sp|P42795|RL111_ARATH ----> Large ribosomal subunit protein uL5z

Intron 1 GTTCTCAATA ... TTATTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.42	644.7	49.7	16
A2	1.24	878	62.3	11
A3	0.53	943.3	62.7	5
A4	0.73	681	40.7	5
A5	0.73	545	36	4
A6	0.07	7355	432.7	5
A7	0.1	5948.5	359.3	6
A8	0	3907	235	0
A9	0.07	5537.7	345	4
A10	0.04	5058.3	304.7	2

>TRINITY_DN106490_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

AGTGTTTTGCCTATGTCAAATATCAAACCTAGCCTTTTCACAAAATAATAGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGA
CGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGCAAGGTATACTGTGAG
GTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTACGATCCTTCAACTGGTA
TTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGT
AGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTAGATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGG
ACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGATGTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATT
TTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAATGGTCTTTATTTTTATTTTTAAGAATATTTATAAATCTTACCAGTACTATCTGTATGGAAG

>TRINITY_DN106490_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGTGTTTTGCCTATGTCAAATATCAAACCTAGCCTTTTCACAAAATAATAGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGA
CGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGgttctcaatattttcttctcttcttgagcttggcttcttgaagttttctgcgtatgctt
tctgtagggtttatatattctttagggttttaccatattgcagatttttccttcacgttttaaatcttgtgggttccgttgtttgctgattattgctagGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGGTATGTTTTGTATTTTATCCTACGAAAACCAAAATGATACGAAATGTCGGAACTCATG
ACGAGATCTTAAAATCCCAATATGAACTAGAAATTTCATAACTGATGAAGAGATCTTAAAAATCAAACGTGAACTAGGAAAATTCATAACGGATCAGGAGATCTTAAGAACCCAGAATGCTTTATTGGATTTCTGATTAAATTCGATTTTTGATTTTGATTGCCAGTGAACTTTATACACCAACTAGTTCAAAGCTGTTA
AAGATAAGCATACACATGAATATAAATGAAGTTGGCAGAGTTAATAACTGTGTCGTGTTAGTGGCCTGTCATGGTATTTTTCTGCGGGCATTGTTAGAAATCTCACTTGGGCTTTTACCATTTGTATGCAGCAAGGTATACTGTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAG
GAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTGAGTTCAGCATTTGCTTAATTTATATATCTGTGTGCACGTAGTGCTCATTTCTATATAGTGAAACGCTCTT
TCTTTAGGCCAAAGTACGATGAAACTCCGTATTGTGCACAAAGTAGTACAATTGGTTAAACGATGGCCCCTTTCTACTTTCTCTAGCAAACCTTTTATTGGGCCAGGCATACCTACCAGGGGTTGAAACCTGGGTAAATGTGGTGGTAAGCTTACCCACATGCGTGTTGGTAAGCATATCTAAATACCATTAAACGAACT
AAACAAAAAGCACAACTGTTTTATTTCTTTTATGGTAAAATCATTTTTTATTTGCCATATCGTCTCAAGTCATCTTGTTAGTATGACTGGCTTTAGTTGTTAAACATTTTGAGTCTGCTCTTTCTCAACTAGTGAAATTCCCTTTCATCAGACTGAGGGACGACGAAACTCATATTGTGTACTGCGTGCAACTGCATAAA
TGCAGCCCCTTGTCCACTTTATAGCAGGCTTTATTGGGCAAGGCATGCCTTCCGGGGATTGAACCTGGGTAAGTGTGGTGGGACGCTTACCCACGTTTGTGGTGGTAACCTTACCCACATTTGTGGTGGTATGCATATCTACATACCACTAAATGCACTAAATGACAACTTGATGGACTTACATGCGAA

Intron 2 GTGAGTTCAG ... TATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.08	496.7	86.3	104
A2	12.95	542	85.3	76
A3	13.7	642.7	79	125
A4	17.59	416	79.7	98
A5	16.12	296.7	48	66
A6	13.71	5520	637.7	1117
A7	12.8	4021	429	752
A8	14.59	3484.3	350.7	840
A9	13.6	4088.7	448	839
A10	13.31	3091	347.3	602

>TRINITY_DN43867_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTACGATCCTTCAAC
TGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCC
TTAGTAGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTAGATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTT
CAGGGACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGATGTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACAT
TTATTTTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAA

