sp|Q3Y8L7|DAW1_CHLRE ----> Dynein assembly factor with WD repeat domains 1

Intron 1 GTAGGTTAAG ... CTTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.45	70	17	19
A2	23.71	74	13	33
A3	21.09	101	18	36
A4	24.1	74	14	33
A5	18.1	43	10	9
A6	18.57	57	9	17
A7	18.97	94	18	26
A8	19.18	59	14	14
A9	20	82	12	29
A10	19.25	107	22	29

>TRINITY_DN114111_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

CCCCAGCAAAAGCAGACAGAGACTGCAGAGTGGCTGGAGCCTCCAACAGCTCGCTTTACACGAAGTGACAAGTGGAAACCAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGGTTGTGAGAGCAAAGACAATAGAAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATA
CCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCATAATAAGATATTGAGGAAAAGGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAATGGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAACGCGTAGACAGATGCGAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGGAGAGTTGTCAGCTGAACATCGGTATGGCCATATTGATGGCTTACTGAGAGACA
GCAGAAACTCAGATACTGTTGAGAGAAGTGTTGTTCAAAGGGAAGATTTAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATGTCCCAGGCTTCATTGAGAGCACTTCCAGTGAGTTGAAGAATAATGATAATCGAATGGAGCAGGAGCATGGAAACGAGACTATGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATG
CTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTATCACCAATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGAT
CCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGAAGGACTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGAT
CTGAAGCTCATGCAGATATTCATCAAGGGAGAGATACTGACAATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGAACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAG
CAAAAGTGGAGATCATTGTTTGAAGGTTGGGATTCACTTGGTAAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAGCATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAA
TGGAATGGCTCAACTTGTCTGCAGCTCGAATGAGGCTCCAAATGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACAGAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTC
TGTATACATTGGGACCAGTGGCAGATAATGTGGATTTGGTTGGACATAAAAAGAAAATAAACGCAATGGCTGTTAACAGCTGGCAATCTTGTATGTATACATTAGTTGATGATCAAACTAGGATAATCATTTGATTCTAGTTACAGCTAAATTCTTCATATTGTTTTTATTATCTCAATTTGTTAAGTATAAC

>TRINITY_DN114111_c1_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTCCCAGGCTTCATTGAGAGCACTTCCAGTGAGTTGAAGAATAATGATAATCGAATGGAGCAGGAGCATGGAAACGAGACTATGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTATCACCAATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTgtaggt
taagaactgtccattttttgtaggttcttcctcttaaaagcatcaaatcaagattcgtaatattcctcttttatgagctatattttcttctttcaaaccatacagtggcatgagctgatacctttttctttgtgctcttgttttagTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCA
GTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGAAGGACTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAG
ATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAGGTAAATACATGTTTGTCACACATGTTTTCTAGCTTTAACTTCCTCTGCCTTTACAAGTCTTGAGCTTCAGGATGTTACCGTTTCTAATTATTTTGTCTAATTTTTCATTTGTA
ATCTTAGCAATGCCCAATAATGATTTATAATCATCAGAATGTCTGATATTGATCATTGTCTCTGACGAGAACTAGGCTAAAAGAATGTTATCCCAATAGTGTTGGAAGTCCATCCGTTTACAGGCCTGGTGTGGTTAGATGGCCAACTGAAATGTTAGTTGTCTATGGATCATTCAAACTGAAATAAAAGTGAATAATTG
TGTATTATCATATTATGTACAAAGATGCAAATATTTTCTTTTGTAAGCACATGATTTTTTAGGTAAAACCGTTGATAGAATCCTTGAGTGGAGTGCCTTCATAGTCGACTAACTCATATGCCCTCTTTTGTAAAGGTCTTTAACAATAAAGGGGCTGTACCAAGGCTGTTGGGAGCGGGGAGTGGGAGCGGAAAGCAAAA
TTTCCAAAAGCTTCCATTTTGGGAGCGTTTTTTTATATAATACATATTTTAATATTTTCTGATGCATATTTTTAAAAAAACATGTAGAATGCCAAATTAGTTATAGAAAA

Intron 2 GTATTTTTTA ... ATCATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.73	21	54	58
A2	64.79	25	28	64
A3	68.12	33	45	96
A4	76.74	15	48	51
A5	66.67	10	13	27
A6	71.43	7	12	23
A7	73.63	12	18	49
A8	58.97	8	7	16
A9	68.18	14	21	39
A10	69.7	10	12	34

