sp|B8ARW2|TNPO1_ORYSI ----> Transportin-1

Intron 1 GTTATTCTGT ... TTGGCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.81	47	9	13
A2	29.7	23	13	6.8
A3	19.68	32	9	7
A4	19.45	31	6.3	9.5
A5	13	26	4	4.3
A6	14.21	19	4	2.8
A7	9.69	30	4	2.8
A8	13.96	5	1	0.8
A9	7.83	17	1	2.3
A10	4.07	18	0	1.8

>TRINITY_DN126661_c2_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

CACCGTTCCATGTGACCACAAGGTCTGAACTTTCTCAAGCCCAGACAACAAAGGCAACACATTTATTAATCTCACACCCTCTGTCCTTGACCTTTTTCTTCGTCGTGCGCGAGATATATAGAAGAACAGCAAGCGGAATTTGCAGCAGCACAAATTCCGATCTGTTGTCCTCGGATCAGATTAGCAAATTCGGAGGTTTG
ATTTGCTTTCGCGGGCAGCCATAGTTATATACATTCATCGGCGGCTGCTTGCTGTGCATAATATAGAGTACCATACTAGGGTAAATTAATCAGACTAGCGAAATGGCTACAACTATCTGGCAACCTAAGGAAGAAGGGTTGAGAGAGATCTGTGGACTTCTGGAGGAATACAGGTCCCCAACTTCCGATCAGGCCCGTAT
TTGGCAGCAATTACAACGTTACAGTCAATTGCCCGATTTCGGCAACTATTTAACTTTTATACTCGCCCGGGCCGAGGGAAAATCTGTTGAAGTACGACAGGCAGCAGGACTGCTTTTGAAAAATAATCTGAGGACAAATTTTCATATGATGATTGCTTCTTATCAACAATATATCAAATCAGAGTTGCTACCTTGCCTGG
GGGCACCTGATAGACACCTCCGTTCAACAGTAGGAACTGTTGTCAGTGTTATAGTTCAGCAAGTACAGGTGCAGGGTTGGCCAGAATTACTGCAGGCACTGGTTCAATGCTTTGATAGCAATGACTTTAATCATATGGAAGGTGCTCTTGATGCACTATCAAAGATATGCGAAGATATACCAGAGGAACTAGATGCTGAT
GTGCCGGGTTTACCAGAGCGAGCTATCAATATCTTCTTGCCCAGATTATTTCAGTTCTTCCAGTCACCTCATGTTTCTCTCAGGAAACTAGCACTTGGCTCTGTAAACCAATTTATTGTGTTTATGCCTACAGCATTGTTACTATCAATGGATCAATATCTTCAGGGCCTATTTACTCTTGCTCAGGATCCTGCTGCCGA
AGTGAGGAAATTGGTATGTGCGGCATTGGTTCAACTACTTGAGATTCGGCCTGATTTCCTGCAGCCCCACATGAGAAATGTCATTGAATACATGCTGCAAGCAAATCAAGACAGCGATGCGGATGTGGCTCTTGAAGCATGTGAATTCTGGACTGCATTTTGCGAAGCTCGTCTTCCCCCAGAGATATTGAGAGAATTTC
TGTCACGCTTGATTGCGGTATTGTTGTTGAACATGGTATATGCAGATGATGATGAAGCACTTGTTGATGCGGAGGTGGATGAAACTGTGCCTGACAGGGATCAGGATTTGAAACCTAGGTTTCGCAATTCACGAGCTCATGGGGCAGATGGTGCTGATGAGGAAGAAGATGAAGATGATATTATCAATTCGTGGAATTTG
AGAAAATGCAGTGCTGCCGGGCTTGATGTACTATCTACTGTATTTGGTGATGAAATTCTTCCAATTCTTATGCCTTTAGTACAGGCAAAATTGTCAAATATCAACATTTCCTGGAAGGAGAGAGAAGCTGCTGTTTTGGCACTGGGTGCGATTGCGGAAGGCTGTATCAATGGCCTTTTCCCACACTTACGGGAGATCGT
GGCATTTCTTGTACCTCTTCTTGATGATAAGTTTCCTCTAGTGCGGAGTATCACATGCTGGACCCTTTCTCGCTACAGTAAATGGATTGTTCAGGGTGCAGGACATCTAGAGGGGCATGATCAATTTGATAAGGTGCTCACTGGTCTCCTTAGACGGATTTTAGACAGCAACAAGAGAGTCCAGGAGGCTGCTTGTTCGG
CCTTTGCTACCCTTGAAGAGGAGGCCGCAGAAGAGTTGGCACCTCGGTTGGAGCTCATTTTACAGCACCTCTTGTGTGCTTTTGGTAAATATCAGAGGCGGAATCTTCGAATTGTGTATGATGCAATTGGTACACTTGCAGATGCTGTTGGAGGGGAGCTCAATCAGGCTAAATATCTTGAGATTCTGATGCCACCACTG
ATTGCAAAGTGGCAACAACACTCAAATTTTGACAGGGACCTTTTTCCATTGCTTGAATGCTTCACATCAATAGCACAGGCATTAGGGCCTGGATTTTCTCAGTATGCCGAACCTGTGTTTTTGAGATGTATCACTCTGATACGAACCCAACAAATTGCAAAGGGTGATCCTGTAAGAGCAGGCACTGCATATGATAAAGA
GTTTATAGTTTGCTCTCTGGACTTGCTGTCTGGCCTTGCTGAAGGTCTTGGCAGTGGAATTGAAAGTCTGGTTGCCCGAAGTGATCTGAGAGACCTACTTCTGCAATGTTGTGCAGATGAAGCTGCTGATGTTCGTCAGAGTGCTCTTGCACTACTTGGTGACCTTGCAAAAGTTTGCACAGTGCATTTGCAGCCACATT
TGCCTGAATTCCTTGGCATTGCTGCTAAACAGCTGCAAGCTGTTGAAGTGAAGGAAAATGTTTCTGTTGCAAATAATGCTTGCTGGGCCATTGGGGAGATAGCTGTTAAGATTCGACAAGAAATCTCTCCAATTGTGTTGAGTGTTATAGCATCACTTGTTCCCATCCTTTCTAATACCGAGGGCTTGAACAAGTCACTT
CTTGAGAATAGTGCTATAACTTTGGGGAGACTGGGATGGGTTTGTCCAGAGCTAGTCTCACCACATATGGAACATTTCATGCGGCCATGGTGCTATGCTCTTCAGACGTTGCCCGAAGTGATCTGAGAGACCTACTTCTGCAATGTTGTGCAGATGAAGCTGCTGATGTTCGTCAGAGTGCTCTTGCACTACTTGGTGAC
CTTGCAAAAGTAGGTGACTTTGTCAATACTGTATATAGAATTCATTTAGCTTGTGTTTTTGGGTTTATTAAGATATTTGCAAGTTGTATGCTTTTCTTTTCTACCGATTGATGTTGTGGTTTTGCTTTTTATTAACCAGGTTTGCAC

