sp|Q1G3K8|RIC7_ARATH ----> CRIB domain-containing protein RIC7

Intron 1 GTAATTTCAC ... GTTGATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	24	8	8
A2	18.03	25	4	7
A3	21.84	34	5	14
A4	17.95	16	3	4
A5	20	12	6	0
A6	17.71	72	13	18
A7	22.16	72	15	26
A8	24.26	64	7	34
A9	22.58	48	11	17
A10	20.28	57	16	13

>TRINITY_DN38978_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

AAACAAATGGTGCTATGCATGTAGGTTTCTTCCAACAACCCTAAGTCTTCAGAACCAAAATTTCCCGTGAATTCCTAGATGCGCACTCATTTCTGTAACTTGAGATACAAGTCAGCTTTCGTTAAACTAACGCCAAGTTAAGAAGCGGTGGACTGTAAGAGAGAGAGGTTGAGTTACCTCCTTTCAATTGCTTGGAGTTT
TCATGTCATATGACTTTTTGGGATTGTCCAAAGTCTAAACCAAAATCCTGTATGTTTATTTCAAACCAATCCTTAGTTCCAGCCCAAATTTTGCAGTTGGGTTATTCTCTGGAGCCTGTATTCACGTAATTGGGCATCCAACCCACGCAAATTTGGCTCCGAGGTGCAGAATTATGGGCTTAAGCTTGTATGCCAGTGAA
TCATTACTACCCAATATGTTTTTCAGGTCCTGCTCGAGCACTGATCAATGGGGACTCGGCAGATGAAGTATAATGTCTCATAGGATAGGTATCAGAGGATGAAGACTCTTGGGTGGCCTCCTACGTATGTGGCAAGGTGTCCAGTGACTTTGTTCGAGGCAGCTCGAGGGAGTGCTTCTTGGCAGAACAGTCGAACTGTG
GGGGAACTTCACATGAGACCACTCGGTGGAGCTGTACTTCATTTTCAGCTCAATGATTTGCTCGATGGTCAAGTCCTCTTTGAGCATACAGTGCGCAAGCCAGATGCAATTAGTGTTCCTGTAGAGAGATTCTTTGTAATTCGCCAAGAGAACGAAAGTTTTCGTGGCTTTGGTTTTAGAGATAAAGATGCAGCACATGA
AATGAAAGAGCGTATACGGAAATCTGTGAAGCCATTTACTATTGAATGTGCTTCTTCAGTAACAGCTACAACCAAAGATCAAGCGAAAGACAAATCTGATTCAACTACTCCACAAATTGAGGGCAGTTCACACAAGAAATCAGAAGTACTCAGATGCGAAAGTGTGCCAAAACGCTCTTCAGTCAGGAGTAAATCTCTTC

CAAGGGTTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTTTGTTTCGACGGATCATGAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATT
GGCTGGGATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATTAGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAGCTAGGTGGACTTCACAGGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATT
CACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGGCTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATTGGTCTCAGCTTCACCCTTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCT
TCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTGACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGTATGTTTGGCAGTCCAACACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCA
CTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATGTGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACATACATTCAATATTTATATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTT
TTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCCTTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACGGAGAAAAATCTTGGCAATACTTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTG
TATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTGACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATTCCCC

>TRINITY_DN38978_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAACAAATGGTGCTATGCATGTAGGTTTCTTCCAACAACCCTAAGTCTTCAGAACCAAAATTTCCCGTGAATTCCTAGATGCGCACTCATTTCTGTAACTTGAGATACAAGTCAGCTTTCGTTAAACTAACGCCAAGTTAAGAAGCGGTGGACTGTAAGAGAGAGAGGTTGAGTTACCTCCTTTCAATTGCTTGGAGTTT
TCATGTCATATGACTTTTTGGGATTGTCCAAAGTCTAAACCAAAATCCTGTATGTTTATTTCAAACCAATCCTTAGTTCCAGCCCAAATTTTGCAGTTGGGTTATTCTCTGGAGCCTGTATTCACGTAATTGGGCATCCAACCCACGCAAATTTGGCTCCGAGGTGCAGAATTATGGGCTTAAGCTTGTATGCCAGTGAA
TCATTACTACCCAATATGTTTTTCAGGTCCTGCTCGAGCACTGATCAATGGGGACTCGGCAGATGAAGTATAATGTCTCATAGGATAGGTATCAGAGGATGAAGACTCTTGGGTGGCCTCCTACGTATGTGGCAAGGTGTCCAGTGACTTTGTTCGAGGCAGCTCGAGGGAGTGCTTCTTGGCAGAACAGTCGAACTGTG
GGGGAACTTCACATGAGACCACTCGGTGGAGCTGTACTTCATTTTCAGCTCAATGATTTGCTCGATGGTCAAGTCCTCTTTGAGCATACAGTGCGCAAGCCAGATGCAATTAGTGTTCCTGTAGAGAGATTCTTTGTAATTCGCCAAGAGAACGAAAGTTTTCGTGGCTTTGGTTTTAGAGATAAAGATGCAGCACATGA
AATGAAAGAGCGTATACGGAAATCTGTGAAGCCATTTACTATTGAATGTGCTTCTTCAGTAACAGCTACAACCAAAGATCAAGCGAAAGACAAATCTGATTCAACTACTCCACAAATTGAGGGCAGTTCACACAAGAAATCAGAAGTACTCAGATGCGAAAGTGTGCCAAAACGCTCTTCAGTCAGGAGTAAATCTCTTC

