sp|Q9LE81|IRE_ARATH ----> Probable serine/threonine protein kinase IRE

Intron 1 GTGCATTGTT ... TATATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.43	22	43.2	44
A2	72.98	22	47	72
A3	61.88	28	49.4	42
A4	61.4	24	46	31
A5	65.65	10	13.3	25
A6	63.02	18	30.6	31
A7	57.53	62	83.3	86
A8	59.54	37	60.5	49
A9	58.42	57	90.8	70
A10	55.24	64	83.5	76

>TRINITY_DN115753_c0_g3_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTT
TGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCA
GGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGGTACGTATGAATGACCTCAGTTTTCTGGAAAACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGCCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTAT
CCATCCCTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACGAGACTGACCCATCGATCCAGTTGTTGTAGCTCAAAGCTGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTTATAATCTAACATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATGATCTGGAACAGCTCACATGTTGCA
GAGCTTTTTTGGAGTTTTAGTTGGATCGGCGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGCGATGGATTTCACGGTCCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATG
AGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGTCAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTG
TCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGAGTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCGATTCTGTGTTCGAATTGTGTTGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCGGCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTC
GTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTTGTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGCCCCGGGGGACATTTTCTTGCTTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGGGAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTT
TTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGATCTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGCAAAAATTACTAATTGGAGCTCATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAGCACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCG
GAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTACAGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTTTGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCC
TGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAA
GACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTTAGGCTTTGTCGCTCAAAGTCAACTGGCCAAATCTATGCAATGAAAAAGCTGAAGAAGTCAGACATGCTTAGTCGTGGGCAGGTGGAGCACGTAAGGTCTGAGAGGAATCTACTTGCAGAAGTTGATAGTCGA
GAGTATCCTGGCTATTCACTCGATCCATAAACATAACTATGTTCACAGGGATATCAAGCCTGATAACCTGTTACTGGATAAAGATGGCCACATGAAACTGTCGGATTTTGGATTATGCAAGCCGTTAGACTATAGCACATTGTCAACTCTTCACGAAGATGAGCAATTCATAGATGATGAACTGCACATGTCAATGGAAA
TGGAGGGGCGTTCAGATTTAAGAGGACGTAACAGGGGCCATTGGTTAACTCAAAAGGAGCAGCTTCAGCATTGGAAAAGGAATCGGCGGACTCTGGCTTATTCCACCGTTGGCACACCTGATTATATGGCACCTGAAGTGCTGCTAAAGAAGGGCTATGGTATGGAGTGTGATTGGTGGTCCTTAGGTGCGATCATGTAT
GAGATGCTCATGGGATGCCCTCCTTTCTATTCTGATGATCCTCGAATAACATGTAGGAAGATCATTAATTGGAGGACGTGCTTGAAATTCTCTGAAGAACCTCAGATATCCAATGAAGCAAAAGATTTGATTTCTAGATTGCTATGCGACGTAGACCAAAGGTTGGGTTCAAGAGGAGTGGATGAGTTAAAGGCACATCC
ATGGTTTAGATCTACTCAGTGGGACAAATTGTATGAGATGGAAGCTGCATTCAAACCTGTCGTCAATGGGGAGTTAGATACCCAAAATTTTGAGAAATATGACGAGACTGAGCCTCCACAGCTGGTTCCATCAAGATCTGGACCTTGGCGGAAGATGTTAACGTCAAAGGACACGCATTTTGTTGGTTATACTTATAAGA
ATCGTGACATGTTTAAAGCAATACAAGGAACATCTGATATGAGACCAAAGAGCTCGCGAAAGAAACCTTCTCTTGTTTCGTTGTTTGATAGAATTGACTTAGAAGAAACTAAGAGTGCAAATGATGACATGGTGGAGACAACAAGGGGAATTCCTCGACCATGAATCATTATGTTGTGTATACTTTGTTGAATCTCTTTC
GAATGCCCCTTGTTTTTATTGGGATGCAATAAAATTCTCACATAATGCCATTTCTTAATATATCATTTTGTGATATCAAAGTCGGCATGAGATGAAAAATAAGAAATGGCGTTTGGGGTGTATTATTTGTTCAAGAATGCTTTTACTACAAATGAACTTAAAAGGCATTCAGTCATATCCAATTACTTGTAATATTTATG
AAATATGTTTATTTTAAGTTCGTGCG