>TRINITY_DN43867_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAgtgagttcagcattt
gcttaatttatatatctgtgtgcacgtagtgctcatttctatatagtgaaacgctctttctttaggccaaagtacgatgaaactccgtattgtgcacaaagtagtacaattggttaaacgatggcccctttctactttctctagcaaaccttttattgggccaggcatacctaccaggggttgaaacctgggtaaatgtg
gtggtaagcttacccacatgcgtgttggtaagcatatctaaataccattaaacgaactaaacaaaaagcacaactgttttatttcttttatggtaaaatcattttttatttgccatatcgtctcaagtcatcttgttagtatgactggctttagttgttaaacattttgagtctgctctttctcaactagtgaaattccc
tttcatcagactgagggacgacgaaactcatattgtgtactgcgtgcaactgcataaatgcagccccttgtccactttatagcaggctttattgggcaaggcatgccttccggggattgaacctgggtaagtgtggtgggacgcttacccacgtttgtggtggtaaccttacccacatttgtggtggtatgcatatctac
ataccactaaatgcactaaatgacaacttgatggacttacatgcgaataatgtgacaactaaatgcactgaatgacaacttgatggacttacatgcgaataagttctacttatctcgatttcttttattgtaaaatcaattccattgctataatgagatattctcaagtcatcttgctagtatggtaggttttagttggt
aaacatttgagcctgcttgtttttattttacagGTACGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCA
TCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGTAGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTA
GATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGGACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGAT
GTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATTTTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAA

Intron 3 GTTTGTTCTT ... TTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.13	549	33	77
A2	12.97	658	41	112
A3	11.58	731	37	110.5
A4	13.18	504.5	16	90
A5	11.75	353.5	15	54.5
A6	11.58	5225	110	794.5
A7	11.92	4128.5	116	648
A8	11.86	2836.5	74	448
A9	11.05	4226.5	146	607.5
A10	11.98	3413.8	65	545

>TRINITY_DN126619_c1_g5_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGACGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAAC
TTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGCAAGGTATACTGTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTT
AGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTACGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGT
AGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGTAGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGA
TTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTAGATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGGACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGA
TTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGATGTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATTTTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAATGGT
CTTTATTTTTATTTTTAAGAATATTTATAAATCTTACCAGTACTATCTGTATGGAAGTCATGTTCTGCCCTGGATTTTGATCTTAGGTTTGCAGTGATTTTCTTGAAATCTGTCATGTGTCGATAGTGGAAGCACTGTTCTTTGCACCTTTTTCACAGGTTCTTTAGATCTATAGTTGGGCATTTTAGACTGGGCTGAAT
TTCTGTAGAGTGGATAATGAACTTGTTTGGTCTACTTGTATTAAATGTAATTATCTTTTACAATAGTTTCTGATCATCATAATACTATCTTAAATATGGACCATCAATGAGAAAAAAATGACTCATTAAAATATCTACCTATATTAGATTCTCTCACTCATATTCCACGAAACTTATGTTGGCTCATTCTCTTGCACTCA
GAATCCTTGGTAAAAGCTATAATGCTCTTGTGCTCTTGAATCTCAATGAGAGTGGTCCAACTTTAATTGCTCCTATGATGAATGCTGTGGATCTCTTTACAGTTTTCAGCTTTTGAATGTTATGTTAAGCATTGGAATCATTTACTTTTCTGTTTTAAGTTTAAATTTGGTGGAATGACAAGTGCTTAAGTTTGTCCAGT
TATAATTCATCATGGCTGACTTTACAATGTACACTAATGGTGCAACTGACAGCTTGAATATGCAAATACATATTTATAGGGCATCCGGCCTACGATACAGTGTTCAAAGGCATGCTATACCAAAAGTTTGGAAAAGGCATGCTTTTGACAAGAACAGAATTGCACAACAAAAGTGGTTGCTGGAATGTTGTCTCATTGTT
GTCTGGAGGGTTTGTTTGCTGCATGATTGATTCTGGCTTGAAAAGAGTTGCATTCTGGTAAATATCTCTTGAAATGGAGTGATCATGAAATTGTTGGTTCCGCATTTATTTGTTGACGGGTTGTCAGTGTTACATAGTAAAGGCATTCTGATTCGATTTGTATTGAAGCATATGCTGAAAGCACCTTTAATTTTGATTGT
GGTGATGTTTTACATTTTCTACATTTTAGCCTGTTGGGATTCTACAGTTAGGGCAACAGTTAGAAAGGGCAAGTTTATGTTCATTCATGTTGCAGGTCAGATTGAGGCGTTCAACTCTTTTAAGGCTGTTTGATTTAAATCGATTCTTTTAGGGCTATTTGTTTCAAATGTGGCAACACCCTCCTTTTTGTCGTGATAAT
GCCAAATTATTTTATCTACATTTTCTCCCCAAGTTCAATAAACTTAAATTGCATTACCCACACCAAAAGCATTGCCAATCTAGAAGTTGGT

>TRINITY_DN126619_c1_g5_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGACGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGgtttgttcttctcacc
caagtagttgctctccatgctgtttttgtttaagagggcttgcaacagttaggaggctaaaattgttatttaaaactgtatatttgcagcattattagttaactgttcctctatttctacctgagattttcatttcctgatattttcatcgctacgccaccattaagcgtttcattttaaggtcatgatgtctttgtttt
cagGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGC

Intron 4 GTAATGTATT ... TTTGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.25	44.5	2	5
A2	16.01	26.5	0	5
A3	23.76	48.3	1	15
A4	34.71	22.7	2	12
A5	0	19	0	0
A6	8.42	361.3	0.5	33
A7	14.76	266.8	4.5	46
A8	13.26	250.3	1	38
A9	14.35	204.3	0	34
A10	16.08	84.2	5	16