>TRINITY_DN42214_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTGGATTCCGAACCTAGCCCCCTACGCTTCAAAGTGCATATAAAAGGGTCCGAGGTTGCCGTCTTCCATTCTCCTTAAATTGCACATGGACTCATCATGTGGGTAAACCGCAAAGGCTTTGTTTCTGAAAATTGAATCGGGCGAAGAGGAGAAGGATGTACAGGCCCCGGAATCGTCCATCATCGAGGCTCCATGCCCT
CCTGCAGATCCAGGTGACGGTGGTGGTGGTGATAATAATAATAATGGGGCTGGGGAATGCATGGCCATAGTGGCCCATCCGGCTTCTGAAGAAGAAACCAAAATTGTCACTAACAACAACAAGGAGGATGGGTGGGAAGCAGCTCGTGCATGGCTGATGACATTGCCGAGGCGGAGGAATGTGATGCACAATGAGATCGA
AGATTGGCTTCATCACAACAAGCACAATCTCTCCAGAGAAATCACCACGATGCCTCGGCAGCATCTCTACCGATATCTTGTCAGCCAGCACAAGCTCATTCGCAGAGCCGACCAGCCACAGTCACCCCAGCAACAGACAGAGACTGCAGAATGGCTGGAGCCTCCGACAGCCCGCTTTAAACGGAGTGACAAATGGAGAC
CAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGATTGTGAGAACAAAGACAATAGGAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATACCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCATGCTAAGATATTGAAGAAAAAGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAAT
GGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAAAGCGTAGACATATGTCAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGAGTTGTCAGCTGAGCATCAGTATGGTCATATTGATGGCTTACTGAGAGACAGCAGAAACTCAGATACTGTGGAGAGAAGTGTTGTTCAAAAGGGAGATATAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATAT
CCCGGGATTCATTGATGGCACTTCCAGTGTGTTGAAGAATTATGATAATCGAATGGAGCATGAGCATGGAAACGGGACTCCGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTATCACCAATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAG
AACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGAAGGACTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTA
GCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAGATATTCATCAAGGGAGAGATACTGACAATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGA
ACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAGCAAAAGTGGAGATCATTGTTTGAAGGTTGGGATTCACTTGGTAAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAG
CATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAATGGAATGGCTCAACTTGTCTGCAGCTCGAATGAGGCTCCAAATGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACA
GAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTCTGTATACATTGGGACCAGTGGCAGATAATGTGGATTTGGTTGGACATAAAAAGAAAATAAACGCAATGGCTGTTAACAGCTG
GCAATCTTGTCTTGTGGCAACAAGTGGTGGTGAAAGTGATGGCCGGCTTCTTCTTTGGAATGTTCTTTCGGGAGAACTTGCTGCTGATATAAATGTCAACATGAGGGAAAAGAGTTCTGTCTATCCTTCTATTGATGCTATGGAGTTCTGCAATCAAAACCTGCTCGTCTGTGGGAGTGATTCTGCATATGGAGGTCCAG
CTATGGTGCAATTATGGGATATTGAAGCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTTTCCCAGCAAATGATGCTTATATCACATCACTGAAAATCCACCCATTGTGTAATACTGTAATCACAGGTGCCGGTGATGGAACTGTTGGTTTATTTGATATCAGGACATGTGGAGGAATTTGCCGCCTTTCCGTTGGTTCAAACTTTGAGGTT
ACCTCTGTTTCATTCAGCAGTTGCGGGACATACTTTCATGCTTCCAGCACAGCAAATGCTACCTTGGTCTGGGATACACGAATGATGCCGATGAACCATGGTCCGATGACTACCGAGAGGCCTTTACCAGTGACTGATCCAACCTTGCATTCTGCTAGGCCTCTACATTGCCTGAGCCATGGGAAGCAGATGCCCACTGC
AGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGTTTGTTGATGACGGCGATCAAGGTGTGAATGATGCTCGTTGGTTTCATAACATGCCAGTTTTGGTAACAGCAAGTGGCAATGGAAGCATTGCTATGTGGAATGTTACGCTAGGACAACCCTGTATCAGACACTTAAGCAGCCATACCCGCTGTGCTAATACGGTAGCTGTGGCTC
CCAATGACGAATATATTTGTAGTGGAGGTGATGATCAGAAAGTGGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACACCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACACTGCGTTGTGAAGTTATATGTACGTCTCAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTATG
TATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGCTCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTGGTTGTACATTATGCATTGTTTGCCATATATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCACA
TTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAACAATTTTGAAAATTTCTAGTATGTTTAGTTTTTTTTCTTGTCAAAGATTGCAAAGAAAAACATGTAATGAGTACACAATCAAATTCCTGAGTTTGGAATGATCTTCTGATGCGTTCTCTATGTTGAAGACTTATTATCTATAG
AGTTTTTTATTCTATATCAAAGTGTTATATCATTC