>TRINITY_DN115753_c0_g3_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTT
TGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCA
GGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGGTACGTATGAATGACCTCAGTTTTCTGGAAAACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGCCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTAT
CCATCCCTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACGAGACTGACCCATCGATCCAGTTGTTGTAGCTCAAAGCTGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTTATAATCTAACATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATGATCTGGAACAGCTCACATGTTGCA
GAGCTTTTTTGGAGTTTTAGTTGGATCGGCGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGCGATGGATTTCACGGTCCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATG
AGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGTCAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTG
TCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGAGTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCGATTCTGTGTTCGAATTGTGTTGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCGGCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTC
GTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTTGTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGCCCCGGGGGACATTTTCTTGCTTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGGGAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTT
TTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGATCTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGCAAAAATTACTAATTGGAGCTCATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAGCACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCG
GAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTACAGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTTTGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCC
TGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAA
GACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTTAGGCTTTGTCGCGCAAAGTCAACTGGCCAAATCTATGCAATGAAAAAGCTGAAGAAGTCAGACATGCTTAGTCGTGGGCAGGTGGAGCACGTAAGGTCTGAGAGGAATCTACTTGCAGAAGTTGATAGTCGg
tgcattgttaaacttttttattcattccaggacacggaatacttgtaccttataatggaatacctgcctggtggtgatataatgactcttcttatgcgagaggatgttttatctgaggatgttgcacgtttctatattgcagAGAGTATCCTGGCTATTCACTCGATCCATAAACATAACTATGTTCACAGGGATATCAA
GCCTGATAACCTGTTACTGGATAAAGATGGCCACATGAAACTGTCGGATTTTGGATTATGCAAGCCGTTAGACTATAGCACATTGTCAACTCTTCACGAAGATGAGCAATTCATAGATGATGAACTGCACATGTCAATGGAAATGGAGGGGCGTTCAGATTTAAGAGGACGTAACAGGGGCCATTGGTTAACTCAAAAGG
AGCAGCTTCAGCATTGGAAAAGGAATCGGCGGACTCTGGCTTATTCCACCGTTGGCACACCTGATTATATGGCACCTGAAGTGCTGCTAAAGAAGGGCTATGGTATGGAGTGTGATTGGTGGTCCTTAGGTGCGATCATGTATGAGATGCTCATGGGATGCCCTCCTTTCTATTCTGATGATCCTCGAATAACATGTAGG
AAGATCATTAATTGGAGGACGTGCTTGAAATTCTCTGAAGAACCTCAGATATCCAATGAAGCAAAAGATTTGATTTCTAGATTGCTATGCGACGTAGACCAAAGGTTGGGTTCAAGAGGAGTGGATGAGTTAAAGGCACATCCATGGTTTAGATCTACTCAGTGGGACAAATTGTATGAGATGGAAGCTGCATTCAAACC
TGTCGTCAATGGGGAGTTAGATACCCAAAATTTTGAGAAATATGACGAGACTGAGCCTCCACAGCTGGTTCCATCAAGATCTGGACCTTGGCGGAAGATGTTAACGTCAAAGGACACGCATTTTGTTGGTTATACTTATAAGAATCGTGACATGTTTAAAGCAATACAAGGAACATCTGATATGAGACCAAAGAGCTCGC
GAAAGAAACCTTCTCTTGTTTCGTTGTTTGATAGAATTGACTTAGAAGAAACTAAGAGTGCAAATGATGACATGGTGGAGACAACAAGGGGAATTCCTCGACCATGAATCATTATGTTGTGTATACTTTGTTGAATCTCTTTCGAATGCCCCTTGTTTTTATTGGGATGCAATAAAATTCTCACATAATGCCATTTCTTA
ATATATCATTTTGTGATATCAAAGTCGGCATGAGATGAAAAATAAGAAATGGCGTTTGGGGTGTATTATTTGTTCAAGAATGCTTTTACTACAAATGAACTTAAAAGGCATTCAGTCATATCCAATTACTTGTAATATTTATGAAATATGTTTATTTTAAGTTCGTGCG

Intron 2 GTGAGTCATC ... GCAAAGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	21	63	28
A2	70	15	39	31
A3	75	14	70	14
A4	65.62	11	27	15
A5	72.55	7	28	9
A6	72.09	6	15	16
A7	79.71	7	28	27
A8	82.61	4	9	29
A9	72.04	13	34	33
A10	72.17	16	55	28