>TRINITY_DN46591_c1_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

CGTAGGTTCATGTGGTCATTTGAAGGTTATAATAGCTTGTTAAATATCTTGTACTTCACCTTGTTGAAATACAATGAGGGTTTTTCTCTCTACATGAAGCTTCTCGACTTCATTTTTTTTTTGTTTGGGAGAGTAGAGGGTTCGCTCTGCAACCCTAAAGGTTGAGAGCATAGATCGAAACCCTCGTGGCTCGCTCTTGC
TCAAGAAAATATTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAATGATGAGAGAATTTAACTATTGGTCTTACTTCGTACTGAACTCTCATGGCAGTGTTGGGGCTCTACGACCTTCAAGGTGATATATTTTCAAATCATGAAGGAGTTAACAGATCCGAGAAGACTCGAAGGGATGGGCCATGCTTCAACCCTTGG
TGTCACCCATAACACCGCTTCATAATACTTGAGTTCTACATCACAGTTGGTAGGTGTTACAACGATGGGGTTTGTCCATCGTGGATTCTATGTAAGTGTTTCTCATTAATGACCAGAACCATCACCTCGTTGTGCATGTTGCATAGGTTCATGTGGTAGTTAAAAGGTTTTAATAGCTTGTACTTCACCTCGTGGAAATA
CAACAAGTGTTTTTCCCTCTACAAGAAGCTTCTCCACTTCATTATTTTTTTGGTTTGGGAGAGCAGAGGGTTCTCTCTACAACCATGAAGGTTGAGAGCATAGCTCGAAACCCTCGTGGCTCTCTCTTGCTCAGTAAAACGTTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAATGATGAGAGAATTTAACTATTGG
TCTTACTTCGCACTGAGCTCTCATGGCAGCATTGGGGATCTACGGTCTTCAAGGTGATATATTTTCAAAGAATAAAAGAGTTAACAGAGCCGAGAAGACTCGAAGGGATAGGCCATGGTAATCCTCCCTCCCTTAGACCGTTAATAGTTGACGTTGAAGTATTTTCACTATCTAAGCTTTGTGTGAGCTCAGTATTTCAG
AGTCTCTGTAAATTTCATGAGTATCATAAATAAAATTATTCAGGTATTTTGCTTTCCTTTTTCGTGTCTCCTTTGTCATCAGAGTTCTCTACATTGCTTATCATTTACATCGTGGTTCTTTTCTTGTTAATAGAAGAGCCTTCATGCTCTTAATGCCTCTATTATCATGGCGTTTATAAATCTCGTATACATTTATTGTT
TATTATTTCATACAAAGGGTTTTAACCCTGTACGTTTGACCTTTTTATTTGAATATTGTCATCAACAAACCTCTGCGAGGGTTTTAAATATGTGTTAATACATGATAATGATTATGCAATCATTTTCTTTA

>TRINITY_DN46591_c1_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGGGATCTACGGTCTTCAAGgtaatgtattatttttatactgtattgttattcatttatatttatttttcctcttagctcgtgggtaagcactaacgcccatcttaaacgttttgttgtagGTGATATATTTTCAAAGAATAAAAGAGTTAACAGAGCCGAGAAGACTCGAAGGGATAGGCCATGGTAATCCTCCCTCC
CTTAGACCGTTAATAGTTGACGTTGAAGTATTTTCACTATCTAAGCTTTGTGTGAGCTCAGTATTTCAGAGTCTCTGTAAATTTCATGAGTATCATAAATAAAATTATTCAGGTATTTTGCTTTCCTTTTTCGTGTCTCCTTTGTCATCAGAGTTCTCTACATTGCTTATCATTTACATCGTGGTTCTTTTCTTGTTAAT
AGAAGAGCCTTCATGCTCTTAATGCCTCTATTATCATGGCGTTTATAAATCTCGTATACATTTATTGTTTATTATTTCATACAAAGGGTTTTAACCCTGTACGTTTGACCTTTTTATTTGAATATTGTCATCAACAAACCTCTGCGAGGGTTTTAAATATGTGTTAATACATGATAATGATTATGCAATCATTTTCTTTA

Intron 5 GTAAGCCTCC ... TTGTCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.76	5	24	21
A2	100	0	8	7
A3	76.92	9	30	1
A4	80	3	12	6
A5	89.47	2	17	2
A6	84.2	88	469	41
A7	81.85	55	248	32
A8	79.62	65	254	39
A9	81.88	56	253	19
A10	75.83	29	91	15