>TRINITY_DN42214_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGGATTCCGAACCTAGCCCCCTACGCTTCAAAGTGCATATAAAAGGGTCCGAGGTTGCCGTCTTCCATTCTCCTTAAATTGCACATGGACTCATCATGTGGGTAAACCGCAAAGGCTTTGTTTCTGAAAATTGAATCGGgtattttttatattcccttcgttgttccaatttcatccgaaatccatgtggcatgcaag
cataagcttctaaatcgctttgaaattcatctggttatttgggtagcacgagcttctaatttggagtgaaattaccttttgaaaaaaaacacccagaagccttttgatatctagggaccaaggttgtctcagagctttttgttgggtttgaaattatagtcccaccataacaaatgatcatgtcagGCGAAGAGGAGAAG
GATGTACAGGCCCCGGAATCGTCCATCATCGAGGCTCCATGCCCTCCTGCAGATCCAGGTGACGGTGGTGGTGGTGATAATAATAATAATGGGGCTGGGGAATGCATGGCCATAGTGGCCCATCCGGCTTCTGAAGAAGAAACCAAAATTGTCACTAACAACAACAAGGAGGATGGGTGGGAAGCAGCTCGTGCATGGCT
GATGACATTGCCGAGGCGGAGGAATGTGATGCACAATGAGATCGAAGATTGGCTTCATCACAACAAGCACAATCTCTCCAGAGAAATCACCACGATGCCTCGGCAGCATCTCTACCGATATCTTGTCAGCCAGCACAAGCTCATTCGCAGAGCCGACCAGCCACAGTCACCCCAGCAACAGACAGAGACTGCAGAATGGC
TGGAGCCTCCGACAGCCCGCTTTAAACGGAGTGACAAATGGAGACCAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGATTGTGAGAACAAAGACAATAGGAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATACCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCATGCT
AAGATATTGAAGAAAAAGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAATGGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAAAGCGTAGACATATGTCAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGAGTTGTCAGCTGAGCATCAGTATGGTCATATTGATGGCTTACTGAGAGACAGCAGAAACTCAGATACTGTGGAGAGAAGTGTTGTTCA
AAAGGGAGATATAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATATCCCGGGATTCATTGATGGCACTTCCAGTGTGTTGAAGAATTATGATAATCGAATGGAGCATGAGCATGGAAACGGGACTCCGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTATCAC
CAATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGAAGG
ACTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAGATATTCATCAAGGGAGAGATAC
TGACAATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGAACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAGCAAAAGTGGAGATCATTGTTTGAAGGTTGGGATTCAC
TTGGTAAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAGCATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAATGGAATGGCTCAACTTGTCTGCAGCTCGAATGAGGCT
CCAAATGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACAGAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTCTGTATACATTGGGACCAGTGGCAGATAATGTGGATTT
GGTTGGACATAAAAAGAAAATAAACGCAATGGCTGTTAACAGCTGGCAATCTTGTCTTGTGGCAACAAGTGGTGGTGAAAGTGATGGCCGGCTTCTTCTTTGGAATGTTCTTTCGGGAGAACTTGCTGCTGATATAAATGTCAACATGAGGGAAAAGAGTTCTGTCTATCCTTCTATTGATGCTATGGAGTTCTGCAATC
AAAACCTGCTCGTCTGTGGGAGTGATTCTGCATATGGAGGTCCAGCTATGGTGCAATTATGGGATATTGAAGCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTTTCCCAGCAAATGATGCTTATATCACATCACTGAAAATCCACCCATTGTGTAATACTGTAATCACAGGTGCCGGTGATGGAACTGTTGGTTTATTTGATATCAGGACA
TGTGGAGGAATTTGCCGCCTTTCCGTTGGTTCAAACTTTGAGGTTACCTCTGTTTCATTCAGCAGTTGCGGGACATACTTTCATGCTTCCAGCACAGCAAATGCTACCTTGGTCTGGGATACACGAATGATGCCGATGAACCATGGTCCGATGACTACCGAGAGGCCTTTACCAGTGACTGATCCAACCTTGCATTCTGC
TAGGCCTCTACATTGCCTGAGCCATGGGAAGCAGATGCCCACTGCAGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGTTTGTTGATGACGGCGATCAAGGTGTGAATGATGCTCGTTGGTTTCATAACATGCCAGTTTTGGTAACAGCAAGTGGCAATGGAAGCATTGCTATGTGGAATGTTACGCTAGGACAACCCTGTATCAGAC
ACTTAAGCAGCCATACCCGCTGTGCTAATACGGTAGCTGTGGCTCCCAATGACGAATATATTTGTAGTGGAGGTGATGATCAGAAAGTGGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACACCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACACTGCGTTGTGAAGTTATATGTA
CGTCTCAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTATGTATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGCTCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTGGTTGTACATTATGCATTGTTTG
CCATATATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCACATTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAACAATTTTGAAAATTTCTAGTATGTTTAGTTTTTTTTCTTGTCAAAGATTGCAAAGAAAAACATGTAATGAGTACACAATCAAATTCCTGAGTTTGGAA
TGATCTTCTGATGCGTTCTCTATGTTGAAGACTTATTATCTATAGAGTTTTTTATTCTATATCAAAGTGTTATATCATTC

Intron 3 GTAAGAATTG ... TAACTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.55	116	25	21
A2	17.6	103	22	22
A3	13.26	121	17	20
A4	13.61	73	9	14
A5	12.09	40	9	2
A6	16.13	52	13	7
A7	13.56	102	12	20
A8	14.55	47	5	11
A9	17.92	71	9	22
A10	16.22	124	13	35

