sp|F4IP69|MIP3_ARATH ----> Sec1 family domain-containing protein MIP3

Intron 1 GTTGTACTCA ... AACTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.09	49	31	9.2
A2	42.86	20	13	17
A3	43.69	31	32	16.1
A4	34.95	28	11	19.1
A5	32.35	23	10	12
A6	28.57	20	13	3
A7	24.39	31	6	14
A8	42.86	20	19	11
A9	40.67	19	10	16.1
A10	24.71	32	9	12

>TRINITY_DN133983_c6_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTCTCGTCTTTCAATGCTGGGGTTGTTTTGGCTAGCATCAAAGACTTGCCAGTTGGCTGTGTCCATGAGGAGCCTATCATCTTGTCTGTACAGGAATCCATACCTGCTGGAGAGATATTTATGTTCTCGGATTTGAACCATTTGGCAGCTTATCTTCTGAATCCTGGGATAATATATTTAACAGAATATTAAACTGCCG
GTGATTTTGTAAAGAGTTTTTTTGTTTAGGTGCATTGTATCTTGAAAGGGGATTGCTATCCACAATAGTGTTGTCTTGAAGGAAGATTTCTCGTACAAAATTGTTGCTTGGTTTGTTTGACTCCACTGATCTACCTTTTGCAAACTACTATGGTGTTAGTGTTTAGATTTATGTTTTATCTTAATTATATTTTAAAAGGA
TTTTTTTTGACTTTTGAATTTCTCTGCATTTCAGGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGGTATATTCTACGCTGCTTGCACATGCATCGTTCTATCCGACACTGCACCGTATTTACATCTATTTCAGAGAATGCACATTCAG
CATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATTTTGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACT
TCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTTCCTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATC
TGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGGTCAGATGGATCTTAAAATGGAGATTTTTACTCTGGGTCCACTGTCTCAAGCTATTGGAAAAGTTTTGACAGATTTGT
CTAGCCTTTATGATGTGGGAGGCCGTACAAAACGATCTACAGGCCTACTACTTATAGATCGCTCTCTTGATCTTGTGACGCCATGCTGTCATGGTGATTCACTTGTTGATCGAATGTTCTCAGCATTGCCTAGAAGGAACAGAAGCATATTCTCTCCACACTCACCAGATAACAGTGCACCTAACACAGTTAGCTCATCT
TGTTTGCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATTTATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAG
TCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAAAAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGA
TAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAGGCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAA
AGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGGGGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGA
ATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAATCACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAG
AGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGGCAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGT
GATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGTAGTTATCGTACTCTGTTTATTTTTGGAACTGTATCTGTTTGGTCTTGCTAATTAACCAGTAAATATGGCAAAAGATTTTAAAGGAAGATGTTTATCTTCTCAGGCGAAGCCAAG

>TRINITY_DN133983_c6_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTATACAGATTTAATTGGATAACGGACTGGAAATAATAAGCGAGAGAATAATGAGAAAGCAAACAAGATAATTGATACACAGCCTGCGAATGTTGGGATGCTGAGTTGTCCATCGCCATGGCTGGAGTGGACATGATCAAATCGTGTCTCAAAGCCCTTCATCAGATATCCGATCAAGTACTTGATTCAATTTTTTACT
TAGATGCTGGTTCAGCAGAGGCATTTCAATATGTTGGGGGCCTTCCGGTACTTTTGGAGCTTGGAGCTCGGGCTGTTTGCAGTCTGGAGCATGCATCGCCCCTTGATGTTGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGGTATATT
CTACGCTGCTTGCACATGCATCGTTCTATCCGACACTGCACCGTATTTACATCTATTTCAGAGAATGCACATTCAGCATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATTT
TGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACTTCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTTC
CTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATCTGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGGT
CAGgttgtactcatttttgttaccagtctctaatctactgttatgtttgaaaagttatttcctccatttcatgttgaatagtttagcagatctgcccctttgagttagattatgatattatttcttctctttaatttttttataaataccccatgattatgaaataataatttaacagctatcattacaattaagattgg
tacctacaactgtgcagATGGATCTTAAAATGGAGATTTTTACTCTGGGTCCACTGTCTCAAGCTATTGGAAAAGTTTTGACAGATTTGTCTAGCCTTTATGATGTGGGAGGCCGTACAAAACGATCTACAGGCCTACTACTTATAGATCGCTCTCTTGATCTTGTGACGCCATGCTGTCATGGTGATTCACTTGTTGAT
CGAATGTTCTCAGCATTGCCTAGAAGGAACAGAAGCATATTCTCTCCACACTCACCAGATAACAGTGCACCTAACACAGTTAGCTCATCTTGTTTGCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATT
TATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAGTCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAA
AAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGATAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAG
GCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAAAGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGG
GGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGAATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAAT
CACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAGAGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGG
CAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGTGATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGCGAAGCCAAGACTAGGTGATCAAAGTTT
ACTTTTTGTCTTTTTGGTTGGTGGAATAAATGCTTTGGAGGTTCGTGAAGCACATGAAGCACAATCATCAGCTGGTGCAGATGGAGTTGAACTGCTTCTTGGCGGTACCACTATTTTGACTCCGAATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCATGTAGCTACATATGATATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCTT
GTAGGCACACATGTGATTTGATTTCTTCCTTCACATTTCAGTAAATACTGTTAAGATAATGTGACTTTAGTAACCATAACACATGCTTCCTCTGACCTGCTGATTATTTCCTTCAGTATTTTGAAGGGTCAAATTTAAATTTCTTCTCCATGTTCTATCCCAGTCATGGGCATTATACCATAGTACCTTATATGTCATCG
TAGGGTATAAGCGTAAGTGAAATCAAATTCTTCATCAAGATATCTGATTGCTTGAGTTGTACTTTTACAGTCATTACTCTGCAAGTTGGGATGAGCCCATATTGCAAGCATGATTCTTCCAACATGTAGCATTTCTTAAGAAATGCTCATACATGAAACAGGCTTCTTGCTCATATGGCTGTTGCAAACATTTACGACAT
CAAAGGATGCTATTTCTTTGTAAGGTGGTCCCTAAATTTTTGTAGTCTTATTTTTTACACTTTACTCAACCATCATAGAGGGTTATCATGGATTTTGGTCTACAATCCATGGATGATTGTGATGAGAAATGAAAGACATTATATTTATCTATAAGCACAACCTGCAATTGTTTTCAAGGGATGTATTTTAATATGGATCA
TAGACTGTTCCTTGGATTAAAGAATATGCAAAACAATTCTTTAATAGTGCTAATTAGTACAAACATTGGAAAAATAAAATGTCACATTATTGATGACAGCAATTACGTCTGTTAAATTAATCATTGCAAAAATGATGTATAAATTATCAATTTTCTAAATGGCTTGACAGATCTTACAATATTTA

Intron 2 GTAGTTATCG ... ATCTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.32	37.3	18	8.8
A2	19.87	37.5	9	5
A3	10.64	51.6	5.9	2.2
A4	23.38	33.8	10	4.6
A5	13.2	22.7	3	1.7
A6	19.71	156.6	37.4	7.8
A7	21.48	170.8	45.5	7.2
A8	20.36	178.9	44.7	9.1
A9	19.54	148.5	35.4	7.8
A10	18.6	133.5	29.5	6.4

>TRINITY_DN133983_c6_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTATACAGATTTAATTGGATAACGGACTGGAAATAATAAGCGAGAGAATAATGAGAAAGCAAACAAGATAATTGATACACAGCCTGCGAATGTTGGGATGCTGAGTTGTCCATCGCCATGGCTGGAGTGGACATGATCAAATCGTGTCTCAAAGCCCTTCATCAGATATCCGATCAAGTACTTGATTCAATTTTTTACT
