAGCGGAGTAGGGTCTTGACAGTTGGTGGCTTGCCTGAGGGTACTCCTCTATCAATTGTTATTGAAGCGTTTGAGAATCAAGGAAAAATAGAGGATGTTGAGAAGAGAGAGAAGGGGGATGCGTTCACTATAACGTTTTCAACTTTACATGAAGCTGTATCAGCCAAGCGTCTTTTGCACAGATCAATCCTT
CGTGGAAAGCAGATAACGGTTGATTATTTCTTATGAGTGGGGTTCTTATCGGGAAAGGTTTCTGGAGATTTGTATATTTCTTTCTCTGTTGACAGGGTTCTCAAATTTAGGGACAACAATTTTGTTTTCTTCCTTGATTGGAGGTTGATCTGGGCCAAATGTATTATTTGTTTGAAGAATGTAAGAATCAGTCTTCTCTT
GTATCATCTGTGTAGATGTTTTGGAGGATTGATTTTACCAAGCCAAAATATTTTCTTCTTGTAAAGCTAATTTGAGGTTCACAGTGGAACACAGTTCCTAACTTCATTTTCTGAAGTGATCTTGAATGTTAAGCATTCTTTGGCTGGTATTTGACAATCCATGTATAAATTATCATGGCGATTCTAGTATTAGATTCTTA
AAAATATTATCCCGCATCATGCCTTGATGGTGTCGGTCATCCTTTGATTCAGAGTTCTTGATCACATTAAGACTTGGTGCCAGAGACAAATTATGAAAACCTTCAAATAAGCTACATTGTTAT

Intron 2 GTATGAAGCA ... GGTAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.51	6	18	19
A2	67.74	5	7	14
A3	71.05	11	22	32
A4	68.42	6	9	17
A5	75	2	4	8
A6	58.33	5	2	12
A7	86.36	3	18	20
A8	57.89	4	2	9
A9	54.29	8	5	14
A10	100	0	4	6

>TRINITY_DN123246_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

CACGAAATCCACATACCATCTGATGAATCCGACGGTCCAAATGGCCGCCGTGAACGGCAGCAGGCTTCTCCAACCGTCCGATACAGTGGAGGCAAGCGAAATTTAGGCATTCGTATGAACAAGGCCAGCTGACATATCCATTTGGCGAATAAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTAC
GGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAGCCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAA
AGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGGATAGTTAGGCTCCTGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAA
GATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTAGAGCAGATTGAGCACAATGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTAC
ATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTT
TGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGATAAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCATGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCT
AAGGTCCTTCCTCGAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAATGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAA
TTTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCAGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGAGAGATCAGAGAAAGTATATGGGCCAGTGTTACAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAA
GTAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTTCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTACCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTT
TTTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCTTGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATA
TCTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAGCTTTCAGTTCTCAATGAGCGACATTCTACTGCAAAGTTTGACACTGAA
GAAAAAAAGAGTTTATGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAATGATGGTGTTGTGGGCATAATGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGG
AAACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTATTGAAGGAAATACCGGACAGATGGTGTTGTTGTCAGGACAAGCATATTGGAGATTTTACTTTTTTCAAGAAGTTTCAAGGACTTCTAAGTTTATACAAGAGATTATGCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCTAGAGCCAGTGAAGAAT
GCATTGGAAAAGAAAGACTAAAGAGGAACTTCGAGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGGAAGGAATCAAAAGAAACATTGTTGACTATAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGACAATTGGATTACTCTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGAGGTCCTGACATGCATATGTTT
GGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCTTGTCTGATGGGTCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTATCCAATTCCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCTGGGCATGCCTAGGCCAAGGCA
TCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTCCTGCTCACCTCTTTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAGCCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATTACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAGGTAGAAGTTTAGGCAGAGGCT
TCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAGGTTCATTCCCCAGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGGACGCCATGTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTGATGGTTGGTGTTGGACAAAAA
ATGCCAGTTGTTGTAAACAATGCAGATAAAATTGGACAAGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGGCCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCATGCTACAAACAAAAGTCAGGA
AGCTGGACCTAGTACTGCAAATATGATTCAGCTCGGGGGCCCTGTACAGCGGAGTAGGGTCTTGACAGTTGGTGGCTTGCCTGAGGGTACTCCTCTATCAATTGTTATTGAAGCGTTTGAGAATCAAGGAAAAATAGAGGATG