>TRINITY_DN114111_c1_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CCGAACCTAGCCCCCTACGCTTCAAAGTGCATATAAAAGGGTCCGAGGTTGCCGTCTTCCATTCTCCTTAAATTGCACATGGACTCATCATGTGGGTAAACCGCAAAGGCTTTGTTTCTGAAAATTGAATCGGGTATTTTTTATATTCCCTTCGTTGTTCCAATTTCATCCGAAATCCATGTGGCATGCAAGCATAAGCT
TCTAAATCGCTTTGAAATTCATCTGGTTATTTGGGTAGCACGAGCTTCTAATTTGGAGTGAAATTACCTTTTGAAAAAAAACACCCAGAAGCCTTTTGATATCTAGGGACCAAGGTTGTCTCAGAGCTTTTTGTTGGGTTTGAAATTATAGTCCCACCATAACAAATGATCATGTCAGGCGAAGAGGAGAAGGATGTACA
GGCCCCGGAATCGTCCATCATCGAGGCTCCATGCCCTCCTGCAGATCCAGGTGACGGTGGTGGTGGTGATAATAATAATAATGGGGCTGGGGAATGCATGGCCATAGTGGCCCATCCGGCTTCTGAAGAAGAAACCAAAATTGTCACTAACAACAACAAGGAGGATGGGTGGGAAGCAGCTCGTGCATGGCTGATGACAT
TGCCGAGGCGGAGGAATGTGATGCACAATGAGATCGAAGATTGGCTTCATCACAACAAGCACAATCTCTCCAGAGAAATCACCACGATGCCTCGGCAGCATCTCTACCGATATCTTGTCAGCCAGCACAAGCTCATTCGCAGAGCCGACCAGCCACAGTCACCCCAGCAACAGCAGACAGAGACTGCAGAATGGCTGGAG
CCTCCGACAGCCCGCTTTAAACGGAGTGACAAATGGAGACCAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGATTGTGAGAACAAAGACAATAGGAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATACCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCATGCTAAGAT
ATTGAAGAAAAAGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAATGGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAAAGCGTAGACATATGTCAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGAGTTGTCAGCTGAGCATCAGTATGGTCATATTGATGGCTTACTGAGAGACAGCAGAAACTCAGATACTGTGGAGAGAAGTGTTGTTCAAAAGG
GAGATATAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATATCCCGGGATTCATTGATGGCACTTCCAGTGTGTTGAAGAATTATGATAATCGAATGGAGCATGAGCATGGAAACGGGACTCCGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTATCACCAATG
GGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGAAGGACTAA
ACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAGATATTCATCAAGGGAGAGATACTGACA
ATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGAACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAGCAAAAGTGGAGATCATTGTTTGAAGGTTGGGATTCACTTGGT
AAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAGCATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAATGGAATGGCTCAACTTGTCTGCAGCTCGAATGAGGCTCCAAA
TGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACAGAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTCTGTATACATTGGGACCAGTGGCAGATAATGTGGATTTGGTTG
GACATAAAAAGAAAATAAACGCAATGGCTGTTAACAGCTGGCAATCTTGTCTTGTGGCAACAAGTGGTGGTGAAAGTGATGGCCGGCTTCTTCTTTGGAATGTTCTTTCGGGAGAACTTGCTGCTGATATAAATGTCAACATGAGGGAAAAGAGTTCTGTCTATCCTTCTATTGATGCTATGGAGTTCTGCAATCAAAAC
CTGCTCGTCTGTGGGAGTGATTCTGCATATGGAGGTCCAGCTATGGTGCAATTATGGGATATTGAAGCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTTTCCCAGCAAATGATGCTTATATCACATCACTGAAAATCCACCCATTGTGTAATACTGTAATCACAGGTGCCGGTGATGGAACTGTTGGTTTATTTGATATCAGGACATGTGG
AGGAATTTGCCGCCTTTCCGTTGGTTCAAACTTTGAGGTTACCTCTGTTTCATTCAGCAGTTGCGGGACATACTTTCATGCTTCCAGCACAGCAAATGCTACCTTGGTCTGGGATACACGAATGATGCCGATGAACCATGGTCCGATGACTACCGAGAGGCCTTTACCAGTGACTGATCCAACCTTGCATTCTGCTAGGC
CTCTACATTGCCTGAGCCATGGGAAGCAGATGCCCACTGCAGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGTTTGTTGATGACGGCGATCAAGGTGTGAATGATGCTCGTTGGTTTCATAACATGCCAGTTTTGGTAACAGCAAGTGGCAATGGAAGCATTGCTATGTGGAATGTTACGCTAGGACAACCCTGTATCAGACACTTA
AGCAGCCATACCCGCTGTGCTAATACGGTAGCTGTGGCTCCCAATGACGAATATATTTGTAGTGGAGGTGATGATCAGAAAGTGGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACACCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACACTGCGTTGTGAAGTTATATGTACGTCT
CAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTATGTATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGCTCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTGGTTGTACATTATGCATTGTTTGCCATA
TATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCACATTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAACAATTTTGAAAATTTCTAGTATGTTTAGTTTTTTTTCTTGTCAAAGATTGCAAAGAAAAACATGTAATGAGTACAC

