NA ----> NA

Intron 1 GTAAGATCCA ... GATTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.55	65	37	10
A2	21.81	95	45	8
A3	19.81	85	34	8
A4	25.71	52	30	6
A5	26.32	21	7	8
A6	20.6	212	71	39
A7	19.47	244	82	36
A8	22.46	259	94	56
A9	17.57	258	56	54
A10	19.57	261	73	54

>TRINITY_DN114286_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTTCATTATCAGCTCCCCACAAAGTTTTATAGATCCTGGAAGGCAAACATTGATTGTAATTGCATAATGCTAAGTGCAATTTCTTGTTTATTTATTGCAGTCTACTGGAGCATGCAGTAGCTAACTTAGTTTTCTCATCAACTATGGGAACATGAAAAAGTTGAACAGTATTTTTGAAAAGTGATAATTGTTATTTGCA
TTGTGGGATGACAAAGATGCAGAGCCAGACATGGCGATGGACAATAGGTATTATCTACATTATGATTGTTGCCTTGATATGGATAGCTGCCAGCTTCATTGTGCAGTCTGTCGTAGATGGGGGAGTCTCTCCTTTTCTTATTACGTATATTTGCAACTCTCTTTTTATGGTTTATATTCCAATTGCTGAAATTGGCCGCT
TATTGGAGTCATCTGCATGGAGCCTCTGGTCCCAATTTGCCAAAGAAAATAAACAAGATACTCAATTGCACTTAAAAGCCTCTGAGAATGCAAGTCTGTTGCAAGATGACGTATTGAATGAGAGGCAGATTCCACCAATTGCAGTCAAACCTGAGGACATCTCCAACTCAGAAGAGGGACGTATTGAAGAAGAACCTCTG
GTGGGAGGTTTTTCTGTATCAACAAATGAAAATGCAAATCTGGATCATCCAATTGGTGTGAAAAAGGTCGACGAGAGAGGACGCTGGACACGGATTGAAACAGCTAAAATCAGCTTGTTAATTTGTCCTTTTTGGTTTCTTGCCCAGCTCACATTCAATCTGTCTCTCAAGTATACATCTGTTACATCAAACACAATATT
AAGCAGCACTTCCAGTCTTTTCACATTCCTGGTGTCCCTGGTAATGTTGAACGAGAAGTTCGCATGGGTGAAGCTATTCAGTGTACTTTTGTGTATGGTGGGGACTATAATTGTCAGCTTGGGTGATTCAGAAACAGGGAAAAATGAAATTGCTTCAAATCCACTTCTTGGCGATTTCCTATGCATTGTCTCAGGAATCT
TTTATGCTCTATACACGACTTTGATCCGCAAAAAAATTCCAGATGAAGACATGGGAGAAGGACAAGTTAGCATGGCACATTTTCTTGGATTCATGGGGCTGTTCAATGCACTCATATTCCTGCCACCAGCTCTTATCCTACACTTTACAAAGATTGAACCTTTTCATAGGCTGACTTTAATGCAGTTTGGCCTCATTGTT
GGAAAAGGACTGCTTGATAATGTGCTTAGTGACTATTTGTGGGCAAAGGCGGTACTTCTCACCACACCTACCGTGGCAACAGCTGGTCTGACAATTCAGGTCCCCTTGGCTGCATTAGTTGATTCACTGAGAGGAAACTTGCCTCACTTTCTAGATTATCTGGGAGGTGCAGCAGTGCTTGCTGGCTTCTTTGGTATTAA
TCAACCTGCTATTCATTGTTGTGCCTCAGCTGAAGACAAAGAAGTATGTAATGATCTTGATGCTCAGAACGGCAATAAGCATGATACTTGCACGGAGAGTTGCTAGCATTTTCATCCTTTTTGTGCAATTCATATATTGGAAGCTTACCCTGTATAACGTGTCTAATTACTTTGTGCTTATAATATTCTTTGCAATTATT
TGCGACCAAGGGAAACTTTACTTTGAAATGCAGATTCAAAATCACTTTATTTCGTACATAGTTAAACTTAGACGTGTCACAAGAAAACAATAAAACAATATAGAAGTTGCAGC

