sp|Q9LQI7|CIA30_ARATH ----> Probable complex I intermediate-associated protein 30

Intron 1 GTAAGTTGGG ... TATTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.09	29	2.6	15
A2	21.05	30	2.5	8
A3	17.78	37	0	8
A4	23.4	36	2	11
A5	19.23	21	2	5
A6	23.85	198	0.6	62
A7	23.11	193	0	58
A8	24.92	238	1.9	79
A9	27.27	200	2.5	75
A10	27.1	156	0	58

>TRINITY_DN114568_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GTAAATGGGAGTCAGCAGTTTGGCTTTGATCCACACACTTCCATCTATAACCACTCTATGTATTTTCAGAATAATCATTATCATGGAAGTTGGAAGATCTAGCCCCACCTACTGAGCTACGCATATTTAGTTTTCAAACAAAGGATGATTTAAGAAGATGGAACTTGTATGCTGACTCTGAGTATGGTGGTTTATCTTCT
GCTTCTTTGGAAATTAAAGGCACTGATGAACAAGCAACTGGCGTTTTCTCAGGTAACCTATTTACAGAGATGTCACAAGATTCCAGATGTGTAATGAATCGTAGTGGGTTTTGTGGGATGCGATCTACACAGTTTGAAGGCTACCTTGATTTGGACCCATATAATACCTTAGCTTTACGGGTTAGAGGAGATGGACGCTG
CTACATATCAACTATACATACAGAGAACTGGGTTAATATGCCTGGCGGAACAGAAAACAATACTTGGCAAGCCTTTGTCTTCATACCTAAAGGTTATTGGTATGTAGCTAGGATTCCTCTTTCTCGTTATTTGCCAACTTGGAGAGGGAATGTTATGGATTCAAAGCTTGAGATGAATCCTTCACGCATTGTTGGAATGT
CACTATCAGTTAATGCAGAAGGTGGTCCACAAGGAGCTGTTATTGGACCAGGTGAATTCAGACTTGAATTGGATTGGATTAAGGCCTTGAGAACACCTTGAAGTTTATATCAAAGTTTTTTGGGGCCCACACTTGAGAGTTTGAATTACACAGATTAGCAACATATGTAACATAGCCATTGGGTCCTTACATATAGCTTT
AATAATAAATTGATTCCTTGGAATTCATTTCATTATGGAAAAAATTATATGTAGAAGCTATCTATTCAATAATACAACTAGCATCTAGGGAAGGCAATTTTTCAAGTCTATTGCGATTCACAAACTTCTGATCAATGTATTATTGAAAAGTTGTCAATGAGTGTTTTATGCATTGCGCTTGAT

>TRINITY_DN114568_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAGGTTATTGGTATGTAGCTAGGgtaagttgggattctttagtactattttcgatattaacaaagagatacatggtgcgatttctgtttactagtagtggcatccttgggtagtgcatggtattattgccttttttagatcaacttagtgggaaggtggagctgtaaatgttttgctagaaatgatttcctatgccataa
atcttaacaattgtctatatttttagccctgcaatagtatttgcgttgtttattttgaagtgcttatcatggctaacattagtgaattgtttgtgcataatatactattttgaagATTCCTCTTTCTCGTTATTTGCCAACTTGGAGAGGGAATGTTATGGATTCAAAGCTTGAGATGAATCCTTCACGCATTGTTGGAA
TGTCACTATCAGTTAATGCAGAAGGTGGTCCACAAGGAGCTGTTATTGGACCAGGTGAATTCAGACTTGAATTGGATTGGATTAAGGCCTTGAGAACACCTTGAAGTTTATATCAAAGTTTTTTGGGGCCCACACTTGAGAGTTTGAATTACACAGATTAGCAACATATGTAACATAGCCATTGGGTCCTTACATATAGC
TTTAATAATAAATTGATTCCTTGGAATTCATTTCATTATGGAAAAAATTATATGTAGAAGCTATCTATTCAATAATACAACTAGCATCTAGGGAAGGCAATTTTTCAAGTCTATTGCGATTCACAAACTTCTGATCAATGTATTATTGAAAAGTTGTCAATGAGTGTTTTATGCATTGCGCTTGAT

Intron 2 GTAACCTATT ... ATCTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.25	22.5	38	54.3
A2	81.93	8	36	31.3
A3	54.03	42.8	40	60.5
A4	62.38	28	41	51
A5	71.31	4	7	13
A6	64.89	99.5	171	195.8
A7	69.55	72.3	155	170
A8	59.15	104.8	139	163.8
A9	65.36	87	157	169.5
A10	69.72	47.8	113	98

>TRINITY_DN114568_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

TTATCTTCTGCTTCTTTGGAAATTAAAGGCACTGATGAACAAGCAACTGGCGTTTTCTCAGTTTGAAGGCTACCTTGATTTGGACCCATATAATACCTTAGCTTTACGGGTTAGAGGAGATGGACGCTGCTACATATCAACTATACATACAGAGAACTGGGTTAATATGCCTGGCGGAACAGAAAACAATACTTGGCAAG
CCTTTGTCTTCATACCTAAAGGTTATTGGTATGTAGCTAGGATTCCTCTTTCTCGTTATTTGCCAACTTGGAGAGGGAATGTTATGGATTCAAAGCTTGAGATGAATCCTTCACGCATTGTTGGAATGTCACTATCAGTTAATGCAGAAGGTGGTCCACAAGGAGCTGTTATTGGACCAGGTGAATTCAGACTTGAATTG
GATTGGATTAAGGCCTTGAGAACACCTTGAAGTTTATATCAAAGTTTTTTGGGGCCCACACTTGAGAGTTTGAATTACACAGATTAGCAACATATGTAACATAGCCATTGGGTCCTTACATATAGCTTTAATAATAAATTGATTCCTTGGAATTCATTTCATTATGGAAAAAATTATATGTAGAAGCTATCTATTCAATA
ATACAACTAGCATCTAGGGAAGGCAATTTTTCAAGTCTATTGCGATTCACAAACTTCTGATCAATGTATTATTGAAAAGTTGTCAATGAGTGTTTTATGCATTGCGCTTGAT