>TRINITY_DN105568_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

TAATAATAACAAAAAGGTAAGCAGTGGCACTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGG
GAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTG
GTACGTATGAATGACCTCAGTTTTCTGGAAAACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGTCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTATCCATCCTTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACAAGACTTA
CCTATCGATCCAGTTGGTGTAGCTCAAAGCTGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATATTAGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGTTGGATCGGCGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGTGATGGATT
TCTCGGTTCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGC
CGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAG
GAGCATTTGGGGAGGTAATGTTATGAAGTCACAATTGTATTGGCAATAGTGTGTCTAATTGTTTCCATTTTTATTCTATGCATAAAATTTCTC

>TRINITY_DN105568_c1_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAATAATAACAAAAAGGTAAGCAGTGGCACTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGG
GAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTG
GTACGTATGAATGACCTCAGTTTTCTGGAAAACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGTCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTATCCATCCTTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACAAGACTTA
CCTATCGATCCAGTTGGTGTAGCTCAAAGCTGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATATTAGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGTTGGATCGGCGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGTGATGGATT
TCTCGGTTCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGC
CGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGgtgagtcatctactaggtcaaaagacggcaggcatctacctggctgccggctttgcattgattgtgcctgctctgtcaaatatttatttagttcaacttgttgccacatcagactgagtcagtagtagtttatagtttttaaagctttggatccattcagc
cgaccacgcgattctgtgttcgaattgtgttgcggttcttcatttccgcgagaagcggcgatttggccgtaacagagttccgcctgagtaaatacagctggcctggaagctttcgttaaaataaaataaaaattatgccactagagcttttcttttgtttaatcgcagctttaaggtgaagaattctactaaattcggat
acgcaacggccccgggggacattttcttgcttttcagcaaggctaagcttcaactgggaaatttattttacttctgtgatccggataaccgaattccctgcggaaacataggtttttgtcactgctatttttgttttcgcaaacatgtgcatcgatctataagatctattcagcctttgcctcggattattttggccgac
aggcttaggcaaaaattactaattggagctcattcgctgaccctggtcgtaggcaagcactatttgcaatttaactcaatcgaataaacaggcatttgttgacaatgatgagcggagtccattctttaaacggatgtcattatatgtagagtttacagtggcattgggagattgagcggaatggaggcacaccaaggcag
aacaggattgaagtttgagacggtcaaggttatggaagatcagcctacagatcagggcgatcggtcaggaatcgatacggctgcatccgcgtgtgatattaacatttcgtctcctgtcactagacagaaggttgctgcagctaagcagttcatagagaatcattttaaaagccatctgaagaaccttcaagaacgcaaag
aaagGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTTAGGCTTTGTCGCGCAAAG
TCAACTGGCCAAATCTATGCAATGAAAAAGCTGAAGAAGTCAGACATGCTTAGTCGTGGGCAGGTGGAGCACGTAAGGTCTGAGAGGAATCTACTTGCAGAAGTTGATAGTCGGTGCATTGTTAAACTTTTTTATTCATTCCAGGACACGGAATACTTGTACCTTATAATGGAATACCTGCCTGGTGGTGATATAATGAC
TCTTCTTATGCGAGAGGATGTTTTATCTGAGGATGTTGCACGTTTCTATATTGCAGAGAGTATCCTGGCTATTCACTCGATCCATAAACATAACTATGTTCACAGGGATATCAAGCCTGATAACCTGTTACTGGATAAAGATGGCCACATGAAACTGTCGGATTTTGGATTATGCAAGCCGTTAGACTATAGCACATTGT
CAACTCTTCACGAAGATGAGCAATTCATAGATGATGAACTGCACATGTCAATGGAAATGGAGGGGCGTTCAGATTTAAGAGGACGTAACAGGGGCCATTGGTTAACTCAAAAGGAGCAGCTTCAGCATTGGAAAAGGAATCGGCGGACTCTGGCTTATTCCACCGTTGGCACACCTGATTATATGGCACCTGAAGTGCTG
CTAAAGAAGGGCTATGGTATGGAGTGTGATTGGTGGTCCTTAGGTGCGATCATGTATGAGATGCTCATGGGATGCCCTCCTTTCTATTCTGATGATCCTCGAATAACATGTAGGAAGATCATTAATTGGAGGACGTGCTTGAAATTCTCTGAAGAACCTCAGATATCCAATGAAGCAAAAGATTTGATTTCTAGATTGCT
ATGCGACGTAGACCAAAGGTTGGGTTCAAGAGGAGTGGATGAGTTAAAGGCACATCCATGGTTTAGATCTACTCAGTGGGACAAATTGTATGAGATGGAAGCTGCATTCAAACCTGTCGTCAATGGGGAGTTAGATACCCAAAATTTTGAGAAATATGACGAGACTGAGCCTCCACAGCTGGTTCCATCAAGATCTGGAC
CTTGGCGGAAGATGTTAACGTCAAAGGACACGCATTTTGTTGGTTATACTTATAAGAATCGTGACATGTTTAAAGCAATACAAGGAACATCTGATATGAGACCAAAGAGCTCGCGAAAGAAACCTTCTCTTGTTTCGTTGTTTGATAGAATTGACTTAGAAGAAACTAAGAGTGCAAATGATGACATGGTGGAGACAACA
AGGGGAATTCCTCGACCATGAATCATTATGTTGTGTATACTTTGTTGAATCTCTTTCGAATGCCCCTTGTTTTTATTGGGATGCAATAAAATTCTCACATAATGCCATTTCTTAATATATCATTTTGTGATATCAAAGTCGGCATGAGATGAAAAATAAGAAATGGCGTTTGGGGTGTATTATTTGTTCAAGAATGCTTT
TACTACAAATGAACTTAAAAGGCATTCAGTCATATCCAATTACTTGTAATATTTATGAAATATGTTTATTTTAAGTTCGTGCA

