sp|P10978|POLX_TOBAC ----> Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Intron 1 GTATTTTTTC ... TTGTGTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.45 | 459 | 96.7 | 71.7 |
| A2 | 7.95 | 401 | 117.7 | 35 |
| A3 | 11.95 | 364 | 102 | 50.3 |
| A4 | 14.07 | 256 | 63.3 | 42.7 |
| A5 | 9.09 | 163 | 46 | 16.3 |
| A6 | 6.82 | 2876 | 706.7 | 215 |
| A7 | 6.08 | 2835 | 789 | 187.7 |
| A8 | 7.1 | 3069 | 721 | 240.3 |
| A9 | 7.05 | 2925 | 719.3 | 228 |
| A10 | 6.44 | 1942 | 528 | 136.7 |
>TRINITY_DN106576_c5_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoformGGAATAATAAAAATGGGTACAGGAAGGAAGGAAGGAGTTGCAAATATACAAGTAAAGGCATGCGAATACAAGGATCCATGGGAGTGAAGAGGATGATTTCTCATTACGATTTGATTGGGGAAATCAGGGAAAGCGAATCGAAGGTCTGATTGAAACCCCAAAAAAGGCTACATCCATGGAGGCCCCAGAGTCGAACCCTG
CACCTGCCGTTGCCCAAATATCCGATGAGATCGACAGCTTGCAGGACAGGGCCGCCAAATTAATTGCTGTCGAAGACGATAAGCCAATTGAATCCGGGAAGGAGCGGGTTCGAATCCGGAGACAAACGTTGCAACGCGTTCTTGAACAGTGCCAGAAGGCCTTAGAATCTTTAAAGGCAGACGATAATTCTGAAAATGAT
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GGTGTCAGACACTGATTTGCTGGAGGGTGATTATAATGATGCAAGAAACTGTCTAGATCAAGACAGTTACGTTGTTGTCCAAGAAGAAGATATTGTGGATGGGATTGCCTGCTTCATGGCCACATACCTTTCATCACTGAAGCAGACTAAGGAACTTACACCGAAGCAACTTCAAAAAGCTTTGAGCAAAACATTTTCTA
CGAACAAAAAGAAAGGGAAGCTTCGCAGGATGTGGGATAGCAGCAAAGTTATATATAACGTGGTTTCATGGGGTGCTACTGCAGTGGGGATCTACCAAAATCCTGCTTTGATTAGAGCAGCTTCTGTTGCCTTCTGGACCTCCTGTCGTGTAGTTTCCAAGTTAATGTGAACATACAATGAGGAATACAACTGACAGTTA
TTGCCTTGTATATTAATGCATTCAAATGCTTATGGAGCGATTGATTAAATGTTTTATTCTTTTTTCCATTTGGGAGTTTCTGTTGGAGAATTAAATGATGTAATAATTGTACAGATAGCTCATTTTTCTGTGTTCTCATGTTTTCACCATCATTTTATTCAAATGCAATGTTCAAATAATTCAATGCTGTACACGAACAC
AAATATAAATATTATGGATGCCGTACGGA
>TRINITY_DN106576_c5_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:GGAATAATAAAAATGGGTACAGGAAGGAAGGAAGGAGTTGCAAATATACAAGTAAAGGCATGCGAATACAAGGATCCATGGGAGTGAAGAGGATGATTTCTCATTACGATTTGATTGGGGAAATCAGGGAAAGCGAATCGAAGGTCTGATTGAAACCCCAAAAAAGGCTACATCCATGGAGGCCCCAGAGTCGAACCCTG
CACCTGCCGTTGCCCAAATATCCGATGAGATCGACAGCTTGCAGGACAGGGCCGCCAAATTAATTGCTGTCGAAGACGATAAGCCAATTGAATCCGGGAAGGAGCGGGTTCGAATCCGGAGACAAACGTTGCAACGCGTTCTTGAACAGTGCCAGAAGGCCTTAGAATCTTTAAAGGCAGACGATAATTCTGAAAATGAT