>TRINITY_DN114111_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCGAACCTAGCCCCCTACGCTTCAAAGTGCATATAAAAGGGTCCGAGGTTGCCGTCTTCCATTCTCCTTAAATTGCACATGGACTCATCATGTGGGTAAACCGCAAAGGCTTTGTTTCTGAAAATTGAATCGGGTATTTTTTATATTCCCTTCGTTGTTCCAATTTCATCCGAAATCCATGTGGCATGCAAGCATAAGCT
TCTAAATCGCTTTGAAATTCATCTGGTTATTTGGGTAGCACGAGCTTCTAATTTGGAGTGAAATTACCTTTTGAAAAAAAACACCCAGAAGCCTTTTGATATCTAGGGACCAAGGTTGTCTCAGAGCTTTTTGTTGGGTTTGAAATTATAGTCCCACCATAACAAATGATCATGTCAGGCGAAGAGGAGAAGGATGTACA
GGCCCCGGAATCGTCCATCATCGAGGCTCCATGCCCTCCTGCAGATCCAGGTGACGGTGGTGGTGGTGATAATAATAATAATGGGGCTGGGGAATGCATGGCCATAGTGGCCCATCCGGCTTCTGAAGAAGAAACCAAAATTGTCACTAACAACAACAAGGAGGATGGGTGGGAAGCAGCTCGTGCATGGCTGATGACAT
TGCCGAGGCGGAGGAATGTGATGCACAATGAGATCGAAGATTGGCTTCATCACAACAAGCACAATCTCTCCAGAGAAATCACCACGATGCCTCGGCAGCATCTCTACCGATATCTTGTCAGCCAGCACAAGCTCATTCGCAGAGCCGACCAGCCACAGTCACCCCAGCAACAGCAGACAGAGACTGCAGAATGGCTGGAG
CCTCCGACAGCCCGCTTTAAACGGAGTGACAAATGGAGACCAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGATTGTGAGAACAAAGACAATAGGAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATACCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCATGCTAAGAT
ATTGAAGAAAAAGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAATGGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAAAGCGTAGACATATGTCAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGAGTTGTCAGCTGAGCATCAGTATGGTCATATTGATGGCTTACTGAGAGACAGCAGAAACTCAGATACTGTGGAGAGAAGTGTTGTTCAAAAGG
GAGATATAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATATCCCGGGATTCATTGATGGCACTTCCAGTgtaagaattgaaatctaaatattattttggagtaaggcatatgctagtacactcaactttgttctctttcaggctgttggtagcacacacacttctagcactttatgtaagatggaaatgatgtctgttatt
ttctagttctgttcttatgttgacattgccattgttacagcatgatacctttgccttttcagaccggtaattaatttgagggacataacttgtagGTGTTGAAGAATTATGATAATCGAATGGAGCATGAGCATGGAAACGGGACTCCGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCA
GAAGATACTGATAATTTATCACCAATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGG
TAATAATGATGCTGAGGGAAGGACTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAG
ATATTCATCAAGGGAGAGATACTGACAATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGAACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAGCAAAAGTGGAGATCA
TTGTTTGAAGGTTGGGATTCACTTGGTAAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAGCATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAATGGAATGGCTCAACT
TGTCTGCAGCTCGAATGAGGCTCCAAATGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACAGAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTCTGTATACATTGGGAC
CAGTGGCAGATAATGTGGATTTGGTTGGACATAAAAAGAAAATAAACGCAATGGCTGTTAACAGCTGGCAATCTTGTCTTGTGGCAACAAGTGGTGGTGAAAGTGATGGCCGGCTTCTTCTTTGGAATGTTCTTTCGGGAGAACTTGCTGCTGATATAAATGTCAACATGAGGGAAAAGAGTTCTGTCTATCCTTCTATT
GATGCTATGGAGTTCTGCAATCAAAACCTGCTCGTCTGTGGGAGTGATTCTGCATATGGAGGTCCAGCTATGGTGCAATTATGGGATATTGAAGCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTTTCCCAGCAAATGATGCTTATATCACATCACTGAAAATCCACCCATTGTGTAATACTGTAATCACAGGTGCCGGTGATGGAACTGT
TGGTTTATTTGATATCAGGACATGTGGAGGAATTTGCCGCCTTTCCGTTGGTTCAAACTTTGAGGTTACCTCTGTTTCATTCAGCAGTTGCGGGACATACTTTCATGCTTCCAGCACAGCAAATGCTACCTTGGTCTGGGATACACGAATGATGCCGATGAACCATGGTCCGATGACTACCGAGAGGCCTTTACCAGTGA
CTGATCCAACCTTGCATTCTGCTAGGCCTCTACATTGCCTGAGCCATGGGAAGCAGATGCCCACTGCAGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGTTTGTTGATGACGGCGATCAAGGTGTGAATGATGCTCGTTGGTTTCATAACATGCCAGTTTTGGTAACAGCAAGTGGCAATGGAAGCATTGCTATGTGGAATGTTACG
CTAGGACAACCCTGTATCAGACACTTAAGCAGCCATACCCGCTGTGCTAATACGGTAGCTGTGGCTCCCAATGACGAATATATTTGTAGTGGAGGTGATGATCAGAAAGTGGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACACCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACA
CTGCGTTGTGAAGTTATATGTACGTCTCAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTATGTATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGCTCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTG
GTTGTACATTATGCATTGTTTGCCATATATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCACATTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAACAATTTTGAAAATTTCTAGTATGTTTAGTTTTTTTTCTTGTCAAAGATTGCAAAGAAAAACATGTAATGAGTACAC

