sp|Q94HW2|POLR1_ARATH ----> Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

Intron 1 GTGTGGCTGA ... TTGTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.29	3	19	31
A2	75	1	3	3
A3	57.89	8	9	13
A4	61.54	5	8	8
A5	42.86	2	1	2
A6	76.47	2	8	5
A7	68.54	14	21	40
A8	80.33	6	19	30
A9	72.41	4	9	12
A10	52.38	10	4	18

>TRINITY_DN45157_c0_g3_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

ACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTAGTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATAGTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACA
AATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTTTGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTC
AGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATTACTTATTCAGCTAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGA
ATACAAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTA
CAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGAT
GGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGA

>TRINITY_DN45157_c0_g3_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGGGGGGGGTCGATTCCCAGCTGCTTTGGGTACAACCATCCAATTTCAATTTTGAATGGCCATACAAGCCAAGGACAAGTCTCCTACCTGCCTAGTCACTTAGGACCCCATCTAGTGGCCTGATTTGGTGTTCATGTAATTTTTGGGGGCTGGTTAGGGCACAAACCAGGTCTGCAGTTCCATTTGCAGCCATCATTTG
GCATGTTTTTCAAGATCTACGGGCTGTTGAGACACTATTGGCACCTCACTGACACCTTCAACAGGGCTGCTAGGGCTGTTAAATGCCCTCAATCAGATTTGGTTAGTCATTTATAGATTTGTTCTACTCATCAGTTGGTTGTCCCAAAGGTATGGTTTCAACCCCTCTCTATTTGACACACATTCCTAGGTAAGTTGGCT
TTGTGTTAATTGGTTTTCATCTATTTTTGAGGCACATTTTGCTGGTTGTCCTTTCATAACAACAATAATCCTTTAGTCATCTCCTATAATAGTGTGCATATATTATCCTAACTCCTACCCTCTTTGACTCCATAAGGCATTGATCTTTGTTAAGAGGTTGTTTGTGAGGTATCTTGTAGGTCCACCCCACATCTATTAGG
GACTCTCCCTTTTTCTGTAGGAGTTAGTCTAAAGTGTGTGGAGTTTTTGCTGTGGTGACCTTGGGCACAATTTCTTTTGTGCTTACCCTCGTAACACCACGATTCGAGGCTTTCATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCACATATGGT
TTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTTAATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTT
GTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAATCTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTT
GATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATGTTGTGCATAAATTCTTGTTTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAA
TCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTAGTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATAGTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTAT
GCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTTTGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAAC
CAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATTACTTATTCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATC
TGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGGTAAAAACTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGG
AGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGgtgtggctgacaaaattttggaattttgttgtcccgatgcttttgtgttttccttgctgtagtttgggtcatatgttagcagggccaaggaatgttatattttggcctttattatattatagatgcattttaat
tattaccttcaaatggagataaagtggtaattggtatagactcttgtattcagACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTG
CTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGT
TCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGAGTAAGAAATGTATATAGTGACAGTCATAAGTTCCGAGGGAGGATCTGACAATCTGGCTAACATTACCATTTTATCCCTTGACAGTTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTT
CTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACCAATGCTACTCCGAGTAATTTCTTGTCTTTCCTCTGTTTTTTGTTGATGTATTTGTGAATACTACTCAATTTGCACCTCTAGATAGATTTG
ATTGTTATTGCTTTGATAGAGTCCTTTGTGGTCTTTCTTAATCTGGTAAGTTTGATACACTCATGTTGAAGAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGCCTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCT
CTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAG
CCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTT
TTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAG
AAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCCCAGTCATTTTCTGGATTTATTATATAGTCT
CAGCAAATGGAGTATATATTATTATAAGTCTATTCATAAAACATCACATTCAGATTTCATTGTGAAAGGAAAGGCC

Intron 2 GTAAGAAATG ... CCCTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.41	20.7	11.8	21.9
A2	60.77	22.5	11.8	34.9
A3	63.62	16.1	17.8	28
A4	51.04	23	3.9	24
A5	44	14	0	11
A6	26.64	27.5	3.9	10
A7	48.05	68.1	28.4	62.9
A8	44.68	79.3	25.7	64
A9	45.38	61.3	23.6	50.9
A10	40.34	59.2	14.2	40

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGT
ACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATG
GACCAATGCTACTCCGAAGAATTGCTG

