sp|F4KDN0|HEN4_ARATH ----> KH domain-containing protein HEN4

Intron 1 GTGATTGCCT ... ATATTGACAG

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A1	51.49	65	69	36
A2	47.11	64	57	27
A3	48.91	47	45	29
A4	53.33	35	40	39
A5	55.7	35	44	32
A6	49.05	268	258	26
A7	47.83	312	286	33
A8	47.78	259	237	56
A9	48.72	260	247	23
A10	48.21	231	215	26

>TRINITY_DN44919_c0_g3_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTTGGCTCTATTCTCGGGAGGGGTGGATCAAATATAACTCAAATTCGTGAGATATCAGGAGCTAAAGTGAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACTGACCGAGTTGTTGAGATTTCTGGGACACCAGAACAGACACATGCGGCTCAAAGCCTGCTTCAAGCATTTGCAATGTCTGGTCAAAATGCACGTACGGCAC
GTGCACTTTAGAACTAAGTGTGTTCTCCTTTTCAGATTGGGCCATTTGTTCATTTGCTTTTTGAACACACGACAATAGTACTTCCATGATCAGGTAATCCTAAAATATGTTTATTTACTTGCATTAGAATTTCAATACAGTGGACTAGCATCAAATATAAGTATTTAATGCTTTTGCAATTGTATTTTAAGTTATATATT
TCTTCGTGCAAATTATAGGCCACCTTGCAGACTCTCTGCCTGGTACCTTGACTTAAGAGGTTTTTAGCCTGGACTGTTGCATCAAGGTTCCTTGCAGAAAATCTGCATGGTGGACATTGTTCGACATCCCTGTATTGTTAACTAACTTGTGTGTTTCTTATAAATATGTATTCTGACGTTATTGTGCCATTAGTGTTTGT
ACTGAATAGTATTTTCTTTTACAATAGAAAAAACGACCAAAAGATGGGCATCGATTAAGACTAGTTTGCTGCATTTTGGTTTTTTTTTCATCTTCGGTCGCCTAGGATTCCTCTTACTAGAATTGTAGTGTCTAACCTAATCATCCCACGAAGCTAATTGAAAAGCAAGTAATTGTATGAATTGTGGTGGTTGTTCTATA
TTGATACTTCTTGCATCGTCAAGAAGTATTTTGTGTAAGGGTTATACAAATGTATTTTCATTAATCTGTGGAGATGTACAACTATTCATATACCGTGCTCGCCGTTCTACACAACATTTGTTTATTGTGCTGTCTCGCTGATCTGGCTTTTAAGTTGTATGAATTGTGGTTATTGTTTTATATTGATAGTTATTGTAAAG
AAGTCGGTGTCTGAACATAATAGATATTCATGCAAAATAGTCTTTTGGGTTATACAAATAGATTTGTTGTATTAGTCTTTGGAGATGTATCAGTTCATGTATACAGAGGAACCGGCAGCAGTGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTT
GCCTGTCATATTGATAACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAATATAGTATATTCATAATAATCTGTTATGGGATCCAATTTTG

>TRINITY_DN44919_c0_g3_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTTGGCTCTATTCTCGGGAGGGGTGGATCAAATATAACTCAAATTCGTGAGATATCAGGAGCTAAAGTGAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACTGACCGAGTTGTTGAGATTTCTGGGACACCAGAACAGACACATGCGGCTCAAAGCCTGCTTCAAGCATTTGCAATGTCTGGTCAAAATGCACGTACGGCAC
GTGCACTTTAGAACTAAGTGTGTTCTCCTTTTCAGgtgattgcctaattgtttcattgtgtggttatcagttgtatgtgaagaaactcttatagatgggaaaatggtttttagcagaaggtttctttttctttaaatcttgctgcttccttcatgctcatttggaccttttaagtttctgatacacctgctttttccctt