>TRINITY_DN114568_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAATGCACAGATCCCACCCTGTAGTCTCAGCGAACACAAGATCCGTTACTATCAACTAATTTCAGAGCCTGACTACGGCTGAACATTATTGGAGATGTCTAGGTTGCGAGCACTATGGCAAGCTGCTTCTAACGCCTCAAAGAAAGCATTATCATGGAAGTTGGAAGATCTAGCCCCACCTACTGAGCTACGCATATTT
AGTTTTCAAACAAAGGATGATTTAAGAAGATGGAACTTGTATGCTGACTCTGAGTATGGTGGTTTATCTTCTGCTTCTTTGGAAATTAAAGGCACTGATGAACAAGCAACTGGCGTTTTCTCAGgtaacctatttacagagatgtcacaagattccagatgtgtaatgaatcgtagtgggttttgtgggatgcgatctac
acagTTTGAAGGCTACCTTGATTTGGACCCATATAATACCTTAGCTTTACGGGTTAGAGGAGATGGACGCTGCTACATATCAACTGTAAGTGAAGCTTTCTTATCAAAGAATTTGTAACGAGGAAACCAAAAACAAAGATCAAATGATGAAGCTTATGTTGTGTCTTATTTTGCATAATGTAATATAAGATCATAGTGGT
CAGAGGGAATGAAAATAACTGCAATCCATAATATCTGAAAACTTATTCATAGTAACTCCAATTATGCAATTCACTTTTGTTTGTTATTTTTCCTTCCTCCCCCAGTTTTAATCGAATATAACATATTTATCTATGATGTTAGGTGATTACTTGTCAAATTTAAAATTAT

Intron 3 GCGTTTTCTC ... ATCTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.6	27.5	44	53
A2	59.86	25.5	45	30.8
A3	55.15	45.8	49	58.8
A4	62.7	30.5	46	50
A5	67.27	6	11	12.8
A6	63.72	117.1	203	191.7
A7	65.15	98.8	195	167.5
A8	59.81	109.4	150	160.3
A9	63.01	105.3	179	166.7
A10	59.27	80.1	133	96.3

>TRINITY_DN114568_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAATGCACAGATCCCACCCTGTAGTCTCAGCGAACACAAGATCCGTTACTATCAACTAATTTCAGAGCCTGACTACGGCTGAACATTATTGGAGATGTCTAGGTTGCGAGCACTATGGCAAGCTGCTTCTAACGCCTCAAAGAAAGCATTATCATGGAAGTTGGAAGATCTAGCCCCACCTACTGAGCTACGCATATTT
AGTTTTCAAACAAAGGATGATTTAAGAAGATGGAACTTGTATGCTGACTCTGAGTATGGTGGTTTATCTTCTGCTTCTTTGGAAATTAAAGGCACTGATGAACAAGCAACTGTTTGAAGGCTACCTTGATTTGGACCCATATAATACCTTAGCTTTACGGGTTAGAGGAGATGGACGCTGCTACATATCAACT

>TRINITY_DN114568_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTAAATGGGAGTCAGCAGTTTGGCTTTGATCCACACACTTCCATCTATAACCACTCTATGTATTTTCAGAATAATCATTATCATGGAAGTTGGAAGATCTAGCCCCACCTACTGAGCTACGCATATTTAGTTTTCAAACAAAGGATGATTTAAGAAGATGGAACTTGTATGCTGACTCTGAGTATGGTGGTTTATCTTCT
GCTTCTTTGGAAATTAAAGGCACTGATGAACAAGCAACTGgcgttttctcaggtaacctatttacagagatgtcacaagattccagatgtgtaatgaatcgtagtgggttttgtgggatgcgatctacacagTTTGAAGGCTACCTTGATTTGGACCCATATAATACCTTAGCTTTACGGGTTAGAGGAGATGGACGCTG
CTACATATCAACTATACATACAGAGAACTGGGTTAATATGCCTGGCGGAACAGAAAACAATACTTGGCAAGCCTTTGTCTTCATACCTAAAGGTTATTGGTATGTAGCTAGGATTCCTCTTTCTCGTTATTTGCCAACTTGGAGAGGGAATGTTATGGATTCAAAGCTTGAGATGAATCCTTCACGCATTGTTGGAATGT
CACTATCAGTTAATGCAGAAGGTGGTCCACAAGGAGCTGTTATTGGACCAGGTGAATTCAGACTTGAATTGGATTGGATTAAGGCCTTGAGAACACCTTGAAGTTTATATCAAAGTTTTTTGGGGCCCACACTTGAGAGTTTGAATTACACAGATTAGCAACATATGTAACATAGCCATTGGGTCCTTACATATAGCTTT
AATAATAAATTGATTCCTTGGAATTCATTTCATTATGGAAAAAATTATATGTAGAAGCTATCTATTCAATAATACAACTAGCATCTAGGGAAGGCAATTTTTCAAGTCTATTGCGATTCACAAACTTCTGATCAATGTATTATTGAAAAGTTGTCAATGAGTGTTTTATGCATTGCGCTTGAT