>TRINITY_DN126661_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACCGTTCCATGTGACCACAAGGTCTGAACTTTCTCAAGCCCAGACAACAAAGGCAACACATTTATTAATCTCACACCCTCTGTCCTTGACCTTTTTCTTCGTCGTGCGCGAGATATATAGAAGAACAGCAAGCGGAATTTGCAGCAGCACAAATTCCGATCTGTTGTCCTCGGATCAGATTAGCAAATTCGGAGGTTTG
ATTTGCTTTCGCGGGCAGCCATAGTTATATACATTCATCGGCGGCTGCTTGCTGTGCATAATATAGAGTACCATACTAGGGTAAATTAATCAGACTAGCGAAATGGCTACAACTATCTGGCAACCTAAGGAAGAAGGGTTGAGAGAGATCTGTGGACTTCTGGAGGAATACAGGTCCCCAACTTCCGATCAGGCCCGTAT
TTGGCAGCAATTACAACGTTACAGTCAATTGCCCGATTTCGGCAACTATTTAACTTTTATACTCGCCCGGGCCGAGGGAAAATCTGTTGAAGTACGACAGGCAGCAGGACTGCTTTTGAAAAATAATCTGAGGACAAATTTTCATATGATGATTGCTTCTTATCAACAATATATCAAATCAGAGTTGCTACCTTGCCTGG
GGGCACCTGATAGACACCTCCGTTCAACAGTAGGAACTGTTGTCAGTGTTATAGTTCAGCAAGTACAGGTGCAGGGTTGGCCAGAATTACTGCAGGCACTGGTTCAATGCTTTGATAGCAATGACTTTAATCATATGGAAGGTGCTCTTGATGCACTATCAAAGATATGCGAAGATATACCAGAGGAACTAGATGCTGAT
GTGCCGGGTTTACCAGAGCGAGCTATCAATATCTTCTTGCCCAGATTATTTCAGTTCTTCCAGTCACCTCATGTTTCTCTCAGGAAACTAGCACTTGGCTCTGTAAACCAATTTATTGTGTTTATGCCTACAGCATTGTTACTATCAATGGATCAATATCTTCAGGGCCTATTTACTCTTGCTCAGGATCCTGCTGCCGA
AGTGAGGAAATTGGTATGTGCGGCATTGGTTCAACTACTTGAGATTCGGCCTGATTTCCTGCAGCCCCACATGAGAAATGTCATTGAATACATGCTGCAAGCAAATCAAGACAGCGATGCGGATGTGGCTCTTGAAGCATGTGAATTCTGGACTGCATTTTGCGAAGCTCGTCTTCCCCCAGAGATATTGAGAGAATTTC
TGTCACGCTTGATTGCGGTATTGTTGTTGAACATGGTATATGCAGATGATGATGAAGCACTTGTTGATGCGGAGGTGGATGAAACTGTGCCTGACAGGGATCAGgttattctgttgattctgtgatctatgtcatggactggttaaggattttatgtttaaagttgtagtttaacaataaagagaactgttttgcaaata
tttggccacagGATTTGAAACCTAGGTTTCGCAATTCACGAGCTCATGGGGCAGATGGTGCTGATGAGGAAGAAGATGTATGTTCTTTTTTATTGTTTGTTTTTTGTGATAATTTTGCTGGTTGCTCAAGGCATAAGTTATAGTATAATACCATCTTTTAGTTTTTATCTGGCAATTGTTTTGGTTACTGTG