Intron 3 GCACATCCAT ... ATATGACGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.36	34	53	55
A2	55.79	21	30	23
A3	79.66	6	27	20
A4	68.25	10	23	20
A5	66.27	14	28	27
A6	64.57	62	91	135
A7	65.13	72	127	142
A8	62.32	117	149	238
A9	61.43	81	97	161
A10	61.99	61	73	126

>TRINITY_DN47320_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAA
GCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGGTACGTATGAATGACCTCAGTTTTCTGGAA
AACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGCCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTATCCATCCCTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACAAGACTTACCTATCGATCCAGTTGGTGTAGCTCAAAGC
TGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATATTAGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGTTGGATCGGCGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGTGATGGATTTCTCGGTTCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGT
GAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTT
TATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGTCAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTGTCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGAGTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCGATTCTGTGTTCGAATTGTGT
TGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCGGCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTCGTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTTGTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGCCCCGGGGGACATTTTCTTGC
TTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGGGAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTTTTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGATCTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGCAAAAATTACTAATTGGAGCT
CATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAGCACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCGGAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTACAGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTTTGAGACGGTCAAGGT
TATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGC
AAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTTAGGCTTTGTCGCGCAAAGTCAACTGGCCAAATCTATGCAATGAAAAAG
CTGAAGAAGTCAGACATGCTTAGTCGTGGGCAGGTGGAGCACGTAAGGTCTGAGAGGAATCTACTTGCAGAAGTTGATAGTCGGTGCATTGTTAAACTTTTTTATTCATTCCAGGACACGGAATACTTGTACCTTATAATGGAATACCTGCCTGGTGGTGATATAATGACTCTTCTTATGCGAGAGGATGTTTTATCTGA
GGATGTTGCACGTTTCTATATTGCAGAGAGTATCCTGGCTATTCACTCGATCCATAAACATAACTATGTTCACAGGGATATCAAGCCTGATAACCTGTTACTGGATAAAGATGGCCACATGAAACTGTCGGATTTTGGATTATGCAAGCCGTTAGACTATAGCACATTGTCAACTCTTCACGAAGATGAGCAATTCATAG
ATGATGAACTGCACATGTCAATGGAAATGGAGGGGCGTTCAGATTTAAGAGGACGTAACAGGGGCCATTGGTTAACTCAAAAGGAGCAGCTTCAGCATTGGAAAAGGAATCGGCGGACTCTGGCTTATTCCACCGTTGGCACACCTGATTATATGGCACCTGAAGTGCTGCTAAAGAAGGGCTATGGTATGGAGTGTGAT
TGGTGGTCCTTAGGTGCGATCATGTATGAGATGCTCATGGGATGCCCTCCTTTCTATTCTGATGATCCTCGAATAACATGTAGGAAGATCATTAATTGGAGGACGTGCTTGAAATTCTCTGAAGAACCTCAGATATCCAATGAAGCAAAAGATTTGATTTCTAGATTGCTATGCGACGTAGACCAAAGGTTGGGTTCAAG
AGGAGTGGATGAGTTAAAGACTGAGCCTCCACAGCTGGTTCCATCAAGATCTGGACCTTGGCGGAAGATGTTAACGTCAAAGGACACGCATTTTGTTGGTTATACTTATAAGAATCGTGACATGTTTAAAGCAATACAAGGAACATCTGATATGAGACCAAAGAGCTCGCGAAAGAAACCTTCTCTTGTTTCGTTGTTTG
ATAGAATTGACTTAGAAGAAACTAAGAGTGCAAATGATGACATGGTGGAGACAACAAGGGGAATTCCTCGACCATGAATCATTATGTTGTGTATACTTTGTTGAATCTCTTTCGAATGCCCCTTGTTTTTATTGGGATGCAATAAAATTCTCACATAATGCCATTTCTTAATATATCATTTTGTGATATCAAAGTCGGCA
TGAGATGAAAAATAAGAAATGGCGTTTGGGGTGTATTATTTGTTCAAGAATGCTTTTACTACAAATGAACTTAAAAGGCATTCAGTCATATCCAATTACTTGTAATATTTATGAAATATGTTTATTTTAAGTTCGTGCATGGTTCTTGAAATATGAGGTTTCCAAAATTGCTTAAAAATGGATATATGGTTTTGATGTCA
TTTTCATTAAACTTTCTATGATATTGTGC