gtgtccttcatatcctacacttaaacagctgcgatctatgaagcctggagccagacccttcatctccgcctcagcctaaactgaagaccagatgtgaagagctgtggaagcttatggccaatgatttggcagctttacttaagtggaccaacttttcttatctacttatttcctattatataccaagcatattttaaagc
ttttgcacccttgacctggtgcctgtcttaagctattttacaacaaaaaattgatatacatgaagtctccaagatagcagggatctcttagaaggataccagccaaggagtcctttgcatagctcaaatccagggggacccaaggaattgatttttctcaaagtttgttgtagccttctgttagatcagtagatcttttt
aggtagcctagtatagggattaaagtggtagcttaggaaggcttgaactttttcgtataggttagatgtagtgatttccttttccaatggcagttggtattttacctgcacaacttgtccatggaatgattttgacttcctatggttataaatgatgaattgcgatcctcgtttaacagactttatcctgtgatttttgg
gtctttttccattcaaatcttctaaaatgcaatgcccttttgttgggaacgtgagaacctatgtaatgtggatatcttggtccaaatgattttgttgccagctgccatagtaagttttatctatcagttcatatggtttgaattggtgcctgtaggagtgagattatagatctcactttttccgtattccttggcaaata
ttatccgacaaatcaaccgtttgtgtaatgatcttgctactatgtttgttttgttctgccattaactttcagataactaaattctattggagtaggtgtgccttgaggtgaaatcttcaattctgaaagtgacacttgaattttgtgctacagttgccgtgcctactagcaaaatttcatcaaagttgcaagattttcct
taaccgagtttgtatttggtcgttgtatataagaaatctcggtatatattgtcttagtttcaaaaaccatcaactaattatagcaagtggcggaacactttctgttttatgtttcctttccaaacaattgtttccttgaatcactgtagagaaagtttacccaaattaaggataagtctgttagtgtcacataatttggc
atgtatcttttctaaacaattgttttggcctcttctaaacgattgtttcctttccgaacaattgcttccttgaatcacagtagagaaagtttacccaaattaaggagaagtctgttattgtcacattatttggcctgtatcttttcgaaacgattgttttggcctctcttctaaacaattgtttcctcaatcaataaaga
taaagaaaaaaatgaggaaaaggctttaagtggtgaacctatctctgcctgtttcctttccaaacattttaattcttgaatcatacgagagactgcgcaaatatccttctaaaaaggactttcggtgactgcacaaatcttggcaatgttttccatatttaattatttacagaaacttgtacaatgtttattttctccaa
ttctttcaatatagcgggtctgtaaaccctttcgcaatccctgacctttctcctgtgctatatagacccgtagcacttatcttggcgtgttttcttgaacccaaattctttttctttggatcatgggagactggtaagtaagttatatccatccaagagaagatttaggtggctgcctagaaacttatcagtcatgccca
aaacttatcaatcatgcctaaaacttattaataatgcctacaaacttatgctgggattcttttctccaattctttcaattcagccgatctttaaacccttgccatctctgagctttctcccgttatgcttcagtagtcatgcttcctttttcgtatttgtgcccaattaaccagaatctcctgtgttatttattgaactg
ttatttgtctaatgaattaggtacatgtgaaaaaggataatactttggaagttgtattagtggataaatgcatcataggtagggtttatgatttatctaattcctatcctctcctcagattttaagggtttagttaatggtctttacaatgtatatattgacagATTGGGCCATTTGTTCATTTGCTTTTTGAACACACG
ACAATAGTACTTCCATGATCAGGTAATCCTAAAATATGTTTATTTACTTGCATTAGAATTTCAATACAGTGGACTAGCATCAAATATAAGTATTTAATGCTTTTGCAATTGTATTTTAAGTTATATATTTCTTCGTGCAAATTATAGGCCACCTTGCAGACTCTCTGCCTGGTACCTTGACTTAAGAGGTTTTTAGCCTG