CAAGGGgtaatttcactatgaaagagatgttataacttaatatacgatttgatggtcattttttcattaaaattattggcatgcctgcttcttatgagtgacccaatagttttatcttcctttcatctttcatggaacacaatttctcgttctcctttttttttttcaatggaaggtatggtgcataaattaaatgctgt
aaatgtaatttaaggttatagatttggctgattcttataatgcccatttcatggctatgttgatctagTTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTTTG
TTTCGACGGATCATGAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATTGGCTGGGATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATTAGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAGCT
AGGTGGACTTCACAGGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATTCACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGGCTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATTGG
TCTCAGCTTCACCCTTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCTTCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTGACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGTAT
GTTTGGCAGTCCAACACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCACTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATGTGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACATA
CATTCAATATTTATATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTTTTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCCTTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACGGAGAAA
AATCTTGGCAATACTTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTGTATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTGACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATTCC
CC

Intron 2 GTACATACTA ... TGATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.78	37	4	8
A2	20.59	27	2	7
A3	12.9	27	1	4
A4	3.85	25	0	1
A5	20	8	0	2
A6	25.3	62	0	21
A7	28.99	49	3	20
A8	12.5	42	1	6
A9	17.98	73	0	16
A10	20.27	59	0	15

>TRINITY_DN44800_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

AAGAGGCAAAAGTAAAATAGGTATGTCCCACAAAAGAAAGATAAAATATTCAAAATAATTTGGAAAACAAATGGTGCTATGCATGTAGGTTTCTTCCAACAACCCTAAGTCTTCAGAACCAAAATTTCCCGTGAATTCCTAGATGCGCACTCATTTCTGTAACTTGAGATACAAGTCAGCTTTCGTTAAACTAACGCCAA
GTTAAGAAGCGGTGGACTGTAAGAGAGAGAGGTTGAGTTACCTCCTTTCAATTGCTTGGAGTTTTCATGTCATATGACTTTTTGGGATTGTCCAAAGTCTAAACCAAAATCCTGTATGTTTATTTCAAACCAATCCTTAGTTCCAGCCCAAATTTTGCAGTTGGGTTATTCTCTGGAGCCTGTATTCACGTAATTGGGCA
TCCAACCCACGCAAATTTGGCTCCGAGGTGCAGAATTATGGGCTTAAGCTTGTATGCCAGTGAATCATTACTACCCAATATGTTTTTCAGGTCCTGCTCGAGCACTGATCAATGGGGACTCGGCAGATGAAGTATAATGTCTCATAGGATAGGTATCAGAGGATGAAGACTCTTGGGTGGCCTCCTACGTATGTGGCAAG
GTGTCCAGTGACTTTGTTCGAGGCAGCTCGAGGGAGTGCTTCTTGGCAGAACAGTCGAACTGTGGGGGAACTTCACATGAGACCACTCGGTGGAGCTGTACTTCATTTTCAGCTCAATGATTTGCTCGATGGTCAAGTCCTCTTTGAGCATACAGTGCGCAAGCCAGATGCAATTAGTGTTCCTGTAGAGAGATTCTTTG
TAATTCGCCAAGAGAACGAAAGTTTTCGTGGCTTTGGTTTTAGAGATAAAGATGCAGCACATGAAATGAAAGAGCGTATACGGAAATCTGTGAAGCCATTTACTATTGAATGTGCTTCTTCAGTAACAGCTACAACCAAAGATCAAGCGAAAGACAAATCTGATTCAACTACTCCACAAATTGAGGGCAGTTCACACAAG
AAATCAGAAGTACTCAGATGTGAAAGTGTGCCAAAACGCTCTTCAGTCAGGAGTAAATCTCTTCCAAGGGTTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTT
TGTTTCGACGGATCATGAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATTGGCTGGGATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATTAGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAG
CTAGGTGGACTTCACAGGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATTCACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGGCTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATT
GGTCTCAGCTTCACCCTTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCTTCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTGACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGT
ATGTTTGGCAGTCCAACACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCACTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATGTGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACA
TACATTCAATATTTATATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTTTTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCCTTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACAGAGA
AAAATCTTGGCAATACTTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTGTATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTGACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATT
CCCCGTC