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCGCATATGGTTTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTT
AATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTTGTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAAT
CTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTTGATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATATTGTGCATAAATTCTTGT
TTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAATCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTACTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATA
GTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTT
TGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATT
ACTTATTCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATCTGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGG
TAAAAACTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGT
TTTCCTTGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAATTATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAA
AATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCT
GATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGAgtaagaaatgtatatagtgac
agtcataagttccgagggaggatctgacaatctggctaacattaccattttatcccttgacagTTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACGAATG
CTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTT
CCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCA
ATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGA
ATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCT
TCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCC

Intron 3 GTTGGCTTTG ... TTGATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.86	1	12	14
A2	100	0	1	3
A3	100	0	8	8
A4	58.33	10	15	13
A5	100	0	0	1
A6	69.23	2	6	3
A7	100	0	15	24
A8	88.57	2	14	17
A9	84	2	11	10
A10	86.67	2	16	10

>TRINITY_DN45157_c0_g3_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

ACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTAGTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATAGTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACA
AATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTTTGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTC
AGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATTACTTATTCAGCTAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGA
ATACAAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTA
CAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGAT
GGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGA

>TRINITY_DN45157_c0_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGGGGGGGGTCGATTCCCAGCTGCTTTGGGTACAACCATCCAATTTCAATTTTGAATGGCCATACAAGCCAAGGACAAGTCTCCTACCTGCCTAGTCACTTAGGACCCCATCTAGTGGCCTGATTTGGTGTTCATGTAATTTTTGGGGGCTGGTTAGGGCACAAACCAGGTCTGCAGTTCCATTTGCAGCCATCATTTG
GCATGTTTTTCAAGATCTACGGGCTGTTGAGACACTATTGGCACCTCACTGACACCTTCAACAGGGCTGCTAGGGCTGTTAAATGCCCTCAATCAGATTTGGTTAGTCATTTATAGATTTGTTCTACTCATCAGTTGGTTGTCCCAAAGGTATGGTTTCAACCCCTCTCTATTTGACACACATTCCTAGGTAAGTTGGCT
TTGTGTTAATTGGTTTTCATCTATTTTTGAGGCACATTTTGCTGGTTGTCCTTTCATAACAACAATAATCCTTTAGTCATCTCCTATAATAGTGTGCATATATTATCCTAACTCCTACCCTCTTTGACTCCATAAGGCATTGATCTTTGTTAAGAGGTTGTTTGTGAGGTATCTTGTAGGTCCACCCCACATCTATTAGG
GACTCTCCCTTTTTCTGTAGGAGTTAGTCTAAAGTGTGTGGAGTTTTTGCTGTGGTGACCTTGGGCACAATTTCTTTTGTGCTTACCCTCGTAACACCACGATTCGAGGCTTTCATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCACATATGGT
TTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTTAATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTT
GTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAATCTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTT
GATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATGTTGTGCATAAATTCTTGTTTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAA
TCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTAGTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATAGTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTAT
GCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTTTGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAAC
CAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATTACTTATTCAGCTAGgttggctttgacatgctttttgaaggagcccaatttttttgaaatttgaagcgtctatccacactagccatc
tgtctaattcaagtaactaatctctcttagcaataaaatgtgctaataactacattgaaaaagttcaattttttatggctgtctgttatttcttaaaaactttcttcaaatgggtaaaaactaaaagtagattatcatcaaacattctatggattcaaggatttcatatttgatgacagTCGATTCAAATATCAATTTGG
AGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGTTTTCCTTGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAAT
TATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTG
CTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGT
TCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTAT
CTACTTCAACCATCTGACAATGGACGAATGCTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGCCTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATT
GAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTC
TTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCA
AGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAAT
GATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCCCAGTCATTTTCTGGATTTATTATATAGTCTCAGCAAATGGAGTATATATTATTATAAGTCTA
TTCATAAAACATCACATTCAGATTTCATTGTGAAAGGAAAGGCC

Intron 4 GTGTGAAGAT ... GCTCTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.48	7	31	12.2
A2	75.92	5	26	5.5
A3	55.88	15	27	11
A4	67.04	8	23	9.5
A5	100	0	3	0
A6	71.15	7	22	12.5
A7	65.48	24	58	33.1
A8	67.32	18	48	26.2
A9	89.67	4	40	29.5
A10	59.33	17	29	20.8

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGT
ACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATG
GACCAATGCTACTCCGAAGAATTGCTG