>TRINITY_DN123246_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACGAAATCCACATACCATCTGATGAATCCGACGGTCCAAATGGCCGCCGTGAACGGCAGCAGGCTTCTCCAACCGTCCGATACAGTGGAGGCAAGCGAAATTTAGGCATTCGTATGAACAAGGCCAGCTGACATATCCATTTGGCGAATAAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTAC
GGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAGCCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAA
AGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGGATAGTTAGGCTCCTGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAA
GATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTAGAGCAGATTGAGCACAATGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTAC
ATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTT
TGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGATAAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCATGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCT
AAGGTCCTTCCTCGAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAATGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAA
TTTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCAGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGAGAGATCAGAGAAAGTATATGGGCCAGTGTTACAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAA
GTAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTTCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTACCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTT
TTTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCTTGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATA
TCTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAGCTTTCAGTTCTCAATGAGCGACATTCTACTGCAAAGTTTGACACTGAA
GAAAAAAAGAGTTTATGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAATGATGGTGTTGTGGGCATAATGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGG
AAACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTGTTGAAGAAAATACCAAACAGATGGTGTCGTTGTCGGGACAAGCATATTGACTTCTAAGTTAATACAAGAGATTATGgtatgaagcatttggtgtttccatattgtttaattgttacttgggtgctagtgttaattctattagttgacaattgcagatggaaaaaagta
aaaatgttcaagcattttgcccaatattgttactgttagcctaaaacttaaacttgtcatcaagactcatttgagagtccagcttttgtgtacattatatttcacatctggtatgttgccttttgctttttcctccttttcactcattctcttttgaatgtttggagccaagccctgattttcttttataggatattgtt
ctacacactagaggctagggtttatactagcaagttcatcagtgaaatgagacagtgttcaagtgcaatgcttgttgtcaggtgtcagatgctgtgcaggagggtttgcaatgcgtcatagagtcatagtatctgggtaaccatacattgatgtttttctccttattaaatcatgagatggtcaacactcaagtcaagtt
ttcttttgggtttggttgaagggaaagcattagtcttcaacatgctggggcttatgaataactattaaatgagattcaaaacttataaatgggtttggtaatggtaacacagCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCTAGAGCCAGTGAAGAATGCATTGGAAAAGAAAGACTAAAGAGGA
ACTTCGAGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGGAAGGAATCAAAAGAAACATTGTTGACTATAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGACAATTGGATTACTCTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGAGGTCCTGACATGCATATGTTTGGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCT
TGTCTGATGGGTCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTATCCAATTCCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCTGGGCATGCCTAGGCCAAGGCATCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTCC
TGCTCACCTCTTTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAGCCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATTACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAGGTAGAAGTTTAGGCAGAGGCTTCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAG
GTTCATTCCCCAGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGGACGCCATGTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTGATGGTTGGTGTTGGACAAAAAATGCCAGTTGTTGTAAACAATGCAGAT
AAAATTGGACAAGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGGCCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCATGCTACAAACAAAAGTCAGGAAGCTGGACCTAGTACTGCAAATATGAT
TCAGCTCGGGGGCCCTGTACAGCGGAGTAGGGTCTTGACAGTTGGTGGCTTGCCTGAGGGTACTCCTCTATCAATTGTTATTGAAGCGTTTGAGAATCAAGGAAAAATAGAGGATG