>TRINITY_DN44800_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGTCAATCAATTTTCTCTCTTGCATGTACTAATAGCCTTATTTTGTACTCTTCAATTTTATGTTCTACAAAAGCCTCTGCTGTTTCAGTTTGTGGCATGTCCTCTATCTTTGCCTTCCATGAAGATAAAATATGTTAGAGACATAAAGTTTATATGCTGCACCTTTTTAAATCTCTTACATCCTAACGCTAGAACAGATG
TTTGGCCACTTTTGGAATTACTAACAGTCTTGCTGTGCCGTGGAATCATTTTTTATTTGAAAGTACGTTCTCTATAAAATTAAATCTTGAGGGTTATGGATTGTCAACATTTAATTGTAAATACTTTGTTCTAAATGATTCTGAATTAAAATTTGAGAATGAATGTAGGATGGTCAAGTCCTCTTTGAGCATACAGTGCG
CAAGCCAGATGCAATTAGTGTTCCTGTAGAGAGATTCTTTGTAATTCGCCAAGAGgtacatactacctttgtcaaggtttatgttttaatgtttctaacatacacataatggtccatgccaaatgtgggatattaacatttgatgtgtagtctgtgatgctttcatttataatagaagttgcacacattgatttgcagAA
CGAAAGTTTTCGTGGCTTTGGTTTTAGAGATAAAGATGCAGCACATGAAATGAAAGAGCGTATACGGAAATCTGTGAAGCCATTTACTATTCAGTGTGCTTCTTCAGTAACAGCTACAACCAAAGATCAAGCGAAAGACAAATCTGATTCAACTACTCCACAAATTGAGGGCAGTTCACACAAGAAATCAGAAGTACTCA
GATGTGAAAGTGTGCCAAAACGCTCTTCAGTCAGGAGTAAATCTCTTCCAAGGGTTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTTTGTTTCGACGGATCAT
GAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATTGGCTGGGATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATTAGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAGCTAGGTGGACTTCACA
GGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATTCACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGGCTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATTGGTCTCAGCTTCACCC
TTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCTTCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTGACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGTATGTTTGGCAGTCCAA
CACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCACTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATGTGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACATACATTCAATATTTAT
ATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTTTTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCCTTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACAGAGAAAAATCTTGGCAATAC
TTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTGTATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTGACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATTCCCCGTC

Intron 3 GTATGACTTT ... GAGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.6	35	1	15
A2	21.74	18	4	6
A3	20.88	36	10	9
A4	21.21	13	2	5
A5	23.08	10	4	2
A6	17.71	79	12	22
A7	17.01	100	16	25
A8	16.85	111	14	31
A9	17.75	95	22	19
A10	16.17	70	8	19