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCGCATATGGTTTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTT
AATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTTGTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAAT
CTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTTGATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTCAGTGAGTTGTGCTTTGCATGAATTCTTGTTCAAAATGCT
ACACAAAACACTTTATCTCTATAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAATCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTACTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATAGTTGCA
CTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTTTGCCTT
ACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATTACTTAT
TCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATCTGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGGTAAAAA
CTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGTTTTCCT
TGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAATTATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTG
TCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGgtgtgaagattggattggaaacaattctgctcctaccgtcatttaagaagattcccaaacttgaagctgtctttacaacagtagtattcaacattattgagtgcataagattgccttctttaagtgaaggtctttgctcttctgataaa
ataccttttacccttaaattttaagtatgttctgatgttccaattttgtacttacatgttgttggctctttaagGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGAGTAAGAAATGTATATAGTGACAGTCAT
AAGTTCCGAGGGAGGATCTGACAATCTGGCTAACATTACCATTTTATCCCTTGACAGTTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACGAATGCTACTC
CGAGTAATTTCTTGTCTTTCCTCTGTTTTTTGTTGATGTATTTGTGAATACTACTCAATTTGCAC

Intron 5 GTGTGAAGAT ... TTAAGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	7	31	11
A2	77.78	5	26	9
A3	56.52	15	27	12
A4	65.96	8	23	8
A5	100	0	3	0
A6	74.07	7	22	18
A7	65.47	24	58	33
A8	72.93	18	48	49
A9	88.41	4	40	21
A10	62.64	17	29	28

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGT
ACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATG
GACCAATGCTACTCCGAAGAATTGCTG

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCGCATATGGTTTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTT
AATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTTGTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAAT
CTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTTGATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATATTGTGCATAAATTCTTGT
TTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAATCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTACTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATA
GTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTT
TGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATT
ACTTATTCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATCTGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGG
TAAAAACTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGT
TTTCCTTGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAATTATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAA
AATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGgtgtgaagattggattggaaacaattctgctcctaccgtcatttaagaagattcccaaacttgaagctgtctttacaacagtagtattcaacattattgagtgcataagattgccttctttaagtgaagGCCTGTTCTTTGGG
TCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCA
ACCATCTGACAATGGACGAATGCTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGC
TTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGA
ATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAG
GCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCA
ATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCC

Intron 6 GTGACAAGGA ... AATCGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.09	13	32	21
A2	53.85	12	11	17
A3	58.62	12	15	19
A4	56.1	9	10	13
A5	57.89	8	16	6
A6	35.14	12	4	9
A7	23.81	16	8	2
A8	38.89	11	9	5
A9	28.3	19	9	6
A10	52.94	4	2	7

>TRINITY_DN43266_c0_g3_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAAATTTACCAGAAAAAGACGAAATCGTTTCGACTCCTTTTAAATCTCTTCTCCCATATATCGTTATCCCCTTCCAAACCCAAGTATATCAAACGGCCTCACAAATTGACATCCATACCCTTTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGATTTTTAAATAAT
CCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAATCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTG
CTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTA
CCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGTGTCATGTTTAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCA
GCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTC
CACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATG
CAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTAT
TCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAAC
TGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACCAATGCTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAG
AGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAG
TCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTC
CACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTG
GCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATA
TTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCCCAGTCATTTTCTGGATTTATTATATAGTCTCAGCAAATGGAGTATATATTATTATAAGTCTATTCATAAAACATCACATTCAGATTTCATTGCGAAAGGAAAGGAAATTATAGAAGTGAC
ACAGACTTGTTCCAAATCTGATCTGTTTGACAAA