GACTGTTGCATCAAGGTTCCTTGCAGAAAATCTGCATGGTGGACATTGTTCGACATCCCTGTATTGTTAACTAACTTGTGTGTTTCTTATAAATATGTATTCTGACGTTATTGTGCCATTAGTGTTTGTACTGAATAGTATTTTCTTTTACAATAGAAAAAACGACCAAAAGATGGGCATCGATTAAGACTAGTTTGCTG
CATTTTGGTTTTTTTTTCATCTTCGGTCGCCTAGGATTCCTCTTACTAGAATTGTAGTGTCTAACCTAATCATCCCACGAAGCTAATTGAAAAGCAAGTAATTGTATGAATTGTGGTGGTTGTTCTATATTGATACTTCTTGCATCGTCAAGAAGTATTTTGTGTAAGGGTTATACAAATGTATTTTCATTAATCTGTGG
AGATGTACAACTATTCATATACCGTGCTCGCCGTTCTACACAACATTTGTTTATTGTGCTGTCTCGCTGATCTGGCTTTTAAGTTGTATGAATTGTGGTTATTGTTTTATATTGATAGTTATTGTAAAGAAGTCGGTGTCTGAACATAATAGATATTCATGCAAAATAGTCTTTTGGGTTATACAAATAGATTTGTTGTA
TTAGTCTTTGGAGATGTATCAGTTCATGTATACAGAGGAACCGGCAGCAGTGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTGTCATATTGATAACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAATATAGTATATTCATAATAATC
TGTTATGGGATCCAATTTTG

Intron 2 GTGATTGCCT ... ACTTAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.17	127	69	46
A2	26.68	136	57	42
A3	28.99	109	45	44
A4	33.62	78	40	39
A5	34.94	54	44	14
A6	21.83	727	258	148
A7	23.89	701	286	154
A8	22.2	727	237	178
A9	24.87	586	247	141
A10	24.15	490	215	97

>TRINITY_DN44919_c0_g3_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTTGGCTCTATTCTCGGGAGGGGTGGATCAAATATAACTCAAATTCGTGAGATATCAGGAGCTAAAGTGAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACTGACCGAGTTGTTGAGATTTCTGGGACACCAGAACAGACACATGCGGCTCAAAGCCTGCTTCAAGCATTTGCAATGTCTGGTCAAAATGCACGTACGGCAC
GTGCACTTTAGAACTAAGTGTGTTCTCCTTTTCAGCTGCGATCTATGAAGCCTGGAGCCAGACCCTTCATCTCCGCCTCAGCCTAAACTGAAGACCAGATGTGAAGAGCTGTGGAAGCTTATGGCCAATGATTTGGCAGCTTTACTTAAGTGGACCAACTTTTCTTATCTACTTATTTCCTATTATATACCAAGCATATT
TTAAAGCTTTTGCACCCTTGACCTGGTGCCTGTCTTAAGCTATTTTACAACAAAAAATTGATATACATGAAGTCTCCAAGATAGCAGGGATCTCTTAGAAGGATACCAGCCAAGGAGTCCTTTGCATAGCTCAAATCCAGGGGGACCCAAGGAATTGATTTTTCTCAAAGTTTGTTGTAGCCTTCTGTTAGATCAGTAGA
TCTTTTTAGGTAGCCTAGTATAGGGATTAAAGTGGTAGCTTAGGAAGGCTTGAACTTTTTCGTATAGGTTAGATGTAGTGATTTCCTTTTCCAATGGCAGTTGGTATTTTACCTGCACAACTTGTCCATGGAATGATTTTGACTTCCTATGGTTATAAATGATGAATTGCGATCCTCGTTTAACAGACTTTATCCTGTGA
TTTTTGGGTCTTTTTCCATTCAAATCTTCTAAAATGCAATGCCCTTTTGTTGGGAACGTGAGAACCTATGTAATGTGGATATCTTGGTCCAAATGATTTTGTTGCCAGCTGCCATAGTAAGTTTTATCTATCAGTTCATATGGTTTGAATTGGTGCCTGTAGGAGTGAGATTATAGATCTCACTTTTTCCGTATTCCTTG