TAGATGCTGGTTCAGCAGAGGCATTTCAATATGTTGGGGGCCTTCCGGTACTTTTGGAGCTTGGAGCTCGGGCTGTTTGCAGTCTGGAGCATGCATCGCCCCTTGATGTTGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGGTATATT
CTACGCTGCTTGCACATGCATCGTTCTATCCGACACTGCACCGTATTTACATCTATTTCAGAGAATGCACATTCAGCATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATTT
TGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACTTCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTTC
CTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATCTGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGGT
CAGGTTGTACTCATTTTTGTTACCAGTCTCTAATCTACTGTTATGTTTGAAAAGTTATTTCCTCCATTTCATGTTGAATAGTTTAGCAGATCTGCCCCTTTGAGTTAGATTATGATATTATTTCTTCTCTTTAATTTTTTTATAAATACCCCATGATTATGAAATAATAATTTAACAGCTATCATTACAATTAAGATTGG
TACCTACAACTGTGCAGATGGATCTTAAAATGGAGATTTTTACTCTGGGTCCACTGTCTCAAGCTATTGGAAAAGTTTTGACAGATTTGTCTAGCCTTTATGATGTGGGAGGCCGTACAAAACGATCTACAGGCCTACTACTTATAGATCGCTCTCTTGATCTTGTGACGCCATGCTGTCATGGTGATTCACTTGTTGAT
CGAATGTTCTCAGCATTGCCTAGAAGGAACAGAAGCATATTCTCTCCACACTCACCAGATAACAGTGCACCTAACACAGTTAGCTCATCTTGTTTGCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATT
TATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAGTCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAA
AAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGATAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAG
GCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAAAGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGG
GGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGAATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAAT
CACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAGAGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGG
CAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGTGATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGCGAAGCCAAGACTAGGTGATCAAAGTTT
ACTTTTTGTCTTTTTGGTTGGTGGAATAAATGCTTTGGAGGTTCGTGAAGCACATGAAGCACAATCATCAGCTGGTGCAGATGGAGTTGAACTGCTTCTTGGCGGTACCACTATTTTGACTCCGAATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCATGTAGCTACATATGATATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCTT
GTAGGCACACATGTGATTTGATTTCTTCCTTCACATTTCAGTAAATACTGTTAAGATAATGTGACTTTAGTAACCATAACACATGCTTCCTCTGACCTGCTGATTATTTCCTTCAGTATTTTGAAGGGTCAAATTTAAATTTCTTCTCCATGTTCTATCCCAGTCATGGGCATTATACCATAGTACCTTATATGTCATCG
TAGGGTATAAGCGTAAGTGAAATCAAATTCTTCATCAAGATATCTGATTGCTTGAGTTGTACTTTTACAGTCATTACTCTGCAAGTTGGGATGAGCCCATATTGCAAGCATGATTCTTCCAACATGTAGCATTTCTTAAGAAATGCTCATACATGAAACAGGCTTCTTGCTCATATGGCTGTTGCAAACATTTACGACAT
CAAAGGATGCTATTTCTTTGTAAGGTGGTCCCTAAATTTTTGTAGTCTTATTTTTTACACTTTACTCAACCATCATAGAGGGTTATCATGGATTTTGGTCTACAATCCATGGATGATTGTGATGAGAAATGAAAGACATTATATTTATCTATAAGCACAACCTGCAATTGTTTTCAAGGGATGTATTTTAATATGGATCA
TAGACTGTTCCTTGGATTAAAGAATATGCAAAACAATTCTTTAATAGTGCTAATTAGTACAAACATTGGAAAAATAAAATGTCACATTATTGATGACAGCAATTACGTCTGTTAAATTAATCATTGCAAAAATGATGTATAAATTATCAATTTTCTAAATGGCTTGACAGATCTTACAATATTTA