>TRINITY_DN43266_c0_g3_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAAAAATTTACCAGAAAAAGACGAAATCGTTTCGACTCCTTTTAAATCTCTTCTCCCATATATCGTTATCCCCTTCCAAACCCAAGTATATCAAACGGCCTCACAAATTGACATCCATACCCTTTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGATTTTTAAATAAT
CCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAATCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTG
CTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTA
CCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGgtgacaaggaacatgctagaagagttgcatcaattttatagtgcttgattttagaatctggcagccaaatgattttctatcatg
aactcttaaatatacttaaaagaaaacaatatgctgtgatttatcttacttgctgtaaagagtgtcgaaagagcactttaggatggtaaatcttaattgaagcaaaagccaaagcactattgatacttgacattggttgaatgtgaaatcgaaaagTGTCATGTTTAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCC
TGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGTATGTTGGAAAAAATAAATGGAAGCTATTTTCTGTTCAGCCAAACTTCCAAGGGTTGGAGTAGGCAGTGCTGCGTTTTGGCTGCCAGTTACTCCACCAATTGCTTGGTGCTA
ACTCCCTGATTGGAACACCATTTTTATAGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGAT
TATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGC
TATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCA
TAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGT
ATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACCAATGCTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCT
ACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCC
AATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTT
CCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAA
ATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCCCAGTCATTTTCTGGATTTATTATATAGTCTCA
GCAAATGGAGTATATATTATTATAAGTCTATTCATAAAACATCACATTCAGATTTCATTGCGAAAGGAAAGGAAATTATAGAAGTGACACAGACTTGTTCCAAATCTGATCTGTTTGACAAA

Intron 7 GTAATTTCTT ... CATGTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	10	3	5
A2	23.33	23	5	9
A3	23.97	20	6.6	6
A4	26.76	26	8	11
A5	21.74	9	5	0
A6	12.11	24	3.6	3
A7	31.34	53	25.4	23
A8	26.18	86	31	30
A9	27.18	61.6	18	28
A10	23.91	35	13	9

>TRINITY_DN43266_c0_g3_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAAATTTACCAGAAAAAGACGAAATCGTTTCGACTCCTTTTAAATCTCTTCTCCCATATATCGTTATCCCCTTCCAAACCCAAGTATATCAAACGGCCTCACAAATTGACATCCATACCCTTTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGATTTTTAAATAAT
CCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAATCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTG
CTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTA
CCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCA
TGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAG
GCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGG
AGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTG
AGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGA
TCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACCAATGCTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTG
TGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAA
CTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACC
AGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATC
AAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCA
TTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCCCAGTCATTTTCTGGATTTATTATATAGTCTCAGCAAATGGAGTATATATTATTATAAGTCTATTCATAAAACATCACATTCAGATTTCATTGCGAAAGGAAAGGAAATTATAGAAGTGACACAGACTTGTTC
CAAATCTGATCTGTTTGACAAA

>TRINITY_DN43266_c0_g3_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CACACACACACAGTGTTCGTAGAAAGGAGAGATGGTTGGCATCTCCCTCGACAAGGACGGGAACAGTCTTCGGACTTTCTTATCACACGCGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATC
GACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTG
GATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCTGATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTT
GGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGAGTAAGAAATGTATATAGTGACAGTCATAAGTTCCGAGGGAGGATCTGACAATCTGGCTAACATTACCATTTTATCCCTTGACAGTTTTTT
CTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACCAATGCTACTCCGAgtaatttcttgtctttcctctgttttttgttgatgtatttgtgaatactactcaatttgc
acctctagatagatttgattgttattgctttgatagagtcctttgtggtctttcttaatctggtaagtttgatacactcatgttgaagAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGT
TTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGA
ATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAA
GAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGA
ATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCCCAGTCATTTTCTG
GATTTATTATATAGTCTCAGCAAATGGAGTATATATTATTATAAGTCTATTCATAAAACATCACATTCAGATTTCATTGCGAAAGGAAAGGAAATTATAGAAGTGACACAGACTTGTTCCAAATCTGATCTGTTTGACAAA

Intron 8 GTGACAAGGA ... TCATGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.04	16	32	25
A2	54.72	12	11	18
A3	54.29	16	15	23
A4	54.55	10	10	14
A5	53.49	10	16	7
A6	36.84	12	4	10
A7	26.32	21	8	7
A8	37.78	14	9	8
A9	30	21	9	9
A10	41.46	12	2	15

>TRINITY_DN108509_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

TGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGA
TCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAG
AATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTG
GAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATCTTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAG
AGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTCCGAAAGAAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAA
ATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTTCTTTTAAATTAACACCATTAATCTTATGGAGTTTGA