GCAAATATTATCCGACAAATCAACCGTTTGTGTAATGATCTTGCTACTATGTTTGTTTTGTTCTGCCATTAACTTTCAGATAACTAAATTCTATTGGAGTAGGTGTGCCTTGAGGTGAAATCTTCAATTCTGAAAGTGACACTTGAATTTTGTGCTACAGTTGCCGTGCCTACTAGCAAAATTTCATCAAAGTTGCAAGA
TTTTCCTTAACCGAGTTTGTATTTGGTCGTTGTATATAAGAAATCTCGGTATATATTGTCTTAGTTTCAAAAACCATCAACTAATTATAGCAAGTGGCGGAACACTTTCTGTTTTATGTTTCCTTTCCAAACAATTGTTTCCTTGAATCACTGTAGAGAAAGTTTACCCAAATTAAGGATAAGTCTGTTAGTGTCACATA
ATTTGGCATGTATCTTTTCTAAACAATTGTTTTGGCCTCTTCTAAACGATTGTTTCCTTTCCGAACAATTGCTTCCTTGAATCACAGTAGAGAAAGTTTACCCAAATTAAGGAGAAGTCTGTTATTGTCACATTATTTGGCCTGTATCTTTTCGAAACGATTGTTTTGGCCTCTCTTCTAAACAATTGTTTCCTCAATCA
ATAAAGATAAAGAAAAAAATGAGGAAAAGGCTTTAAGTGGTGAACCTATCTCTGCCTGTTTCCTTTCCAAACATTTTAATTCTTGAATCATACGAGAGACTGCGCAAATATCCTTCTAAAAAGGACTTTCGGTGACTGCACAAATCTTGGCAATGTTTTCCATATTTAATTATTTACAGAAACTTGTACAATGTTTATTT
TCTCCAATTCTTTCAATATAGCGGGTCTGTAAACCCTTTCGCAATCCCTGACCTTTCTCCTGTGCTATATAGACCCGTAGCACTTATCTTGGCGTGTTTTCTTGAACCCAAATTCTTTTTCTTTGGATCATGGGAGACTGGTAAGTAAGTTATATCCATCCAAGAGAAGATTTAGGTGGCTGCCTAGAAACTTATCAGTC
ATGCCCAAAACTTATCAATCATGCCTAAAACTTATTAATAATGCCTACAAACTTATGCTGGGATTCTTTTCTCCAATTCTTTCAATTCAGCCGATCTTTAAACCCTTGCCATCTCTGAGCTTTCTCCCGTTATGCTTCAGTAGTCATGCTTCCTTTTTCGTATTTGTGCCCAATTAACCAGAATCTCCTGTGTTATTTAT
TGAACTGTTATTTGTCTAATGAATTAGGTACATGTGAAAAAGGATAATACTTTGGAAGTTGTATTAGTGGATAAATGCATCATAGGTAGGGTTTATGATTTATCTAATTCCTATCCTCTCCTCAGATTTTAAGGGTTTAGTTAATGGTCTTTACAATGTATATATTGACAGATTGGGCCATTTGTTCATTTGCTTTTTGA
ACACACGACAATAGTACTTCCATGATCAGGTAATCCTAAAATATGTTTATTTACTTGCATTAGAATTTCAATACAGTGGACTAGCATCAAATATAAGTATTTAATGCTTTTGCAATTGTATTTTAAGTTATATATTTCTTCGTGCAAATTATAGGCCACCTTGCAGACTCTCTGCCTGGTACCTTGACTTAAGAGGTTTT
TAGCCTGGACTGTTGCATCAAGGTTCCTTGCAGAAAATCTGCATGGTGGACATTGTTCGACATCCCTGTATTGTTAACTAACTTGTGTGTTTCTTATAAATATGTATTCTGACGTTATTGTGCCATTAGTGTTTGTACTGAATAGTATTTTCTTTTACAATAGAAAAAACGACCAAAAGATGGGCATCGATTAAGACTAG
TTTGCTGCATTTTGGTTTTTTTTTCATCTTCGGTCGCCTAGGATTCCTCTTACTAGAATTGTAGTGTCTAACCTAATCATCCCACGAAGCTAATTGAAAAGCAAGTAATTGTATGAATTGTGGTGGTTGTTCTATATTGATACTTCTTGCATCGTCAAGAAGTATTTTGTGTAAGGGTTATACAAATGTATTTTCATTAA
TCTGTGGAGATGTACAACTATTCATATACCGTGCTCGCCGTTCTACACAACATTTGTTTATTGTGCTGTCTCGCTGATCTGGCTTTTAAGTTGTATGAATTGTGGTTATTGTTTTATATTGATAGTTATTGTAAAGAAGTCGGTGTCTGAACATAATAGATATTCATGCAAAATAGTCTTTTGGGTTATACAAATAGATT