>TRINITY_DN43099_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TGCATACCACGTAGGTTCATGTGGTCATTTGAAGGTTATAATAGCTTGTTAAATATCTTGTACTTCACCTTGTTGAAATACAATGAGGGTTTTTCTCTCTACATGAAGCTTCTCGACTTCATTTTTTTTTTGTTTGGGAGAGTAGAGGGTTCGCTCTGCAACCCTAAAGGTTGAGAGCATAGATCGAAACCCTCGTGGCT
CGCTCTTGCTCAAGAAAATATTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAACGATGAGAGAATTTAACTATTGGTCTTACTTCGTACTGAACTCTCATGGCAGTGTTGGGGCTCTACGACCTTCAAGGTGATATATTTTCAAATCATGAAGGAGTTAACAGATCCGAGAAGACTCGAAGGGATGGGCCATGAGTT
CTTTACATTGCTTATCGTTTTCATCGTGGTGCTTTTCCTATTAATAGCAGATCCTTCGTGCTCTTAATGCCTATGTTATCATGGCGTTTATAACTCTCGTATACATTTCTTGTTTATTATTGCATATTAAGGGTTTTAACCTTGTAATGTTGCAGTATGAATACGACTGTACGTTTGACCCTTTTATTTAAAAATTGTTA
TCAACAAACCTCTGTGATGGTTTTAACTCTATGTTAATACATGATAATGATTATGCA

>TRINITY_DN43099_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGCATACCACGTAGGTTCATGTGGTCATTTGAAGGTTATAATAGCTTGTTAAATATCTTGTACTTCACCTTGTTGAAATACAATGAGGGTTTTTCTCTCTACATGAAGCTTCTCGACTTCATTTTTTTTTTGTTTGGGAGAGTAGAGGGTTCGCTCTGCAACCCTAAAGGTTGAGAGCATAGATCGAAACCCTCGTGGCT
CGCTCTTGCTCAAGAAAATATTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAACGATGAGAGAATTTAACTATTGGTCTTACTTCGTACTGAACTCTCATGGCAGTGTTGGGGCTCTACGACCTTCAAGGTGATATATTTTCAAATCATGAAGGAGTTAACAGATCCGAGAAGACTCGAAGGGATGGGCCATGgtaa
gcctccctcactcatactgttaatcattggaggtcgattcaagtattatgttgaagtcttttcgctttctacgctctatgtgagctcaagatttcagattctctgtaaatttcatgagtatcataaataaaattattcaggcattttgtttccctttttcacggctcctttgtcatcagAGTTCTTTACATTGCTTATCG
TTTTCATCGTGGTGCTTTTCCTATTAATAGCAGATCCTTCGTGCTCTTAATGCCTATGTTATCATGGCGTTTATAACTCTCGTATACATTTCTTGTTTATTATTGCATATTAAGGGTTTTAACCTTGTAATGTTGCAGTATGAATACGACTGTACGTTTGACCCTTTTATTTAAAAATTGTTATCAACAAACCTCTGTGA
TGGTTTTAACTCTATGTTAATACATGATAATGATTATGCA

Intron 6 GTATGTTTTG ... TTGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.63	583	3.8	92
A2	12.16	744.3	7.8	103
A3	12.68	819.4	3.3	119
A4	11.56	565.9	3	74
A5	12.25	487	1.5	68
A6	10.99	6529.6	3	806
A7	10.37	5220.8	5.5	604
A8	10.99	3456.3	0	427
A9	11.96	4798.5	3.5	652
A10	9.88	4158.6	2.5	456

>TRINITY_DN106490_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

AGTGTTTTGCCTATGTCAAATATCAAACCTAGCCTTTTCACAAAATAATAGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGA
CGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGCAAGGTATACTGTGAG
GTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTACGATCCTTCAACTGGTA
TTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGT
AGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTAGATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGG
ACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGATGTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATT
TTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAATGGTCTTTATTTTTATTTTTAAGAATATTTATAAATCTTACCAGTACTATCTGTATGGAAG

>TRINITY_DN106490_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGTGTTTTGCCTATGTCAAATATCAAACCTAGCCTTTTCACAAAATAATAGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGA
CGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGGTTCTCAATATTTTCTTCTCTTCTTGAGCTTGGCTTCTTGAAGTTTTCTGCGTATGCTT
TCTGTAGGGTTTATATATTCTTTAGGGTTTTACCATATTGCAGATTTTTCCTTCACGTTTTAAATCTTGTGGGTTCCGTTGTTTGCTGATTATTGCTAGGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGgtatgttttgtattttatcctacgaaaaccaaaatgatacgaaatgtcggaactcatg
acgagatcttaaaatcccaatatgaactagaaatttcataactgatgaagagatcttaaaaatcaaacgtgaactaggaaaattcataacggatcaggagatcttaagaacccagaatgctttattggatttctgattaaattcgatttttgattttgattgccagtgaactttatacaccaactagttcaaagctgtta
aagataagcatacacatgaatataaatgaagttggcagagttaataactgtgtcgtgttagtggcctgtcatggtatttttctgcgggcattgttagaaatctcacttgggcttttaccatttgtatgcagCAAGGTATACTGTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAG
GAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTGAGTTCAGCATTTGCTTAATTTATATATCTGTGTGCACGTAGTGCTCATTTCTATATAGTGAAACGCTCTT
TCTTTAGGCCAAAGTACGATGAAACTCCGTATTGTGCACAAAGTAGTACAATTGGTTAAACGATGGCCCCTTTCTACTTTCTCTAGCAAACCTTTTATTGGGCCAGGCATACCTACCAGGGGTTGAAACCTGGGTAAATGTGGTGGTAAGCTTACCCACATGCGTGTTGGTAAGCATATCTAAATACCATTAAACGAACT
AAACAAAAAGCACAACTGTTTTATTTCTTTTATGGTAAAATCATTTTTTATTTGCCATATCGTCTCAAGTCATCTTGTTAGTATGACTGGCTTTAGTTGTTAAACATTTTGAGTCTGCTCTTTCTCAACTAGTGAAATTCCCTTTCATCAGACTGAGGGACGACGAAACTCATATTGTGTACTGCGTGCAACTGCATAAA
TGCAGCCCCTTGTCCACTTTATAGCAGGCTTTATTGGGCAAGGCATGCCTTCCGGGGATTGAACCTGGGTAAGTGTGGTGGGACGCTTACCCACGTTTGTGGTGGTAACCTTACCCACATTTGTGGTGGTATGCATATCTACATACCACTAAATGCACTAAATGACAACTTGATGGACTTACATGCGAA