Intron 2 GTATGTATAA ... TGACATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.59	41	6	16.5
A2	31.29	16	8.1	4.8
A3	14.96	19	3.7	4.4
A4	10.6	23	3.2	4.1
A5	15.15	30	6.8	2.5
A6	7.74	39	3.6	8.5
A7	12.4	56	9.5	9
A8	12.55	34	5.2	7.1
A9	16.28	43	10.9	3.3
A10	11.73	23	3.6	0.8

>TRINITY_DN126661_c2_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform

TATCTTAAGAGTCGAGCAAAGTCAGTTGAGGCTTCCTAAATTTTTTGACCTAGTTGCTTCAGTAGAAAAGTCTGCCTGGAGACTTTCTTTAGTATGGAGTCATGGACTCCTTGGAGAGAAAACCGGGGCTCCTTATAGTGGATCAAGTGGATGACCATGCCACTAATAGGAGTGGGTTTCTACTAATCACTGGTTTTGTT
CCTGTTTGGTTATTTCTTATATTGTATGCCTGCACTCCCTTATTAACTAAGTATCTTTCTGGACTTTCTCTATTTTGTGCAGGCATTAGGGCCTGGATTTTCTCAGTATGCCGAACCTGTGTTTTTGAGATGTATCACTCTGATACGAACCCAACAAATTGCAAAGGGTGATCCTGTAAGAGCAGGCACTGCATATGATA
AAGAGTTTATAGTTTGCTCTCTGGACTTGCTGTCTGGCCTTGCTGAAGGTCTTGGCAGTGGAATTGAAAGTCTGGTTGCCCGAAGTGATCTGAGAGACCTACTTCTGCAATGTTGTGCAGATGAAGCTGCTGATGTTCGTCAGAGTGCTCTTGCACTACTTGGTGACCTTGCAAAAGTTTGCACAGTGCATTTGCAGCCA
CATTTGCCTGAATTCCTTGGCATTGCTGCTAAACAGCTGCAAGCTGTTGAAGTGAAGGAAAATGTTTCTGTTGCAAATAATGCTTGCTGGGCCATTGGGGAGATAGCTGTTAAGATTCGACAAGAAATCTCTCCAATTGTGTTGAGTGTTATAGCATCACTTGTTCCCATCCTTTCTAATACCGAGGGCTTGAACAAGTC
ACTTCTTGAGAATAGTGCTATAACTTTGGGGAGACTGGGATGGGTTTGTCCAGAGCTAGTCTCACCACATATGGAACATTTCATGCGGCCATGGTGCTATGCTCTTCAGACGATTCGTGATGATATTGAGAAAGAGGATGCGTTTCGAGGCCTTTGTGCTATGGTGAGAGCAAATCCTTCTGGTGCTTTGAGCTCTCTTG
TCCAAATGTGTCAGGCCATTGCAAGCTGGCATGAAATACGGAGTGAGGAATTACACACTGACATATGCCAGGTTCTGCATGGTTACAAGCAGATGCTTGGAGGAGCTGCATGGGAACAGTGCATGTCTGCTCTACAGTCTTCAGTGAAAGAGAAATTGCTGAAGTATGGCATATAAAATGTCTGGTAAACAGTTGTGGTG
CTACTCTAATTGTCGTTATTGTTCACTAGGAATTTGTCCTTGGTCTAACATATTCATGTGTGCCCTCCGTCACATCTTGTTAGTGGTTCTTCAAGAGCTCATATGCTCTTTATAGAATGCTCTCCTCTGAAACACCTTGTTCTGCACCTCAATATTAGTTCTTGGGCATAGGATATTATCTACTTGCAGTTGATATGTGG
CGTTGGATGTTCCTTACAGAGCTTGTTATGAGTCAGGTTTAAGGCTCTCGATTCTTGTTTGAATCTGTCTATTCTTTTATTTATTAGCCTTCCTATTTATACCTGGTGGCTGTTCCAGTAAGAGATTTCAGCAGAGTAAATTTTGAGACAGGCACTGGTGATTGGAGGTAATGCACAAATAGAAGTTTCTGAAGCAGTAC
ATGTAGTTCTGCATCTATGAGCTTTTCCAAGTCTTGTCAGCAGGCATCAAAAGGAGCTGTTCTGATTGAGTAGGTATCGGGACATCAAGTCTATGTGACAACATGTGGTTACAATCTGCTTCTGTTTGAAAATCTTAGTTTTTCCCCTCACCATGCACGAGGAAGTTGCATCAACAGGAGCTTTGTGATTTAAGCATTCT
GTAATTTTGTGGATGTCAGCATTTGCAGTACCGGGAGTTGCTGGTTACTAGTACCTTTTGATTAAAGGGAATGATGCATTGTACCTTCAGCATTAGTTGAGTAGAGACGTGTATAGAAGGGAATATTGCTGATTGCTGGATGTACGCAAATATGCATGATTTTATGAGATTAATGAGCTCATTTTTAATATGATAAATCT
GTTCTCAGCTAGTCTGAGGTATCGTGAAATGATTTTTTTGAAAAACC