CTGTCGGAGGAAGACTCAGAAGCCGAAGCCGAAGCCGAATCTGAAGCTGTTCAGTCCACCGATTCTGAAACGGCCGAGTTCTGTGATCTTTTGAAATCCAGGGTGGAATCTCCTGCATTTCTTGACAAGCTTGGAAGTATCCATGCTTCAATTGCACAAGGAATCACTGAGAGGCCAGATGAAGCCAGTTCATGGGATTT
GGTGTCAGACACTGATTTGCTGGAGGGTGATTATAATGATGCAAGAAACTGTCTAGATCAAGACAGTTACGTTGTTGTCCAAGAAGAAGATATTGTGGATGGGATTGCCTGCTTCATGGCCACATACCTTTCATCACTGAAGCAGACTAAGGAACTTACACCGAAGCAACTTCAAAAAGgtattttttctgtctttcttg
aagtagaaatatttagattgttttagtttgtcaaatagttgtacttgtggcactgttgttgcttgttttgtacatcaaaggtgcagcattttacccgtccttgtcagaagtgtcacatccagtagccatggaagaaagtttacaataagctgcaaacttttatcaaaggctgtttaattactaatttctgtacttgtgtc
tagCTTTGAGCAAAACATTTTCTACGAACAAAAAGAAAGGGAAGCTTCGCAGGATGTGGGATAGCAGCAAAGTTATATATAACGTGGTTTCATGGGGTGCTACTGCAGTGGGGTAAAAAACTTTACTTCATGCAAAATACTTTATGTTTTCCTTTTTTACTCTTTTTTGGATTTAGTTATTCCTTAAGGCTGGATGTATA
TTACTGCTGTAAAGTGCATTTTTGGAAGAGATTTATAACAGGCAAATGTCAGATGCAGTCTAGTTTGATTTGGTGATCTCATAAAACAAGTAAATTTCAGTGGTCAGTGCTCCTAATTTTTAAACGATTCTCTATTCAGTGACTGATTCTAACAAGGTTGAACTCTTGAGTATGTGACATGCATATATGCCCACCACATA
TGAAGATTATGCTGAAAATGTTATGACAGCCAGCTCAAGCCTATTGTGTGTCTTGAGCAATGTTTTAAAAGTCGGAATCAGACTTCAGAATCAATTGAGGGCCAGAATTGGGTTCGGAATTGGTCGAGTGCCAGACCACACTTGGACCAGAATTGATTGGAATGAGCTGATGACCCGATTTACTAAAAAACACATAAAAT
ATGATAATTTAATAAAAAAATATATTCATCATGTACATCAGCGCAAGTCCAAACCATTAGAGACCAGATATGCAAGTCTGCTCATGTATATACCATTTAAGGGCGAATATAGCAAAAGGGGCACCAAGTGCAATGCATATCTCAAACAAAATACATAAACAACGAGTCTCTAAATGGCTTCCATATCCTGAAAGACATTA
TGCAACAAGCTACTACGTATCAATGATCAACATGATCAATCCTTAAACTCATCAAAACTGTTGAGAATGGGATCTGGACCATGAAATATAGGATCATGCTTTGGCTTGGACTTGGAGGACTCCTCAAGGACATCTATGGTACTGGTAGTAGTGTGGCTAGTGCTTTCCGTGTTTGCTGCTACTAGTGGATTAACCTCCAA
ACCCATGCACCCCTTATTTAACATTGTTATAGGGTTCTGGGGC
Intron 2 GTATGATTCA ... GCCAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.31 | 273 | 6 | 83 |
| A2 | 25 | 222 | 12 | 74 |
| A3 | 25.07 | 284 | 16 | 95 |
| A4 | 20.68 | 188 | 12 | 49 |
| A5 | 21.01 | 109 | 7 | 29 |
| A6 | 19.94 | 1393 | 23 | 347 |
| A7 | 20.3 | 1496 | 39 | 381 |
| A8 | 22.87 | 1369 | 31 | 406 |
| A9 | 20.38 | 1524 | 20 | 390 |
| A10 | 20.84 | 1246 | 21 | 328 |
