sp|O80361|RK4_TOBAC ----> Large ribosomal subunit protein uL4c

Intron 1 GTAAGTACCC ... CAATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.32	28	11	7
A2	14.29	21	2	5
A3	8.11	17	1	2
A4	19.05	17	3	5
A5	29.73	13	6	5
A6	20	96	26	22
A7	16.57	141	27	29
A8	13.92	136	20	24
A9	17.07	119	29	20
A10	19.53	103	25	25

>TRINITY_DN38376_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAAACCTCAAACAATATAACCAGGAAGAAACAACGCAAAACTCCTCGGCCTTGTTCAACGTGACAATGGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTCTCAGAAATTCTTCGCAGCTCTGTTATTCAAGATTTCTTCAATCGAGCCGTGGTGTTTCCTGCGCGGAGTCTTCACCGTTCCTTTCAACTTCTTTGGAGTATGGAGAATC
GTCCATTTACGGACCCCAAGGATTCTGCTCTTCGAGATCCGCCGCGATAACTAGGAATGATATGTGGTCCTTGATTTCTGCTCGAGGACTTTGCTCATTTGTCCCAACACCGCAAACAGACCTCGTAATGTCACCATCAGAGTTATTGGCAGCACAGGCAGCATACGCTGCAGAGAGGGTTCAAGGCAAGTTTGAGGACT
TAGTACTAAGGGTGACAAATATGCATAATGAGGATAAAGGTACGATAGTGCTAGCTGGGGATGTGTTTGATGTACCAATTCGGAAGGATATTATTCACCGTGTTGTCCGTTGGCAGCTAGCAAAAAGACAACAGGGAACACATTCAACAAAGACAATCAGCGAAGTCAGCGGGACTGGAAAAAAACCGTGGCCACAAAAG
GGTACAGGGAGAGCACGTCATGGAACCTTACGTGGACCCCAGTTCAGACATGGAGCAACAATGCATGGTCCTAAGCCTCGAAGTCATGCAATCAAGCTACAAAAGAAAGTCCGGCGCTTGGGTCTCAAAATAACATTGTCGGCTCGTGCAGCTGAGGGGAAGCTAATGGTTTTTGACACCTTAGATCTGCCTACACACAA
AACAAAGGAAGTAGCGAAGTACGTTTCTCAGTTGGAGAACTGCAAGAAGATTTTATTAGTTGATGGCGGCCCTGTGAATAAGAAACTTGGCTTAGCTACACAGAATCTGCATTATGCAAATGTTCTTCCTTCAATAGGTCTAAATGTTTACAGTATTTTACAACATGATACACTAGTGATGACAGTAGATGCAGTGAATC
GAATTGTGGAACGGATGCACACTCCAATTAATCGTTGAGTGAAATGTCGGTCATGGATACAGTTTTTTTTGTCAATCTCACTTGAATCAATTGTGTCACCATGGTTTTACCCATGCAAAATGTTGGGTTCGACTGTTTGATCCATGATACCAGGAGAGTAAATTTTCTCTACTTTGAAGATGTAACATTTTGTCACTAGC
CAAGTATATTCACAATCAAGGCTAGTTAGATGACTTTGCTGCTTTAGGATTAGTCGGTATACCTACACAAGGACCAGAAGTTCCTACAATTTTTTGATTATACTGAATCATTGAAGTAAGTGAATGTTGCTAACACAGGCTGTGGGGAGAATACTTCAAATTATTTGAAGTCTCAATTGAGTTTTCTTTTTTGTAACTAT
AAGCAGGAATGCCGTTAGCTTTACATAATATTTTGAGTTATTTATGTTTATAAAAGGAATCGGAGATGCTAGAAATTAATGTGGTGGATGATAAACTACTGGAGCAGGTATTCTGGTTGCTAAGATCATGGACAAGTAGAATTATTATATCATTTCATGTCTATTAGTAAATCAGGTAGACAAAAATCAGACAATAAAAA
