sp|Q1PFW3|CCSDS_ARATH ----> Cyclin-SDS
Intron 1 GTAAGCAACA ... TCATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.11 | 20 | 17 | 38.5 |
| A2 | 65.76 | 16.1 | 32 | 29.5 |
| A3 | 47.1 | 21.8 | 8 | 29.3 |
| A4 | 76.65 | 4.3 | 14 | 13.7 |
| A5 | 51.42 | 10.1 | 9 | 12 |
| A6 | 54.69 | 56 | 64 | 68.8 |
| A7 | 51.21 | 89.4 | 79 | 100.2 |
| A8 | 52.85 | 63.2 | 40 | 97.2 |
| A9 | 56.21 | 47.4 | 41 | 75.3 |
| A10 | 55.06 | 70.7 | 61 | 108.2 |
>TRINITY_DN48347_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformATGGCTTTGGCGAGGGTTAAAGTATTTAACCTCAGGGTGCTCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTT
AATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCC
ATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCAC
GGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGGTCACTATTAGATTTTTTTCTTATTACTACTGCAATATTCC
ATTTACAGTATAAATAATAATAGAATATATATCCATGCCATCCGCCTTTGTGTAGGAGAAGCATAAAAAGGATGGCGATGAAGATCTGACAGAATGTGTCCAGCTAATATTAACAAAAATGTAATCTTGAAATTTGGTGTTAATTTTGAAATTTTGACATCACTATTTTGGTGTGTGCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGA
GAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTTCTCTTCTTGTAGTTTTAACGATAGGTTTTGACGCCGTATAAATGACGTCCGTTTCAGT
>TRINITY_DN48347_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATGGCTTTGGCGAGGGTTAAAGTATTTAACCTCAGGGTGCTCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTT
AATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCC
ATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGgtaagcaacatgtctatgtatggctcgtcttctccttaaggtggatgagtatagtctcggtgtagggagtggcgtaccatttccatttctgtgatggtttcaccttgcttacagtgagattatgtaaattctcccatgctatagggtttataattatgtacaaga
attttctagtccagtgccaattttggcttaatattctgtaatgaaggaaaaggagatgttacagtatgtagtttgagatttcggccggttgatgttagtcttatagaattaggattagcattctctcctgaagtaaagaacactatagttgtattgcctgttaatttccactatcgaagttcttctctgaaccgaatttg
aatgtactataaattttaatacatgaaaccttgtaattatgggttgatgctttcctataaatcttattttctggagctatttactctgctcgacaggattatttgtccactgtacaaacaaaatagtttagggtttttactttatttacaaaacggctttctaccatttacttgatcactgtaacccttatttcgcagag
ggtttctaatagttttacggctgcccgtattatgcttcatttggtcaaaatagattcgcacaaatgggccatactaaacttatttattttattgcgattctagtttttcattaatctgagtctctcaacagactatggtaaacttaactaatctttctcgaaacctttagggttcctctctttttcctgttcagcattta
tgcgatagtaggagtaaaaaaaacatcaacaatacatataaatgattaggtcttgaaacccttaacttagaaagaaactaatataattattaattaattattaacattcaatggtccgaaaaagtcaatcacatcttaaatgtaattaccattgtttaacactataagcaatttcataatcatcataatcagtatttagg
acagtaatgaacaatacactgtaacagcattgcatattaaccatattcggtgtttgaaacagtaaagggacgagctagctaaccctaatctcacgttagggaagaagactcatccgtgctcagttataggtactcggtcttgagcagtcccgctccaccctgccttagagttagaatcttgaagccaaacggcttgcaag
tattcacccccttgcccggaccccaaaccaactagccagtcctttatcaagtgccactaattaggacaagtatagttacagcttttatcaagtgccactaattaggacaagtatagttacagcttggagcctgatagctcatttgcagcctgaaagcttacttacgagcctgaaagctcatccattgcataacatcaatg