>TRINITY_DN126661_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTCGAGGCCTTTGTGCTATGgtatgtataatatatgtatcataaactcttgacaaaccattttagcagaccatttcagcataccatttttgttagaactaattatgacatacagGTGAGAGCAAATCCTTCTGGTGCTTTGAGCTCTCTTGTCCAAATGTGTCAGGCCATTGCAAGCTGGCATGAAATACGGAGTGAGG
AATTACACACTGACATATGCCAGGTTCTGCATGGTTACAAGCAGATGCTTGGAGGAGCTGCATGGGAACAGTGCATGTCTGCTCTACAGTCTTCAGTGAAAGAGAAATTGCTGAAGTATGGCATATAAAATGTCTGGTAAACAGTTGTGGTGCTACTCTAATTGTCGTTATTGTTCACTAGGAATTTGTCCTTGGTCTAA
CATATTCATGTGTGCCCTCCGTCACATCTTGTTAGTGGTTCTTCAAGAGCTCATATGCTCTTTATAGAATGCTCTCCTCTGAAACACCTTGTTCTGCACCTCAATATTAGTTCTTGGGCATAGGATATTATCTACTTGCAGTTGATATGTGGCGTTGGATGTTCCTTACAGAGCTTGTTATGAGTCAGGTTTAAGGCTCT
CGATTCTTGTTTGAATCTGTCTATTCTTTTATTTATTAGCCTTCCTATTTATACCTGGTGGCTGTTCCAGTAAGAGATTTCAGCAGAGTAAATTTTGAGACAGGCACTGGTGATTGGAGGTAATGCACAAATAGAAGTTTCTGAAGCAGTACATGTAGTTCTGCATCTATGAGCTTTTCCAAGTCTTGTCAGCAGGCATC
AAAAGGAGCTGTTCTGATTGAGTAGGTATCGGGACATCAAGTCTATGTGACAACATGTGGTTACAATCTGCTTCTGTTTGAAAATCTTAGTTTTTCCCCTCACCATGCACGAGGAAGTTGCATCAACAGGAGCTTTGTGATTTAAGCATTCTGTAATTTTGTGGATGTCAGCATTTGCAGTACCGGGAGTTGCTGGTTAC
TAGTACCTTTTGATTAAAGGGAATGATGCATTGTACCTTCAGCATTAGTTGAGTAGAGACGTGTATAGAAGGGAATATTGCTGATTGCTGGATGTACGCAAATATGCATGATTTTATGAGATTAATGAGCTCATTTTTAATATGATAAATCTGTTCTCAGCTAGTCTGAGGTATCGTGAAATGATTTTTTTGAAAAACC

Intron 3 GTAATATCTC ... GGAACCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.36	23	4	5
A2	16.13	26	3	7
A3	26.67	22	8	8
A4	12.5	14	4	0
A5	30.43	8	6	1
A6	20.75	21	9	2
A7	14.81	23	5	3
A8	18.92	15	4	3
A9	7.14	13	0	2
A10	14.29	18	4	2