>TRINITY_DN133983_c6_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTATACAGATTTAATTGGATAACGGACTGGAAATAATAAGCGAGAGAATAATGAGAAAGCAAACAAGATAATTGATACACAGCCTGCGAATGTTGGGATGCTGAGTTGTCCATCGCCATGGCTGGAGTGGACATGATCAAATCGTGTCTCAAAGCCCTTCATCAGATATCCGATCAAGTACTTGATTCAATTTTTTACT
TAGATGCTGGTTCAGCAGAGGCATTTCAATATGTTGGGGGCCTTCCGGTACTTTTGGAGCTTGGAGCTCGGGCTGTTTGCAGTCTGGAGCATGCATCGCCCCTTGATGTTGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGGTATATT
CTACGCTGCTTGCACATGCATCGTTCTATCCGACACTGCACCGTATTTACATCTATTTCAGAGAATGCACATTCAGCATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATTT
TGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACTTCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTTC
CTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATCTGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGGT
CAGGTTGTACTCATTTTTGTTACCAGTCTCTAATCTACTGTTATGTTTGAAAAGTTATTTCCTCCATTTCATGTTGAATAGTTTAGCAGATCTGCCCCTTTGAGTTAGATTATGATATTATTTCTTCTCTTTAATTTTTTTATAAATACCCCATGATTATGAAATAATAATTTAACAGCTATCATTACAATTAAGATTGG
TACCTACAACTGTGCAGATGGATCTTAAAATGGAGATTTTTACTCTGGGTCCACTGTCTCAAGCTATTGGAAAAGTTTTGACAGATTTGTCTAGCCTTTATGATGTGGGAGGCCGTACAAAACGATCTACAGGCCTACTACTTATAGATCGCTCTCTTGATCTTGTGACGCCATGCTGTCATGGTGATTCACTTGTTGAT
CGAATGTTCTCAGCATTGCCTAGAAGGAACAGAAGCATATTCTCTCCACACTCACCAGATAACAGTGCACCTAACACAGTTAGCTCATCTTGTTTGCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATT
TATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAGTCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAA
AAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGATAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAG
GCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAAAGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGG
GGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGAATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAAT
CACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAGAGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGG
CAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGTGATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGgtagttatcgtactctgtttatttttgga
actgtatctgtttggtcttgctaattaaccagtaaatatggcaaaagattttaaaggaagatgtttatcttctcagGCGAAGCCAAG

Intron 3 GTTGTACTCA ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.63	33	31	63
A2	65.75	25	13	48
A3	73.81	22	32	62
A4	66.2	24	11	47
A5	75.76	8	10	25
A6	56	22	13	28
A7	70.83	21	6	51
A8	69.44	11	19	25
A9	78.57	15	10	55
A10	71.58	27	9	68

>TRINITY_DN109084_c4_g2_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTATACAGATTTAATTGGATAACGGACTGGAAATAATAAGCGAGAGAATAATGAGAAAGCAAACAAGATAATTGATACACAGCCTGCGAATGTTGGGATGCTGAGTTGTCCATCGCCATGGCTGGAGTGGACATGATCAAATCGTGTCTCAAAGCCCTTCATCAGATATCCGATCAAGTACTTGATTCAATTTTTTAC
TTAGATGCTGGTTCAGCAGAGGCATTTCAATATGTTGGGGGCCTTCCGGTACTTTTGGAGCTTGGAGCTCGGGCTGTTTGCAGTCTGGAGCATGCATCGCCCCTTGATGTTGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGGTATAT
TCTACGCTGCTTGCACATGCATCGTTCTATCCGACACTGCACCGTATTTACATCTATTTCAGAGAATGCACATTCAGCATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATT
TTGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACTTCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTT
CCTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATCTGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGG
TCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATTTATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAGTCAGC
TAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAAAAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGATAAAT
GCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAGGCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAAAGTGT
CATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGGGGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGAATGTT
CTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAATCACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAGAGTAT
GGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGGCAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGTGATAT
ACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGCGAAGCCAAGACTAGGTGATCAAAGTTTACTTTTTGTCTTTTTGGTTGGTGGAATAAATGCTTTGGAGGTTCGTGAAGCACATGAAGCACAATCATCAGCTGGTGCAGATGGAGTTGAACTGC
TTCTTGGCGGTACCACTATTTTGACTCCGAATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCATGTAGCTACATATGATATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCTTGTAGGCACACATGTGATTTGATTTCTTCCTTCACATTTCAGTAAATACTGTTAAGATAATGTGACTTTAGTAACCATAACACATGCTTCCTCTGA
CCTGCTGATTATTTCCTTCAGTATTTTGAAGGGTCAAATTTAAATTTCTTCTCCATGTTCTATCCCAGTCATGGGCATTATACCATAGTACCTTATATGTCATCGTAGGGTATAAGTGTAAGTGAAATCAAATTCTTCATCAAGATATCTGATTGCTTGAGTTGTACTTTTACAGTCATTACTCTGCAAGTTGGGATGAG
CCCATATTGCAAGCATGATTCTTCCAACATGTAGCATTTCTTAAGAAATGCTCATACATGAAACAGGCTTCTTGCTCATATGGCTGTTGCAAACATTTACGACATCAAAGGATGCTATTTCTTTGTAAGGTGGTCCCTAAATTTTTGTAGTCTTATTTTTTACACTTTACTCAACCATCATAGAGGGTTATCATGGATTT
TGGTCTACAATCCATGGATGATTGTGATGAGAAATGAAAGACATTATATTTATCTATAAGCACAACCTGCAATTGTTTTCAAGGGATGTATTTTAATATGGATCATAGACTGTTCCTTGGATTAAAGAATATGCAAAACAATTCTTTAATAGTGCTAATTAGTACAAACATTGGAAAAATAAAATGTCACATTATTGATG
CC

>TRINITY_DN109084_c4_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATTTATACAGATTTAATTGGATAACGGACTGGAAATAATAAGCGAGAGAATAATGAGAAAGCAAACAAGATAATTGATACACAGCCTGCGAATGTTGGGATGCTGAGTTGTCCATCGCCATGGCTGGAGTGGACATGATCAAATCGTGTCTCAAAGCCCTTCATCAGATATCCGATCAAGTACTTGATTCAATTTTTTAC
TTAGATGCTGGTTCAGCAGAGGCATTTCAATATGTTGGGGGCCTTCCGGTACTTTTGGAGCTTGGAGCTCGGGCTGTTTGCAGTCTGGAGCATGCATCGCCCCTTGATGTTGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGGTATAT
TCTACGCTGCTTGCACATGCATCGTTCTATCCGACACTGCACCGTATTTACATCTATTTCAGAGAATGCACATTCAGCATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATT
TTGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACTTCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTT
CCTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATCTGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGG
TCAGgttgtactcatttttgttaccagtctctaatctactgttatgtttgaaaagttatttcctccatttcatgttgaatagtttagcagatctgcccctttgagttagattatgatattatttcttctctttaattttcttataaataccccatgattatgaaataataatttaacagctatcattacaattaagattg