ATTCAAAGGATGGAGATTCTTTCAGGTGTTTTCTTCAGCAATTAAAGGTGTGGTTCATAATGGCATTGACAAAAGGTACTGTGATTTTCAAACTGAAAATTGGAGATATCCATAGCTTTATGATTTAGTGGTTAGGTGTGAGCAGTAATTCAAAAACGGATTGTC

>TRINITY_DN38376_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAACCTCAAACAATATAACCAGGAAGAAACAACGCAAAACTCCTCGGCCTTGTTCAACGTGACAATGGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTCTCAGAAATTCTTCGCAGCTCTGTTATTCAAGATTTCTTCAATCGAGCCGTGGTGTTTCCTGCGCGGAGTCTTCACCGTTCCTTTCAACTTCTTTGGAGTATGGAGAATC
GTCCATTTACGGACCCCAAGGATTCTGCTCTTCGAGATCCGCCGCGATAACTAGGAATGATATGTGGTCCTTGATTTCTGCTCGAGGACTTTGCTCATTTGTCCCAACACCGCAAACAGACCTCGTAATGTCACCATCAGAGTTATTGGCAGCACAGGCAGCATACGCTGCAGAGAGGGTTCAAGGCAAGTTTGAGGACT
TAGTACTAAGGGTGACAAATATGCATAATGAGGATAAAGGTACGATAGTGCTAGCTGGGGATGTGTTTGATGTACCAATTCGGAAGGATATTATTCACCGTGTTGTCCGTTGGCAGCTAGCAAAAAGACAACAGGGAACACATTCAACAAAGACAATCAGCGAAGTCAGCGGGACTGGAAAAAAACCGTGGCCACAAAAG
GGTACAGGGAGAGCACGTCATGGAACCTTACGTGGACCCCAGTTCAGACATGGAGCAACAATGCATGGTCCTAAGCCTCGAAGTCATGCAATCAAGCTACAAAAGAAAGTCCGGCGCTTGGGTCTCAAAATAACATTGTCGGCTCGTGCAGCTGAGGGGAAGCTAATGGTTTTTGACACCTTAGATCTGCCTACACACAA
AACAAAGGAAGTAGCGAAGTACGTTTCTCAGTTGGAGAACTGCAAGAAGATTTTATTAGTTGATGGCGGCCCTGTGAATAAGAAACTTGGCTTAGCTACACAGAATCTGCATTATGCAAATGTTCTTCCTTCAATAgtaagtacccagtggcatgaccttcaaatcattaaacttgtttcataaagcatattctaagcct
gtagtggaaggttgggcatgcaagtacacataatggtaggatatatattaaatgatttgcatgcttgtaaattgtaaattacatgcttttccaatgctgttgagtgcatgtttattagaaacatagcatttgatttgtgcatactaccaatgtgcagGGTCTAAATGTTTACAGTATTTTACAACATGATACACTAGTGA
TGACAGTAGATGCAGTGAATCGAATTGTGGAACGGATGCACACTCCAATTAATCGTTGAGTGAAATGTCGGTCATGGATACAGTTTTTTTTGTCAATCTCACTTGAATCAATTGTGTCACCATGGTTTTACCCATGCAAAATGTTGGGTTCGACTGTTTGATCCATGATACCAGGAGAGTAAATTTTCTCTACTTTGAAG
ATGTAACATTTTGTCACTAGCCAAGTATATTCACAATCAAGGCTAGTTAGATGACTTTGCTGCTTTAGGATTAGTCGGTATACCTACACAAGGACCAGAAGTTCCTACAATTTTTTGATTATACTGAATCATTGAAGTAAGTGAATGTTGCTAACACAGGCTGTGGGGAGAATACTTCAAATTATTTGAAGTCTCAATTG
AGTTTTCTTTTTTGTAACTATAAGCAGGAATGCCGTTAGCTTTACATAATATTTTGAGTTATTTATGTTTATAAAAGGAATCGGAGATGCTAGAAATTAATGTGGTGGATGATAAACTACTGGAGCAGGTATTCTGGTTGCTAAGATCATGGACAAGTAGAATTATTATATCATTTCATGTCTATTAGTAAATCAGGTAG