tcctaaaggctctcttgagcctgacagctcacttaggctttattttcatttactgcagagacaatttctgtgtttttgttagagtaaattaaaataactagcaaatcaagttgttcattgatctcttgccagtctcattcatctatggggaatattaaattattattatttttaaaagaaatttgtaatgagtttgcaat
gaaacaagatgtgaaaagccaagactctttataggtttgaaatttcaattcataatgcttttgtttcttttagtgatctgcatgactatacgtgcactgaggaattagacgaggatacatttcagaaatttgaagcaagagagcgtaagaaacctccgttgcaaagtcatctgttggactgtattgatactcagtttacc
tacgccataagaaaacaacgtcttctaatggttaactggattatggaggcagaattttgcacaatttaaatagaattggaattttgaaaaagtccgtagatgtttcaagaattaattcgtaacttctgctggggcgcagtacacagcctcgaatcagcttcagtgggaaacactctttttaagcacgaatttactgaaca
gattcttgtctagagggaaatttacaaacgatactcatttacagGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGAT
GCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGGTCACTATTAGATTTTTTTCTTATTACTACTG
CAATATTCCATTTACAGTATAAATAATAATAGAATATATATCCATGCCATCCGCCTTTGTGTAGGAGAAGCATAAAAAGGATGGCGATGAAGATCTGACAGAATGTGTCCAGCTAATATTAACAAAAATGTAATCTTGAAATTTGGTGTTAATTTTGAAATTTTGACATCACTATTTTGGTGTGTGCAGATGCTAAAATG
GTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGA
GAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAA
CTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGTCATTAGTTAAGAAAACACTTGTTTATTTATACCACCTTTGTACCTATGGTTTATTTATACCACCTTTGTACCC
Intron 2 GTATAAATTT ... TCGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.82 | 26.7 | 19 | 14 |
| A2 | 31.59 | 36.3 | 26 | 6 |
| A3 | 21.09 | 37.6 | 12 | 8 |
| A4 | 48.45 | 11.3 | 13 | 8 |
| A5 | 35.89 | 11.6 | 8 | 5 |
| A6 | 22.9 | 91.5 | 32 | 22 |
| A7 | 28.1 | 159.4 | 69 | 55 |
| A8 | 27.33 | 129.1 | 58 | 38 |
| A9 | 23.81 | 126 | 44 | 34 |
| A10 | 29.2 | 113.7 | 58 | 35 |
>TRINITY_DN48347_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoformATGGCTTTGGCGAGGGTTAAAGTATTTAACCTCAGGGTGCTCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTT
AATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCC
ATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTG
GATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCAAGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCAT
TTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTAC
TTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAAT
TATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGG
AAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGTCAT
TAGTTAAGAAAACACTTGTTTATTTATACCACCTTTGTACCTATGGTTTATTTATACCACCTTTGTACCC
>TRINITY_DN48347_c0_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATGGCTTTGGCGAGGGTTAAAGTATTTAACCTCAGGGTGCTCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTT
AATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCC
ATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGGTAAGCAACATGTCTATGTATGGCTCGTCTTCTCCTTAAGGTGGATGAGTATAGTCTCGGTGTAGGGAGTGGCGTACCATTTCCATTTCTGTGATGGTTTCACCTTGCTTACAGTGAGATTATGTAAATTCTCCCATGCTATAGGGTTTATAATTATGTACAAGA
ATTTTCTAGTCCAGTGCCAATTTTGGCTTAATATTCTGTAATGAAGGAAAAGGAGATGTTACAGTATGTAGTTTGAGATTTCGGCCGGTTGATGTTAGTCTTATAGAATTAGGATTAGCATTCTCTCCTGAAGTAAAGAACACTATAGTTGTATTGCCTGTTAATTTCCACTATCGAAGTTCTTCTCTGAACCGAATTTG
