sp|Q94BP0|SLK2_ARATH ----> Probable transcriptional regulator SLK2
Intron 1 GTGCGTTATT ... TGATGACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.13 | 84.1 | 32 | 3.4 |
| A2 | 34.46 | 63 | 32 | 11.7 |
| A3 | 24.23 | 71.7 | 22.1 | 6.1 |
| A4 | 36.01 | 76.1 | 42 | 11 |
| A5 | 23.73 | 40.6 | 12 | 6.4 |
| A6 | 11.34 | 53.3 | 6 | 1.4 |
| A7 | 18.41 | 105.6 | 23 | 6.4 |
| A8 | 23 | 69.1 | 20 | 1.4 |
| A9 | 18.55 | 80.4 | 17 | 6 |
| A10 | 23.41 | 90.4 | 27 | 1.4 |
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGGTAAATTATAGCAGAAAGGGGAAGTTCATATATAAGTTGTTATTTTGGTCATTGGAATGAGAACAGTATTTTGTTAAAGTAAAGCAAACCACAGGGAAGGAGAGCGCACGAGTTAACTGTTTTCTTTTGGAAAGTATAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTG
GTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTC
TAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCG
CTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGA
GCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCA
GGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAA
ATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAA
CATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGG
GCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTG
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCA
TCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGgtgcgttatttgtaaaatttctgttatcttttttacattttcctggaacttgtattgttagttttcttttcagaaatctaagattatgatttaaaatcctctgtagcataatgaacatttgataggcagtattcactataagttttcttcaagactttttatcatt
gtttttgatgacaagTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTT
AATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAA
AATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTG
ATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCA
TGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTG
CCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAAATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCA
TTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTTGGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTC
GGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGCCAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATT
CTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCTCTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCA
GTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAACTTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGAT
TACTTATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAAAGCTGTTGGCAGTCAATCCACATCGTCTTGTACAAGGC
Intron 2 GTCAGTCATT ... GATCCACTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.95 | 327 | 103 | 15 |
| A2 | 28.28 | 317 | 125 | 10 |
| A3 | 26.68 | 316 | 115 | 20 |
| A4 | 23.85 | 297 | 93 | 9 |
| A5 | 26.72 | 192 | 70 | 14 |
| A6 | 18.97 | 94 | 22 | 0 |
| A7 | 25.26 | 219 | 74 | 0 |
| A8 | 30.38 | 55 | 24 | 0 |
| A9 | 19.35 | 175 | 42 | 1 |
| A10 | 25.83 | 201 | 70 | 0 |
>TRINITY_DN100785_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformATGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTA
CAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGT
TTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTT
AGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCAT
TTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAG
GTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAA
AATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATT
CTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGA
TCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGATGTGTGGCAATG
TGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTC
GTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGAT
CTGCAAGCAAATTGCAATATGTAAGTATTTGGGCGATAGTTTCTTCCATTTTTTTGACTAATTTGAATGTTGTCTCCAAAGTCCTATTCTTGAATAACATTCTAATCATTGTTTCTGGTCAAGAACATTCTTGAGAAAACAACCTTTTGACAACTTTATGATCAACCTTCTAGATGGTCAACCAACTTTATGACGAGTAA
CTACAATGAGGAAAATTGGATTACCATTTCAAATGAATGAAAATTGGTAATTCTTCCAATATGTTCCTTCCCCTTGAATCACTGCTATGCCTAACATAAGGGCTTAGACTTAGTTCTAGGTGATCAACCAACTTTATGATAAGTCAACTAACTACAATGAGGAAAATTGGA
>TRINITY_DN100785_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTA
CAATCTCTGCTTGCAGgtcagtcattgaactgagctctacggctctgtgagtctgggtatgttggggttttcgctgaagtgattagcgtgggaaacccagctacggctgtgtgagggttagaaaaaactaaattttgctttcggggtttgcaagtggaatcacttccggatgaagcaattgagtgaatttagagtttcta