gtatctacaactgtgcagatggatcttaaaatggagatttttactctgggtccactgtctcaagctattggaaaagttttgacagatttgtctagcctttatgatgtgggaggccgtacaaaacgatctacaggcctactacttatagatcgctctcttgatcttgtgacgccatgctgtcatggtgattcacttgttga
tcgaatgttctcagcattgcctagaagggacagaagcatattctctccacactcaccagataacagtgcacctaacacagttagctcatcttgtttgcagCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCAT
TTATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAGTCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATA
AAAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGATAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGA
GGCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAAAGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTG
GGGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGAATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAA
TCACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAGAGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAG
GCAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGTGATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGCGAAGCCAAGACTAGGTGATCAAAGTT
TACTTTTTGTCTTTTTGGTTGGTGGAATAAATGCTTTGGAGGTTCGTGAAGCACATGAAGCACAATCATCAGCTGGTGCAGATGGAGTTGAACTGCTTCTTGGCGGTACCACTATTTTGACTCCGAATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCATGTAGCTACATATGATATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCT
TGTAGGCACACATGTGATTTGATTTCTTCCTTCACATTTCAGTAAATACTGTTAAGATAATGTGACTTTAGTAACCATAACACATGCTTCCTCTGACCTGCTGATTATTTCCTTCAGTATTTTGAAGGGTCAAATTTAAATTTCTTCTCCATGTTCTATCCCAGTCATGGGCATTATACCATAGTACCTTATATGTCATC
GTAGGGTATAAGTGTAAGTGAAATCAAATTCTTCATCAAGATATCTGATTGCTTGAGTTGTACTTTTACAGTCATTACTCTGCAAGTTGGGATGAGCCCATATTGCAAGCATGATTCTTCCAACATGTAGCATTTCTTAAGAAATGCTCATACATGAAACAGGCTTCTTGCTCATATGGCTGTTGCAAACATTTACGACA
TCAAAGGATGCTATTTCTTTGTAAGGTGGTCCCTAAATTTTTGTAGTCTTATTTTTTACACTTTACTCAACCATCATAGAGGGTTATCATGGATTTTGGTCTACAATCCATGGATGATTGTGATGAGAAATGAAAGACATTATATTTATCTATAAGCACAACCTGCAATTGTTTTCAAGGGATGTATTTTAATATGGATC
ATAGACTGTTCCTTGGATTAAAGAATATGCAAAACAATTCTTTAATAGTGCTAATTAGTACAAACATTGGAAAAATAAAATGTCACATTATTGATGCC

Intron 4 GTATATTCTA ... TATTTCAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	62.89	33.3	61.4	51
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A7	55.3	37.9	55.4	38
A8	62.07	9.8	17.3	15
A9	61.28	31.5	52.6	46.9
A10	59.89	40.3	78.3	42

>TRINITY_DN133983_c6_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTATACAGATTTAATTGGATAACGGACTGGAAATAATAAGCGAGAGAATAATGAGAAAGCAAACAAGATAATTGATACACAGCCTGCGAATGTTGGGATGCTGAGTTGTCCATCGCCATGGCTGGAGTGGACATGATCAAATCGTGTCTCAAAGCCCTTCATCAGATATCCGATCAAGTACTTGATTCAATTTTTTACT
TAGATGCTGGTTCAGCAGAGGCATTTCAATATGTTGGGGGCCTTCCGGTACTTTTGGAGCTTGGAGCTCGGGCTGTTTGCAGTCTGGAGCATGCATCGCCCCTTGATGTTGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGAATGCAC
ATTCAGCATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATTTTGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGG
CCAACTTCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTTCCTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACG
CCTATCTGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGGTCAGATGGATCTTAAAATGGAGATTTTTACTCTGGGTCCACTGTCTCAAGCTATTGGAAAAGTTTTGACAG
ATTTGTCTAGCCTTTATGATGTGGGAGGCCGTACAAAACGATCTACAGGCCTACTACTTATAGATCGCTCTCTTGATCTTGTGACGCCATGCTGTCATGGTGATTCACTTGTTGATCGAATGTTCTCAGCATTGCCTAGAAGGAACAGAAGCATATTCTCTCCACACTCACCAGATAACAGTGCACCTAACACAGTTAGC
TCATCTTGTTTGCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATTTATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGG
GTGCAGTCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAAAAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTT
CTTTGATAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAGGCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATT
AATCAAAGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGGGGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAAT
TCTTGAATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAATCACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGG
AGCAAGAGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGGCAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCA
AAATGTGATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGCGAAGCCAAGACTAGGTGATCAAAGTTTACTTTTTGTCTTTTTGGTTGGTGGAATAAATGCTTTGGAGGTTCGTGAAGCACATGAAGCACAATCATCAGCTGGTGCAGATGG
AGTTGAACTGCTTCTTGGCGGTACCACTATTTTGACTCCGAATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCATGTAGCTACATATGATATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCTTGTAGGCACACATGTGATTTGATTTCTTCCTTCACATTTCAGTAAATACTGTTAAGATAATGTGACTTTAGTAACCATAACACAT
GCTTCCTCTGACCTGCTGATTATTTCCTTCAGTATTTTGAAGGGTCAAATTTAAATTTCTTCTCCATGTTCTATCCCAGTCATGGGCATTATACCATAGTACCTTATATGTCATCGTAGGGTATAAGCGTAAGTGAAATCAAATTCTTCATCAAGATATCTGATTGCTTGAGTTGTACTTTTACAGTCATTACTCTGCAA
GTTGGGATGAGCCCATATTGCAAGCATGATTCTTCCAACATGTAGCATTTCTTAAGAAATGCTCATACATGAAACAGGCTTCTTGCTCATATGGCTGTTGCAAACATTTACGACATCAAAGGATGCTATTTCTTTGTAAGGTGGTCCCTAAATTTTTGTAGTCTTATTTTTTACACTTTACTCAACCATCATAGAGGGTT
ATCATGGATTTTGGTCTACAATCCATGGATGATTGTGATGAGAAATGAAAGACATTATATTTATCTATAAGCACAACCTGCAATTGTTTTCAAGGGATGTATTTTAATATGGATCATAGACTGTTCCTTGGATTAAAGAATATGCAAAACAATTCTTTAATAGTGCTAATTAGTACAAACATTGGAAAAATAAAATGTCA
CATTATTGATGACAGCAATTACGTCTGTTAAATTAATCATTGCAAAAATGATGTATAAATTATCAATTTTCTAAATGGCTTGACAGATCTTACAATATTTA

>TRINITY_DN133983_c6_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTCTCGTCTTTCAATGCTGGGGTTGTTTTGGCTAGCATCAAAGACTTGCCAGTTGGCTGTGTCCATGAGGAGCCTATCATCTTGTCTGTACAGGAATCCATACCTGCTGGAGAGATATTTATGTTCTCGGATTTGAACCATTTGGCAGCTTATCTTCTGAATCCTGGGATAATATATTTAACAGAATATTAAACTGCCG
GTGATTTTGTAAAGAGTTTTTTTGTTTAGGTGCATTGTATCTTGAAAGGGGATTGCTATCCACAATAGTGTTGTCTTGAAGGAAGATTTCTCGTACAAAATTGTTGCTTGGTTTGTTTGACTCCACTGATCTACCTTTTGCAAACTACTATGGTGTTAGTGTTTAGATTTATGTTTTATCTTAATTATATTTTAAAAGGA
TTTTTTTTGACTTTTGAATTTCTCTGCATTTCAGGCTGTTTGCTGGCATGAAACATCTGATGAACCAATTCGGAAGATGGTGGTCATGACATCACGTCTCTTGAGCGATGCACATCGgtatattctacgctgcttgcacatgcatcgttctatccgacactgcaccgtatttacatctatttcagagAATGCACATTCAG
CATATGTTGATGCACCTTTGGGCCCTGATGCTTATCGAGAATACGAAGCCTTGCTATTTCAGGATTACCAAGAGCTTGTTTTGAAGTCTGAGTTTGCCCAAAGATCTGCAGAAACAAATGATTTTGAAAGCTCAGTACAAAGTCCACAGGCATTACAGGAAAGCATTGCTGTCAAGGAAGAGGATTGGCCATGGCCAACT