AATGTACTATAAATTTTAATACATGAAACCTTGTAATTATGGGTTGATGCTTTCCTATAAATCTTATTTTCTGGAGCTATTTACTCTGCTCGACAGGATTATTTGTCCACTGTACAAACAAAATAGTTTAGGGTTTTTACTTTATTTACAAAACGGCTTTCTACCATTTACTTGATCACTGTAACCCTTATTTCGCAGAG
GGTTTCTAATAGTTTTACGGCTGCCCGTATTATGCTTCATTTGGTCAAAATAGATTCGCACAAATGGGCCATACTAAACTTATTTATTTTATTGCGATTCTAGTTTTTCATTAATCTGAGTCTCTCAACAGACTATGGTAAACTTAACTAATCTTTCTCGAAACCTTTAGGGTTCCTCTCTTTTTCCTGTTCAGCATTTA
TGCGATAGTAGGAGTAAAAAAAACATCAACAATACATATAAATGATTAGGTCTTGAAACCCTTAACTTAGAAAGAAACTAATATAATTATTAATTAATTATTAACATTCAATGGTCCGAAAAAGTCAATCACATCTTAAATGTAATTACCATTGTTTAACACTATAAGCAATTTCATAATCATCATAATCAGTATTTAGG
ACAGTAATGAACAATACACTGTAACAGCATTGCATATTAACCATATTCGGTGTTTGAAACAGTAAAGGGACGAGCTAGCTAACCCTAATCTCACGTTAGGGAAGAAGACTCATCCGTGCTCAGTTATAGGTACTCGGTCTTGAGCAGTCCCGCTCCACCCTGCCTTAGAGTTAGAATCTTGAAGCCAAACGGCTTGCAAG
TATTCACCCCCTTGCCCGGACCCCAAACCAACTAGCCAGTCCTTTATCAAGTGCCACTAATTAGGACAAGTATAGTTACAGCTTTTATCAAGTGCCACTAATTAGGACAAGTATAGTTACAGCTTGGAGCCTGATAGCTCATTTGCAGCCTGAAAGCTTACTTACGAGCCTGAAAGCTCATCCATTGCATAACATCAATG
TCCTAAAGGCTCTCTTGAGCCTGACAGCTCACTTAGGCTTTATTTTCATTTACTGCAGAGACAATTTCTGTGTTTTTGTTAGAGTAAATTAAAATAACTAGCAAATCAAGTTGTTCATTGATCTCTTGCCAGTCTCATTCATCTATGGGGAATATTAAATTATTATTATTTTTAAAAGAAATTTGTAATGAGTTTGCAAT
GAAACAAGATGTGAAAAGCCAAGACTCTTTATAGGTTTGAAATTTCAATTCATAATGCTTTTGTTTCTTTTAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACC
TACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCAAGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACA
GATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGgtataaatttcaaaagattatttctttcaagttctatttgccgtattaaaatgcattcagaccattacaatattaaaatgctttttaaatttgt
aatcgcatcaaacatcttatcgcatcaaacatcttagaaaatgaaacatatattaattcgagcatttcgttttcagTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCT
GGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTT
CTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAA
TAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGA
GATGTCATTAGTTAAGAAAACACTTGTTTATTTATACCACCTTTGTACCTATGGTTTATTTATACCACCTTTGTACCC
Intron 3 GTGCTCAATT ... GTGTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 9 | 3 | 3.9 |
| A2 | 41.18 | 10 | 7 | 2.8 |
| A3 | 26.32 | 14 | 5 | 3.8 |
| A4 | 52.94 | 8 | 9 | 2.8 |
| A5 | 80 | 2 | 8 | 0.9 |
| A6 | 22.73 | 68 | 20 | 12.2 |
| A7 | 27.75 | 125 | 48 | 34.5 |
| A8 | 33.33 | 100 | 50 | 41.5 |
| A9 | 23.08 | 80 | 24 | 20.8 |
| A10 | 30.08 | 86 | 37 | 33.1 |
>TRINITY_DN42262_c1_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformCACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGC
AAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGCTCGTTAATAGTGCACAACCCTCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTA
GACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGA
ATTGTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGC
TGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAA
TATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATT
CTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGCC
>TRINITY_DN42262_c1_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:CACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGC
AAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGCTCGTTAATAGTGCACAACCCTCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTA
GACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCA
AGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGT
ATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCAT
CTTTGGTTCTCCTTATCAGgtgctcaattatccagctgtttcgtaccaatggataatgcaggtcactattagatttttttcttattactactgcaatattccatttacagtataaataataatagaatatatatccatgccatccgcctttgtgtaggagaagcataaaaaggatggcgatgaagatctgacagaatgtg
tccagctaatattaacaaaaatgtaatcttgaaatttggtgttaattttgaaattttgacatcactattttggtgtgtgcagATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTA
GTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACT
GATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGCC
Intron 4 GTAATTCTTG ... TATTTCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 2 | 11 | 5 |
| A2 | 56.52 | 5 | 11 | 2 |
| A3 | 65.22 | 4 | 13 | 2 |
| A4 | 77.78 | 2 | 10 | 4 |
| A5 | 100 | 0 | 4 | 1 |
| A6 | 58.68 | 25 | 43 | 28 |
| A7 | 70.37 | 16 | 44 | 32 |
| A8 | 65 | 21 | 49 | 29 |
| A9 | 61.83 | 25 | 37 | 44 |
| A10 | 56.52 | 25 | 44 | 21 |
>TRINITY_DN42425_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTATTTTGCGCCTTTCTGTTCTAGATTAAGGTCGCGGTAAGTTCTCTCCATAGTCCGGTAGACCCGTATTTTGCGCCTTTCTGTTCTAGATTAAGGTCGCGGTAAGTTCTCTCCATAGTCCGGTAGACCCGTATTTTGCGCCTTTCTGTTCTACATTAAGGTCGCGGTAGGTTCTCTCAATAGTCCGGTAGACCCTTTAT
CCCTATCTTCCACTGCGCCGGTAAGGTAATATCTTTTCCTCTCTAACCCGTATTTATGAGCAGAACTACACAGGGAGGGACAGCAGGGGAAATCTGGTCCATCGTCGGGGAAAAGCACGCACTTAACCCCTTTGAACTTGTTTCAAAATAGGTCAACCGTGACTCGTCCACACTGCTAAATTGTACACTGCTGTTCCAGT
TGATGAAGGCGGAACATAGTAGTAATGAACAACAGAATCCGCCAAATCGGGACCTTCCAGGATATCTATCATGTATAGATCTATCTAGCTTTACGATCTATATCCCTGTTCCCACTGCGAATCAGCTGCTGTGTTCTTGCAGGAACAGGACTGCGTCACGTGAAGGTGGAAAACATATTCCTTACTCGTCTATTCAGAAC
ATCAAATTTCGTCTTCCGACTCTCCAAATCAACAGAAAACCTGGAAGCCAGACTTTGTCATGGTGATGTGCGGCCCCAGTCCAGTTCCTGTTATCCATTAATTACTGAATTTGAAGAGAAATTTTGGCTGTAGTGTGATTATGCTTCTGCCAATGGTTCCAATGGCTTATCGGAGCTTCCGTTTAGTATAATTGATTTGG
CATGTCGAGAATTTACAGAATCTCCTCGTCGATATGCATTTTCGGACTATTTGCAGGACTATATGTGCACGGAGAATGAAGACGACGATACATTTGAGAAATTTAAAGCAAGAGAGCGTAAAAAACCTATATAAGTCCATACTCATATACAATCCTAGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATGGAAGAGAATC
AACCTAAGAATTGGTATAAATTTCAAAAGATTATTTCTTTCAAGTTCTATTTGCCGTATTAAAATGCATTCAGACCATTACAATATTAAAATGCTTTTTAAATTTGTAATCGCATCAAACATCTTATCGCATCAAACATCTTAGAAAATGAAACATATATTAATTTTGGAGCATTTCGTTTCCAGTATCAGGCAGGCATG
AAACATTTACAGTGGCAAATAACTTATTTAAGCTAACATATATTAATTTTCGAGCATTTCGTTTCCAGTATCAGGCAAGCAGGAAACATTTACAGTGGCAAATAACTTATTTAAGCTACAAGAAGTTGCGATGGAATGGATTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACTGATGCTCCTCATCTACTACCGCTACCTTTCTCTGTA
TTACTTGGAAGCTGTAGAAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACATATTTGGCGTGTTTGTCATTGATAATGATCTTCTCCAACTATTTGGTGAAACAATCAACAGATACTCCATGGCACTTTATCTGCAGTTGTTTTGTGCCATATTCAAAGTAATTAAAATTTCTGAAGAAGATTCAATTGCAGCCCTTAAAAACAAACG