Intron 7 GTAATCCTCC ... TATTTCAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.16	2	26	21
A2	85.71	2	13	11
A3	89.47	3	37	14
A4	88.24	3	24	21
A5	100	0	21	22
A6	84.51	56	360	251
A7	84.64	41	267	185
A8	93.06	18	281	202
A9	86.12	29	214	146
A10	93.26	6	96	70

>TRINITY_DN42935_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ATACCACGTAGGTTCATGTGGTCATTTGAAGGTTATAATAGCTTGTTAAATATCTTGTACTTCACCTTGTTGAAATACAATGAGGGTTTTTCTCTCTACATGAAGCTTCTCGACTTCATTTTTTTTTTGTTTGGGAGAGTAGAGGGTTCGCTCTGCAACCCTAAAGGTTGAGAGCATAGATCGAAACCCTCGTGGCTCGC
TCTTGCTCAAGAAAATATTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAAAGATGAGAGAATTTAACTATTGGTCTTACTTCGTACTGAACTCTCATGGCAGTGTTGGGGCTCTACGACCTTCAAGGTGATATATTTTCAAATCATGAAGGAGTTAACAGATCCGAGAAGACTCGAAGGGATGGGCCATGGTAAGCC
TCCCTCACTCATACTGTTAATCATTGGAGGTCGATTCAAGTATTATGTTGAAGTCTTTTCGCTTTCTACGCTCTATGTGAGCTCAAGATTTCAGATCTTACTTCGCACTGAGCTCTCATGGCAGCATTGGGGATCTACGGTCTTCAAGGTGATATATTTTCAAAGAATAAAAGAGTTAACAGAGCCGAGAAGACTCGAAG
GGATAGGCCATGTCTCTGTAAATTTCATGAGTATCATAAATAAAATTATTCAGGCATTTTGTTTCCCTTTTTCACGGCTCCTTTGTCATCAGAGTTCTTTACATTGCTTATCGTTTTCATCGTGGTGCTTTTCCTATTAATAGCAGATCCTTCGTGCTCTTAATGCCTATGTTATCATGGCGTTTATAACTCTCGTATAC
ATTTCTTGTTTATTATTGCATATTAAGGGTTTTAACCTTGTAATGTTGCAGTATGAATACGACTGTACGTTTGACCCTTTTATTTAAAAATTGTTATCAACAAACCTCTGTGATGGTTTTAACTCTATGTTAATACATGATAATGATTATGC

>TRINITY_DN42935_c0_g1_i13 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATACCACGTAGGTTCATGTGGTCATTTGAAGGTTATAATAGCTTGTTAAATATCTTGTACTTCACCTTGTTGAAATACAATGAGGGTTTTTCTCTCTACATGAAGCTTCTCGACTTCATTTTTTTTTTGTTTGGGAGAGTAGAGGGTTCGCTCTGCAACCCTAAAGGTTGAGAGCATAGATCGAAACCCTCGTGGCTCGC
TCTTGCTCAAGAAAATATTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAAAGATGAGAGAATTTAACTATTGGTCTTACTTCGTACTGAACTCTCATGGCAGTGTTGGGGCTCTACGACCTTCAAGGTGATATATTTTCAAATCATGAAGGAGTTAACAGATCCGAGAAGACTCGAAGGGATGGGCCATGTGTTAAT
ACTATAGCTTCAACCCTTGGTGTCACCCATAACACCGCTTCATAATACTTGAGTTCTACATCACAGTTGGTAGGTGTTACAACGATGGGGTTTGTCCATCGTGGATTCTATGTAAGTGTTTCTCATTAATGACCAGAACCATCACCTCGTTGTGCATGTTGCATAGGTTCATGTGGTAGTTAAAAGGTTTTAATAGCTTG
TACTTCACCTCGTGGAAATACAACAAGTGTTTTTCCCTCTACAAGAAGCTTCTCCACTTCATTATTTTTTTGGTTTGGGAGAGCAGAGGGTTCTCTCTACAACCATGAAGGTTGAGAGCATAGCTCGAAACCCTCGTGGCTCACTCTTGCTCAGTAAAACGTTGCTCTCTTCAAACTCTAGTATGAGCGAAGGTAAATGA
TGAGAGAATTTAACTATTGGTCTTACTTCGCACTGAGCTCTCATGGCAGCATTGGGGATCTACGGTCTTCAAGGTGATATATTTTCAAAGAATAAAAGAGTTAACAGAGCCGAGAAGACTCGAAGGGATAGGCCATGgtaatcctccctcccttagaccgttaatagttgacgttgaagtattttcactatctaagcttt
gtgtgagctcagtatttcagagTCTCTGTAAATTTCATGAGTATCATAAATAAAATTATTCAGGCATTTTGTTTCCCTTTTTCACGGCTCCTTTGTCATCAGAGTTCTTTACATTGCTTATCGTTTTCATCGTGGTGCTTTTCCTATTAATAGCAGATCCTTCGTGCTCTTAATGCCTATGTTATCATGGCGTTTATAAC
TCTCGTATACATTTCTTGTTTATTATTGCATATTAAGGGTTTTAACCTTGTAATGTTGCAGTATGAATACGACTGTACGTTTGACCCTTTTATTTAAAAATTGTTATCAACAAACCTCTGTGATGGTTTTAACTCTATGTTAATACATGATAATGATTATGC

