NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTTTC ... AACTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	100	0	0	1
A3	100	0	2	2
A4	100	0	2	2
A5	-1	0	0	0
A6	30.43	8	2	5
A7	30.95	9	2	6
A8	59.03	7	7	13
A9	23.81	2	1	0
A10	31.37	5.5	1	4

>TRINITY_DN48062_c3_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGATGCTAATATCTTTAAAAGACATTTTATGATCGTAACACAAGAATGCAGTCTTTAGATCTTTCTAAGTTCTAAAAGTAATTATATGTTGTACATAGGTTTATATTATTATGATGTTCTTGATGATGTGCTGACAGTTTGTTTTGTATGATGATGAAGGGTTCCTACGAGGTACCATAGGGTTTACTTAGCTACGTTTA
GCTAAGGCATTTGAATCTTATTTCCATGTGCAGAACGCAAGTAATAAATTCTACGACAAACATGAGTTAAGAGTACATGTGTCTTTCAATTCATCGTCAATGTATTATGAAAATACTAAGTACTGCATTGCAAAACAGTTACTGGAGGTTGGCCCGATTTTTTGACCGAGACCAACGAAGGAGAGATAGCCCACACAGGT
TGCTTACAGCAGTTCCGATGTGTTTGAAATAGCTAACTCTCACAGGAATAAAGGCCCTGCTGCCTATATGATGTGCTCTCAAAATAGAGAGTCTCTCAAAGGTATTAAAACTCGTACTTGGCATGCTTCCAACTGTTGATATCAAACCCTAGCATTTACGTTGCTCAACTGTTAAGTGAGGTGGAAGTTCAGTTGTATGG
TCTTCACGTGGTTGTGTTTGTAATTAACACCAAATAATGCTGAGTTGTGCCATGCACTAGCTCTCGGTCTGCTGACTTGGCAAATTGGTAGATGTATCAATTATAGCAGTATTGATTGCAATCATTGCTCGAATATCAACGAGCCCGACTGGAAGCTAATCCACCATTGATCTTCATAAGATCTAGGGCTGAGAACGAAA
CCCTAGTCTCGCGTTGGCTTCGTCGTTTTGTTGGTGTGGTTTGTCAATGTTCAAGAGCGTCGTTTCTAAGGGTACCCACTTCGTTGGAGGATTTCTATACATAAGATTTGGAATGGGGATACTGACACTACTTCCTGTTAAGCCTTGGTGGTTCATGAAACCTCGTAGGTGCCTTTGGCACGGTTTAGTTGGTGATTACT
ATGTGACGAGAGTTGGAAATATTCGACCCTGTTCGGGTAATGGCCGAGTGTTAAGTTGTAATGTTTTATTTTGATCAAATTTGTAAAGAGGATAAACCCTCAGTGTTTAAGTTTCTACTCGGCTTCTTTGATGCTTGGCTGCGTCGTTTGAAAAAGACTCGAACTTGTGTTTGTACTGTTGTTTGTTAAGGGTAAAACCC
TGTGTAGTTTTTGGAACCTTGAACTCGTTTAGTGCTTCTAGTTGATAAGGGATAGACCGTGTGTAATGATGGAACCTTGAAAGGTCCGTAATGTAAACTCTGTTAAAATTTTACTTATAATTTTGAATGTAAAACCAAGAGCCGAGGGTTAACTTACCTCTGTAAGACAATGGCTCGTCTTGTAATGAAATATTTAAAAT
AATGG