TGTTGTATTAGTCTTTGGAGATGTATCAGTTCATGTATACAGAGGAACCGGCAGCAGTGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTGTCATATTGATAACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAATATAGTATATTCAT
AATAATCTGTTATGGGATCCAATTTTGATAAGGGTTCATCAATGCAGCCTTTTCAGCTGGATAGAGCTTAAGCTAATAAGAAACAGATCCCATTATTACAGTAATGTAGCCTTTCATATTGATAAAACATTGTAAAATCCATTTTAAATATTGTGAAATATTGTGGCTATTTGACCAATGATTTTCAAGCTAAGACTGCG
CACCTCGGTATTTGTTGTATGGGCCAAAGTAAAGAGGTGAGTGAAAGACTGTTTCAGTTCGTAATTTTGATGTATCTTTTCAACTTGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTTTCATATTGATTACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAAT
AGTATATTCATAATAATATCTGTTATGGGATCCAATTTTGATAAGGGTTCATCAATGCAGCCTTTTCAGCTGGATAGAGCTTAAGCTAATAAGAAACAGATCCCATTATTACAGTAATGTAGCCTTTCATATCGATAAAACATTGTAAAATCCACTTTAAATATTGTGAAATAGTGGCTATCTGACCAATGATTTTCGAG
CTAAGATTGCGTACCTCGGTATTTGTTGTATGGGCCAAAGTAAAGAGGTGAGTGAAAGACTGTTTCAGTTCGTAATTTTGATGT

>TRINITY_DN44919_c0_g3_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTTGGCTCTATTCTCGGGAGGGGTGGATCAAATATAACTCAAATTCGTGAGATATCAGGAGCTAAAGTGAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACTGACCGAGTTGTTGAGATTTCTGGGACACCAGAACAGACACATGCGGCTCAAAGCCTGCTTCAAGCATTTGCAATGTCTGGTCAAAATGCACGTACGGCAC
GTGCACTTTAGAACTAAGTGTGTTCTCCTTTTCAGgtgattgcctaattgtttcattgtgtggttatcagttgtatgtgaagaaactcttatagatgggaaaatggtttttagcagaaggtttctttttctttaaatcttgctgcttccttcatgctcatttggaccttttaagtttctgatacacctgctttttccctt
gtgtccttcatatcctacacttaaacagCTGCGATCTATGAAGCCTGGAGCCAGACCCTTCATCTCCGCCTCAGCCTAAACTGAAGACCAGATGTGAAGAGCTGTGGAAGCTTATGGCCAATGATTTGGCAGCTTTACTTAAGTGGACCAACTTTTCTTATCTACTTATTTCCTATTATATACCAAGCATATTTTAAAGC
TTTTGCACCCTTGACCTGGTGCCTGTCTTAAGCTATTTTACAACAAAAAATTGATATACATGAAGTCTCCAAGATAGCAGGGATCTCTTAGAAGGATACCAGCCAAGGAGTCCTTTGCATAGCTCAAATCCAGGGGGACCCAAGGAATTGATTTTTCTCAAAGTTTGTTGTAGCCTTCTGTTAGATCAGTAGATCTTTTT
AGGTAGCCTAGTATAGGGATTAAAGTGGTAGCTTAGGAAGGCTTGAACTTTTTCGTATAGGTTAGATGTAGTGATTTCCTTTTCCAATGGCAGTTGGTATTTTACCTGCACAACTTGTCCATGGAATGATTTTGACTTCCTATGGTTATAAATGATGAATTGCGATCCTCGTTTAACAGACTTTATCCTGTGATTTTTGG
GTCTTTTTCCATTCAAATCTTCTAAAATGCAATGCCCTTTTGTTGGGAACGTGAGAACCTATGTAATGTGGATATCTTGGTCCAAATGATTTTGTTGCCAGCTGCCATAGTAAGTTTTATCTATCAGTTCATATGGTTTGAATTGGTGCCTGTAGGAGTGAGATTATAGATCTCACTTTTTCCGTATTCCTTGGCAAATA
TTATCCGACAAATCAACCGTTTGTGTAATGATCTTGCTACTATGTTTGTTTTGTTCTGCCATTAACTTTCAGATAACTAAATTCTATTGGAGTAGGTGTGCCTTGAGGTGAAATCTTCAATTCTGAAAGTGACACTTGAATTTTGTGCTACAGTTGCCGTGCCTACTAGCAAAATTTCATCAAAGTTGCAAGATTTTCCT