Intron 8 GTGAGTTCAA ... TGCTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.42	458	9	71
A2	11.77	517	5	69
A3	11.48	632	3	82
A4	15.47	399	2	73
A5	16.52	283	1	56
A6	14.29	5253	12	876
A7	13.64	3848	7	608
A8	15.58	3354	7	619
A9	13.55	3943	5	618
A10	12.93	2964	7	440

>TRINITY_DN126619_c1_g5_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGGTTTACTACTCTCATGTATTTAAAGAGTCAGGTTAGGGTTTTGAAACGTTATGCGAGGCTCTGGGCGGCGGTATCAGCAGAGGCAAGGGCGGGAGAAGCAGAGCATCATCCGAAATGGCGGCGGAGAAGAAACTAAACAATCCCATGAGGGAAATCAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAATATATCAGTCGGTGAGAG
TGGTGATCGACTCACTCGAGCATCAAAGGTGTTGGAGCAACTCAGTGGGCAGACTCCAGTCTTTTCCAAGGCAAGGTATACTGTAAGGTCCTTCGGTATCAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGCTATGTTACTGTTAGGGGAGAGAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGTCTGAAAGTGAAAGAATATGAGTTACTCA
GAAGGAACTTTAGTGATACAGGTTGCTTTGGTTTTGGAATTCAAGAGCACATTGATCTGGGAATCAAGTATGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGTCCTGGATACAGAGTCGGCAGGAGAAAGAGAGCTCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCC
ATGAAGTGGTTTCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTGAACGAGCAGCCTTGGTATGTTTTTGTTTAAGAGTAGTCTTGGCTTGGTTTAATAGATGGACAGAACAATCCATCATGTAGCCTTGGCAAGAGTAGTGTCAGCTTGGTGCACCATTTCTGCTGACAGCTAAAGGAACCAACT
TTCTACCTCATATAGATTCATCTCATTTAAAGAGATTTTGAAGTGATGATTATTTTTACTTAAAGATTTTTTTTGTAGCTTGTGTTTAGATCACCTTGTTCCTAAAAGTTCAAGACATGCACTCTTAATTGAACATGTGCATTGGATTTTGAACAGAGAGATTATTACCTGTGTTTAATGGATGGATGTAATATTCCTTA
CCGTTTATCAAAATTTTAGGTGGTTGCTACCTAACGGTCATTTTATGTTTCAAGTGTTCTGCTTTGGGACATTTGTTTTTGATCATGTGTGTTGATGCCTAACCCTAAAGTTATGCTTTGTTTTAATGGGGGTTTTTGAGCACTGATAATCAGGTGTTTAGAAGTGACTCTATCCTAGACTTTTAGTTTTAGTTTGCTTT
CCTTTATGAAGTCCC