TCAAGTGAAGGTGGAATCTTTGCTCTCGAAGAGAATTCTGCTGGGAAGAGCTTAGATGGTCTCAGTTCTACAATTACGAAGGAAGAATCTTGGAAGCATTTAAAAGTGTCGGTGAAACACTTTCCTATGGTCTTTTGCCCACTTTCACCCAAATTCTTTGTTTTACCATCAGAGAGTGCTGTTGCAGAAGCACGCCTATC
TGATAAATTTCACAATTCTTTGAGCCCAGGGTTGCCACCAATTAGTATGGAATTGACTTCTGATGGGGATGATATTCCACCAGGAGCAACTCTAATTGCACACTTTCTTCATCATCTTGCTGGTCAGATGGATCTTAAAATGGAGATTTTTACTCTGGGTCCACTGTCTCAAGCTATTGGAAAAGTTTTGACAGATTTGT
CTAGCCTTTATGATGTGGGAGGCCGTACAAAACGATCTACAGGCCTACTACTTATAGATCGCTCTCTTGATCTTGTGACGCCATGCTGTCATGGTGATTCACTTGTTGATCGAATGTTCTCAGCATTGCCTAGAAGGAACAGAAGCATATTCTCTCCACACTCACCAGATAACAGTGCACCTAACACAGTTAGCTCATCT
TGTTTGCAGCGTCCTACAACTGATTTTAGAGTTCCACTGGAGAGCATTTTCAAGCCAGGCAATTCTATTAACAATGAGGGCCATTTCTCAAATGAAGGTCTGACTGCATTTATGTCAGGTTGGAAGGGGACGTTTGGTTTGCTAACTCCAGGTGCACCTGATGAGAAGAATAGAAATCTTCTTATAGAGAAAGGGTGCAG
TCAGCTAGATCCAATGTATGGGTCACTTGCTTCTTCTGGGAGTTGTAATGATGTGCACTGTCTAGAAGCTTTACTTGAAAGACGTACAAAAGATGGGACACTACTTATAAAAAAATGGCTCCAAGAATTACTCCATCAAGAAAAAGTTAGTCTGAGAAGTCGCCTCGGTGCTGTTACAGCATCTGAATTGTGTTCTTTGA
TAAATGCCTTAGCCTCAAGCCCATCAAGCCTCATGAGAAGTAGAGGGATTATCCAACTAGCAAAAGCTGCTGAAGTAGCCCTAAGCGAGCCATGGAGTACATGTTGGGAGGCTTTTGCAAGTGCGGAGAGAATATTGATGCTGAGTGCTGGAGATACAAGCCAAAGTCTCTCTAGTCAAATACAAGACCTTATTAATCAA
AGTGTCATATGGAGAACCCAAAATCAAGGCAAGAGTCATGAACCACCTCCTGGTCTTCTTTCAATCAGAGATGCCATAATTCTTTCAATTGTTGGGTATTCCTTGGCTGGGGAAAGTTTCAGAAGTTCTGGCTTGGAAGGGCCATTCTCATGGGAAGAGGAACATTCTTTGAAAGAAGCAATTGTCGATGCAATTCTTGA
ATGTTCTCCAGGTGTCAATATTGGATTCCTCCATGGTTTAGAGGGGGCATTAGAATCTCACTGGAAAAACTTACAGTCGAAGAATCTCAATGAAGCCCAACCAGAGCAATCACATGAAGTTGAAGATCATAGTTCCATTGATTTTGATGATCAGTGGGGCAGCTGGGAGGATGAAGAAGCGGAAGGAGATAGGGAGCAAG
AGTATGGAGAATTGCAACTTAAACTGGAATTGCGTGATAGGTTGGATAATGTTTTCAAGGTTCTCCACAAAGTATCGGATGCAAGAAGGGCCTTACTATTTAGGGACAGGCAATCAACTTTAGAAGAAATTTCAAATGTTACTTCATATACAAACAGGGGATTAATTTCGAAAATTTTATCAATGGTCTTTGCAAAATGT
GATATACCTGGATTAGAGTATCATTCCTCTGCAATGGGGCGGCTTTTCAAAAGTGGATTTGGTAGATTTGGTCTTGGACAGGCGAAGCCAAGACTAGGTGATCAAAGTTTACTTTTTGTCTTTTTGGTTGGTGGAATAAATGCTTTGGAGGTTCGTGAAGCACATGAAGCACAATCATCAGCTGGTGCAGATGGAGTTGA
ACTGCTTCTTGGCGGTACCACTATTTTGACTCCGAATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCATGTAGCTACATATGATATGACATGTTTGAGTTACTGCTGGGTTCTTGTAGGCACACATGTGATTTGATTTCTTCCTTCACATTTCAGTAAATACTGTTAAGATAATGTGACTTTAGTAACCATAACACATGCTTCC
TCTGACCTGCTGATTATTTCCTTCAGTATTTTGAAGGGTCAAATTTAAATTTCTTCTCCATGTTCTATCCCAGTCATGGGCATTATACCATAGTACCTTATATGTCATCGTAGGGTATAAGCGTAAGTGAAATCAAATTCTTCATCAAGATATCTGATTGCTTGAGTTGTACTTTTACAGTCATTACTCTGCAAGTTGGG
ATGAGCCCATATTGCAAGCATGATTCTTCCAACATGTAGCATTTCTTAAGAAATGCTCATACATGAAACAGGCTTCTTGCTCATATGGCTGTTGCAAACATTTACGACATCAAAGGATGCTATTTCTTTGTAAGGTGGTCCCTAAATTTTTGTAGTCTTATTTTTTACACTTTACTCAACCATCATAGAGGGTTATCATG
GATTTTGGTCTACAATCCATGGATGATTGTGATGAGAAATGAAAGACATTATATTTATCTATAAGCACAACCTGCAATTGTTTTCAAGGGATGTATTTTAATATGGATCATAGACTGTTCCTTGGATTAAAGAATATGCAAAACAATTCTTTAATAGTGCTAATTAGTACAAACATTGGAAAAATAAAATGTCACATTAT
TGATGACAGCAATTACGTCTGTTAAATTAATCATTGCAAAAATGATGTATAAATTATCAATTTTCTAAATGGCTTGACAGATCTTACAATATTTA