Intron 3 GTAAGTTTGA ... AGCCTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.18	19	7.8	10
A2	24.68	30	9.8	14.7
A3	34.62	17	9	5.2
A4	32.68	12	5.8	3.7
A5	66.67	2	4	2
A6	25	6	2	2.5
A7	9.86	35	3.8	6.8
A8	4	24	1	4.7
A9	24.34	15	4.8	0.8
A10	8.7	21	2	8.3

>TRINITY_DN134786_c1_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CACGAAATCCACATACCATCTGATGAATCCGACGGTCCAAATGGCCGCCGTGAACGGCAGCAGGCTTCTCCAACCGTCCGATACAGTGGAGGCAAGCGAAATTTAGGCATTCGTATGAACAAGGCCAGCTGACATATCCATTTGGCGAATAAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTAC
GGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAGCCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAA
AGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGGATAGTTAGGCTCCTGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAA
GATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTAGAGCAGATTGAGCACAATGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTAC
ATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTT
TGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGATAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTA
AGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAATGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAAT
TTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCTGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGGGAGATCAGAGAAAGTATATGGGCCAGTGTTAGAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAAG
TAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTCCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTACCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTTT
TTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCTTGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATAT
CTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAGCTTTCAGTTCTCAATGAACGACATTCTACTGCAAAGTCTGACACTGAAG
AAAAAAAGAGTTTACGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAGTGATGGTGTTGTGGGCATAACGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGGA
AACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTGTTGAAGAAAATACCAAACAGATGGTGTCGTTGTCGGGACAAGCATATTGACTTCTAAGTTAATACAAGAGATTATGGTATGAAGCATTTGGTGTTTCCATATTGTTTAATTGTTACTTGGGTGCTAGTGTTAATTCTATTAGTTGACAATTGCAGATGGAAAAAAGTAA
AAATGTTCAAGCATTTTGCCCAATATTGTTACTGTTAGCCTAAAACTTAAACTTGTCATCAAGACTCATTTGAGAGTCCAGCTTTTGTGTACATTATATTTCACATCTGGTATGTTGCCTTTTGCTTTTCCCTCCTTTGCACTCATTCTCTTTTGAATGTTTGGAGCCAAGCCCTGATTTTCTTTTATAGGATATTGTTC
TACACACTAGAGGCTAGGGTTTATACTAGCAAGTTCATCAGTGAAATGAGACAGTGTTCAAGTGCAATGCTTGTTGTCAGGTGTCAGATGCTGTGCAGGAGGGTTTGCAATGCGTCATAGAGTCATAGTATCTGGGTAACCATACATTGATGTTTTTCTCCTTATTAAATCATGAGATGGTCAACACTCAAGTCAAGTTT
TCTTTTGGGTTTGGTTGAAGGGAAAGCATTGCTTCAACATGCTGGGGCTTATGAATAACTATTAAATGAGATTCAAAACTTATAAATGGGTTTGGTAATGGTAACACAGCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCCAGAGCCAGTGAAGAATGCATTGGAAAAAGGAAAAAGAGGAACTTTG
AGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGGAAGGAATCAAAAGAAACATTGTTGACTATAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGACAATTGGATTACACTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGAGGTCCTGACATGCATATGTTTGGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCTTGTCTG
ATGGGTCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTATCCAATTCCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCTGGGCATGCCTAGGCCAAGGCATCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTTCTGCTCA
CCTCTTTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAGCCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATTACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAGGTAGAAGTTTAGGCAGAGGCTTCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAGGTTCAT
TCCCCAGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGGACGCCATGTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTGATGGTTGGTGTTGGACAAAAAATGCCAGTTGTTGTAAACAAAGCAGATAAAATT
GGACAAGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGGCCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCATGCTACAAACAAAAGTCAGGAAACTGGACCTAGTACTGCAAATATGATTCAGCT
CGGGGGCCCTGTACAGCGGAGTAGGTGTGTGTGTGTGCTGTAGATAATTCGTTTTGTGGAATTCTTGTTTCTGA