gaaatgtctagaggactataacgtagcaatttaaatattttatgacaaatttggggtcacaagaaaatgtgaagctaggattcatagaaaattagggtaaattaggttgaaaatggaaagctctattttcaaggctcatgtttttgataacacagttctgcttcaatttgggtggattagagattttccttttatggttt
ttttttgtgttctttaaatcgggttatgtaaaatgggctttattaggtaattcggtgtagtatttttctgggttctcatctgttgtgtcgggcttttgtgtgtttttgtttttatgatgatccactagGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAA
GGTAAAAGCTCGTGGACGTTTGAAATTCACGTCAATTCAAGAAAAAAAAAACTGATAGGCTTAAATTTGGGCTTTGAAAGTAGTTTGCTTATGGGAATTAGTATAGTATTGGCGGTAAATTATAGCAGAAAGGGGAAGTTCATATATAAGTTGTTATTTTGGTCATTGGAATGAGAACAGTATTTTGTTAAAGTAAAGCA
AACCACAGGGAAGGAGAGCGCACGAGTTAACTGTTTTCTTTTGGAAAGTATAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGC
CACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGA
CATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTG
TTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGA
CAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGA
AAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGA
GAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCAT
CAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGA
GACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCA
ATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGA
CGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCA
GCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTG
CACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAAATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTG
CTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTTGGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGT
ACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGCCAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATC
TAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCTCTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATG
TCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAACTTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCA
TTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTAAAAA
Intron 3 GTGCGTTATT ... CATGAGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.9 | 106 | 32 | 24 |
| A2 | 25.12 | 76 | 32 | 19 |
| A3 | 20.34 | 94 | 22 | 26 |
| A4 | 26.93 | 118 | 42 | 45 |
| A5 | 23.4 | 54 | 12 | 21 |
| A6 | 14.29 | 75 | 6 | 19 |
| A7 | 18.21 | 137 | 23 | 38 |
| A8 | 20.16 | 99 | 20 | 30 |
| A9 | 17.13 | 104 | 17 | 26 |
| A10 | 18.57 | 125 | 27 | 30 |
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoformGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCA
TCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGG
TATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATAT
CAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGA
TTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTG
GTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTA
TCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAAATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGT
TGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTTGGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTA
GAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGCCAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTT
GATAATCCATTCGGCTGGAAAACCTCTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTT
GTTCTGAAAAAGGATATATTGTAACTTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGATTACTT
ATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAAAGCTGTTGGCAGTCAATCCACATCGTCTTGTACAAGGC
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCA
TCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGgtgcgttatttgtaaaatttctgttatcttttttacattttcctggaacttgtattgttagttttcttttcagaaatctaagattatgatttaaaatcctctgtagcataatgaacatttgataggcagtattcactataagttttcttcaagactttttatcatt
gtttttgatgacaagttgatactgacaagcatgaggcagGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTT
AATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAA
AATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTG
ATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCA
TGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTG
CCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAAATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCA
TTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTTGGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTC
GGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGCCAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATT
CTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCTCTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCA
GTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAACTTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGAT
TACTTATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAAAGCTGTTGGCAGTCAATCCACATCGTCTTGTACAAGGC
Intron 4 GTTTTTCCTG ... CTGTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.21 | 185.8 | 4 | 8 |
| A2 | 1.15 | 132.3 | 0 | 3 |
| A3 | 2.46 | 141.2 | 1 | 6 |
| A4 | 1.64 | 152.8 | 0 | 5 |
| A5 | 3.58 | 69.3 | 4 | 1 |
| A6 | 0 | 195.3 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 297.5 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 237.5 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 252 | 0 | 0 |
| A10 | 0.49 | 215.7 | 1 | 1 |
>TRINITY_DN122762_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTAC
AATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTT
TAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTA
GTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATT
TTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGG
TTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAA
ATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTC
TTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGAT
CGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGTTGATACTGACAAGC
ATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCA
AGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTA
GTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGG
CCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCA
CAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAA
ATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTT
GGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGC
CAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCT
CTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAAC
TTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGATTACTTATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAA
AGCTGTTGGCAGTCAATCCATATCGTCTTGTACAAGGCATTGCAATATTTATGAAAACCAATCATTCTATGATTAAATTTGCTTAGGATTTCTATTTTCCTTGTTCATGCAATATTGCATGATATAACTTCTTTATAT
>TRINITY_DN122762_c4_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAGATATGTCCGGTGCCTACAGgtttttcctgaacagttttgctgaactatttcttgtcatattgtttttggagtcccaagatatatttaatatttgtgcaatgtaaaagccttttagtttataaatatgtaaaaatctgaagggtttctaatactgtgaacagATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGAT
TGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGGTAAGCATCTCTCTTTTGATAGGCAATTCCTATTGTGTATTGCAACACCAAGAATTGGTTGCTTCATGTGTTTCTGTTATTCAAGGCAGTCATTGGTTCCAAATTACACCTATTGCTTCTGCTTTTCTGTTATTATCCTTTTTCTTTTTGGATATCTATTTTACT
TGTTTGTGGCAATAGGTTATGTTTTGGAAGCTCGGGTTGGATCATTGCTTTCTTTGTCATTAGCATCCATTGCAAAATGATGTTCGTTACCCTATAAAAGATCTTTACTTGATTGCCCTAATTATTAATATCTCCAGATATCACATGGAACGAATTAGTATATGGCAACATTGAATAGTGGGAAACATTGCATAGAACCT
AAAAAGTTGGATGTTTTGAAACATAAACATTTCAGAGATACAAAACTATATATACTATAATTGAAATTTTCTTACCTGCAATAACGGTTTCTGTATTCTAACCTAAACATCTAAAATAAAAAGTGCTGCATTTTTAAAGTAATGCTCTCTTGGTCTTCACAATCTGATAAAAGATTTTGTTGTGTAGCAC
Intron 5 GTGCGTTATT ... TGATGACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.51 | 49 | 32 | 2 |
| A2 | 49.23 | 33 | 32 | 11 |
| A3 | 35.99 | 40 | 22.5 | 4 |
| A4 | 47.19 | 47 | 42 | 11 |
| A5 | 37.5 | 20 | 12 | 5 |
| A6 | 24 | 19 | 6 | 0 |
| A7 | 27.38 | 61 | 23 | 0 |
| A8 | 33.33 | 40 | 20 | 0 |
| A9 | 32.69 | 35 | 17 | 1 |
| A10 | 32.14 | 57 | 27 | 0 |
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGGTAAATTATAGCAGAAAGGGGAAGTTCATATATAAGTTGTTATTTTGGTCATTGGAATGAGAACAGTATTTTGTTAAAGTAAAGCAAACCACAGGGAAGGAGAGCGCACGAGTTAACTGTTTTCTTTTGGAAAGTATAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTG
GTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTC
TAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCG
CTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGA
GCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCA
GGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAA
ATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAA
CATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGG
GCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTG
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCA
TCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGgtgcgttatttgtaaaatttctgttatcttttacattttcctggaacttgtattgttagttttcttttcagaaatctaagattatgatttaaaatcctctgtagcataatgaacatttgataggcagtattcactataagttttcttcaagactttttatcattgt
ttttgatgacaagTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGGTGAGAAGCTGCTTGCTTTGCTGTTAATTATACGTATTTGGAGTTTTTTTGCCATTACTTTTAAAGAAACCATTTATTTACAACACTGAAATTGCAACATATATACTCTCGTTT
TAGTTTTTATATATCTTTTATTTTAAGCTTTTGCAA
Intron 6 GTATGGTTTT ... TCAATATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.82 | 161.8 | 24.1 | 10 |
| A2 | 2.32 | 126.2 | 19.4 | 3 |
| A3 | 2.01 | 146 | 27.2 | 3 |
| A4 | 4.61 | 154 | 22.7 | 7.4 |
| A5 | 7.04 | 66 | 12.8 | 5 |
| A6 | 0 | 186 | 27.8 | 0 |
| A7 | 0 | 265 | 34.4 | 0 |
| A8 | 0 | 191 | 23.3 | 0 |
| A9 | 0 | 186.7 | 27.8 | 0 |
| A10 | 0 | 186 | 20.6 | 0 |
>TRINITY_DN110041_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGTAGAGGCCGGGTGAAGCCGGGAAGCAGGAGGTGAACCGGGAGCAGCCGGGGACGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGGTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCAT
GGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGG
TGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGC
CTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAG
TTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAAC
CAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGG
GCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAG
AAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAG
CGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTT
TGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGTGCGTTATTTGTAAAATTTCTGTTATCTTTTTTACATTTTCCTGGAACTTGTATTGTTAGTTTTCTTTTCAGAAATCTAAGATTATGATTTAAAATCCTCTGTAGCATAAT
GAACATTTGATAGGCAGTATTCACTATAAGTTTTCTTCAAGACTTTTTATCATTGTTTTTGATGACAAGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGAT
AGATGAACTTCTCTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTT
TACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAG
AGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAA
CAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTT
>TRINITY_DN110041_c0_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTAGAGGCCGGGTGAAGCCGGGAAGCAGGAGGTGAACCGGGAGCAGCCGGGGACGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGGTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCAT
GGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGG
TGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGC
CTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAG
TTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAAC
CAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGG
GCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAG
AAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAG
CGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTT
TGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGTGCGTTATTTGTAAAATTTCTGTTATCTTTTTTACATTTTCCTGGAACTTGTATTGTTAGTTTTCTTTTCAGAAATCTAAGATTATGATTTAAAATCCTCTGTAGCATAAT
GAACATTTGATAGGCAGTATTCACTATAAGTTTTCTTCAAGACTTTTTATCATTGTTTTTGATGACAAGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGAT
AGATGAACTTCTCTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGgtatggtttttgaagtatcttaattaatgcattttgtgatgct
tgtatgaagtctggactgttacaatgcagttctttccgtgttttaataaaatatgtttttgctgtagttacccattagtttaatggaagatagggaaagggttcatctgcctggagaggaatgctttttccttttaagtttctctattcaccatctgggatatgaagcatgcagtttatgttttgaaatatttaatgctt
atagctcctagaaagtgcttgtaactatgtttttcatgatattcaatatcagATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAATGATGCTGTTGCCTATACATAACCATCATTTTCAGCTACTGCAGATCTTAGAGATTAACCATTAATGTAATTGAT
GCCTTCCAGCAAAACAATATGTAGGTGTGATGCAGCCATTCTATGTTAACAATTGTTGCCTCAGAGAATTCTTATATTCAATTAGAACTAGAATGCAGAATTAAGGAAGGTGACTTTGTGTGCAT
Intron 7 GTAAAAGCTC ... GAAAGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.66 | 273 | 46.5 | 80 |
| A2 | 19.27 | 243 | 59 | 58 |
| A3 | 18.49 | 291 | 54 | 66 |
| A4 | 23.96 | 238 | 49 | 75 |
| A5 | 18.5 | 141 | 30.5 | 32 |
| A6 | 18.87 | 86 | 13.5 | 20 |
| A7 | 13.37 | 175 | 29.5 | 27 |
| A8 | 21.74 | 36 | 7 | 10 |
| A9 | 11.43 | 155 | 29.5 | 20 |
| A10 | 15.58 | 168 | 25 | 31 |
>TRINITY_DN122762_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTAC
AATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTT
TAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTA
GTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATT
TTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGG
TTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAA
ATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTC
TTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGAT
CGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGTTGATACTGACAAGC
ATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCA
AGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTA
GTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGG
CCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCA
CAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAA
ATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTT
GGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGC
CAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCT
CTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAAC
TTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGATTACTTATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAA
AGCTGTTGGCAGTCAATCCATATCGTCTTGTACAAGGCATTGCAATATTTATGAAAACCAATCATTCTATGATTAAATTTGCTTAGGATTTCTATTTTCCTTGTTCATGCAATATTGCATGATATAACTTCTTTATAT
>TRINITY_DN122762_c4_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTAC
AATCTCTGCTTGCAGGTCAGTCATTGAACTGAGCTCTACAGCTCTGTGAGTCTGGGTATGTTGGGGTTTTCGCTGAAGTGATTAGCGTGGGAAACCCAGCTACGGCTGTGTGAGGGTTAGAAAAAACTAAATTTTGCTTTCGGGGTTTGCAAGTGGAATCACTTCCGGATGAAGCAATTGAGTGAATTTAGAGTTTCTAG
AAATGTCTAGAGGACTATAACGTAGCAATTTAAATATTTTATGACAAATTTGGGGTCACAAGAAAATGTGAAGTTAGGATTCTTAGAAAATTAGGGTAAATTAGGTTGAAAATGGAAAGCTCTATTTTCAAACTCTCATGTTTTTGATAACACAGTTCTGCTTCAATTTGGGTGGATTAGAGATTTTCCTTTTATGGTTT
TTTTTTGTGTTCTTTAAATCGGGTTATGTAAAATGGGCTTTATTAGGTAATTCGGTGTAGTATTTTTCTGGGTTCTCATCTGTTGTGTCGGGCTTTTGTGTGTTTTTGTTTTTATGATGATCCACTAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAA
Ggtaaaagctcgtggacgtttgaaattcacgtcaattcaagaaaaaaaaactgataggcttaaatttgggctttgaaagtagtttgcttatgggaattagtatagtattggcggtaaattatagcagaaaggggaagttcatatataagttgttattttggtcattggaatgtgaacagtattttgttaaagtaaagcaa
accacagggaaggagagcgcacgagttaactgttttcttttggaaagtatagGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCC
ACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGAC
ATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGT
TATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGAC
AGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAA
AAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAG
AATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATC
AACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAG
ACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAA
TCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGAC
GTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAG
CAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGC
ACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAAATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGC
TGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTTGGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTA
CGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGCCAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCT
AGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCTCTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGT
CTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAACTTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCAT
TGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGATTACTTATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAAAGCTGTTGGCAGTCAATCCATATCGTCTTGTACAAGGCATTGCAATATTTATGAAAACCA
ATCATTCTATGATTAAATTTGCTTAGGATTTCTATTTTCCTTGTTCATGCAATATTGCATGATATAACTTCTTTATAT
Intron 8 GTGCGTTATT ... CATGAGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.19 | 106 | 32 | 8.7 |
| A2 | 29.63 | 76 | 32 | 12.5 |
| A3 | 19.41 | 94 | 22.6 | 10 |
| A4 | 26.25 | 118 | 42 | 19.5 |
| A5 | 18.18 | 54 | 12 | 9.4 |
| A6 | 7.41 | 75 | 6 | 5.9 |
| A7 | 14.37 | 137 | 23 | 10.4 |
| A8 | 16.81 | 99 | 20 | 8.2 |
| A9 | 14.05 | 104 | 17 | 7.8 |
| A10 | 17.76 | 125 | 27 | 8.2 |
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoformGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCA
TCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGG
TATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATAT
CAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGA
TTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTG
GTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTA
TCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAAATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGT
TGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTTGGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTA
GAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGCCAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTT
GATAATCCATTCGGCTGGAAAACCTCTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTT
GTTCTGAAAAAGGATATATTGTAACTTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGATTACTT
ATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAAAGCTGTTGGCAGTCAATCCACATCGTCTTGTACAAGGC
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGTAAGCTTTAGTTACTCTTCCATTTTTATGTCTTTGCACCCAGGTATAAATGCCAATATATTATTCTGAAGTCTCTTGAAATCTCTGTTTTTCTTCCC
ACGCAAGTGCATGCACACTAGCATAACAAGATCTATGTGCAATTTTATTTGGTGCTATAGGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGgtgcgtta
tttgtaaaatttctgttatcttttacattttcctggaacttgtattgttagttttcttttcagaaatctaagattatgatttaaaatcctctgtagcataatgaacatttgataggcagtattcactataagttttcttcaagactttttatcattgtttttgatgacaagttgatactgacaagcatgaggcagGATGT
GTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGGTGAGAAGCTGCTTGCTTTGCTGTTAATTATACGTATTTGGAGTTTTTTTGCCATTACTTTTAAAGAAACCATTTATTTACAACACTGAAATTGCAACATATATACTCTCGTTTTAGTTTTTATATATCTTTTATTTTAAGCTTTTGCAA
Intron 9 GTAAAAGCTC ... GAAAGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.66 | 273 | 8 | 80 |
| A2 | 19.27 | 243 | 14 | 58 |
| A3 | 18.49 | 291 | 14 | 66 |
| A4 | 23.96 | 238 | 11 | 75 |
| A5 | 18.5 | 141 | 9.4 | 32 |
| A6 | 18.87 | 86 | 0 | 20 |
| A7 | 13.37 | 175 | 0 | 27 |
| A8 | 21.74 | 36 | 0 | 10 |
| A9 | 11.43 | 155 | 0 | 20 |
| A10 | 15.58 | 168 | 2 | 31 |
>TRINITY_DN110041_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGTAGAGGCCGGGTGAAGCCGGGAAGCAGGAGGTGAACCGGGAGCAGCCGGGGACGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGGTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCAT
GGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGG
TGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGC
CTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAG
TTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAAC
CAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGG
GCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAG
AAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAG
CGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTT
TGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGTGCGTTATTTGTAAAATTTCTGTTATCTTTTTTACATTTTCCTGGAACTTGTATTGTTAGTTTTCTTTTCAGAAATCTAAGATTATGATTTAAAATCCTCTGTAGCATAAT
GAACATTTGATAGGCAGTATTCACTATAAGTTTTCTTCAAGACTTTTTATCATTGTTTTTGATGACAAGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGAT
AGATGAACTTCTCTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTT
TACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAG
AGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAA
CAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTT
>TRINITY_DN110041_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTAGAGGCCGGGTGAAGCCGGGAAGCAGGAGGTGAACCGGGAGCAGCCGGGGACGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGGTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCAT
GGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGTCAGTCATTGAACTGAGCTCTACAGCTCTGTGAGTCTGGGTATGTTGGGGTTTTCGCTGAAGTGATTAGCGTGGGAAACCC
AGCTACGGCTGTGTGAGGGTTAGAAAAAACTAAATTTTGCTTTCGGGGTTTGCAAGTGGAATCACTTCCGGATGAAGCAATTGAGTGAATTTAGAGTTTCTAGAAATGTCTAGAGGACTATAACGTAGCAATTTAAATATTTTATGACAAATTTGGGGTCACAAGAAAATGTGAAGTTAGGATTCTTAGAAAATTAGGGT
AAATTAGGTTGAAAATGGAAAGCTCTATTTTCAAACTCTCATGTTTTTGATAACACAGTTCTGCTTCAATTTGGGTGGATTAGAGATTTTCCTTTTATGGTTTTTTTTTGTGTTCTTTAAATCGGGTTATGTAAAATGGGCTTTATTAGGTAATTCGGTGTAGTATTTTTCTGGGTTCTCATCTGTTGTGTCGGGCTTTT
GTGTGTTTTTGTTTTTATGATGATCCACTAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGgtaaaagctcgtggacgtttgaaattcacgtcaattcaagaaaaaaaaaactgataggcttaaatttgggctttgaaagtagtttgcttatgggaa
ttagtatagtattggcggtaaattatagcagaaaggggaagttcatatataagttgttattttggtcattggaatgagaacagtattttgttaaagtaaagcaaaccacagggaaggagagcgcacgagttaactgttttcttttggaaagtatagGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTG
AAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATA
ATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCC
CAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACA
GAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAA
AACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATT
CTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCG
ACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTT
TGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGTGCGTTATTTGTAAAATTTCTGTTATCTTTTTTACATTTTCCTGGAACTTGTATTGTTAGTTTTCTTTTCAGAAATCTAAGATTATGATTTAAAATCCTCTGTAGCATAATGAACATTTGATAGGCAGTATTCACTATAAGTTTTC
TTCAAGACTTTTTATCATTGTTTTTGATGACAAGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTCTTTGTGGATATGCCACAAGAAT
ACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCAAGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAG
TTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTAGTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGT
GAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGGCCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGA
ACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCACAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTT
Intron 10 GTAAGCTTTA ... GGTGCTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.45 | 118 | 27 | 30 |
| A2 | 15 | 85 | 16 | 14 |
| A3 | 14.07 | 116 | 21 | 17 |
| A4 | 18.18 | 117 | 26 | 26 |
| A5 | 13.04 | 60 | 7 | 11 |
| A6 | 12.62 | 45 | 5 | 8 |
| A7 | 12.4 | 113 | 21 | 11 |
| A8 | 14.44 | 77 | 12 | 14 |
| A9 | 14.29 | 111 | 22 | 15 |
| A10 | 12.8 | 92 | 12 | 15 |
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformGTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCA
TCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGTGCGTTATTTGTAAAATTTCTGTTATCTTTTACATTTTCCTGGAACTTGTATTGTTAGTTTTCTTTTCAGAAATCTAAGATTATGATTTAAAATCCTCTGTAGCATAATGAACATTTGATAGGCAGTATTCACTATAAGTTTTCTTCAAGACTTTTTATCATTGT
TTTTGATGACAAGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGGTGAGAAGCTGCTTGCTTTGCTGTTAATTATACGTATTTGGAGTTTTTTTGCCATTACTTTTAAAGAAACCATTTATTTACAACACTGAAATTGCAACATATATACTCTCGTTT
TAGTTTTTATATATCTTTTATTTTAAGCTTTTGCAA
>TRINITY_DN110019_c1_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGGGTATTGACCGGAAGCAGGCGGTGGAGTTGGGATTACTGCGGAGAGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTG
AGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTACAATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTT
GATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTTTAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAG
TGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTAGTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTA
GTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATTTTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCA
TCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGGTTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGG
TCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAAATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATG
TATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTCTTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACAT
AACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGATCGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTgtaagctttagttactcttccatttttatgtctttgcacccaggtataaatgccaatatattattctgaagtctcttgaaatctctgtttttcttccc
acgcaagtgcatgcacactagcataacaagatctatgtgcaattttatttggtgctatagGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGGTGCGTTA
TTTGTAAAATTTCTGTTATCTTTTACATTTTCCTGGAACTTGTATTGTTAGTTTTCTTTTCAGAAATCTAAGATTATGATTTAAAATCCTCTGTAGCATAATGAACATTTGATAGGCAGTATTCACTATAAGTTTTCTTCAAGACTTTTTATCATTGTTTTTGATGACAAGTTGATACTGACAAGCATGAGGCAGGATGT
GTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGGTGAGAAGCTGCTTGCTTTGCTGTTAATTATACGTATTTGGAGTTTTTTTGCCATTACTTTTAAAGAAACCATTTATTTACAACACTGAAATTGCAACATATATACTCTCGTTTTAGTTTTTATATATCTTTTATTTTAAGCTTTTGCAA
Intron 11 GTCAGTCATT ... GATCCACTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.11 | 324.6 | 103 | 15 |
| A2 | 28.43 | 315 | 125 | 10 |
| A3 | 26.82 | 314 | 115 | 20 |
| A4 | 23.99 | 295 | 93 | 9 |
| A5 | 26.86 | 190.7 | 70 | 14 |
| A6 | 19.12 | 93.2 | 22 | 0 |
| A7 | 25.47 | 216.9 | 74 | 0 |
| A8 | 30.49 | 54.7 | 24 | 0 |