GCATAGCATGTTACATTTTTCCTTAACTCTGATTTATTTCATGTGAACGAGCTAATAAAGGCAG
>TRINITY_DN42425_c0_g2_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTATTTTGCGCCTTTCTGTTCTAGATTAAGGTCGCGGTAAGTTCTCTCCATAGTCCGGTAGACCCGTATTTTGCGCCTTTCTGTTCTAGATTAAGGTCGCGGTAAGTTCTCTCCATAGTCCGGTAGACCCGTATTTTGCGCCTTTCTGTTCTACATTAAGGTCGCGGTAGGTTCTCTCAATAGTCCGGTAGACCCTTTAT
CCCTATCTTCCACTGCGCCGGTAAGGTAATATCTTTTCCTCTCTAACCCGTATTTATGAGCAGAACTACACAGGGAGGGACAGCAGGGGAAATCTGGTCCATCGTCGGGGAAAAGCACGCACTTAACCCCTTTGAACTTGTTTCAAAATAGGTCAACCGTGACTCGTCCACACTGCTAAATTGTACACTGCTGTTCCAGT
TGATGAAGGCGGAACATAGTAGTAATGAACAACAGAATCCGCCAAATCGGGACCTTCCAGGATATCTATCATGTATAGATCTATCTAGCTTTACGATCTATATCCCTGTTCCCACTGCGAATCAGCTGCTGTGTTCTTGCAGGAACAGGACTGCGTCACGTGAAGGTGGAAAACATATTCCTTACTCGTCTATTCAGAAC
ATCAAATTTCGTCTTCCGACTCTCCAAATCAACAGAAAACCTGGAAGCCAGACTTTGTCATGGTGATGTGCGGCCCCAGTCCAGTTCCTGTTATCCATTAATTACTGAATTTGAAGAGAAATTTTGGCTGTAGTGTGATTATGCTTCTGCCAATGGTTCCAATGGCTTATCGGAGCTTCCGTTTAGTATAATTGATTTGG
CATGTCGAGAATTTACAGAATCTCCTCGTCGATATGCATTTTCGGACTATTTGCAGGACTATATGTGCACGGAGAATGAAGACGACGATACATTTGAGAAATTTAAAGCAAGAGAGCGTAAAAAACCTATATAAGTCCATACTCATATACAATCCTAGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATGGAAGAGAATC
AACCTAAGAATTGTATCAGGCAAGCAGGAAACATTTACAGTGGCAAATAACTTATTTAAGCTACAAGAAGTTGCGATGGAATGGATTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACTGATGCTCCTCATCTACTACCGCTACCTTTCTCTGgtaattcttgcacagtatattaacatctcaaaaattttaaaccgaacattgatcttt
aacacattagtatttaacagctcacacaatgttctatttccaagTATTACTTGGAAGCTGTAGAAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACATATTTGGCGTGTTTGTCATTGATAATGATCTTCTCCAACTATTTGGTGAAACAATCAACAGATACTCCATGGCACTTTATCTGCAGTTGTTTTGTGCCATATTCAAAGTAA
TTAAAATTTCTGAAGAAGATTCAATTGCAGCCCTTAAAAACAAACGGCATAGCATGTTACATTTTTCCTTAACTCTGATTTATTTCATGTGAACGAGCTAATAAAGGCAG
Intron 5 GTAAGCAACA ... TTTCTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.32 | 19 | 17 | 32 |
| A2 | 56.99 | 20 | 32 | 21 |
| A3 | 34.43 | 20 | 8 | 13 |
| A4 | 54.84 | 14 | 14 | 20 |
| A5 | 57.14 | 6 | 9 | 7 |
| A6 | 37.33 | 68 | 64 | 17 |
| A7 | 39.41 | 93 | 79 | 42 |
| A8 | 36 | 56 | 40 | 23 |
| A9 | 30.99 | 59 | 41 | 12 |
| A10 | 35.59 | 76 | 61 | 23 |
>TRINITY_DN48347_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoformATGGCTTTGGCGAGGGTTAAAGTATTTAACCTCAGGGTGCTCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTT
AATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCC
ATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTG
GATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCAAGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCAT
TTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTAC
TTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAAT
TATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGG
AAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGTCAT
TAGTTAAGAAAACACTTGTTTATTTATACCACCTTTGTACCTATGGTTTATTTATACCACCTTTGTACCC