>TRINITY_DN104235_c0_g1_i13 from sample A5 / Example spliced isoform

ATCAGGTTCTGCAATGGGATGTGGAGGACATGAAGAATATTGGAATAGGTGAAATATCTAAGGCGGGGTGCAGGACATCTAGAGGGGCATGATCAATTTGATAAGGTGCTCACTGGTCTCCTTAGACGGATTTTAGACAGCAACAAGAGAGTCCAGGAGGCTGCTTGTTCGGCCTTTGCTACCCTTGAAGAGGAGGCCGC
AGAAGAGTTGGCACCTCGGTTGGAGCTCATTTTACAGCACCTCTTGTGTGCTTTTGGTAAATATCAGAGGCGGAATCTTCGAATTGTGTATGATGCAATTGGTACACTTGCAGATGCTGTTGGAGGGGAGCTCAATCAGGCTAAATATCTTGAGATTCTGATGCCACCACTGATTGCAAAGTGGCAACAACACTCAAATT
TTGACAGGGACCTTTTTCCATTGCTTGAATGCTTCACATCAATAGCACAGGCATTAGGGCCTGGATTTTCTCAGTATGCCGAACCTGTGTTTTTGAGATGTATCACTCTGATACGAACCCAACAAATTGCAAAGGGTGATCCTGTAAGAGCAGGCACTGCATATGATAAAGAGTTTATAGTTTGCTCTCTGGACTTGCTG
TCTGGCCTTGCTGAAGGTCTTGGCAGTGGAATTGAAAGTCTGGTTGCCCGAAGTGATCTGAGAGACCTACTTCTGCAATGTTGTGCAGATGAAGCTGCTGATGTTCGTCAGAGTGCTCTTGCACTACTTGGTGACCTTGCAAAAGTTTGCACAGTGCATTTGCAGCCACATTTGCCTGAATTCCTTGGCATTGCTGCTAA
ACAGCTGCAAGCTGTTGAAGTGAAGGAAAATGTTTCTGTTGCAAATAATGCTTGCTGGGCCATTGGGGAGATAGCTGTTAAGATTCGACAAGAAATCTCTCCAATTGTGTTGAGTGTTATAGCATCACTTGTTCCCATCCTTTCTAATACCGAGGGCTTGAACAAGTCACTTCTTGAGAATAGTGCTATAACTTTGGGGA
GACTGGGATGGGTTTGTCCAGAGCTAGTCTCACCACATATGGAACATTTCATGCGGCCATGGTGCTATGCTCTTCAGACGATTCGTGATGATATTGAGAAAGAGGATGCGTTTCGAGGCCTTTGTGCTATGGTGAGAGCAAATCCTTCTGGTGCTTTGAGCTCTCTTGTCCAAATGTGTCAGGCCATTGCAAGCTGGCAT
GAAATACGGAGTGAGGAATTACACACTGACATATGCCAGGTTCTGCATGGTTACAAGCAGATGCTTGGAGGAGCTGCATGGGAACAGTGCATGTCTGCTCTACAGTCTTCAGTGAAAGAGAAATTGCTGAAGTATGGCATATAAAATGTCTGGTAAACAGTTGTGGTGCTACTCTAATTGTCGTTATTGTTCACTAGGAA
TTTGTCCTTGGTCTAACATATTCATGTGTGCCCTCCGTCACATCTTGTTAGTGGTTCTTCAAGAGCTCATATGCTCTTTATAGAATGCTCTCCTCTGAAACACCTTGTTCTGCACCTCAATATTAGTTCTTGGGCATAGGATATTATCTACTTGCAGTTGATATGTGGCGTTGGATGTTCCTTACAGAGCTTGTTATGAG
TCAGGTTTAAGGCTCTCGATTCTTGTTTGAATCTGTCTATTCTTTTATTTATTAGCCTTCCTATTTATACCTGGTGGCTGTTCCAGTAAGAGATTTCAGCAGAGTAAATTTTGAGACAGGCACTGGTGATTGGAGGTAATGCACAAATAGAAGTTTCTGAAGCAGTACATGTAGTTCTGCATCTATGAGCTTTTCCAAGT
CTTGTCAGCAGGCATCAAAAGGAGCTGTTCTGATTGAGTAGGTATCGGGACATCAAGTCTATGTGACAACATGTGGTTACAATCTGCTTCTGTTTGAAAATCTTAGTTTTTCCCCTCACCATGCACGAGGAAGTTGCATCAACAGGAGCTTTGTGATTTAAGCATTCTGTAATTTTGTGGATGTCAGCATTTGCAGTACC
GGGAGTTGCTGGTTACTAGTACCTTTTGATTAAAGGGAATGATGCATTGTACCTTCAGCATTAGTTGAGTAGAGACGTGTATAGAAGGGAATATTGCTGATTGCTGGATGTACGCAAATATGCATGATTTTATGAGATTAATGAGCTCATTTTTAATATGATAAATCTGTTCTCAGCTAGTCTGAGGTATCGTGAAATGA
TTTTTTTGAAAAACCTTGCATCAATAAGG