>TRINITY_DN100842_c7_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformATAAAAATGGGTACAGGAAGGAAGGAAGGAGTTGCAAATATACAAGTAAAGGCATGCGAATACAAGGATCCATGGGAGTGAAGAGGATGATTTCTCATTACGATTTGATTGGGGAAATCAGGGAAAGCGAATCGAAGGTCTGATTGAAACCCCAAAAAAGGCTACATCCATGGAGGCCCCAGAGTCGAACCCTGCACCTG
CCGTTGCCCAAATATCCGATGAGATCGACAGCTTGCAGGACAGGGCCGCCAAATTAATTGCTGTCGAAGACGATAAGCCAATTGAATCCGGGAAGGAGCGGGTTCGAATCCGGAGACAAACGTTGCAACGCGTTCTTGAACAGTGCCAGAAGGCCTTAGAATCTTTAAAGGCAGACGATAATTCTGAAAATGATCTGTCG
GAGGAAGACTCAGAAGCCGAAGCCGAAGCCGAATCTGAAGCTGTTCAGTCCACCGATTCTGAAACGGCCGAGTTCTGTGATCTTTTGAAATCCAGGGTGGAATCTCCTGCATTTCTTGACAAGCTTGGAAGTATCCATGCTTCAATTGCACAAGGAATCACTGAGAGGCCAGATGAAGCCAGTTCATGGGATTTGGTGTC
AGACACTGATTTGCTGGAGGGTGATTATAATGATGCAAGAAACTGTCTAGATCAAGACAGTTACGTTGTTGTCCAAGAAGAAGATATTGTGGATGGGATTGCCTGCTTCATGGCCACATACCTTTCATCACTGAAGCAGACTAAGGAACTTACACCGAAGCAACTTCAAAAAGCTTTGAGCAAAACATTTTCTACGAACA
AAAAGAAAGGGAAGCTTCGCAGGATGTGGGATAGCAGCAAAGTTATATATAACGTGGTTTCATGGGGTGCTACTGCAGTGGGGATCTACCAAAATCCTGCTTTGATTAGAGCAGCTTCTGTTGCCTTCTGGACCTCCTGTCGTGTAGTTTCCAAGTTAATGTGAACATACAATGAGGAATACAACTGACAGTTATTGCCT
TGTATATTAATGCATTCAAATGCTTATGGAGCGATTGATTAAATGTTTTATTCTTTTTTCCATTTGGGAGTTTCTGTTGGAGAATTAAATGATGTAATAATTGTACAGATAGCTCATTTTTCTGTGTTCTCATGTTTTCACCATCATTTTATTCAAATGCAATGTTCAAATAATTCAATGCTGTACACGAACACAAATAT
AAATATTATGGATGCCGTATGGAAAAGTTGAATTTAGAGTTTTGCATTTGCACACAGG
>TRINITY_DN100842_c7_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGGATTTCAGGCAGAATTTATCAATCATGGTATTAGTCTATTAGTCCTTTTGCTTTTTATATTGCTGACCTTTTTAACATCGTGATGTGTTCAGGTTTTCCTCGTCCTTTGTTCCTGACCCTTTTTTGATATTTGTGCATTTCATGAATATTATTTCTATTACTCTGGTTTCTTTTTTGCTGTTATTTCATATCTTATCT
GTGTTTGCAGTGGTAAGTGTTCCCATTTTCGACTTTAGAGATGCTACAGCATTTATATTGAATCTCGAGGATCTTTTTCTGTTTAGAAATGACTTGGAAGTCATCTAAAACAAGAACTGAACTGTCTTTTCACTTTGGCATGGTAAGTCTGAGAGAATGACACTTTCATTCAGTTATACAGCTGATTATTAATAGGAAGG
AGGGAAGGCCACTTTGGGCCAATGCAAGTGCCTGCACATGTCGTGGAAATTTTCTGTGGATGAACTCTTGTACATAACTTTTATATAACGGTACGTCTCCTTGATTAGTTGATGAGAAGAAAATCACGGGGTTCATTCAATATCAATGGGTAGTGGGTATTCTAATGTATTCGTTAACATGCTTTGAGCTTGATATTGCA