>TRINITY_DN48347_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATGGCTTTGGCGAGGGTTAAAGTATTTAACCTCAGGGTGCTCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTT
AATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCC
ATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGgtaagcaacatgtctatgtatggctcgtcttctccttaaggtggatgagtatagtctcggtgtagggagtggcgtaccatttccatttctgtgatggtttcaccttgcttacagtgagattatgtaaattctcccatgctatagggtttataattatgtacaaga
attttctagtccagtgccaattttggcttaatattctgtaatgaaggaaaaggagatgttacagtatgtagtttgagatttcggccggttgatgttagtcttatagaattaggattagcattctctcctgaagtaaagaacactatagttgtattgcctgttaatttccactatcgaagttcttctctgaaccgaatttg
aatgtactataaattttaatacatgaaaccttgtaattatgggttgatgctttcctataaatcttattttctggagctatttactctgctcgacaggattatttgtccactgtacaaacaaaatagtttagggtttttactttatttacaaaacggctttctaccatttacttgatcactgtaacccttatttcgcagag
ggtttctaatagttttacggctgcccgtattatgcttcatttggtcaaaatagattcgcacaaatgggccatactaaacttatttattttattgcgattctagtttttcattaatctgagtctctcaacagactatggtaaacttaactaatctttctcgaaacctttagggttcctctctttttcctgttcagcattta
tgcgatagtaggagtaaaaaaaacatcaacaatacatataaatgattaggtcttgaaacccttaacttagaaagaaactaatataattattaattaattattaacattcaatggtccgaaaaagtcaatcacatcttaaatgtaattaccattgtttaacactataagcaatttcataatcatcataatcagtatttagg
acagtaatgaacaatacactgtaacagcattgcatattaaccatattcggtgtttgaaacagtaaagggacgagctagctaaccctaatctcacgttagggaagaagactcatccgtgctcagttataggtactcggtcttgagcagtcccgctccaccctgccttagagttagaatcttgaagccaaacggcttgcaag
tattcacccccttgcccggaccccaaaccaactagccagtcctttatcaagtgccactaattaggacaagtatagttacagcttttatcaagtgccactaattaggacaagtatagttacagcttggagcctgatagctcatttgcagcctgaaagcttacttacgagcctgaaagctcatccattgcataacatcaatg
tcctaaaggctctcttgagcctgacagctcacttaggctttattttcatttactgcagagacaatttctgtgtttttgttagagtaaattaaaataactagcaaatcaagttgttcattgatctcttgccagtctcattcatctatggggaatattaaattattattatttttaaaagaaatttgtaatgagtttgcaat
gaaacaagatgtgaaaagccaagactctttataggtttgaaatttcaattcataatgcttttgtttcttttagTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACC
TACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCAAGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACA
GATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGAT
GCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGGTCACTATTAGATTTTTTTCTTATTACTACTG
CAATATTCCATTTACAGTATAAATAATAATAGAATATATATCCATGCCATCCGCCTTTGTGTAGGAGAAGCATAAAAAGGATGGCGATGAAGATCTGACAGAATGTGTCCAGCTAATATTAACAAAAATGTAATCTTGAAATTTGGTGTTAATTTTGAAATTTTGACATCACTATTTTGGTGTGTGCAGATGCTAAAATG
GTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGA
GAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAA
CTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGTCATTAGTTAAGAAAACACTTGTTTATTTATACCACCTTTGTACCTATGGTTTATTTATACCACCTTTGTACCC
Intron 6 GTGCTCAATT ... GATAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 9 | 3 | 3 |
| A2 | 35.48 | 10 | 6 | 5 |
| A3 | 30 | 14 | 5 | 7 |
| A4 | 30.43 | 8 | 5 | 2 |
| A5 | 55.56 | 2 | 4 | 1 |
| A6 | 26.88 | 68 | 27 | 23 |