Intron 4 GTGAGTTGTC ... AATTTTACAG

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>TRINITY_DN43915_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGGATTCCGAACCTAGCCCCCTACGCTTCAAAGTGCATATAAAAGGGTCCGAGGTTGCCGTCTTCCATTCTCCTTAAATTGCACATGGACTCATCATGTGGGTAAACCGCAAAGGCTTTGTTTCTGAAAATTGAATCGGGTATTTTTTATATTCCCTTCGTTGTTCCAATTTCATCCGAAATCCATGTGGCATGCAAGC
ATAAGCTTCTAAATCGCTTTGAAATTCATCTGGTTATTTGGGTAGCACGAGCTTCTAATTTGGAGTGAAATTACCTTTTGAAAAAAAACACCCAGAAGCCTTTTGATATCTAGGGACCAAGGTTGTCTCAGAGCTTTTTGTTGGGTTTGAAATTATAGTCCCACCATAACAAATGATCATGTCAGGCGAAGAGGAGAAGG
ATGTACAGGCCCCGGAATCGTCCATCATCGAGGCTCCATGCCCTCCTGCAGATCCAGGTGACGGTGGTGGTGGTGATAATAATAATAATGGGGCTGGGGAATGCATGGCCATAGTGGCCCATCCGGCTTCTGAAGAAGAAACCAAAATTGTCACTAACAACAACAAGGAGGATGGGTGGGAAGCAGCTCGTGCATGGCTG
ATGACATTGCCGAGGCGGAGGAATGTGATGCACAATGAGATCGAAGATTGGCTTCATCACAACAAGCACAATCTCTCCAGAGAAATCACCACGATGCCTCGGCAGCATCTCTACCGATATCTTGTCAGCCAGCACAAGCTCATTCGCAGAGCCGACCAGCCACAGTCACCCCAGCAACAGACAGAGACTGCAGAATGGCT
GGAGCCTCCGACAGCCCGCTTTAAACGGAGTGACAAATGGAGACCAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGATTGTGAGAACAAAGACAATAGGAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATACCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCATGCTA
AGATATTGAAGAAAAAGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAATGGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAAAGCGTAGACATATGTCAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGAGTTGTCAGCTGAGCATCAGTATGGTCATATTGATGGCTTACTGAGAGACAGCAGAAACTCAGATACTGTGGAGAGAAGTGTTGTTCAA
AAGGGAGATATAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATATCCCGGGATTCATTGATGGCACTTCCAGTGTGTTGAAGAATTATGATAATCGAATGGAGCATGAGCATGGAAACGGGACTCCGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTATCACC
AATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGAAGGA
CTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAGATATTCATCAAGGGAGAGATACT
GACAATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGAACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAGCAAAAGTGGAGATCATTGTTTGAAGGTTGGGATTCACT
TGGTAAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAGCATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAATGGAATGGCTCAACTTGTCTGCAGCTCGAATGAGGCTC
CAAATGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACAGAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTCTGTATACATTGGGACCAGTGGCAGATAATGTGGATTTG
GTTGGACATAAAAAGAAAATAAACGCAATGGCTGTTAACAGCTGGCAATCTTGTCTTGTGGCAACAAGTGGTGGTGAAAGTGATGGCCGGCTTCTTCTTTGGAATGTTCTTTCGGGAGAACTTGCTGCTGATATAAATGTCAACATGAGGGAAAAGAGTTCTGTCTATCCTTCTATTGATGCTATGGAGTTCTGCAATCA
AAACCTGCTCGTCTGTGGGAGTGATTCTGCATATGGAGGTCCAGCTATGGTGCAATTATGGGATATTGAAGCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTTTCCCAGCAAATGATGCTTATATCACATCACTGAAAATCCACCCATTGTGTAATACTGTAATCACAGGTGCCGGTGATGGAACTGTTGGTTTATTTGATATCAGGACAT
GTGGAGGAATTTGCCGCCTTTCCGTTGGTTCAAACTTTGAGGTTACCTCTGTTTCATTCAGCAGTTGCGGGACATACTTTCATGCTTCCAGCACAGCAAATGCTACCTTGGTCTGGGATACACGAATGATGCCGATGAACCATGGTCCGATGACTACCGAGAGGCCTTTACCAGTGACTGATCCAACCTTGCATTCTGCT
AGGCCTCTACATTGCCTGAGCCATGGGAAGCAGATGCCCACTGCAGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGTTTGTTGATGACGGCGATCAAGGTGTGAATGATGCTCGTTGGTTTCATAACATGCCAGTTTTGGTAACAGCAAGTGGCAATGGAAGCATTGCTATGTGGAATGTTACGCTAGGACAACCCTGTATCAGACA
CTTAAGCAGCCATACCCGCTGTGCTAATACGGTAGCTGTGGCTCCCAATGACGAATATATTTGTAGTGGAGGTGATGATCAGAAAGTGGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACACCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACACTGCGTTGTGAAGTTATATGTAC
GTCTCAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTATGTATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGCTCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTGGTTGTACATTATGCATTGTTTGC
CATATATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCACATTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAACAATTTTGAAAATTTCTAGTATGTTTAGTTTTTTTTCTTGTCAAAGATTGCAAAGAAAAACATGTAATGAGTACACAATCAAATTCCTGAGTTTGGAAT
GATCTTCTGATGCGTTCTCTATGTTGAAGACTTATTATCTATAGAGTTTTTTATTCTATATCAAAGTGTTATATCATTCAAAAAG