>TRINITY_DN38978_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

AAACAAATGGTGCTATGCATGTAGGTTTCTTCCAACAACCCTAAGTCTTCAGAACCAAAATTTCCCGTGAATTCCTAGATGCGCACTCATTTCTGTAACTTGAGATACAAGTCAGCTTTCGTTAAACTAACGCCAAGTTAAGAAGCGGTGGACTGTAAGAGAGAGAGGTTGAGTTACCTCCTTTCAATTGCTTGGAGTTT
TCATGTCATATGACTTTTTGGGATTGTCCAAAGTCTAAACCAAAATCCTGTATGTTTATTTCAAACCAATCCTTAGTTCCAGCCCAAATTTTGCAGTTGGGTTATTCTCTGGAGCCTGTATTCACGTAATTGGGCATCCAACCCACGCAAATTTGGCTCCGAGGTGCAGAATTATGGGCTTAAGCTTGTATGCCAGTGAA
TCATTACTACCCAATATGTTTTTCAGGTCCTGCTCGAGCACTGATCAATGGGGACTCGGCAGATGAAGTATAATGTCTCATAGGATAGGTATCAGAGGATGAAGACTCTTGGGTGGCCTCCTACGTATGTGGCAAGGTGTCCAGTGACTTTGTTCGAGGCAGCTCGAGGGAGTGCTTCTTGGCAGAACAGTCGAACTGTG
GGGGAACTTCACATGAGACCACTCGGTGGAGCTGTACTTCATTTTCAGCTCAATGATTTGCTCGATGGTCAAGTCCTCTTTGAGCATACAGTGCGCAAGCCAGATGCAATTAGTGTTCCTGTAGAGAGATTCTTTGTAATTCGCCAAGAGAACGAAAGTTTTCGTGGCTTTGGTTTTAGAGATAAAGATGCAGCACATGA
AATGAAAGAGCGTATACGGAAATCTGTGAAGCCATTTACTATTGAATGTGCTTCTTCAGTAACAGCTACAACCAAAGATCAAGCGAAAGACAAATCTGATTCAACTACTCCACAAATTGAGGGCAGTTCACACAAGAAATCAGAAGTACTCAGATGCGAAAGTGTGCCAAAACGCTCTTCAGTCAGGAGTAAATCTCTTC
CAAGGGGTAATTTCACTATGAAAGAGATGTTATAACTTAATATACGATTTGATGGTCATTTTTTCATTAAAATTATTGGCATGCCTGCTTCTTATGAGTGACCCAATAGTTTTATCTTCCTTTCATCTTTCATGGAACACAATTTCTCGTTCTCCTTTTTTTTTTTCAATGGAAGGTATGGTGCATAAATTAAATGCTGT
AAATGTAATTTAAGGTTATAGATTTGGCTGATTCTTATAATGCCCATTTCATGGCTATGTTGATCTAGTTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTTTG
TTTCGACGGATCATGAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATTGGCTGGGATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATTAGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAGCT
AGGTGGACTTCACAGGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATTCACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGGCTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATTGG
TCTCAGCTTCACCCTTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCTTCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTGACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGTAT
GTTTGGCAGTCCAACACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCACTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATGTGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACATA
CATTCAATATTTATATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTTTTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCCTTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACGGAGAAA
AATCTTGGCAATACTTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTGTATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTGACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATTCC
CC

>TRINITY_DN38978_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTTTGTTTCGACGGATCATGAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATTGGCTGG
GATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGgtatgactttcaaaaccaaaacatgatcacatggtgcagaaataggacattttgaaacaatataggcaaacactgaactattggatatctttttaatctatgtgcttgtgctctattccttggtggaggttgcagATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATT
AGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAGCTAGGTGGACTTCACAGGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATTCACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGG
CTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATTGGTCTCAGCTTCACCCTTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCTTCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTG
ACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGTATGTTTGGCAGTCCAACACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCACTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATG
TGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACATACATTCAATATTTATATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTTTTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCC
TTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACGGAGAAAAATCTTGGCAATACTTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTGTATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTG
ACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATTCCCC

Intron 4 GTAATTTCAC ... GTTGATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	24	4.7	8
A2	21.88	25	2.7	7
A3	31.06	34	3.7	15.3
A4	20	16	2	4
A5	0	12	4.7	0
A6	20	72	8.7	18
A7	26.53	72	10	26
A8	34.69	64	5	34
A9	26.9	48	8	17.7
A10	18.57	57	11.3	13