| A7 | 30.56 | 125 | 61 | 49 |
| A8 | 36.31 | 100 | 63 | 51 |
| A9 | 29.52 | 80 | 35 | 32 |
| A10 | 39.22 | 86 | 54 | 57 |
>TRINITY_DN118570_c1_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACC
GTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGCTCGTTAATAGTGCACAACCCTCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGA
TACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCAAGAATTAA
TTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCA
GGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTT
CTCCTTATCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAG
TTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAG
GCGTT
>TRINITY_DN118570_c1_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACC
GTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGCTCGTTAATAGTGCACAACCCTCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGA
TACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCAAGAATTAA
TTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGTATCAGGCA
GGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCATCTTTGGTT
CTCCTTATCAGgtgctcaattatccagctgtttcgtaccaatggataatgcagATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAAT
CTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGAT
GTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTT
Intron 7 GTCACTATTA ... GTGTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.02 | 3 | 6 | 3.8 |
| A2 | 46.19 | 5 | 6 | 2.6 |
| A3 | 34.45 | 7 | 4 | 3.4 |
| A4 | 72.55 | 2 | 8 | 2.6 |
| A5 | 77.25 | 1 | 6 | 0.8 |
| A6 | 26.48 | 23 | 6 | 10.9 |
| A7 | 32.4 | 49 | 15 | 32.4 |
| A8 | 37.04 | 51 | 21 | 39.4 |
| A9 | 26.81 | 32 | 5 | 19 |
| A10 | 28.56 | 57 | 16 | 30.2 |
>TRINITY_DN42262_c1_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformCACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGC
AAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGCTCGTTAATAGTGCACAACCCTCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTA
GACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCA
AGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGT
ATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCAT
CTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTAGTTGTTTTGCTTCATAGAGGG
GTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACTGATAAACTATCTTTTTGGATT
GTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGCC
>TRINITY_DN42262_c1_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:CACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAATTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGC
AAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGCTCGTTAATAGTGCACAACCCTCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCTGCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTA
GACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCGTAAGAAACCTCCGTTGCAAAGTCATCTGTTGGACTGTATTGATACTCAGTTTACCTACGCCATAAGAAAACAACGTCTTCTAATGGTTAACTGGATTATGGAGGCAGAATTTTGCACAATTTAAATAGAATTGGAATTTTGAAAAAGTCCGTAGATGTTTCA