| A9 | 19.47 | 173.8 | 42 | 1 |
| A10 | 26 | 199.4 | 70 | 0 |
>TRINITY_DN122762_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTAC
AATCTCTGCTTGCAGGGTTTGAATCGTTGGTCGACGGCATTGATTTTGGATCCATGCGTTTGAGCAGAAAGACGTCATAAAATTCAAGGAAAGTGGGTGACTTGAAGGATGATTGGTGCCTCGGCCTCATTGAAGGTTTAAATGGCTGGTTGATGTTTTCTGTCAATGCTAAGAGAGACAGGATTGTGGTGGGTTTCGTT
TAGGGCTGGCATTGGAGAATTATCTCGATTCCAGCCACAGAACGGCGGCGCCATTGGCGTCACCGGCTCTGGTGGCTGGAGGCCAAGTTCAAACAGCCTCTTCTAGTTCAGGTATCGTTTATCACATCAATAATCACAAACAAAATTCTAGTGGATCACAGCTGAACGGAGCTTTCGGGAATTTATCTCAACAATTTTTA
GTTGGAAGGGGGAATTTGGGATACGCTGCGGGTGACATGAATCAGGTTTTGAACAGTGCAGCAAATTCTGGGCCTAGTGTTGGGGCAAGTTCTTTAGTTACTGACGCTAATTCAGCCCTCTCTGGAGGGGCCCAACTTCAGCGGAGCGCTAGTAACAATACTGATTCGTTTATGCGTCTTCCGGCCTCGCCAATGTCATT
TTCATCCGGGAATATTAGTGTGTCGGGATCATCTGTTATGGATGGATCATCCTTAGCCCAGCAGAGTGGATCTTCTATAACTCGGCTTGAGTCCAACCAAGATCAAGCAGTGCAACAGCAGCAATTTCAACAGAGGCAGCAGCAAGGAGCATCTACTCCAACCTCGCAACAAAAATTGCAGCAAACTTCACAACAGCAGG
TTGGCTCACAACAAGGTCAATCCCAGGGAACCGGACAGCAGCTTGGTGTCCAACAGATGGTTGGGCAACAAACTGCTGGGAGTGGTCAGCAGCTAGGGCAACGGCTGCCTGGTCAGGGCCATATCTCTCCAAAACTTGAAACTGGTCAGGGTCTTATCCCTCCAAAACTCGAATCTGGTCAGAGTCTTCTCTCCCCAAAA
ATGGAAGGCCAGGGTCTTATAACTCCAAAACTTGAAAAGAGTGATCAATTTCTGCAACAATCTCAAATTATGAAGCCTAGGATGGAATTAAAACAAGAAGATGCTTTACAACAACAAGTTGTTCAGCAAATTCTGCAGAGGCCTGAAAATGTATTGGCTAATGCCCAGCTTCAAAGGCAGGAGTCCATGCAAAGACATTC
TTCTCCACAACTGCATGCACTTATTCAGCAGCAGAGAATTATGCAGCACCATCAGCAGCAGCAGCAGTTGCTACAGTCACTGCCCCAGCACTTGCAGCGGTCTCATATTCAGCAACAACAACAGCAGTTGCGACATCACATGCAACAACATAACATTCAGCCCACATCGTTGACAAAGCAGCCTGCCATGGAGAGTGGAT
CGTGTTCCCGCAGGCTGATGCAATATATTTACCATCAACGACATCGTCCTCCTGATAACAATATTGTTTATTGGAGAAAATTTGTGGGTGAGTTCTTTGCTCCTAATGCAAAGAAGAGGTGGTGCTTATCTTTGTATGGAAACGTTGGGCATCACACACTTGGGGTTTTTCCTCAAGCTGCAATGTTGATACTGACAAGC
ATGAGGCAGGATGTGTGGCAATGTGAGATCTGTGGATCAAAGCCAGGGCGGGGATTTGAGACAACTGTGGAGGTACTTCCGAGATTGTGCAAGATCAAATTTGACAGTGGAGTGATAGATGAACTTCTTTTTGTGGATATGCCACAAGAATACAGACTCAGTTCAGGGTTAATGGTATTGGAATATGGAAAAGCCACCCA
AGAAAGTGTTTTTGAGCAGCTTCGTGTCGTACGCAATGGTCGGCTACGGATAATATTCAATCCTGAGTTGAAGATTTTGTCTTGGGAGTTCTGTGCAAGAAATCATGAGGAGCTTTTACCTCGCAGGTTGGTAGCACCTCAGGTAAATCAGTTAGCAATGGTGGCACAAAAATATCAAAATGCTGCTGCACAAAGTGGTA
GTTCTGGCCTCTCTGCACAAGATCTGCAAGCAAATTGCAATATGTTTGTGACAACTGGACGTCAGCTGGCACGGAATTTAGAAGCACAGTCATTAAACGATCTTGGTTTTTCCAAGAGATATGTCCGGTGCCTACAGATATCTGAGGTTGTGAACAGCATGAAAGATCTGATTGATTTTAGTCGGGAAAATAATATGGGG
CCAATCGCAAGTTTAAACAATTTCCCTCGTCAGACTGCTTCTTCTAGCCTTCAAAGTCAGCAGATACAGCAAGGAGATCCTGTTGGAAATATTCAGGGACTAGCTTCAGACCACAACAGCATAAAAATGAATCCAATGCATGGTAATATGAACAATCATATAAATAACCATGTTGGTGGAATTGTCAATAATTCTTCTCA
CAATGCTACAGCATTGAACAACTATCAAAATCTCCTGCGTCAAAATTCAATGTCTACTGCACAGAATGCTTTACAGCAAGAAGCATCTTGTTCCTTTGGTGGACCAACGCAAACACCACCATGCAATTCTTTACAAAGTCCATCTCATTCTATTCCATTTCAGGGTGCTGCCTTATCTTCGATGCCAGGAACCCTGCAAA
ATACCTCACTAATTGGTTTGTCCAATTCTATTCAGCAAAACTCTGTGGGTGGAAACTTGCTGCAGCAAACACATTCACAGTCATCTCAGGGCAATCAACCTTATCCACAGCAAGTAATACAACAGTTGTTGCAGGAAATGATGAATAATGGGGGAACATCACAGCAGGCATTGGTTGGGCAAGGCTTAAATGGGAATGTT
GGAAACATGCTGAATGGTTTGACCGGATCTGGGGGCCTGGGCATTGGTTCCAGTGCAGTACGAAGTGGTGCTAGCATGATGGGCAATGGGTTGGGTTATGGAAATAACAATATATCTAACATGACTGGAAACACAGGGACAGCTCTGGGTGGAGCAGGGAATTTAATCTCGGGTAGAAGCAATAGTTTTAGGAATATAGC
CAATAATTCTGCCCCTGTTGGAAGCATTGGATCTAGTGGTTTTGGTGGAAGATTAAATCTAGGTGGTATAGCTCAGCCACAAAACATTCACATGCAAGATATGGTTCAAGACCTCCCACATGAATTCCCAGATAATGGCATTTTTAATGGCCTGGCGGCAAATGGTGATTCTGTTGATAATCCATTCGGCTGGAAAACCT
CTTGATATTAATGCCCAGTCATTTGCAACAGATTCACAATTTGGTTCTTGTATCGCATGTCTACGTTGGAATATAATGATTACAATCATTAGTTTTGTGCTGGCACTTAATTGATTGAAGTTTGATGTCAGAACTTTCTCATGAACAGATGTAATTGATTGGATCTGGCAGTTTTGTTCTGAAAAAGGATATATTGTAAC
TTTATATACCCCCTGTTAAAGGGAACTTTGTTGCATCTTCAAAGAGAGGTTTGTCTTCATTGTAATCATCTCCAAGTCATTGTATACTATAATACTGGAGCTTTTTATTTAACTTCCTATTCATTTATTGTAGTCTTTTGTAGCTGTAAAGAGCAGACTCTTGTTTCGATTACTTATTTTTCTTGCAGCCTAAGCCTTAA
AGCTGTTGGCAGTCAATCCATATCGTCTTGTACAAGGCATTGCAATATTTATGAAAACCAATCATTCTATGATTAAATTTGCTTAGGATTTCTATTTTCCTTGTTCATGCAATATTGCATGATATAACTTCTTTATAT
>TRINITY_DN122762_c4_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAGGAGAAGAAGTACAGGATCACCGGAGCGTAGAATAGTCATTCCGTTGGGGATTATGTTGTGCGATCGGTTTTTTCACAGTTGCAGATGATGCATGGAGGAGCAAATTTCACTTCGCTTTTCTGAATTCGAGCTTTTGTCCCGGCTTTGAGGAGATAAAAAACCTCCAGATTTGGCGGTTTGCGAGGCAGACGGGTAC
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