>TRINITY_DN108509_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTCTCTTCGATTTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAATCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATT
ACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGT
TCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGgtgacaaggaacatgctagaagagttgcatcaattttatagtgcttgattttagaatctgg
cagccaaatgattttctatcatgaactcttaaatatacttaaaagaaaacaatatgctgtgatttatcttacttgctgtaaagagtgtcgaaagagcactttaggatggtaaatcttaattgaagcaaaagccaaagcactattgatacttgacattggttgaatgtgaaatcgaaaagtgtcatgtttagGTACACTTT
TGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGTATGTTGGAAAAAATAAATGGAAGCTATTTTCTGTTCAGCCAAACTTCCAAGGGTTGGAGTAGGCAGTGCTGCGTTTTGGCTGCCAGTT
ACTCCACCAATTGCTTGGTGCTAACTCCCTGATTGGAACACCATTTTTATAGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTA
TGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAG
GTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATCTTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAGAGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTCCGAAAGAAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAG
TCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAAATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTTCTTTTAAATTAACACCATTAATCTTATGGAGTTTGA

Intron 9 GTCTTTCCTT ... TTTTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.43	24	3.8	11
A2	11.54	23	2.4	3
A3	24.14	22	3.2	7
A4	10.43	18	2	2.2
A5	41.67	7	0.8	5
A6	17.19	53	1.2	11
A7	17.02	78	9.6	16
A8	21.71	101	9.2	28
A9	18.87	94.6	6	22
A10	10.91	49	4.2	6

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCGCATATGGTTTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTT
AATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTTGTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAAT
CTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTTGATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATATTGTGCATAAATTCTTGT
TTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAATCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTACTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATA
GTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTT
TGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATT
ACTTATTCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATCTGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGG
TAAAAACTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGT
TTTCCTTGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAATTATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAA
AATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGTCTTTGCTCTTCT
GATAAAATACCTTTTACCCTTAAATTTTAAGTATGTTCTGATGTTCCAATTTTGTACTTACATGTTGTTGGCTCTTTAAGGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGAGTAAGAAATGTATATAGTGAC
AGTCATAAGTTCCGAGGGAGGATCTGACAATCTGGCTAACATTACCATTTTATCCCTTGACAGTTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACGAATG
CTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTT
CCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCA
ATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGA
ATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCT
TCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCC

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCAACTCAAGCTTGGCAAAGgtctttccttgtataatgccacatctttgcattatttatgaacttgtaagaaccttaggcagagatcattaatgaaattaatttgggatgttttatacagATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCT
TACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGA
ACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTT
TCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTG
CCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCC

Intron 10 GTCTTTGCTC ... GCTCTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.4	11	10	12.4
A2	52.13	9	14	5.6
A3	50	12	13	11
A4	64.13	8	19	9.6
A5	-1	0	0	0
A6	47.53	18	20	12.6
A7	52.93	33	41	33.2
A8	42.9	49	47	26.7
A9	63.91	21	45	29.4
A10	45.79	28	26	21.5

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCGCATATGGTTTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTT
AATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTTGTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAAT
CTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTTGATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATATTGTGCATAAATTCTTGT
TTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAATCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTACTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATA
GTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTT
TGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATT
ACTTATTCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATCTGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGG
TAAAAACTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGT
TTTCCTTGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAATTATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAA
AATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGGCCTGTTCTTTGGG
TCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGATTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCA
ACCATCTGACAATGGACGAATGCTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGC
TTGTTAAGGAAAGCTTACAGTTCCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGA
ATGGAGCCACTTAGAACTTTCAATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAG
GCTCAAGCCCAACTTTCGCAGAATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCA
ATTATTTTGCTGCTGCCAGGCTTCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCC

>TRINITY_DN130943_c11_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTAGGGTGCTAATCTGAGTGGTAACACAATCCATTTTTATTAAGCTTTAACTGTATCAATCATATTTTTATTTCTCGCATATGGTTTAAGCTTATTTCTTGCTGTTTAAGTTCATTGCAAATACGTAACAACAATATAACAAATGTATTTTGGGTTGGATTACATGGACTTCAATACTTCACTTAACAATCTAAGACTT
AATTTGCTTAATGTTTTGCTTACAATCTCATGCATGTATTGTTAAACAATCTTTTGATTCAAGGAAAATTTTCCATAATTAACTTTGTTTATAATCTCTTGTCCGTTTAAATACATCTTTAAAGATTGATGAGCAAATCAAGGATAAAATCAGATTTAGTTTATAGCTGACTACTTCATAGTTAAATCTGATTTCATAAT
CTTCGTACTTGCTTTTACATGCAATAATAACATGGATGCTTTACTTGATTGATGAAATATATTTGATGGGATATTCACTGTTCTTTGATTTCATGTTATGTTCCAATTTCATGCCATCTTTTGGTTTAGGCAAAGAAATCATTGTGAGTAATAATAATCTTAGTGAGTTGTGCTTAATCATATTGTGCATAAATTCTTGT
TTTGCCACACAAAACACTTTAGCTCACTAATCTAAATCTACTCACAATCTTTCACAAGTAATCTAAGGAATCTTCAAATCACTTAATCAATCAAACAAACCTTAGTTAGTTTAAGGAATCCCCCCTTTAGTGTAGGATCATCTTTCCTCATTTAAAGTGAAGGGAAACTTTACTTAGGTGATAGTTATAAAGTTTCCATA
GTTGCACTTGGCTAGAACCTATTAGGAGACTTTGCCTTAGGGTGTTAGTTTTTGTGGCAATAGTCCCAATGGAACTTTTGTGCTATGCCCCACAAATATTGAAGTTAGAAGATATGATTGAAAATTTTCCAACTGCACAATTTCTTATGATACCACCACACACTGATAGTCTCAAACGTTTTGCTGCCAAGTCTTGCTTT
TGCCTTACCTCTATTTTGGAATGTAAATGTCCAGGAATTGCTCTTGTGATTTGATTTCAAGTGCTTGATTCAGTAGCAAGTGAAACCAAGGTTCAGATATGGGGCTGACGCTTCAGAAATGTGGCAATGCTTTTAGGAACCTCTTTGGATGTGACAGCCTTATTCTTATGGAGCTATTCTCTTCCTCATCGATGCATATT
ACTTATTCAGCTAGGTTGGCTTTGACATGCTTTTTGAAGGAGCCCAATTTTTTTGAAATTTGAAGCGTCTATCCACACTAGCCATCTGTCTAATTCAAGTAACTAATCTCTCTTAGCAATAAAATGTGCTAATAACTACATTGAAAAAGTTCAATTTTTTATGGCTGTCTGTTATTTCTTAAAAACTTTCTTCAAATGGG
TAAAAACTAAAAGTAGATTATCATCAAACATTCTATGGATTCAAGGATTTCATATTTGATGACAGTCGATTCAAATATCAATTTGGAGACAAACCATATTATCAATATGCTGCTTTAATTTTGGGAGAGATCGTGCCTTTCCTGAATACAAGGTGTGGCTGACAAAATTTTGGAATTTTGTTGTCCCGATGCTTTTGTGT
TTTCCTTGCTGTAGTTTGGGTCATATGTTAGCAGGGCCAAGGAATGTTATATTTTGGCCTTTATTATATTATAGATGCATTTTAATTATTACCTTCAAATGGAGATAAAGTGGTAATTGGTATAGACTCTTGTATTCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAA
AATCTGTCTGTCCAATTACAGGCCAAAACCTTGATACTTATGACTTGACTCAAAATGGTGTGAAGATTGGATTGGAAACAATTCTGCTCCTACCGTCATTTAAGAAGATTCCCAAACTTGAAGCTGTCTTTACAACAGTAGTATTCAACATTATTGAGTGCATAAGATTGCCTTCTTTAAGTGAAGgtctttgctcttct
gataaaataccttttacccttaaattttaagtatgttctgatgttccaattttgtacttacatgttgttggctctttaagGCCTGTTCTTTGGGTCATCGCATGTTGTACTTGCTTCTTCGAACCATGAGATGGATGTCACAACTGAAGATGGAGATCAAACGGAGGGAAATCATCAGAGTAAGAAATGTATATAGTGAC
AGTCATAAGTTCCGAGGGAGGATCTGACAATCTGGCTAACATTACCATTTTATCCCTTGACAGTTTTTTCTGGCCTTTGTCAAGTTCTTAACTTGACTGACTGTGGTTTGATTTGCACATCAACCTGTGATATTGAATGTATGTGTGAAGCGACACTTCCATGTTTTTATCTACTTCAACCATCTGACAATGGACGAATG
CTACTCCGAAGAATTGCTGCTTCCGAAGAGTTTTTACCTGTGCCAGATGCGGTTGAAGCGGGTACTGATGTATCAGCAGAATTGATAGACTCCATCAACTCAAGCTTGGCAAAGATGGGGTTTCATGATTATAACCCTCTACACCATGAGCGGGGTTACCACACAAAATTGAATTGGCTTGTTAAGGAAAGCTTACAGTT
CCGATCCATGACAATGCCAACACCAAAGTCAGTTGTTGAACTGGATTCACAGATCTATAGCCATAAAGCTGAGCAGGGGAAACTTCAACGAGATAACATTGGCATAGAAGTCCATGACAGAATGAAAATGTCACCTAGCCAATTTGTGAAGAAGCAGATTCCTAGTATTCTTGAAAGAATGGAGCCACTTAGAACTTTCA
ATAAGTTGAATATTAGTTTATCTCCGTCCACTTTTGAACCAGGAGATCAGCCAAAACATCGTTCCCAACATGCAGAAGCTCTTTCTGGATCCCAAACATCAAAGGGATTGATTGCTATGAAGAAGCCTCTGGTTCCTTTTCCACCATCTCAACTTCCTAGCCCAAGTTCAAGTCCAAGGCTCAAGCCCAACTTTCGCAGA
ATCAAGAGAACGAAAAACTAAGTCATTGGCCCGTTGCATCAAACACTAGTTCTGAAAATTGGCTTGCTTTTAAACTCTGCAGTGGCAACTAATCGTGCATATCAAATGCATATTAGTTAGAATCTAGTGTGTACACAGAAATATCTTACTTTGCTGCATGAATTTAAAATGATGTTCAATTATTTTGCTGCTGCCAGGCT
TCATTGAGGTCATGAACAATGGGAAATATTTTAGATCCCATTCTATTGAACCCTAATCAGATTAATAGTAGGGGAAGCCAAATCTGATCTGTTTGACAAAATCAATCC