>TRINITY_DN114286_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCGTTTTCTCCTCGAACCTAAAAACCGCGGTGCTGAAGCGAAGGATCGACATCGACAGTGTACATGGACATCTGTTGATCAAATTCTATCGTTCGAACGGCAAATCTGTATGAAATTATAGCATTCCAACACCCCACAAATTTCAATTAATAGGAGATCACCTCTGAGAGCAAAGCAAAAGTCTACTGGAGCATGCAGTA
GCTAACTTAGTTTTCTCATCAACTATGGGAACATGAAAAAGTTGAACAGTATTTTTGAAAAGTGATAATTGTTATTTGCATTGTGGGATGACAAAGATGCAGAGCCAGACATGGCGATGGACAATAGGTATTATCTACATTATGATTGTTGCCTTGATATGGATAGCTGCCAGCTTCATTGTGCAGTCTGTCGTAGATGG
GGGAGTCTCTCCTTTTCTTATTACGTATATTTGCAACTCTCTTTTTATGGTTTATATTCCAATTGCTGAAATTGGCCGCTTATTGGAGTCATCTGCATGGAGCCTCTGGTCCCAATTTGCCAAAGAAAATAAACAAGATACTCAATTGCACTTAAAAGCCTCTGAGAATGCAAGTCTGTTGCAAGATGACGTATTGAATG
AGAGGCAGATTCCACCAATTGCAGTCAAACCTGAGGACATCTCCAACTCAGAAGAGGGACGTATTGAAGAAGAACCTCTGGTGGGAGGTTTTTCTGTATCAACAAATGAAAATGCAAATCTGGATCATCCAATTGGTGTGAAAAAGGTCGACGAGAGAGGACGCTGGACACGGATTGAAACAGCTAAAATCAGCTTGTTA
ATTTGTCCTTTTTGGTTTCTTGCCCAGCTCACATTCAATCTGTCTCTCAAGTATACATCTGTTACAgtaagatccatcacaaacttgtgcttttaataagtgtttacttcatggagtccttgtgctattttgaatggtaaatggtgtctctatgttgtccatgaagttgatgagctaaatcatgtaagatatgcatcaat
tttttttgaactaggaatgtcttggacataatgtttttcatgcagcaacttatttattctaccattgatttgtcagTCAAACACAATATTAAGCAGCACTTCCAGTCTTTTCACATTCCTGGTGTCCCTGGTAATGTTGAACGAGAAGTTCGCATGGGTGAAGCTATTCAGTGTACTTTTGTGTATGGTGGGGACTATAA
TTGTCAGCTTGGGTGATTCAGAAACAGGGAAAAATGAAATTGCTTCAAATCCACTTCTTGGCGATTTCCTATGCATTGTCTCAGGAATCTTTTATGCTCTATACACGACTTTGATCCGCAAAAAAATTCCAGATGAAGACATGGGAGAAGGACAAGTTAGCATGGCACATTTTCTTGGATTCATGGGGCTGTTCAATGCA
CTCATATTCCTGCCACCAGCTCTTATCCTACACTTTACAAAGATTGAACCTTTTCATAGGCTGACTTTAATGCAGTTTGGCCTCATTGTTGGAAAAGGACTGCTTGATAATGTGCTTAGTGACTATTTGTGGGCAAAGGCGGTACTTCTCACCACACCTACCGTGGCAACAGCTGGTCTGACAATTCAGGTCCCCTTGGC
TGCATTAGTTGATTCACTGAGAGGAAACTTGCCTCACTTTCTAGATTATCTGGGAGGTGCAGCAGTGCTTGCTGGCTTCTTTGGTATTAATCAACCTGCTATTCATTGTTGTGCCTCAGCTGAAGACAAAGAAGTATGTAATGATCTTGATGCTCAGAACGGCAATAAGCATGATACTTGCACGGAGAGTTGCTAGCATT
TTCATCCTTTTTGTGCAATTCATATATTGGAAGCTTACCCTGTATAACGTGTCTAATTACTTTGTGCTTATAATATTCTTTGCAATTATTTGCGACCAAGGGAAACTTTACTTTGAAATGCAGATTCAAAATCACTTTATTTCGTACATAGTTAAACTTAGACGTGTCACAAGAAAACAATAAAACAATATAGAAGTTGC
AGC