TAACCGAGTTTGTATTTGGTCGTTGTATATAAGAAATCTCGGTATATATTGTCTTAGTTTCAAAAACCATCAACTAATTATAGCAAGTGGCGGAACACTTTCTGTTTTATGTTTCCTTTCCAAACAATTGTTTCCTTGAATCACTGTAGAGAAAGTTTACCCAAATTAAGGATAAGTCTGTTAGTGTCACATAATTTGGC
ATGTATCTTTTCTAAACAATTGTTTTGGCCTCTTCTAAACGATTGTTTCCTTTCCGAACAATTGCTTCCTTGAATCACAGTAGAGAAAGTTTACCCAAATTAAGGAGAAGTCTGTTATTGTCACATTATTTGGCCTGTATCTTTTCGAAACGATTGTTTTGGCCTCTCTTCTAAACAATTGTTTCCTCAATCAATAAAGA
TAAAGAAAAAAATGAGGAAAAGGCTTTAAGTGGTGAACCTATCTCTGCCTGTTTCCTTTCCAAACATTTTAATTCTTGAATCATACGAGAGACTGCGCAAATATCCTTCTAAAAAGGACTTTCGGTGACTGCACAAATCTTGGCAATGTTTTCCATATTTAATTATTTACAGAAACTTGTACAATGTTTATTTTCTCCAA
TTCTTTCAATATAGCGGGTCTGTAAACCCTTTCGCAATCCCTGACCTTTCTCCTGTGCTATATAGACCCGTAGCACTTATCTTGGCGTGTTTTCTTGAACCCAAATTCTTTTTCTTTGGATCATGGGAGACTGGTAAGTAAGTTATATCCATCCAAGAGAAGATTTAGGTGGCTGCCTAGAAACTTATCAGTCATGCCCA
AAACTTATCAATCATGCCTAAAACTTATTAATAATGCCTACAAACTTATGCTGGGATTCTTTTCTCCAATTCTTTCAATTCAGCCGATCTTTAAACCCTTGCCATCTCTGAGCTTTCTCCCGTTATGCTTCAGTAGTCATGCTTCCTTTTTCGTATTTGTGCCCAATTAACCAGAATCTCCTGTGTTATTTATTGAACTG
TTATTTGTCTAATGAATTAGGTACATGTGAAAAAGGATAATACTTTGGAAGTTGTATTAGTGGATAAATGCATCATAGGTAGGGTTTATGATTTATCTAATTCCTATCCTCTCCTCAGATTTTAAGGGTTTAGTTAATGGTCTTTACAATGTATATATTGACAGATTGGGCCATTTGTTCATTTGCTTTTTGAACACACG
ACAATAGTACTTCCATGATCAGGTAATCCTAAAATATGTTTATTTACTTGCATTAGAATTTCAATACAGTGGACTAGCATCAAATATAAGTATTTAATGCTTTTGCAATTGTATTTTAAGTTATATATTTCTTCGTGCAAATTATAGGCCACCTTGCAGACTCTCTGCCTGGTACCTTGACTTAAGAGGTTTTTAGCCTG
GACTGTTGCATCAAGGTTCCTTGCAGAAAATCTGCATGGTGGACATTGTTCGACATCCCTGTATTGTTAACTAACTTGTGTGTTTCTTATAAATATGTATTCTGACGTTATTGTGCCATTAGTGTTTGTACTGAATAGTATTTTCTTTTACAATAGAAAAAACGACCAAAAGATGGGCATCGATTAAGACTAGTTTGCTG
CATTTTGGTTTTTTTTTCATCTTCGGTCGCCTAGGATTCCTCTTACTAGAATTGTAGTGTCTAACCTAATCATCCCACGAAGCTAATTGAAAAGCAAGTAATTGTATGAATTGTGGTGGTTGTTCTATATTGATACTTCTTGCATCGTCAAGAAGTATTTTGTGTAAGGGTTATACAAATGTATTTTCATTAATCTGTGG
AGATGTACAACTATTCATATACCGTGCTCGCCGTTCTACACAACATTTGTTTATTGTGCTGTCTCGCTGATCTGGCTTTTAAGTTGTATGAATTGTGGTTATTGTTTTATATTGATAGTTATTGTAAAGAAGTCGGTGTCTGAACATAATAGATATTCATGCAAAATAGTCTTTTGGGTTATACAAATAGATTTGTTGTA
TTAGTCTTTGGAGATGTATCAGTTCATGTATACAGAGGAACCGGCAGCAGTGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTGTCATATTGATAACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAATATAGTATATTCATAATAATC
TGTTATGGGATCCAATTTTG

Intron 3 GTAATCCTAA ... CAAATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	11	38	28
A2	83.13	7	30	39
A3	82.05	7	36	28
A4	88.46	3	29	17
A5	90.48	3	26	31
A6	74.79	15	40	49
A7	79.01	19	65	78
A8	79.46	23	75	103
A9	86.14	7	44	43
A10	81.51	11	44	53

>TRINITY_DN48617_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TGCAATGTCTGGTCAAAATGCACGTACGGCACGTGCACTTTAGAACTAAGTGTGTTCTCCTTTTCAGATTGGGCCATTTGTTCATTTGCTTTTTGAACACACGACAATAGTACTTCCATGATCAGGCCACCTTGCAGACTCTGCCTGGTACCTTGTCTTAAGAGGTTTTTAGCCTGGACTGTTGCATCAAGGTTCCTTGC
AGAAAATCTGCATGGTGGACATTGTTCGACATCCCTGTATTGTTAACTAACTTGTGTGTTTCTTATAAATATGTATTCTGACGTTATTGTGCCATTAGTGTTTGTACTGAATAGTATTTTCTTTTACAATAGAAAAAACGACCAAAAGATGGGCATCGATTAAGACTAGTTTGCTGCATTTTGGTTTTTTTTTTCATCTT
CGGTCGCCTAGGATTCCTCTTACTAGAATTGTAGTGTCTAACCTAATCATCCCACGAAGCTAATTGAAAAGCAAGTAATTGTATGAATTGTGGTGGTTGTTCTATATTGATACTTCTTGCATCGTCAAGAAGTATTTTGTGTAAGGGTTATACAAATGTATTTTCATTAATCTGTGGAGATGTACAACTATTCATATACC
GTGCTCGCCGTTCTACACAACATTTGTTTATTGTGCTGTCTCGCTGATCTGGCTTTTAAGTTGTATGAATTGTGGTTATTGTTTTATATTGATAGTTATTGTAAAGAAGTCGGTGTCTGAACATAATAGATATTCATGCAAAATAGTCTTTTGGGTTATACAAATAGATTTGTTGTATTAGTCTTTGGAGATGTATCAGT
TCATGTATACAGAGGAACCGGCAGCAGTGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTGTCATATTGATAACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAATATAGTATATTCATAATAATCTGTTATGGGATCCAATTTTGATA
AGGGTTCATCAATGCAGCCTTTTCAGCTGGATAGAGCTTAAGCTAATAAGAAACAGATCCCATTATTACAGTAATGTAGCCTT

>TRINITY_DN48617_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTTTGGCCTCTTCTAAACAATTGTTTCCTTTCCGAACAATTGCTTCCTTGAATCACAGTAGAGAAAGTTTACCCAAATTAAGGAGAAGTCTGTTATTGTCACATTATTTGGCCTGTATCTTTTTGAAACGATTGTTTTGGCCTCTCTTCTAAACAATTGTTTCCTCAATCAATAAAGATAAAGAAAAAAATGAGGAAAA
GGCTTTAAGTGGTGAACCTATCTCTGCCTGTTTCCTTTCCAAACATTTTAATTCTTGAATCATACGAGAGACTGCGCAAATATCCTTCTAAAAAGGACTTTCGGTGACTGCACAAATCTTGGCAATGTTTTCCATATTTAATTATTTACAGAAACTTGTACAATGTTTATTTTCTCCAATTCTTTCAATATAGCGGGTCT
GTAAACCCTTTCGCAATCCTTGACCTTTCTCCTGTGCTATATAGACCCGTAGCACTTATCTTGGCGTGTTTTCTTGAACCCAAATTCTTTTTCTTTGGATCATGGGAGACTGGTAAGTAAGTTATATCCATCCAAGAGAAGATTTAGGTGGCTGCCTAGAAACTTATCAGTCATGCCCAAAACTTATTAATCATGCCTAG
AACTTATTAATAATGCCTACAAACTTATGCTGGGATTCTTGTCTCCAATTCTTTCAATTCAGCCGATCTTTAAACCCTTGCCATCTCTGAGTTTTCTCCCGTTATGCTTCGGTAGTCATGCTTCCTTTTTCGTATTTGTGCCCAATTAACCAGAATCTCCTGTGTTATTTATTGAACTGTTATTTGTCTAATGAATTAGG