>TRINITY_DN47320_c0_g1_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAA
GCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGGTACGTATGAATGACCTCAGTTTTCTGGAA
AACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGCCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTATCCATCCCTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACGAGACTGACCCATCGATCCAGTTGTTGTAGCTCAAAGC
TGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTTATAATCTAACATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATGATCTGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGCTGGATCAGTGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGCGATGGATTTCACGGTCCCGGAAG
TGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAACGATGA
AAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGTCAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTGTCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGAGTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCGATTCT
GTGTTCGAATTGTGTTGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCGGCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTCGTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTTGTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGCCCCGG
GGGACATTTTCTTGCTTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGGGAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTTTTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGATCTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGCAAAAA
TTACTAATTGGAGCTCATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAGCACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCGGAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTACAGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTT
TGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTT
TGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTTAGGCTTTGTCGCGCAAAGTCAACTGGCCAAATC
TATGCAATGAAAAAGCTGAAGAAGTCAGACATGCTTAGTCGTGGGCAGGTGGAGCACGTAAGGTCTGAGAGGAATCTACTTGCAGAAGTTGATAGTCGGTGCATTGTTAAACTTTTTTATTCATTCCAGGACACGGAATACTTGTACCTTATAATGGAATACCTGCCTGGTGGTGATATAATGACTCTTCTTATGCGAGA
GGATGTTTTATCTGAGGATGTTGCACGTTTCTATATTGCAGAGAGTATCCTGGCTATTCACTCGATCCATAAACATAACTATGTTCACAGGGATATCAAGCCTGATAACCTGTTACTGGATAAAGATGGCCACATGAAACTGTCGGATTTTGGATTATGCAAGCCGTTAGACTATAGCACATTGTCAACTCTTCACGAAG
ATGAGCAATTCATAGATGATGAACTGCACATGTCAATGGAAATGGAGGGGCGTTCAGATTTAAGAGGACGTAACAGGGGCCATTGGTTAACTCAAAAGGAGCAGCTTCAGCATTGGAAAAGGAATCGGCGGACTCTGGCTTATTCCACCGTTGGCACACCTGATTATATGGCACCTGAAGTGCTGCTAAAGAAGGGCTAT
GGTATGGAGTGTGATTGGTGGTCCTTAGGTGCGATCATGTATGAGATGCTCATGGGATGCCCTCCTTTCTATTCTGATGATCCTCGAATAACATGTAGGAAGATCATTAATTGGAGGACGTGCTTGAAATTCTCTGAAGAACCTCAGATATCCAATGAAGCAAAAGATTTGATTTCTAGATTGCTATGCGACGTAGACCA
AAGGTTGGGTTCAAGAGGAGTGGATGAGTTAAAGgcacatccatggtttagatctactcagtgggacaaattgtatgagatggaagctgcattcaaacctgtcgtcaatggggagttagatacccaaaattttgagaaatatgacgagACTGAGCCTCCACAGCTGGTTCCATCAAGATCTGGACCTTGGCGGAAGATGT
TAACGTCAAAGGACACGCATTTTGTTGGTTATACTTATAAGAATCGTGACATGTTTAAAGCAATACAAGGAACATCTGATATGAGACCAAAGAGCTCGCGAAAGAAACCTTCTCTTGTTTCGTTGTTTGATAGAATTGACTTAGAAGAAACTAAGAGTGCAAATGATGACATGGTGGAGACAACAAGGGGAATTCCTCGA
CCATGAATCATTATGTTGTGTATACTTTGTTGAATCTCTTTCGAATGCCCCTTGTTTTTATTGGGATGCAATAAAATTCTCACATAATGCCATTTCTTAATATATCATTTTGTGATATCAAAGTCGGCATGAGATGAAAAATAAGAAATGGCGTTTGGGGTGTATTATTTGTTCAAGAATGCTTTTACTACAAATGAACT
TAAAAGGCATTCAGTCATATCCAATTACTTGTAATATTTATGAAATATGTTTATTTTAAGTTCGTGCATGGTTCTTGAAATATGAGGTTTCCAAAATTGCTTAAAAATGGATATATGGTTTTGATGTCATTTTCATTAAACTTTCTATGATATTGTGC