>TRINITY_DN44800_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGTCAATCAATTTTCTCTCTTGCATGTACTAATAGCCTTATTTTGTACTCTTCAATTTTATGTTCTACAAAAGCCTCTGCTGTTTCAGTTTGTGGCATGTCCTCTATCTTTGCCTTCCATGAAGATAAAATATGTTAGAGACATAAAGTTTATATGCTGCACCTTTTTAAATCTCTTACATCCTAACGCTAGAACAGATG
TTTGGCCACTTTTGGAATTACTAACAGTCTTGCTGTGCCGTGGAATCATTTTTTATTTGAAAGTACGTTCTCTATAAAATTAAATCTTGAGGGTTATGGATTGTCAACATTTAATTGTAAATACTTTGTTCTAAATGATTCTGAATTAAAATTTGAGAATGAATGTAGGATGGTCAAGTCCTCTTTGAGCATACAGTGCG
CAAGCCAGATGCAATTAGTGTTCCTGTAGAGAGATTCTTTGTAATTCGCCAAGAGGTACATACTACCTTTGTCAAGGTTTATGTTTTAATGTTTCTAACATACACATAATGGTCCATGCCAAATGTGGGATATTAACATTTGATGTGTAGTCTGTGATGCTTTCATTTATAATAGAAGTTGCACACATTGATTTGCAGAA
CGAAAGTTTTCGTGGCTTTGGTTTTAGAGATAAAGATGCAGCACATGAAATGAAAGAGCGTATACGGAAATCTGTGAAGCCATTTACTATTCAGTGTGCTTCTTCAGTAACAGCTACAACCAAAGATCAAGCGAAAGACAAATCTGATTCAACTACTCCACAAATTGAGGGCAGTTCACACAAGAAATCAGAAGTACTCA
GATGTGAAAGTGTGCCAAAACGCTCTTCAGTCAGGAGTAAATCTCTTCCAAGGGTTCCAGAACAGTCCTGTTCTCAGCAACCTCCAGTTGAAACAACTATGTTTAGTTCATCATCTGCAAAGTCTCATGTATCTACAAAGTGGCAGAGAGTCAAAAAGGGCTTTAGAGCTATCTCCCAGATTTTTGTTTCGACGGATCAT
GAGATGGAGATTGGATATCCTACGGATGTGAAACACGTAGCTCACATTGGCTGGGATGGGCCATCTGTTAATGGTCCAAGCTGGATGGATGAACTGAGGCCAGCTCCTGACTTCTCATTAGGTCCTCTCAGTGATTTTAGCCAGCCACAGGGTCCAGGTTGGATCCATGATGCTGCATCTGCAGCTAGGTGGACTTCACA
GGGCTTATTTGAAACCCCAGGTCTTCCACCAGATCCTCCTCCTGAATTCACTAATGCAACCGATTCAAAGCCTGGAAAGTCCAAAGTTTCATCTTTTAAATCAAAATCAAAGTCGAAGGCTTCCTTTAAGAGTACAAAAAACTGATTGGTATTGTGACTATCTTGTTAAGCACATTCACAGATTGGTCTCAGCTTCACCC
TTACAGCATCTGGTACATAGAGGGTGTAACTGATCTCATGATTATTCTTCATACTTGTGGATCATATATGCTCCAGTCAGGTCTTGCCAAGGAGTACAGTATGGGAAAGATTTCTTTTGACAATTTAGATCCTTTGTTTGATTGCTTTAAAGATGGACTACCATCACAAATCTACAATCAAGGTATGTTTGGCAGTCCAA
CACCTTTGGAAAGCAGAAACCCTAAAGAGTAAGCTGCTTCATATAGCACTATTGACACAGCTGTGGGAGAATTTTTGGCCTTTGTTTACAAGAAATGAAGGCACACATAAACAAGCATGTGCATAAATAACTGAGGAAACATATTGACTGTACTCCTGTATGTTATATACAACTGGTAATTACATACATTCAATATTTAT
ATGGATGTCATTGAGATGCCTTTTTGCTATTCTTCTATGGCAACTCTTTTGGGGCTATTGTTTTCAAAAGCTCATACATGCATTTCATAAGTTCATGATTGAAGCAGAGAAATAGTTCCTTATCGTTACTATGTATGGGGTACAGCATCAAGAGAGGAGTTGTTAGTCTTGTTAACAACAGAGAAAAATCTTGGCAATAC
TTTTGTATGGGACTGACCTCAGGTGGTATTGCAATCTTATGTTTTTTGTATTCCTGCTGCTCAAATCCACTAACAGTGCAAAAAGTAGAAATTGAGATTCACTTGAGTATACTACCGTGACTTTCTTTGTGTCTCCAGCATGACTCAACAGGTCAACTGTGATATGTTTTCTATAAAATGAATTCCCCGTC

>TRINITY_DN44800_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGAGGCAAAAGTAAAATAGGTATGTCCCACAAAAGAAAGATAAAATATTCAAAATAATTTGGAAAACAAATGGTGCTATGCATGTAGGTTTCTTCCAACAACCCTAAGTCTTCAGAACCAAAATTTCCCGTGAATTCCTAGATGCGCACTCATTTCTGTAACTTGAGATACAAGTCAGCTTTCGTTAAACTAACGCCAA
GTTAAGAAGCGGTGGACTGTAAGAGAGAGAGGTCCTGCTCGAGCACTGATCAATGGGGACTCGGCAGATGAAGTATAATGTCTCATAGGATAGGTATCAGAGGATGAAGACTCTTGGGTGGCCTCCTACGTATGTGGCAAGGTGTCCAGTGACTTTGTTCGAGGCAGCTCGAGGGAGTGCTTCTTGGCAGAACAGTCGAA
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