TACATGTGAAAAAGGGTATAATACTTTGGAAGTTGTATTAGTGGATAAATGCATCATAGGTAGGGTTTATGCTTTTATCTAATTCCTATCCTCTCTTCAGATTTTAAGGGTTTAGTTAATGGTCTTTACAATGTATATATTGACAGATTGGGCCATTTGTTCATTTGCTTTTTGAACACACGACAATAGTACTTCCATGA
TCAGgtaatcctaaaatatgtttatttacttgcattagaatttcaatacagtggactagcatcaaatataagtatttaatgcttttgcaattgtattttaagttatatatttcttcgtgcaaattatagGCCACCTTGCAGACTCTCTGCCTGGTACCTTGACTTAAGAGGTTTTTAGCCTGGACTGTTGCATCAAGGTT
CCTTGCAGAAAATCTGCATGGTGGACATTGTTCGACATCCCTGTATTGTTAACTAACTTGTGTGTTTCTTATAAATATGTATTCTGACGTTATTGTGCCATTAGTGTTTGTACTGAATAGTATTTTCTTTTACAATAGAAAAAACGACCAAAAGATGGGCATCGATTAAGACTAGTTTGCTGCATTTTGGTTTTTTTTTC
ATCTTCGGTCGCCTAGGATTCCTCTTACTAGAATTGTAGTGTCTAACCTAATCATCCCACGAAGCTAATTGAAAAGCAAGTAATTGTATGAATTGTGGTGGTTGTTCTATATTGATACTTCTTGCATCGTCAAGAAGTATTTTGTGTAAGGGTTATACAAATGTATTTTCATTAATCTGTGGAGATGTACAACTATTCAT
ATACCGTGCTCGCCGTTCTACACAACATTTGTTTATTGTGCTGTCTCGCTGATCTGGCTTTTAAGTTGTATGAATTGTGGTTATTGTTTTATATTGATAGTTATTGTAAAGAAGTCGGTGTCTGAACATAATAGATATTCATGCAAAATAGTCTTTTGGGTTATACAAATAGATTTGTTGTATTAGTCTTTGGAGATGTA
TCAGTTCATGTATACAGAGGAACCGGCAGCAGTGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTGTCATATTGATAACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTTAAATATAGTATATTCATAATAATCTGTTATGGGATCCAATTT
TGATAAGGGTTCATCAATGCAGCCTTTTCAGCTGGATAGAGCTTAAGCTAATAAGAAACAGATCCCATTATTACAGTAATGTAGCCTTTCATATTGATAAAACATTGTAAAATCCATTTTAAATATTGTGAAATATTGTGGCTATTTGACCAATGATTTTCAAGCTAAGACTGCGCACCTCGGTATTTGTTGTATGGGCC
AAAGTAAAGAGGTGAGTGAAAGACTGTTTCAGTTCGTAATTTTGATGTATCTTTTCAACTGGACAGACTAAGCTACCAAGAAAGGATTCCAATTTTGATGTTGATTTTGTATTCCAGTAATCTTGCCTTTCATATTGATTACAGTCTAGAATAAATTGTACAATCCATTTAAAATAGTATATTCATAATAATATCTGTTA
TGGGATCCAATTTTGATAAGGGTTCGTCAATGCAGCCTTTTTAGCTGGATAGAGCTTAAGCTAGTAAGAAACAGATCTCATTATTACAGTAATGTAGCCTTTCATATCGATAAAACATTGTAAAATCCACTTTAAATATTGTGAAATAGTGGCTATCTGACCAATGATTTTCGAGCTAAGATTGCGTACCTCGGTATTTG
TTGTATGGGCCAAAGTAAAGAGGTGAGTGAAAGACTGTTTTAGTTCGTAATTTTCATTACGAAGAGTTCGAATCTGAGGTTCCATTTCCTTCAGATATGTCTGGAACTCAACAGTCAAGTTGGAGAACCCCGTTCCGTCAGTTGGTGCACTGAGACCCCCGACCAAGAAAGTCAGCTTTACCATGATTCGATGCAGAGGG
ATGTTTGCTGGTTCTGCACTATTCTGACCGGCGTCCTTCGAACTGTTCTGATTCAGAGTATCAAAGTGAAGTCTCCCATGTGCAGCAATCTGTTTTCAGTAGAGAATAGCCTGGAGCGTGAAGGGGTTCTCTTCCATGCCGACGCTAGTGAGAGGGACCTTGCAATGGCGCTCACTCCTCTGCAAACTAAGCCTTCTATC
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