ACAAAAATCAGACAATAAAAAATTCAAAGGATGGAGATTCTTTCAGGTGTTTTCTTCAGCAATTAAAGGTGTGGTTCATAATGGCATTGACAAAAGGTACTGTGATTTTCAAACTGAAAATTGGAGATATCCATAGCTTTATGATTTAGTGGTTAGGTGTGAGCAGTAATTCAAAAACGGATTGTC

Intron 2 GTAAGTACCC ... CAATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.32	28	11	7
A2	14.29	21	2	5
A3	8.11	17	1	2
A4	19.05	17	3	5
A5	29.73	13	6	5
A6	20.33	96	26	23
A7	16.72	142	27	30
A8	13.65	136	20	23
A9	17.07	119	29	20
A10	19.84	103	25	26

>TRINITY_DN41743_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTAAAATCCTGCAAAAACCTCAAACAATATAACCAGGAAGAAACAACGCAAAACTCCTCGGCCTTGTTCAACGTGACAATGGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTCTCAGAAATTCTTCGCAGCTCTGTTATTCAAGATTTCTTCAATCGAGCCGTGGTGTTTCCTGCGCGGAGTCTTCACCGTTCCTTTCAACTTCTTTGGA
GTATGGAGAATCGTCCATTTACGGACCCCAAGGATTCTGCTCTTCGAGATCCGCCGCGATAACTAGGAATGATATGTGGTCCTTGATTTCTGCTCGAGGACTTTGCTCATTTGTCCCAACACCGCAAACAGACCTCGTAATGTCACCATCAGAGTTATTGGCAGCACAGGCAGCATACGCTGCAGAGAGGGTTCAAGGCA
AGTTTGAGGACTTAGTACTAAGGGTGACAAATATGCATAATGAGGATAAAGGTACGATAGTGCTAGCTGGGGATGTGTTTGATGTACCAATTCGGAAGGATATTATTCACCGTGTTGTCCGTTGGCAGCTAGCAAAAAGACAACAGGGAACACATTCAACAAAGACAATCAGCGAAGTCAGCGGGACTGGAAAAAAACCG
TGGCCACAAAAGGGTACAGGGAGAGCACGTCATGGAACCTTACGTGGACCCCAGTTCAGACATGGAGCAACAATGCATGGTCCTAAGCCTCGAAGTCATGCAATCAAGCTACAAAAGAAAGTCCGGCGCTTGGGTCTCAAAATAACATTGTCGGCTCGTGCAGCTGAGGGGAAGCTAATGGTTTTTGACACCTTAGATCT
GCCTACACACAAAACAAAGGAAGTAGCGAAGTACGTTTCTCAGTTGGAGAACTGCAAGAAGATTTTATTAGTTGATGGCGGCCCTGTGAATAAGAAACTTGGCTTAGCTACACAGAATCTGCATTATGCAAATGTTCTTCCTTCAATAGGTCTAAATGTTTACAGTATTTTACAACATGATACACTAGTGATGACAGTAG
ATGCAGTGAATCGAATTGTGGAACGGATGCACACTCCAATTAATCGTTGAGTGAAATGTCAGTCATGGATACAGTTTTTTTGGTCAGTCTCACTTGAATCAATTGTGTCACCATGGTTTTACCCATGCAAAATGTTGGGTTCGACTGTTTGATCCATGATACCAGGAGAGTAAATTTTCTCTACTTTGAAGATGTAACAT
TTTGTCACTAGCCAAGTATATTCACAATCAAGGCTAGTTAGATGACTTTGCTGCTTTAGGATTAGTCGGTATACCTACACAAGGACCAGAAGTTCCTACAATTTTTTGATTATACTGAATCATTGAAGTAAGTGAATGTTGCTAACACAGGCTGTGGGGAGAATACTTCAAATTATTTGAAGTCTCAATTGAGTTTTCTT
TTTTGTAACTATAAGCAGGAATGCCGTTAGCTTTACATAATATTTTGAGTTATTTATGTTTATAAAAGGAATCGGAGATGCTAGAAATTAATGTGGTGGATGATAAACTACTGGAGCAGGTATTCTGGTTGCTAAGATCATGGACAAGTAGAATTATTATATCATTTCATGTCTATTAGTAAATCAGGTAGACAAAAATC