>TRINITY_DN43915_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAGGTGATGATCAGAAAGTGgtgagttgtcctctagtaatttcttttgtttagctgattaacagttcttgagttattcattccctcaacatcacaagcagttcagaggcaactaaatcattaaaagggttcctgttctttgtatagaactaagattaggtccagtctattaccagaatgtacttgtgacggctctcaga
ataatttttgtaaacttatcaacataagtgaggcctgaaacactcacaaagtgggatggaatgatatgcttgattctatagagatttttgtttaattttggttactctcaggtattgataacaaagctaagctatcattggtaaatacgtttctgcttaaatagtagtttaaatatttaagcattaatagtgagttgata
ttaaagtagggtgaatctgcaaaggtattttcatggcattggagaacaattttgaaatgagtttaattggtaaaagcttgtaaccatataactatggtctcaaactgtcgagtataatttcaggcaaagaaaagtgccccatggtaacctgaaggttattgcttaattactgcagttaggttcatgaatttagtctgttg
aagtaaaatccgctgactcggcattgacttctgtaaattttacagGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACACCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACACTGCGTTGTGAAGTTATATGTACGTCTCAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTAT
GTATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGCTCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTGGTTGTACATTATGCATTGTTTGCCATATATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCAC
ATTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAACAATTTTGAAAATTTCTAGTATGTTTAGTTTTTTTTCTTGTCAAAGATTGCAAAGAAAAACATGTAATGAGTACACAATCAAATTCCTGAGTTTGGAATGATCTTCTGATGCGTTCTCTATGTTGAAGACTTATTATCTATA
GAGTTTTTTATTCTATATCAAAGTGTTATATCATTCAAAAAG

Intron 5 GTGCCGGTGA ... TTGATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.58	36	48	53.8
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A8	56.95	104	125.2	150
A9	53.92	100	96	138
A10	59.51	82	108	133

>TRINITY_DN99160_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

TGTGGATTCCGAACCTAGCCCCCTACGCTTCAAAGTGCATATAAAAGGGTCCGAGGTTGCCGTCTTCCATTCTCCTTAAATTGCACATGGACTCATCATGTGGGTAAACCGCAAAGGCTTTGTTTCTGAAAATTGAATCGGGTATTTTTTATATTCCCTTCGTTGTTCCAATTTCATCCGAAATCCATGTGGCATGCAAG
CATAAGCTTCTAAATCGCTTTGAAATTCATCTGGTTATTTGGGTAGCACGAGCTTCTAATTTGGAGTGAAATTACCTTTTGAAAAAAAACACCCAGAAGCCTTTTGATATCTAGGGACCAAGGTTGTCTCAGAGCTTTTTGTTGGGTTTGAAATTATAGTCCCACCATAACAAATGATCATGTCAGGCGAAGAGGAGAAG
GATGTACAGGCCCCGGAATCGTCCATCATCGAGGCTCCATGCCCTCCTGCAGATCCAGGTGACGGTGGTGGTGGTGATAATAATAATAATGGGGCTGGGGAATGCATGGCCATAGTGGCCCATCCGGCTTCTGAAGAAGAAACCAAAATTGTCACTAACAACAACAAGGAGGATGGGTGGGAAGCAGCTCGTGCATGGCT
GATGACATTGCCGAGGCGGAGGAATGTGATGCACAATGAGATCGAAGATTGGCTTCATCACAACAAGCACAATCTCTCCAGAGAAATCACCACGATGCCTCGGCAGCATCTCTACCGATATCTTGTCAGCCAGCACAAGCTCATTCGCAGAGCCGACCAGCCACAGTCACCCCAGCAACAGCAGACAGAGACTGCAGAAT
GGCTGGAGCCTCCGACAGCCCGCTTTAAACGGAGTGACAAATGGAGACCAATTTATTCATGGTTAGAATCATTGGATGCCCAAGAGATTGTGAGAACAAAGACAATAGGAGACTGGTTGACTCAGAATCCAGATGTGAGGGAGGATTTAGAGTCAAAGCATTCACGATACCATTTAATCCATTACATTCAGAAGTGCCAT
GCTAAGATATTGAAGAAAAAGGAGAAACAGAAAAATATTCAGAACAATGGAGTAGGTTCGTCAGGAGGTTTAAAGCGTAGACATATGTCAGTAAATGGTGGTTCGATGCAAAGAGAGTTGTCAGCTGAGCATCAGTATGGTCATATTGATGGCTTACTGAGAGACAGCAGAAACTCAGATACTGTGGAGAGAAGTGTTGT
TCAAAAGGGAGATATAGATGGTGGTGAGGCTCTTCCCAGAAATAATATCCCGGGATTCATTGATGGCACTTCCAGTGTGTTGAAGAATTATGATAATCGAATGGAGCATGAGCATGGAAACGGGACTCCGGCTATGGCATTGACCAGGTTGGACTCAGGTAATATGCTAAAGCACAATTCAGAAGATACTGATAATTTAT
CACCAATGGGAAGAGATGAGGCTGTCAGAAAATATGAACTTCTCTCAGAACTGGAGAATCGGCTCATCACTCTTCTTTCAAATTTCAAGCAGCAGTCAGGTGTGTCTAATGTGTCTACTGCTGGAGTATCTCTCCCGAGTCAGTGGTCAGCAGAGAGAAATGGGATCCAGTTCTTAGAAGGTAATAATGATGCTGAGGGA
AGGACTAAACGCAAGTCGCGAGATTCTATTCAATCTCAGCAGGATTTAGCAAGCCATTCAACTGCTGGGCAAGCAAGGTTAAGACCCTCAGCAGATGCCAAACTAGGACGAAAGCGGAAGAAGGCCAAGGATAACTTGGATATCTCAGTGTATGCATGGGCTCGATCTGAAGCTCATGCAGATATTCATCAAGGGAGAGA
TACTGACAATTGTGTCGAAAAATCTCAGACAAGCTCACAGGAGGCAGAACATCGGGCTTTTACTAAACAATATAGGCCAAATATTGTTAAGTGCCTGCAGGGGCAAGAAGGAGGTTTAAGTTGGCCTTTGACATCTAGTCCTAATGGACATTGTGGAAGGCGTCAGCAAAAGTGGAGATCATTGTTTGAAGGTTGGGATT
CACTTGGTAAACAATTTGAAGGGCCGGCAGTATGGTTGGAGCGAAAAGCATATTCCTCATGGATCCCGACTTGGAGTGCCTACACATCAAGTGTAGCTCTTGCACAACCTCTTGGAAGAATGGATCAAGGTGTTCAGAAGGTTCTAGATGTCAGATTTCATCCTAATGGAATGGCTCAACTTGTCTGCAGCTCGAATGAG
GCTCCAAATGAATTGCTGATGTACAATCTCATAGCTGGAAGGGCAACAGAATTGGCTGGCCATAATTGCCAGATACAAGCTGTCGAATATGCTGCAGGAGGTGCAAGCATAGTATCTTGTGGTGGTAATCTAGTAAAGGTGTGGGATTCAACTTCAGGAGCTTGTCTGTATACATTGGGACCAGTGGCAGATAATGTGGA
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ATGCCCACTGCAGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGT

>TRINITY_DN99160_c0_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAAGACAGTTTAAGTGAATGATATATGTAATAAATTTTTGAAATTAAGACAAACATTTTAATCTTTGGTTTCATTTCTTGGCTTAGATGATGGTTCTTGAATTTGAGGCAGGTCTTGTGGCAACAAGTGGTGGTGAAAGTGATGGCCGGCTTCTTCTTTGGAATGTTCTTTCGGGAGAACTTGCTGCTGATATAAATGTC
AACATGAGGGAAAAGAGTTCTGTCTATCCTTCTATTGATGCTATGGAGTTCTGCAATCAAAACCTGCTCGTCTGTGGGAGTGATTCTGCATATGGAGGTCCAGCTATGGTGCAATTATGGGATATTGAAGCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTTTCCCAGCAAATGATGCTTATATCACATCACTGAAAATCCACCCATTGTG
TAATACTGTAATCACAGgtgccggtgatggaactgttggtttatttgatatcagGACATGTGGAGGAATTTGCCGCCTTTCCGTTGGTTCAAACTTTGAGGTTACCTCTGTTTCATTCAGCAGTTGCGGGACATACTTTCATGCTTCCAGCACAGCAAATGCTACCTTGGTCTGGGATACACGAATGATGCCGATGAACC
ATGGTCCGATGACTACCGAGAGGCCTTTACCAGTGACTGATCCAACCTTGCATTCTGCTAGGCCTCTACATTGCCTGAGCCATGGGAAGCAGATGCCCACTGCAGAACATGCAGGTCAACTTCCTGGGTTTGTTGATGACGGCGATCAAGGTGTGAATGATGCTCGTTGGTTTCATAACATGCCAGTTTTGGTAACAGCA
AGTGGCAATGGAAGCATTGCTATGTGGAATGTTACGCTAGGACAACCCTGTATCAGACACTTAAGCAGCCATACCCGCTGTGCTAATACGGTAGCTGTGGCTCCCAATGACGAATATATTTGTAGTGGAGGTGATGATCAGAAAGTGGTATTGTATCATGATTTAAGGGGAAAATCCAATACAAAATGGCGTCTAACACA
CCCACTATCAGAGGTCCAAATAGACTAGACAGAACACTGCGTTGTGAAGTTATATGTACGTCTCAATCGTCTTCCATCTCAAGGTGTTAACAATGATATTATGTATAAATTAAAATCTTAATTGATCAGTTGACTCTACGTTGTTCATTAAATAAGAGGATGCATCTCAGATAAATAGGTCAGATCACTGAGAAACAAGC
TCTAGTGATATACATTTCCACATCTTGTCAGATGTGGTTGTACATTATGCATTGTTTGCCATATATGAATCCTATTCCTGACCAAATGTCAAGAAATCCCACATTTTGAAGGTTGATGGGATGCTACGTTTAGTTCTCCAGTGTAATATGAGTAAATGAAC