>TRINITY_DN104235_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GAAAGAATATTTGTTTTTTACAAACTGGATTAAGTAGTTCTGTGGTTTTTGTTTCTAATTAAATACATGATTTATCCTTTTGCAGGTTGCCCGAAGTGATCTGAGAGACCTACTTCTGCAATGTTGTGCAGATGAAGCTGCTGATGTTCGTCAGAGTGCTCTTGCACTACTTGGTGACCTTGCAAAAGTTTGCACAGTGC
ATTTGCAGCCACATTTGCCTGAATTCCTTGGCATTGCTGCTAAACAGCTGgtaatatctcaaactaattcatatttgaaaatctaatcaatctgtctgtctgccccgtctgcctatgtggatttggatatataaatagatataagttcttacacattagtgaagaagattcctcaaggatctgatttggttactggaacc
acagCAAGCTGTTGAAGTGAAGGAAAATGTTTCTGTTGCAAATAATGCTTGCTGGGCCATTGGGGAGATAGCTGTTAAGATTCGACAAGAAATCTCTCCAATTGTGTTGAGTGTTATAGCATCACTTGTTCCCATCCTTTCTAATACCGAGGGCTTGAACAAGTCACTTCTTGAGAATAGTGCTATAACTTTGGGGAGAC
TGGGATGGGTTTGTCCAGAGCTAGTCTCACCACATATGGAACATTTCATGCGGCCATGGTGCTATGCTCTTCAGACGATTCGTGATGATATTGAGAAAGAGGATGCGTTTCGAGGCCTTTGTGCTATGGTGAGAGCAAATCCTTCTGGTGCTTTGAGCTCTCTTGTCCAAATGTGTCAGGCCATTGCAAGCTGGCATGAA
ATACGGAGTGAGGAATTACACACTGACATATGCCAGGTTCTGCATGGTTACAAGCAGATGCTTGGAGGAGCTGCATGGGAACAGTGCATGTCTGCTCTACAGTCTTCAGTGAAAGAGAAATTGCTGAAGTATGGCATATAAAATGTCTGGTAAACAGTTGTGGTGCTACTCTAATTGTCGTTATTGTTCACTAGGAATTT
GTCCTTGGTCTAACATATTCATGTGTGCCCTCCGTCACATCTTGTTAGTGGTTCTTCAAGAGCTCATATGCTCTTTATAGAATGCTCTCCTCTGAAACACCTTGTTCTGCACCTCAATATTAGTTCTTGGGCATAGGATATTATCTACTTGCAGTTGATATGTGGCGTTGGATGTTCCTTACAGAGCTTGTTATGAGTCA
GGTTTAAGGCTCTCGATTCTTGTTTGAATCTGTCTATTCTTTTATTTATTAGCCTTCCTATTTATACCTGGTGGCTGTTCCAGTAAGAGATTTCAGCAGAGTAAATTTTGAGACAGGCACTGGTGATTGGAGGTAATGCACAAATAGAAGTTTCTGAAGCAGTACATGTAGTTCTGCATCTATGAGCTTTTCCAAGTCTT
GTCAGCAGGCATCAAAAGGAGCTGTTCTGATTGAGTAGGTATCGGGACATCAAGTCTATGTGACAACATGTGGTTACAATCTGCTTCTGTTTGAAAATCTTAGTTTTTCCCCTCACCATGCACGAGGAAGTTGCATCAACAGGAGCTTTGTGATTTAAGCATTCTGTAATTTTGTGGATGTCAGCATTTGCAGTACCGGG
AGTTGCTGGTTACTAGTACCTTTTGATTAAAGGGAATGATGCATTGTACCTTCAGCATTAGTTGAGTAGAGACGTGTATAGAAGGGAATATTGCTGATTGCTGGATGTACGCAAATATGCATGATTTTATGAGATTAATGAGCTCATTTTTAATATGATAAATCTGTTCTCAGCTAGTCTGAGGTATCGTGAAATGATTT
TTTTGAAAAACCTTGCATCAATAAGG

Intron 4 GTTCTGCAAT ... AATATCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.82	20	5	12
A2	29.41	18	6	9
A3	20	24	6	6
A4	0	10	0	0
A5	44.44	5	6	2
A6	33.33	7	6	1
A7	17.86	23	7	3
A8	20	4	1	1
A9	24.14	11	2	5
A10	21.43	11	3	3