>TRINITY_DN48062_c3_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTATATTGACTATGTGTTCATGCAAATACATTGGCATGTATTACTATTGTTACGATACCTAGCAATAAACCATAGAAACTATTATAAAATGTGATCCAAGAATCTAACTTTGCAATGATTTCGATTTTTGACAAGGTATTAAAACTCGTACTTGGCATGCTTCCAACTGTTGATATCAAACCCTAGCATTTACGTTGCT
CAACTGTTAAGTGAGGTGGAAGTTCAGTTGTATGGTCTTCACGTGGTTGTGTTTGTAATTAACACCAAATAATGCTGAGTTGTGCCATGCACTAGCTCTCGGTCTGCTGACTTGGCAAATTGGTAGATGTATCAATTATAGCAGTATTGATTGCAATCATTGCTCGAATATCAACGAGCCCGACTGGAAGCTAATCCACC
ATTGATCTTCATAAGATCTAGGGCTGAGAACGAAACCCTAGTCTCGCGTTGGTAAGTAATGAAAATTGGTTTTCTGGAATTCATTTAGTGTTTTTGTGGTGAGGTTTGGAGAGCCGACCATGTTGCTTCAATGTAGGGTTTAGAGTTTGTTGTGAGAAGGACTCTTTCCTCGGTTTCGAACCTTGGACCTATGAGAGATA
GTTTTAAATGTTACAGGCTTTAAGATCTTGTGCAAAGAAGCCACGATACAACCATTACAATTGTGAGGAGGTTCTTCTGTCAGTTTGCTGAGTGTAGTTTGAACTGGGGTTTGATTTTTCAATTTATGAAATGGTCGTTTTAGTTTTGAACTTGTGTTTTGCTGTAAAATCCAACAGGCTTCGTCGTTTTGTTGGTGTGG
TTTGTCAATGTTCAAGAGCGTCGTTTCTAAGGgtaagttttcattatagtaacaatcatacagtaatacttagttttatatctgcgtttcttgttttaactttttcaaactgtaacttggcagGTACCCACTTCGTTGGAGGATTTCTATACATAAGATTTGGAATGGGGATACTGACACTACTTCCTGTTAAGCCTTGG
TGGTTCATGAAACCTCGTAGGTGCCTTTGGCACGGTTTAGTTGGTGATTACTATGTGACGAGAGTTGGAAATATTCGACCCTGTTCGGGTAATGGCCGAGTGTTAAGTTGTAATGTTTTATTTTGATCAAATTTGTAAAGAGGATAAACCCTCAGTGTTTAAGTTTCTACTCGGCTTCTTTGATGCTTGGCTGCGTCGTT
TGAAAAAGACTCGAACTTGTGTTTGTACTGTTGTTTGTTAAGGGTAAAACCCTGTGTAGTTTTTGGAACCTTGAACTCGTTTAGTGCTTCTAGTTGATAAGGGATAGACCGTGTGTAATGATGGAACCTTGAAAGGTCCGTAATGTAAACTCTGTTAAAATTTTACTTATAATTTTGAATGTAAAACCAAGAGCCGAGGG
TTAACTTACCTCTGTAAGACAATGGCTCGTCTTGTAATGAAATATTTAAAATAATGG

Intron 2 GTAGGGATAT ... CTATTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.83	4	3.5	2.5
A2	56.75	4	5	1
A3	47.01	9	8.3	0.3
A4	83.92	1	5.3	3.3
A5	39.59	12	8	0.8
A6	41.85	29.8	21.5	1
A7	37.41	31.8	19	1.5
A8	46.87	28.3	25	2.3
A9	29.91	27	11.8	2
A10	46.42	23.5	20.5	1.5

>TRINITY_DN42396_c4_g3_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAGAGCAAAGGCATTTGAGGAGATTCTGAAGGAAGGAGAAGAGCTCCAAGTCTTCAAAATCAAGGATGAAGGAAGGAGAATTTATGGCAAGGGAGGAGGATTCACACTAGGATTCCTGGACGCAAGTAATAAATTCTACGACAAACATGAGTTAAGAGTACATGTGTCTTTCAATTCATCGTCAATGTATTATGAAAAT
ACTAAGTATTGCCTTGCAAAACAGTTACTGGAGGTTGGCCCGATTTTTTGACCGAGGACAACGAAGGAGAGATAGCCCACACAGGTTGCTTACAGCAGCTTCCGATGTGTTTGAAATAGCTAACTCTCACAGGAATAAAGGCCATGCTGCCTGTATGATGTGCTCTCAAAATAGAGAGTCTCTCAAAGGTGTGTGAATAT
GAAAATTACCTAACTAACCTGCTAACAAATCAAAGAGTTTTGGATTAATGCCTAACTAATCCTAAAGACTGTTTTTTAAACTAAATGCAGAATAAAATAATAGCAGCTCCTAATTTCTTCTCTATGATAATCTAGATGCAAATTTCCTATCTTGGCCAAGAGCATAAGTTAAAATTAATATTAATTCACCTTGCATTTGA
AAGATAAACATATAATAATTCAAATTGAAGAAAGTCTCACAATCAAACTACTACATACTAAAAAACTTAAAAGCTCCTACAAATTAACGGATTAAGAT