AGACAATAAAAAATTCAAAGGATGGAGATTCTTTCAGGTGTTTTCTTCAGCAATTAAAGGTGTGGTTCATAATGGCATTGACAAAAGGTACTGTGATTTTCAAACTGAAAATTGGAGATATCCATAGCTTTATGATTTAGTGGTTAGGTGTGAGCAGTAATTCAAAAACGGATTGTCATTTTTGA

>TRINITY_DN41743_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTAAAATCCTGCAAAAACCTCAAACAATATAACCAGGAAGAAACAACGCAAAACTCCTCGGCCTTGTTCAACGTGACAATGGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTCTCAGAAATTCTTCGCAGCTCTGTTATTCAAGATTTCTTCAATCGAGCCGTGGTGTTTCCTGCGCGGAGTCTTCACCGTTCCTTTCAACTTCTTTGGA
GTATGGAGAATCGTCCATTTACGGACCCCAAGGATTCTGCTCTTCGAGATCCGCCGCGATAACTAGGAATGATATGTGGTCCTTGATTTCTGCTCGAGGACTTTGCTCATTTGTCCCAACACCGCAAACAGACCTCGTAATGTCACCATCAGAGTTATTGGCAGCACAGGCAGCATACGCTGCAGAGAGGGTTCAAGGCA
AGTTTGAGGACTTAGTACTAAGGGTGACAAATATGCATAATGAGGATAAAGGTACGATAGTGCTAGCTGGGGATGTGTTTGATGTACCAATTCGGAAGGATATTATTCACCGTGTTGTCCGTTGGCAGCTAGCAAAAAGACAACAGGGAACACATTCAACAAAGACAATCAGCGAAGTCAGCGGGACTGGAAAAAAACCG
TGGCCACAAAAGGGTACAGGGAGAGCACGTCATGGAACCTTACGTGGACCCCAGTTCAGACATGGAGCAACAATGCATGGTCCTAAGCCTCGAAGTCATGCAATCAAGCTACAAAAGAAAGTCCGGCGCTTGGGTCTCAAAATAACATTGTCGGCTCGTGCAGCTGAGGGGAAGCTAATGGTTTTTGACACCTTAGATCT
GCCTACACACAAAACAAAGGAAGTAGCGAAGTACGTTTCTCAGTTGGAGAACTGCAAGAAGATTTTATTAGTTGATGGCGGCCCTGTGAATAAGAAACTTGGCTTAGCTACACAGAATCTGCATTATGCAAATGTTCTTCCTTCAATAgtaagtacccagtggcatgaccttcaaatcattaaacttgtttcataaagca
tattctaagcctgtagtggaaggttgggcatgcaagtacacataatggtaggatatatactaaatgatttgcatgcttttccaatgctgttgagtgcatgtttattagaaacatagcatttgatttgtgcatactaccaatgtgcagGGTCTAAATGTTTACAGTATTTTACAACATGATACACTAGTGATGACAGTAGA
TGCAGTGAATCGAATTGTGGAACGGATGCACACTCCAATTAATCGTTGAGTGAAATGTCAGTCATGGATACAGTTTTTTTGGTCAGTCTCACTTGAATCAATTGTGTCACCATGGTTTTACCCATGCAAAATGTTGGGTTCGACTGTTTGATCCATGATACCAGGAGAGTAAATTTTCTCTACTTTGAAGATGTAACATT
TTGTCACTAGCCAAGTATATTCACAATCAAGGCTAGTTAGATGACTTTGCTGCTTTAGGATTAGTCGGTATACCTACACAAGGACCAGAAGTTCCTACAATTTTTTGATTATACTGAATCATTGAAGTAAGTGAATGTTGCTAACACAGGCTGTGGGGAGAATACTTCAAATTATTTGAAGTCTCAATTGAGTTTTCTTT
TTTGTAACTATAAGCAGGAATGCCGTTAGCTTTACATAATATTTTGAGTTATTTATGTTTATAAAAGGAATCGGAGATGCTAGAAATTAATGTGGTGGATGATAAACTACTGGAGCAGGTATTCTGGTTGCTAAGATCATGGACAAGTAGAATTATTATATCATTTCATGTCTATTAGTAAATCAGGTAGACAAAAATCA