TTTCTAGTGGGAACAATCAGTAGGTATATGACTGTTTTTGGACCACATATTGGGTGGCAGTCAAAGGAGTTTTCCAGTAGAGTAACACTAGATTCTGGAGTTTGTTATTAATGTAGTTCAAGTCATGACGGCCATATTGGAAACAGTGACGCAGATTGGAGTGGAGATATTGACAGTTGCAATTTGCAAAGCACCAAGAT
GATACTTTTTGTTTTAATATGTTTGGAGGAGGTATACCTTGGACAGTACTGAGTATCTATTCACTACTGAAGTTTAATGCATGGTAGCAAAGCTTGCTATGGAGGAAATTATGTGGTTTCTGAAAATTTTCAACAATATTGAATTATGCTCAACAGGGGCCAAAAACTTTCTCCAATGAGAATATGAGCTCTATTGTTTT
CTAATAAATCCTACATAACATTCCACATCCAACCACACTGGTATTCAACAATACTTTGTGAGGGAAAATTCAAAAGGTTGCTCTGCGAAAGTAAGTCTTGCGTTTTGTGGATCTGATCAAATGGTTGCATATGTTCTCACAAAAGGATTCACTAGCAAGTCAGCAACAATGATGACTGTAGTAGATGTTCCAGGTTCAAT
GTTATAATAGGTGAGAGGGTGGAATGTATAACAACAAAAATCTAAGGATGAAATTATGTTGTTTCTGAAAATTTTCAACAATATTGAATTATGCTCAACCGGGGCCAAAAACTGTCTCCAATGAGAATATGAGCTCTATTGTTTTCTAATAAATCCTATATAGCATTCCACATCCAACCACACTGGCATTCAACAATACT
TTGTGAGGGAAAATTCAAAAGGTTGACTCTGCGAAAGTAAGTCTTGCGTTTTGTGGATCTGATCAAATGGTTGCATATGTTCTCACAAAAGGATTCACTAGCAAGTCAGCAACAATGATGAGTGTAGTAGAAGTTCCAGGTTCAATTTTATAATAGGTGAGAGGGTGGAATGTATAACAACAAAAATTTAAAAAGAGACC
CCATTGGCTGCTGAGTAATTACTCAAGGATGACAGATCAGCCCACTTAAAATGTGTAGAGGATCCCACCACTGAGTCCACTCACACTGATAACTTCACCAGAAAAGAACCTCCTCAAGAGTGTTTTTTTTATGTTTCATCATGATCTGTTATGATATGCATCTTTTTGTAATGAATTCTGGTCTGGGTAATTCTTTGTTG
CCAAGAATGTAATGAATTCTGGTCTGGGTAATTCTTTGTTGCCAAGAATGTAATGAATTCTGGTCTGGGTAATTCTTTGTTGCCAAGAATGGTTGGCTAACAGTTACCACCTCCCCAATTTCTTGTACACTTTCTGTATTATCCTTGGCAAATCCTGCAACAATATCCTGAGTAGCCCATCTGAGTCCATGGCTGCTCTG
AACATGCATTTCCTACTGCAGTGTGCTCCAGGTTCGAGGGGGAGAAGATGGAGGGGTTCTCCATGTTTCCCTCTGCTGAAGCTGCTCTATCTGCTGCCCCAATTTACCAGAGTTCCTCTACCCTTCCATGTACAGGCAAGGGGTGGTGAGCTGCACATACTGCTTTGTGGCCTTTGAACTTGCAAAGGAATGGGATGATT
TCGGTTTCCTACCTCTTCTATTCTCTGAGAGGCTGCTAGTAGCTTGAATTTCCATTCGCTGCCTTGCCTTGATTGTAACTCTTGCTCCGTCTTGTTGGTTGACTGTCTTTCCCTCTGATCAACGTCCTTCTTCCTTATCTGGCATTTTGACTTCTAGCTTTGATGGAATCCAGAGGATCCGCCAACATCCCCTTTCTCCA
GTTCCATACTAAGGTCCCATACTACCTGCTTTCCCCAGTTCACAGTGTAGGTGAAATTCAGATTCATCCTGAGCTGGTTAATGAGGTCTTTTCAACCCAATGAAAATTGCCGCCCTCTCTCTGTTTACGGGAAATGTTTCTACTTTCCTCCTTTCCTGATTGATTTATTGCAAAGAACCTATTTTGCCTGTCTCCTCATT
ATGCCTTTGAGGTCCTTCTGCATGAATACACTGCTGTTAAAGCTCTATGGAGTTGTATGTCACTATGGATTCCCTCCACCTTCTTACCCTCTAATAAAAAAGTTGCCTTTTAATCATTGCTGGCAGTCAATTGATTGTGACCTGAACATCAGTTACTTTCCATACTGTCCCAGGTCTCGTCAGCTGCGAATCCTCTATAG