Intron 4 GTAATGTTAT ... TATTATACAG

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>TRINITY_DN105146_c1_g2_i21 from sample A5 / Example spliced isoform

AAAAAGGTAAGCAGTGGCACTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATAGCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGT
ACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAAATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGGTACGTATGA
ATGACCTCAGTTTTCTGGAAAACTTTAAATGCGGAGCTCCCTCGCTTTCTGTCAAATATCTGTCCTGCATTAACGTTTTAGCGCCGTGAACTAAGCGATAAGCGAAAAGTTAGGGTTATCCATCCTTTGCTTCAAGTGACGGACAATCAATGCCAACTGTGACAAAGTAATCTGACGTGGACAAGACTTACCTATCGATC
CAGTTGGTGTAGCTCAAAGCTGGATGTGTTTAGAGATAGATTTGATTAAAGGTTCTGATGCGTTGAAGCCCTGGCAGAATATTAGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGTTGGATCGGCGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGTGATGGATTTCTCGGTTCC
GGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAGATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCCTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAAC
GATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGTCAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTGTCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGAGTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCG
ATTCTGTGTTCGAATTGTGTTGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCGGCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTCGTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTTGTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGC
CCCGGGGGACATTTTCTTGCTTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGGGAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTTTTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGATCTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGC
AAAAATTACTAATTGGAGCTCATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAGCACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCGGAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTACAGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTG
AAGTTTGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCG
AACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGTACAAGACGAAATCAACAAGCTAGGTTGCAA
TTATACAAAATCACCCCTCCCTACATAAGTAAGGAGTGCTAGCATATCTGTCTTAACCCCAATCTCAAGGGAGTACACCCCTACAAAAGTTCCAATTTGGCTGCAACCTAAGATGCCGACTTTGCTTTGAATGTTGCAGTATTTCGAGATGAGAAGGAGAACCCCCATTGAATGTACCTCAACATTTCCTTTTCTATAAA
CTGGAAATTCATCCCAACCTTATGGTGTTCTGGATTTCTATGTCATATTGTCTAATCATCCACATATCTTCTAAGATGATTCCTTTCCAATGAAGAGGGGTGACAAAAACAATGGCATAATTCAAAACCAACTCACTCCCCCCAAAATTGGGTGTCCACTGTCATTGTACTTCCAAATGAGATGTTTAAAAATCTCTCTC
CTTTGTCACAAACAATGTAACAACCATCTAGAAGGCATAAACTATGGACTCCTTCTTGTTGGCATCACTTCTTGTGATTCCTCATCAACGTTAGCCTCTTTTATTGCCTATTGCTTCCCATTAAGAAAACCCTTACC

>TRINITY_DN105146_c1_g2_i14 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTTTGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCG
GTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAG
AAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGgtaatgttatgaagtcacaattgtattggcaatagtgtgtctaattgtttccatttttattctatgcataaaatttctcatgtg
attcaagcatgctgattaaaaggtcatgataatgttgactgatatttatttattttgaatacatcttattatacagTACAAGACGAAATCAACAAGCTAGGTTGCAATTATACAAAATCACCCCTCCCTACATAAGTAAGGAGTGCTAGCATATCTGTCTTAACCCCAATCTCAAGGGAGTACACCCCTACAAAAGTTCC
AATTTGGCTGCAACCTAAGATGCCGACTTTGCTTTGAATGTTGCAGTATTTCGAGATGAGAAGGAGAACCCCCATTGAATGTACCTCAACATTTCCTTTTCTATAAACTGGAAATTCATCCCAACCTTATGGTGTTCTGGATTTCTATGTCATATTGTCTAATCATCCACATATCTTCTAAGATGATTCCTTTCCAATGA
AGAGGGGTGACAAAAACAATGGCATAATTCAAAACCAACTCACTCCCCCCAAAATTGGGTGTCCACTGTCATTGTACTTCCAAATGAGATGTTTAAAAATCTCTCTCCTTTGTCACAAACAATGTAACAACCATCTAGAAGGCATAAACTATGGACTCCTTCTTGTTGGCATCACTTCTTGTGATTCCTCATCAACGTTA
GCCTCTTTTATTGCCTATTGCTTCCCATTAAGAAAACCCTTACC