GACAATAAAAAATTCAAAGGATGGAGATTCTTTCAGGTGTTTTCTTCAGCAATTAAAGGTGTGGTTCATAATGGCATTGACAAAAGGTACTGTGATTTTCAAACTGAAAATTGGAGATATCCATAGCTTTATGATTTAGTGGTTAGGTGTGAGCAGTAATTCAAAAACGGATTGTCATTTTTGA

Intron 3 GTACGATAGT ... AAGACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.08	21	32	82
A2	74.5	19	30	81
A3	79.62	16	28	97
A4	62.3	23	27	49
A5	82.14	5	11	35
A6	81.67	23	53	152
A7	80.82	54	106	349
A8	80.05	42	85	252
A9	83.47	40	108	296
A10	83.07	32	75	239

>TRINITY_DN107251_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CCTCAAACAATATAACCAGGAAGAAACAACGCAAAACTCCTCGGCCTTGTTCAACGTGACAATGGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTCTCAGAAATTCTTCGCAGCTCTGTTATTCAAGATTTCTTCAATCGAGCCGTGGTGTTTCCTGCGCGGAGTCTTCACCGTTCCTTTCAACTTCTTTGGAGTATGGAGAATCGTCCA
TTTACGGACCCCAAGGATTCTGCTCTTCGAGATCCGCCGCGATAACTAGGAATGATATGTGGTCCTTGATTTCTGCTCGAGGACTTTGCTCATTTGTCCCAACACCGCAAACAGACCTCGTAATGTCACCATCAGAGTTATTGGCAGCACAGGCAGCATACGCTGCAGAGAGGGTTCAAGGCAAGTTTGAGGACTTAGTA
CTAAGGGTGACAAATATGCATAATGAGGATAAAGGGAACACATTCAACAAAGACAATCAGCGAAGTCAGCGGGACTGGAAAAAAACCGTGGCCACAAAAGGGTACAGGGAGAGCACGTCATGGAACCTTACGTGGACCCCAGTTCAGACATGGAGCAACAATGCATGGTCCTAAGCCTCGAAGTCATGCAATCAAGCTAC
AAAAGAAAGTCCGGCGCTTGGGTCTCAAAATAACATTGTCGGCTCGTGCAGCTGAGGGGAAGCTAATGGTTTTTGACACCTTAGATCTGCCTACACACAAAACAAAGGAAGTAGCGAAGTACGTTTCTCAGTTGGAGAACTGCAAGAAGATTTTATTAGTTGATGGCGGCCCTGTGAATAAGAAACTTGGCTTAGCTACA
CAGAATCTGCATTATGCAAATGTTCTTCCTTCAATAGGTCTAAATGTTTACAGTATTTTACAACATGATACACTAGTGATGACAGTAGATGCAGTGAATCGAATTGTGGAACGGATGCACACTCCAATTAATCGTTGAGTGAAATGTCGGTCATGGATACAGTTTTTTTTGTCAATCTCACTTGAATCAATTGTGTCACC
ATGGTTTTACCCATGCAAAATGTTGGGTTCGACTGTTTGATCCATGATACCAGGAGAGTAAATTTTCTCTACTTTGAAGATGTAACATTTTGTCACTAGCCAAGTATATTCACAATCAAGGCTAGTTAGATGACTTTGCTGCTTTAGGATTAGTCGGTATACCTACACAAGGACCAGAAGTTCCTACAATTTTTTGATTA
TACTGAATCATTGAAGTAAGTGAATGTTGCTAACACAGGCTGTGGGGAGAATACTTCAAATTATTTGAAGTCTCAATTGAGTTTTCTTTTTTGTAACTATAAGCAGGAATGCCGTTAGCTTTACATAATATTTTGAGTTATTTATGTTTATAAAAGGAATCGGAGATGCTAGAAATTAATGTGGTGGATGATAAACTACT