TAGCAGTGTCTGTTGACATGGGTTGCTTTTTGCTGATTCCTGCTCAGCTGTCTTGTGCTCATATACCAATATTGGCCGTGGTTGACGGCTTTCCTTTTGTGCCATCTCTTGAGATATCTGATCAGTATTATCCCTGTCCGTCAGAGCTTTTAGCTCTTCATAGTAGCTCTCCCTCATCTGGTCTGTCTGTAAGGCGTGTT
GGGGTTTAATTCCCTATCAGCCTTAGCGCCTAATAGTTATCTGTTTTCTTGAGTTGTAATGGTTTACATGTTATAGGTAGGTATCAATATGTCCCATGGACCCATAATATGTGTTTTACTCCTGATCAGCCTAGTTTACTGTTCTTGCTTTTGACCATTATCTGAGCATTGGTTTTGATTACTTAAATATTTTGTTTGCA
TTTTATGTGCTTCCATAATCAGAAGTAACTTTATTCTTCTGGAGGAATTTATATCCATACTACAAAAATAAATGAGAGAAGGTTATATTCTCTATCTATTATGATATTAATCAAATAATATGCACTTTTTTGTTCTTTGTAGTTCTGTGATCTTTTGAAATCCAGGGTGGAATCTCCTGCATTTCTTGACAAGCTTGGAA
GTATCCATGCTTCAATTGCACAAGGAATCACTGAGAGGCCAGgtatgattcatatggtgatctagccaactttcttgattgtaatttagggttatgatctgcttttctaatatgcgataaaattataaatgcaaattaccagagcagtttatgacatggaatctcttccaaggttgtttgtgtcctttgttgcttgtttt
ttgtgcaaaatttgcttacttctttctcatttacttaagtctgttggttatagtccagggttatgatctcccattttgatatatgataattgcaaattacattagggcagtttatgatatggaattcccttctaggtccagggactcccagagtcccaactttgtatcttttttgtttctttgatgatatattgtagatt
ctaggtctttgacctcagaggatagatatgttctttttaggagctgaacaatgtattgtctctgatgtacctaacagcccctttgatgtattaatggtcacctgttggacattaaattttttatcttatcttcagtagttgtcactattcctataacattcaaggttgtttgtattgtttgttacttattttttcatgca
cattttgcttacttcccatttacttgagtttgttctgtgtttgatgaataatggaagttattaatttggctgtttaattgaggtttgctttgtaaatgatgccaaaacagATGAAGCCAGTTCATGGGATTTGGTGTCAGACACTGATTTGCTGGAGGGTGATTATAATGATGCAAGAAACTGTCTAGATCAAGACAGTT
ACGTTGTTGTCCAAGAAGAAGATATTGTGGATGGGATTGCCTGCTTCATGGCCACATACCTTTCATCACTGAAGCAGACTAAGGAACTTACACCGAAGCAACTTCAAAAAGCTTTGAGCAAAACATTTTCTACGAACAAAAAGAAAGGGAAGCTTCGCAGGATGTGGGATAGCAGCAAAGTTATATATAACGTGGTTTCA
TGGGGTGCTACTGCAGTGGGGATCTACCAAAATCCTGCTTTGATTAGAGCAGCTTCTGTTGCCTTCTGGACCTCCTGTCGTGTAGTTTCCAAGTTAATGTGAACATACAATGAGGAATACAACTGACAGTTATTGCCTTGTATATTAATGCATTCAAATGCTTATGGAGCGATTGATTAAATGTTTTATTCTTTTTTCCA
TTTGGGAGTTTCTGTTGGAGAATTAAATGATGTAATAATTGTACAGATAGCTCATTTTTCTGTGTTCTCATGTTTTCACCATCATTTTATTCAAATGCAATGTTCAAATAATTCAATGCTGTACACGAACACAAATATAAATATTATGGATGCCGTATGGAAAAGTTGAATTTAGAGTTTTGCATTTGCACACAGG