Intron 11 GTATGTTGGA ... ATTTTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.5	19	24	18
A2	33.33	13	8	5
A3	34.55	18	9	10
A4	44.44	15	12	12
A5	47.06	9	8	8
A6	23.81	16	3	7
A7	28.89	16	10	3
A8	42.11	11	10	6
A9	33.33	13	8	5
A10	26.32	7	2	3

>TRINITY_DN108509_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

TGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGA
TCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAG
AATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTG
GAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATCTTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAG
AGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTCCGAAAGAAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAA
ATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTTCTTTTAAATTAACACCATTAATCTTATGGAGTTTGA

>TRINITY_DN108509_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTCTCTTCGATTTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAATCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATT
ACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGT
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CAGCCAAATGATTTTCTATCATGAACTCTTAAATATACTTAAAAGAAAACAATATGCTGTGATTTATCTTACTTGCTGTAAAGAGTGTCGAAAGAGCACTTTAGGATGGTAAATCTTAATTGAAGCAAAAGCCAAAGCACTATTGATACTTGACATTGGTTGAATGTGAAATCGAAAAGTGTCATGTTTAGGTACACTTT
TGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGgtatgttggaaaaaataaatggaagctattttctgttcagccaaacttccaagggttggagtaggcagtgctgcgttttggctgccagtt
actccaccaattgcttggtgctaactccctgattggaacaccatttttatagGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTA
TGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAG
GGACTTGCTGCAGCTTGTGCGATTTAATTGGAAAGTGAGATAACTCCCATTCTCTGCCTAAGATTTTCAAAGGTATCTGTGGGGAGTGGCTTGGTAAGAATGTATGTAATCTGATCTTTCGTGGCTACATATTCCAGTTTGATAACCTGATCTGCAACTTGTTCTCTTAAGAAGTGGTATTTAGTAGGAATGTGTTTTTT
CTTTGAATGCAGGACTGGAATCTTTGAAATGCTGATGGCACTTGTGTTATCACACAGTATGGGGATTGGCTCCTGGAAGAAGATCTGCATATCTTGTAGTGTCTGCTTCATCCATATGACCTGAGTGCAACATGCTGCAACTGCAATATATTTGGCTTCAGTAGTGGATAGAGAGATGGAAGACTGTTTCTTACTTAGCT
AGGAAACTAAACAGTTGCCAAGGAAAAATGCACATCCACTAGTGCTCTGCCTATCATCTACACATTCTTCCCAATCTGCATCAGAGTATGCTGTCAAAGAGAAATATTTGCCTCTGGGATACCATAGTCCATGATCCGAAGTGCCCTTCAGACACTTGAAAATTCTCTGTACTTCTTGAATATGATTTTCTCTAGGTGCA
GATTGAAATCTAGCTACTACTCCCACTACTTGCATTGCATCAGGCCTAGAAGCTGTCACATACAGTAGACTACCTATCATGGATCTGTACATCCTTTGGTCTACTTCCT