>TRINITY_DN134786_c1_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACGAAATCCACATACCATCTGATGAATCCGACGGTCCAAATGGCCGCCGTGAACGGCAGCAGGCTTCTCCAACCGTCCGATACAGTGGAGGCAAGCGAAATTTAGGCATTCGTATGAACAAGGCCAGCTGACATATCCATTTGGCGAATAAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTAC
GGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAGCCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAA
AGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGGATAGTTAGGCTCCTGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAA
GATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTAGAGCAGATTGAGCACAATGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTAC
ATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTT
TGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGATAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTA
AGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAATGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAAT
TTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCTGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGGGAGATCAGAGAAAGTATATGGGCCAGTGTTAGAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAAG
TAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTCCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTACCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTTT
TTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCTTGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATAT
CTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAGCTTTCAGTTCTCAATGAACGACATTCTACTGCAAAGTCTGACACTGAAG
AAAAAAAGAGTTTACGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAGTGATGGTGTTGTGGGCATAACGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGGA
AACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTGTTGAAGAAAATACCAAACAGATGGTGTCGTTGTCGGGACAAGCATATTGACTTCTAAGTTAATACAAGAGATTATGGTATGAAGCATTTGGTGTTTCCATATTGTTTAATTGTTACTTGGGTGCTAGTGTTAATTCTATTAGTTGACAATTGCAGATGGAAAAAAGTAA
AAATGTTCAAGCATTTTGCCCAATATTGTTACTGTTAGCCTAAAACTTAAACTTGTCATCAAGACTCATTTGAGAGTCCAGCTTTTGTGTACATTATATTTCACATCTGGTATGTTGCCTTTTGCTTTTCCCTCCTTTGCACTCATTCTCTTTTGAATGTTTGGAGCCAAGCCCTGATTTTCTTTTATAGGATATTGTTC
TACACACTAGAGGCTAGGGTTTATACTAGCAAGTTCATCAGTGAAATGAGACAGTGTTCAAGTGCAATGCTTGTTGTCAGGTGTCAGATGCTGTGCAGGAGGGTTTGCAATGCGTCATAGAGTCATAGTATCTGGGTAACCATACATTGATGTTTTTCTCCTTATTAAATCATGAGATGGTCAACACTCAAGTCAAGTTT
TCTTTTGGGTTTGGTTGAAGGGAAAGCATTGCTTCAACATGCTGGGGCTTATGAATAACTATTAAATGAGATTCAAAACTTATAAATGGGTTTGGTAATGGTAACACAGCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCCAGAGCCAGTGAAGAATGCATTGGAAAAAGGAAAAAGAGGAACTTTG
AGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGGAAGGAATCAAAAGAAACATTGTTGACTATAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGACAATTGGATTACACTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGAGGTCCTGACATGCATATGTTTGGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCTTGTCTG
ATGGGTCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTgtaagtttgataattcatttacataagatttctaatctccgctgttaagataaactttgcaatagttttttgtaactttacaattacttttgcttgtgagcctgtcagATCCAATT
CCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCTGGGCATGCCTAGGCCAAGGCATCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTTCTGCTCACCTCTTTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAGCCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATT
ACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAGGTAGAAGTTTAGGCAGAGGCTTCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAGGTTCATTCCCCAGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGGACGCCAT
GTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTGATGGTTGGTGTTGGACAAAAAATGCCAGTTGTTGTAAACAAAGCAGATAAAATTGGACAAGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGG
CCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCATGCTACAAACAAAAGTCAGGAAACTGGACCTAGTACTGCAAATATGATTCAGCTCGGGGGCCCTGTACAGCGGAGTAGGTGTGTGTGTGTGCTGTAGATAATTCGTTTTGTGGAATTCTTGTTTCTGA