>TRINITY_DN42396_c4_g3_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAGAGCAAAGGCATTTGAGGAGATTCTGAAGGAAGGAGAAGAGCTCCAAGTCTTCAAAATCAAGGATGAAGGAAGGAGAATTTATGGCAAGGGAGGAGGATTCACACTAGGATTCCTGGACGCAAGTAATAAATTCTACGACAAACATGAGTTAAGAGTACATGTGTCTTTCAATTCATCGTCAATGTATTATGAAAAT
ACTAAGTATTGCCTTGCAAAACAGTTACTGGAGgtagggatattttggttccaattctagtttacgtgccggcttacaaactctttagtgttattaaaatcacatcgtcattttgtttttacaatgctatatttattatctatgaaaaatcatcttaatatcactattgtcagGTTGGCCCGATTTTTTGACC

Intron 3 GTAAGTAATG ... AATCCAACAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	2
A2	-1	0	0	0
A3	100	0	1	0
A4	100	0	4	2
A5	-1	0	0	0
A6	31.88	8	5	2.5
A7	36.5	5	2	4
A8	82.57	1	3	6.5
A9	39.34	5	3	3.5
A10	41.66	1	0	1.5

>TRINITY_DN48062_c3_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGATGCTAATATCTTTAAAAGACATTTTATGATCGTAACACAAGAATGCAGTCTTTAGATCTTTCTAAGTTCTAAAAGTAATTATATGTTGTACATAGGTTTATATTATTATGATGTTCTTGATGATGTGCTGACAGTTTGTTTTGTATGATGATGAAGGGTTCCTACGAGGTACCATAGGGTTTACTTAGCTACGTTTA
GCTAAGGCATTTGAATCTTATTTCCATGTGCAGAACGCAAGTAATAAATTCTACGACAAACATGAGTTAAGAGTACATGTGTCTTTCAATTCATCGTCAATGTATTATGAAAATACTAAGTACTGCATTGCAAAACAGTTACTGGAGGTTGGCCCGATTTTTTGACCGAGACCAACGAAGGAGAGATAGCCCACACAGGT
TGCTTACAGCAGTTCCGATGTGTTTGAAATAGCTAACTCTCACAGGAATAAAGGCCCTGCTGCCTATATGATGTGCTCTCAAAATAGAGAGTCTCTCAAAGGTATTAAAACTCGTACTTGGCATGCTTCCAACTGTTGATATCAAACCCTAGCATTTACGTTGCTCAACTGTTAAGTGAGGTGGAAGTTCAGTTGTATGG
TCTTCACGTGGTTGTGTTTGTAATTAACACCAAATAATGCTGAGTTGTGCCATGCACTAGCTCTCGGTCTGCTGACTTGGCAAATTGGTAGATGTATCAATTATAGCAGTATTGATTGCAATCATTGCTCGAATATCAACGAGCCCGACTGGAAGCTAATCCACCATTGATCTTCATAAGATCTAGGGCTGAGAACGAAA
CCCTAGTCTCGCGTTGGCTTCGTCGTTTTGTTGGTGTGGTTTGTCAATGTTCAAGAGCGTCGTTTCTAAGGGTACCCACTTCGTTGGAGGATTTCTATACATAAGATTTGGAATGGGGATACTGACACTACTTCCTGTTAAGCCTTGGTGGTTCATGAAACCTCGTAGGTGCCTTTGGCACGGTTTAGTTGGTGATTACT
ATGTGACGAGAGTTGGAAATATTCGACCCTGTTCGGGTAATGGCCGAGTGTTAAGTTGTAATGTTTTATTTTGATCAAATTTGTAAAGAGGATAAACCCTCAGTGTTTAAGTTTCTACTCGGCTTCTTTGATGCTTGGCTGCGTCGTTTGAAAAAGACTCGAACTTGTGTTTGTACTGTTGTTTGTTAAGGGTAAAACCC
TGTGTAGTTTTTGGAACCTTGAACTCGTTTAGTGCTTCTAGTTGATAAGGGATAGACCGTGTGTAATGATGGAACCTTGAAAGGTCCGTAATGTAAACTCTGTTAAAATTTTACTTATAATTTTGAATGTAAAACCAAGAGCCGAGGGTTAACTTACCTCTGTAAGACAATGGCTCGTCTTGTAATGAAATATTTAAAAT
AATGG