AGAATTAATTCGTAACTTCTGCTGGGGCGCAGTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAGAATTGAAGAGAATCAACTTAAGAATTGT
ATCAGGCAGGAAACATTTACAGTCGCAAATAACGTATTTGACAAGAAGTTGTTGCAATGGAATGGACTGTCCTTAAAGTTTTGGATTACCGATGCTCCTCACGGACTACCGCTACCTTTCCCTGGTATTACTTGAAGGCTGTAGGAGGAGACGCAGAGGTTGAGAAGACGCCAAGTGCTTGCTGTCCACCATAGCTGCAT
CTTTGGTTCTCCTTATCAGGTGCTCAATTATCCAGCTGTTTCGTACCAATGGATAATGCAGgtcactattagatttttttcttattactactgcaatattccatttacagtataaataataatagaatatatatccatgccatccgcctttgtgtaggagaagcataaaaaggatggcgatgaagatctgacagaatgtg
tccagctaatattaacaaaaatgtaatcttgaaatttggtgttaattttgaaattttgacatcactattttggtgtgtgcagATGCTAAAATGGTTGCTGGAGAACGTTTGGTAGTGAGAAAAGCGTGATTACTCTTTCCTCTTCTTGTAATTATAACGATAGGTTTCGACGCTGTATAAATGACGTCCGTTTCAGTTTA
GTTGTTTTGCTTCATAGAGGGGTTTGAATCTTTTTACTTTGCACCCAAACTATGCTAATATTGTAACTAAGTTCACTGTGAAAATGAAGGAGAGAGAAAGCTGCTGGTTAAAAGTCTGAATTAAAAGTCAGACTTGGAAACTAATAGAGGGGAAACACACCCGAGTACGAACGGGCTACTCGGGTTATTCAAGAAACACT
GATAAACTATCTTTTTGGATTGTTTTGATGTTTTGAAATTTGACTAATAAACACGATTCTGAAGGAATAAGGCGTTCAAGAAACACTAATAAACTAACTTTTTGGATTGTTTGGCGTGTAAGAGCTTTTGAAGAGTTAAATCGAGATGCC
Intron 8 GTAAGAAACC ... TGGGGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.86 | 15 | 17 | 36 |
| A2 | 66.67 | 6 | 16 | 8 |
| A3 | 87.5 | 2 | 13 | 15 |
| A4 | 78.38 | 4 | 19 | 10 |
| A5 | 88.24 | 1 | 5 | 10 |
| A6 | 68.18 | 21 | 53 | 37 |
| A7 | 69.9 | 31 | 76 | 68 |
| A8 | 67.95 | 25 | 41 | 65 |
| A9 | 70 | 21 | 59 | 39 |
| A10 | 62.87 | 31 | 45 | 60 |
>TRINITY_DN120799_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAA
TTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCT
GCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCA
ATCAGAATTGAAGAGAATCAACCTAAGAATTGGTATAAATTTCAAAATATTATTTCTTTCAAGTTCTATTTGCGGTATTAAAATGCATTTAGATCATTACAATATATTAAAATGCATTTAGATCATTACAGTATTAAAATGCTTTTTAAATTTGTAATCGCGTCAAAATTCTTAGAAAATAAAACTTTTCCAGTATCAGG
CAGG
>TRINITY_DN120799_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTCGCCTCACTTCGTCATTATGAATGACACTAAATGAGTCTCTTTACCTTAAAAATGGCCTTCCAGGGTTTTCCTTCGGTCATTTTTCCGTCTCAGTTTAGCTCTGGAGGAGGGCCGAGCCGAGCCGAGGCTCTCGCCAGTCTGGAGATGTGTGGGTTAATTCTTTTGTAAGCAGCAAACGGTTCTCTTACAGGGAAAA
TTTTGCTCCTATGTATAAAATTTCTTGCAAATCACCGTAGAGAGAGTTGGTAACAGCTGAGCGGGACTGTCTGAGTCGTTCGTTAATAGTGCACAACCCCCGGCTGCAAGAAATCTGTATTAGTTCATATAAACGGTTGCTCGCCTACTTAGGGTTCCCATCGGTTGAGCTACTCCATAGACAAGTCGTCCCAGTGATCT
GCATGACTATACGTGCACTGAGGAATTAGACGAGGATACATTTCAGAAATTTGAAGCAAGAGAGCgtaagaaacctccgttgcaaagtcatctgttggactgtattgatactcagtttacctacgccataagaaaacaacgtcttctaatggttaactggattatggaggcagaattttgcacaatttaaatagaattgg
aattttgaaaaagtccgtagatgtttcaagaattaattcgtaacttctgctggggcgcagTACACAGCCTCGAATCAGCTTCAGTGGGAAACACTCTTTTTAAGCACGAATTTACTGAACAGATTCTTGTCTAGAGGGAAATTTACAAACGATACTCATTTACAGGTCCTGGGTATCGCCTGCATGACACTTGCAATCAG
AATTGAAGAGAATCAACCTAAGAATTGGTATAAATTTCAAAATATTATTTCTTTCAAGTTCTATTTGCGGTATTAAAATGCATTTAGATCATTACAATATATTAAAATGCATTTAGATCATTACAGTATTAAAATGCTTTTTAAATTTGTAATCGCGTCAAAATTCTTAGAAAATAAAACTTTTCCAGTATCAGGCAGG