Intron 4 GTATGAAGCA ... GGTAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.91	10	18	19
A2	63.64	6	7	14
A3	79.41	7	22	32
A4	81.25	3	9	17
A5	75	2	4	8
A6	78.95	2	2	13
A7	82.61	4	18	20
A8	52.38	5	2	9
A9	70.37	4	5	14
A10	83.33	1	4	6

>TRINITY_DN134786_c1_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CACGAAATCCACATACCATCTGATGAATCCGACGGTCCAAATGGCCGCCGTGAACGGCAGCAGGCTTCTCCAACCGTCCGATACAGTGGAGGCAAGCGAAATTTAGGCATTCGTATGAACAAGGCCAGCTGACATATCCATTTGGCGAATAAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTAC
GGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAGCCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAA
AGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGGATAGTTAGGCTCCTGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAA
GATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTAGAGCAGATTGAGCACAATGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTAC
ATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTT
TGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGATAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTA
AGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAATGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAAT
TTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCTGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGGGAGATCAGAGAAAGTATATGGGCCAGTGTTAGAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAAG
TAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTCCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTACCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTTT
TTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCTTGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATAT
CTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGATTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAACTTTCAGTTCTCAATGAGCGACATTCTACTGCAAAGTCTGACACTGAAG
AAAAAAAGAGTTTACGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAATGATGGTGTTGTGGGCATAACGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGGA
AACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTATTGAAGGAAATACCGGACAGATGGTGTTGTTGTCAGGACAAGCATATTGGAGATTTTACTTTTTTCAAGAAGTTTCAAGGACTTCTAAGTTTATACAAGAGATTATGCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCCAGAGCCAGTGAAGAATG
CATTGGAAAAAGGAAAAAGAGGAACTTTGAGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGG

>TRINITY_DN134786_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACGAAATCCACATACCATCTGATGAATCCGACGGTCCAAATGGCCGCCGTGAACGGCAGCAGGCTTCTCCAACCGTCCGATACAGTGGAGGCAAGCGAAATTTAGGCATTCGTATGAACAAGGCCAGCTGACATATCCATTTGGCGAATAAATGATTCGCTATTTCTTCCACCGAAAACGAGTGGGAAACATGCTTTAC
GGAGGTGTACAGAGCTAGGGTTTTATCAGCAAACCCCAGGCATCGCATGTGCAATTCAGTGGCTGGCTATACAACCTAGTGATGAAGCTGGTACAATTAAGATGATTTCCTTTGCATTTTTTCCATTGCATTAGGATGACGATGGCAGAGCCAAAACTGTTGTATCTCAGGTATTTGCTGGAAAAATGGTGCAATGGAAA
AGATCAAATCTCAGTGCTCACTGTTAAGTATTCTTCTTCAAATTTAAGTAATCCTATTCAGTGCAACAACAATTTTATATAAGCAAGTCAAGTACACTCTACAAATTCAACGTTCTGTTTGAATAGTCAGTTTCAGGATAGTTAGGCTCCTGCTTTGACGGCCAATCTGTATAATGTCTGATTTAGCAAGCAGAATGGAA
GATCAGGATGAAGGGGAACTTGAGTTTAGGGAGGAGGAACTAGTAGATTTTGAGGGATCTGATTACAGTATTGGATATGATGATGAATTTAGTTATGAAGAGGAGGTGGGTGGTCCATCGTCATCAACAAAATCAGAAGATATTTTACTAGAGCAGATTGAGCACAATGAGCAGTCCAAAAGAAAGATTGCCTCTCTTAC
ATTTCCTGGAGATCACATGAACTCAGCTGTTTGTTACACCATTGAAGGACCAGAATTTGAAGTGGGGGATTCCCAACCAAAGCATTTAGATGATTATCATAGACAAGATGTTGCAGAAAGTGAGGAGATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTT
TGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGATAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTACTTTCTTTATTGCCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTA
AGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGTAGTACAGCCTTGTTCACTGCTGAATGCTTTATGCTCCATTCCACTTGTTAGTCAGTGGCTCCCTGGTAACAAT
TTATGGTCACCTTCTCAAAGTCTAGATTACCACTTCTTTGAAGTGCTTTTCAAACTATTTTGCTGTTTCTGATTCTCAGTGTCATGTCTGGTTTTTGCATTTCCTTAGAAGTATTATTTGCTCAAGGGGAAAGCTAGAGGGAGATCAGAGAAAGTATATGGGCCAGTGTTAGAATAATAGATAGAAAAATGGCAAGGAAG
TAGTTCCCAATGTTCCATATATTTGAGAGTCCCTATCTCCTATTTATGATAATCTTGAGTCGTTACACATCTCAAGTCATTATGGTGTGTATTGGCACTTTACATTTTCACTCATTCCAGATACAATTTGAATATCTGATCCCAGAGTGTACCTTTAAGTGTTCTCAGCATACTTAAGGATCAAGAGTGCTTTAGAGTTT
TTTCTTGTTGAAGGGGCAAAGTTTTCTTCCGTGAGATGATTGGGCCTTTGTTGGAATCCCCTTATAGAAGGAGAAAATGATTGTTGGAACATCCATAGCTGGAAAGTCCTTTGAAATCTGTTGGGTTAATCCTGATTCCTTTTGTAATGCTTGCATATGAAAGTGTGGGAAGTTATTGCAGTGGTTCATTCAATTTATAT
CTCCTATTAAGTTGGGTGATATCAAATTAGGCAGACTAGACCTCTCAACAGTTATCCACCCTACTTTCTTCACACTTATAACATGGGACTTTTTCTCATCTTGTTGGGTTGGGTGAGAGTTCAGCGACTTGTTGTCTTGGGGTGTTATGAGCTTTCAGTTCTCAATGAACGACATTCTACTGCAAAGTCTGACACTGAAG
AAAAAAAGAGTTTACGTGCTTTGTGTGACCAAATGTTTAGCATATTATCTCTGTTTGCAAGTGTCATATGTCCTGGCCTCCCCTTCAGGACTCAAGCTAGAAGTTTCTTAAGTAAACTTCTTGTTTCAGTACAGATGCCAGTGATGGTGTTGTGGGCATAACGTTGAGCTTTGATATATCAGAAGATTCATCAAATGGGA
AACAAAAGTGGGATTGTGTTTTCAAGCTGTGTTGAAGAAAATACCAAACAGATGGTGTCGTTGTCGGGACAAGCATATTGACTTCTAAGTTAATACAAGAGATTATGgtatgaagcatttggtgtttccatattgtttaattgttacttgggtgctagtgttaattctattagttgacaattgcagatggaaaaaagtaa
aaatgttcaagcattttgcccaatattgttactgttagcctaaaacttaaacttgtcatcaagactcatttgagagtccagcttttgtgtacattatatttcacatctggtatgttgccttttgcttttccctcctttgcactcattctcttttgaatgtttggagccaagccctgattttcttttataggatattgttc
tacacactagaggctagggtttatactagcaagttcatcagtgaaatgagacagtgttcaagtgcaatgcttgttgtcaggtgtcagatgctgtgcaggagggtttgcaatgcgtcatagagtcatagtatctgggtaaccatacattgatgtttttctccttattaaatcatgagatggtcaacactcaagtcaagttt
tcttttgggtttggttgaagggaaagcattgcttcaacatgctggggcttatgaataactattaaatgagattcaaaacttataaatgggtttggtaatggtaacacagCCTGAGGCTTTTAACTTTGAAGCACTTGGAAATATGGAGGTTTCCAGAGCCAGTGAAGAATGCATTGGAAAAAGGAAAAAGAGGAACTTTG
AGTATGCTTCTGAATGGCAAACAGTTGTAAAAGGGAAGGAATCAAAAGAAACATTGTTGACTATAAGAACAGCGAGACAGAATCGTGCAAGAGGCAGACAATTGGATTACACTGGAAGCTTCGCAAAGGGCAAACCTGGTTGTCGAGGTCCTGACATGCATATGTTTGGGCTTCCGCATGCAAATCTGGCTCCTTGTCTG
ATGGGTCCAACAAGACCTTTGATGCCTAGGGGTTTCGGAGGTCCTCTTCATCAATTTGGTGGTCCTCTGGGGATGTCTGCATCTATCCAATTCCAGGATGCATTGTTGCAAGAGCAGATAATGATGTCTAATCATCAGATACAGCTGGGCATGCCTAGGCCAAGGCATCCTCTTTTCAATATCGATGTCCCTTCTGCTCA
CCTCTTTGCTGATGTAGATTGTTTTGGCCCTGGACCGAGAGGTATGATGCAGATACAGCCCCATGGACCCAATATGGTCCCTCCAATAAATTACATTGGTGCCCTTGATAATACAGGTTGGGGCCAGAGGCCTATTTCTGGAGCAGGTAGAAGTTTAGGCAGAGGCTTCTGTTCAAATATTGGAGGCAGAGGAGGTTCAT
TCCCCAGGAATGGATTTGGTAGGCCAGCTACTTGGCCATCAAGTCCTATTGATATGCAGGCAATAGGCAGGGGAAAGGGGCCAGGACGCCATGTAGAACTTGATGATGTTAAAAACTCTCCAGTGGGTCAGTTTAGGGTAGAGCTGATGGTTGGTGTTGGACAAAAAATGCCAGTTGTTGTAAACAAAGCAGATAAAATT
GGACAAGGCAAAAGGAGAAAATGGAATCCAATGAAGACAACGAACACTGCCTGTGGTGAAAACACTAGTGATGCTCAACAACGATCTGATGGCCAGAAAACAAATGGTGAAGATTATGGGAACTCTGTGGTTTCAAGCATGTCGCATGCTACAAACAAAAGTCAGGAAACTGGACCTAGTACTGCAAATATGATTCAGCT
CGGGGGCCCTGTACAGCGGAGTAGGTGTGTGTGTGTGCTGTAGATAATTCGTTTTGTGGAATTCTTGTTTCTGA

