sp|Q9LN09|DPB31_ARATH ----> DNA polymerase II subunit B3-1
Intron 1 GTGAGTGATG ... ATATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.75 | 104.3 | 10.1 | 42 |
| A2 | 26.6 | 110.4 | 9 | 40 |
| A3 | 22.42 | 76.1 | 0.9 | 22 |
| A4 | 22.29 | 55.9 | 3.7 | 16 |
| A5 | 22.59 | 58.3 | 7 | 17 |
| A6 | 27.21 | 917.9 | 9 | 343 |
| A7 | 26.81 | 806.2 | 17.6 | 295.3 |
| A8 | 27.89 | 845.3 | 13.1 | 327 |
| A9 | 27.05 | 806.4 | 12 | 299 |
| A10 | 28.78 | 603.8 | 11.6 | 244 |
>TRINITY_DN104436_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTTCAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGG
CGCCCAATCTTCTCCAAATATAGCGGATATGGAAAACGCAAGCACTCCTATAAAGCATTCGCACCATAAGGTCCCAAGGCCGGAAACTCCGACAACTTTGGCGTTCCCCACGGCCAGAGTGAGGCGTGTAATCAGGAGCGAGGGCGATATTCGGACAACTCTAGAAGCGACCTTTCTCATTAACAAAGCCGCGGAGAGGT
TTTTGGAACAGTTTGTTGTTGACTCATTCGAACATATTTTGGAGGAGATCAAAAGTAATTTAAGCTACAAGCCTTTGGTGACATGTCTTTGGGTTTCTTCAGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCA
GAAAATTGACCAACATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAA
CTAAGCATACTGTCCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGC
AGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCTCCTTGCCTACAGTGTTTTGTAAATCCTTTAGTGAAATAAGTTGGTCTATAATCATGTCAATTAAAAAGGGT
CGGTAATACATGAAAGTTTCTTATCATTCTATGAGAATTCAAC
>TRINITY_DN104436_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGgtgagtgatgtgtttgcctccatgcttcaattttttaatggattcttggctaagttctcttcatgcagttctcaatagatacatggtttctaataccttgtaggttcagtgtagtgaagcagttctttcccttggtctttatccatgatctgtgttttgatttattaaagttgaaat
atctttctcagataatctggagctcacattctttatatatgcagACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTG
TATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGTCCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAA
CAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATT
CGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCTCCTTGCCTACAGTGTTTTGTAAATCCTTTAGTGAAATAAGTTGGTCTATAATCATGTCAATTAAAAAGGGTCGGTAATACATGAAAGTTTCTTATCATTCTATGAGAATTCAAC
Intron 2 GTGAGTGATG ... TCTTTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.44 | 34 | 12 | 10 |
| A2 | 22.22 | 28 | 10 | 6 |
| A3 | 2.22 | 22 | 1 | 0 |
| A4 | 20 | 16 | 4 | 4 |
| A5 | 35.14 | 12 | 8 | 5 |
| A6 | 6.94 | 201 | 10 | 20 |
| A7 | 11.78 | 161 | 20 | 23 |
| A8 | 12.71 | 158 | 14 | 32 |
| A9 | 5.6 | 160 | 13 | 6 |
| A10 | 9.7 | 121 | 11 | 15 |
>TRINITY_DN36053_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformTCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTTCAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGGCGCCCAATCTTCTCCAAATATA
GCGGATATGGAAAACGCAAGCACTCCTATAAAGCATTCGCACCATAAGGTCCCAAGGCCGGAAACTCCGACAACTTTGGCGTTCCCCACGGCCAGAGTGAGGCGTGTAATCAGGAGCGAGGGCGATATTCGGACAACTCTAGAAGCGACCTTTCTCATTAACAAAGCCGCGGAGAGGTTTTTGGAACACTTTGTTGTTGA
CTCATTCGAACATATTTTGGAGGAGATCAAAAGTAATTTAAGCTACAAGCCTTTGGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGATAATCTGGAGCTCACATTCTTTATATATGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAA
CATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGT
CCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTG
CTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCTCCTTGCCTACAGTGTTTTGTAAATCCTTTAGTGAAATAAGTTGGTCTATAATCATGTCAATTAAAAAGGGTCGGTAATACATG
AAAGTTTCTTATCATTCTATGAGAATTCAAC
>TRINITY_DN36053_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATAGAATCCGTTTCCAGTGATTGATGTTTCACTTTTGAGTTTAATGTCTGTTTGTGCTGAATGACGAGGCTAGTTGGCAACTTTGAATGAATTTTTTGTTCCAGTTCTGTTTGAATTATATCTTCTATACTTGCCTCACTTATAATACGATGTGAGCGTTAGAGGTGAAGTTAAAAACTTAAGATTGTTAATGGAGTTAT
AAACAGGGAAGAATGAAGTATAATCAACTGGTAATTAATGGACTAGAGGTTGTTTCAATGTTTTATGTCGTGAGAACAAAAAGCTATGCAAGACGTGGAAAGTTGAAAATTGTTTAATGGACTAGAGGTTGTTTCAATGTTTTATATCGTGTAGTTTATATAATCAGGATATGGGGAAAATTTATGCATTACCTTTATGG
TTTAATATTCTGAGGACTAAATTTTGTGGCCTTTTGGATATCATTATCCGTATTGGGCTTTACCAGTGGGGCCTAGACAGCATTGTATTCGGTACCGAAATACTTTTAGATAGGAATGAGTTTTTGGATGGAATTTAATTGTTGAGGATGCAATTAAAAGCTTACTGAAATATGAGCGGAACATTTGCTCTGTTCGCCAG
AAATGTTTCTGTATTGCCTCGCTCTACTCTTTTTAAGTCTACGATTTTTTTTTTTTTATTAAGACTTTGGGTATCTGCCATTTCAGTTAAATTTCAGCTAATAGGTTTTATATTTAGTGACATGTCTGTTGGGTTTCTTCAGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGgtgagtgatgtgtttg
cctccatgcttcaattttttaatggattcttggctaagttctcttcatgcagttctcaatagatacatggtttctaataccttgtaggttcagtgtagtgaagcagttctttcccttggtctttatccatgatctgtgttttgatttattaaagttgaaatatctttctcagATAATCTGGAGCTCACATTCTTTATATA
TGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCA
CAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGTCCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTT
ACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCTCCTTGCCTA
CAGTGTTTTGTAAATCCTTTAGTGAAATAAGTTGGTCTATAATCATGTCAATTAAAAAGGGTCGGTAATACATGAAAGTTTCTTATCATTCTATGAGAATTCAAC
Intron 3 GTGAGTGATG ... ATATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.76 | 104.2 | 12 | 42 |
| A2 | 26.6 | 110.4 | 10 | 40 |
| A3 | 22.42 | 76.1 | 1 | 22 |
| A4 | 22.32 | 55.8 | 4 | 16 |
| A5 | 22.64 | 58.1 | 8 | 17 |
| A6 | 27.22 | 917.3 | 10 | 343 |
| A7 | 26.8 | 805.9 | 20 | 295 |
| A8 | 27.9 | 845 | 14 | 327 |
| A9 | 27.06 | 806.2 | 13 | 299 |
| A10 | 28.78 | 603.7 | 11 | 244 |
>TRINITY_DN112732_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTAACGCCACATTGAGCTGTGATATGATATATATGTGTCATAACTCCTAATATATTTCTCTCTATATTGCTCTGCTTGTAGGTCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTT
CAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGGCGCCCAATCTTCTCCAAATATAGCGGATATGGAAAACGCAAGCACTCCTATAAAGCATTCGCACCATAAGGTCCCAAGGCCGGAAACTCCGACAACTTTGGCGTTCCCCACGGCCAGAGTGAGGCGTGTAATCAGGA
GCGAGGGCGATATTCGGACAACTCTAGAAGCGACCTTTCTCATTAACAAAGCCGCGGAGAGGTTTTTGGAACAGTTTGTTGTTGACTCATTCGAACATATTTTGGAGGAGATCAAAAGTAATTTAAGCTACAAGCCTTTGGTGACATGTCTTTGGGTTTCTTCAGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTT
CTTGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAG
CACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGTCCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTG
TTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCC
>TRINITY_DN112732_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTGGACTGGTTTTGGACAAAAAATTAAAAATTCTAGCAATCAATTGACTTGAAGAGGGTCAATCAGACATCAAGCCATAAGTCAGGATCTTGGTCTGCTGTCAGGACTCAGAAATAAGCACATGCTTGTGTTGAGCATTAATAACTCATGGATGTGGTTATATGCTGATATTGCAAGCCTTTCCTTCAAAATTCATATC
GTTATTTCTCTTGCTTTGTCTTTTTTATCTGTCAACTAAACCTGGGTAATCTCCATATGAATATTCCATAATGGTTTGTTCGAAAGGCAATGATTTGTAGTATTTACATTTTCTACTTAAAAAGCTCCGGAGAGTTGACTTTGGCGTGCCATTCGATGAGGGCACTCCAGAGAGAATTTCACCTAAAATGGGAAGGCAAC
GTTTTTTAGTCTGCAAGTATGGTTATAGATTGTTACCTGAGAAATGATCAGATACATCCTATGCAGATAACCAAACATTTAGATGCTCCAACTGGCTACGCTTTAAAAATATTGGATCCAATACATTTTTCTTCAATTTAGAGCCAGATACAGATGTCAAAATATATTTTGGTAGCCAGGAAAGGATTGATATTAGAATA
TAAATATTATTTTTTTTGAATTCACTTTGTCCCAGATGTAGCATTGAGCATTTTCCAACCCCAAGATGCAGGATAAATTTTTTATAGAGATCTTCTCGTATTGGTAATTAATATTTTGATATATAGGGACCTACCAGGAATTCAATAGTGCACGCTTTTTCACATATTGGAATGACTTGGTTGCTTCAAGTGCCAATCGC
ATGGCGTTCATCTTTAGCTGTTTTTCTCAAAATTTTTATTTTCAATTGCATTGTCCTTGAGCTATGTTCAGAATTGCAAGACTGCACTATGTTCAGAATTGCAAGACTGCAAATGCAGACGTTTTGAAGGTTTAAGGGATAGAATCCGTTTCCAGTGATTGATGTTTCACTTTTGAGTTTAATGTCTGTTTGTGCTGAAT
GACGAGGCTAGTTGGCAACTTTGAATGAATTTTTTGTTCCAGTTCTGTTTGAATTATATCTTCTATACTTGCCTCACTTATAATACGATGTGAGCGTTAGAGGTGAAGTTAAAAACTTAAGATTGTTAATGGAGTTATAAACAGGGAAGAATGAAGTATAATCAACTGGTAATTAATGGACTAGAGGTTGTTTCAATGTT
TTATGTCGTGAGAACAAAAAGCTATGCAAGACGTGGAAAGTTGAAAATTGTTTAATGGACTAGAGGTTGTTTCAATGTTTTATATCGTGTAGTTTATATAATCAGGATATGGGGAAAATTTATGCATTACCTTTATGGTTTAATATTCTGAGGACTAAATTTTGTGGCCTTTTGGATATCATTATCCGTATTGGGCTTTA
CCAGTGGGGCCTAGACAGCATTGTATTCGGTACCGAAATACTTTTAGATAGGAATGAGTTTTTGGATGGAATTTAATTGTTGAGGATGCAATTAAAAGCTTACTGAAATATGAGCGGAACATTTGCTCTGTTCGCCAGAAATGTTTCTGTATTGCCTCGCTCTACTCTTTTTAAGTCTACGATTTTTTTTTTTTATTAAG
ACTTTGGGTATCTGCCATTTCAGTTAAATTTCAGCTAATAGGTTTTATATTTAGTGACATGTCTGTTGGGTTTCTTCAGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGgtgagtgatgtgtttgcctccatgcttcaattttttaatggattcttggctaagttctcttcatgcagttctcaataga
tacatggtttctaatacccttaactttgtaggttcagtgtagtgaagcagttctttcccttggtctttatccatgatctgtgttttgatttattaaagttgaaatatctttctcagataatctggagctcacattctttatatatgcagACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTT
CAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAA
GGAAACTAAGCATACTGTCCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAA
TAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCC
Intron 4 GTAAGTTACT ... GTTTCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.4 | 108 | 33 | 12 |
| A2 | 21.9 | 117.7 | 33 | 6 |
| A3 | 17.5 | 66 | 14 | 1 |
| A4 | 24.99 | 59 | 19.7 | 1 |
| A5 | 21.43 | 55 | 15 | 6 |
| A6 | 21.83 | 882.3 | 246.3 | 9 |
| A7 | 21.88 | 755.7 | 211.7 | 11 |
| A8 | 20.76 | 776 | 203.3 | 12 |
| A9 | 22.99 | 788.3 | 235.3 | 8 |
| A10 | 22.2 | 551.3 | 157.3 | 2 |
>TRINITY_DN41833_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTTCAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGG
CGCCCAATCTTCTCCAAATATAGCGGATATGGAAAACGCAAGCACTCCTATAAAGCATTCGCACCATAAGGTCCCAAGGCCGGAAACTCCGACAACTTTGGCGTTCCCCACGGCCAGAGTGAGGCGTGTAATCAGGAGCGAGGGCGATATTCGGACAACTCTAGAAGCGACCTTTCTCATTAACAAAGCCGCGGAGAGGT
TTTTGGAACACTTTGTTGTTGACTCATTCGAACATATTTTGGAGGAGATCAAAAGTAATTTAAGCTACAAGCCTTTGGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTGCGA
GGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGTCCAATTACTGG
GAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTT
AATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTTGGGACTTGAAGGCGGCTCCTTGCCTACAGTGTTTTGTAAATCCTTTAGTGAAATAAGTTGGTCTATAATCATGTCAATTAAAAAGGGTCGGTAATACATGAAAGTTTCTTA
TCATTCTATGAGAATTCAACAATTGG
>TRINITY_DN41833_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:ACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTTCAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGG
CGCCCAATCTTCTCCAAATATAGCGGATATGGAAAACGCAAGCACTCCTATAAAGCATTCGCACCATAAGGTCCCAAGGCCGGAAACTCCGACAACTTTGGCGTTCCCCACGGCCAGAGTGAGGCGTGTAATCAGGAGCGAGGGCGATATTCGGACAACTCTAGAAGCGACCTTTCTCATTAACAAAGCCGCGGAGAGGT
TTTTGGAACACTTTGTTGTTGACTCATTCGAACATATTTTGGAGGAGATCAAAAGTAATTTAAGCTACAAGCCTTTGGgtaagttacttctgtacttgaactagcttatttatgattctgaaagctatgccagggcacttaatttcagagaaaagactgtagaataattgaggggttctaaaatgattagatcctagggt
ctggatgggttctatgtgttattgtgtggtgtatgtctacatggatttcaactgaagaccacccgttcccatttgcaaaaggttattatcattcctgcttcatgttaacaacagaagacctttctttgatgttttccagttataatatctactcttcattattattttcattttattacttttctacattttgttctttt
tttgggtcacaggccattgcttttccactatttttgtcttgaactggtagtacaataatttaggatgacaaaatctacatcttttttagtggtggactggttttggacaaaaaattaaaaattctagcaatcaattgacttgaagagggtcaatcagacatcaagccataagtcaggatcttggtctgctgtcaggactc
agaaataagcacatgcttgtgttgagcattaataactcatggatgtggttatatgctgatattgcaagcctttccttcaaaattcatatcgttatttctcttgctttgtcttttttatctgtcaactaaacctgggtaaactccatatgaatattccataatggtttgttcgaaaggcaatgatttgtagtatttacatt
ttctacttaaaaagctccggagagttgactttggcgtgccattcgatgagggcactccagagagaatttcacctaaaatgggaaggcaacgttttttagtctgcaagtatggttatagattgttacctgagaaatgatcagatacatcctatgcagataaccaaacatttagatgctccaactggctacgctttaaaaat
attggatccaatacatttttcttcaatttagagccagatacagatgtcaaaatatattttggtagccaggaaaggattgatattagaatataaatattattttttttgaattcactttgtcccagatgtagcattgagcattttccaaccccaagatgcaggataaattttttatagagatcttctcgtattggtaatta
atattttgatatatagggacctaccaggaattcaatagtgcacgctttttcacatattggaatgacttggttgcttcaagtgccaatcgcatggcgttcatctttagctgtttttctcaaaatttttattttcaattgcattgtccttgagctatgttcagaattgcaagactgcactatgttcagaattgcaagactgc
aaatgcagacgttttgaaggtttaagggatagaatccgtttccagtgattgatgtttcacttttgagtttaatgtctgtttgtgctgaatgacgaggctagttggcaactttgaatgaattttttgttccagttctgtttgaattatatcttctatacttgcctcacttataatacgatgtgagcgttagaggtgaagtt
aaaaacttaagattgttaatggagttataaacagggaagaatgaagtataatcaactggtaattaatggactagaggttgtttcaatgttttatgtcgtgagaacaaaaagctatgcaagacgtggaaagttgaaaattgtttaatggactagaggttgtttcaatgttttatatcgtgtagtttatataatcaggatat
ggggaaaatttatgcattacctttatggtttaatattctgaggactaaattttgtggccttttggatatcattatccgtattgggctttaccagtggggcctagacagcattgtattcggtaccgaaatacttttagataggaatgagtttttggatggaatttaattgttgaggatgcaattaaaagcttactgaaata
tgagcggaacatttgctctgttcgccagaaatgtttctgtattgcctcgctctactctttttaagtctacgattttttttttttattaagactttgggtatctgccatttcagttaaatttcagctaataggttttatatttagtgacatgtctttgggtttcttcagCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAG
TTTCTTGCAGGTGAGTGATGTGTTTGCCTCCATGCTTCAATTTTTTAATGGATTCTTGGCTAAGTTCTCTTCATGCAGTTCTCAATAGATACATGGTTTCTAATACCTTGTAGGTTCAGTGTAGTGAAGCAGTTCTTTCCCTTGGTCTTTATCCATGATCTGTGTTTTGATTTATTAAAGTTGAAATATCTTTCTCAGAT
AATCTGGAGCTCACATTCTTTATATATGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTGCGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTA
ATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGTCCAATTACTGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGC
TGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAAGTTAATTTGCAGTTTCATGCTGATATTAAGTTTTTTTCCCCACTTTAGTAGAATGGAAACTTCTATTTGCGAGTGCAATTCGGCTAATGTTT
GGGACTTGAAGGCGGCTCCTTGCCTACAGTGTTTTGTAAATCCTTTAGTGAAATAAGTTGGTCTATAATCATGTCAATTAAAAAGGGTCGGTAATACATGAAAGTTTCTTATCATTCTATGAGAATTCAACAATTGG
Intron 5 GTAAGTTACT ... TTATATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.45 | 83 | 33 | 12 |
| A2 | 24.22 | 97 | 31 | 7 |
| A3 | 20.29 | 55 | 14 | 0 |
| A4 | 32.81 | 43 | 21 | 1 |
| A5 | 28.85 | 37 | 15 | 4 |
| A6 | 25.74 | 701 | 243 | 4 |
| A7 | 25.62 | 601 | 207 | 12 |
| A8 | 24.91 | 615 | 204 | 3 |
| A9 | 26.95 | 629 | 232 | 9 |
| A10 | 26 | 444 | 156 | 2 |
>TRINITY_DN35824_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTTCAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGGCGCCCAATCTTCTCCAAATATA
GCGGATATGGAAAACGCAAGCACTCCTATAAAGCATTCGCACCATAAGGTCCCAAGGCCGGAAACTCCGACAACTTTGGCGTTCCCCACGGCCAGAGTGAGGCGTGTAATCAGGAGCGAGGGCGATATTCGGACAACTCTAGAAGCGACCTTTCTCATTAACAAAGCCGCGGAGAGGTTTTTGGAACAGTTTGTTGTTGA
CTCATTCGAACATATTTTGGAGGAGATCAAAAGTAATTTAAGCTACAAGCCTTTGGTGACATGTCTGTTGGGTTTCTTCAGCTTCAACTGTGGGTAACCAGAAAAGGTACGAGTTTCTTGCAGACTTTGTGCCAGAGAAAGTTAAAGCAGCAGATGCTCTAGCTCAAAGAGCTTCAGCAGAAAATTGACCAACATTTTTG
CGAGGTTTCATAATGTTTTGAAGCATCTATCACTTATTTTGACAATGCATTTTTTTAAAGATGGAGAGGAACAACACTGTATTTGAAAGGTAATTGTCAAATCATTGCAAACGCAGCACAGGAATTGAGGCTATCAAGGCCAAGTTAAGTTTTATTTGATTATATCTGGTAGAAGGAAACTAAGCATACTGTCCAATTAC
TGGGAGACAAGCGTGTATTACACCTGTCTGCTTAAAAGCATATGGTAGCTAAATGTGACTACGTGTTTTATTATTTAAACAGTTACAGATGCTGGCACTTTTTTGTCAAATCTGTGTTACGCTCTTTCAAGTTGTTCTCAAGAACTTGAACTTTAAAAATGAGCGCCATTTTAATAGGCAGGGGCAGTTGTGCTATACAA
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Intron 6 GTAAGTTACT ... GTTTCTTCAG
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| A1 | 23.4 | 108 | 33 | 12 |
| A2 | 20.95 | 117 | 31 | 6 |
| A3 | 17.5 | 66 | 14 | 1 |
| A4 | 26.25 | 59 | 21 | 1 |
| A5 | 21.43 | 55 | 15 | 6 |
| A6 | 21.58 | 883 | 243 | 9 |
| A7 | 21.52 | 755 | 207 | 11 |
| A8 | 20.86 | 774 | 204 | 12 |
| A9 | 22.68 | 791 | 232 | 8 |
| A10 | 22.03 | 552 | 156 | 2 |
>TRINITY_DN35824_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformTCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATCTCGATTACCTTCAAATTTTTTCCGAAAATGAAGGCAACTAACACCCCAAAATCCGATTCTTCTGCACAGTCTTCTTCAGATTTCAGCGAAGAGCAGGAAAAGGCAGACGAGGAGACTACACCCACGAAAATCCCCACCGACAATGGCGCCCAATCTTCTCCAAATATA
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Intron 7 GTAAGTTACT ... GTTTCTTCAG
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| A1 | 23.4 | 108 | 33 | 12 |
| A2 | 20.95 | 117 | 31 | 6 |
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