>TRINITY_DN126619_c1_g5_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGAAAGTGAAAGAATATGAGTTACTCAGAAGGAACTTTAGTGATACAGGTTGCTTTGGTTTTGGAATTCAAGAGCACATTGATCTGGGAATCAAgtgagttcaacagatgcctgacttttatctgtttgcaagttgtgctttcagtatggcctctctggatgctttcagtatctgggaaatttaattctagtgtgata
tggacttaatctcaggttattgtgctagtatgaagtagtagtgcttcaatactggcattcttgattgtgtttgttgtaaaatgttattttcatttgtgataattagattattttgagttattttgctaggctttagtttgtaaacatttgtctgcttgttttgctttacagGTATGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTA
TGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGTCCTGGATACAGAGTCGGCAGGAGAAAGAGAGCTCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCCATGAAGTGGTTTCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTGAACGAGCAGCCTTGGTATGTTTTTGTTTAAGAGTAGT
CTTGGCTTGGTTTAATAGATGGACAGAACAATCCATCATGTAGCCTTGGCAAGAGTAGTGTCAGCTTGGTGCACCATTTCTGCTGACAGCTAAAGGAACCAACTTTCTACCTCATATAGATTCATCTCATTTAAAGAGATTTTGAAGTGATGATTATTTTTACTTAAAGATTTTTTTTGTAGCTTGTGTTTAGATCACCT
TGTTCCTAAAAGTTCAAGACATGCACTCTTAATTGAACATGTGCATTGGATTTTGAACAGAGAGATTATTACCTGTGTTTAATGGATGGATGTAATATTCCTTACCGTTTATCAAAATTTTAGGTGGTTGCTACCTAACGGTCATTTTATGTTTCAAGTGTTCTGCTTTGGGACATTTGTTTTTGATCATGTGTGTTGAT
GCCTAACCCTAAAGTTATGCTTTGTTTTAATGGGGGTTTTTGAGCACTGATAATCAGGTGTTTAGAAGTGACTCTATCCTAGACTTTTAGTTTTAGTTTGCTTTCCTTTATGAAGTCCC

Intron 9 GTGAGTTCAG ... CTTTCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.04	93.1	86.1	9
A2	51.48	80.1	85	5
A3	45.41	94.4	78.5	18
A4	47.71	87.1	79.5	11
A5	52.75	43	48	5
A6	47.63	698.9	635.5	41
A7	46.38	495.4	428.5	38
A8	44.91	428.1	349	54
A9	45.86	526.5	446	47.3
A10	46.06	406.4	347	24

>TRINITY_DN106490_c0_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

AGTGTTTTGCCTATGTCAAATATCAAACCTAGCCTTTTCACAAAATAATAGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGA
CGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGCAAGGTATACTGTGAG
GTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAACTGAGGGACGACGAAACTC
ATATTGTGTACTGCGTGCAACTGCATAAATGCAGCCCCTTGTCCACTTTATAGCAGGCTTTATTGGGCAAGGCATGCCTTCCGGGGATTGAACCTGGGTACGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGC
ATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGTAGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAG
AGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTAGATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGGACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAG
TAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGATGTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATTTTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAATGGTCTTTATTTTTATTTTTAAGAATATTTATAAATCT
TACCAGTACTATCTGTATGGAAG

>TRINITY_DN106490_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGTGTTTTGCCTATGTCAAATATCAAACCTAGCCTTTTCACAAAATAATAGAATAGAAAAAAAACCTAACCTATCCAAAATCAAAAGAAAAAAAACCCTAATTGAAATCGACTGATATACCTAGTAGAGGAACTTTAGGTTAGGCCGTGTTGCAGCAGGCGAGATCGGGTTTGAGGCAGAGCCATAAGCGGCAGCAGAGA
CGGCAATCGGCGGGAACCAGCAAAGGAGAAATGGCAGCGGAGAAGAAACTTAACAACCCCATGCGGGAAATTAAGGTGCAGAAGTTGGTGCTCAACATATCAGTTGGCGAGAGTGGTGATCGACTCACTCGAGCTTCCAAGGTTCTCAATATTTTCTTCTCTTCTTGAGCTTGGCTTCTTGAAGTTTTCTGCGTATGCTT
TCTGTAGGGTTTATATATTCTTTAGGGTTTTACCATATTGCAGATTTTTCCTTCACGTTTTAAATCTTGTGGGTTCCGTTGTTTGCTGATTATTGCTAGGTGTTGGAGCAACTGAGTGGTCAGACTCCAGTGTTTTCCAAGGGTATGTTTTGTATTTTATCCTACGAAAACCAAAATGATACGAAATGTCGGAACTCATG
ACGAGATCTTAAAATCCCAATATGAACTAGAAATTTCATAACTGATGAAGAGATCTTAAAAATCAAACGTGAACTAGGAAAATTCATAACGGATCAGGAGATCTTAAGAACCCAGAATGCTTTATTGGATTTCTGATTAAATTCGATTTTTGATTTTGATTGCCAGTGAACTTTATACACCAACTAGTTCAAAGCTGTTA
AAGATAAGCATACACATGAATATAAATGAAGTTGGCAGAGTTAATAACTGTGTCGTGTTAGTGGCCTGTCATGGTATTTTTCTGCGGGCATTGTTAGAAATCTCACTTGGGCTTTTACCATTTGTATGCAGCAAGGTATACTGTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAG
GAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAgtgagttcagcatttgcttaatttatatatctgtgtgcacgtagtgctcatttctatatagtgaaacgctctt
tctttaggccaaagtacgatgaaactccgtattgtgcacaaagtagtacaattggttaaacgatggcccctttctactttctctagcaaaccttttattgggccaggcatacctaccaggggttgaaacctgggtaaatgtggtggtaagcttacccacatgcgtgttggtaagcatatctaaataccattaaacgaact
aaacaaaaagcacaactgttttatttcttttatggtaaaatcattttttatttgccatatcgtctcaagtcatcttgttagtatgactggctttagttgttaaacattttgagtctgctctttctcaactagtgaaattccctttcatcagACTGAGGGACGACGAAACTCATATTGTGTACTGCGTGCAACTGCATAAA
TGCAGCCCCTTGTCCACTTTATAGCAGGCTTTATTGGGCAAGGCATGCCTTCCGGGGATTGAACCTGGGTAAGTGTGGTGGGACGCTTACCCACGTTTGTGGTGGTAACCTTACCCACATTTGTGGTGGTATGCATATCTACATACCACTAAATGCACTAAATGACAACTTGATGGACTTACATGCGAA