>TRINITY_DN39311_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AAGGCAACACATTTATTAATCTCACACCCTCTGTCCTTGACCTTTTTCTTCGTCGTGCGCGAGATATATAGAAGAACAGCAAGCGGAATTTGCAGCAGCACAAATTCCGATCTGTTGTCCTCGGATCAGATTAGCAAATTCGGAGGTTTGATTTGCTTTCGCGGGCAGCCATAGTTATATACATTCATCGGCGGCTGCTT
GCTGTGCATAATATAGAGTACCATACTAGGGTAAATTAATCAGACTAGCGAAATGGCTACAACTATCTGGCAACCTAAGGAAGAAGGGTTGAGAGAGATCTGTGGACTTCTGGAGGAATACAGGTCCCCAACTTCCGATCAGGCCCGTATTTGGCAGCAATTACAACGTTACAGTCAATTGCCCGATTTCGGCAACTATT
TAACTTTTATACTCGCCCGGGCCGAGGGAAAATCTGTTGAAGTACGACAGGCAGCAGGACTGCTTTTGAAAAATAATCTGAGGACAAATTTTCATATGATGATTGCTTCTTATCAACAATATATCAAATCAGAGTTGCTACCTTGCCTGGGGGCACCTGATAGACACCTCCGTTCAACAGTAGGAACTGTTGTCAGTGTT
ATAGTTCAGCAAGTACAGGTGCAGGGTTGGCCAGAATTACTGCAGGCACTGGTTCAATGCTTTGATAGCAATGACTTTAATCATATGGAAGGTGCTCTTGATGCACTATCAAAGATATGCGAAGATATACCAGAGGAACTAGATGCTGATGTGCCGGGTTTACCAGAGCGAGCTATCAATATCTTCTTGCCCAGATTATT
TCAGTTCTTCCAGTCACCTCATGTTTCTCTCAGGAAACTAGCACTTGGCTCTGTAAACCAATTTATTGTGTTTATGCCTACAGCATTGTTACTATCAATGGATCAATATCTTCAGGGCCTATTTACTCTTGCTCAGGATCCTGCTGCCGAAGTGAGGAAATTGGTATGTGCGGCATTGGTTCAACTACTTGAGATTCGGC
CTGATTTCCTGCAGCCCCACATGAGAAATGTCATTGAATACATGCTGCAAGCAAATCAAGACAGCGATGCGGATGTGGCTCTTGAAGCATGTGAATTCTGGACTGCATTTTGCGAAGCTCGTCTTCCCCCAGAGATATTGAGAGAATTTCTGTCACGCTTGATTGCGGTATTGTTGTTGAACATGGTATATGCAGATGAT
GATGAAGCACTTGTTGATGCGGAGGTGGATGAAACTGTGCCTGACAGGGATCAGGATTTGAAACCTAGGTTTCGCAATTCACGAGCTCATGGGGCAGATGGTGCTGATGAGGAAGAAGATGAAGATGATATTATCAATTCGTGGAATTTGAGAAAATGCAGTGCTGCCGGGCTTGATGTACTATCTACTGTATTTGGTGA
TGAAATTCTTCCAATTCTTATGCCTTTAGTACAGGCAAAATTGTCAAATATCAACATTTCCTGGAAGGAGAGAGAAGCTGCTGTTTTGGCACTGGGTGCGATTGCGGAAGGCTGTATCAATGGCCTTTTCCCACACTTACGGGAGATCGTGGCATTTCTTGTACCTCTTCTTGATGATAAGTTTCCTCTAGTGCGGAGTA
TCACATGCTGGACCCTTTCTCGCTACAGTAAATGGATTGTTCAGGGTGCAGGACATCTAGAGGGGCATGATCAATTTGATAAGGTGCTCACTGGTCTCCTTAGACGGATTTTAGACAGCAACAAGAGAGTCCAGGAGGCTGCTTGTTCGGCCTTTGCTACCCTTGAAGAGGAGGCCGCAGAAGAGTTGGCACCTCGGTTG
GAGCTCATTTTACAGCACCTCTTGTGTGCTTTTGGTAAATATCAGAGGCGGAATCTTCGAATTGTGTATGATGCAATTGGTACACTTGCAGATGCTGTTGGAGGGGAGCTCAATCAGGCTAAATATCTTGAGATTCTGATGCCACCACTGATTGCAAAGTGGCAACAACACTCAAATTTTGACAGGGACCTTTTTCCATT
GCTTGAATGCTTCACATCAATAGCACAGGCATTAGGGCCTGGATTTTCTCAGTATGCCGAACCTGTGTTTTTGAGATGTATCACTCTGATACGAACCCAACAAATTGCAAAGGGTGATCCTGTAAGAGCAGGCACTGCATATGATAAAGAGTTTATAGTTTGCTCTCTGGACTTGCTGTCTGGCCTTGCTGAAGGTCTTG