GGAGCAGGTATTCTGGTTGCTAAGATCATGGACAAGTAGAATTATTATATCATTTCATGTCTATTAGTAAATCAGGTAGACAAAAATCAGACAATAAAAAATTCAAAGGATGGAGATTCTTTCAGGTGTTTTCTTCAGCAATTAAAGGTGTGGTTCATAATGGCATTGACAAAAGGTACTGTGATTTTCAAACTGAAAAT
TGGAGATATCCATAGCTTTATGATTTAGTGGTTAGGTGTGAGC

>TRINITY_DN107251_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCTCAAACAATATAACCAGGAAGAAACAACGCAAAACTCCTCGGCCTTGTTCAACGTGACAATGGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTCTCAGAAATTCTTCGCAGCTCTGTTATTCAAGATTTCTTCAATCGAGCCGTGGTGTTTCCTGCGCGGAGTCTTCACCGTTCCTTTCAACTTCTTTGGAGTATGGAGAATCGTCCA
TTTACGGACCCCAAGGATTCTGCTCTTCGAGATCCGCCGCGATAACTAGGAATGATATGTGGTCCTTGATTTCTGCTCGAGGACTTTGCTCATTTGTCCCAACACCGCAAACAGACCTCGTAATGTCACCATCAGAGTTATTGGCAGCACAGGCAGCATACGCTGCAGAGAGGGTTCAAGGCAAGTTTGAGGACTTAGTA
CTAAGGGTGACAAATATGCATAATGAGGATAAAGgtacgatagtgctagctggggatgtgtttgatgtaccaattcggaaggatattattcaccgtgttgtccgttggcagctagcaaaaagacaacagGGAACACATTCAACAAAGACAATCAGCGAAGTCAGCGGGACTGGAAAAAAACCGTGGCCACAAAAGGGTAC
AGGGAGAGCACGTCATGGAACCTTACGTGGACCCCAGTTCAGACATGGAGCAACAATGCATGGTCCTAAGCCTCGAAGTCATGCAATCAAGCTACAAAAGAAAGTCCGGCGCTTGGGTCTCAAAATAACATTGTCGGCTCGTGCAGCTGAGGGGAAGCTAATGGTTTTTGACACCTTAGATCTGCCTACACACAAAACAA
AGGAAGTAGCGAAGTACGTTTCTCAGTTGGAGAACTGCAAGAAGATTTTATTAGTTGATGGCGGCCCTGTGAATAAGAAACTTGGCTTAGCTACACAGAATCTGCATTATGCAAATGTTCTTCCTTCAATAGGTCTAAATGTTTACAGTATTTTACAACATGATACACTAGTGATGACAGTAGATGCAGTGAATCGAATT
GTGGAACGGATGCACACTCCAATTAATCGTTGAGTGAAATGTCGGTCATGGATACAGTTTTTTTTGTCAATCTCACTTGAATCAATTGTGTCACCATGGTTTTACCCATGCAAAATGTTGGGTTCGACTGTTTGATCCATGATACCAGGAGAGTAAATTTTCTCTACTTTGAAGATGTAACATTTTGTCACTAGCCAAGT
ATATTCACAATCAAGGCTAGTTAGATGACTTTGCTGCTTTAGGATTAGTCGGTATACCTACACAAGGACCAGAAGTTCCTACAATTTTTTGATTATACTGAATCATTGAAGTAAGTGAATGTTGCTAACACAGGCTGTGGGGAGAATACTTCAAATTATTTGAAGTCTCAATTGAGTTTTCTTTTTTGTAACTATAAGCA
GGAATGCCGTTAGCTTTACATAATATTTTGAGTTATTTATGTTTATAAAAGGAATCGGAGATGCTAGAAATTAATGTGGTGGATGATAAACTACTGGAGCAGGTATTCTGGTTGCTAAGATCATGGACAAGTAGAATTATTATATCATTTCATGTCTATTAGTAAATCAGGTAGACAAAAATCAGACAATAAAAAATTCA
AAGGATGGAGATTCTTTCAGGTGTTTTCTTCAGCAATTAAAGGTGTGGTTCATAATGGCATTGACAAAAGGTACTGTGATTTTCAAACTGAAAATTGGAGATATCCATAGCTTTATGATTTAGTGGTTAGGTGTGAGC