Intron 10 GTAAGTGTGG ... TATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.02	122	21	104
A2	48.41	81	5	76
A3	43.86	160	20	125
A4	48.28	105	8	98
A5	48.18	71	7	66
A6	44.52	1392	66	1117
A7	43.66	970.3	47.8	752
A8	44.63	1042	71.5	840
A9	44.7	1038	40.3	839
A10	44.89	739	35	602

>TRINITY_DN43867_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAACTGAGGGACGACGA
AACTCATATTGTGTACTGCGTGCAACTGCATAAATGCAGCCCCTTGTCCACTTTATAGCAGGCTTTATTGGGCAAGGCATGCCTTCCGGGGATTGAACCTGGGTACGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTG
TTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCATCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGTAGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTT
TGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTAGATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGGACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAA
TAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGATGTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATTTTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAA

>TRINITY_DN43867_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGAGGTCCTTTGGAATTAGGCGAAATGAAAAGATTGCCTGTTACGTCACTGTTAGAGGAGAAAAGGCTCTTCAGCTTTTGGAGAGTGGGCTGAAAGTGAAGGAATATGAGTTGCTCCGAAGGAACTTTAGCGACACAGGGTGCTTCGGTTTTGGGATTCAGGAGCACATTGATCTGGGCATCAAGTGAGTTCAGCATTT
GCTTAATTTATATATCTGTGTGCACGTAGTGCTCATTTCTATATAGTGAAACGCTCTTTCTTTAGGCCAAAGTACGATGAAACTCCGTATTGTGCACAAAGTAGTACAATTGGTTAAACGATGGCCCCTTTCTACTTTCTCTAGCAAACCTTTTATTGGGCCAGGCATACCTACCAGGGGTTGAAACCTGGGTAAATGTG
GTGGTAAGCTTACCCACATGCGTGTTGGTAAGCATATCTAAATACCATTAAACGAACTAAACAAAAAGCACAACTGTTTTATTTCTTTTATGGTAAAATCATTTTTTATTTGCCATATCGTCTCAAGTCATCTTGTTAGTATGACTGGCTTTAGTTGTTAAACATTTTGAGTCTGCTCTTTCTCAACTAGTGAAATTCCC
TTTCATCAGACTGAGGGACGACGAAACTCATATTGTGTACTGCGTGCAACTGCATAAATGCAGCCCCTTGTCCACTTTATAGCAGGCTTTATTGGGCAAGGCATGCCTTCCGGGGATTGAACCTGGgtaagtgtggtgggacgcttacccacgtttgtggtggtaaccttacccacatttgtggtggtatgcatatctac
ataccactaaatgcactaaatgacaacttgatggacttacatgcgaataatgtgacaactaaatgcactgaatgacaacttgatggacttacatgcgaataagttctacttatctcgatttcttttattgtaaaatcaattccattgctataatgagatattctcaagtcatcttgctagtatggtaggttttagttggt
aaacatttgagcctgcttgtttttattttacagGTACGATCCTTCAACTGGTATTTATGGTATGGACTTCTTTGTAGTCCTAGAGCGCCCAGGATACAGAGTAGGCAGGAGAAAGAGAGCCCAATCCCGTGTTGGCATTCAGCACAGGGTTACCAAGGAAGATTCTATGAAGTGGTTCCAAGTTAAATATGAAGGAGTCA
TCCTTAACAAGTCACACAATATTTAAATGAGTAGTTTTGGTACGTTCCTTAGTAGTAGTCATGGCTTGGTTTGCCACTTCTGTTGATACCTAAAGGAAGGGATTTTCCCTCCTATAGGTTCACATGTCTTTTGGAGAGATTTTTGGAAGGGCGGATTATTTTTATTTGCAGGAAACTATTGTACTTTTTTTTAGTGTTTA
GATGTTTTGTTGCATGCAAAGTTCAAGGCCATGCTTCCTTGTTAAGTTCAGGGACATACTCTCCTATTTGAAAATTTGTTTTCGATTTTGAAGTGGAAGAGATTAACATCAATGTTGGATTTAAACAAAAATAGAGTAACACATAATATTTAATGGATGGATGTAACATTCCATTACATTTTTTAAAATTTTAGGTTGAT
GTGCTATCTGAAGTCCCTGACTTGTGTAAGTGTTCTGCTTTGTTACATTTATTTTGGGTCATCTTCTTGTTATCCTCAATGACACGTTTTCTTTTTAA