Intron 5 GTACGTATGA ... GCCCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.77	13	31	29
A2	58.9	15	34	9
A3	55.56	16	28	12
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A5	70.21	7	18	15
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A7	74.36	5	18	11
A8	-1	0	0	0
A9	60	6	8	10
A10	56.86	11	14	15

>TRINITY_DN117881_c1_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

GACGGAGTTGACGGACTCTTTAATTTAAATAATAATAACAAAAAGGTAAGCAGTGGCACTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATA
GCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAA
ATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGAATGATCTGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGCTGGATCAGTGCGAGTTGAGGCCGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGCGATGGATTTCACGGTCCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACG
TCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAAATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGACCGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCTTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGT
CAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTGTCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGAGTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCGATTCTGTGTTCGAATTGTGTTGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCG
GCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTCGTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTTGTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGCCCCGGGGGACATTTTCTTGCTTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGG
GAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTTTTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGATCTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGCAAAAATTACTAATTGGAGCTCATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAG
CACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCGGAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTACAGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTTTGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGG
CGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGAGAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGC
AAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCATCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTAATGTTATGAAGTCACAATTGTATTGGCAATAGTGTGTCTAATTGTTTCCATTTTTATTCTATGCATAAAATTTCT
CATGTGATTCAAGCATGCTGATTAAAAGG