GCAGTGGAATTGAAAGTCTGGTTGCCCGAAGTGATCTGAGAGACCTACTTCTGCAATGTTGTGCAGATGAAGCTGCTGATGTTCGTCAGAGTGCTCTTGCACTACTTGGTGACCTTGCAAAAGTTTGCACAGTGCATTTGCAGCCACATTTGCCTGAATTCCTTGGCATTGCTGCTAAACAGCTGCAAGCTGTTGAAGTG
AAGGAAAATGTTTCTGTTGCAAATAATGCTTGCTGGGCCATTGGGGAGATAGCTGTTAAGATTCGACAAGAAATCTCTCCAATTGTGTTGAGTGTTATAGCATCACTTGTTCCCATCCTTTCTAATACCGAGGGCTTGAACAAGTCACTTCTTGAGAATAGTGCTATAACTTTGGGGAGACTGGGATGGGTTTGTCCAGA
GCTAGTCTCACCACATATGGAACATTTCATGCGGCCATGGTGCTATGCTCTTCAGACGATTCGTGATGATATTGAGAAAGAGGATGCGTTTCGAGGCCTTTGTGCTATGGTGAGAGCAAATCCTTCTGGTGCTTTGAGCTCTCTTGTCCAAATGTGTCAGGCCATTGCAAGCTGGCATGAAATACGGAGTGAGGAATTAC
ACACTGACATATGCCAGGTTCTGCATGGTTACAAGCAGATGCTTGGAGGAGCTGCATGGGAACAGTGCATGTCTGCTCTACAGTCTTCAGTGAAAGAGAAATTGCTGAAGTATGGCATATAAAATGTCTGGTAAACAGTTGTGGTGCTACTCTAATTGTCGTTATTGTTCACTAGGAATTTGTCCTTGGTCTAACATATT
CATGTGTGCCCTCCGTCACATCTTGTTAGTGGTTCTTCAAGAGCTCATATGCTCTTTATAGAATGCTCTCCTCTGAAACACCTTGTTCTGCACCTCAATATTAGTTCTTGGGCATAGGATATTATCTACTTGCAGTTGATATGTGGCGTTGGATGTTCCTTACAGAGCTTGTTATGAGTCAGGTTTAAGGCTCTCGATTC
TTGTTTGAATCTGTCTATTCTTTTATTTATTAGCCTTCCTATTTATACCTGGTGGCTGTTCCAGTAAGAGATTTCAGCAGAGTAAATTTTGAGACAGGCACTGGTGATTGGAGGTAATGCACAAATAGAAGTTTCTGAAGCAGTACATGTAGTTCTGCATCTATGAGCTTTTCCAAGTCTTGTCAGCAGGCATCAAAAGG
AGCTGTTCTGATTGAGTAGGTATCGGGACATCAAGTCTATGTGACAACATGTGGTTACAATCTGCTTCTGTTTGAAAATCTTAGTTTTTCCCCTCACCATGCACGAGGAAGTTGCATCAACAGGAGCTTTGTGATTTAAGCATTCTGTAATTTTGTGGATGTCAGCATTTGCAGTACCGGGAGTTGCTGGTTACTAGTAC
CTTTTGATTAAAGGGAATGATGCATTGTACCTTCAGCATTAGTTGAGTAGAGACGTGTATAGAAGGGAATATTGCTGATTGCTGGATGTACGCAAATATGCATGATTTTATGAGATTAATGAGCTCATTTTTAATATGATAAATCTGTTCTCAGCTAGTCTGAGGTATCGTGAAATGATTTTTTTGAAAAACCTTGCATC
AATAAGGGTATACATTGTTTTCCCAAAATTTTCTTGTGACCAGCAGAGAAGGGTTAATGAATGCCAATTTTTTACTAATTTGATAGGAGTGCTATTTGTACC

>TRINITY_DN39311_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAGGCAACACATTTATTAATCTCACACCCTCTGTCCTTGACCTTTTTCTTCGTCGTGCGCGAGATATATAGAAGAACAGCAAGCGGAATTTGCAGCAGCACAAATTCCGATCTGTTGTCCTCGGATCAGATTAGCAAATTCGGAGGTTTGATTTGCTTTCGCGGGCAGCCATAGTTATATACATTCATCGGCGGCTGCTT
GCTGTGCATAATATAGAGTACCATACTAGGGTAAATTAATCAGACTAGCGAAATGGCTACAACTATCTGGCAACCTAAGGAAGAAGGGTTGAGAGAGATCTGTGGACTTCTGGAGGAATACAGGTCCCCAACTTCCGATCAGGCCCGTATTTGGCAGCAATTACAACGTTACAGTCAATTGCCCGATTTCGGCAACTATT
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