Intron 5 GTATGAAGCA ... GGTAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.78	10	12	19
A2	48.72	10	5	14
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A4	64.71	6	5	17
A5	80.95	2	9	8
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A8	60	5	6	9
A9	51.35	9	5	14
A10	69.23	2	3	6

>TRINITY_DN46400_c0_g4_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTGAAGAGGGAAAATATCTAAAGGAAGATTTTTCTGTTTCACAAACTGGTTCTAGTTTTGACACTAATATTTTGGACAATAAAGGATGTCAAGTTGGGGCTAAAAAACATTTGAGAGCAGATCTTGAGGATGGCGAGCTTGACGACACTGCCATGGTGATCCCACGTTCCTATTCTCCAGTATTCCTTCTACACTCTAC
TTTCTTTATTGTCAGTTGTCTATCCATAGAAAAATCTTGTCAGTCTAAACTAACCACACATTTCTGTATCCTAAGGTCCTTCCTCCAAAGTCTGCCTGCAGTCTGAGTTCCACATTTGTGCATTTCGTCTCATCTTGTTTTCGAAGGAGAATCACTTATTGTAGCTTGTAAAGAGAAAGGTGGCTATGTTGTATGGTTGT
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>TRINITY_DN46400_c0_g4_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

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GGAAAAATAGAGGATGTTGAGAAGAGAGAGAAGGGGGATGCGTTCACTATAACGTTTTCAACTTTACATGAAGCTGTATCAGCCAAGCGTCTTTTGCACAGAAATATGAGTCAGAGATGGATCAAGGTTCAACCTACAAAAATCTCTTTTAATGGTTAATATGTTGCTTGGATCTCCCCCATTTGTTAATATCTTTAGAG
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