>TRINITY_DN117881_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GACGGAGTTGACGGACTCTTTAATTTAAATAATAATAACAAAAAGGTAAGCAGTGGCACTTTACAGAAATGGATCTGGACAGTGATGTCCATATGTTATCCAGAAGCGAAGATTAGGCCTCTGAGGAAGGAGTATTTTGGCTTTAACATTCATCGGTTTGACGCTTTTTCACGTCCCCACCTGAGAGCAAATGAAAGATA
GCCGTGCGATTTGACTTTCCATGAGCCGGGAATATTGGTACACCCACCATCCTTTGCAAGCACCGAAGCGTTCCCGTCATTCGGTGTGATGGCGTTTTCGGTCTACGGTTATTGACGTGGAGTCCCCGCTTGTAGCCATGGACTGAAGAGAACATGCAGGCCATTGCTCTTCGTTGTGAATTGGACTCGACGACGGTGAA
ATTTTATTTGTATTCGCCGTCAGAATCTGgtacgtatgaatgacctcagttttctggaaaactttaaatgcggagctccctcgctttctgtcaaatatctgtcctgcattaacgttttagcgccgtgaactaagcgataagcgaaaagttagggttatccatcctttgcttcaagtgacggacaatcaatgccaactgtg
acaaagtaatctgacgtggacgagactgacccatcgatccagttgttgtagctcaaagctggatgtgtttagagatagatttgatttataatctaacattaaaggttctgatgcgttgaagccctggcagAATGATCTGGAACAGCTCACATGTTGCAGAGCTTTTTTGGAGTTTTAGCTGGATCAGTGCGAGTTGAGGC
CGGATTAGCTTTTGCAATACAGATTTCGGTCGCCGCGATGGATTTCACGGTCCCGGAAGTGGGGAATTTAGAGTGAATGTGTTTAATAATTGATTTCCACGTCAGCAGAAGCATGGAACTTTACCGAGGAAAAAATCCCGAATTAGCTTAAAAAAATGAGAGTTTGTTATTGTACCAGTTGCCGTGGAAGGGTTGCGGAC
CGCGGTTATTAATGTCATTGTTTCTTCGCTGGAGCTGTAAATGCCGAAGTAAACGATGAAAAGGTTTACTTGTTTATTTACCGGTGAGTCATCTACTAGGTCAAAAGACGGCAGGCATCTACCTGGCTGCCGGCTTTGCATTGATTGTGCCTGCTCTGTCAAATATTTATTTAGTTCAACTTGTTGCCACATCAGACTGA
GTCAGTAGTAGTTTATAGTTTTTAAAGCTTTGGATCCATTCAGCCGACCACGCGATTCTGTGTTCGAATTGTGTTGCGGTTCTTCATTTCCGCGAGAAGCGGCGATTTGGCCGTAACAGAGTTCCGCCTGAGTAAATACAGCTGGCCTGGAAGCTTTCGTTAAAATAAAATAAAAATTATGCCACTAGAGCTTTTCTTTT
GTTTAATCGCAGCTTTAAGGTGAAGAATTCTACTAAATTCGGATACGCAACGGCCCCGGGGGACATTTTCTTGCTTTTCAGCAAGGCTAAGCTTCAACTGGGAAATTTATTTTACTTCTGTGATCCGGATAACCGAATTCCCTGCGGAAACATAGGTTTTTGTCACTGCTATTTTTGTTTTCGCAAACATGTGCATCGAT
CTATAAGATCTATTCAGCCTTTGCCTCGGATTATTTTGGCCGACAGGCTTAGGCAAAAATTACTAATTGGAGCTCATTCGCTGACCCTGGTCGTAGGCAAGCACTATTTGCAATTTAACTCAATCGAATAAACAGGCATTTGTTGACAATGATGAGCGGAGTCCATTCTTTAAACGGATGTCATTATATGTAGAGTTTAC
AGTGGCATTGGGAGATTGAGCGGAATGGAGGCACACCAAGGCAGAACAGGATTGAAGTTTGAGACGGTCAAGGTTATGGAAGATCAGCCTACAGATCAGGGCGATCGGTCAGGAATCGATACGGCTGCATCCGCGTGTGATATTAACATTTCGTCTCCTGTCACTAGACAGAAGGTTGCTGCAGCTAAGCAGTTCATAGA
GAATCATTTTAAAAGCCATCTGAAGAACCTTCAAGAACGCAAAGAAAGGCGTCGAACTTTGGAGAAAAGATTGCAAGAGGCACAAGTTTCGGAAGAAGAGCAAGTAGAAATGATAAAGAACCTAGAGCGTAAGGAAACTGAATACATGCGATTGCAAAGACATAAAGTAGGTGTTGATGACTTTGAGCCATTAACCATCA
TCGGTAGAGGAGCATTTGGGGAGGTTAGGCTTTGTCGCGCAAAGTCAACTGGCCAAATCTATGCAATGAAAAAGCTGAAGAAGTCAGACATGCTTAGTCGTGGGCAGGTGGAGCACGTAAGGTCTGAGAGGAATCTACTTGCAGAAGTTGATAGTCGGTGCATTGTTAAACTTTTTTATTCATTCCAGGACACGGAATAC
TTGTACCTTATAATGGAATACCTGCCTGGTGGTGATATAATGACTCTTCTTATGCGAGAGGATGTTTTATCTGAGGATGTTGCACGTTTCTATATTGCAGAGAGTATCCTGGCTATTCACTCGATCCATAAACATAACTATGTTCACAGGGATATCAAGCCTGATAACCTGTTACTGGATAAAGATGGCCACATGAAACT
GTCGGATTTTGGATTATGCAAGCCGTTAGACTATAGCACATTGTCAACTCTTCACGAAGATGAGCAATTCATAGATGATGAACTGCACATGTCAATGGAAATGGAGGGGCGTTCAGATTTAAGAGGACGTAACAGGGGCCATTGGTTAACTCAAAAGGAGCAGCTTCAGCATTGGAAAAGGAATCGGCGGACTCTGGCTT
ATTCCACCGTTGGCACACCTGATTATATGGCACCTGAAGTGCTGCTAAAGAAGGGCTATGGTATGGAGTGTGATTGGTGGTCCTTAGGTGCGATCATGTATGAGATGCTCATGGGATGCCCTCCTTTCTATTCTGATGATCCTCGAATAACATGTAGGAAGATCATTAATTGGAGGACGTGCTTGAAATTCTCTGAAGAA
CCTCAGATATCCAATGAAGCAAAAGATTTGATTTCTAGATTGCTATGCGACGTAGACCAAAGGTTGGGTTCAAGAGGAGTGGATGAGTTAAAGGTAATATGTGGCTTGAAGCATATAGTTATGCTTATGGGCTATGGGCTTGTTTACCTTGTTTGAATTTCTTAATATATTTATGCACAGAATAATAGTAATGATTCTAA
TGGTAACCATGATTCAAGTGAAAGAGCTAATGCTGGATAGAAGATCGGACACTTTGGTTCCAAGCAACTCAAAGTCAACACATAATCATCTATGACTAAGCTAGGCAAAGTGTTGTTTTCTTTGACTACGTAAGAGT