>TRINITY_DN48062_c3_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTATATTGACTATGTGTTCATGCAAATACATTGGCATGTATTACTATTGTTACGATACCTAGCAATAAACCATAGAAACTATTATAAAATGTGATCCAAGAATCTAACTTTGCAATGATTTCGATTTTTGACAAGGTATTAAAACTCGTACTTGGCATGCTTCCAACTGTTGATATCAAACCCTAGCATTTACGTTGCT
CAACTGTTAAGTGAGGTGGAAGTTCAGTTGTATGGTCTTCACGTGGTTGTGTTTGTAATTAACACCAAATAATGCTGAGTTGTGCCATGCACTAGCTCTCGGTCTGCTGACTTGGCAAATTGGTAGATGTATCAATTATAGCAGTATTGATTGCAATCATTGCTCGAATATCAACGAGCCCGACTGGAAGCTAATCCACC
ATTGATCTTCATAAGATCTAGGGCTGAGAACGAAACCCTAGTCTCGCGTTGgtaagtaatgaaaattggttttctggaattcatttagtgtttttgtggtgaggtttggagagccgaccatgttgcttcaatgtagggtttagagtttgttgtgagaaggactctttcctcggtttcgaaccttggacctatgagagata
gttttaaatgttacaggctttaagatcttgtgcaaagaagccacgatacaaccattacaattgtgaggaggttcttctgtcagtttgctgagtgtagtttgaactggggtttgatttttcaatttatgaaatggtcgttttagttttgaacttgtgttttgctgtaaaatccaacagGCTTCGTCGTTTTGTTGGTGTGG
TTTGTCAATGTTCAAGAGCGTCGTTTCTAAGGGTAAGTTTTCATTATAGTAACAATCATACAGTAATACTTAGTTTTATATCTGCGTTTCTTGTTTTAACTTTTTCAAACTGTAACTTGGCAGGTACCCACTTCGTTGGAGGATTTCTATACATAAGATTTGGAATGGGGATACTGACACTACTTCCTGTTAAGCCTTGG
TGGTTCATGAAACCTCGTAGGTGCCTTTGGCACGGTTTAGTTGGTGATTACTATGTGACGAGAGTTGGAAATATTCGACCCTGTTCGGGTAATGGCCGAGTGTTAAGTTGTAATGTTTTATTTTGATCAAATTTGTAAAGAGGATAAACCCTCAGTGTTTAAGTTTCTACTCGGCTTCTTTGATGCTTGGCTGCGTCGTT
TGAAAAAGACTCGAACTTGTGTTTGTACTGTTGTTTGTTAAGGGTAAAACCCTGTGTAGTTTTTGGAACCTTGAACTCGTTTAGTGCTTCTAGTTGATAAGGGATAGACCGTGTGTAATGATGGAACCTTGAAAGGTCCGTAATGTAAACTCTGTTAAAATTTTACTTATAATTTTGAATGTAAAACCAAGAGCCGAGGG
TTAACTTACCTCTGTAAGACAATGGCTCGTCTTGTAATGAAATATTTAAAATAATGG